sp|Q9LPS1|HXK3_ARATH ----> Hexokinase-3

Intron 1 GTAACTTTTT ... TGTTGATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	54	0	9
A2	10.34	52	0	6
A3	2.27	43	0	1
A4	15.22	39	0	7
A5	7.69	12	0	1
A6	9.8	46	0	5
A7	13.51	64	0	10
A8	9.09	30	0	3
A9	12.31	57	0	8
A10	19.12	55	0	13

>TRINITY_DN40970_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTGAATGGGATTGATGTGATGAAGACTCGGTGCAGACTCATGGCTGCCGAGGGGCCCCTCGACCGCCACCGCCCTCGTCTTCCAGTGGCGTAGAGCAGAAAATTAAAAAAAAAACACTGGGAAATTGCGTTATCGAAGTGCAGACATTTCGTCGAGCAATTTGCCTGCAAATTTGAGCGCTTTCCCGGCGATCTTACG
GCGGTTCTTGCGTTTTTGCCGGTGTTCGTGTTTGAAGGATTTTGATGCATTTGGCGTCTCGGAAATCGAATTGATATCTTTGACTACCCAGCCTCCCGTATGGTCCTCGGGAATATGCGCCCGGCTTGAAAGGACCGTCGAAGAATTCATCCGGTGGGGAGCGGCGGGGGGTTCTTGGAATCTCAAAATGCATTTTGAGA
GGACATGACAGTTTATTCGATTGCTTGGTTGGTTTGACTCTTCTGAGGTCGAAGGAACTCTGGGAAGCGAATTTCTGTTGGATTTGGATTCTTGGGTTCTATTTGAGTGATGGCTTGGCTTGGTGAATGCCTTCTTCTGCTGCTGCTGGGTAATTGACAAGAATTTCTGGTGATTTCTGGCGGTGGCGCGGGGAGATTTC
CGAGGAGGTCGTAGTGGAGGGGCGGTTATGGGTAAAGCCGCGTTGGGACTGGCTGTGGCTTGCGCTGCTGTGTCGTGCACGGTGGCGGCTTTGCTTGTGACACGGCGGGTGAGGAGCCGGGGCAAGTGGAACCGGGTGGTGGGCATTTTGCGGGATTTCGAGGAGGGATGCTCCACTCCTTTGCAGCGCTTGAGGCAGTT
GGTGGACGCCATGGCGGTGGAGATGCACGCCGGATTGGCCTCCGAGGGGGGAAGTAAGCTCAAGATGCTGCTCACCTTTGTCGACAGCCTGCCTACCGGGGATGAGGAGGGAACTTATTATGCATTGGATTTGGGTGGGACTAATTTCAGGGTACTGCGAGTTCAACTTGAAGGTAGAAGAATTCTGAATTACAACTTTG
AAGAGGTGTCTATTCCTTCACATCTGATGTCTGGAACAACTGAGGAACTTTTTGATTTTATTGCTTCAAAACTAGATGCCTTTGTGCAAAGGGAAGGTGAAGGTTTTCAGACTCCTTCAGAAGGACAAAAGGAACTTGGCTTTACTTTCTCTTTTCCAGTGAAGCAGTCGTCCATTTCTAAAGGCATACTCATTCAATGG
ACAAAAGGATTCCAAATAGAAGACACGATTGGAAATGATATTGGAGTTTGTTTACAGCAGGCAATTTCTCAAAAAGGGCTGAAAATGCGAGTTGTAGCTTTGGTTAATGATACTGTTGGAACACTTGCTAGAGCACGCTATTATGATGAAGATGTGATGGGTGCAGTAATTCTTGGGACAGGAACGAATGCATGCTATGT
AGAGCGTGCAGATGCAATAACTAAATGCCAACTTGCAAAATCTGGTAGCATGGTAATAAACATGGAATGGGGAAATTTCTGGTCTTCTCATCTCCCACGGACTCGTTATGATGAGGATTTAGATGCAGAGAGCTTGAATTCAGGCGATCAGGGTTTTGAGAAACTGGTTTCAGGAATGTATCTCGGTGACATTGTGAGAA
