sp|Q8L850|PI5K9_ARATH ----> Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 9

Intron 1 GTAAGGACCA ... ACGCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.25	107	36	15
A2	19.4	135	48	17
A3	17.21	178	62	12
A4	17.26	151	42	21
A5	21.59	89	34	15
A6	17.65	21	7	2
A7	23.98	65	23	18
A8	13.79	25	8	0
A9	23.08	50	21	9
A10	19.57	74	25	11

>TRINITY_DN122973_c1_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTATTCATTAATATTAATATTAATAATAATAGCATGTCGCAAATCTTAAGATCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTC
TTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCC
TCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACC
TTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTAC
TTGGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTC
CACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCA
ATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAG
GTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGA
GTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGG
TGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAG
TCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGTCAGTGACTCAGTCCTCATTCATCTCTGTCTGATGCCCTCATGGATAGGTTACAGGTGCAGCTGAGGGTCTGCACTTACTGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGG
AGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAA
AAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGA
ATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAG
ACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAG
CTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGA
GGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATT
TTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCT
AATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTC
TTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTATTATGTTACTGCAATTGACTCTGCACTAAATAAGTGCAGAATGTGGCATACATTACTACA
TGAGGCCATAGTTTAAAAAATCGGACCTGGTTTATTAAAAAATACATAAAATATTTAAATTTTAG

>TRINITY_DN122973_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGTTATTCATTAATATTAATATTAATAATAATAGCATGTCGCAAATCTTAAGATCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTC
TTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGgtaaggaccaactcttccttagataagggttaatcacctaatcccgtgtttttgcattgaaggttt
cattcaatgcagatattgcattatccgtgactctttatgtgttctttagttttgggttttgatgggcattgctacaagcatgggccttattttgtatctacgcctgcagGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGG
AGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATG
GTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTGGGATCATGTCTTGAGAATTTAC
CAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATG
AATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTG
GTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCAT
CTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATT
ACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCT
CAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATT
ACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATG
CTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGA
AATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATT
CTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCA
GGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAA
GTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCT
TGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAAT
GTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTC
TGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGG
GATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTATTATGTTACTGCAATTGACTCTGCACTAAATAAGTGCAGAATGTGGCATACATTACTACATGAGGCCATAGTTTAAAAAATCGGACCTGGTTTATTAAAAAATACATAAAATATTTAAATTTTAG

Intron 2 GTATTGTATT ... ATCAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.85	114.4	0	39
A2	20.28	160.8	0	40
A3	29.09	188.6	2	77
A4	31.7	159.2	0	73
A5	22.23	91	0	25
A6	12.2	21.6	0	3
A7	10.48	72.6	0	8
A8	26.2	19.8	0	7
A9	18.58	55	0	12
A10	20.16	80.4	0	19

>TRINITY_DN114382_c0_g2_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

TATGCGTGGATTCAGGTAGTTTCGTGAGCTAAAATATATGATATATATGGAAATAATGATGGTCCCCTCCTCTCTTGTCTCTGCTATTTTGAGCATTGCAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTT
CCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAAT
AATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCC
GGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAA
GGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGG
AGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAG
GATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACAC
AGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGAC
AATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACA
CGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGC
ACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAG
GAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAA
CAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAA
ACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGG
ATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATC
TTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCT
TCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAG
CAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTT
GTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTA

>TRINITY_DN114382_c0_g2_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGCCCTCCTGCAACCGAAGgtattgtattcctgaatcctgtcctgaccatgttatgttgggctatctgtctgtctgtgatttcatttcattaggcagcaatgcgattccatgccctcaatcactccagatcatcaatgcagGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCA
CTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTC
ATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCT
GTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTC
ATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCC
GATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGG
AATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAA
GAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTG
ACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGAT
ATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAG
GGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTC
AAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATA
GAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTC
AGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCC
AGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATT
GAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTA
TTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCT
CTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTT
TCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTA

Intron 3 GTACTTAACA ... TTTTCAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.49	11	15	16
A2	42.86	16	15	9
A3	64.71	3	8	3
A4	83.78	3	18	13
A5	43.75	9	10	4
A6	33.33	7	7	0
A7	33.33	13	8	5
A8	50	8	12	4
A9	33.33	11	7	4
A10	20	4	2	0

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAGTATTGATTCCCTTGAGCATCACTATTCCGATTTCAAGAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGAT
GGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTGCCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGTAATTTGCAGTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGT
GGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCATTGGTTTCGGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCT
GTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGTAAAGCCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTA
ATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTTTAAAGGGAAGAACATAGGAAAGGGTAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATA
TACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCGTGGTGTTCAGGATGGGGAGGGCCGATATATTTGAGATAATGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAA
AGGCAGCCTTACATGGGCCGATGGGAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAAGATCGTAAGGATGGGAATGGTACA

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAGTATTGATTCCCTTGAGCATCACTATTCCGATTTCAAGAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGAT
GGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTGCCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGgtacttaacaattgtataattatggaggtacaattcaatatctctttgagtatagtataattatggaggttccaagtggtgattagttatgaaaattgaaaattatttgttgggtttatccattgacaaa
aggtttttcaaaagTAATTTGCAGTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGTGGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGAGGATTACATTTCACTAGCATT
TTACAAAGTTGATGATGCCAAGATAGCATGATAGAGATTTCAATGGAGATCTGTG

Intron 4 GTACACCTTC ... AGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.83	79	10	32
A2	35.05	126	4	68
A3	39.27	116	11	75
A4	33.33	94	3	47
A5	31.19	75	5	34
A6	40	6	1	4
A7	31.62	80	5	37
A8	41.67	14	2	10
A9	30.56	50	2	22
A10	26.61	91	14	33

>TRINITY_DN109119_c0_g2_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

TCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAAC
CGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACG
ATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCT
ATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTGGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGC
AGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTCACAAGGGCCATTGGGAGGTGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAAT
ACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGT
ATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAA
TTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATA
GAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATG
CTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTTGAGTTATTTTCTGTCTTACTTATCCATTCTAGGTAGAAAAACATCAAAATGCTTATGTCTTGATTTGACCTGTTAGCTTTTTAACAAATTCTCAGGGTCTTGACTAAAGATGTGGCAACCTTTCATGCCAGATCTTTTCATAGTGCAATTAGAGCTAGGTAATGTTTGCACTTA
GTTTCTATAAATAAATAAAATTGACTCAGATAATTTTTC

>TRINITY_DN109119_c0_g2_i13 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGgtacaccttcattgttattaaacatagtttcttactttaatg
caaattggaaattaagaagggtgatttattatgcgtggattcaggtagtttcgtgagctaaaatatatgatatatatggaaataatgatggtcccctcctctcttgtctctgctattttgagcattgcagGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTC
ATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTAT
TGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAA
ACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTGGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGG
TGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTCACAAGGGCCATTGGGAGGTGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGG
ATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTT
ATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACT
ATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGA
TAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATA
CCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAA
TATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGAT
TTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTG
ACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGA
TCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGC
CGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTA
AACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGT
CTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTAT
GGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTG
GGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTATTATGTTACTGCAATTGACTCTG
CA

Intron 5 ATTTTATCCC ... AAGCTGGGAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.28	33.5	166	162.4
A2	87.83	23.5	159	177.2
A3	85.23	36.1	205	203.1
A4	85.83	16.1	93	97
A5	84.2	20.4	109	104
A6	67.54	33	67	65.2
A7	73.55	92.1	240	268.5
A8	64.98	42.5	78	79.4
A9	82.03	46	193	223.3
A10	76.37	65.7	206	211.7

