sp|Q9LX30|GCN2_ARATH ----> eIF-2-alpha kinase GCN2

Intron 1 GTGTGTAGAC ... CTTTTATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.14	111	9	47
A2	20.79	80	19	23
A3	15.45	93	19	15
A4	21.43	66	13	23
A5	21.21	39	8	13
A6	22.46	126	31	42
A7	22.39	227	71	60
A8	21.72	227	57	69
A9	19.3	161	34	43
A10	17.53	127	24	30

>TRINITY_DN45161_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TGGTTATCCATACAAGGCTCCAAAATTACAAATTATACCAGATGGGGGGCTGTCAGAAGAGGATCTTCACCATTTGCACTCAATGCTTTTGGATCAAGCAAACTCAAAGGCTCGAGAAGGGCGTGTAATGGTGTACAATCTTGTTGAGGCGACTCAAGAATTTCTGTCCGAGATTATTCCCAACAATCAAACTCATAATC
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AACTGGGAAGTTAGAGGTGCTCAAAGAAGAAAGTGAAGGTGATATCATGGATCTCCCTGCTAAAGCTTTTAGTACAACATCTGTGTCAGATTTTTTACAAAAAATTCGCGGTGGCTTGATTCGTGTGGGCCGAGCAGTGAGGCATTCTGTTCTCATGGAGCGACAATCAAGTTTTGGTGATAATGATTTGGTGGAGGATG
AACTGTTAGACAATTCCTCTTCAAGTTTAACCACACATGATAGAGCAACCCACTTTATTCAAAAGGATTTGCTTATGGTTCATCTACTCCGCCTTGTTTGCTCCTCAAAGGGACCACTGCCAGAGGCCTTACGTGAACTAACATCACAGCTACAGGCTATGGGGATTTTGCCTCAATGGGCTATAGAATTGGCAACTCAG
CAGCCCCAGCTCTTTGATAGAACTTTCCGCCGCATGTTCCGTCATTATAATATGGGTGATATATCAAATCTTTCAATATCTGAGTTTTGGAAGGCAAGTCCCAAGTTGCTTGGTGAAGGACATGCTTCTTCGGTTGTAAATTCACGTTACTTGAATGACTTTGAGGAGATCTGTCTACTGGGTACGGGTGGCTTTGGTCA
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ATGGGTCAGAAAATTTAGACAGCTCAGAAGATTGTACCAGTGAAACTAGCTCATCAAATAATGCTTTTGGGTCTCAGGATGGAGTGCAAGCAACATACTTATACATCCAAATGGAGTATTGTCCTAGGACCTTGCGCCAGGTTTTTGATTCACACAATAGTCCTATAGATAAGGAGCTTACTTGGCACATGTTTCGCCAA
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AGTGGGGACTTATTTCTACACAGCTCCTGAAATTGAGCAGGGCTGGCCGCACATTGATGAGAAGGTGGACATGTATAGTTTAGGTGTTGTGCTATTTGAGCTTTGGCACACATTTTCTACAGCTATGGAAAGAATTGTTATTCTTTCAGAGCTGAAAAACAAGGCTGTACTCCCTCTTCCTTGGGTCACAGATCATCCTG
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ATGAAAATTCAACATCATCAAAGTGGACAAGGGAAATTAAAGACAGATGGGCTTGATTGTGTATATGCTACAGAACCAGAATATCAAGATTACATAGTTGAACTGGCCAAGGAAGTCTTCTCAAGACATGGAGCACATAAATTTGAAAGCAGGTGCTTGCGGGTAGTTGACAACCCCAGATTGCACAATAGTCATGCTGT
