sp|O22207|UBP5_ARATH ----> Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 5


Intron 1 GTAAGTATCT ... CATTGTGTAG

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A923.021022140
A1023.28892826



>TRINITY_DN114813_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTTGAAAGGTTGAAGTTAGAGTGAATCAGCTTTATGTAGTTTCGAAAACAAAAAGTCAATTCTAACCCTATGCCTATCCCTTGGCAAAAATTTCAGGTCATTTCTTTTTTAGAGGCATTACATATTTAGTTTTATGTTCGACAAAATTCAACGATCAGCTGAGCACCAACAAATAGTGAACAGACTCATCCAATGATGA
AAATGATGTTACTTGTAATAGCTTGCAGAAAATAGTCTCCAACAACCTTGGAATTTTTATGTCCAGAGCCTCTCTCCCGTGCAGGTATAGAAATTACAGGTATTCATCTCTGATAAATGGGAATTTTGTCATAGAGGATGGCATTTCCCCGCTCAAATTGTACAATGGAGCGCTCGGCATTGACGCCGGAAGAAGAGAAA
GCAGCAATCAGGGAGATTACAGAAGCTGCAGAAGCCAACATGAAGGAGGGCGACGTATATTATCTTCTAAACTTCAGATGGTGGAAAGACTGGTTAGATTATGTTTGTCATGATGCAACTAGCACAATCAAGGACACCAATGTGCACCATCCAAAGCCATATGATCATTTGTCTACTATGCCTATTTTGCCAAAGAGGCC
TTCCAGTATTGACAATTCAGATTTAGTGGATCTCAAGTGTGAAGACTCTAATGGGCCTGAGCTTCATGACACACTAATGGAAGGGCGTGATTACATTTTGTTGCCACAAAATGTGTGGAGGCAGTTTCACAAATGGTATGGAGGGGGACCTACTTTACCAAGAAAAGTGATTACATCAGGTTCTTCCCAAGAGGATTTAA
CAGTAGAGGTTTATCCTTTACGTTTAAGACTGATTGTAATTCCTAAAGGAAGCCAAGCAACTCTTAAAATAAGCAAAAAGGATACTGTAAGAGAGCTTTATAGGAGGGCATGCGAGCTCTTCAACCTTGCTTCAGAACAAATTCACATTTGGGATTATTTTGGACAGACAAAACATGTTTTGATGAATGATCTCAATAAA
ATGCTTCAGGATGCTCAAATTCAGATGGACCAAGATATTCTTTTGGAGGTACAAACAGATGGATCTCCGCTTGATGGATGTCAAAGTTCTGTACATGAGAATGGTTCAACAGGAAAAGATTCCACTTTTGTACCTGTAGAACCTTCTAGGTCAGGCATATCTATTGCAGGGGGCCCATCTATAAGCAAGGGTATTTCAAG
AAGTTGCAGTCCACAACTGTCACAATGTCAGCTTCTGAATTCGCCTTCAAGGGATTTGGATAGTGGATATGGAATTAGCAGCACTAGTGGAAGGGGGGGTTCTGCCGGTTTAACTGGACTACAGAACCTTGGGAATACCTGTTTCATGAATAGTGCTATTCAGTGCCTAGTTCATACACCTGAGTTGGTGAGATACTTTC
TGGATGATTATAGCCAGGAAATAAATTGGCAGAATCCTTTGGGTATGGTTGGTGAACTTGCTTTAGCGTTCGGGGAGCTCTTAAGGAAACTCTGGTCTCCTGGAAGGACACCAGTTGCGCCTCGTCCTTTTAAAGTAAAACTTGCTCGTTTTGCACCCCAGTTCAGTGGCTATAACCAGCACGATTCACAAGAGCTACTT
GCATTTTTGTTGGATGGTCTTCATGAGGATCTAAATCGCGTGAAACACAAACCATACATTAAGTCTAAGGATGCTGATGGGAGGGCAGATGAGGAAGTAGCAGATGAATATTGGTCTAACCATATTTCACGTAATGATTCTATAATTGTAGATGTTTGCCAAGGGCAATACAAGTCAACTTTGGTATGCCCGATGTGCAA
CAAAGTATCTGTAACATTTGATCCATTTATGTATTTGTCATTGCCTCTACCTTCTGCCACAACTCGGACAATGACTGTTACAGTATTTAGTAGTGATGGTAGTGTGCCTCCGACACCATATACTGTAACAGTGCCAAAGCAGGGTCGGTGCAAGGACCTTGTACATGCTGTTAACTCTGCATGCTCCATACAAAATGGAG
