sp|Q94FL5|REV7_ARATH ----> DNA polymerase zeta processivity subunit

Intron 1 GTGTTCTTCA ... TTGGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.7	55	0	8
A2	14.81	46	0	8
A3	13.64	38	0	6
A4	12.5	21	0	3
A5	6.25	15	0	1
A6	18.64	323	0	74
A7	15.89	254	1	48
A8	18.15	212	0	47
A9	12.46	281	0	40
A10	16.31	236	0	46

>TRINITY_DN33166_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GCATATCTGAATTTAATCTCAGCTGAAATCTGGTTGTGGCACTGAAGGGATGGATCGTGCGAAACAAGCTCTTCCGCAGGAAATTATTATTCGGACATTAACAGAATTCCTTGAAGTTGCGATCAATTTCGTGGTGTACGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTCCAGTAC
AATGGGCTCGCCACCCTGGCCTCAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATAT
GCTTTAAGAGCTTTTCTCATAAAGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACACTGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCATGAGCAG
TGAACCATTAAATGTGCAATTGTATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTATGTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATGGTCTGGACTCTGTA
TTCATGTTTTGGGTAAATGTCCTTTTTGGTTCAAAT

>TRINITY_DN33166_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGgtgttcttcacgttcatattcatattcacatgtattcaattgcactagaaacagtgtgtgtagatgtgtataaaggattgaagttttgatgtatggaattgggtagttgggtgcagAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTCCAGTACAATGGGCTCGCCACCCTGGCCT
CAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATATGCTTTAAGAGCTTTTCTCATAA
AGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACACTGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCATGAGCAGTGAACCATTAAATGTGCAATTG
TATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTATGTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATGGTCTGGACTCTGTATTCATGTTTTGGGTAAATGTCC
TTTTTGGTTCAAAT

Intron 2 GTATGTATCT ... CATATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	18	6	0
A2	31.25	22	10	2
A3	23.68	29	9	0
A4	23.33	23	7	2
A5	5.56	17	1	0
A6	19.13	224	53	0
A7	19.47	153	37	0
A8	14.17	212	35	0
A9	16.44	183	36	1
A10	15.24	89	16	0

>TRINITY_DN106030_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGAATTTAATCTCAGCTGAAATCTGGTTGTGGCACTGAAGGGATGGATCGTGCGAAACAAGCTCTTCCGCAGGAAATTATTATTCGGACATTAACAGAATTCCTTGAAGTTGCGATCAATTTCGTGGTGTACGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTCCAGTACAATGGG
CTCGCCACCCTGGCCTCAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATATGCTTTA
AGAGCTTTTCTCATAAAGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACACTGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCATGAGCAGTGAACC
ATTAAATGTGCAATTGTATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTATGTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATG

>TRINITY_DN106030_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AACCCACTCTCTTTTGCTTTTAATATTTTGTCATTACTGCTTGGCTAATGAGACTTCTAGCCTATATATTATGCTTTTCCAGTAATTTTGCTAGAAGTATATTATTGATAACAACAATGAATGATTCCTGAGCAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGT
TTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATATGCTTTAAGAGCTTTTCTCATAAAGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGgtatgtatcttgtcgtttcctgatggtttatattttgttatatgcaaatttaggatgtgccagaatatagacaaa
caagcattaatatttcattataatttggcccaatgaatgaccagtgaagatgacattttcatataacagATTGCACATGGGAAATACCAGGC

Intron 3 GTAAAACTTA ... CTCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.13	48	1	13.5
A2	19.98	37	1	10
A3	15.05	41	3	8
A4	6.89	25	0	2
A5	15.63	15	0.5	3
A6	17.2	247.5	2	62
A7	15.64	180.8	0	39
A8	14.87	156	0	33
A9	12.68	237	0	39.5
A10	13.73	166	1	31

