sp|Q9FG37|GACP3_ARATH ----> Gamma-tubulin complex component 3
Intron 1 GTCAATCGCA ... AAGCCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.27 | 18 | 9 | 31 |
| A2 | 64.29 | 15 | 4 | 27 |
| A3 | 57.58 | 14 | 6 | 19 |
| A4 | 57.5 | 17 | 2 | 23 |
| A5 | 56.25 | 7 | 8 | 9 |
| A6 | 63.64 | 4 | 1 | 7 |
| A7 | 51.72 | 14 | 4 | 15 |
| A8 | 100 | 0 | 2 | 3 |
| A9 | 41.67 | 7 | 7 | 5 |
| A10 | 82.5 | 7 | 9 | 33 |
>TRINITY_DN44660_c3_g1_i16 from sample A9 / Example spliced isoformGCTATCCTTAGCTCGGAGATACAAATAAAGAATTTGCCACACTAACAAGACCGAGCATAATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTG
AACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGGGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACAT
TAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAA
TCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAA
AGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGA
ATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGC
TATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTT
TATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAG
ATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGT
AGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGC
AAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGA
ATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGAAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACA
GTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCA
GGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACT
ACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTT
GCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCA
TTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTA
TTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACT
CGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCTCTACCTGAAACTAACTACAGTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGT
CACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGGCTGATTATTTATAAATTTT
TTCACTAGATTCATAATTCTACTTGCTTGAACTATTTGATATATCTGTTACACTTTTAGAATGGGTTTTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTAGACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGGTCTCCCAAAACCGGGCTGG
GTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTCTTGGAGCAACCTGTACAGT
GATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATAGTAATCATGATCTGTATATTTTCACCATTGTCTGCAAAAATGAAGGGAAGTGATCATCGAAGCCAATCCATTCAAGGGCGTAGGCAATCATGAGCTATGTAAATACTAGAGGTATCCATGAAGAGAATGGGGGCTCATGC
GATTGTTGTGGAAAAATGATGCATACGAAGATATAATTTTTTTGTGGTATATATCTTTGCAACTTTCCTTTCGGAGATAGCTAGAGTCATATATTGTTGTGATTGGAATCTGGGAATTCAAGCTGAAAAGCGAATCATTACATTTTTTGAAAATGTTTGTCTAAAAGGGGCAAAAAAGGATATTACTTAACTGTTACGAA
GGAAGGAAGTAGAACATGCCTGCATCAAAATAAGGTGGCAGAGAGAAGAACTTGAAAGGCCTAATGTTAAAAGAACATGCTTGCATCAAGATAAGGTGGCACAGAAGAATATTGAAAGGCCTAATGTTAAAGAAATTAATGCATGTTAAGATAGTGTGGAAAGGTTCTCCCATGTAGAACTAACTATGTACAATAGGAAG
CCCCAAGGGTAAGCTCAATTAGTTGGAACTTGGACCATCTACCCAAGGCATGTTGCCGATGGGGAGGCCATAGGTTACAGGTTCAAATCCAGCTGAGTCCTTTGGGGTTATCCACTGCTATTGTGGTTGGTGGTTTAGCTGCTTTCTGTCTAGGTATTTCAAGGAAGAAGGAAGGGTTCGCATGAGGTTTTCCTGGGAAA
AAAATCTATGTACAATACAAAGAAAATTTCAATAATACAAAGTTGAACATTTGAGAAGGCTTATGATGTGTAACATTGTCCAGACTATCAGCTAAAGTGATTCAAGGTGAACATTAATTCTGAATTATGTACATGTAAAATTTTATGTCAATGATATATATATTTTTTAAAGGAAAACCAC
>TRINITY_DN44660_c3_g1_i15 from sample A9 / Example unspliced isoform:GCTATCCTTAGCTCGGAGATACAAATAAAGAATTTGCCACACTAACAAGACCGAGCATAATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGgtcaatcgcattgcagactttt
ttatatattgctaaatttatttcttactgtaccaatttttttacaattacaaattttaaatacaattttgtttcgaacgattgtaaaaatcccaaaatcaatgattcaaatatagaccaatggcccacctcgaaagattttatctaggtttgaatttagttcaattaggaaaaataaatcccttgttaacacaattaaaa
atgactcacctttactcgcattgatggggtccaatgaatttggatccaagcctccagAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTG
GGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTC
CAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTG
AAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATT
CCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTT
GAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAAT
CATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTG
GGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAG
GCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGC
AGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCT
GCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGAAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTG
TGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTA
GTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTG
TTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACA
AGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTC
GCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCT
TATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGA
GTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTAAAACTCTGATAATCTTTGATGATCTTATTTAAAAATTACTGTGGCATTCGATTAAAAAAGTTTTATCAATATTGTAACATGGCATTATGGCATTATGCATATCATAGAAATGTATCCACGTTCTGCATGTTTTGATCTAAATTATTGTTTCATATTGTTTTGATTCAGTTCTTAT
Intron 2 GCATAATTTG ... TGCTGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 86.18 | 10.2 | 66 | 60 |
| A2 | 79.14 | 20.3 | 75 | 78 |
| A3 | 72.35 | 25.8 | 64 | 71 |
| A4 | 70.48 | 33.3 | 70 | 89 |
| A5 | 77.06 | 12.7 | 43 | 42 |
| A6 | 78.26 | 4.5 | 16 | 16 |
| A7 | 76.73 | 15.8 | 52.7 | 51 |
| A8 | 71.43 | 5 | 10 | 15 |
| A9 | 77.47 | 9.2 | 29 | 34 |
| A10 | 76.84 | 21 | 66 | 73 |
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoformTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAGTGAGAGCATTTTCAGCAATCGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCTCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAA
AGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCC
TTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGT
ACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCA
AGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGG
AATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGG
GCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACA
TACCTCAGCTGTTGAAAAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGA
AAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGG
AACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATAC
TTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTC
AAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGT
TCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGG
ACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGA
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTAAATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAAATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAA
TCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCATTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAGTGAGAGCATTTTCAGCAATCGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCTCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGgcataatttgaatgatcacttgttgctg
agcagATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTC
CAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTG
AAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATT
CCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTT
GAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAAT
CATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTG
GGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGTTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAG
GCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGC
AGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCT
GCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTG
TGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTA
GTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTG
TTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACA
AGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTC
GCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCT
TATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGA
GTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCGCTACCTGAAACTAACTACACTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAAC
TTATTTTATTTGTTTGCAACAAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGT
Intron 3 GTGCCTGATC ... TGATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.07 | 30 | 61 | 73 |
| A2 | 56.94 | 31 | 54 | 28 |
| A3 | 53.14 | 41 | 41 | 52 |
| A4 | 68.18 | 28 | 64 | 56 |
| A5 | 69.23 | 14 | 25 | 38 |
| A6 | 68.75 | 10 | 26 | 18 |
| A7 | 57.14 | 33 | 44 | 44 |
| A8 | 57.38 | 13 | 17 | 18 |
| A9 | 58.46 | 27 | 48 | 28 |
| A10 | 68.85 | 19 | 40 | 44 |
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoformTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAGTGAGAGCATTTTCAGCAATCGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCTCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAA
AGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCC
TTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGT
ACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCA
AGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGG
AATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGG
GCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACA
TACCTCAGCTGTTGAAAAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGA
AAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGG
AACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATAC
TTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTC
AAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGT
TCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGG
ACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGA
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CGGAGATACAAATAAAGAATTTGCCACACTAACAAGACCGAGCATAATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGGTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTA
AATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAAATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTT
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TGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGAT
GAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGC
TTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATG
CAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTG
TTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAAC
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acatcaaaaaattactattatgatttgcagTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAG
TGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGA
ATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCC
AGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCT
GGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGC
AGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTC
CAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGG
AGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGC
AATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGG
GTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCGCTACCTGAAACTAACTACACTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAA
ATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGT
Intron 4 GTATTGGTTT ... TTTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.5 | 74 | 25 | 34 |
| A2 | 26.53 | 54 | 18 | 21 |
| A3 | 28.78 | 73 | 27 | 32 |
| A4 | 28.68 | 46 | 24 | 13 |
| A5 | 31.58 | 26 | 10 | 14 |
| A6 | 22.39 | 26 | 3 | 12 |
| A7 | 28.29 | 42 | 7.2 | 26 |
| A8 | 30.23 | 15 | 6 | 7 |
| A9 | 21.37 | 46 | 10 | 15 |
| A10 | 23.94 | 54 | 12 | 22 |
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoformTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAGTGAGAGCATTTTCAGCAATCGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCTCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAA
AGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCC
TTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGT
ACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCA
AGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGG
AATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGG
GCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACA
TACCTCAGCTGTTGAAAAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGA
AAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGG
AACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATAC
TTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTC
AAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGT
TCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGG
ACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGA
>TRINITY_DN120725_c1_g1_i14 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGAT
TGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGgtattggtttagtctttgggctaaaagtagtgtccaagttatttatcttatatctattcttttagatgtttttacattgtgttttgaattagactctttagagtatgtggaatgaagtatctttgtctttgatatggacaattga
gagagcatccaagtaagcacattgcttcaaattcctctataacaggattgtgcctcatccatcttgagtatctcaaaactttgcttttgctagagagaggccataaagttatccaaggagcttgtatgatgtatattctaaatttctatctgatctcgaaggatgcattttgatactaattatttctctcagTTGTTTTT
CTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACT
TTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCT
GCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGTTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATC
AAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCT
TTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCAAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTCCAACAGCAGAATGAA
TGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTT
GAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATT
GGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAG
TTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATT
AATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGA
Intron 5 GTTAGCTAAG ... TTTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.54 | 93.3 | 32 | 7 |
| A2 | 21.77 | 54 | 15 | 1 |
| A3 | 20.22 | 67.1 | 17 | 9 |
| A4 | 23.1 | 96.6 | 29 | 11 |
