NA ----> NA
Intron 1 GTGAAGTTAC ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 120 | 39 | 21 |
| A2 | 21.5 | 84 | 31 | 15 |
| A3 | 19.86 | 111 | 42 | 13 |
| A4 | 21.1 | 86 | 29 | 17 |
| A5 | 25 | 36 | 19 | 5 |
| A6 | 19.08 | 53 | 13 | 12 |
| A7 | 16.06 | 115 | 33 | 11 |
| A8 | 19.15 | 76 | 19 | 17 |
| A9 | 21.52 | 62 | 21 | 13 |
| A10 | 15.08 | 76 | 16 | 11 |
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoformTTTTTTCTTGTTCTCTCGTGCTATGATGTATTTGAGTGTTGCTTTTATCAACGGTGAACGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAAT
GCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTCTCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGG
AAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCATTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCT
GTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGCCGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAACAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGA
CAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTTGTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCA
GGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAAATATAACGGCAATGGCAGCAATGAG
ATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATAGCAGACAAAATCATACAGCCCGCCC
AGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTCAACGATTTCATTGCAACTCTATACA
AGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCAGTTGAATACTGATTTATTTGGGAAT
GATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATACCAATATATTTGGCAATAATGATGA
TGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCAT
TTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACAC
CTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGA
GCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCA
ATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAA
GTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTT
TCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAA
TCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTG
ATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAG
GTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCTGAAGTAAGATTTATTTGAACGAGTCATTCTCAT
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTTTTTCTTGTTCTCTCGTGCTATGATGTATTTGAGTGTTGCTTTTATCAACGGTGAACGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAAT
GCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTCTCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGG
AAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCATTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCT
GTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGCCGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTC
CTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAACAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTG
AGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTTGTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGA
GCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAAATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTG
TGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATAGCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTG
ATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTCAACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTT
GACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCAGTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAA
TAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATACCAATATATTTGGCAATAATGATGATGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAAT
GCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGgtgaagttacttgtacaaatattatttgtttaagcaacataatttttctcgttaaggccaaggcctgatcactaaactcttggtatg
gtttcttgcagGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTG
CATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGTAAGTTAGCTAATCATTCTTTTTGAAAATAGTAGATACCCCCCCCAAAAATAATGTTTCCAGCATTGCCGATCTATTATTCTTTCAATAGCTGATCCCCTTTCTCCTAGGTTGCTAGAATAAGAAGTCATTAATTATATATAGCACTTGTGTAC
AAATTGTCAAATAGTCTAGACCG
Intron 2 GTAGGTGACA ... TTGGCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.91 | 30 | 53 | 117 |