>TRINITY_DN104588_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TACAATGCATATCTGAATTTAATCTCAGCTGAAATCTGGTTGTGGCACTGAAGGGATGGATCGTGCGAAACAAGCTCTTCCGCAGGAAATTATTATTCGGACATTAACAGAATTCCTTGAAGTTGCGATCAATTTCGTGGTGTACGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTC
CAGTACAATGGGCTCGCCACCCTGGCCTCAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTT
GAATATGCTTTAAGAGCTTTTCTCATAAAGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACACTGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCAT
GAGCAGTGAACCATTAAATGTGCAATTGTATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTATGTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATGGTCTGGAC
TCTGTATTCATGTTTTGGGTAAATGTCCTTTTTGGTTCAAATTTAAGCAA

>TRINITY_DN104588_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TACAATGCATATCTGAATTTAATCTCAGCTGAAATCTGGTTGTGGCACTGAAGGGATGGATCGTGCGAAACAAGCTCTTCCGCAGGgtaaaacttacgctttcaaactggatccttgctagctctattttcgggccacaagccctcctttttcgtaaagtaacaacgttctggtatattttcctttatgtggtttccctc
tgtgcagAAATTATTATTCGGACATTAACAGAATTCCTTGAAGTTGCGATCAATTTCGTGGTGTACGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAG

Intron 4 GTGTTCTTCA ... AATTGGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.18	27	0	6
A2	22.58	24	0	7
A3	21.74	18	0	5
A4	16.67	5	0	1
A5	0	4	0	0
A6	26.51	122	0	44
A7	22.22	126	1	36
A8	21.19	93	0	25
A9	16.11	125	0	24
A10	20.65	123	0	32

>TRINITY_DN33166_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TTACGCTTTCAAACTGGATCCTTGCTAGCTCTATTTTCGGGCCACAAGCCCTCCTTTTTCGTAAAGTAACAACGTTCTGGTATATTTTCCTTTATGTGGTTTCCCTCTGTGCAGAAATTATTATTCGGACATTAACAGAATTCCTTGAAGTTGCGATCAATTTCGTGGTGTACGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGTTGGG
TGCAGAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTCCAGTACAATGGGCTCGCCACCCTGGCCTCAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGA
ATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATATGCTTTAAGAGCTTTTCTCATAAAGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACAC
TGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCATGAGCAGTGAACCATTAAATGTGCAATTGTATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTAT
GTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATGGTCTGGACTCTGTATTCATGTTTTGGGTAAATGTCCTTTTTGGTTCAAAT

>TRINITY_DN33166_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGTCCGGGGGGTCTACCCTGCAGgtgttcttcacgttcatattcatattcacatgtattcaattgcactagaaacagtgtgtgtagatgtgtataaaggattgaagttttgatgtatggaattgggtagTTGGGTGCAGAGGCGTTTGAAAGGAGGAGATACCTGAATATTCCAGTACAATGGGCTCGCCACCCTGGCCT
CAGAGATTACATTCATTCCACAATTGCAACGCTTCAAACTTATATTCAAAAGGATATTCTGGAGAGAGTGGCAGTCATCTTTAGTGACAAAAATCAAATTCCAATTGAGAAATTTGTTTTCAGATTGAAGGTGAATCAGTCATATAAGTTGGATTTCCCGGTAAATGACCTTGAATATGCTTTAAGAGCTTTTCTCATAA
AGTTGTCAGCCTCTAAGTCAATGCTTCAGCCACTTCCGGATGATTGCACATGGGAAATACTAGGCTACTTCAAGCAACTTCCTGGTGATGCCAGTGATAAAGGGCAGTTTTGGTTACCGACAGATACCAAACACTGGCAGCAGCCACCATTGATAACTCCTATTAAGTCCATGAGCAGTGAACCATTAAATGTGCAATTG
TATGTAGAACATCCTTCGGAATCAGATAGAACTATAGTGTAGTGTTGCCACTTCATGAATTTGTGGTTGAGATGGGAATTCAAACATGCAAATGTATAATTAATAATGCACACATATTTAAGTATTGTGATTATGTGTTTATTTATTTGATGTCTAAGAGCATGGTCTGGACTCTGTATTCATGTTTTGGGTAAATGTCC
TTTTTGGTTCAAAT