GGGTGATTCTTAGGATGGCACAAGAATCGGATCTTTTTGGAGATGTAATCCCTTCAAGCCTCTTTGATCATTCTATCCTCAGGACTCCATATATCTCAGCCATGCATCAAGATGAATCTGCGGATTTGAGAGAAGTTGGTAGAGTTATGAAAGATGTTTTAGGGATTTCAAATGTCCCTTTTAAAGTACGAAGATTGATA
GTGGAAGTCTGTGATTTAGTCACAAAAAGAGCAGCTCGGTTGGCAGCAGGTGGCATTGTGGGAATACTTAAGAAGATTGGTAGAGATGGAGCTCCAGGCCTAGCAGGTGGCAGGGTGAAGAGTGACACATCCAACAAAATGAAGAGGACAGTTATTGCCATAGATGGTGGTCTTTATGAGCACTATCCTAAATTTAGAAA
CTATTTGCAGTTGGCTATTGTGGAACTCGTTGGAGAGGAAACAGCTCAGCATATTGTCATTCAGCTGTCCAGTGATGGATCTGGAGTTGGAGCTGCACTTATTGCTGCATCTCATTCCATTTATGCAGATAATTAATGGGGGTGGCCTGAAAAGCGAATTTGCTTCCATCAGGAGTTGTTCCAGTTCCTAAAGCATATAT
TGTTGATTAAACCATGCTGTATTATAGGTTGGCTACAGATAGCGTGTGTTTCACAATTTGCAAGCTGTATTTAATTAGCGTTTTTCCTGGGCATTTGCTCGGATTCACATGTATTGATCTCCTTGTAAATGGTGAGGAAAGTATTTATCATCAATTATGTGAAAAAGAAAGGAAAAGCTATTATGTAAAAGGGATTCAGC
TCTATACTTTTCCCCAAGGGGAAGTATCAGATCATTGATAGCAGTGCTTCAAGAATCCATCAACAACATAGTACAGTATATCTTCTTTATCCCAATTGCGGGAGGTATAATGGGAAAATGATTCATTTATTATTCTCATTCTTAATCATCTTATATTGAGAGCTCATGTATGTCCAGTTTTGTGATCGTTATGAGCTATT
ACATATGAAGAGTGTAGCATTTTTGGAATTCGTGATTCCAAGCACAGCAAGACCATTATTTAGTACTCTTCCAAATGTGGCAGGATATGCTTTGCATATTGTGTTGTGTATATATTCACTTGGAATCAAAGGAGCATTCCTGGACATACACTATATTTCAAGTAAATTATTTATATCATTCATTCATGATAGATAACAAA
GGCTCTCTGC

>TRINITY_DN40970_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGCAAAATCTGGTAGCATGgtaactttttacccttttaccttttactattcatttcccactctataatcaagtacacttttcttgctgaatatattaatgaatattcaatttgcaccttcaattatacttatggagtttggactgtaagaactatttggaattggctttgttgattagGTAATAAACATGGAATGGGGAA
ATTTCTGGTCTTCTCATCTCCCACGGACTCGTTATGATGAGGATTTAGATGCAGAGAGCTTGAATTCAGGCGATCAGGGTTTTGAGAAACTGGTTTCAGGAATGTATCTCGGTGACATTGTGAGAAGGGTGATTCTTAGGATGGCACAAGAATCGGATCTTTTTGGAGATGTAATCCCTTCAAGCCTCTTTGATCATTCT
ATCCTCAGGACTCCATATATCTCAGCCATGCATCAAGATGAATCTGCGGATTTGAGAGAAGTTGGTAGAGTTATGAAAGATGTTTTAGGGATTTCAAATGTCCCTTTTAAAGTACGAAGATTGATAGTGGAAGTCTGTGATTTAGTCACAAAAAGAGCAGCTCGGTTGGCAGCAGGTGGCATTGTGGGAATACTTAAGAA