AAAGGCTTTTGCTTGCAGAGATCTATAATCATCGGATATTTCGGTATTTGGAGGATCCATTTGAATCCTTATCTACCATTCGGGATGATGACCACCTTGCAGCATACAGGCTTCCAAAGGTTTTAGAGAAAACACCCTTGCTGCATTTGATGCATCGGCGCAAGGAAGAGTATTCTTTTCCTTCCCAGTGTGCTGGGCTG
TGGAAACCTTATGGAACACCATTCTTAGCAAGCCTAAGAGATGATATTCGCACTGGAGCTGATATTCATTCGATCGTTCAAACTTTGCTTGCCCCCATGTTGAGGGCCAAAAACTTCTCATCCTCAGATCATGTTAAAACAATGAAGGGATTTGGATACAAGTTAGCAGCAGATCAGAATGCCAAGGAAATTGCTAAGCC
ATTGAATTCAGACAATGGGTCTTTAAATGCTGCTCTTGAAAGCTCATCGAATTATGCTGATAAGTCCATAGATAATGGCCATTTGCAGGGCAATTTGGCTTTTCAGCTATGGTTGGTAGATGACAAGAGTGTAACTAAAGAGGTGTCGATCACAGAAGATAAACCAATTTCAATATCAAATACATGTACAAGAGTTCAAG
TCTTTATAGACTGGTCAGAGAAAGAATTAGAGAAGTATGATACACATTATCTTGAAATTCTACCTGAAGTCTTCAAATCTGGGTTTCCATCGAAAAAAGCGAGGCATGATTCTATCTCATTGTATACATGTTTGGAGGCTTTCTTACGGGAAGAGCCATTAGTTCCTGAAGAGATGTGGTATTGCCCCTGCTGTAAGGAG
CATCGCCAAGCTAGCAAAAAGTTGGATTTGTGGAGGTTGCCCGAAGTTCTAGTAGTTCATCTGAAGAGGTTTTTATACAGCCGATCTATGAAACATAAACTGGAAACATTTGTCAACTTTCCTATTCATGACTTTGACCTGACAAGATATGTTGCAAGGAAGAATGGACTTCAAAGGCATCTTTATGAACTTTATGCTGT
TAGCAATCATTATGGCAGCATGGGAAGTGGTCATTATACTGCTCATGTTAAGCTTATCGATGAGAACAGGTGGTATAATTTTGATGATAGTCATGTCTCTCCCATTAGTGAGGATGAGATAAAGACATCGGCAGCTTATGTGCTTTTTTATAGAAAAGTCAAACTTGAAGATGGCTCAATGAGTAATGGAGCACACTCAT
ATGCAAACCATGACAATTTTGGGTTCAGAAAATAATAGAGTACAGAACATGTTTGAAACCATATTTTTAAATGCTGGGATATTGTCACCGCTGTCTGTTCCGACAGCAGAAGTGCCCGATGATCAATATGTTCATGTCTGTCTTGGTTAAAGTTTCTGCATTATGTCATGTGATGCAATCAAGGAATCTTCAGTTGATAT
ATTTGGCAGTGTTGAGGTCAATGGAAACCTATTTTACAGTGGTTCATTCAGTCAATATTGCCATCTTCAAAGAATGGATCTCCCTGCCAAGAGCATTCTATGGAAGGATATTACTTCTATTGATGACTAATGCATTGATATCCCATTCCTTCTGGAAGCCATATATATGGTGATGAGGTTGCTGCTTCACTTGTGGCAAT
TGGTTTTGTGTTTCATTTATCTTCGCGGCATAGGTCTCAAGAAAGTTTCTGGTCACCTTTGAGGGGCAATACAAGTCAACTTTGGTATGCCCGATGTGCAACAAAGTATCTGTAACATTTGATCCATTTATGTATTTGTCATTGCCTCTACCTTCTGCCACAACTCGGACAATGACTGTTACAGTATTTAGTAGTGATGG
TAGTGTGCCTC


>TRINITY_DN114813_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGTTGAAAGGTTGAAGTTAGAGTGAATCAGCTTTATGTAGTTTCGAAAACAAAAAGTCAATTCTAACCCTATGCCTATCCCTTGGCAAAAATTTCAGGTCATTTCTTTTTTAGAGGCATTACATATTTAGTTTTATGTTCGACAAAATTCAACGATCAGCTGAGCACCAACAAATAGTGAACAGACTCATCCAATGATGA
AAATGATGTTACTTGTAATAGCTTGCAGAAAATAGTCTCCAACAACCTTGGAATTTTTATGTCCAGAGCCTCTCTCCCGTGCAGGTATAGAAATTACAGGTATTCATCTCTGATAAATGGGAATTTTGTCATAGAGGATGGCATTTCCCCGCTCAAATTGTACAATGGAGCGCTCGGCATTGACGCCGGAAGAAGAGAAA
