NA ----> NA
Intron 1 GTAAACTACT ... ACGAGGGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.69 | 6.6 | 4 | 8 |
| A2 | 49.11 | 17.1 | 15 | 18 |
| A3 | 41.26 | 3.6 | 5 | 0 |
| A4 | 30 | 7 | 2 | 4 |
| A5 | 51.44 | 4.6 | 6.1 | 3.6 |
| A6 | 39.15 | 59 | 46 | 29.9 |
| A7 | 36.53 | 47.1 | 18 | 36.2 |
| A8 | 61.74 | 27.9 | 34 | 56 |
| A9 | 42.55 | 42.2 | 27.4 | 35.1 |
| A10 | 49.23 | 36.1 | 30 | 40 |
>TRINITY_DN42880_c1_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoformTGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTTCATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTG
TTACGATTACAGTTTTCTACAAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAGGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGTCTGCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGACATTTTTGGAA
TCCAATGTTTCCTTCTCGCTTGGAATTTTAGCTGTTATGTTCACCAAAAACTTGCCACAGCAATGGATTTTTACTCATTTTTTGACTGGAACGGTCGCTGTAAACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTCCTTTAGTAGTGACTCGTGAAAATCAC
AATGAATTGCTGAATATCAAATTGAGCAATGGCCCGTGGGATGTTGCTTATCTAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCATTGCCTATTATTAATCAACACCCATTGATTTTCTTTTTAAAAGGGAG
>TRINITY_DN42880_c1_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTTCATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGGTTTATATCTCTTAGTTTCTTCGGATTTGTGTTTAA
AATTACCTGCCTGGTTTATGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTACGATTACAGTTTTCTACAAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAGGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGACTCCTA
CTTCTGGCTCTTTTCACCAGgtaaactacttatcatttgttttaaattttacttttgcatttataaattaaatggttatattacttagggttttaactcttatatgtgtggttttaccctgacttggacgagggaagAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGACATTTTTGGAATCCAATGTTTCCTTCTCGCTTGGAATTTT
AGCTGTTATGTTCACCAAAAACTTGCCACAGCAATGGATTTTTACTCATTTTTTGACTGGAACGGTCGCTGTAAACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTGCTTTAGTAGTGACTGGTGAAAATCACAATAAATTGCTGAATATCAAATTGAGTAA
TGGCCCGTGGGATGTTGCTTATCTAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCATTGCCTATTATTAATCAACACCCATTGATTTTCTTTTTAAAAGGGAG
Intron 2 GTTTATATCT ... TTCTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.1 | 39 | 18 | 11 |
| A2 | 28.74 | 31 | 12 | 13 |
| A3 | 16.13 | 26 | 2 | 8 |
| A4 | 26.67 | 22 | 7 | 9 |
| A5 | 21.95 | 16 | 5 | 4 |
| A6 | 21.7 | 83 | 23 | 23 |
| A7 | 26.82 | 54 | 20.6 | 19 |
| A8 | 25 | 75 | 25 | 25 |
| A9 | 23.74 | 53 | 20 | 13 |
| A10 | 21.05 | 60 | 13 | 19 |
>TRINITY_DN44880_c1_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformCAGGCTTCATGAGTTCAGCAAAGCTACTCCCCTATTTAAATCCGGACGAAGCTTTCCCACGGTTTAATCCAAGGATTAGCATCTGTAGCGTGATGGGATGAGCCATAATATAAGCTCAAACTCCACGGAAATTGAATCGGGTAATGTAAGGGCTTGTAGAACCAATTAAATTCCACGACGCGTCAATCATTAACGCGGTT
TCTATCCGGTTACAGGTTTAAACGCAGTTTTTATCAGGCAACTCCGCACAGGTTAACATAGGTATCGATCATTTCCCCGTGTGGGCTTAGCGTCCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGGACAATTCTTGCAGTCCCTTAACTCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCGCCC
GAAACCAGATAACTGGCTATGCCCGGATATATGCTCCGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAACCAGACGATTAAGCGCCTGAGAAAACAGAGTATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTT
CATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTACGATTACAGTTTTCTACAAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGAT
TTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGTCTGCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGGTAAACTACTTATCAGTGGTTTTAAATTTTACTTTTGCATTTATGAATTAAATGGTTATATTACTTAGGGTTTTAACTCTTATATGTGTGGTTTTACCCTGACTTGGACGAGGGAAGAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGAC
ATTTTTGGAATCCAATGTTTCCTTCTCGCTTGGAATTTTAGCTGTTATGTTCACCAAAAACTTGCCACAGCAATGGATTTTTATTCATTTTTTTACTGGAACGGTCGCTGTAAACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTCCTTTAGTAGTGACTCG
TGAAAATCACAATGAATTGCTGAATATCAAATTGAGCAATGGCCCGTGGGATGTTGCTTATCTAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCATTGCCTG
>TRINITY_DN44880_c1_g1_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAGGCTTCATGAGTTCAGCAAAGCTACTCCCCTATTTAAATCCGGACGAAGCTTTCCCACGGTTTAATCCAAGGATTAGCATCTGTAGCGTGATGGGATGAGCCATAATATAAGCTCAAACTCCACGGAAATTGAATCGGGTAATGTAAGGGCTTGTAGAACCAATTAAATTCCACGACGCGTCAATCATTAACGCGGTT
TCTATCCGGTTACAGGTTTAAACGCAGTTTTTATCAGGCAACTCCGCACAGGTTAACATAGGTATCGATCATTTCCCCGTGTGGGCTTAGCGTCCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGGACAATTCTTGCAGTCCCTTAACTCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCGCCC
GAAACCAGATAACTGGCTATGCCCGGATATATGCTCCGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAACCAGACGATTAAGCGCCTGAGAAAACAGAGTATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTT
CATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGgtttatatctcttagtttcttcaaatttgtgtttaaaattacctgcctggtttatgtaagccaaaattcagtcacagttagatcttgattgcaattctagaggaaaagaaagataacctgatccaactccgaacttagagcag
taaattaatttctcattgagggagtctgagaataattttctttatagtgattttagggtcttcgattcatattatttttttcattttgagaataaaaaataatgtttcctatttttaaatccggtccgggggttttctttccagGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTACGATTACAGTTTTCTAC
AAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGTCTGCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGGTAAACTACTTATCAGTGGTTTTAAATTTTACTTTTGCATTTATGAATTAAATG
GTTATATTACTTAGGGTTTTAACTCTTATATGTGTGGTTTTACCCTGACTTGGACGAGGGAAGAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGACATTTTTGGAATCCAATGTTTCCTTCTCGCTTGGAATTTTAGCTGTTATGTTCACCAAAAACTTGCCACAGCAATGGATTTTTATTCATTTTTTTACTGGAACGGTCGCTGTAA
ACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTCCTTTAGTAGTGACTCGTGAAAATCACAATGAATTGCTGAATATCAAATTGAGCAATGGCCCGTGGGATGTTGCTTATCTAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCAT
TGCCTG
Intron 3 GTATTTTCAG ... GTGTCCACAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 9 | 0 |
| A2 | -1 | 0 | 0 | 2 |
| A3 | 85.71 | 1 | 6 | 2 |
| A4 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A5 | 100 | 0 | 4 | 0 |