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AAGTCAAAGTGGGCTCTCATACGACGTCAACTTTTGCAGGGTCTTCATTTGCCAGAATCTACTGTTGATAGGCTGCAAACAGTAGAGCGAAGATTTAGTGGCACTGCAGATGAAGTGCTTGCTAGGTTGAGAGGCGCTCTTCCACCAGATAGGTTTACACTGGCTGCTCTTGAGGAATTATCAACACTTTTGAGCTATCT
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ATAGCCAGGTTCCCTGTATGGCAGTATGTCCACTTGCATTATACCGGATACCCTACCTGAAATATAGGTAATGGACAAAAGCAGAGATATTTTCTATATCAAGATAGTCGTGAGGCTTGAAATCTTTCATAGTTTAGGCACATCTTGTAATACCCTATCTGATTCCAGTTTTAGTTGTAGTATATTTGTTGATTTTTGGG
GGATACTTAAGTCATCGTTGAAATGCTTGTATCATAAGAACCTTGGACAAAAGGAATAGTGTATATCAGAGCTGAAATGACTACAGGTTCAAATAGCCGGGTTCCCTGTATGGACGTATGTCCACTTGCATTATACCATCTTCCATTTTATTTTACTTTCTGTTGAGTGAC

>TRINITY_DN45161_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGGTTATCCATACAAGGCTCCAAAATTACAAATTATACCAGATGGGGGGCTGTCAGAAGAGGATCTTCACCATTTGCACTCAATGCTTTTGGATCAAGCAAACTCAAAGGCTCGAGAAGGGCGTGTAATGGTGTACAATCTTGTTGAGGCGACTCAAGAATTTCTGTCCGAGATTATTCCCAACAATCAAACTCATAATC
AGAGTTCAAAGGCTTCATGTTCTCTTGAAGCAACAAATGATGGATGGATGTCTGAATCTGCAAAGATTTCTGGGGAGGATTCATTTTTCACTGGAGGATCTGAAGTGTATGGTGTTATTGATCTCTTCAGTGATTTATGGGTGGAAGGAGGTACATCTTGGGAAACAGGCATGGAAACAGGAGGTGCTTTACATGTGGGT
AGTAGCAAGGGTGCAGTATTATCCCAAGGGATGGCTAACAGAATCGAAAGGGTCACAAGAAAGAATAGTCTTGTCTCCGATTTTCCTGATCCCCTGAAAAATGCAACTGTTAAAGACACAGTGCCTGAAAAACCATTCCTGCAGAAAAGAACTCAGCCTTTGTTGCAGGGTAAAAATCTTACTAGTATGATGACAGATGA
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AACTGTTAGACAATTCCTCTTCAAGTTTAACCACACATGATAGAGCAACCCACTTTATTCAAAAGGATTTGCTTATGGTTCATCTACTCCGCCTTGTTTGCTCCTCAAAGGGACCACTGCCAGAGGCCTTACGTGAACTAACATCACAGCTACAGGCTATGGGGATTTTGCCTCAATGGGCTATAGAATTGGCAACTCAG
CAGCCCCAGCTCTTTGATAGAACTTTCCGCCGCATGTTCCGTCATTATAATATGGGTGATATATCAAATCTTTCAATATCTGAGTTTTGGAAGGCAAGTCCCAAGTTGCTTGGTGAAGGACATGCTTCTTCGGTTGTAAATTCACGTTACTTGAATGACTTTGAGGAGATCTGTCTACTGGGTACGGGTGGCTTTGGTCA
CGTCGTATTATGTAAAAATAAATTGGATGGTCGTCACTATGCAATGAAAAAGATTCGTCTTAAGGACAGAAGTCTATCAGTCAACAACAAAATTTTGAGGGAGGTTGCTACACTTTCACGGTTGCAACATCAACATGTGGTTCGCTATTACCAGGCTTGGTTTGAAACTGGATTTGGTAGTCCTGCTGGTGTGCATGCCG
