sp|Q8W5R5|KN7D_ARATH ----> Kinesin-like protein KIN-7D, mitochondrial

Intron 1 GTGATGTAGG ... GCGATTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.01	10	25	42
A2	82.14	5	27	19
A3	59.69	26	33	44
A4	59.06	26	37	38
A5	60	13	21	18
A6	74.16	23	56	76
A7	66.67	31	57	67
A8	60	25	29	46
A9	64.29	40	63	81
A10	56.76	40	62	43

>TRINITY_DN107302_c1_g1_i12 from sample A4 / Example spliced isoform

GGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTATATTTTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGG
GGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGATTTTTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTATTTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTT
TTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCCTTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCTTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTG
CTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTATACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGCAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGT
TTCTATGGTGTTCTTCATTGCGGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGGGACGCCAAAGCTTGCTCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGG
TTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGT

>TRINITY_DN107302_c1_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTATATTTTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGG
GGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGATTTTTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTATTTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTT
TTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCCTTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCTTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTG
CTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTATACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGCAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGT
TTCTATGGTGTTCTTCATTGCGGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGgtgatgtaggtgcactggggtggtgggatttatttataaactatggaattgcagaatgctttgcatttcttgtatgtacaaagtggtccaatcctactattcatcaagaacatcaattcataggggcaagcacatcctcgataaaca
gacagtcttcttttgaagaagaccactatcaggagggcatgtgtggcttgcaggatattggaggacatgttatgaaggttcctgtggttgcattccagatacttctttgcatgcgattagagGGGACGCCAAAGCTTGCTCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTG
CTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTC
AGGGTGAGTTTGTTGGTTTTGTGAACACATGCAACAATGTTGATAGATTTATGAAATTCAAC

Intron 2 GTAAGCTTTC ... TGTATCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.77	32.8	4.2	18.8
A2	33.71	25.9	3.2	13
A3	38.79	31.6	3	20
A4	33.79	36	4.2	18.3
A5	18.37	13.7	2	3
A6	29.28	71.7	1	29
A7	37.15	98.4	5.4	58
A8	40.1	50.1	1.3	33.5
A9	31.02	78.9	0.5	35
A10	35.18	67.7	0.5	36.5

>TRINITY_DN126547_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGAAAACCGCGGGCCGCTAGCGAGCGATGTGGAAGCACACGGTATGCCGCCACGTGGACGCTTCGAATCGCCGCTGTACAATGGACGGCGAAGTAACGGCTAGGGCGATGTAACGGCGATCCTGGGTACTTTGAGTGTGGCGATGGCTTTAGAGAGTGGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGT
AGAGTATAAAGGATGCGACTATATTTTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGATTTTTTGAGGG
ATTTAATGGGAAATTTGACATGTATTTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCACGGGTGGCGAAATCGGGCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATC
GCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCCTTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCTTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCG
GTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTATACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGCAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCAGCGACAATGTTTACCCTTTT
GAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCACTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGAGCAAGCACATCCTTGATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGT
GTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACATGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTTTG
CTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAA
GAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTT
CAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGA
ATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGT
AAAAATCACATGAAATTGATTGCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACATGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTAT
TCTACTTTTGAAAAGACGTACTATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGACTAATGTTTTTC

>TRINITY_DN126547_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAGGTCCAGCTATTTGATGAGACAAGATAACACAAGTGAAATGTGATTTTGGCAGTTGAAGATGTCCATGTTTTAATTATGCAATGACTTCTAGCTGATGCCTGCACCGAGGCACATTACAAACTCTCTGAACACACATTAATACCAGTACTTATTTTTTATTGTTGTGGTGTGGAATTTTTCTGAAATTTTGAGGAAC
CCAAGTAATTTTTTTTATTATTGTTTTGGATGATTAAAGTGATATTGTTTTGGAACAATTAAAGCCTCCCCGGCCCCTCCTGTATGAAAACAAAATACAGACATGCTTATTTTGGTGCTCTTTGTACTTATTCTATGTATAATTCATTGCAGGTGATGTAGGTGCACTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGgt
aagctttcttgaggtatctttgcctttgctgagatgaaagtcatgacacttcgagtggtttcctaaatgttagcatttatgctgtttgttttgtttctgtatcatagAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGGGCAAGCACATCCTC
GATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGTGTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACATGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCG
TTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTTTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCC
CAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAAT
CGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCA
ACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTC
AACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACATGGTGTGTTCTAT
ATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGACTAATGTTTTTC

Intron 3 GTAAGCTTTC ... TGGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.91	12	6	34
A2	81.48	5	5	22
A3	80.85	9	3	38
A4	89.74	4	6	35
A5	70.97	9	2	22
A6	75.49	25	10	77
A7	82.5	14	9	66
A8	83.87	10	4	52
A9	82.5	14	5	66
A10	88.24	8	5	60

>TRINITY_DN45422_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

AAATGTTTAAGTCTAGTTATTCACACAAAAGTGTGTTTGCCTCCAAATCATACTTTCATGAAAACGATACAAAGAAGGGTGGATGAACCTAACTGCTCATATCAAAATAGTTACAGTCAAGGTCCAGCTATTTGATGAGACAAGATAACACAAGTGAAATGTGATTTTGGCAGTTGAAGATGTCCATGTTTTAATTATGC
AATGACTTCTAGCTGATGCCTGCACCGAGGCACATTACAAACTCTCTGAACACACATTAATACCAGTACTTATTTTTTATTGTTGTGGTGTGGAATTTTTCTGAAATTTTGAGGAACCCAAGTAATTTTTTTTATTATTGTTTTGGATGATTAAAGTGATATTGTTTTGGAACAATTAAAGCCTCCCCGGCCCCTCCTGT
ATGAAAACAAAATACAGACATGCTTATTTTGGTGCTCTTTGTACTTATTCTATGTATAATTCATTGCAGGTGATGTAGGTGCACTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGGATATTGGAGGACATGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTG
CCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTTTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGC
TGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTA
TGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGA
AAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCT
TGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATA
TGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGACTAATGTTTTTCTCCAA

>TRINITY_DN45422_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGAGATTGCCTGTTCCAGAAAACCGCGGGCCGCTAGCGAGCGATGTGGAAGCACACGGTATGCCGCCACGTGGACGCTTCGAATCGCCGCTGTACAATGGACGGCGAAGTAACGGCTAGGGCGATGTAACGGCGATCCTGGGTACTTTGAGTGTGGCGATGGCTTTAGAGAGTGGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCG
ACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTGTATTTTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCACCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTA
TTGAATATTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTATTTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCG
GTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCCTTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCTTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTAT
GGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTATACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGCAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCGGCGAC
AATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCACTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGgtaagctttcttgaggtatctttgcctttgctgagatgaaagtcatgacacttcgagtggtttcctaaatgttagcatttatgctgtttgttttgtttctgtatcatagaattgcagaatgctttgca
tttcttgtatgtacaaagtggtccaatcctactattcatcaagaacatcaattcataggagcaagcacatccttgataaacagacagtcttcttttgaagaagaccactatcaggagggcatgtgtggcttgcagGATATTGGAGGACATGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATT
AGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTTTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATC
GCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACA
AAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAAT
ATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCA
GCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTA
TAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGACTAATGTTTTTCTCCAA

Intron 4 GTAAAGACTG ... ATGGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.79	25	4	4
A2	34.43	20	9	12
A3	11.48	27	5	2
A4	14.81	23	6	2
A5	11.76	15	1	3
A6	19.82	89	6	38
A7	23.08	80	14	34
A8	20.25	65	14	19
A9	15.62	81	13	17
A10	12.2	54	1	14

