sp|Q39055|CNX2_ARATH ----> GTP 3',8-cyclase, mitochondrial
Intron 1 GTTTCTATTG ... TTGGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 12 | 5 | 1 |
| A2 | 30.58 | 17.1 | 11 | 4 |
| A3 | 55.83 | 7.5 | 13 | 6 |
| A4 | 40.58 | 9.5 | 10 | 3 |
| A5 | 16.66 | 7.5 | 2 | 1 |
| A6 | 38.54 | 97.9 | 76 | 46.5 |
| A7 | 34.8 | 130.3 | 101 | 38 |
| A8 | 33.55 | 136.1 | 85 | 52 |
| A9 | 38.19 | 111.9 | 87 | 51 |
| A10 | 32.52 | 87.2 | 61 | 23 |
>TRINITY_DN106348_c0_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACGAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTG
ATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATT
GATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACC
GACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCGTTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGAC
ATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTT
CCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGA
CACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGAGGTCAGA
TGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATG
TTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTGT
>TRINITY_DN106348_c0_g2_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACGAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTG
ATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATT
GATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACC
GACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCGTTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGAC
ATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTT
CCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGA
CACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGgtttctattggctcttctgtatttttatgtcaaatatcataaatttcttgaagatggcatgtaaaaagacaaatggcatgctgaattttaatcagactttaaaacccaagaggtttatgtgtacagtttttaatataatacttgtgtc
aacaattttggctgcagAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGT
ATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAA
TGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTGT
Intron 2 GTACACGTCT ... CCTTCACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.57 | 5 | 0 | 2 |
| A2 | 47.06 | 9 | 4 | 8 |
| A3 | 10 | 9 | 2 | 1 |
| A4 | 18.18 | 9 | 0 | 2 |
| A5 | 12.5 | 7 | 2 | 1 |
| A6 | 39.13 | 14 | 1 | 9 |
| A7 | 28.81 | 42 | 1 | 17 |
| A8 | 16.67 | 10 | 0 | 2 |
| A9 | 32.61 | 31 | 0 | 15 |
| A10 | 36.51 | 40 | 2 | 23 |
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoformGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATT
AGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATA
TGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCA
ATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGT
TGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCAT
CTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAA
GAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTT
TAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGA
AACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTG
TTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGgtacacgtctataccatattatatcttccttcaccagCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTT
CAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTC
ACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTT
TGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATA
CATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAG
TTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGG
ATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGA
TTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTAC
TTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAA
AATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
Intron 3 GTAATCTTGG ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.93 | 20 | 4 | 10 |
| A2 | 26.67 | 11 | 2 | 6 |
| A3 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A4 | 57.14 | 3 | 7 | 1 |
| A5 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 28.87 | 37.6 | 19.5 | 11 |
| A7 | 32.39 | 48 | 26 | 20 |
| A8 | 35 | 52 | 32 | 24 |
| A9 | 33.15 | 46.4 | 25 | 21 |
| A10 | 33.33 | 28 | 19 | 9 |
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformTTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCT
GTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGG
TGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTG
CAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAAGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTT
GACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATT
GCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTG
GCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCT
GCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTT
CCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATG
CAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTGGCTAGAGGTAAATTGTTAGCAATTTGGTGGACGCTAAAAAATGTTTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTT
GTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCT
GAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGGTTTCTATTGGCTCTTCTGTATTTTTATGTCAAATATC
ATAAATTTCTTGAAGATGGCATGTAAAAAGACAAATGGCATGCTGAATTTTAATCAGACTTTAAAACCCAAGAGGTTTATGTGTACAGTTTTTAATATAATACTTGTGTCAACAATTTTGGCTGCAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTA
ACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGgtaatcttggcttagtaatccttatatctttatataaatttataaatgatcttattcttttgacatttgaagtgcattccattggttgtttaatttgataatcggaggctctaatgccgagatccatattttg
cagAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAA
ACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGT
TTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTGGCTAGAGGTAAATTGTTAGCAATTTGGTGGACGCTAAAAAATGTTTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC
Intron 4 GTAAATTGTG ... TCCTTCAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.86 | 2 | 6 | 26 |
| A2 | 70.27 | 11 | 4 | 26 |
| A3 | 77.78 | 4 | 6 | 14 |
| A4 | 64.29 | 5 | 9 | 9 |
| A5 | 75 | 3 | 2 | 9 |
| A6 | 69.37 | 34 | 12 | 77 |
| A7 | 70.34 | 35 | 21 | 83 |
| A8 | 70 | 39 | 20 | 91 |
| A9 | 74.75 | 25 | 20 | 74 |
| A10 | 67.11 | 25 | 21 | 51 |
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformTTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAG
AGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATT
CTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCT
GTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTGGCTAGAGGTAAATTGTTAGC
AATTTGGTGGACGCTAAAAAATGTTTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:TTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTgtaaattgtgttgtgatgcgtgggctgaatgatgatgagatttgtgactttgtagaaatgacgagggaaaagccaattaatgtgcgattcattgagttcatgccttttgacggaaatgtgtggaatgtcaagaagcttgttccttatgctgagatgcttgacacagtt
gtgaagcactacaaagatctccaacggcttcatgatcattcatctgacacagcaaagaactttaagatagatggatttcagggaactgtctctttcattacatcaatgacagagcatttttgtggtggatgcaacagattgcgccttttggcagatggaaacttcaaagtttgtctttttggtccttcagagGTAAGTCT
GAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGGTTTCTATTGGCTCTTCTGTATTTTTATGTCAAATATC
ATAAATTTCTTGAAGATGGCATGTAAAAAGACAAATGGCATGCTGAATTTTAATCAGACTTTAAAACCCAAGAGGTTTATGTGTACAGTTTTTAATATAATACTTGTGTCAACAATTTTGGCTGCAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTA
ACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGGTAATCTTGGCTTAGTAATCCTTATATCTTTATATAAATTTATAAATGATCTTATTCTTTTGACATTTGAAGTGCATTCCATTGGTTGTTTAATTTGATAATCGGAGGCTCTAATGCCGAGATCCATATTTTG
CAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAA
ACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGT
TTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTGGCTAGAGGTAAATTGTTAGCAATTTGGTGGACGCTAAAAAATGTTTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC
Intron 5 GTGAAGCACT ... GATGCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.78 | 20 | 31 | 19.7 |
| A2 | 58.14 | 18 | 25 | 11.3 |
| A3 | 63.79 | 21 | 37 | 9.7 |
| A4 | 78.26 | 10 | 36 | 10.3 |
| A5 | 88.89 | 1 | 8 | 3.4 |
| A6 | 65.75 | 50 | 96 | 33.3 |
| A7 | 73.12 | 68 | 185 | 56.4 |
| A8 | 71.77 | 59 | 150 | 55.6 |
| A9 | 76.72 | 44 | 145 | 56.4 |
| A10 | 76.5 | 43 | 140 | 53.7 |
>TRINITY_DN106348_c0_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACGAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTG
ATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATT
GATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACC
GACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCGTTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGAC
ATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTT
CCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGA
CACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAGTTAAGCTTTTTCATGAGGTCAGA
TGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATG
TTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTGT
>TRINITY_DN106348_c0_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACGAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTG
ATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATT
GATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACC
GACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCGTTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGAC
ATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTT
CCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTgtgaagcactacaaagatctccaacggcttcatgatcattcatctgacacagcaaagaactttaagatagatggatttcagggaactgtctctttcattacatcaatgacagagcatttttgtggtggatgcaacagATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTG
TCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTATCCTATCTATTACTTCGAGTTTCAAATTATTTC
Intron 6 GTGTGGAGCT ... GTGGCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.5 | 9 | 12 | 18 |
| A2 | 48.48 | 17 | 16 | 16 |
| A3 | 83.67 | 4 | 22 | 19 |
| A4 | 82.86 | 3 | 16 | 13 |
| A5 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A6 | 76.74 | 5 | 15 | 18 |
| A7 | 61.48 | 26 | 38 | 45 |
| A8 | 69.23 | 6 | 15 | 12 |
| A9 | 70.45 | 13 | 28 | 34 |
| A10 | 67.16 | 11 | 19 | 26 |
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i8 from sample A10 / Example spliced isoformGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATT
AGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATA
TGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCA
ATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGT
TGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCAT
CTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAA
GAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTT
TAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGA
AACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTG
TTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i10 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGGTACACGTCTATACCATATTATATCTTCCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTT
CAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTC
ACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGgtgtggagcttactccgaaaccagagcttttgtctcaaaatgaaattattcgcttggcaaacctttt
tgtggcttcagGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATA
CATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAG
TTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGG
ATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGA
TTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTAC
TTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAA
AATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
Intron 7 GTTAAGCTTT ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.43 | 16 | 4 | 10 |
| A2 | 28.57 | 10 | 2 | 6 |
| A3 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A4 | 52.94 | 4 | 8 | 1 |
| A5 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 30.77 | 45 | 29 | 11 |
| A7 | 35.1 | 49 | 33 | 20 |
| A8 | 37.23 | 59 | 46 | 24 |
| A9 | 33.33 | 49 | 28 | 21 |
| A10 | 34.09 | 29 | 21 | 9 |
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i2 from sample A10 / Example spliced isoformGTTTCTATTGGCTCTTCTGTATTTTTATGTCAAATATCATAAATTTCTTGAAGATGGCAAGTAAAAAGACAAATGGCATGCTGAATTTTAATCAGACTTTAAAACCCAAGAGGTTTATGTGTACAGTTTTTAATATAATACTTGTGTCAACAATTTTGGCTGCAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAA
TTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATA
TTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGG
CTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
>TRINITY_DN44201_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:GAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTATGATTCACAATATGGCATGTGAATT
AGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCTGTGGAAAATGCAACTGTATCAGATA
TGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGGTGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGC
GGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTGCAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACG
CAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAGGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTTGACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGA
AGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATTGCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTC
AAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTGGCTGAGTGATGAAATATAAGAGGTT