ATGGGTCAGAAAATTTAGACAGCTCAGAAGATTGTACCAGTGAAACTAGCTCATCAAATAATGCTTTTGGGTCTCAGGATGGAGTGCAAGCAACATACTTATACATCCAAATGGAGTATTGTCCTAGGACCTTGCGCCAGGTTTTTGATTCACACAATAGTCCTATAGATAAGGAGCTTACTTGGCACATGTTTCGCCAA
ATTGTGGAGGGATTAGCACACATTCATGGGCAAGGCATCATCCATCGAGACTTGACACCTAATAACATTTTTTTCGATGCTCGCAATGACATTAAGATAGGCGACTTTGGACTTGCAAAATTTTCAAATCTGGAGCAGTTGGATGGTGATTCATTTGTTACCTATGAGATGAATGGAGGTTCAATTGATGGAACTGGTCA
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AAGTCAAAGTGGGCTCTCATACGACGTCAACTTTTGCAGGGTCTTCATTTGCCAGAATCTACTGTTGATAGGCTGCAAACAGTAGAGCGAAGATTTAGTGGCACTGCAGATGAAGTGCTTGCTAGGTTGAGAGGCGCTCTTCCACCAGATAGGTTTACACTGGCTGCTCTTGAGGAATTATCAACACTTTTGAGCTATCT
TCGAGTGTGGGAAATTGAGACTCGTGTATTTATTGATGCTCTGATGTCTCCCACGGAGGAGTATCATAAAGGAATTTTTTTCCAGATCTACTTGCCAAAAGAGAGCAATCATGGATCTCTTTCTGATGGTGTTTTATTGGCTATTGGTGGTCGGTATGATCACTTGCTTCGCCAGCTATGGGCTAGTCATCTGATTTCAA
GCTCTCCTGGTGCTGTTGGTCTGAGTGTTGCCCTCGAGAAGATTATGCATCTAACATCAGCAGAGAGCTGTAGGAGAGAAACTGGCACCAGTGTTCTTGTTTGCTCAAGAGGCGGCGGTGGCCTACTTAAGGAACGGATGGAAGTAGTTGCAGATTTGTGGGCTGCAAATATTAAAgtgtgtagacagttcatgtcattc
gtatttcatttcttgagtatgcattttattgcatgacaaaaacattgaaacctgttccattttcttttataagGCTGAATTCGTTTGCACACCAGCACCTAGTCTTACAGAGCAATACGAGTATGCTCATGAGCATGGGATCAAATGGCTTGCCATAATAACTGAAGCCGGTCTATCTCATACGGGTTCTGTCAAGGTAC
GCCACACTGAGTTGAAAAAGGAAACTGAAGTTCCAAAAGAAGAGTTGGTCAAATTTTTCACTGAAGCAACTTCAACGCTTTTTAGAAAGAGGTCTTCCCTGTCAAGAATCTGGAGCTAATGATTTTTCCAAGAAGGTGCTCTAGTTGATCCAGTTTCCACATTGGCAGACTTGTTCATATTCCAATTAGAAGCCCTGAAG
CACAACACAGGTTCAAGGTAACCAGTGGAGAATATGTAATTCGACCATTCCTGCAAACAGATATGCAAAATACATTGTCTATAGAGGTAATATACAAAAGCAGAGATATTTTATATATCAAGATAGTCACGAGGCTTGAAATCTTTCGTCTAAGTTTAGGCACATCTTGTAATACCCTACCTGATTTCAGTTTTAGTTGT
AGTATATTTGTTGATTTTTGGGGGATACTTAAGTCATCGTTGAAATGCTTGTATCATAAGAACCCTGGATCTCAGAGCTGCAATGCTACATGTTCAAATAGCCAGGTTCCCTGTATGGCAGTATGTCCACTTGCATTATACCGGATACCCTACCTGAAATATAGGTAATGGACAAAAGCAGAGATATTTTCTATATCAAG
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CCCTGTATGGACGTATGTCCACTTGCATTATACCATCTTCCATTTTATTTTACTTTCTGTTGAGTGAC