GCAGCAATCAGGGAGATTACAGAAGCTGCAGAAGCCAACATGAAGGAGGGCGACGTATATTATCTTCTAAACTTCAGATGGTGGAAAGACTGGTTAGATTATGTTTGTCATGATGCAACTAGCACAATCAAGGACACCAATGTGCACCATCCAAAGCCATATGATCATTTGTCTACTATGCCTATTTTGCCAAAGAGGCC
TTCCAGTATTGACAATTCAGATTTAGTGGATCTCAAGTGTGAAGACTCTAATGGGCCTGAGCTTCATGACACACTAATGGAAGGGCGTGATTACATTTTGTTGCCACAAAATGTGTGGAGGCAGTTTCACAAATGGTATGGAGGGGGACCTACTTTACCAAGAAAAGTGATTACATCAGGTTCTTCCCAAGAGGATTTAA
CAGTAGAGGTTTATCCTTTACGTTTAAGACTGATTGTAATTCCTAAAGGAAGCCAAGCAACTCTTAAAATAAGCAAAAAGGATACTGTAAGAGAGCTTTATAGGAGGGCATGCGAGCTCTTCAACCTTGCTTCAGAACAAATTCACATTTGGGATTATTTTGGACAGACAAAACATGTTTTGATGAATGATCTCAATAAA
ATGCTTCAGGATGCTCAAATTCAGATGGACCAAGATATTCTTTTGGAGGTACAAACAGATGGATCTCCGCTTGATGGATGTCAAAGTTCTGTACATGAGAATGGTTCAACAGGAAAAGATTCCACTTTTGTACCTGTAGAACCTTCTAGGTCAGGCATATCTATTGCAGGGGGCCCATCTATAAGCAAGGGTATTTCAAG
AAGTTGCAGTCCACAACTGTCACAATGTCAGCTTCTGAATTCGCCTTCAAGGGATTTGGATAGTGGATATGGAATTAGCAGCACTAGTGGAAGGGGGGGTTCTGCCGGTTTAACTGGACTACAGAACCTTGGGAATACCTGTTTCATGAATAGTGCTATTCAGTGCCTAGTTCATACACCTGAGTTGGTGAGATACTTTC
TGGATGATTATAGCCAGGAAATAAATTGGCAGAATCCTTTGGGTATGGTTgtaagtatctgaaaccagttagttcttgtcttagaggcctatatattttgttgaaaaatcactggcaaagatttaatttatttccaaggcattgttgatttctttgatccatcatggaaggcattcaagttacatttccttcttattggc
catcaatttctgacctcgtaatttcttagactagatgtcgttttttcacttattcatactgctgtcattgtgtagGGTGAACTTGCTTTAGCGTTCGGGGAGCTCTTAAGGAAACTCTGGTCTCCTGGAAGGACACCAGTTGCGCCTCGTCCTTTTAAAGTAAAACTTGCTCGTTTTGCACCCCAGTTCAGTGGCTATAA
CCAGCACGATTCACAAGTTAGTAAAACCCATACAAGTTGTAGAACTTTAAAAGTGATGAATAGACTTGTTGCTTTGTAATGAACAAAACCTTTCAGTTTTATTTTTAGGAATATACATTTGAATATATTGATTATCATATTTCTGTTTTGAAGAAGGTTGTCTATGGGTTTGATATACAATATACATAATTTGGCATTGC
TGGTTACATTGCATGTATTCAACAGGAGCTACTTGCATTTTTGTTGGATGGTCTTCATGAGGATCTAAATCGCGTGAAACACAAACCATACATTAAGTCTAAGGATGCTGATGGGAGGGCAGATGAGGAAGTAGCAGATGAATATTGGTCTAACCATATTTCACGTAATGATTCTATAATTGTAGATGTTTGCCAAGTGA
GTGCTAACTTACCTTTCTGTTTTATTATATTATTTATGTATATTTGAATTATCTTAATTGACTGATGACTGTTGTGTCTGGGATAATTGTTAAAGTGACTGCTGATTGTCATGTGTGTAGATCCTGTTGAATCAGTTGTCTCTGAATGTTTTGCTGACACTCATCCCATCAACAAACATAATAGGCCTACTAGGTAGAAA
TTCGTAGAATTATGATCAGCCTGAAATATTTGGGTTGCCTGTCCTTTCCGTTAAAGTGACAAGGACATAAAATTTTAATTTAGCCTGGCTTTCCATCCTTATGCTCACATCCATCATCCTTCATGATGTAGCCGTGTCATGGCTGTTGTATGTATGTTGTTTGGATTTCTTTCCGAAAAGTGAAAAAGTTCCAATGCCAA