| A2 | 69.33 | 25 | 38 | 75 |
| A3 | 66.13 | 42 | 65 | 99 |
| A4 | 78.08 | 16 | 37 | 77 |
| A5 | 77.53 | 10 | 33 | 36 |
| A6 | 73.33 | 12 | 19 | 47 |
| A7 | 76.56 | 30 | 57 | 139 |
| A8 | 72.41 | 16 | 25 | 59 |
| A9 | 67.54 | 31 | 51 | 78 |
| A10 | 71.75 | 25 | 49 | 78 |
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoformGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAATGCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTC
TCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGGAAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCA
TTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCTGTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGC
CGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTCCTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAA
CAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTT
GTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAA
ATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATA
GCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTC
AACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCA
GTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGT
GATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAA
ACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATTTTGATTTCCACATCAG
TCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCA
GTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGA
ATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAA
TTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAA
GTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATT
CATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTT
AATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCT
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAATGCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTC
TCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGGAAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCA
TTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCTGTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGC
CGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTCCTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAA
CAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTT
GTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAA
ATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATA
GCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTC
AACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCA
GTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACgtaggtgacatgttaaatacaacggggatgatttctgatagtgtgcaattatata
ccaatatatttggcaataatgatgatgacttggactcttctggttgggagttcaaggatgcattttctaagcctaattctaaacccactgttcataattttggcatcagTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACT
AAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGC
TTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGTAAGTTAGCTAATCATTCTTTTTGAAAATAGTAGATACCCCCCCCAAAAATAATGTTTCCAGCATTGCCGATCTATTATTCTTTCAATAGCTGATCCCCTTTCTCCTAGGT
TGCTAGAATAAGAAGTCATTAATTATATATAGCACTTGTGTACAAATTGTCAAATAGTCTAGACCATAGTTATCAGAACCGGACTGGTCAAGCCCAAAAATCTGAACCGGACCGGAATTGGGAAAAAGCTGGATAAAAAAACCAGTTGACCAAAAATTACATAAAATATTCAAATTTTGAATTTTTTTTTTCTGCATCCA
TATGAATCGAAACCATTGTACACAAATATGCAAG
Intron 3 GTCAGTAATG ... AAAGTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.46 | 27 | 25 | 30 |
| A2 | 44.58 | 23 | 6 | 31 |
| A3 | 45.45 | 12 | 8 | 12 |
| A4 | 44.44 | 20 | 15 | 17 |
| A5 | 36.51 | 20 | 8 | 15 |
| A6 | 50.77 | 16 | 13 | 20 |
| A7 | 49.57 | 29 | 16 | 41 |
| A8 | 44.64 | 31 | 15 | 35 |
| A9 | 46.27 | 36 | 9 | 53 |
| A10 | 44.44 | 20 | 4 | 28 |
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoformTTTTTTCTTGTTCTCTCGTGCTATGATGTATTTGAGTGTTGCTTTTATCAACGGTGAACGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAAT
GCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTCTCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGG
AAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCATTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCT
GTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGCCGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTC
CTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAACAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTG
AGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTTGTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGA
GCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAAATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTG
TGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATAGCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTG
ATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTCAACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTT
GACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCAGTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAA
TAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATACCAATATATTTGGCAATAATGATGATGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAAT
GCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTT
GGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGT
ACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGA
TGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTT
GCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAAT
ATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATT
GATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAAC
CAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATC
TATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCTGAAGTAAGATTTATTTGAACGAGTCATTCTCAT
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:TAAACTTTAGATGCCACATTAAAGCCCATTTCAGTGATTAAATATGATATTTTATAGCAATTGTGTGCCTCTTAAAACACTAAAGTAGATTTCTGCCAATTTATTCTGTATAACATTGTTGACATTTTTGAGCATATTCTTGTGGTTCAGGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTT
TGTACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGgtcagtaatgtgtagattttaatatccatttgaagt
ggttatggtctgtcaatcgtcgtgttttcgagagagttctgttttttatttttatgcagagttatttttgagacactgctgattattacagtaatgaattcacttgttttgttcccttttttatccttttaatgtaaagttatgtgcatattagatgcattaaagtttaatccttccattctcacaggaaagagttatta
tgcttcactaatggaggttttcaaagtctcagAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCAC
TTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCA
AATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTG
GATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGC
CAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCA
TGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTA
ATAGGAGTCTGCTGAAGTAAGATTTATTTGAACGAGTCATTCTCAT
Intron 4 GTTGGTATAG ... ATTGAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.71 | 59 | 13 | 9 |
| A2 | 27.73 | 43 | 20 | 13 |
| A3 | 14.52 | 53 | 8 | 10 |
| A4 | 20 | 24 | 8 | 4 |
| A5 | 29.41 | 30 | 9 | 16 |
| A6 | 24.64 | 78 | 25 | 26 |
| A7 | 25.27 | 105 | 35 | 36 |
| A8 | 20 | 132 | 28 | 38 |
| A9 | 17.46 | 78 | 17 | 16 |
| A10 | 24.87 | 74 | 22 | 27 |
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATAATATGACATCTACTGCATATGCTGTTTTACAAGTAGTTGTCTAAGCAAATCATTTGATTAGGAATCCAAGGGATTACTCACAGTAACATAACTGGAGGTTGAATCATTATATTTGAGTCTGAAAATTTACAGTGCTTAGCAAAATCCTCATCGGTGTTATTCAATAGTAACATTCCAATGTCTAGGATAAACTTTAG
ATGCCACATTAAAGCCCATTTCAGTGATTAAATATGATATTTTATAGCAATTGTGTGCCTCTTAAAACACTAAAGTAGATTTCTGCCAATTTATTCTGTATAACATTGTTGACATTTTTGAGCATATTCTTGTGGTTCAGGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATT
TTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGTCAGTAATGTGTAGATTTTAATATCCATTTGAAGTGGTTATGGTC
TGTCAATCGTCGTGTTTTCGAGAGAGTTCTGTTTTTTATTTTTATGCAGAGTTATTTTTGAGACACTGCTGATTATTACAGTAATGAATTCACTTGTTTTGTTCCCTTTTTTATCCTTTTAATGTAAAGTTATGTGCATATTAGATGCATTAAAGTTTAATCCTTCCATTCTCACAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTA
ATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAAC
AACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGG
CAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGG
ACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTA
ACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATA
AAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCT
GCT
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAATGCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTC
TCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGGAAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCA
TTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCTGTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGC
CGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTCCTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAA
CAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTT
GTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAA
ATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATA
GCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTC
AACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCA
GTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATA
CCAATATATTTGGCAATAATGATGATGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACT
AAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGC
TTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTA
CCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCA
GACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATG
CAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGgttggtatagtgttaacaacataacagcctttttcagagcatcaaagtttctctcttctcaataacgttttccctggttgttcatacttttttcttttcttccttcaaatataatttgttttacacaaagatcca
ggacctgactgcattttgtgtcgtaactacatggaattaattccaatattgcattattgaagcagGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGG
GAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATT
TGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCC
TATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGT
GGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCT
Intron 5 GTAAGAGGCT ... TGATCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.82 | 38 | 43 | 57 |
| A2 | 74.71 | 11 | 24 | 41 |
| A3 | 70.67 | 22 | 51 | 55 |
| A4 | 62 | 19 | 26 | 36 |
| A5 | 74.07 | 7 | 23 | 17 |
| A6 | 75 | 2 | 5 | 7 |
| A7 | 66.67 | 6 | 10 | 14 |
| A8 | 77.78 | 2 | 7 | 7 |
| A9 | 67.57 | 6 | 11 | 14 |
| A10 | 80.65 | 6 | 19 | 31 |
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoformTTTTTTCTTGTTCTCTCGTGCTATGATGTATTTGAGTGTTGCTTTTATCAACGGTGAACGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAAT
GCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTCTCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGG
AAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCATTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCT
GTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGCCGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAACAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGA
CAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTTGTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCA
GGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAAATATAACGGCAATGGCAGCAATGAG
ATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATAGCAGACAAAATCATACAGCCCGCCC
AGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTCAACGATTTCATTGCAACTCTATACA
AGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCAGTTGAATACTGATTTATTTGGGAAT
GATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATACCAATATATTTGGCAATAATGATGA
TGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCAT
TTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACAC
CTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGA
GCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCA
ATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAA
GTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTT
TCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAA
TCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTG
ATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAG
GTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCTGAAGTAAGATTTATTTGAACGAGTCATTCTCAT
>TRINITY_DN102728_c0_g1_i4 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTTTTTCTTGTTCTCTCGTGCTATGATGTATTTGAGTGTTGCTTTTATCAACGGTGAACGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAAT
GCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTCTCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGG
AAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCATTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCT
GTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGCCGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAgtaagaggctttgccttcactttttctggatcccgtgacttccagatgaattttaaagcctc
ctctggattgcttgatcttcagAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAACAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTG
AGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTTGTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGA
GCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAAATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTG
TGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATAGCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTG
ATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTCAACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTT
GACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCAGTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAA
TAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATACCAATATATTTGGCAATAATGATGATGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAAT
GCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACTAAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTT
GGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGCTTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGT
ACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAG
TCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATT
GATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTG
TGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTC
AAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCA
GCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGG
CATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCTGAAGTAAGATTTA
TTTGAACGAGTCATTCTCAT
Intron 6 GTCAGTAATG ... ATTCTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.11 | 56 | 18.4 | 23 |
| A2 | 32.69 | 35 | 4.3 | 17 |
| A3 | 15.09 | 45 | 5.7 | 8 |
| A4 | 18.75 | 39 | 11 | 9 |
| A5 | 27.27 | 16 | 5.7 | 6 |
| A6 | 26.23 | 45 | 9.3 | 16 |
| A7 | 25 | 87 | 11.4 | 29 |
| A8 | 21.33 | 59 | 10.7 | 16 |
| A9 | 29.21 | 63 | 7 | 26 |
| A10 | 25.93 | 40 | 2.9 | 14 |
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i4 from sample A1 / Example spliced isoformGTAAATCTAATGTTGGCATGTAAGCAAGGGAGGAATGATGATCCATTACAACGGAGGTAAGGCTCAAGGATTCTGTTGCGCCATTACAGGGTTAAGGCTTAAGGATTTTGTTATGAATGCTATGAAATCCTATCCATCAATGCATTGCACAGTTTCCTTTTGTTTTACTTCCTTTCCAGGTAGATTTTGTGATTTGTGTC
TCTTAAGAGTGCGCTGGTGAGCTCAACTTCCACGTGGGATTACACGGAGGTAATTCATTCAGATTTCATGAAGCAAGCAAGCAAGGTGTGGGCGTACATGGTGCATAAGGAATGAATGAATTGATTCATCATCGTCAATGGAAGTTGTGCCCCAGATCGAATCCGACCCGGTCACCAGTAACAACAGTAAGAGCAATGCA
TTCTTTACGCACAACTCTCGTTCAACAGCATTCCAGCGTATTCAGCCCATCAACAGTAATTTCAACCTCGATGATCTCTCATCAAATCCTTCAACTCACATTCAAAATGGCGATGGCGACGAATTTGGGGACTTCGAATCTGTTCCGGCACAGCTGCCCAACACTAGTGCCCATGTGGATGTGGATGTTTACAGTGGCGC
CGCCGGACTGTCTGATTTGAAGTCCTCTCCACTCTCTCGTGCATCTACTGCGAACAGCACTTCACCCCCTATTGAACAAGTAAGAGGCTTTGCCTTCACTTTTTCTGGATCCCGTGACTTCCAGATGAATTTTAAAGCCTCCTCTGGATTGCTTGATCTTCAGAATGATACGGATTTTCTCTTTTCTTCAACTCGGCAAA
CAGAAACCCTAGATCGTAATGGTGACAAGCAGCCTGATCAAACCCCGGATCTTAACACCTCTGTACAGCCTGTCGAAACGCCGGATCAGAGTAATTCTGTGCTGCTTGATCTATCCTCGGCGAAAATTGGAGTTTCCATTGAGTCTAATGGAGCAGAGGCGGAAGCGGAAAATGGTGTTGATGAAGAATGGGGAGACTTT
GTCCAAACTCCGATTAAGGAATTCAGGCAGAAAAGTAATGTCCAAGTACATGGATTCAGTGCCTTTGATGAAAGTCCGATTGGTTCTGAGGGAGTTAGTGGTTTCTCGAATCTTTGGTTTGATTCGGTACCAGTGATTAGAGCTAATAAAAATGCCAGCGATGATGTTTTTGACCCTTTTGAAAACACCTGTAAAGTTAA
ATATAACGGCAATGGCAGCAATGAGATTTTCGATCCTTTTGGGAATTTGCATTCTGTGAAAGACTCAGGGACTGTTATTTTCGACGAGAGGATATCTGATGAGGTATCTGCTACTGCTGTACTAGTGGTGAAGTCTACTTGTGATTCTGCTGTTGCATTTCAAAGTACAGATGGTCAGAAAAATACCGACAGGCAGCATA
GCAGACAAAATCATACAGCCCGCCCAGATGATGTTCTGAAACCCTTGCCATTGTCATTGTTCGGTGATGAAAAAGCTGATTTTGAACAAAGAAGTGAGGTTGATCTGTTTGCCAATCATGCAGGTTTTCGGCAGAAATTTGATAGTAATCGGGCCTCCATAGGTCCCCCCTCTCCATCCTTTACAACTGGTCTTCAGTTC
AACGATTTCATTGCAACTCTATACAAGCAAGCTGAAAAAGATGGCTTTCCCAATCAAAGTAGCAATGGAAAAAGTTCTATATTTAAGCATAATGGGGAAGGTGTCCATGCAGCCCCTGGAAAATTAGAGTCTCCAGTTTTTGACGCCAATAGCTTAGTTGACGTATTAAGTGTCAAGGAGATCAGTTCCCCTAGTGTGCA