| A5 | 33.86 | 52.8 | 27 | 2 |
| A6 | 22.12 | 17.7 | 5 | 1 |
| A7 | 28.59 | 74.9 | 30 | 4 |
| A8 | 24.29 | 21.8 | 7 | 3 |
| A9 | 28.09 | 48.7 | 19 | 1 |
| A10 | 23.54 | 48.8 | 15 | 2 |
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i31 from sample A1 / Example spliced isoformATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGGTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTAAATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAA
ATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAG
CCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGA
TATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGC
ATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTG
CGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGA
TTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATT
CAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGA
GGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCT
TAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAG
TGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTG
TTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAAGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATG
CTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATG
GCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCT
CTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTTGACAG
AGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATA
CTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTT
CTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTAT
TGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTC
ATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCTCTACCTGAAACTAACTACAGTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTA
TGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGG
CTGATTATTTATAAAATTTTTCACTACAATCAAAGTTCTACATGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTCTTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGG
TCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTC
TTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATATTAATCATGATCTGTATATTTCC
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i27 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGgttagctaagatttcttttattgttatttctccacttatgcttct
acttcattttgcactaactctatattttgtttgataactccagtgagaaaattgatttgtttatttcagGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGGTATTGGTTTAGTCTTTGGG
CTAAAAGTAGTGTCCAAGTTATTTATCTTATATCTATTCTTTTAGATGTTTTTACATTGTGTTTTGAATTAGACTCTTTAGAGTATGTGGAAT
Intron 6 GTCAATCGCA ... TGGATCCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.62 | 13.5 | 8.9 | 24.6 |
| A2 | 55.33 | 20.1 | 3.9 | 24.6 |
| A3 | 59.34 | 10.7 | 4.9 | 15.3 |
| A4 | 66.16 | 10.6 | 2 | 20.7 |
| A5 | 68.97 | 3.2 | 7.8 | 7.1 |
| A6 | 55.8 | 4.5 | 1 | 5.4 |
| A7 | 49.51 | 13.5 | 3.8 | 13 |
| A8 | 98.86 | 0 | 1.9 | 3.5 |
| A9 | 48.38 | 2.1 | 6 | 2.1 |
| A10 | 86.4 | 4.9 | 9 | 30.7 |
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGCCTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGC
GCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCC
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ACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGC
TTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATT
GCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAA
CTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTT
CTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGA
ACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCT
CAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAA
ACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAAGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGG
TCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCAT
ATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAG
ATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTTGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGG
TATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCA
AGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGTTCATTCCTCTTGCCTCTCTTTCTTTTTCCAAGATTACTGGATATAATTATTTCCTACGCTGTCCATTGTTTATTGATATCTTTCTTGTTTTCATTATTTCCAAGGGCTTGTT
TTTGTTTTCATTTTATTGTCATTTAGTCATTTTTCTGAAATTTTGAGAGCTATAGATCTTACAAGTAAGAATGTCTGCTATATGTTTTGTACTTTATCATCATTGTCATAATGCATAGGTGATTTTGTAGGCTAGACATGCCTTGACATCTAGATTCTATACTATATGTTCTTAAGGATCAGAAATGGGATATGGGAAAT
GGTAGGAAATGAGTTTTTAGAAACAGGTAGATTAAGGTTCCAGTAAGGACAGGAAACTGGGGGATGGCTGTTTAGGAAACCAGAGGAAATGGTTTCTGGAAATGGAAAAAAATATTAAAGTAAAAATCTGCCCTTAGCTG
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i31 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGgtcaatcgcattgcagacttttttatatattgctaaatttatttcttactgtaccaatttttttacaattacaaattttaa