GAGTGGCTTGGGCCGGAACCGATTCTGTAGTGGACTATGCTGCACCATGTTTTTGTCAGAAGGGAAGAGCATAAGCTACATTTCTTGTAATGGATTTCCACGTGGCCCCTTTTTGGGTTCATGCTTCTGAATGATCTCTTAACCTGCAAAAAACAATCTTCTTCCTGATGAATTTGCTCAGTGTTAAGCTGCTCAAGTCA
TAGCTTGCAAAAGTTGTCCTTTTCTACTTCTCTATGATCCTTTTCACATTTTTCTAGACTTTAATCCGCTTGTTCAATTCACAAGCTGATTTTTTTTGGTTATGAGGATAAGGGATTGCAGATGATTTTCTAAACAGTTGGAAAGATACAAAGAAGTAATGTATAATGGACCTTGTCATGTCTTCTTTGACAAGGGTCAG
ATCAACCAGGAGAATATCATAAATCCTTGTTCTTTACTGCATTTGTTCATTGATTCCTGGCTTTCCATTTTTTTGAACTATGTTGATTGTTCACAGTTTCTAGAAATTTATGAATGGGATAGAAAGAATTCCAAATTAGTTGAAACTGGTATCCTCTACACATTGAAAGCCTGTTTCTGATGCCTTTATTAGGGAAGTAT
AAGGTTGAGAAAAATACATCTATTGTTGGATAATGCACTTTAGATCTCATCATAATTTTGCCACGATGGACGCAATAAAAACAAGAGACATGTTTGTAGGAACCAAATCCCTTGCTTACATTAGTCCTCTTGAGAATCCACATTAACTTACGCATATTCTAACACATGCAGAGAATCTGAAAAGTGAAGAAAAGTATCTA
CAACCTGGTTTCCTTACTGTTGTTCCAGAAGACCTCACGGCACCTTTCAGAGCACTATTAATTAGAAAGATGGGTCCAGACTCCAGAGTCCAGTGAATGCACACTGGTTTCATGGTCAACCTTGGGCATTAGTGACAGGTTGGAAATTTAGCTCATAAACATTCAAGGTGCAGTGGGACTCTAGCTAAGTTGCAGGAAAC
GTGTTACTGGGCCCCGTACCACTGTCATACCAGGTAGGAAACTCAGAAACGTGTTTGGTACAGCCTGGAAATGCGTTTCCAGCTGTACCACACGTTTCATGTGGAGGAAACATGGGTGCTATGGCCAGAAACGCATTTCCTCCGTATGGCATGTTTCCTCGAATTCTCGCTTTTCCCGCCAAAAAAAGAACCCTTAGCTT
AATCAATGTGTTAAGTTGTTTTTTAATGGGTTAATGATGGTTTAGGAAACCTCTAGAAGCCTCTAAAAGTCAATTTTTTTATAA



Intron 2 GTAAAAGTCA ... GAATACCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A171.14296182
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A1071.4394212258



>TRINITY_DN123433_c4_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
AGCTTATCGATGAGAACAGGTGGTATAATTTTGATGATAGTCATGTCTCTCCCATTAGTGAGGATGAGATAAAGACATCGGCAGCTTATGTGCTTTTTTATAGAAAAGTCAAACTTGAAGATGGCTCAATGAGTAATGGAGCACACTCATATGCAAACCATGACAATTTTGGGTTCAGAAAATAATAGAGTACAGAACAT
GTTTGAAACCATATTTTTAAATGCTGGGATATTGTCACCGCTGTCTGTTCCGACAGCAGAAGTGCCCGATGATCAATATGTTCATGTCTGTCTTGGTTAAAGTTTCTGCATTATGTCATGTGATGCAATCAAGGAATCTTCAGTTGATATATTTGGCAGTGTTGAGGTCAATGGAAACCTATTTTACAGTGGTTCATTCA
GTCAATATTGCCATCTTCAAAGAATGGATCTCCCTGCCAAGAGCATTCTATGGAAGGATATTACTTCTATTGATGACTAATGCATTGATATCCCATTCCTTCTGGAAGCCATATATATGGTGATGAGGTTGCTGCTTCACTTGTGGCAATTGGTTTTGTGTTTCATTTATCTTCGCGGCATAGGTCTCAAGAAAGTTTCT
GGTCACCTTTGAGAGGGATCTCCAAACCTTGCAGTTTCAGCTCAAAGTGTCCTGGGCATGGGTAATCTAATATAAGCCACATTCCATGTGAGGAATCGGATTATGTAAAAAATGATTTGAATGGTTCCAACGGTTCTGCTATTTCTAGTCCATGATCATTTGTACCACCATAATAAGTACATTTACATGCGATATGAATC