TCTATTGGCTCTTCTGTATTTTTATGTCAAATATCATAAATTTCTTGAAGATGGCAAGTAAAAAGACAAATGGCATGCTGAATTTTAATCAGACTTTAAAACCCAAGAGGTTTATGTGTACAGTTTTTAATATAATACTTGTGTCAACAATTTTGGCTGCAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTT
TGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGGTATTGGTTTGTCTCATCCATGGTAGTGCACACTGCACAgttaagctttttcatggtaatcttggcttagtaatccttatatctttatataaatttataaatgatcttattcttttgacatttgaagtgcattccattggttgtttaatttga
taatcggaggctctaatgccgagatccatattttgcagAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCT
TCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCA
TGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGG
Intron 8 GTATTGGTTT ... TATTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.47 | 16 | 6.1 | 10 |
| A2 | 35.71 | 9 | 4 | 6 |
| A3 | 42.86 | 2 | 1 | 2 |
| A4 | 25.3 | 9 | 5.1 | 1 |
| A5 | 23.63 | 5 | 1.1 | 2 |
| A6 | 45.05 | 28 | 35 | 11 |
| A7 | 39.54 | 45 | 38.9 | 20 |
| A8 | 40.68 | 64 | 63.9 | 24 |
| A9 | 43.83 | 37 | 36.8 | 21 |
| A10 | 34.98 | 34 | 27.6 | 9 |
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformTTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCT
GTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGG
TGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTG
CAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAAGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTT
GACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATT
GCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTG
GCTGAGTGATGAAATATAAGAGAAACAAGATCATCTTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTA
AGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAGCAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATC
AAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTTTGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTG
GCTAGAGGTAAATTGTTAGCAATTTGGTGGACGCTAAAAAATGTTTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC
>TRINITY_DN39020_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:TTGGAAGTTAGAAAATTACATATCCGAAAGATTCGCATGGGAGATGCGTAAGACTGGAGATTAGAACCCTTGACCACTAAACCGACATTGCAAGGCTAATTCTCCTGTATTTTGGTTGCTTCACCAGCTTGTAAACATGAGGGGAGGGATATTGAGATCATTAAGACAGGGTGCTCAATCTCGGAGTTCAACACTAGCTA
TGATTCACAATATGGCATGTGAATTAGTACTTGATGACAAGATGCAGTCATTATATTCCTATCAAGTACCTACAAATTATATGAAGTATTTCTCTTCATCTCCATCTCTGGAAAGAGCAAGGCCGGTATCCCATGCTATTTCTAAGCTAGGCTTGCGGTCTTTGGCAACTTCTGCTGCAAAGTCTGTCACAGAATCATCT
GTGGAAAATGCAACTGTATCAGATATGCTTATTGATTCATTTGGAAGGATGCATACCTACCTGAGAATTTCCCTGACAGAGCGATGCAATCTAAGGTGTCAATATTGCATGCCTAATGAAGGTGTGGAGCTTACTCCGAAACCAGAGCTTTTGTCTCAAAATGAAATTATTCGCTTGGCAAACCTTTTTGTGGCTTCAGG
TGTGGACAAGATCAGGTTGACTGGCGGGGAACCGACTATTCGGCAAGACATTGAAGATATATGTATTCACTTGACTGGAATAAAAGGGCTGAAAACTCTGGCAATGACTACAAATGGTCTTACCCTCGCAAAGAAGCTTCCAAATTTCAAAGCAGCTGGATTGAATTCATTAAATATTAGCTTAGATACATTGGTTCCTG
CAAAATTTGAGTTCTTGACTAGACGCAAAGGACATGCAAAAGTTCTGGAAACAATAGAAAATGCTATTAATCTTGGTTACAATCCTGTGAAAGTAAATTGTGTTGTGATGCGTGGGCTGAATGATGATGAGATTTGTGACTTTGTAGAAATGACGAGGGAAAAGCCAATTAATGTGCGATTCATTGAGTTCATGCCTTTT
GACGGAAATGTGTGGAATGTCAAGAAGCTTGTTCCTTATGCTGAGATGCTTGACACAGTTGTGAAGCACTACAAAGATCTCCAACGGCTTCATGATCATTCATCTGACACAGCAAAGAACTTTAAGATAGATGGATTTCAGGGAACTGTCTCTTTCATTACATCAATGACAGAGCATTTTTGTGGTGGATGCAACAGATT
GCGCCTTTTGGCAGATGGAAACTTCAAAGTTTGTCTTTTTGGTCCTTCAGAGGTAAGTCTGAGGGATGCAATACGTAAAGGTGTGGATGATCAAGGATTGCAAGAAATAATAGGGGCAGCGGTCAAAAGGAAAAAAGCTGCTCATGCAGGCATGTTTGATTTAGCAAAGACACCAAACAGACCGATGATTCAGATTGGTG
GCTGAGTGATGAAATATAAGAGGTTTCTATTGGCTCTTCTGTATTTTTATGTCAAATATCATAAATTTCTTGAAGATGGCATGTAAAAAGACAAATGGCATGCTGAATTTTAATCAGACTTTAAAACCCAAGAGGTTTATGTGTACAGTTTTTAATATAATACTTGTGTCAACAATTTTGGCTGCAGAAACAAGATCATC
TTAATTGTTTGCTCAGGGTCAATTTTGAATACAGATTAGTCAAGACGCATACATATTTTAACTTGGTTTAAGgtattggtttgtctcatccatggtagtgcacactgcacagttaagctttttcatggtaatcttggcttagtaatccttatatctttatataaatttataaatgatcttattcttttgacatttgaagt
gcattccattggttgtttaatttgataatcggaggctctaatgccgagatccatattttgcagAGGTCAGATGCCTATATGGTAATAATCAATTTAGAGCTGCAGTATCGACAAAGATATCTAGAATCACATTTGTGCAGCTACTTTGTTCTCTTAAGTGGCATATCCCGAATATTCTGCTCTAGATGGACTCAAGAAAG
CAAGTTAAGCTTCTCTTCCTTTTCTTCTGCAGTATTTGAAGAATATTACCATATCATGAAACATGAGCATGTTTTATATTAAGTTTTCACACTAGGTATTTCCAAATGCTTTGGTAATCTCATAGCCAGTCAAATGTATCTAAAAATGCCCAGATCAAGTTCAGGAAATTATGGCTGTAACAAGAAACATAAGAATGTTT
TGTTTATTCAAAATATATAACAGCATGCATAGGCCACTGGATTACTTTGCATCATGTTGTTTGTTTCTCCTTTAGTAATCTAAGTGTTCAGTTATAATATGCAATTCTTGGCGAGAAGAAACTGCTGTTTTGCTGTGTAATGGTTCTCTGTTCTTGGCTAGAGGTAAATTGTTAGCAATTTGGTGGACGCTAAAAAATGT
TTACAGTTTGAAGTATTGTTTGGACTTTGCATATTCGCTGC