NA ----> NA

Intron 1 GTACATTTCT ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.9	3404	3390	28
A2	49.8	4097	4064	51
A3	49.84	4277	4249	36
A4	49.94	4542	4532	21
A5	49.95	7143	7130	13
A6	11.35	414	53	212
A7	5.84	258	16	191
A8	13.28	222	34	135
A9	4.78	299	15	182
A10	15.76	171	32	96

>TRINITY_DN43955_c1_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

TTCCTCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTA
TATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAA
GTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGTACTCTCTGGAGAGGGCATTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCTCCACCCAAAGAAGTTAGTTCATTATGATAATTTTTCGGGAAAATAAATTTTGTAAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGT
AATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTG

>TRINITY_DN43955_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTCCTCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAG
AGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGgtacatttctaacggttttga
ctcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgtaaacttaaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggatttcttagctaaaatatcaaacagttgaacgcc
atcatagatgttaaccctatttccgtcatacccttaccccgtatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccattcaatctcattacattagtttcattgcactttgcctttcaaataggatctgtgtagcaatagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttactttta
ttccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacatatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgatttttttttgctttggactgattttgatgggcgatgttatatcttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttc
tagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATG
TAAATCATTTAA

Intron 2 GTCCAGGTTT ... AGTAGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.79	249	38	257
A2	49.32	296	16	288
A3	49.72	359	32	355
A4	50.45	328	30	334
A5	50.43	514	20	523
A6	36.8	79	30	46
A7	30.91	38	32	17
A8	38.46	24	37	15
A9	26.67	33	40	12
A10	34.38	42	45	22

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCAT
GCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGTACATTTCTAACGGTTTTGACTCTTTTGTGAAGATACTTACTGTAAAAT
CTAGTTGTTGTTTTCTATCAGGTTATTTTCAAGTAAAATTTTGAAAGCTATCTGTCCGATGATGTAAACTTAAACTGATTAGAGTGGCTGTTTGTGCCTTCTCTGTAAGCCCGGGACTTGAAAATTCGTACTCATGGAATTTTTAGCCAAAATATCAAACAGTTGAACGCCATCATTGATGTTAACCCTAGTTCCGTCAT
ACCCTTACCCCGCATCAAATTCTTCCATTTACATCTTTTCTTCCGCCATCTTATCCCTCTCCATTCAATCTCATTACATTAGTTTCATTGCACTTTGCCTTTCAAATAGGATCTGTGTAGCAGTAGGGTTATATTTCAAGGCTGGGCTTACTCTGAAGGCACTTACTTTTATTCCACCGATGAAGGCTAAGCTATGAGAG
CTGAGGACACTATTTTTTTCTTACTTTTTCGATTTTCTTGTTTGAATTGATTTTTTTTTGCTTTGGACTGATTTTGATGGGCGATGTTATATCTTATAAGTTTTTGTTTCAGTCAACTCTCAAGGTTGCTATTATTATATTGTGTAAAAGTAATGGTTTAGAATAATCGTTCTAGAAACTTGTTCTAGATGTCTTTAGTT
CTTATTTTTTGTGGATATTGTTATGAGTTTTTAAGGATGTCATTCGGCCTTCTAAATGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAA

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGgtccaggtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagcaagtgtgatgaatca
attagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacatagtggtaataagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttccca
tttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtactaagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggca
tttacaattattctgtatggttaagtagcacagTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAAT
TGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGTACATTTCTAACGGTTTTGACTCTTTTGTGAAGATACTTACTGTAAAATCTAGTTGTTGTTTTCTATCAGGTTATTTTCAAGTAAAATTTTGAAAGCTATCT
GTCCGATGATGTAAACTTAAACTGATTAGAGTGGCTGTTTGTGCCTTCTCTGTAAGCCCGGGACTTGAAAATTCGTACTCATGGAATTTTTAGCCAAAATATCAAACAGTTGAACGCCATCATTGATGTTAACCCTAGTTCCGTCATACCCTTACCCCGCATCAAATTCTTCCATTTACATCTTTTCTTCCGCCATCTTA
TCCCTCTCCATTCAATCTCATTACATTAGTTTCATTGCACTTTGCCTTTCAAATAGGATCTGTGTAGCAGTAGGGTTATATTTCAAGGCTGGGCTTACTCTGAAGGCACTTACTTTTATTCCACCGATGAAGGCTAAGCTATGAGAGCTGAGGACACTATTTTTTTCTTACTTTTTCGATTTTCTTGTTTGAATTGATTT
TTTTTTGCTTTGGACTGATTTTGATGGGCGATGTTATATCTTATAAGTTTTTGTTTCAGTCAACTCTCAAGGTTGCTATTATTATATTGTGTAAAAGTAATGGTTTAGAATAATCGTTCTAGAAACTTGTTCTAGATGTCTTCAGTTGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATGAGTATGTAAGGATGTCATTCGGCCTTCT
AAATGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCT
CTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTG
TGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA

Intron 3 GTTTCGAATC ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.59	78	28	45
A2	42.68	94	10	70
A3	32.03	104	28	49
A4	35.96	57	26	32
A5	32.81	43	15	21
A6	27.92	976	34	378
A7	30.6	669	33	295
A8	25.21	620	36	209
A9	26.01	862	39	303
A10	28.82	447	42	181

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTA
AAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTG

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGgtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagc
aagtgtgatgaatcaattagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtactaagtattttatttttccctgtgttttaaacatgctt
tttatggttaagtagcacagtccttaagagcgccttcctaagctctgagaggatggaagggattcgggtcataactgtgcgataatgctgctagggttttttcagaggttactctgagcccttttcctctccatgcgtgtagcatcagcttttccgattcgatgctctgcttttcatgtattgcaattgtatcaataagg
agagttctcgcctgttggttgatgttgtggtatatgcggatctgagcatacacggagtccagctatgctgccttagtgagtggggtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgta
aacataaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggaatttttagccaaaatatcaaacagttgaacgccatcattgatgttaaccctagttccgtcatacccttaccccgcatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccattc
aatctcattacattagtttcattgcacttttcctttcaaataggatctgtgtagcagtagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttacttttattccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacactatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgatttttttttgctttgg
actgattttgatgggcgatgttatattttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttctagaaacttgttctagatgtctttagttcttattttttgtggatattgttatgagtttttaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCA
ACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCT
TAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTAT
TCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGT

Intron 4 GTTTCGAATC ... GGTTAAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.55	136	21	139
A2	50.97	151	5	157
A3	51.09	180	27	188
A4	53.94	146	25	171
A5	51.23	238	15	250
A6	44.52	81	30	65
A7	53.25	36	33	41
A8	53.85	24	36	28
A9	42.62	35	39	26
A10	42.86	40	42	30

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAAGTCCAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGG
TTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGG
ACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAA

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAAGTCCAGgtttcgaatcttcttaaatctgttttgcctctgccgtgtttctatccaatgcgtatattttttattgtaggggcaggtctgtaatgtccagca
agtgtgatgaatcaattagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtactaagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttt
ttatggttaagtagCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGA
GAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGTACATTTCTAACGGTTTTGACTCTTTTGTGAAGATACTTACTGTAAAATCTAGTTGTTGTTTTCTATCAGGTTATTTTCAAGTAAAATTTTGAAAGCTATCTGTCCGATGATGTAA
ACATAAACTGATTAGAGTGGCTGTTTGTGCCTTCTCTGTAAGCCCGGGACTTGAAAATTCGTACTCATGGAATTTTTAGCCAAAATATCAAACAGTTGAACGCCATCATTGATGTTAACCCTAGTTCCGTCATACCCTTACCCCGCATCAAATTCTTCCATTTACATCTTTTCTTCCGCCATCTTATCCCTCTCCATTCA
ATCTCATTACATTAGTTTCATTGCACTTTTCCTTTCAAATAGGATCTGTGTAGCAGTAGGGTTATATTTCAAGGCTGGGCTTACTCTGAAGGCACTTACTTTTATTCCACCGATGAAGGCTAAGCTATGAGAGCTGAGGACACTATTTTTTTCTTACTTTTTCGATTTTCTTGTTTGAATTGATTTTTTTTTGCTTTGGA
CTGATTTTGATGGGCGATGTTATATTTTATAAGTTTTTGTTTCAGTCAACTCTCAAGGTTGCTATTATTATATTGTGTAAAAGTAATGGTTTAGAATAATCGTTCTAGAAACTTGTTCTAGATGTCTTCAGTTGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATGAGTATGTAAGGATGTCATTCGGCCTTCTAAATGCAGGATCAA
CATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTT
AAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATT
CTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGT

Intron 5 GTTTCGAATC ... GGTTAAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.55	136	28	139
A2	49.53	160	10	157
A3	49.6	191	28	188
A4	52.94	152	26	171
A5	51.02	241	15	251
A6	43.62	84	34	65
A7	53.25	36	33	41
A8	53.85	24	36	28
A9	42.62	35	39	26
A10	42.86	40	42	30

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGG
TTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGG
ACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCA
AGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTT
GCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATGAACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGATAATTAAGTATCCTTATTA
CATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGgtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagc
aagtgtgatgaatcaattagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtaataagtattttatttttccctgttttttaaacatgctt
tttatggttaagtagCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGG
AGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGTACATTTCTAACGGTTTTGACTCTTTTGTGAAGATACTTACTGTAAAATCTAGTTGTTATTTTCTGTAAGGGTTATTTTCAAGTAAAATTTTGAAAGCTATCTGTCCGATGATGT
AAACTTAAACTGATTAGAGTGGCTGTTTGTGCCTTCTCTGTAAGCCCGGGACTTGAAAATTCGTACTCATGGATTTCTTAGCTAAAATATCAAACAGTTGAACGCCATCATAGATGTTAACCCTATTTCCGTCATACCCTTACCCCGTATCAAATTCTTCCATTTACATCTTTTCTTCCGCCATCTTATCCCTCTCCATT
CAATCTCATTACATTAGTTTCATTGCACTTTGCCTTTCAAATAGGATCTGTGTAGCAATAGGGTTATATTTCAAGGCTGGGCTTACTCTGAAGGCACTTACTTTTATTCCACCGATGAAGGCTAAGCTATGAGAGCTGAGGACATATTTTTTTCTTACTTTTTCGATTTTCTTGTTTGAATTGATTTTTTTTTGCTTTGG
ACTGATTTTGATGGGCGATGTTATATTTTATAAGTTTTTGTTTCAGTCAACTCTCAAGGTTGCTATTATTATATTGTGTAAAAGTAATGGTTTAGAATAATCGTTCTAGAAACTTGTTCTAGATGTCTTCAGTTGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATGAGTATGTAAGGATGTCATTCGGCCTTCTAAATGCAGGATCA
ACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCT
TAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTAT
TCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATGAACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGA
TAATTAAGTATCCTTATTACATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

Intron 6 GTACATTTCT ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50.13	3373	3389.6	39.4
A2	50.02	4060.7	4064.8	59.6
A3	49.96	4255.7	4249	46.1
A4	50.03	4526.7	4532	29.6
A5	49.99	7134.3	7130.2	20.6
A6	27.1	146.3	54	314.2
A7	16.55	86.3	17	241.9
A8	29.91	80.3	34	175.7
A9	12.47	106.3	15	254.6
A10	35.23	60.7	33	153

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAAGTCCAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGG
TTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGG
ACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAA

>TRINITY_DN44820_c0_g2_i10 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AACAATTTGAGGCATTTACAATTATTCTGACTTGCTGTAAATCATGAAATCTAGTAGGTTTAGGGTTAGTTGAACGAAAAATCTCTTAAGCTTCTAGGACATAATGGTACTAAGTATTTTATTTTTCCCTGTGTTTTAAACATGCTTTTAATGGGTTTCCCATTTCTGAGTGTTAACAATTTGAGGCATTTACAATTATT
CTGACTTGCTGTAAATCATGAAATCTAGTAGGTTTAGGGTTAGTTGAACGAAAAATCTCTTAAGCTTCTAGGACATAATGGTACTAAGTATTTTATTTTTCCCTGTGTTTTAAACATGCTTTTTATGGTTAAGTAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTG
CGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGA
GTGGGgtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgtaaacataaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggaattttta
gccaaaatatcaaacagttgaacgccatcattgatgttaaccctagttccgtcatacccttaccccgcatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccattcaatctcattacattagtttcattgcacttttcctttcaaataggatctgtgtagcaatagggttatatttcaaggctgg
gcttactctgaaggcacttacttttattccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacatatttttttcttactttttcgatttttttgtttgaattgattttttttttgctttggactgattttgatgggcgatgttatattttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgt
aaaagtaatggtttagaataatcgttctagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTG
TTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGTACTCTCTGGAGAGGGCATTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCTCCACCCAAAGAAGTTAGTTCATTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTT
TTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGT

Intron 7 GTACATTTCT ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.9	3404	3390	45
A2	49.8	4097	4065	70
A3	49.84	4277	4249	49
A4	49.94	4542	4532	32
A5	49.95	7143	7130	21
A6	11.55	413.5	54	378
A7	6.19	257.5	17	294
A8	13.3	221.5	34	209
A9	4.78	299	15	301
A10	16.26	170	33	179

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAAGTCCAGGTTTCGAATCTTCTTAAATCTGTTTTGCCTCTGCCGTGTTTCTATCCAATGCGTATATTTTTTATTGTAGGGGCAGGTCTGTAAATCATGAAA
TCTAGTAGGTTTAGGGTTAGTTGAACGAAAAATCTCTTAAGCTTCTAGGACATAATGGTAATAAGTATTTTATTTTTCCCTGTTTTTTAAACATGCTTTTTATGGTTAAGTAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTT
CAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGG
CAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGG
GATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTA
AAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATGAACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGATAATTAAGTATCC
TTATTACATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGGTTTCGAATCTTCTTAACTCTGTTTTGCCTCTGCCCTGTTTCTATACAATGCGTATTTTTTTGGTTGTAGGGGGCAGGTCTGTAATGTCCAGC
AAGTGTGATGAATCAATTAGATGTCCGAGATGGGTTTCCCATTTCTGAGTGTTAACAATTTGAGGCATTTACAATTATTCTGACTTGCTGTAAATCATGAAATCTAGTAGGTTTAGGGTTAGTTGAACGAAAAATCTCTTAAGCTTCTAGGACATAATGGTAATAAGTATTTTATTTTTCCCTGTTTTTTAAACATGCTT
TTTATGGTTAAGTAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGG
AGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGgtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttattttctgtaagggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgt
aaacttaaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggatttcttagctaaaatatcaaacagttgaacgccatcatagatgttaaccctatttccgtcatacccttaccccgtatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccatt
caatctcattacattagtttcattgcactttgcctttcaaataggatctgtgtagcaatagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttacttttattccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacatatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgatttttttttgctttgg
actgattttgatgggcgatgttatattttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttctagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCA
ACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCT
TAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTAT
TCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATGAACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGA
TAATTAAGTATCCTTATTACATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

Intron 8 GTTTCGAATC ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.01	80	35	47
A2	40	96	13	64
A3	33.33	106	31	53
A4	35.87	59	28	33
A5	34.85	43	21	23
A6	27.14	977	34	364
A7	28.88	665	33	270
A8	24.48	620	36	201
A9	25.37	862	39	293
A10	27.88	450	45	174