GATTGGTAGAGATGGAGCTCCAGGCCTAGCAGGTGGCAGGGTGAAGAGTGACACATCCAACAAAATGAAGAGGACAGTTATTGCCATAGATGGTGGTCTTTATGAGCACTATCCTAAATTTAGAAACTATTTGCAGTTGGCTATTGTGGAACTCGTTGGAGAGGAAACAGCTCAGCATATTGTCATTCAGCTGTCCAGTG
ATGGATCTGGAGTTGGAGCTGCACTTATTGCTGCATCTCATTCCATTTATGCAGATAATTAATGGGGGTGGCCTGAAAAGCGAATTTGCTTCCATCAGGAGTTGTTCCAGTTCCTAAAGCATATATTGTTGATTAAACCATGCTGTATTATAGGTTGGCTACAGATAGCGTGTGTTTCACAATTTGCAAGCTGTATTTAA
TTAGCGTTTTTCCTGGGCATTTGCTCGGATTCACATGTATTGATCTCCTTGTAAATGGTGAGGAAAGTATTTATCATCAATTATGTGAAAAAGAAAGGAAAAGCTATTATGTAAAAGGGATTCAGCTCTATACTTTTCCCCAAGGGGAAGTATCAGATCATTGATAGCAGTGCTTCAAGAATCCATCAACAACATAGTAC
AGTATATCTTCTTTATCCCAATTGCGGGAGGTATAATGGGAAAATGATTCATTTATTATTCTCATTCTTAATCATCTTATATTGAGAGCTCATGTATGTCCAGTTTTGTGATCGTTATGAGCTATTACATATGAAGAGTGTAGCATTTTTGGAATTCGTGATTCCAAGCACAGCAAGACCATTATTTAGTACTCTTCCAA
ATGTGGCAGGATATGCTTTGCATATTGTGTTGTGTATATATTCACTTGGAATCAAAGGAGCATTCCTGGACATACACTATATTTCAAGTAAATTATTTATATCATTCATTCATGATAGATAACAAAGGCTCTCTGC

Intron 2 GTAAATGCCT ... AATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.94	46.8	1.6	20
A2	34.87	31.8	3.5	17
A3	27.59	21	2.4	8
A4	26.63	24.8	2.4	9
A5	41.84	7	0.4	5
A6	32.96	42.7	9	21
A7	35.66	68.6	10.1	38
A8	34.67	67.9	3.5	36
A9	32.62	53.7	6.3	26
A10	40.49	33.8	4.6	23

>TRINITY_DN39692_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

GTAAGCGCAAAAAACTACCGAGGGTTTCTTTTTTTATTTTGGTTTTTCAAAATTTGCCTTTAAAATATTTGGGTGTTTTTTTGGGTTTGAATGGGATTGATGTGATGAAGACTCGGTGCAGACTCATGGCTGCCGAGGGGCCCCTCGACCGCCACCGCCCTCGTCTTCCAGTGGCGTAGAGCAGAAAATTAAAAAAAAAA
CACTGGGAAATTGCGTTATCGAAGTGCAGACATTTCGTCGAGCAATTTGCCTGCAAATTTGAGCGCTTTCCCGGCGATCTTACGGCGGTTCTTGCGTTTTTGCCGGTGTTCGTGTTTGAAGGATTTTGATGCATTTGGCGTCTCGGAAATCGAATTGATATCTTTGACTACCCAGCCTCCCGTATGGTCCTCGGGAATAT
GCGCCCGGCTTGAAAGGACCGTCGAAGAATTCATCCGGTGGGGAGCGGCGGGGGGTTCTTGGAATCTCAAAATGCATTTTGAGAGGACATGACAGTTTATTCGATTGCTTGGTTGGTTTGACTCTTCTGAGGTCGAAGGAACTCTGGGAAGCGAATTTCTGTTGGATTTGGATTCTTGGGTTCTATTTGAGTGATGGCTT