| A6 | 50 | 6 | 6 | 0 |
| A7 | 38.46 | 8 | 5 | 5 |
| A8 | 50 | 9 | 9 | 1 |
| A9 | 36.36 | 7 | 4 | 0 |
| A10 | 50 | 4 | 4 | 1 |
>TRINITY_DN47135_c0_g2_i9 from sample A10 / Example spliced isoformGTATCGATCATTTCCCCATGTGGGCTTAGGGTTCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGACCAATGCTTGCAGTCCCTTAAATCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCACTCGAAACCAGATAACCAGCTATGCCCGGATAGATGCTCTGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAA
CCAGACGATTAAGCGCCTGATAAAACAGAGGATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGCAGTGCTTCTAACACCAACTGCTCGGATCGCCATGGAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTTCATGTGTTCAGTTTCACCTTGTTTCCAAGAGTCTGATGGTCGTGGCAGGTCGAGACAATGT
TTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTAGGATTACAGTTCTCTACAAGAGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGACTCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGTTATTCAGAGTTG
AAACACCAAGATGGGAGAACGTAGGATCTCCCAACCTGGATGCAGCAATGGCAGCTGCAAATGAAATTGCGGCACCCCACACGGAGGTGTTCCCTGGCTATGGTAATCAACCACCCCCGCCCGGGATTGGTGCCACCAACAGCCGCGGCTCCCCATTTTAGTCCTATGTATCCACCCTCTCCCATGAGTCCCCCCCCTCA
CTTCCATCTAGACCCCTCCCTACGTCCACCCTCTCCCTTCCATCCAACCCTCCGTCTCCTACTATACTCCCCCCTCCATCCATCCTCCCCCACTCTCCCCCCCCTTCGTCCATACATCCTCCCCG
>TRINITY_DN47135_c0_g2_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:GTATCGATCATTTCCCCATGTGGGCTTAGGGTTCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGACCAATGCTTGCAGTCCCTTAAATCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCACTCGAAACCAGATAACCAGCTATGCCCGGATAGATGCTCTGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAA
CCAGACGATTAAGCGCCTGATAAAACAGAGGATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGCAGTGCTTCTAACACCAACTGCTCGGATCGCCATGGAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTTCATGTGTTCAGTTTCACCTTGTTTCCAAGAGTCTGATGGTCGTGGCAGGTCGAGACAATGT
TTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTAGGATTACAGTTCTCTACAAGAGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGACTCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGTTATTCAGAGTTG
AAACACCAAGATGGGAGAACGTAGGATCTCCCAACCTGGATGCAGCAATGGTAGCTACAACTGAAATTGCGGCACCCCACACGGAGgtattttcagtacctgacacaatattgttattacttatgtcatttatattactcaagtatttatatttatggcatacacattgatagttcgtacaatgtttttgaatatcttga
ttgcttaaataatgacttgtttaacatgtccataacatgcacacattttggtgtccacagGTGTTCCCTGGCTATGGTAATCAACCACCCCCGCCCGGGATTGGTGCCACCAACAGCCGCGGCTCCCCATTTTAGTCCTATGTATCCACCCTCTCCCATGAGTCCCCCCCCTCACTTCCATCTAGACCCCTCCCTACGTC
CACCCTCTCCCTTCCATCCAACCCTCCGTCTCCTACTATACTCCCCCCTCCATCCATCCTCCCCCACTCTCCCCCCCCTTCGTCCATACATCCTCCCCG
Intron 4 GTAAGCCAAA ... TTCTTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.82 | 7 | 9 | 11 |
| A2 | 40.91 | 13 | 5 | 13 |
| A3 | 39.13 | 7 | 1 | 8 |
| A4 | 43.59 | 11 | 8 | 9 |
| A5 | 38.46 | 4 | 1 | 4 |
| A6 | 30 | 28 | 1 | 23 |
| A7 | 41.43 | 24 | 15 | 19 |
| A8 | 44.58 | 23 | 12 | 25 |
| A9 | 43.33 | 17 | 13 | 13 |
| A10 | 40 | 18 | 5 | 19 |