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATC
ATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTG
GCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGgtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagcaagtgtgatgaatca
attagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacatagtggtaataagtattttatttttccctgttttttaaacatgctttttatggttaagtag
cacagtccttaagagcgccttcctaagctctgagaggatggaagggattcgggtcataactgtgcgataatgctgctagggttttttcagggttactctgagcccttttcctctccatgcgtgtagcatcagcttttccgattcgatgctctgcttttcatgtattgcaattgtatcaataaggagagttctcgcctgtt
ggttgatgttgtggtatatgcggatctgagcatacacggagtccagctatgctgccttagtgagtggggtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgtaaacttaaactgattag
agtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggaatttttagccaaaatatcaaacagttgaacgccatcattgatgttaaccctagttccgtcatacccttaccccgcatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccattcaatctcattacattag
tttcattgcactttgcctttcaaataggatctgtgtagcagtagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttacttttattccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacactatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgatttttttttgctttggactgattttgatgggc
gatgttatatcttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttctagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCAACATTTCAAAGGGCAA
TGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGAT
TCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAA
GTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA

Intron 9 GTTTTAACCC ... GCAGGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.03	38	41	78
A2	59.52	51	56	94
A3	68.25	40	69	103
A4	61.15	27	30	55
A5	66.99	17	26	43
A6	66.85	397	629	972
A7	66.56	273	426	661
A8	71.37	213	442	620
A9	69.51	315	580	856
A10	69.23	166	300	447

>TRINITY_DN124801_c3_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CATCCCTGCTCATTGTTCAGAGACGAGGATGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGA
GAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGTACTCTCTGGAGAGGGCATTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCTCCACCCAAAGAAGTTAGTTCATTATGATAATTTTTCGGGAAAATAAATTTTGTAAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCC
TCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCTA

>TRINITY_DN124801_c3_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATCCCTGCTCATTGTTCAGAGACGAGGATGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGgttttaacccaagcgcaggtgtttccgcaggtccagGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAG
GGAGGATCATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGTACTCTCTGGAGAGGGCATTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCTCCACCCAAAGAAGTTAGTTCATTATGATAATTTTTCGGGAAAATAAATTTTGTAAGAAGGTTCATT
CCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCTA

Intron 10 GTCCAGCACA ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.26	78	101	28
A2	45.35	94	105	51
A3	44	105	129	36
A4	50.22	57	94	21
A5	64.75	43	145	13
A6	12.9	979	78	212
A7	14.4	666	33	191
A8	11.22	621	22	135
A9	11.18	862	35	182
A10	12.78	447	35	96

>TRINITY_DN43955_c1_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

TTCCTCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAG
AAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGTACTCTCTGGAGAGGGCATTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCTCCACCCAAAGAAGTTAGTTCATTATGATAATTTTTCGGGAAAATAAATTTTGTAAGAAGGTT
CATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTG

>TRINITY_DN43955_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTCCTCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGgtccagcacagtccttaagagcgccttcctaagctctgagaggatggaagggattcgggtcataactgtgcgataatgctgctagggttttttcag
aggttactctgagcccttttcctctccatgcgtgtagcatcagcttttccgattcgatgctctgcttttcatgtattgcaattgtatcaataaggagagttctcgcctgttggttgatgttgtggtatatgcggatctgagcatacacggagtccagctatgctgccttagtgagtggggtacatttctaacggttttga
ctcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgtaaacttaaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggatttcttagctaaaatatcaaacagttgaacgcc
atcatagatgttaaccctatttccgtcatacccttaccccgtatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccattcaatctcattacattagtttcattgcactttgcctttcaaataggatctgtgtagcaatagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttactttta
ttccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacatatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgatttttttttgctttggactgattttgatgggcgatgttatatcttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttc
tagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttctaaatgcagGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATG
TAAATCATTTAA

Intron 11 GTTTCGAATC ... GGTTAAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.82	137	35	136
A2	47.91	162	13	149
A3	46.94	191	31	169
A4	49.33	152	28	148
A5	49.79	241	21	239
A6	34.38	84	34	44
A7	30.91	38	33	17
A8	38.46	24	36	15
A9	24.49	37	39	12
A10	31.25	44	45	20

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTT
TTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAATTGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAG
GTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAA

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGgtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagcaagtgtgatgaatca
attagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacatagtggtaataagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttccca
tttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtactaagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggca
tttacaattattctgtatggttaagtagCACAGTCCTTAAGAGCGCCTTCCTAAGCTCTGAGAGGATGGAAGGGATTCGGGTCATAACTGTGCGATAATGCTGCTAGGGTTTTTTCAGAGGTTACTCTGAGCCCTTTTCCTCTCCATGCGTGTAGCATCAGCTTTTCCGATTCGATGCTCTGCTTTTCATGTATTGCAAT
TGTATCAATAAGGAGAGTTCTCGCCTGTTGGTTGATGTTGTGGTATATGCGGATCTGAGCATACACGGAGTCCAGCTATGCTGCCTTAGTGAGTGGGGTACATTTCTAACGGTTTTGACTCTTTTGTGAAGATACTTACTGTAAAATCTAGTTGTTGTTTTCTATCAGGTTATTTTCAAGTAAAATTTTGAAAGCTATCT
GTCCGATGATGTAAACTTAAACTGATTAGAGTGGCTGTTTGTGCCTTCTCTGTAAGCCCGGGACTTGAAAATTCGTACTCATGGAATTTTTAGCCAAAATATCAAACAGTTGAACGCCATCATTGATGTTAACCCTAGTTCCGTCATACCCTTACCCCGCATCAAATTCTTCCATTTACATCTTTTCTTCCGCCATCTTA
TCCCTCTCCATTCAATCTCATTACATTAGTTTCATTGCACTTTGCCTTTCAAATAGGATCTGTGTAGCAGTAGGGTTATATTTCAAGGCTGGGCTTACTCTGAAGGCACTTACTTTTATTCCACCGATGAAGGCTAAGCTATGAGAGCTGAGGACACTATTTTTTTCTTACTTTTTCGATTTTCTTGTTTGAATTGATTT
TTTTTTGCTTTGGACTGATTTTGATGGGCGATGTTATATCTTATAAGTTTTTGTTTCAGTCAACTCTCAAGGTTGCTATTATTATATTGTGTAAAAGTAATGGTTTAGAATAATCGTTCTAGAAACTTGTTCTAGATGTCTTCAGTTGTTATTTTTTGTGGATATTGTTATGAGTATGTAAGGATGTCATTCGGCCTTCT
AAATGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCT
CTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTG
TGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA

Intron 12 GTGTTTCCGC ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.82	74	22	45
A2	43.21	92	10	70
A3	31.41	107	26	49
A4	37.65	53	24	32
A5	32.81	43	10	21
A6	28.08	968	26	378
A7	30.75	662	31	294
A8	25.24	619	32	209
A9	26.15	850	37	301
A10	28.69	445	37	179

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATG
TAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCT
GAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATG
AACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGATAATTAAGTATCCTTATTACATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

>TRINITY_DN47435_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGCAGTGCATCCCTCCTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGgtgtttccgcaggtccaggtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagc
aagtgtgatgaatcaattagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtaataagtattttatttttccctgttttttaaacatgctt
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agagttctcgcctgttggttgatgttgtggtatatgcggatctgagcatacacggagtccagctatgctgccttagtgagtggggtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttattttctgtaagggttattttcaagtaaaattttgaaagctatctgtccgatgatgt
aaacttaaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggatttcttagctaaaatatcaaacagttgaacgccatcatagatgttaaccctatttccgtcatacccttaccccgtatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatcttatccctctccatt
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ACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAGGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTGTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATCCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCT
TAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGGCTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTAT
TCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGTTTTCTTTTTTGTTGTCATTGGGTTCCTTTAATTATTTAATAGGATGAACATAGGACAAACATTTTTTGTATTGATGACCTGTTTGAAGTATTATAGTCGAGTTAGCAAGCAGTAATCTAAAACATAATGTGTTTTTTTGA
TAATTAAGTATCCTTATTACATCGAATATCATAAGCAATAATGTTGAAACATAATGTAAGTTCAACTATCCTATTTTCCATGGAGTCCATTCC

Intron 13 GTTTCGAATC ... CTAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.01	80	35	47
A2	40	96	13	64
A3	33.33	106	31	53
A4	35.87	59	28	33
A5	34.85	43	21	23
A6	27.14	977	34	364
A7	28.88	665	33	270
A8	24.48	620	36	201
A9	25.37	862	39	293
A10	27.88	450	45	174