ATATCAGAGCATTGCCGAGTGTTCATTTGTTTCTCTTAGCAATTTCTTAGAGGTCTGGGTTCTGTTGTGTTCTATAAAAATCACTTGTAAATTTGTCATTTTTCATGTATTATATATCTCAC


>TRINITY_DN123433_c4_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GTTAGAGTGAATCAGCTTTATGTAGTTTCGAAAACAAAAAGTCAATTCTAACCCTATGCCTATCCCTTGGCAAAAATTTCAGGTCATTTCTTTTTTAGAGGCATTACATATTTAGTTTTATGTTCGACAAAATTCAACGATCAGCTGAGCACCAACAAATAGTGAACAGACTCATCCAATGATGAAAATGATGTTACTTG
TAATAGCTTGCAGAAAATAGTCTCCAACAACCTTGGAATTTTTATGTCCAGAGCCTCTCTCCCGTGCAGGTATAGAAATTACAGGTATTCATCTCTGATAAATGGGAATTTTGTCATAGAGGATGGCATTTCCCCGCTCAAATTGTACAATGGAGCGCTCGGCATTGACGCCGGAAGAAGAGAAAGCAGCAATCAGGGAG
ATTACAGAAGCTGCAGAAGCCAACATGAAGGAGGGCGACGTATATTATCTTCTAAACTTCAGATGGTGGAAAGACTGGTTAGATTATGTTTGTCATGATGCAACTAGCACAATCAAGGACACCAATGTGCACCATCCAAAGCCATATGATCATTTGTCTACTATGCCTATTTTGCCAAAGAGGCCTTCCAGTATTGACAA
TTCAGATTTAGTGGATCTCAAGTGTGAAGACTCTAATGGGCCTGAGCTTCATGACACACTAATGGAAGGGCGTGATTACATTTTGTTGCCACAAAATGTGTGGAGGCAGTTTCACAAATGGTATGGAGGGGGACCTACTTTACCAAGAAAAGTGATTACATCAGGTTCTTCCCAAGAGGATTTAACAGTAGAGGTTTATC
CTTTACGTTTAAGACTGATTGTAATTCCTAAAGGAAGCCAAGCAACTCTTAAAATAAGCAAAAAGGATACTGTAAGAGAGCTTTATAGGAGGGCATGCGAGCTCTTCAACCTTGCTTCAGAACAAATTCACATTTGGGATTATTTTGGACAGACAAAACATGTTTTGATGAATGATCTCAATAAAATGCTTCAGGATGCT
CAAATTCAGATGGACCAAGATATTCTTTTGGAGGTACAAACAGATGGATCTCCGCTTGATGGATGTCAAAGTTCTGTACATGAGAATGGTTCAACAGGAAAAGATTCCACTTTTGTACCTGTAGAACCTTCTAGGTCAGGCATATCTATTGCAGGGGGCCCATCTATAAGCAAGGGTATTTCAAGAAGTTGCAGTCCACA
ACTGTCACAATGTCAGCTTCTGAATTCGCCTTCAAGGGATTTGGATAGTGGATATGGAATTAGCAGCACTAGTGGAAGGGGGGGTTCTGCCGGTTTAACTGGACTACAGAACCTTGGGAATACCTGTTTCATGAATAGTGCTATTCAGTGCCTAGTTCATACACCTGAGTTGGTGAGATACTTTCTGGATGATTATAGCC
AGGAAATAAATTGGCAGAATCCTTTGGGTATGGTTGGTGAACTTGCTTTAGCGTTCGGGGAGCTCTTAAGGAAACTCTGGTCTCCTGGAAGGACACCAGTTGCGCCTCGTCCTTTTAAAGTAAAACTTGCTCGTTTTGCACCCCAGTTCAGTGGCTATAACCAGCACGATTCACAAGGGCAATACAAGTCAACTTTGGTA
TGCCCGATGTGCAACAAAGTATCTGTAACATTTGATCCATTTATGTATTTGTCATTGCCTCTACCTTCTGCCACAACTCGGACAATGACTGTTACAGTATTTAGTAGTGATGGTAGTGTGCCTCCGACACCATATACTGTAACAGTGCCAAAGCAGGGTCGGTGCAAGGACCTTGTACATGCTGTTAACTCTGCATGCTC
CATACAAAATGGAGAAAGGCTTTTGCTTGCAGAGATCTATAATCATCGGATATTTCGGTATTTGGAGGATCCATTTGAATCCTTATCTACCATTCGGGATGATGACCACCTTGCAGCATACAGGCTTCCAAAGGTTTTAGAGAAAACACCCTTGCTGCATTTGATGCATCGGCGCAAGGAAGAGTATTCTTTTCCTTCCC
