sp|B9EY52|KN13B_ORYSJ ----> Kinesin-like protein KIN-13B
Intron 1 GTTGGTTTAG ... TGTAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.11 | 80 | 2 | 10 |
| A2 | 16.92 | 54 | 0 | 11 |
| A3 | 17.74 | 51 | 0 | 11 |
| A4 | 25.89 | 83 | 1 | 29 |
| A5 | 20 | 32 | 0 | 8 |
| A6 | 26.32 | 14 | 0 | 5 |
| A7 | 18.64 | 48 | 0 | 11 |
| A8 | 14.29 | 24 | 0 | 4 |
| A9 | 16.67 | 40 | 1 | 8 |
| A10 | 8.9 | 41 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCT
GTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTAT
GGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTT
GCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCA
AAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTAC
AGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTA
TGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATG
CAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTA
GATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATAT
GAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGC
GGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAAT
ATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAAT
GAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATT
ATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTG
TTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAG
GGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGT
TAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCATCTGCTTCTAATTTACAGgttggtttagtcccgtttctgaaatcaatcaaaataatggatgacgcctgatgtacttttatgaatttgtaaagcagGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTC
AACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATG
TGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACT
TCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAA
GACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCC
TGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGAT
CTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGT
CATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTT
CCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACT
GCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATAT
GGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAG
CTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAA
CGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTT
CAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTG
TAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCT
AATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC
Intron 2 GTTTGTGTTT ... TTGGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.87 | 98 | 11 | 61 |
| A2 | 28.81 | 84 | 11 | 57 |
| A3 | 30.29 | 84 | 25 | 48 |
| A4 | 21.99 | 94 | 20 | 33 |
| A5 | 27.62 | 38 | 13 | 16 |
| A6 | 26.67 | 33 | 5 | 19 |
| A7 | 28.17 | 102 | 16 | 64 |
| A8 | 25.98 | 47 | 10 | 23 |
| A9 | 26.83 | 90 | 24 | 42 |
| A10 | 29.07 | 111 | 23 | 68 |
>TRINITY_DN111061_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCATTTGTTGGTTTCGGTTAAATTTGTGTCTAATTTTGAACTTTTTCATGCATTGGTTGTAGCTGTTAATAGTTCTGATTCATTCGGACACTTTGACAATTCTCAGAATTTGCTTTTGAAGTGTCAAGTTTGTGTTGATTTTCAGAGTTGAGTATGGAAATGTTGTCTTTCGTAGGAGTGATATATTGATGAATAAGGTGT
TTGGAATTTTGTACCGATTATTGGTTTCCTTATGCTTTTATCGAATATGTTAATGGGTTTTGTAGTCGAGCTCTTCAGAAGGGTTTAGACTGTTCCCCTGCTGGGTTTGGTTTTTCCTCTTATTTAGTATATCTACTGGGTAATCTTATTTGTGGGATTGATCACTCTGAATGTGTGTGTTTATCGTTAGACTGGTGCTC
TGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCT
GCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCC
CAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCA
TGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACAT
GAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGA
CCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATG
CTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAA
GGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAG
ATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGT
CAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAA
GCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGT
GGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAA
ATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTA
ATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCA
GTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTA
TCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAAAAA
>TRINITY_DN111061_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:GATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGATTTTTGAAAATCC
GGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCC
TTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAA
GCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACG
AACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGA
GCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCA
AAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAA
GTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGA
AATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGgtttgtgtttcagcctatcaaaattttgggcttttccaccttagggctgttcatttaattaaagcaatattcttgaaaatgttttccttggatgacctttgtgttgggtacagGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGT
GGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCA
TAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGC
ACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTA
CACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTT
GCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCA
GATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAA
GGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAA
CACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCAT
GAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTA
ATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAAAAA
Intron 3 GTAAGAACCC ... TTATCGTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.75 | 30 | 12 | 31 |
| A2 | 31.71 | 42 | 17 | 22 |
| A3 | 43.51 | 37 | 10 | 47 |
| A4 | 31.31 | 34 | 13 | 18 |
| A5 | 34.88 | 14 | 6 | 9 |
| A6 | 48.57 | 9 | 7 | 10 |
| A7 | 53.09 | 19 | 7 | 36 |
| A8 | 73.33 | 4 | 5 | 17 |
| A9 | 28.4 | 29 | 4 | 19 |
| A10 | 39.51 | 49 | 15 | 49 |
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTC
AGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTT
ACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACT
CCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCT
GGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGT
ATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCT
TCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAG
GAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAA
GGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTA
GCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGAT
CATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGA
AGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAA
ATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCA
TAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTAT
GTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATAC
TTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATC
ACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATgtaagaacccatttgttggtttcggttaaatttgtgtctaatttt
gaactttttcatgcattggttgtagctgttaatagttctgattcattcggacactttgacaattctcagaatttgcttttgaagtgtcaagtttgtgttgattttcagagttgagtatggaaatgttgtctttcgtaggagtgatatattgatgaataaggtgtttggaattttgtaccgattattggtttccttatgct
tttatcgaatatgttaatgggttttgtagtcgagctcttcagaagggtttagactgttcccctgctgggtttggtttttcctcttatttagtatatctactgggtaatcttatttgtgggattgatcactctgaatgtgtgtgtttatcgttagACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCA
GACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTA
CAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTC
CATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTG
GTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTA
TCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTT
CAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGG
AGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAG
GAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAG
CAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATC
ATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAA
GCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAA
TATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCAT
AATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATG
TATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACT
TGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCA
CCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC
Intron 4 GTAAGATAGA ... TGCTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.47 | 64 | 19 | 16 |
| A2 | 15.79 | 72 | 10 | 17 |
| A3 | 22.58 | 84 | 13 | 36 |
| A4 | 21.03 | 77 | 18 | 23 |
| A5 | 24.59 | 23 | 7 | 8 |
| A6 | 20 | 22 | 5 | 6 |
| A7 | 21.45 | 108 | 23 | 36 |
| A8 | 25 | 36 | 5 | 19 |
| A9 | 20.42 | 76 | 18 | 21 |
| A10 | 20.95 | 117 | 18 | 44 |
>TRINITY_DN43380_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGAAAAATGTGTGGATGGGTTTTTATAATTATAATTGAGTGAATTTATGCCTTCTGAACAGACGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCC
ACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATGTAAGAACCCATTTGTTGGTTTCGGTTAAATTTGTGTCTAATTTTGAACTTTTTCATGCATTGGTTG
TCGCTGTTAATAGTTCTGATTCATTTGGACACTTTGACAATTCTCAGAATTTGCTTTTGAAGTGTCAAGTTTGTGTTGATTTTCAGAGTTGAGTATGGAAATGTTGTCTTTCGTAGGAGTGATATATTGATGAATAAGGTGTTTGGAATTTTGTACCGATTATTGGTTTCCTTATGCTTTTATCGAATATGTTAATGGGT
TTTGTAGTCGAGCTCTTCAGAAGGGTTTAGACTGTTCCCCTGCTGGGTTTGGTTTTTCCTCTTATTTAGTATATCTACTGGGTAATCTTATTTGTGGGATTGATCACTCTGAATGTGTGTGTTTATCGTTAGACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGG
AATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTA
TTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCC
GAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGT
TGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAG
TAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGT
GGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAAT
TCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATA
ATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAAC
TCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGA
TGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTG
CAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAG
CTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAG
AAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTG
AAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGAT
GTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAAT
TGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATCTGATAATGTGCT
>TRINITY_DN43380_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:GAAAAATGTGTGGATGGGTTTTTATAATTATAATTGAGTGAATTTATGCCTTCTGAACAGACGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCC
ACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATT
GGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCA
AGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGG
CTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTgtaagatagattca
ctttcaattcattagttttagcagattcatatatgaatagattcaacatatgacttctatttccttttgttaatctcttttacctgcagctatcatgtttcttacaaggatgttaagtgtatttgcttggaggattgatgatgaattcatatactatgaagaatgcatgtgctatgaaataggctagtgattgcaatgat
ttccattgatcctctgcaatcatgatacttgatatgagcatgctcttattcttgttgcaatacaatttttggttctcacaccttggcttttgctacatatgtgatgttggttgcttaacagGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTT
CTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAG
ACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCT
GCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATC
TTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTC
ATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTC
CGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTG
CTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATG
GATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGC
TGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAAC
GTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTC
AGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGT
AGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTA
ATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATCTGATAATGTGCT
Intron 5 GTAAATGGGA ... TTCTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 72.97 | 15 | 26 | 55 |
| A2 | 80.85 | 9 | 20 | 56 |
| A3 | 71.43 | 19 | 24 | 71 |
| A4 | 78.31 | 9 | 16 | 49 |
| A5 | 80.95 | 8 | 19 | 49 |
| A6 | 51.35 | 9 | 5 | 14 |
| A7 | 64.29 | 15 | 9 | 45 |