atacaattttgtttcgaacgattgtaaaaatcccaaaatcaatgattcaaatatagaccaatggcccacctcgaaagattttatctaggtttgaatttagttcaattaggaaaaataaatcccttgttaacacaattaaaaatgactcacctttactcgcattgatggggtccaatgaatttggatccaagCCTCCAGAG
CCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGA
TATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGC
ATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTG
CGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGA
TTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATT
CAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGA
GGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCT
TAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAG
TGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTG
TTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAAGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATG
CTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATG
GCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCT
CTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTTGACAG
AGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATA
CTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTT
CTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTAT
TGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTC
ATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCTCTACCTGAAACTAACTACAGTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTA
TGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGG
CTGATTATTTATAAAATTTTTCACTACAATCAAAGTTCTACATGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTCTTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGG
TCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTC
TTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATATTAATCATGATCTGTATATTTCC
Intron 7 GTACTATTTT ... TACTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30 | 49 | 21 | 10 |
| A2 | 34.67 | 49 | 26 | 7 |
| A3 | 33.33 | 46 | 23 | 4 |
| A4 | 33.33 | 30 | 15 | 3 |
| A5 | 23.53 | 26 | 8 | 2 |
| A6 | 29.49 | 153 | 64 | 11 |
| A7 | 28.47 | 196 | 78 | 34 |
| A8 | 28.94 | 221 | 90 | 24 |
| A9 | 30.14 | 153 | 66 | 29 |
| A10 | 29.74 | 137 | 58 | 22 |
>TRINITY_DN48838_c0_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoformGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCT
TGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATTGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAA
TCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCG
TGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAG
TGGACAGTTTATCACGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGG
TAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGG
CATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAA
AGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGA
TAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGC
TGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGC
ATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTCTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTTCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCT
GGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTC
CCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTG
ATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTC
TCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGG
TGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGT
CAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGC
TATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGCACTTGATGGTTGCCTCTACAAGATGACAAAGCTTGCGGAAGTGGGATGGCTGTAATTCTTCCTATCTAATGATGAGGCATCGCTTATGAGAAACAAATGTCGATGATAATGAATCCACACTT
TCACCATATGTTCATTCACTTTACACTATAGATTGACAGACTGAAAAAATGTAAGTCCTTTGGTGATGTGCTTATTTGATTTGTAAGCCATTTACTCGACATTATATAACACCAATCGACTTTATAAATAGTCTGTGGTGAAATGAATAATGCATTGCAATTGGCATCAATTTAAACAGTTCCTAAAAGAGAAAGAAAGA
TGGTTTTAGTTTCTATAGGTCGCGTGAATTAGTTTTCAAGGGACGAAATGAAACCTTTTGGAAGACTGCTTGCTATCATTAA
>TRINITY_DN48838_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAAT
TCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACT
GATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGG
TGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATT
AAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGC
TGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGgtactattttgcaatctcccaaagttgtttttgaatctatctatatacttcttagaagctcatgttctcttcactcaattatgttattttagtctctaaggattagtcattttac
atcagaatgtaatatattcaaacttcatatatgctatttctaagagttcgagtgaaaatctgggttcagctttgcatgccagtgtaaaatctaataaattaatgtcatgcttatactatgcagTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTG
TAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGG
Intron 8 GTATGCCATC ... TTGCCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.39 | 51 | 10 | 7.3 |
| A2 | 4.09 | 46.9 | 2 | 0 |
| A3 | 16.35 | 40.9 | 8 | 3 |
| A4 | 6.72 | 41.7 | 3 | 4 |
| A5 | 11.57 | 22.9 | 3 | 0 |
| A6 | 13.33 | 13 | 2 | 0 |
| A7 | 20.18 | 27.7 | 7 | 0 |
| A8 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 11.9 | 0 | 0 |
| A10 | 12.49 | 45.9 | 6.6 | 1 |
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i31 from sample A1 / Example spliced isoformATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGGTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTAAATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAA
ATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAG
CCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATGGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGA
TATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGC
ATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTG
CGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGA
TTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATT
CAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGA
GGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCT
TAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAG
TGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTG
TTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAAGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATG
CTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATG
GCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCT
CTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTTGACAG
AGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATA
CTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTT
CTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTAT
TGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTC
ATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCTCTACCTGAAACTAACTACAGTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTA
TGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGG
CTGATTATTTATAAAATTTTTCACTACAATCAAAGTTCTACATGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTCTTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGG
TCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTC
TTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATATTAATCATGATCTGTATATTTCC
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAA
CAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGgtatgccatctaacatccttttgatatctccatttgaatttgtaaactctgatttgtgcttgttcttgccaacagTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAG
TCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGTACTCCTTCTTTACTTAAGTGTTAGCTTATAAGTGCTGCATAGTTCATTGTTCACTTGGATGTTCATATGTTCCTGAATCTTTCCGAGATTTGTGTAAGTAAATAGTCACAAACAGAGTTTACATTAGAGACATGAT
TGGTGAATAGAATATTGTTGGTCTTCCTTGGAGCGCCCTTACTTCTTAATTCTTGGCTAGCATCTTGTCATGGTTGATCATCATTGCTAGTGTAACGCTCCCCTCGATCTTATCTCTTGGCACACACTTTGATGCATGATTATATTTTATTGCTTGAAGAAGGGGTCGTCCCCTTCCTTAATGAGGTTGGT
Intron 9 GTAAAACTCT ... TTGATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 42 | 3 | 14 |
| A2 | 22.5 | 31 | 0 | 9 |
| A3 | 18.18 | 27 | 0 | 6 |
| A4 | 29.03 | 22 | 0 | 9 |
| A5 | 28.57 | 20 | 0 | 8 |
| A6 | 21.05 | 195 | 1 | 52 |
| A7 | 17.36 | 200 | 1 | 42 |
| A8 | 22.16 | 302 | 1 | 86 |
| A9 | 20.36 | 176 | 7 | 45 |
| A10 | 18.45 | 137 | 2 | 31 |
>TRINITY_DN48838_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAGCCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCT
TGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGCTTCTAATTGCAGGCATAATTTGAATGATCACTTGTTGCTGAGCAGATTCTCGTACCATAGTTTGATCACTTACTATTATGTTGACACCATTTAAGCAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAA
TCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCG
TGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGTATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAG
TGGACAGTTTATCACGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGG
TAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGG
CATTGGAAAATAATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAA
AGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGA
TAAAAATGATAGTCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGC
TGCAAGGAAGCTGTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGC
ATATCAGAATCAAAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTCTTCTGTTTCTGCAAGGGAACTTCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCT
GGGCAGGGACAACACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTC
CCAGAGTCCAGGAAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCGAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTG
ATGGATGAGTGGAGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTAGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTC
TCTGGATTCTCTGGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGG
TGATGGCATTTCTTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGT
CAAGGTATGGCCTCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGC
TATAAAAGCAAGGTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCGCTACCTGAAACTA
ACTACACTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCG
ATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGGCTGATTATTTATAAATTTTTTCACTAGATTCATAGTTCTACTTGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTC
TTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGGTCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCT
AGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTCTTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATAGTAATCA
TGATCTGTATATTTTCACCATTGTCTGCAAAAATGAAGGGAAGTGATCATCGAAGCCAATCCATTCAAGGGCGTAGGCAATCATGAGCTATGTAAATACTAGAGGTATCCATGAAGAGAATGGGGGCTCATGCGATTGTTGTGGAAAAATGATGCATACGAAGATATAATTTTTTTGTGGTATATATCTTTGCAACTTTC
CTTTCGGAGATAGCTAGAGTCATATATTGTTGTGATTGGAATCTGGGAATTCAAGCTGAAAAGCGAATCATTACATTTTTTGAAAATGTTTGTCTAAAAGGGGCAAAAAAGGATATTACTTAACTGTTACGAAGGAAGGAAGTAGAACATGCCTGCATCAAAATAAGGTGGCAGAGAGAAGAACTTGAAAGGCCTAATGT
TAAAAGAACATGCTTGCATCAAGATAAGGTGGCACAGAAGAATATTGAAAGGCCTAAT
>TRINITY_DN48838_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTATAGTCTTTCTCTTAAGGgtaaaactctgataatctttgatgatcttatttaaaaattactgtggcattcgattaaaaaagttttatcaatattgtaacatggcattatggcattatgcatatcatagaaatgtatccacgttctgcatgttttgatctaaattattgtttcatattgttttgattcagttcttatca
tcaccactcatgtttccatgtaatttgattgtagGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCGCTACCTGAAACTAACTACACTAAAGGTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACA
ACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTTTAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATT
AGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGGCTGATTATTTATAAATTTTTTCACTAGATTCATAGTTCTACTTGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTCTTTTGTTAATCTTTCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGT
TAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGGTCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTGTGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGC
AAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTCTTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATAGTAATCATGATCTGTATATTTTCACCATTGTCTGCAAAAATGAAGGGAA
GTGATCATCGAAGCCAATCCATTCAAGGGCGTAGGCAATCATGAGCTATGTAAATACTAGAGGTATCCATGAAGAGAATGGGGGCTCATGCGATTGTTGTGGAAAAATGATGCATACGAAGATATAATTTTTTTGTGGTATATATCTTTGCAACTTTCCTTTCGGAGATAGCTAGAGTCATATATTGTTGTGATTGGAAT
CTGGGAATTCAAGCTGAAAAGCGAATCATTACATTTTTTGAAAATGTTTGTCTAAAAGGGGCAAAAAAGGATATTACTTAACTGTTACGAAGGAAGGAAGTAGAACATGCCTGCATCAAAATAAGGTGGCAGAGAGAAGAACTTGAAAGGCCTAATGTTAAAAGAACATGCTTGCATCAAGATAAGGTGGCACAGAAGAA
TATTGAAAGGCCTAAT
Intron 10 GCATAATTTG ... ATTTAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.22 | 34.6 | 70.2 | 59 |
| A2 | 69.28 | 35.6 | 82.7 | 75 |
| A3 | 72.8 | 26.9 | 64.6 | 79 |
| A4 | 66.84 | 43.8 | 73.2 | 103 |
| A5 | 73.71 | 15.8 | 42.4 | 46 |
| A6 | 81.51 | 3.1 | 16.8 | 10 |
| A7 | 74.54 | 18.9 | 53.4 | 56 |
| A8 | 76.47 | 4 | 10 | 16 |
| A9 | 71.74 | 13 | 29 | 37 |
| A10 | 76.45 | 19.9 | 67 | 62 |
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGGTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTAAATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAA
ATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAG
CCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGATATGGAGAGAGGGGCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATC
TGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTTATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGG
TTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTTTAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGT
GCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAAAATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCC
ATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGAACAAGGCTATTTTATGCGTCAATGGGAATCTGGAAAGGTTGATTCTATGTTTCATTCAACTGGCCTCAATGGGGCATTGGAAAATA
ATGAAAGAAAAGGAGTAAAGGGTAATGACTCACCCAAAGAATCATCTTTGGATGGAAAGTCAACAAACTTTAAGAGTAGAGATCAAAGTCCCGATCAAAGAGGTCCCGTTTGTCCAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCT
GAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACCCCTCTAGATACAGGACTTCATCAACATACCTCAGCTGGTGAAAAGGTGCCTGATCTTGAACAGAGATTTTTGGATAAAAATGATAG