>TRINITY_DN44880_c1_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoformCAGGCTTCATGAGTTCAGCAAAGCTACTCCCCTATTTAAATCCGGACGAAGCTTTCCCACGGTTTAATCCAAGGATTAGCATCTGTAGCGTGATGGGATGAGCCATAATATAAGCTCAAACTCCACGGAAATTGAATCGGGTAATGTAAGGGCTTGTAGAACCAATTAAATTCCACGACGCGTCAATCATTAACGCGGTT
TCTATCCGGTTACAGGTTTAAACGCAGTTTTTATCAGGCAACTCCGCACAGGTTAACATAGGTATCGATCATTTCCCCGTGTGGGCTTAGCGTCCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGGACAATTCTTGCAGTCCCTTAACTCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCGCCC
GAAACCAGATAACTGGCTATGCCCGGATATATGCTCCGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAACCAGACGATTAAGCGCCTGAGAAAACAGAGTATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTT
CATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGGTTTATATCTCTTAGTTTCTTCAAATTTGTGTTTAAAATTACCTGCCTGGTTTATGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTACGATTACAGTTTTCTACAAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGAC
TGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGTCTGCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGACATTTTTGGAATCCAATGTTTCCTTCTCGCTTGGAATTTTAGCTGTTATGTTCACCAAAAACT
TGCCACAGCAATGGATTTTTATTCATTTTTTTACTGGAACGGTCGCTGTAAACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTCCTTTAGTAGTGACTCGTGAAAATCACAATGAATTGCTGAATATCAAATTGAGCAATGGCCCGTGGGATGTTGCTTATC
TAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCATTGCCTG
>TRINITY_DN44880_c1_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAGGCTTCATGAGTTCAGCAAAGCTACTCCCCTATTTAAATCCGGACGAAGCTTTCCCACGGTTTAATCCAAGGATTAGCATCTGTAGCGTGATGGGATGAGCCATAATATAAGCTCAAACTCCACGGAAATTGAATCGGGTAATGTAAGGGCTTGTAGAACCAATTAAATTCCACGACGCGTCAATCATTAACGCGGTT
TCTATCCGGTTACAGGTTTAAACGCAGTTTTTATCAGGCAACTCCGCACAGGTTAACATAGGTATCGATCATTTCCCCGTGTGGGCTTAGCGTCCTTGGGGAAATCCAGAGTGATGGGACAATTCTTGCAGTCCCTTAACTCCGTCCGTCCATGATCTGCAACGAGCTAAGATATGACGCAAAGGTGGGCATGGCCGCCC
GAAACCAGATAACTGGCTATGCCCGGATATATGCTCCGACGATGCTCTTGCTGAGGTCAAACCAGACGATTAAGCGCCTGAGAAAACAGAGTATGATGAAGTTGAAGTGGAGAATGCTTTAACAAGGCTTGGAGTGCGTCTAACACCAACTGCTCATATCGCCATGAAATCCTTTATGGATTGATATCTTACTCGTGGTT
CATGTGTTCAGTTTCACCCAGTTTCCAAGATTTTGATGGTCGTGGCAGTTTAACCCGGTTTATATCTCTTAGTTTCTTCAAATTTGTGTTTAAAATTACCTGCCTGGTTTATgtaagccaaaattcagtcacagttagatcttgattgcaattctagaggaaaagaaagataacctgatccaactccgaacttagagcag
taaattaatttctcattgagggagtctgagaataattttctttatagtgattttagggtcttcgattcatattatttttttcattttgagaataaaaaataatgtttcctatttttaaatccggtccgggggttttctttccagGTCGAGACAATGTTTTTTATTGAGGAATTATGCGTGTTACGATTACAGTTTTCTAC
AAGCGGAAGCGAGCTCGATCTTGACCCTCGACTGTAGTCTTTGTTTAGAGAATAACCAAACCCTAGCTTATTACAAGGCATTTGGATTTCCTCTATGGCGAAGGTTTGCATATGGTCGTCTGCCTACTTCTGGCTCTTTTCACCAGAGTTTTGGAGAATTGCTTCTAGACATTTTTGGAATCCAATGTTTCCTTCTCGCT
TGGAATTTTAGCTGTTATGTTCACCAAAAACTTGCCACAGCAATGGATTTTTATTCATTTTTTTACTGGAACGGTCGCTGTAAACCTGGAAAAGCATTTTTGTAAGCTGATTATACATGAGAATCATTGTATTTCATTTTTATTGACTTTATTCCTTTAGTAGTGACTCGTGAAAATCACAATGAATTGCTGAATATCAA
ATTGAGCAATGGCCCGTGGGATGTTGCTTATCTAAATCATAATTTTATCGGGTTTCTTAAAATTTAAATTATTTGTCATTCATTGCCTG