NA ----> NA

Intron 1 GTGGTTGTTG ... ATATTATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.02	2	28.5	28.5
A2	90.03	2	23	25.5
A3	81.11	2	9.5	12
A4	92	1	11.5	12
A5	62.5	6	18	20
A6	80.38	19	116	118
A7	82.22	37	254.5	232.5
A8	80.54	44	237.5	224.5
A9	81.63	33	198	195.5
A10	87.93	19	193	196.5

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTA
GGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAATTATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACTTTGAGA
TTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattagCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGA
CAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAAT
TATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACTTTGAGATTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC

Intron 2 GTTGAGACTT ... TGTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.19	94.8	38.8	14.4
A2	84.59	102.2	32	9.8
A3	84.99	119.6	41.4	8.6
A4	85.8	49.4	27.4	5.2
A5	5.71	61	24.4	4.4
A6	71.26	791.4	247.4	53.8
A7	53.62	1606.2	553.6	89.8
A8	65.53	1930.8	625	141.4
A9	63.83	1595.4	515.2	104.2
A10	52.14	1316.8	432.2	70.2

>TRINITY_DN46357_c1_g1_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

CTGAGCGTTCTGGCCAGAGCCGAACGGAAGGAGCCGAGCCGAGAGGAGATTTGGGGTTGCATTTTCTTAATTTTTCTTCAGCATGGCCATGCATTTATTCTTTTGTCCGTGTTTTTCTTTTTAATGGTTGAGTTTCTGTTTATGTTTTTTAATTGTTCAGTTTTTGTCTGCGTATTTTTTTAATGGTTTAGTTCGTATTT
TGGATACGTTTGATTTGTTTGGGCCTGTTCCTTTATGTTCTGGGTCTGGGTTTGGTTTGTCTGTATTTTTTTAATTGTTCAGTTTCTATTTTGGATAAGTTTTATTTGTTTGGGCCTGGGCCTGGGTTTGGTTTCTGGGTCTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGC
ATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGGCAGAGTTGTGCAAGCAAATATAGTTATTATGCCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACAAAGAA
AGATCTGTCCAAGCAAACATGGTTATGTGGGGAAGGTGGTGCTTGAGTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGAATTAGGAAAGTTAGATGGAGTGGAGTATGCATTCACAAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAAC

>TRINITY_DN46357_c1_g1_i18 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTGAGCGTTCTGGCCAGAGCCGAACGGAAGGAGCCGAGCCGAGAGGAGATTTGGGGTTGCATTTTCAATGTACTAATTTTAGATTATACTTCAAAGATGTTTTAGTTTCATATTATTTTTAAAAATAACATCAATTTATTAATTAATATTTTGTTTTGTGTAACTTAATTTTTCTTCAGCATGGCCATGCATTTATTCTT
TTGTCCGTGTTTTTCTTTTTAATGGTTGAGTTTCTGTTTATGTTTTTTAATTGTTCAGTTTTTGTCTGCGTATTTTTTTAATGGTTTAGTTCGTATTTTGGATACGTTTGATTTGTTTGGGCCTGTTCCTTTATGTTCTGGGTCTGGGTTTGGTTTGTCTGTATTTTTTTAATTGTTCAGTTTCTATTTTGGATAAGTTT
TATTTGTTTGGGCCTGGGCCTGGGTTTGGTTTCTGGGTCTGGGTTTGGTTTGTTATGGTGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGAAGAGAGAAGAATAGCAGATGAGGGATCGAACCTGGGCATCTGAGTGGGCAAAGGCAGAGGCAGAGTTGTGCAAGCAAAT
ATAGTTATTATGCCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAATTAGGATGGCGTGGAGGATGCATTCACAAAGAGTAGCAGGATGTAAAGGAGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACAAAGAAAGATCTGTCCAAGCAAACATGGTTATGTGGGGAAGGTGGTGCTTGAGTTGTGC
AAGCAAACACAGTTATGAATTAGGAAAGgttgagacttagttttcctctttttaattttaaaacccaaatccatatatattatctatgaggatttcctcttttaattaggcaatacatttacaatcatttaattttttattaaataacaaggtggttgttaataaaatgcatatatgttatcctatctttctgttactga
aatagtatgccataaggtatgtttattttatttgacatagattggtgtacagtagatattctttttgggattattaccatgtggaatatttgaagttaatattataggaaataagttcaattatataatgtactaattttagattatacttcaaagatgttttagtttcatattatttttaaaaataacatcaatttatt
aattaatattttgttttgtgtaacagTTAGATGGAGTGGAGTATGCATTCACAAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGA

Intron 3 GTGGTTGTTG ... ACTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.7	2	19	20
A2	85.19	2	15	8
A3	86.67	2	7	19
A4	88.89	1	8	8
A5	53.85	6	10	4
A6	65.45	19	18	54
A7	70.04	37	84	89
A8	71.61	44	122	100
A9	63.13	33	66	47
A10	81.28	19	100	65

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGTTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTA
GGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAATTATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACTTTGAGA
TTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGgtggttgttgatgtattgaagtgcatgacatagaaatattattaggtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtatattgatgtgtttatgttgaaaagtatgggtgaaatggcctgatgatgacttatgcagCTGTTC

AAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGAC
CTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAATTATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACT
TTGAGATTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC

Intron 4 GTGTGATTTG ... ACTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.22	28.5	23	20
A2	33.8	25.5	15	8
A3	59.95	12	16	19
A4	42.86	12	10	8
A5	40.07	20	12	4
A6	28.22	118	23	54
A7	32.18	232.5	98	89
A8	37.09	224.5	139	100
A9	26.6	195.5	73	47
A10	34.48	196.5	115	65

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACATAGAAATATTATTAGCTGTTCAAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGA
CAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGACCTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAAT
TATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACTTTGAGATTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC

>TRINITY_DN46261_c2_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGGGGGAAGGTAGTGCTTGACTTGTGCAAGCAAACACAGTTATGCTATGAAGGTGGTTGTTGATGTATTGAAGTGCATGACATAGAAATATTATTAGgtgtgatttgttttctttcgtaggtatttgtgttagtatattgatgtgtttatgttgaaaagtatgggtgaaatggcctgatgatgacttatgcagCTGTTC

AAGCAAACATGGTTATGTCGGGAAGGTAGTGCTTGAGTTCTGCAAGCAAATATGGTATGAAGGTGGTTTTGGTGGTTGATGTATTAAAGTGCATGACAAAGAAAGATTTTTAAGAAAGATTATATGGAGTGGGGGATGCATTCACGAAGAGTAGCAGATGTAAAGGAAGATACTTCAACAAGAAGCAACATGTGACAGAC
CTTGTAGGAATTTATGAAAATGCAATCTCATGTTTTAAATTGTAAATTGTATTACCATTTTTTTATGTAACACTAAAATCTATACATTAATAAAATTATTATTTTTTTAATGAGAAAGGGCTTAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCTATGGCCAAAGCTATCTGAGAAGTCTCTTCTTTGAGTATATTTTTACT
TTGAGATTTTTTATTTTTATTTTATTATTTACTTTAATTAATATATGCTGC