AGTGTGCTGGGCTGTGGAAACCTTATGGAACACCATTCTTAGCAAGCCTAAGAGATGATATTCGCACTGGAGCTGATATTCATTCGATCGTTCAAACTTTGCTTGCCCCCATGTTGAGGGCCAAAAACTTCTCATCCTCAGATCATGTTAAAACAATGAAGGGATTTGGATACAAGTTAGCAGCAGATCAGAATGCCAAG
GAAATTGCTAAGCCATTGAATTCAGACAATGGGTCTTTAAATGCTGCTCTTGAAAGCTCATCGAATTATGCTGATAAGTCCATAGATAATGGCCATTTGCAGGGCAATTTGGCTTTTCAGCTATGGTTGGTAGATGACAAGAGTGTAACTAAAGAGGTGTCGATCACAGAAGATAAACCAATTTCAATATCAAATACATG
TACAAGAGTTCAAGTCTTTATAGACTGGTCAGAGAAAGAATTAGAGAAGTATGATACACATTATCTTGAAATTCTACCTGAAGTCTTCAAATCTGGGTTTCCATCGAAAAAAGCGAGGCATGATTCTATCTCATTGTATACATGTTTGGAGGCTTTCTTACGGGAAGAGCCATTAGTTCCTGAAGAGATGTGGTATTGCC
CCTGCTGTAAGGAGCATCGCCAAGCTAGCAAAAAGTTGGATTTGTGGAGGTTGCCCGAAGTTCTAGTAGTTCATCTGAAGAGGTTTTTATACAGCCGATCTATGAAACATAAACTGGAAACATTTGTCAACTTTCCTATTCATGACTTTGACCTGACAAGATATGTTGCAAGGAAGAATGGACTTCAAAGGCATCTTTAT
GAACTTTATGCTGTTAGCAATCATTATGGCAGCATGGGAAGTGGTCATTATACTGCTCATGTTAAGCTTATCGATGAGAACAGGTGGTATAATTTTGATGATAGTCATGTCTCTCCCATTAGTGAGGATGAGATAAAGACATCGGCAGCTTATGTGCTTTTTTATAGAAAAGTCAAACTTGAAGATGGCTCAATGAGTAA
TGGAGCACACTCATATGCAAACCATGACAATTTTGGGTTCAGAAAATAATAGAGTACAGAACATGTTTGAAACCATATTTTTAAATGCTGGGATATTGTCACCGCTGTCTGTTCCGACAGCAGAAGTGCCCGATGATCAATATGTTCATGTCTGTCTTGGTTAAAGTTTCTGCATTATGTCATGTGATGCAATCAAGGAA
TCTTCAGTTGATATATTTGGCAGTGTTGAGGTCAATGGAAACCTATTTTACAGTGGTTCATTCAGTCAATATTGCCATCTTCAAAGAATGGATCTCCCTGCCAAGAGCATTCTATGGAAGGATATTACTTCTATTGATGACTAATGCATTGATATCCCATTCCTTCTGGAAGCCATATATATGGTGATGAGGTTGCTGCT
TCACTTGTGGCAATTGGTTTTGTGTTTCATTTATCTTCGCGGCATAGGTCTCAAGAAAGTTTCTGGTCACCTTTGAGgtaaaagtcattcaggatatttttatgtaaatgtcttttagtaatttgccattttatgagatagattttgataactttctctgattaatgaatacctagAGGGATCTCCAAACCTTGCAGTTT
CAGCTCAAAGTGTCCTGGGCATGGGTAATCTAATATAAGCCACATTCCATGTGAGGAATCGGATTATGTAAAAAATGATTTGAATGGTTCCAACGGTTCTGCTATTTCTAGTCCATGATCATTTGTACCACCATAATAAGTACATTTACATGCGATATGAATCATATCAGAGCATTGCCGAGTGTTCATTTGTTTCTCTT
AGCAATTTCTTAGAGGTCTGGGTTCTGTTGTGTTCTATAAAAATCACTTGTAAATTTGTCATTTTTCATGTATTATATATCTCAC



Intron 3 GTTAGTAAAA ... TATTCAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.81883322
A224.19943525
A321.81952825
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A617.7967218
A717.371072421
A821.9532135
A920862419
A1015.15841317



>TRINITY_DN114813_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