>TRINITY_DN111598_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

TTTCTATGAAGGATTCTGGACGCGTGGTGTTCAGGATGGGGAGGGCCGATATATTTGAGATAATGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCAGCCTTACATGGGCCGATGGGAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAG
ATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAATGGAACGATCTTTGGAACGATCTTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATCGTAAGGTTTCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTTCAAAACAATTGCACAGGATCAG
CCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCATGGAATAATGTCTCTGCAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGACAGTATATGCATCTTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAG
TGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCG
GAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGG
AAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAA
AAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACT
CTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAA
TTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCA
GTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATT
TGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAA
TCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTG
CTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCA
TCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCAC

>TRINITY_DN111598_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCCGCGATACACTCCTAGGATCTTAAGATTTGCGACATGCTATTAATATTAATAATAATAGCATGTCGCAAATCTTAAGATCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGG
GATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGC
ATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTG
GTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATCGGAATGGAG
ACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTTTAAAGGGAAGAACATAGGAAAGGGTAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTG
GATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTAC
ATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACattttatcccaggtcaaatgtctcgtcttgttcaagctgggacAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTG
ATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGC
ATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCC
AAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTC
CTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATG
CGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGG
CTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCC
CTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCA
ATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTA
TGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTC
AATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAAC
AGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTG
GAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTT
ACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCAC

Intron 6 GTAGTGTACT ... TCTGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	124	30	32
A2	18.05	84	13	24
A3	18.81	82	19	19
A4	21.25	63	11	23
A5	7.32	19	0	3
A6	22.64	82	22	26
A7	15.32	105	9	29
A8	19.53	136	37	29
A9	20.12	135	21	47
A10	23.76	77	21	27

>TRINITY_DN122973_c1_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CGTTATTCATTAATATTAATATTAATAATAATAGCATGTCGCAAATCTTAAGATCCTAGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTC
TTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTAAGGACCAACTCTTCCTTAGATAAGGGTTAATCACCTAATCCCGTGTTTTTGCATTGAAGGTTT
CATTCAATGCAGATATTGCATTATCCGTGACTCTTTATGTGTTCTTTAGTTTTGGGTTTTGATGGGCATTGCTACAAGCATGGGCCTTATTTTGTATCTACGCCTGCAGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGG
AGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATG
GTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTGGGATCATGTCTTGAGAATTTAC
CAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATG
AATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTG
GTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCAT
CTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATT
ACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCT
CAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATT
ACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATG
CTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGA
AATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATT
CTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCA
GGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAA
GTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCT
TGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAAT
GTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTC
TGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGG
GATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTATTATGTTACTGCAATTGACTCTGCACTAAATAAGTGCAGAATGTGGCATACATTACTACATGAGGCCATAGTTTAAAAAATCGGACCTGGTTTATTAAAAAATACATAAAATATTTAAATTTTAG

>TRINITY_DN122973_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTAGCAAGTATCCCATTACCTGAACCTGTGTTTAACATATAATTTTAATCCATGCATGCTTTCTTATCTGTGACTTCTTTCCCTCCCCTAATGTGGATGTGAGTTATTAGATAGCAGGCATAGTAATCATAACAATTTTGTTTTGAGTCTGCAGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCT
TGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGgtagtgtactctaagtcgtagcttttaataattgggtttttaggaaattgttgtaagaaatagattttgttcatagacttaaacta
ttacccttgatttgaacttgcatgtttgctcatttaatgttttctgtgacagCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTT
CAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGAC
AAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAG
GGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGA
ATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCT
TTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTATTATGTTACTGCAATTGACTCTGCACTAAATAAGTGCAGAATGTGGCATACATTACTACATGAGGCCATAGTTTAAAAAATCGGACCTGGTTTATTAAAAAATACATAAAATATTTAAATTTTAG

Intron 7 GTATGACATT ... GATTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.88	97	41	34
A2	25.25	74	25	25
A3	30.35	75.8	28	38
A4	26.45	57	21	20
A5	24.24	25	10	6
A6	14.94	37	6	7
A7	19.56	109	31	22
A8	20.26	61	20	11
A9	20.74	86	21	24
A10	17.24	60	13	12