| A8 | 100 | 0 | 0 | 1 |
| A9 | 80 | 6 | 10 | 38 |
| A10 | 78.05 | 9 | 18 | 46 |
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACG
AACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTGGAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGT
TGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTG
CAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACT
GTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACA
GTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAG
AAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATT
AATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAG
GAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGA
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AACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAG
GGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGA
CCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTG
ACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACT
CTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGG
GAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGC
TACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATAT
C
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGgtaaatgggagtaccccgtcgggtgaattaaacgacccacttagaccttgccgttaga
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GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATACTGGTGCTCTGATCACAGTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTC
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CCATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCT
GGTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGT
ATCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCT
TCAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAG
GAGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAA
GGAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTA
GCAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGAT
CATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGA
AGCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAA
ATATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCA
TAATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTAT
GTATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATAC
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Intron 6 GTAAGAACCC ... CTGATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.04 | 53 | 12 | 49 |
| A2 | 39.36 | 57 | 16.3 | 37 |
| A3 | 53.7 | 50 | 10 | 58 |
| A4 | 40.48 | 50 | 13 | 34 |
| A5 | 48.84 | 22 | 6 | 21 |
| A6 | 52.38 | 10 | 7 | 11 |
| A7 | 66.04 | 18 | 7 | 35 |
| A8 | 76 | 6 | 5 | 19 |
| A9 | 45.45 | 36 | 4 | 30 |
| A10 | 52.48 | 48 | 15 | 53 |
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCAGACTTATTCAAAGCCTCT
GTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTACAGGATTATACGAACTAT
GGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTCCATTGACACTGAGCTTTT
GCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTGGTGCAGGGGCCAAAATCA
AAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTATCTAATGATGAAGTGTAC
AGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTTCAGTTTCTTTGAAATTTA
TGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGGAGTCGTCACGTTCTCATG
CAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAGGAATGCATACGTGCTCTA
GATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAGCAATTCAAAGAAGGATAT
GAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATCATGGTCCTCCAAGTGGGC
GGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAAGCAATAAAGATGAATAAT
ATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAATATTGTTATGGAGGAAAT
GAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCATAATACGATCTATAGAATT
ATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATGTATAATTTTGTATCACTG
TTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACTTGTTTTGAGGTCTTTGAG
GGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCACCAGGCATGTTTGACAGT
TAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC
>TRINITY_DN126369_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGGATTAATCCTGATCATTTCTCTTCTACATTTGTCCTTTTCACCGTTAGATTTTCATCAAGAAACAGGATCTTCACCGCAGGCACGGACAGCAGCGCCTCTCAGACTGGAAACGGTCAGACTCGTCAAGTCTGTCTAATGGTAAATGGGAGTACCCCGTCGGGTGAATTAAACGACCCACTTAGACCTTGCCGTTAGA