AGTTGAAAGGTTGAAGTTAGAGTGAATCAGCTTTATGTAGTTTCGAAAACAAAAAGTCAATTCTAACCCTATGCCTATCCCTTGGCAAAAATTTCAGGTCATTTCTTTTTTAGAGGCATTACATATTTAGTTTTATGTTCGACAAAATTCAACGATCAGCTGAGCACCAACAAATAGTGAACAGACTCATCCAATGATGA
AAATGATGTTACTTGTAATAGCTTGCAGAAAATAGTCTCCAACAACCTTGGAATTTTTATGTCCAGAGCCTCTCTCCCGTGCAGGTATAGAAATTACAGGTATTCATCTCTGATAAATGGGAATTTTGTCATAGAGGATGGCATTTCCCCGCTCAAATTGTACAATGGAGCGCTCGGCATTGACGCCGGAAGAAGAGAAA
GCAGCAATCAGGGAGATTACAGAAGCTGCAGAAGCCAACATGAAGGAGGGCGACGTATATTATCTTCTAAACTTCAGATGGTGGAAAGACTGGTTAGATTATGTTTGTCATGATGCAACTAGCACAATCAAGGACACCAATGTGCACCATCCAAAGCCATATGATCATTTGTCTACTATGCCTATTTTGCCAAAGAGGCC
TTCCAGTATTGACAATTCAGATTTAGTGGATCTCAAGTGTGAAGACTCTAATGGGCCTGAGCTTCATGACACACTAATGGAAGGGCGTGATTACATTTTGTTGCCACAAAATGTGTGGAGGCAGTTTCACAAATGGTATGGAGGGGGACCTACTTTACCAAGAAAAGTGATTACATCAGGTTCTTCCCAAGAGGATTTAA
CAGTAGAGGTTTATCCTTTACGTTTAAGACTGATTGTAATTCCTAAAGGAAGCCAAGCAACTCTTAAAATAAGCAAAAAGGATACTGTAAGAGAGCTTTATAGGAGGGCATGCGAGCTCTTCAACCTTGCTTCAGAACAAATTCACATTTGGGATTATTTTGGACAGACAAAACATGTTTTGATGAATGATCTCAATAAA
ATGCTTCAGGATGCTCAAATTCAGATGGACCAAGATATTCTTTTGGAGGTACAAACAGATGGATCTCCGCTTGATGGATGTCAAAGTTCTGTACATGAGAATGGTTCAACAGGAAAAGATTCCACTTTTGTACCTGTAGAACCTTCTAGGTCAGGCATATCTATTGCAGGGGGCCCATCTATAAGCAAGGGTATTTCAAG
AAGTTGCAGTCCACAACTGTCACAATGTCAGCTTCTGAATTCGCCTTCAAGGGATTTGGATAGTGGATATGGAATTAGCAGCACTAGTGGAAGGGGGGGTTCTGCCGGTTTAACTGGACTACAGAACCTTGGGAATACCTGTTTCATGAATAGTGCTATTCAGTGCCTAGTTCATACACCTGAGTTGGTGAGATACTTTC
TGGATGATTATAGCCAGGAAATAAATTGGCAGAATCCTTTGGGTATGGTTGGTGAACTTGCTTTAGCGTTCGGGGAGCTCTTAAGGAAACTCTGGTCTCCTGGAAGGACACCAGTTGCGCCTCGTCCTTTTAAAGTAAAACTTGCTCGTTTTGCACCCCAGTTCAGTGGCTATAACCAGCACGATTCACAAGAGCTACTT
GCATTTTTGTTGGATGGTCTTCATGAGGATCTAAATCGCGTGAAACACAAACCATACATTAAGTCTAAGGATGCTGATGGGAGGGCAGATGAGGAAGTAGCAGATGAATATTGGTCTAACCATATTTCACGTAATGATTCTATAATTGTAGATGTTTGCCAAGGGCAATACAAGTCAACTTTGGTATGCCCGATGTGCAA
CAAAGTATCTGTAACATTTGATCCATTTATGTATTTGTCATTGCCTCTACCTTCTGCCACAACTCGGACAATGACTGTTACAGTATTTAGTAGTGATGGTAGTGTGCCTCCGACACCATATACTGTAACAGTGCCAAAGCAGGGTCGGTGCAAGGACCTTGTACATGCTGTTAACTCTGCATGCTCCATACAAAATGGAG
AAAGGCTTTTGCTTGCAGAGATCTATAATCATCGGATATTTCGGTATTTGGAGGATCCATTTGAATCCTTATCTACCATTCGGGATGATGACCACCTTGCAGCATACAGGCTTCCAAAGGTTTTAGAGAAAACACCCTTGCTGCATTTGATGCATCGGCGCAAGGAAGAGTATTCTTTTCCTTCCCAGTGTGCTGGGCTG