GGCTTGGTGAATGCCTTCTTCTGCTGCTGCTGGGTAATTGACAAGAATTTCTGGTGATTTCTGGCGGTGGCGCGGGGAGATTTCCGAGGAGGTCGTAGTGGAGGGGCGGTTATGGGTAAAGCCGCGTTGGGACTGGCTGTGGCTTGCGCTGCTGTGTCGTGCACGGTGGCGGCTTTGCTTGTGACACGGCGGGTGAGGAG
CCGGGGCAAGTGGAACCGGGTGGTGGGCATTTTGCGGGATTTCGAGGAGGGATGCTCCACTCCTTTGCAGCGCTTGAGGCAGTTGGTGGACGCCATGGCGGTGGAGATGCACGCCGGATTGGCCTCCGAGGGGGGAAGTAAGCTCAAGATGCTGCTCACCTTTGTCGACAGCCTGCCTACCGGGGATGAGGAGGGAACTT
ATTATGCATTGGATTTGGGTGGGACTAATTTCAGGGTACTGCGAGTTCAACTTGAAGGTAGAAGAATTCTGAATTACAACTTTGAAGAGGTGTCTATTCCTTCACATCTGATGTCTGGAACAACTGAGGAACTTTTTGATTTTATTGCTTCAAAACTAGATGCCTTTGTGCAAAGGGAAGGTGAAGGTTTTCAGACTCCT
TCAGAAGGACAAAAGGAACTTGGCTTTACTTTCTCTTTTCCAGTGAAGCAGTCGTCCATTTCTAAAGGCATACTCATTCAATGGACAAAAGGATTCCAAATAGAAGACACGATTGGAAATGATATTGGAGTTTGTTTACAGCAGGCAATTTCTCAAAAAGGGCTGAAAATGCGAGTTGTAGCTTTGGTTAATGATACTGT
TGGAACACTTGCTAGAGCACGCTATTATGATGAAGATGTGATGGGTGCAGTAATTCTTGGGACAGGAACGAATGCATGCTATGTAGAGCGTGCAGATGCAATAACTAAATGCCAACTTGCAAAATCTGGTAGCATGGTAATAAACATGGAATGGGGAAATTTCTGGTCTTCTCATCTCCCACGGACTCGTTATGATGAGG
ATTTAGATGCAGAGAGCTTGAATTCAGGCGATCAGGGTTTTGAGAAACTGGTTTCAGGAATGTATCTCGGTGACATTGTGAGAAGGGTGATTCTTAGGATGGCACAAGAATCGGATCTTTTTGGAGATGTAATCCCTTCAAGCCTCTTTGATCATTCTATCCTCAGGACTCCATATATCTCAGCCATGCATCAAGATGAA
TCTGCGGATTTGAGAGAAGTTGGTAGAGTTATGAAAGATGTTTTAGGGATTTCAAATGTCCCTTTTAAAGTACGAAGATTGATAGTGGAAGTCTGTGATTTAGTCACAAAAAGAGCAGCTCGGTTGGCAGCAGGTGGCATTGTGGGAATACTTAAGAAGATTGGTAGAGATGGAGCTCCAGGCCTAGCAGGTGGCAGGGT
GAAGAGTGACACATCCAACAAAATGAAGAGGACAGTTATTGCCATAGATGGTGGTCTTTATGAGCACTATCCTAAATTTAGAAACTATTTGCAGTTGGCTATTGTGGAACTCGTTGGAGAGGAAACAGCTCAGCATATTGTCATTCAGCTGTCCAGTGATGGATCTGGAGTTGGAGCTGCACTTATTGCTGCATCTCATT
CCATTTATGCAGATAATTAATGGGGGTGGCCTGAAAAGCGAATTTGCTTCCATCAGGAGTTGTTCCAGTTCCTAAAGCATATATTGTTGATTAAACCATGCTGTATTATAGGTTGGCTACAGATAGCGTGTGTTTCACAATTTGCAAGCTGTATTTAATTAGCGTTTTTCCTGGGCATTTGCTCGGATTCACATGTATTG