>TRINITY_DN117888_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

CGATGTGGAAGCACACGGTATGCCGCCACGTGGACGCTTCGAATCGCCGCTGTACAATGGACGGCGAAGTAACGGCTAGGGCGATGTAACGGCGATCCTGGGTACTTTGAGTGTGGCGATGGCTTTAGAGAGTGGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTATATT
TTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGAATATTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTAT
TTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCC
TTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCCTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTA
TACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGTAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCAGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCA
CTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGAGCAAGCACATCCTTGATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGTGTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACA
TGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGAT
GGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCT
GAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAAT
TTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAA
TATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAA
AAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATT
GTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGAC

>TRINITY_DN117888_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGATGTGGAAGCACACGGTATGCCGCCACGTGGACGCTTCGAATCGCCGCTGTACAATGGACGGCGAAGTAACGGCTAGGGCGATGTAACGGCGATCCTGGGTACTTTGAGTGTGGCGATGGCTTTAGAGAGTGGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTATATT
TTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGAATATTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTAT
TTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCC
TTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCCTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTA
TACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGTAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCAGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCA
CTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGAGCAAGCACATCCTTGATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGTGTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACA
TGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGAT
GGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGgtaaagactggtttatactgtgctgcactttgaaaaaaatgttttgtaggatctaattttcatttcatccagtcgctcccagacaagggtttgatatgatgatgttacttgaaagtttgaaactgcagtttaatcaatg
ttggtttcaaagcttaatgttcctgttatggctgcagGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCA
GCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCG
CATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACT
TTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAA
GGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAG
AC

Intron 5 GTGTGAATTA ... TAATTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	22.09	67	18	20
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A9	22.49	81	24	23
A10	18.87	43	9	11

>TRINITY_DN117888_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

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TTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGAATATTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTAT
TTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCC
TTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCCTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTA
TACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGTAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCAGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCA
CTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGAGCAAGCACATCCTTGATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGTGTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACA
TGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAAGGAT
GGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCTTGCT
GAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCCCAAT
TTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTACAAAA
TATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATTGCAA
AAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTACTATT
GTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGAC

>TRINITY_DN117888_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGATGTGGAAGCACACGGTATGCCGCCACGTGGACGCTTCGAATCGCCGCTGTACAATGGACGGCGAAGTAACGGCTAGGGCGATGTAACGGCGATCCTGGGTACTTTGAGTGTGGCGATGGCTTTAGAGAGTGGCCGATAAAATTAGATGGAGGGAGCGACTCAGCGAGGGCGTAGAGTATAAAGGATGCGACTATATT
TTTAGGGTTTTGACAAACAAGCATTTATTTATGATGGGATTTTATGGAAATTTAGGAAAGGATTCAGGGACGCTGCTGTCGGAAACAATTATAGGTTGAGCAGTCGCCGGGGCCTCTGTTGGTCTATATTTGGGGATTGAACGTCATTAACGGGAATTTATTGAATATTTGAGGGATTTAATGGGAAATTTGACATGTAT
TTGGTATTTGTAAGTGTAATGGGATTCTCCTGAGAGGTCACAGGTTTGAAGATGGCGCCTGTTAAAACCATGACGTGGTCGCGGGTGGCGAAATCGGCCCAGTCTCTTGCTGCGCACTGCTCTCTTCTATCTTTTACAGTTTTGCTCACGCTCAAGCTCGGTCTCCAATGGCATCGCTCCTGGTGGTTTATATTCCTGCC
TTTATGGATTTTTCACATTATTGTTGCTCGAGGACGATTCTCTTTGCCAGCTCCTGTACCACCTCATGATCGACATTGGGCACCCTGTCATACTGTTGCTGCTGTCCCACTTCTAATTGCATTTGAATTGCTGCTTTGCACATATCTTGATAGCCGTTATGGGTATGGCATACCGGTGGTGAATTTGAAGGTTGTTTTTA
TACCACTACTATTGTTCGAAACTATTGTCCTCGTCGATAATTTTAGGATGTGTAGGGCTTTGATGCCCAGTGACGATGAAAACATGACTGATGAAGCCATTTGGGACACACTTCCTCATTTTTGGGTGGCTGTTTCTATGGTGTTCTTCATTGCAGCGACAATGTTTACCCTTTTGAAGCTAAGTGGTGATGTAGGTGCA
CTGGGGTGGTGGGATTTATTTATAAACTATGGAATTGCAGAATGCTTTGCATTTCTTGTATGTACAAAGTGGTCCAATCCTACTATTCATCAAGAACATCAATTCATAGGAGCAAGCACATCCTTGATAAACAGACAGTCTTCTTTTGAAGAAGACCACTATCAGGAGGGCATGTGTGGCTTGCAGGATATTGGAGGACA
TGTTATGAAGGTTCCTGTGGTTGCATTCCAGATACTTCTTTGCATGCGATTAGAGgtgtgaattagtcttcaattgtctgttctaaatgataacgaatagtttgggacattcaatacaatgatacggttgtctggtagagtcattttaggtttcaggggtcatcttgattcttggcttacaatatttattgtatgatgtt
aataacaagagattttacaagccagtcttccttcatggcttttattttctaattctcagGGGACGCCAAAGCTTGCCCGAAATATTCCAGTGGCAGTAATTTTTGCTCCACTTTTTCTCATTCAAGGCGTTGCGGTGCTATTAGCCCTTTTACGCCTTGTAGAAAAAATTATACTTCTGCTACGCAGTGGGAATAGTGAA
GGATGGTTCTTCAGGGTGTTTGCAAAGGGCCGTGTTTGCTTTGGCTTTTTACATCGCGGGTCCAGGCTTTTGGGCTGGTGGTCTATTGATGAAAGTAGTAGAGAGGAGCAAGCTCGTCTTCTACATGCCCAAAGTTCAGGGTATAACACATTTTGTGGGTTTTCTCCTGAAGTGGTTAAGAAGATGGCTAAAAAAGAGCT
TGCTGAAGAGGTTTGGAGATTACAAGCAGCTTTGGGAGAACAATCAGAAATTACAAAGTTCAGTCAGGAAGAGTATGACAGGCTTCAAAATGAGAAGGTTCTATGTAGAATATGTTTTGAAGGAGAAATCGCAGTTGTGTTAATTCCTTGCAGGCATCGCATTCTTTGCGGTTCTTGTTCAGAGAAATGCAAGAAGTGCC
CAATTTGTAGGGTTTCCATCACGGACCGCATGCTTGTCTATGATGTGTAAGAAATATACTATCATCAAAGTCGGAAAGAAACAATTTTGTGCAAGGTTCAACATCGATTCCATGGCAAAATTTTCTGCAACTTGTTCTTCAAATATATTCTTCAACATGTTCTGGGACAAAGGTGGTGAATGCAGTCAATAAGCCTGTAC
AAAATATGCAAATTGATGTTTTCCGACTTTTTGGTGCTTGTTCTCTGGAGCACCAGCATGTAGGATGACAAAGCTTGTAATTGTGACTCTAGTCTCGCTTGTATTGGATTAGTGAAGAAAATTGAAGTCAACAGGAAATCTTCAGTTGCAGGCATGCTGTCTGCAGCATATTTCAATGTAAAAATCACATGAAATTGATT
GCAAAAATCTCCCTTTGGATGTGTTAAAGGGGGATTGGATTAAACAGGTTGTTTATAGCATATACATGTAATATATGCACTATTCAGTGCAATATTGATTTGCATATCCGAGGACACGGTGTGTTCTATATTGATGATGTAGAAAGAAATGACCTGTAAATAACGTTTTCTACGGTTATTCTACTTTTGAAAAGACGTAC
TATTGTGAATGTAGTGGACAAGAAGCAGAC