TGGAAACCTTATGGAACACCATTCTTAGCAAGCCTAAGAGATGATATTCGCACTGGAGCTGATATTCATTCGATCGTTCAAACTTTGCTTGCCCCCATGTTGAGGGCCAAAAACTTCTCATCCTCAGATCATGTTAAAACAATGAAGGGATTTGGATACAAGTTAGCAGCAGATCAGAATGCCAAGGAAATTGCTAAGCC
ATTGAATTCAGACAATGGGTCTTTAAATGCTGCTCTTGAAAGCTCATCGAATTATGCTGATAAGTCCATAGATAATGGCCATTTGCAGGGCAATTTGGCTTTTCAGCTATGGTTGGTAGATGACAAGAGTGTAACTAAAGAGGTGTCGATCACAGAAGATAAACCAATTTCAATATCAAATACATGTACAAGAGTTCAAG
TCTTTATAGACTGGTCAGAGAAAGAATTAGAGAAGTATGATACACATTATCTTGAAATTCTACCTGAAGTCTTCAAATCTGGGTTTCCATCGAAAAAAGCGAGGCATGATTCTATCTCATTGTATACATGTTTGGAGGCTTTCTTACGGGAAGAGCCATTAGTTCCTGAAGAGATGTGGTATTGCCCCTGCTGTAAGGAG
CATCGCCAAGCTAGCAAAAAGTTGGATTTGTGGAGGTTGCCCGAAGTTCTAGTAGTTCATCTGAAGAGGTTTTTATACAGCCGATCTATGAAACATAAACTGGAAACATTTGTCAACTTTCCTATTCATGACTTTGACCTGACAAGATATGTTGCAAGGAAGAATGGACTTCAAAGGCATCTTTATGAACTTTATGCTGT
TAGCAATCATTATGGCAGCATGGGAAGTGGTCATTATACTGCTCATGTTAAGCTTATCGATGAGAACAGGTGGTATAATTTTGATGATAGTCATGTCTCTCCCATTAGTGAGGATGAGATAAAGACATCGGCAGCTTATGTGCTTTTTTATAGAAAAGTCAAACTTGAAGATGGCTCAATGAGTAATGGAGCACACTCAT
ATGCAAACCATGACAATTTTGGGTTCAGAAAATAATAGAGTACAGAACATGTTTGAAACCATATTTTTAAATGCTGGGATATTGTCACCGCTGTCTGTTCCGACAGCAGAAGTGCCCGATGATCAATATGTTCATGTCTGTCTTGGTTAAAGTTTCTGCATTATGTCATGTGATGCAATCAAGGAATCTTCAGTTGATAT
ATTTGGCAGTGTTGAGGTCAATGGAAACCTATTTTACAGTGGTTCATTCAGTCAATATTGCCATCTTCAAAGAATGGATCTCCCTGCCAAGAGCATTCTATGGAAGGATATTACTTCTATTGATGACTAATGCATTGATATCCCATTCCTTCTGGAAGCCATATATATGGTGATGAGGTTGCTGCTTCACTTGTGGCAAT
TGGTTTTGTGTTTCATTTATCTTCGCGGCATAGGTCTCAAGAAAGTTTCTGGTCACCTTTGAGGGGCAATACAAGTCAACTTTGGTATGCCCGATGTGCAACAAAGTATCTGTAACATTTGATCCATTTATGTATTTGTCATTGCCTCTACCTTCTGCCACAACTCGGACAATGACTGTTACAGTATTTAGTAGTGATGG
TAGTGTGCCTC


>TRINITY_DN114813_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGTTGAAAGGTTGAAGTTAGAGTGAATCAGCTTTATGTAGTTTCGAAAACAAAAAGTCAATTCTAACCCTATGCCTATCCCTTGGCAAAAATTTCAGGTCATTTCTTTTTTAGAGGCATTACATATTTAGTTTTATGTTCGACAAAATTCAACGATCAGCTGAGCACCAACAAATAGTGAACAGACTCATCCAATGATGA
AAATGATGTTACTTGTAATAGCTTGCAGAAAATAGTCTCCAACAACCTTGGAATTTTTATGTCCAGAGCCTCTCTCCCGTGCAGGTATAGAAATTACAGGTATTCATCTCTGATAAATGGGAATTTTGTCATAGAGGATGGCATTTCCCCGCTCAAATTGTACAATGGAGCGCTCGGCATTGACGCCGGAAGAAGAGAAA
GCAGCAATCAGGGAGATTACAGAAGCTGCAGAAGCCAACATGAAGGAGGGCGACGTATATTATCTTCTAAACTTCAGATGGTGGAAAGACTGGTTAGATTATGTTTGTCATGATGCAACTAGCACAATCAAGGACACCAATGTGCACCATCCAAAGCCATATGATCATTTGTCTACTATGCCTATTTTGCCAAAGAGGCC
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