GTTGAATACTGATTTATTTGGGAATGATGACCAAGACCTTGAGTCATCTGTTTGGGAATTCAAAGATGCCTTTGCTGAACATCATGGTAAAGATGTGACTATGATTTCCTGCGGACAAGAGTGTTCAGTTGCTGATAGCAATAACGTAGGTGACATGTTAAATACAACGGGGATGATTTCTGATAGTGTGCAATTATATA
CCAATATATTTGGCAATAATGATGATGACTTGGACTCTTCTGGTTGGGAGTTCAAGGATGCATTTTCTAAGCCTAATTCTAAACCCACTGTTCATAATTTTGGCATCAGTGGTGGACATGGATTGGATCAAACTGATCAATGCACTAATTCTCTAGAAGCAAGTGATGACAAACTGAGGGAGCTGGCTGTGTTTTATACT
AAACTAAGAACAGAGTCACATTCATTTGCACTCACGCATCTTTCTTCACTAGAGGAAGCCCTATTAGTTGCAACAAAATTTAACAATGTTGAGGTGGCAGCAACGATCACAAAGGAAATTCAGGCAGCCAAGAAAAAGCTTGGGGAGGCAAATGATTTATTAAAACCATGTAAGATAGAGGAGCATCAGCTCAAAAATGC
TTCAATAGAGGCAATGCTTGAACACCTTCAACATTCATCGGTGCATGCCTTTGAGTCAGTATTCAACCTGTCATTGCTGATATCTTCAGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATTTTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTA
CCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGGAAAGAGTTATTATGCTTCACTAATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCA
GACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAACAACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATG
CAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTGGTATAGTGTTAACAACATAACAGCCTTTTTCAGAGCATCAAAGTTTCTCTCTTCTCAATAACGTTTTCCCTGGTTGTTCATACTTTTTTCTTTTCTTCCTTCAAATATAATTTGTTTTACACAAAGATCCA
GGACCTGACTGCATTTTGTGTCGTAACTACATGGAATTAATTCCAATATTGCATTATTGAAGCAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGGCAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGG
GAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGGACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATT
TGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTAACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCC
TATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATAAAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGT
GGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCTGCT
>TRINITY_DN123739_c1_g3_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATAATATGACATCTACTGCATATGCTGTTTTACAAGTAGTTGTCTAAGCAAATCATTTGATTAGGAATCCAAGGGATTACTCACAGTAACATAACTGGAGGTTGAATCATTATATTTGAGTCTGAAAATTTACAGTGCTTAGCAAAATCCTCATCGGTGTTATTCAATAGTAACATTCCAATGTCTAGGATAAACTTTAG
ATGCCACATTAAAGCCCATTTCAGTGATTAAATATGATATTTTATAGCAATTGTGTGCCTCTTAAAACACTAAAGTAGATTTCTGCCAATTTATTCTGTATAACATTGTTGACATTTTTGAGCATATTCTTGTGGTTCAGGCAAAGGAGGACCTGAGAGCAGCAGTAGATCTTTATATACATACAGTTTTTGTACTCATT
TTGATTTCCACATCAGTCAAAGACCAGGCTGCTTATTTAAATGTCTGGACTACCATGACATCTGTCTGTGCCACTGAGCTAGGACACGGTTTTAATGTATGGAGTCGAGCTCTAAATGCAAATGTCAACATGCATATTTTAACTCATCCTCAAGgtcagtaatgtgtagattttaatatccatttgaagtggttatggtc
tgtcaatcgtcgtgttttcgagagagttctgttttttatttttatgcagagttatttttgagacactgctgattattacagtaatgaattcacttgttttgttcccttttttatccttttaatgtaaagttatgtgcatattagatgcattaaagtttaatccttccattctcacagGAAAGAGTTATTATGCTTCACTA
ATGGAGGTTTTCAAAGTCTCAGAGATTCTCAGATCATCAGTGAAGCTTTACAGACCCTGGATGTTGTTAAATCCAGACCAGGCAAAAGATATTTCTCTCAATTTGACAAATTGCATGGCTGCTTGGGTTGAATCCGGCTTGAAAGAAGCTGTGTGCAACAGTCTTGCTAACTATAATATCGAGAATCCACTTTCTTCAAC
AACCTTGAAAAATATTGATGACATATTGAAGGGAGTTGAATCAATGGAACAGATACATCTTGCTAATGCACTATGCAGTGCTGTTAGAGAGAATCAACAAGTTTGTAGACTATCATTACTACCTGCAAAAGTTTTTGAAGGTTTTAAAGTAGCAGACTGGAGTGGCCAGTATTACTTCTTTGCACTGGCAAATTTATGGG
CAAATTGTGTTTCTTGTGAGCCTCCACAATTGCCTGTAATTGAGTTCAGTCATTGATCAATATCAATCCATTTGGGAGATTATGTCGTTGTTCACATTTTTCCTTCACATTTATTGTCATGCAACACACAGAGATGGCTAACCTTTAGCAGCTTGGAGTCGGTTCCAAAAGTTTGAAATCAAGCACATTGGATACCTGGG
ACTCTATTGTTGTGTCAAAAGCTGACAAACTAAAAGCAAGTACAATGGCTCATATTGTATTGATGTCCATGTATTTGGTCATTCTTGATGTACGATGTAATCTTCTGTCTTGATTTTAAGCTGGTCAGATTTTGGGCTCTCAGCAGTTATTAGGTGCCCATGTTCTCTTTGTGGCTTGGAATTTATGTGCCAGCTGTGTA
ACAATGAATGGTTTCAGCGACTTGGGGCATGATCCAATTCATTTCCTCTTTAAGCCCCAACCAGAGGGCAGGTCCTATCTCTATGGGAGTTAGCTCATTGATGTAGATAAAGTTAGTTATGACAGTCAAAATGGCAAGTGCCATTGATAGGGAAATTAGATATTTTAGGAACATATTGCAGCCTACTGCATGGTAAAATA
AAGGGCATACTAGAGGCATTAAATTCAGAAAATCTATTTAATGCCATGCTAGAGTGGAATCTATGTTGATTTAGTGGATGATTTGTTGCCATCTTTTCAGGTTCAAGTCGTGGATCCTGTATCATACTATTCATGTTAAAAAATGAGGTAACCTGTTCTTTCACATTCATTTGTAATATCAATACTTTTAATAGGAGTCT
GCT