ATCTCCTTGTAAATGGTGAGGAAAGTATTTATCACCAATTATGTGAAAAAGAAAGGAAAAGCTATTATGTAAAAGGGATTCAGCTCTATACTTTTCCCCAAGGGGAAGTATCAGATCATTGATAGCAGTGCTTCAAGAATCCATCAACAACATAGTACAGTATATCTTCTTTATCCCAATTGCGGGAGGTATAATGGGAA
AATGATTCATTTATTATTCTCATTCTTAATCATCTTATATTGAGAGCTCATGTATGTCCAGTTTTGTGATCGTTATGAGCTATTACATATGAAGAGTGTAGCATTTTTGGAATTCGTGATTCCAAGCACAGCAAGACCATTATTTAGTACTCTTCCAAATGTGGCAGGATATGCTTTGCATATTGTGTTGTGTATATATT
CACTTGGAATCAAAGGAGCATTCCTGGACATACACTATATTTCAAGTAAATTATTTATATCATTCATTCATGATAGATAACAAAGGCTCTCTGCACGTATTGATAATTTGTAAGGAGTTTCAGGTGTCATTATCCATTGCACGTATTGATAATTTGTAAGGAGTTTCAGGTGTCATTATCCATTGCACGTATTGATAATT
TGTAAG

>TRINITY_DN39692_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTAAGCGCAAAAAACTACCGAGGGTTTCTTTTTTTATTTTGGTTTTTCAAAATTTGCCTTTAAAATATTTGGGTGTTTTTTTGGGTTTGAATGGGATTGATGTGATGAAGACTCGGTGCAGACTCATGGCTGCCGAGGGGCCCCTCGACCGCCACCGCCCTCGTCTTCCAGTGGCGTAGAGCAGAAAATTAAAAAAAAAA
CACTGGGAAATTGCGTTATCGAAGTGCAGACATTTCGTCGAGCAATTTGCCTGCAAATTTGAGCGCTTTCCCGGCGATCTTACGGCGGTTCTTGCGTTTTTGCCGGTGTTCGTGTTTGAAGGATTTTGATGCATTTGGCGTCTCGGAAATCGAATTGATATCTTTGACTACCCAGCCTCCCGTATGGTCCTCGGGAATAT
GCGCCCGGCTTGAAAGGACCGTCGAAGAATTCATCCGGTGGGGAGCGGCGGGGGGTTCTTGGAATCTCAAAATGCATTTTGAGAGGACATGACAGTTTATTCGATTGCTTGGTTGGTTTGACTCTTCTGAGGTCGAAGGAACTCTGGGAAGCGAATTTCTGTTGGATTTGGATTCTTGGGTTCTATTTGAGTGATGGCTT
GGCTTGGTGAATGCCTTCTTCTGCTGCTGCTGGGTAATTGACAAGAATTTCTGGTGATTTCTGGCGGTGGCGCGGGGAGATTTCCGAGGAGGTCGTAGTGGAGGGGCGGTTATGGGTAAAGCCGCGTTGGGACTGGCTGTGGCTTGCGCTGCTGTGTCGTGCACGGTGGCGGCTTTGCTTGTGACACGGCGGGTGAGGAG
CCGGGGCAAGTGGAACCGGGTGGTGGGCATTTTGCGGGATTTCGAGGAGGGATGCTCCACTCCTTTGCAGCGCTTGAGGCAGTTGGTGGACGCCATGGCGGTGGAGATGCACGCCGGATTGGCCTCCGAGGGGGGAAGTAAGCTCAAGATGCTGCTCACCTTTGTCGACAGCCTGCCTACCGGGGATGAGGAGGGAACTT
ATTATGCATTGGATTTGGGTGGGACTAATTTCAGGGTACTGCGAGTTCAACTTGAAGGTAGAAGAATTCTGAATTACAACTTTGAAGAGGTGTCTATTCCTTCACATCTGATGTCTGGAACAACTGAGGAACTTTTTGATTTTATTGCTTCAAAACTAGATGCCTTTGTGCAAAGGGAAGGTGAAGGTTTTCAGACTCCT