>TRINITY_DN104605_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

AGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAA
GGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTT
GATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTA
AGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGAT
GGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTA
TGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATAT
ATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCA
TCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAG
AAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAA
ACTTACAACTGGGAATCAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATG
CTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGA
AATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATT
CTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCA
GGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAA
GTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCT
TGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAAT
GTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTC
TGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACA

>TRINITY_DN104605_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAA
GGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTT
GATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTA
AGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGAT
GGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTA
TGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATAT
ATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCA
TCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAG
AAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAA
ACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACACGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAG
TTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTA
CGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGgtatgacattattcagttttttgttgtcagctaccagctgattttgggttttaagcttatttgagtctttgacttgttcagtatactttaagataaatgttgatatccttcttgtgtatatttcaattttcatgtt
atgaatatgttcactatacatatttgcttgtcagagaactttggttgaacatcattacgaacctcacatgtagaaacttgaccatagtgcagaagaagcattaatatactgtataaacaagatatatagttatgaaaggggccaaataaattatttttatgcaactttttcaggtgtaatacttctttatgaaggaactg
atgagattatgttcatcaagtatttgtcaagcatttctgctataatttttcatgtgtaaatgctttgacattgtgtttttatactcaccgtgaagcatacaagctacagtttaaaactgacacgtgagattgaacagATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGAC
TTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTT
CCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTT
TAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTT
CAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGAC
AAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAG
GGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGA
ATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACA

Intron 8 GTGTAATACT ... GATTGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.95	97	1	34
A2	25.25	74	0	25
A3	33.33	76	0	38
A4	25.97	57	0	20
A5	19.35	25	0	6
A6	15.91	37	1	7
A7	16.79	109	1	22
A8	15.28	61	2	11
A9	21.82	86	1	24
A10	16.67	60	1	12

>TRINITY_DN114382_c0_g2_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

TATGCGTGGATTCAGGTAGTTTCGTGAGCTAAAATATATGATATATATGGAAATAATGATGGTCCCCTCCTCTCTTGTCTCTGCTATTTTGAGCATTGCAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAAGGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTT
CCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAAT
AATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCC
GGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAA
GGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGG
AGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAG
GATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACAC
AGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGAC
AATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGGTATACCGTGGGAAGGATAACACCGGAGCCAACA
CGTGATATTTGCCTTGCTGATTTTGGTCCAAAAGCTCGGATATGGATGCGGTTCCCTTCAGAGGGTTCTAAGTTTACTCCTCCTCACCAGTCTGTTGACTTTAGATGGAAAGATTACTGTCCTATGGTTTTTAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGC
ACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAG
GAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAA
CAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAA
ACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGG
ATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATC
TTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCT
TCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAG
CAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTT
GTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTA

>TRINITY_DN114382_c0_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGgtgtaatacttctttatgaaggaactgatgagattatgttcatcaagtatttgtcaagcatttctgctataatttttcatgtgtaaatgctttgacattgtgtttttatactcaccgtgaagcatacaagctacagtttaaaactgacacgtgagattgaacagATCCGTTTTGTGG
TGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTC
TTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAAC
ACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGT
TTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTG
TGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGA
AACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTT
TATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGC
AGTAATGAATTCAACCCACTTATCAACAAATCTAATCAGAAAGGAAGGCTTTTGGCTTACCTTTGGTAAAGAATCTGGCTGATATCTATGGGATGTAATACACACACACATATCCACTTATCTA

Intron 9 GTATTGATTC ... CGATTTCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	42	36.5
A2	90.62	3	28	30
A3	100	0	21	24
A4	100	0	16.5	20
A5	100	0	16	17
A6	100	0	47	54
A7	97.48	2	78	77
A8	100	0	41	42
A9	98.2	1	52	57
A10	100	0	48	47

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i19 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGATGGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTG
CCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGTGGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCA
TTGGTTTCGGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTC
AAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGTAAAGCCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAG
ATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGT

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAgtattgattcccttgagcatcactattccgatttcaagAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGAT
GGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTGCCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGTAATTTGCAGTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGT
GGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCATTGGTTTCGGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCT
GTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGTAAAGCCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTA
ATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTTTAAAGGGAAGAACATAGGAAAGGGTAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATA
TACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCGTGGTGTTCAGGATGGGGAGGGCCGATATATTTGAGATAATGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAA
AGGCAGCCTTACATGGGCCGATGGGAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAAGATCGTAAGGATGGGAATGGTACA

Intron 10 GTACTTAACA ... TAATTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.94	1	15	16
A2	48.28	15	15	13
A3	100	0	8	3
A4	77.27	5	18	16
A5	53.85	6	10	4
A6	100	0	7	0
A7	44.44	10	8	8
A8	89.47	1	12	5
A9	47.83	6	7	4
A10	33.33	3	2	1

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i19 from sample A7 / Example spliced isoform

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGATGGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTG
CCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGTGGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCA
TTGGTTTCGGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTC
AAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGTAAAGCCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAG
ATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGT

>TRINITY_DN47996_c0_g1_i18 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAAAGGAAGACAAAAAAGAGATTCAGAGGCATGTGGAAGTATCAAGTACCTGTAAAGATGCCAACATCTGCATGGATGCCTTTTCCTATGTTGTTTTCTGTCATTGGGAAGCACTTGTCTAAATCAAGTATTGATTCCCTTGAGCATCACTATTCCGATTTCAAGAATAGGAGAATATCTCGAGAAGTCCTTATAAAGAT
GGTGAGAAAGATTGCCGGAGACAGGTTGCAAATTGCTGCCATCAAAAGCATCACAAGCGTCAAAAGCCAGgtacttaacaattgtataattatggaggtacaattcaatatctctttgagtatagtataattatggaggttccaagtggtgattagttatgaaaattgaaaattatttgttgggtttatccattgacaaa
aggtttttcaaaagtaatttgcagTTTATGAAAATCGTTGTTCAGAATTCCATGGATACCGAATTGCTATTGTCTTAAAGCACTTGATGGTACCTATCTTCAAAGGCTTAAGAAGTGCACTGGGCAGCAGGTTGTCAATTTAGTGGATTGTGGATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCATTGGTTTC
GGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGCTGGGATCATTTATTATTGAGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGG
ATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGTAAAGCCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCC
GGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTTTAAAGGGAAGAACATAGGAAAGGGTAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCA
TGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCGTGGTGTTCAGGATGGGGAGGGCCGATATATTTGAGATAATGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCAGCCTTACATGGGCCGATGGGAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGT
TTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAAGATCGTAAGGATGGGAATGGTACA

Intron 11 GTATACCGTG ... TGGTTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.84	55	137	106
A2	72.73	30	85	75
A3	69.93	46	121	93
A4	68.14	36	66	88
A5	66.36	18	47	24
A6	70.53	14	33	34
A7	67.07	55	107	117
A8	73.56	23	74	54
A9	72.86	38	103	101
A10	65.2	75	161	120

>TRINITY_DN104605_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

AGGAGTGTATCGCGGAATGTTAGCGCACCCAAATAGCGTTCCAGGCTAAGATTTCTGAAATAGAAGTAAAGGCTTTCTCTAATGTTTTTCGCGTTGCGGGTGTTGTGCAGAAATGGGATGAGAGAAGGATGTGACAGAGCTTCTTGAGATTGAGGCAGAGAATGCAGATTCAGATGATGATGGGCCCTCCTGCAACCGAA
GGCTTTTAAATCATCTGGGTCTTCATTGGTGCAAATACCTGATAAAGACTTTTCCGGCACTCTTTTTCGAAGTATTGGTTGGACGAAAATGCATTGGAGGGACTGAGCATGAAGGCATTGTGACTAAGTTTCTCCAGTTCGCCTCTGCCTAATTGGTTTCGGCAGAGGAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTT
GATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCCAGTCTAAGCTTCTGTTACAAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTA
AGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGAAGAGCAGGAATTTTGTGTAATTGGTGGAGAGAGGGTTTATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGAT
GGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTTTATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTA
TGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGGGGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATAT
ATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGCTGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCA
TCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTTGAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAG
AAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAAAGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAA
ACTTACAACTGGGAATCAGGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTCTCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATG
CTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAACTACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGA
AATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTACAGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATT
CTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTTGTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCA
GGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGCACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAA
GTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCAAATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCT
TGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATGGAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAAT
GTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGCATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTC
TGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACA

>TRINITY_DN104605_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGCAGGTTGTCAATTTAGTGGATTGTGCATTATTACATATTTCTTGTGGATTGTGGATTACATTTCATTGGTTTCGGCAGATTAGCCTGGAGCTTCAATCTGGTTGGGACGATTTGATTGTGATGGGATCATTTATTATTGGGTTGGGGGCCCTTCCATGTCAATAATAATCTCATCGCTCTAGTTTAAGCTTCTGTTAC
AAACTGCAATACTTGAGCTGTGAAGATTCTGGTATTGTTGGTCTCACACACCTTCACCTTCATTTTCAAAAATGGATGTGATGGTTTGAAAAAATGTATGGAGAAGAGTCTATTAAGAAATCACTAGTCGCAAGGAAAAACCCACCCAGTGGCGTGTTCTGTATGTCCGGTCCTGTGGTCCATGTTGATGATGATGAGGA
AGAGCAGGAATTTTGTGTAATCGGAATGGAGACTTTTACTTAGGATCATGTCTTGAGAATTTACCAGATGGATCCGGGAAGTACTTGTGGGCAGATGGCTGCATGTATGAAGGCGAGTGGTGTAAAGGGAAGAACACAGGAAAGGGCAAGGTTTCATGGCCATCGGGAGCAACCTATGAAGGGGATTTTAAAGCCGGGTT
TATGCATGGATTCGGCATATACACTGGGGTGGATGGTTCCACTTACAAGGGCCATTGGGAGATGAATGAGAAGCATGGGCATGGACGAAAATACTATGCAAATGGGGATTTCTATGAAGGATTCTGGACGCATGGTGTTCAGAATGGGGAGGGCCGATATATTTGGGATAACGGTAATGAATACATGGGTGAATGGAAGG
GGGGTCTTATGTGTGGGAAAGGCACCCTTACATGGGCCAATGGTAATAAGTATGAGGGGCAGTGGTTAGATGGGTTTGAACATGGGGAAGGTATATATACATGGGCAGATGGTAGTTGTTATGTTGGAACTTGGAACAAGGATCGTAAGGATGGGAATGGTACATTTTATCCCAGGTCAAATGTCTCGTCTTGTTCAAGC
TGGGACAGTAGTGAAGTTTCCTATGATTTTGATGGTAAGGTTTCCCCAGAGGAGAAGAGTTCATCTTTGTATGCTAGTAAGTTATGTGAGAATTCATCTTACATGTTGACTTGCAAAACTATTGCACAGGATCAGCCAGCTAGAAACACAGTAAAGAAACCCCCTCATAGATCACGAAATAATGCCTCTGTAGATTTCTT
GAAAAATCAGAAGTTTGTTGAAAGTATATGCATCTGGGAGTCAGACGACAATGCAGTTCACATTACTCGTGATGGGGCTGATTTGGTTAATAGAAGAAGAAGCAGTGCAACAGTCCTAGATAACATTTCGCTTTCTGCAGTGGAAAGACAATTTGACAGAATTTTACTTAATGAGATGGAGAAAGAAAATGCTGCTTCAA
AGTCAGTGAGAAGAAGGCAGAAGTGGCATCCAAAGGAGGTGAAGAGACCTGGGGAGACTATTCTCAAAGGGCACAGAAATTATGACTTGATGCTAAACTTACAACTGGGAATCAGgtataccgtgggaaggataacaccggagccaacacgtgatatttgccttgctgattttggtccaaaagctcggatatggatgcgg