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATC
ATGTAAATCATTTAACAAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCTCTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTG
GCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTGTGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA

>TRINITY_DN44669_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTCCACGTGTTTTCGCCTTGCGTGTTTAAGTTTCGGAGGGAACCCTTGGTTCTATGACCTGCAAGCCGCAGTGACTGAGAGGTGTGGGGAGGGAGCCCGTCTTTATGATGACCGTCGGGCTTCGGGTCGGTGCTCAGGTTTTCCGCTGCTCCTCTGTCGGGTTGGTGCTCGGGTTTCCGCTATTCCTCAGTGCATCCCTC
CTCATTGTTCAGAGACAAGGGTGTAGTTTCTGGAGCGATCCCCTTTCTTATTGCAGGTTTTAACCCAAGCGCAGGTGTTTCCGCAGGTCCAGgtttcgaatcttcttaactctgttttgcctctgccctgtttctatacaatgcgtatttttttggttgtagggggcaggtctgtaatgtccagcaagtgtgatgaatca
attagatgtccgagatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacatagtggtaataagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttccca
tttctgagtgttaacaatttgaggcatttacaattattctgacttgctgtaaatcatgaaatctagtaggtttagggttagttgaacgaaaaatctcttaagcttctaggacataatggtactaagtattttatttttccctgtgttttaaacatgcttttaatgggtttcccatttctgagtgttaacaatttgaggca
tttacaattattctgtatggttaagtagcacagtccttaagagcgccttcctaagctctgagaggatggaagggattcgggtcataactgtgcgataatgctgctagggttttttcagaggttactctgagcccttttcctctccatgcgtgtagcatcagcttttccgattcgatgctctgcttttcatgtattgcaat
tgtatcaataaggagagttctcgcctgttggttgatgttgtggtatatgcggatctgagcatacacggagtccagctatgctgccttagtgagtggggtacatttctaacggttttgactcttttgtgaagatacttactgtaaaatctagttgttgttttctatcaggttattttcaagtaaaattttgaaagctatct
gtccgatgatgtaaacttaaactgattagagtggctgtttgtgccttctctgtaagcccgggacttgaaaattcgtactcatggaatttttagccaaaatatcaaacagttgaacgccatcattgatgttaaccctagttccgtcatacccttaccccgcatcaaattcttccatttacatcttttcttccgccatctta
tccctctccattcaatctcattacattagtttcattgcactttgcctttcaaataggatctgtgtagcagtagggttatatttcaaggctgggcttactctgaaggcacttacttttattccaccgatgaaggctaagctatgagagctgaggacactatttttttcttactttttcgattttcttgtttgaattgattt
ttttttgctttggactgattttgatgggcgatgttatatcttataagtttttgtttcagtcaactctcaaggttgctattattatattgtgtaaaagtaatggtttagaataatcgttctagaaacttgttctagatgtcttcagttgttattttttgtggatattgttatgagtatgtaaggatgtcattcggccttct
aaatgcagGATCAACATTTCAAAGGGCAATGGACCATGCATTTGAAGGTCTAATTGGCAAAATCATTGTAAGTTATCTAGATGATTTGACTGTTTTCTCTAAAGAAAGGGAGGATCATGTAAATCATTTAAGTAGAGTTTTTGAGAGGTGTCGGAAGTTTGGAATTCTTTTAGATCCTAAGAACTCTACCTTTGCCCTCT
CTGGAGAGGGCCTTAAGAGTGCAAGGGATTCAAGCCATAGCACCACCCAAAGATGTTAGTTCGTTATGATAATTTTTCGGGAAAATAATTTTTTTAGAAGGTTCATTCCTAACTTGGCTGAGATAGCCAAACCTCTAAATGCCTCACTGAATTGTAATGACTCTTTTGAAGCCCTAAAAGATGTCTTCAGTTATATTTTG
TGGATATTGTTATTCTTTCTGCTTTAAAAGTTGCAGTGCTGTTTTATGTTAATTTAAACTCGTGATACGTTGCTGTCAAAAA