TTTTTGAAAATCCGGGAATCAGGAAAAATGTGTGGATGGTTTTTTATAATTATAATTGAGTAAATTTCTGCCTTCTGAACAGAGGATAGGAGAGGAAATCCGAGGCAGAAAGGACTAAAAAGAGGACCAGCGTTTGGACGAACTTATTATATACACACATCATTGTTTAAACCTACTTGACTCTCATTCTTTTCTCCTTG
GAATTCCATTCCCTTTGTACCCACCCGCTTTTGTTAACTTTTGTTAACTATCTATACAAGTACTGTCCAGGAGTTTTGCTTTCCCTGCATTTTGATAGGGATACTGGTGCCCCGAGGTCTTCTAATTGCTTGCTTCTGGTTGACACATTTCCAATgtaagaacccatttgttggtttcggttaaatttgtgtctaatttt
gaactttttcatgcattggttgtagctgttaatagttctgattcattcggacactttgacaattctcagaatttgcttttgaagtgtcaagtttgtgttgattttcagagttgagtatggaaatgttgtctttcgtaggagtgatatattgatgaataaggtgtttggaattttgtaccgattattggtttccttatgct
tttatcgaatatgttaatgggttttgtagtcgagctcttcagaagggtttagactgttcccctgctgggtttggtttttcctcttatttagtatatctactgggtaatcttatttgtgggattgatcactctgaatgtgtgtgtttatcgttagactggtgctctgatcacagTTTTGGAGGTGGGGTTGTATTCGTTCA
GACTTATTCAAAGCCTCTGTGGAATACATTGAGGGTTATTGGAATCCCCAGTTGTGAGCATGATAGGGAGGCAAATGCAGCAGACAAGTGCCGCAATCCAAAACATACGCCACCATAGCATGGAGGCTTCCGGTGACCCTATGTTTGGGAAGTTGCTGCAATCTGCTGGGCTTCAGCATTTGTCATCTGCTTCTAATTTA
CAGGATTATACGAACTATGGTATTCAAGCAGCTGACAGCAAGTCGAGGATGTACAAAACAAACAGGGGAGCAAATGGTGGTGTAGAACTCTATTCTGAGCCTTCAACTCCTCCAGTTTATTCAAGGTCTTCAAGTCAGAAGAACGTGGATGGTAGACTGTCCCCCAGTGAATTGAGTCCTGGGATTTTGGACCTGCACTC
CATTGACACTGAGCTTTTGCCCGAGGCATCTGTACCAGGGCTGTATGACACCAGCTCGCCTTTCATTTCAGTAATAGAGAGGGAACTGGAAATTGATTCCGATGTGTTTTCATCCGCTAGCAAGCAACAAGCTAACAGACTGAGGGTTCCATTGGACAGTGGCATGCTAAGAGGTGTCCCTAGTGATAGAGAGAAAGCTG
GTGCAGGGGCCAAAATCAAAGTTGTTGTTCGTAAAAGGCCTCTCAACAAGAAGGAGATTTCTAAGAGAGAAGAAGATATTATAACCATTGAACCAAACCATACTTCTCTTACAGTTCACGAGACCAAGCTCAAGGTGGACTTGACTGCATACGTCGAGAAACATGAATTTGTTTTTGATGCAGTGTTAGATGATCAAGTA
TCTAATGATGAAGTGTACAGAGTAACTGTTGAGCCCATTGTTCCAGCAATATTTCAACGGACTAAAGCTACATGCTTTGCATATGGGCAAACAGGCAGTGGAAAGACTTTTACCATGCAGCCCCTGCCACTGAAAGCCTCCCAGGACATTTTGAGATTAATGGACCAAGTTTACAAAAACCAGGGATTTCAGTTGTGCTT
CAGTTTCTTTGAAATTTATGGTGGCAAACTTTATGATCTACTGAGTGAAAGGAGGAAGCTTTGCATGAGAGAAGATGGAAAACAGCAAGTCTGTATTGTGGGCCTGCAAGAGTTCAGAGTATTCGATGTGGAGACTATCAAGGATTTCATTGAAAAAGGAAATGCTTCTAGGAGCACTGGCACAACAGGGGCAAATGAGG
AGTCGTCACGTTCTCATGCAATTCTTCAACTTGTCATCAAAAGATCGGTTGATGGCAGTGAATCAAAGCCTGCTCGTTTGGTTGGCAAGCTCTCATTCATAGATCTTGCTGGTAGTGAGCGTGGTGCTGATACCACAGACAATGATCGCCAAACAAGAATGGAAGGAGCAGAGATCAATAAGAGCTTGCTTGCCTTGAAG
GAATGCATACGTGCTCTAGATAATGATCAAGTTCACATTCCATTTAGAGGGAGCAAGCTAACAGAAGTACTACGGGATTCATTTGTTGGTGACTCACGCACTGTCATGATATCCTGCATTTCTCCAAACTCGGGCTCTTGTGAACACACCCTGAACACACTAAGATATGCTGATAGGGTTAAGAGTCTTTCAAAAACTAG
CAATTCAAAGAAGGATATGAACTCTCCTGCTATGACACTGAGAGAGTCATCTACTGCTCCACTGACTTTGCCATTGTCATCACCATTGCTTTCACAGTACACTTCCGAAAACAATAGCTTGGATCTTCAAAGTGATTACAATAGATTTGGCTGGCATAAACAGTCAGATGGTGAGAGTTACCAGCATTTTATAATGGATC
ATGGTCCTCCAAGTGGGCGGGATGATGGCCACTTATATTTAGCCTATGCAGATGCAAGATTGAACAGTAATAATTCTGTTGTCAATGGGTATGATCCTTGCACTGCTGAGGAGTCACAGGAGCAAGACAAGCAAATTCCCCTCCCTTCTTGGAGGAAGGGCAAAGCTGATAGGTATTACAATCAGAATCCAAGAGAAGAA
GCAATAAAGATGAATAATATTGCAGCTGCTGATAGGAGGCAGAGAGATATTTCTGGTGCAATTCATACAAGATTAAAGTCTAAGGATGCAACAGATTCAGATATGGATATTTTGGATCCCGATGAGGAGCTTGATGCCATACTTAAGGAAGAGGAAGACCTCGTGGTTGCTCATCGCAAACATGTTGAAGACACAATAAA
TATTGTTATGGAGGAAATGAAGCTGCTCTCTGAAGTAGATCAACCAGGAAATCAGATAGATAGATACATTTCCAAATTGAATGATGTTCTTTCGCGAAAGGCAGCTGGAATACTGAGCTTGCAAAATCGGCTTGTACGATTTCAGAGGCTTCTTAGTGACCAAAATATTCTAGCTTGTCCAGATGGAGTTAAACTTGCAT
AATACGATCTATAGAATTATAGAAGCTACTTATTTTCTGCTGTCCACAAATGCACTGGAACTTGATACAGGTTTTAAGAATCCAAAGCAAGACTGGCAACACAACGTGCTTTCTTCCTCACTGATATATTGATTGTTTTGGATTGGGATAGTAATACTCTATTAATGAGAATGGGGTTTTCTGAGAAAGGTGTAGGTATG
TATAATTTTGTATCACTGTTTGAAAATTACCTTTAGAAGAGAGAGATTGTAGTATGAAATTATCACGGCATTGTAACTAATACTATCATAGATCTGCATGAGTTCAGCATAGTAGTATGTGCTATGGAGTTGCAGCTTCACAAGTTATGACATGTAGGGAAGCAGTTACTATGTACAGAGTTTTGGAGAATATTGATACT
TGTTTTGAGGTCTTTGAGGGATGTGGGTTTTCCCAATTATGGAAAACTTATTGGAAATACGAGGAAAAAGTTGTGTTTAAACAGGATTTTGAAACATTAATTTGTAGATTTAATGCATCTGACAATGATTTGAAGAGGGCTTGCAAGAATGCCCAAGCTACTTATCACAAAGCAAGTTGTCAGTAAATCAGCCATAATCA
CCAGGCATGTTTGACAGTTAATTGTTGTTTACTGATATGCTTGCAATATTGTTTCAGTGCTATACCTGTAGTATTGGCATACTAGTTATTGCCATTGCCATTCTAATTATGCAGAATTTGAGCATTTATGTATTTCTTTTGCACATGCAATGCAATATC