ttcccttcagagggttctaagtttactcctcctcaccagtctgttgactttagatggaaagattactgtcctatggtttttagGCACCTGCGAGAGTTGTTCAAGATTGATGCGGCTGAATATATGCTTTCTATCTGTGGAAATGATGCACTAAGGGAGCTGTCATCCCCAGGGAAGAGTGGGAGTGTCTTCTATCTTTC
TCACGATGATAGGTTTATGATAAAGACAATGCGGAAATCTGAAGTGAAGGTACTCCTTGGAATGCTACCAAACTACTATAATCATGTTCGTTCTTACGAAAATACTTTGATTGCAAAGATTTTTGGCCTTCACAGTGTAAAAATAGTAGGAGGTCAAAAGATCCGTTTTGTGGTGATGGGGAATATATTATGTTCAGAAC
TACAGATACACAGACGTTATGACTTGAAAGGCTCGTCTCAAGGTCGCACGACAGATAAACTTGAAATTGATGAAACGACTACTCTCAAGGATCTTGACCTGGATTTTGTGTTTCGTCTTGACCCATTTTGGTACCAAACTCTTCTCCAACAAATAGAATGTGATTGCAAATTCTTGGAGTCCCAGAGAATCATGGACTAC
AGTCTCTTGCTGGGCCTTCACTTCCAAGCCCCTCAAAATGCTAAAACGATTTTGCCATGGCATTCTAGTGAGTCACATGTACCAGAAAATGCCATTGATACACCAGCAAGTTTTGATGGATCAGTAGAGGATAAGTGGAATTCTACTAAACGTTCAGACCTTGTTGCTTTAACACCAGATCAGAATGGTGATTTACTGTT
GTCACATGGCCTTGGTGACCCTTTAAAACCAATACAAATTGGTAAAGTCGAATTAGCCATGCCAGGAATAGCCAGCAAGCTGGGGGTGCAACAACTGGGCATAAACATGCCTGCTAAGGCCGAACAAAGGCTGGCTAGCAGTGAGTCGGATTCCCAGCTGGAGGGAGAGTTGTTTGGTGAGGTTTATGATGTGGTGTTGC
ACTTTGGAATCATAGATATCCTTCAAGATTATGATATCACCAAGAGACTCGAGCATGCCTACAAGTCCCTTCAGTTTGATTCCCTCTCAATATCTGCAGTCGATCCTAAACTATACGCTAAACGGTTTCAAGATTTTATTTGCAGAATCTTTATTGAGGAATCATAGCAATTGTGAATATTTCATTTTGCATCAATCCCA
AATTCACCTTGAAGCTACAAGACAAAGATTCAATGAAGTAACTGAGCTGCTTAGATTCTCTTCTTGCCTGCAAGCAAGGGATAGTGTCTAGAGAACCTATGTCTAGCTACATATCCAAGTCTTGTTTTGTATGACCGCAATCCAATGCTTCTCTATTTTTTGAAAGGACAAGAAACTGTTCAGCTCGCAGTTATCGAATG
GAGATCAATTGGATAACCCAAAGGGTGCAACAGAATTCACGAAATCAGGTTATCTCTGTGAAATGTATTGCTGCTAGGTCAGTATAGTATGATCATGGCCCAGCAGTTCTTCACAGGTATGGTAAAATTGGTGGCATTTGCTTGCTGAGCAGTCTCTAATTTCAAATGTATTTTATTTTCCTGTAAGGGTAAAATCCGGC
ATTGGATTTATTTGTTACCCAGAATCTCCTGGAGATTAGTAATTGCTAAATGCTACCAGGTGTCTGGGGAGTTCGAGAATAAAATGTAAAAGTATATAATGGAAATTTGATATGCTTTTGGGCTTCACAATTTGGAAGCATCGAGATTTGTCCTTTCTTGGTGGCAGCAATGCAGTAATGAATTCAACCCACA