TCCATTATCACTCTTTGAAAATTTTTCTGCCACTTTGGTGAGGCTTTTGGGATATGGTTCTAGTACATCAAAAAATTACTATTATGATTTGCAGTCACTAGTGTTTCCAGGAAAGGTTTGTAGATTCTTCACAACAAAAGAAGATTCAGTAGCAAAAAGTGGAGATGATGTCTCAAAAGTGAGAATGCTGCAAGGAAGCT
GTTGGAATTTGCATCTGGATGTGACAGCTGAGAACTTTCAGCAGTGGACTATTAAGATGGATAGTGGCTTTTTGAAAAGTGATAGCCGAGATTTAAGTTTGTTGCCCAGTTCTCAAAGTGCAAATGAGGTTTCCGAATCCACCAATGAAAATAGGTTGAATGATCCTTCTCAAACAGGAGATGCCAGCATATCAGAATCA
AAAATATTATTCAGGCCTGAAAATGCAGCCTTTTCTGTTTCTGCAAAGGAACTCCAACAGCAGAATGAATGTTGGAACATCGAGTTAAATTTGTCTAAATGCTGTTTATTACCTTCATTGAATGATGAATATCTTAGAAAGGCTGTCTATAGTGAAAATGACAATGATACAGGTCAGAATTCAGAGCTGGGCAGGGACAA
CACAGATGAAATTGGGTTAGAGCAGAAAGTTTTTACTGGTTGTGGAGACCATATGGTTGACTCCAGCTTGAATACTTTAAATGGTACAAATTATGCATATGGCTTTGGCTTTGGAAAAACAGTAATGCATCATATAAACACTGATTCAGAAGCATTAGAACTATTATATCCATATCCAACACTTCTTCCCAGAGTCCAGG
AAAATTCACATGTTTCTGAATTATTGCCATCTCAACGGAGTAGTAGTTTAGCGTCAAGAATTCTGGATTGGCTTCAAAATATAAAATTGAAAGCTACACCTCTACCCATGGTGCTGGTGCAGGAGTGCCTGATCTCTTTTATTCAACAGCAGGTAGATCATGTTGGTCAGCAGATTTTGTCAAAGTTGATGGATGAGTGG
AGACTGATGGATGAACTTGCTGTTTTACGTGCTATTTACTTGTTTGGATCTGGTGACTTGCTGCAGCAGTTTTGTTCTGTGCTTTTTAACAAGCTTGACAGAGGGGAGCCATGGGATGACTACTATGAGCTAAATACCATGCTACAGGAATCAATTCGAAGCTCTGCTGATGGTATGCTTCTTCCGTCTCTGGATTCTCT
GGTGGTGACTATCTCTCCACGATCGAATGGTGCACTAGAACAAGGGTTTGGCACTATTCCTCTCCAATTAATGGGACGTGGCAGTGGGTTTGGCATTGATACTCTTGATTCTTTATGGTTTGCTTACAAGGTTGCATGGCCTCTTGAACTTATAGCTGATCAAGTTGCAATCAAGAAATACAACCAGGTGATGGCATTTC
TTATTAAGGTGAAGCGTGCAAAATTTGTTCTTGATAAAGCTCGCAGGTGGATGTGGAAGGAAGGAGGTAGTGATGTGCCCAATCACAAGCGACATATGCTTCTGCAGCAGAAACTTATGCATTTTGTCAATACATTTCATCAGTATGTCATGGATCGGGTCCTGTACAGTGCATGGATTGAACTTTGTCAAGGTATGGCC
TCTGCTGGGTCTCTTGATGAAGTTATAGCATGCCATGAAGCTTATTTGGTTTCCATCCAAAGGCAATGCTTTGTTGCTCCAGACAAACTGTGGGCTCTTATTGCAAGTCGTGTTAAAACTATTCTTGGATTGGCTTTGGAATTTTACTCCGTACAGCATACCTTGTGTAGTGGAGGTGCTGCTCCTGCTATAAAAGCAAG
GTGTCAAATGGAGGTTGATCGTATTGGTCACCAGTTTGATGAGTGTATAGTCTTTCTCTTAAGGGTACTTTCATTTAAACTTAACGTTGGCCATTTTCCTCATTTGGTGGATTTGGTAACTCGAATCAATTACAATTACTATTACATGTCGGAGACTGGTCATTTGCTAACCCCTCTACCTGAAACTAACTACAGTAAAG
GTTCTCAAACATTGCGAACAAATTTGTACAACCAAAGCTAACTTATTTTATTTGTTTGCAACAATCTTAATAGCATGCCTGGAAGTTTGGGTATGATGTTATGTAACATGATTTAAAGGTCACGCCATTGTTGTTTTGTCTTGTTCTTTGGTGTTAGTGTGCATATGCTCAGGGATCACATCTAGCGATCTCAATAAGTT
TAAGTCTTGTTCCTGTGGATTTATATATTAGCGTTGTATCAATATTTTATTGAGTTAATTGTTATCAACTTAAGGGAGAGGATTTCTGTAACTTTATAAGGCTGATTATTTATAAAATTTTTCACTACAATCAAAGTTCTACATGCTTGAACTATTTGGTATAGCATTTACACTTTTAGAATGGGTCTTTTGTTAATCTT
TCTTTGTTGATACCTTTGGTTCAGTTCGTTAATGTTATACATAGTTACAAGACCCAGTCTGAGTCTACCTAGACAGACGAGTCTCCCAAAACCAGGCTTGGTCTCCCAAAACCGGGCTGGGTAGATTTTTGACTGAATCTTTGACCCAATTAGACTCAGTACAAGTCTGCAGAGACTTGCAGCGTCTAGGCAAAATTGTG
TGGACTCCCCTGAATCTGACCCAGTCAGCAAGTCCCGACACCTATTTAACATAGAAAAGGTGCAGAAAATGCCATTTTTGCAGGTGTTTTATGACAGTTTCTTGGAGCAACCTGTACAGTGATTTTCCAGCAGACCATGATCACATTTCACATGCATCTGGGCATGCCACATTGCAAATATTAATCATGATCTGTATATT
TCC
>TRINITY_DN131620_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGCCACCTAAAAGGTTATAACATTTTGCATATCGGCTCGTGTCTTTCGAGTTATTTGGGCCATCATTTCAAAATTTGCTCTGCGATCTACAGCCATGAGCACTTGGGATGCAAAGGAGGTCAATCGCATTGCAGACTTTTTTATATATTGCTAAATTTATTTCTTACTGTACCAATTTTTTTACAATTACAAATTTTAA
ATACAATTTTGTTTCGAACGATTGTAAAAATCCCAAAATCAATGATTCAAATATAGACCAATGGCCCACCTCGAAAGATTTTATCTAGGTTTGAATTTAGTTCAATTAGGAAAAATAAATCCCTTGTTAACACAATTAAAAATGACTCACCTTTACTCGCATTGATGGGGTCCAATGAATTTGGATCCAAGCCTCCAGAG
CCACTGGGCTTGCACCATTGAACTTCCCAATGACAGCAGTTTCAGCAAACGAGAGGGTTCGCTAAGAGGAGCGCCTTGGAGTGCCTGATTTCACTGAGAGgcataatttgaatgatcacttgttgctgagcagattctcgtaccatagtttgatcacttactattatgttgacaccatttaagcagATATGGAGAGAGGG
GCGACATTAGTAGAAAGTCTAAGCAAAGTTCATTCCAGTGGCCTTCCTTTTGCAGCCCCAAAATCAACATTAAGGCCGAAAGAATCTGTGCTGGTACGAGATGTTCTGCAAATGCTCCAAGGATTTTCCAGTACTTGGTTCTACTGGGATGAAAATGAACAGAGATTTCGTGTCAAGAAGGGGCTGCATGTCTCTCACTT
ATCTCAATCAAGTCTCAATTGCATCCTTTATCGGTTCATGCATGCTGCAACATGTTTACACCGTGTAGAAGCTTTTGTGAAGCAGGTTGAAACAGCTTCATGCAGTGGCATTTTAAAGTCGCACACTGAAGCTCCTCCTACACTGCAGGCTTTTGCAAATGCTGTGTCTGCAAGGCTTAAGTGCTTGCGAAAATCTGCTT
TAGAAAAAGAGTTGGAGTCTGCAGGTACTGCAGCAGGAACAACCGTAACACTCCTGAGCTTAGTGGACAGTTTATCACGGGTTTGTGCAGGGGCAGAATTTCTGTTACAACTAGTTAATGGTGTGATTCCTAGCAGTCAGTTGGAAAATGCAGTAGTGGCTGCAGAACTGGCAACGCACATTCTTGATTATCTCTATGAA
AATCTGAATGAGTTCTGCTTGGTTCAAGATGGGGAGGACGAACCTTACCACACATCATTGCTCCTATTCATAGGTAGTTTGCGCCCATTGATTGAGTCCTTGGATTCCTGGCTGCATGAAGGCACTTTGAGTGATCCTTTTGGTGAGTTGTTTTTCTGTGCCAATGGTGCAATTGCTGTTGAGGATTCAGCCTTTTGGGA
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CAATTTTTATACAGCCCATAGCCAGGGCAATTGTGTCTGCTGGAAAATCGCTGCAGCTTCTGCGTCATGTACAAAGGGAGCATGCTGAGCTATCTGAGAGAGTTGATGCATATCGAAAGAGTTCCCTGGGAAATTATGAAAACTCTGTCTCCTCTGCAATCTGGGTGCCTTTGTTCCCTCAATTTCTTAACAGAAAAACC
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