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Intron 1 GTTGGTTTAG ... TGTAAAGCAG

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>TRINITY_DN126369_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
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TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCT
GTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTAT
GGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTT
GCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCA
AAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTAC
AGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTA
TGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATG
CAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTA
GATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATAT
GAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGC
GGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAAT
ATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAAT
GAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATT
ATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTG
TTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAG
GGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGT
TAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC


>TRINITY_DN126369_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GTCATCTGCTTCTAATTTACAGgttggtttagtcccgtttctgaaatcaatcaaaataatggatgacgcctgatgtacttttatgaatttgtaaagcagGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTC
AACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATG
TGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACT
TCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAA
GACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCC
TGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGAT
CTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGT
CATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTT
CCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACT
GCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATAT
GGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAG
CTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAA
CGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTT
CAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTG
TAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCT
AATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC




Intron 2 GTTTGTGTTT ... TTGGGTACAG

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>TRINITY_DN111061_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
CATTTGTTGGTTTCGGTTAAATTTGTGTCTAATTTTGAACTTTTTCATGCATTGGTTGTAGCTGTTAATAGTTCTGATTCATTCGGACACTTTGACAATTCTCAGAATTTGCTTTTGAAGTGTCAAGTTTGTGTTGATTTTCAGAGTTGAGTATGGAAATGTTGTCTTTCGTAGGAGTGATATATTGATGAATAAGGTGT
TTGGAATTTTGTACCGATTATTGGTTTCCTTATGCTTTTATCGAATATGTTAATGGGTTTTGTAGTCGAGCTCTTCAGAAGGGTTTAGACTGTTCCCCTGCTGGGTTTGGTTTTTCCTCTTATTTAGTATATCTACTGGGTAATCTTATTTGTGGGATTGATCACTCTGAATGTGTGTGTTTATCGTTAGACTGGTGCTC
TGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCT
GCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCC
CAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCA
TGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACAT
GAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGA
CCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATG
CTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAA
GGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAG
ATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGT
CAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAA
GCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGT
GGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAA
ATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTA
ATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCA
GTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTA
TCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAAAAA


>TRINITY_DN111061_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGATTTTTGAAAATCC
GGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCC
TTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAA
GCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACG
AACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGA
GCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCA
AAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAA
GTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGA
AATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGgtttgtgtttcagcctatcaaaattttgggcttttccaccttagggctgttcatttaattaaagcaatattcttgaaaatgttttccttggatgacctttgtgttgggtacagGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGT
GGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCA
TAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGC
ACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTA
CACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTT
GCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCA
GATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAA
GGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAA
CACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCAT
GAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTA
ATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAAAAA




Intron 3 GTAAGAACCC ... TTATCGTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN126369_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTC
AGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTT
ACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACT
CCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCT
GGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGT
ATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCT
TCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAG
GAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAA
GGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTA
GCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGAT
CATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGA
AGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAA
ATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCA
TAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTAT
GTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATAC
TTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATC
ACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC


>TRINITY_DN126369_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATgtaagaacccatttgttggtttcggttaaatttgtgtctaatttt
gaactttttcatgcattggttgtagctgttaatagttctgattcattcggacactttgacaattctcagaatttgcttttgaagtgtcaagtttgtgttgattttcagagttgagtatggaaatgttgtctttcgtaggagtgatatattgatgaataaggtgtttggaattttgtaccgattattggtttccttatgct
tttatcgaatatgttaatgggttttgtagtcgagctcttcagaagggtttagactgttcccctgctgggtttggtttttcctcttatttagtatatctactgggtaatcttatttgtgggattgatcactctgaatgtgtgtgtttatcgttag
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GACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTA
CAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTC
CATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTG
GTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTA
TCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTT
CAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGG
AGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAG
GAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAG
CAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATC
ATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAA
GCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAA
TATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCAT
AATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATG
TATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACT
TGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCA
CCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC




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>TRINITY_DN43380_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform
GAAAAATGTGTGGATGGGTTTTTATAATTATAATTGAGTGAATTTATGCCTTCTGAACAGACGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCC
ACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATGTAAGAACCCATTTGTTGGTTTCGGTTAAATTTGTGTCTAATTTTGAACTTTTTCATGCATTGGTTG
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TTTGTAGTCGAGCTCTTCAGAAGGGTTTAGACTGTTCCCCTGCTGGGTTTGGTTTTTCCTCTTATTTAGTATATCTACTGGGTAATCTTATTTGTGGGATTGATCACTCTGAATGTGTGTGTTTATCGTTAGACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGG
AATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTA
TTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCC
GAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGT
TGTT
GTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAG
TAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGT
GGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAAT
TCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATA
ATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAAC
TCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGA
TGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTG
CAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAG
CTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAG
AAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTG
AAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGAT
GTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAT
TGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATCTGATAATGTGCT


>TRINITY_DN43380_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GAAAAATGTGTGGATGGGTTTTTATAATTATAATTGAGTGAATTTATGCCTTCTGAACAGACGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCC
ACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATT
GGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCA
AGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGG
CTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTgtaagatagattca
ctttcaattcattagttttagcagattcatatatgaatagattcaacatatgacttctatttccttttgttaatctcttttacctgcagctatcatgtttcttacaaggatgttaagtgtatttgcttggaggattgatgatgaattcatatactatgaagaatgcatgtgctatgaaataggctagtgattgcaatgat
ttccattgatcctctgcaatcatgatacttgatatgagcatgctcttattcttgttgcaatacaatttttggttctcacaccttggcttttgctacatatgtgatgttggttgcttaacag
GTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTT
CTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAG
ACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCT
GCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATC
TTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTC
ATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTC
CGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTG
CTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATG
GATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGC
TGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAAC
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AGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGT
AGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTA
ATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATCTGATAATGTGCT




Intron 5 GTAAATGGGA ... TTCTGAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN126369_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACG
AACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGT
TGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTG
CAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACT
GTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACA
GTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAG
AAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATT
AATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAG
GAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGA
ATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACAC
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AACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAG
GGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGA
CCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTG
ACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACT
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C


>TRINITY_DN126369_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGgtaaatgggagtaccccgtcgggtgaattaaacgacccacttagaccttgccgttaga
tttttgaaaatccgggaatcaggaaaaatgtgtggatggttttttataattataattgagtaaatttctgccttctgaacag
AGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTC
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ATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCA
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