TCAGAAGGACAAAAGGAACTTGGCTTTACTTTCTCTTTTCCAGTGAAGCAGTCGTCCATTTCTAAAGGCATACTCATTCAATGGACAAAAGGATTCCAAATAGAAGACACGATTGGAAATGATATTGGAGTTTGTTTACAGCAGGCAATTTCTCAAAAAGGGCTGAAAATGCGAGTTGTAGCTTTGGTTAATGATACTGT
TGGAACACTTGCTAGAGCACGCTATTATGATGAAGATGTGATGGGTGCAGTAATTCTTGGGACAGGAACGAATGCATGCTATGTAGAGCGTGCAGATGCAATAACTAAATGCCAACTTGCAAAATCTGGTAGCATGGTAATAAACATGGAATGGGGAAATTTCTGGTCTTCTCATCTCCCACGGACTCGTTATGATGAGG
ATTTAGATGCAGAGAGCTTGAATTCAGGCGATCAGGGTTTTGAGAAACTGGTTTCAGGAATGTATCTCGGTGACATTGTGAGAAGGGTGATTCTTAGGATGGCACAAGAATCGGATCTTTTTGGAGATGTAATCCCTTCAAGCCTCTTTGATCATTCTATCCTCAGGACTCCATATATCTCAGCCATGCATCAAGATGAA
TCTGCGGATTTGAGAGAAGTTGGTAGAGTTATGAAAGATGTTTTAGGGgtaaatgccttgttcgttccagtagtaattgccatacaactcattttttgaatgatcttttagcagtacgtgtagacttaatatagaaaaatattgcagATTTCAAATGTCCCTTTTAAAGTACGAAGATTGATAGTGGAAGTCTGTGATTT
AGTCACAAAAAGAGCAGCTCGGTTGGCAGCAGGTGGCATTGTGGGAATACTTAAGAAGATTGGTAGAGATGGAGCTCCAGGCCTAGCAGGTGGCAGGGTGAAGAGTGACACATCCAACAAAATGAAGAGGACAGTTATTGCCATAGATGGTGGTCTTTATGAGCACTATCCTAAATTTAGAAACTATTTGCAGTTGGCTA
TTGTGGAACTCGTTGGAGAGGAAACAGCTCAGCATATTGTCATTCAGCTGTCCAGTGATGGATCTGGAGTTGGAGCTGCACTTATTGCTGCATCTCATTCCATTTATGCAGATAATTAATGGGGGTGGCCTGAAAAGCGAATTTGCTTCCATCAGGAGTTGTTCCAGTTCCTAAAGCATATATTGTTGATTAAACCATGC
TGTATTATAGGTTGGCTACAGATAGCGTGTGTTTCACAATTTGCAAGCTGTATTTAATTAGCGTTTTTCCTGGGCATTTGCTCGGATTCACATGTATTGATCTCCTTGTAAATGGTGAGGAAAGTATTTATCACCAATTATGTGAAAAAGAAAGGAAAAGCTATTATGTAAAAGGGATTCAGCTCTATACTTTTCCCCAA
GGGGAAGTATCAGATCATTGATAGCAGTGCTTCAAGAATCCATCAACAACATAGTACAGTATATCTTCTTTATCCCAATTGCGGGAGGTATAATGGGAAAATGATTCATTTATTATTCTCATTCTTAATCATCTTATATTGAGAGCTCATGTATGTCCAGTTTTGTGATCGTTATGAGCTATTACATATGAAGAGTGTAG
CATTTTTGGAATTCGTGATTCCAAGCACAGCAAGACCATTATTTAGTACTCTTCCAAATGTGGCAGGATATGCTTTGCATATTGTGTTGTGTATATATTCACTTGGAATCAAAGGAGCATTCCTGGACATACACTATATTTCAAGTAAATTATTTATATCATTCATTCATGATAGATAACAAAGGCTCTCTGCACGTATT
GATAATTTGTAAGGAGTTTCAGGTGTCATTATCCATTGCACGTATTGATAATTTGTAAGGAGTTTCAGGTGTCATTATCCATTGCACGTATTGATAATTTGTAAG