NA ----> NA

Intron 1 GTAAATCTTC ... TGAAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.66	68	17	35
A2	25.69	81	34	22
A3	19.22	103	23	26
A4	11.89	100	10	17
A5	22.54	55	8	24
A6	15.33	127	10	36
A7	12.68	210	14	47
A8	14.69	61	3	18
A9	13.55	169	15	38
A10	9.41	231	11	37

>TRINITY_DN131540_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTAGCTGATATAAAGCAGAATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCCGAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAGAAGAG
GAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACAGAATT
ATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTGCTTCC
TCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGTATTAGCTGATATAAAGCAGAATGATGCTACTGGTC
AGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATGATACTTTTGGCGCTGCACCAGCTTTGTCTGTAGGC
AGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCTGATCAACGTGTCAGAGAAAGCATTGACTATGCTAT
TTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCCCCGAGTGGCATGGGAGCATGAGCAATTTTCAAGAC
ATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATTTTTGCGGATGGGAGTAGT
TTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTCGAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGATTTAACACAGGCAAAGCT
TAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCAGTTTGATTATATTTGCTC
AGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAATGTCTCCAGTCATGAAAG
CCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTTATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTAAAAATTAAAAAAAA
TAAAACAAAAAATTAACAAAT

>TRINITY_DN131540_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATTAGCTGATATAAAGCAGAATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCCGAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAGAAGAG
GAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTgtaaatcttctctatttcacctgcaacatccacggtttctgtttttcacatcagaaatcttccttagcttcagcatttctatttttttttttttgaactgcaaaacccttgatatgggaacaaaacactaatctggaggcagttaggagatt
tttcttctgagaaaccggtcttttatttatttaatttatttacactagcctttgaaatatagACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTCGTGG
ACGTGTACAGAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGGTCTG
TTGCTCTTGCTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGTATTAGCTGATATAAAGCAGAA
TGATGCTACTGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATGATACTTTTGGCGCTGCACCAG
CTTTGTCTGTAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCTGATCAACGTGTCAGAGAAAGC
ATTGACTATGCTATTTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCCCCGAGTGGCATGGGAGCATGA
GCAATTTTCAAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATTTTTG
CGGATGGGAGTAGTTTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTCGAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGATTTA
ACACAGGCAAAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCAGTTT
GATTATATTTGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAATGTC
TCCAGTCATGAAAGCCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTTATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTA
AAAATTAAAAAAAATAAAACAAAAAATTAACAAAT

Intron 2 GTAAATCTTC ... TGAAATATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.98	68	11.7	35
A2	21.36	81	25.7	22
A3	20.16	103	15.7	26
A4	14.53	100	7	17
A5	30.38	55	5.3	24
A6	22.09	127	6.7	36
A7	18.29	210	9.7	47
A8	22.78	61	2	18
A9	18.36	169	10.7	38
A10	13.81	231	7.7	37

>TRINITY_DN107798_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAACTTGATTAACTAAATTTCAAGTATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCCGAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAG
AAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACA
GAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTG
CTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGTATTAGCTGATATAAAGCAGAATGATGCTAC
TGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATGATACTTTTGGCGCTGCACCAGCTTTGTCTG
TAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCTGATCAACGTGTCAGAGAAAGCATTGACTAT
GCTATTTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCCCCGAGTGGCATGGGAGCATGAGCAATTTTC
AAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATTTTTGCGGATGGGA
GTAGTTTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTCGAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGATTTAACACAGGCA
AAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCAGTTTGATTATATT
TGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAATGTCTCCAGTCAT
GAAAGCCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTTATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTATATCTTCG

>TRINITY_DN107798_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AAAACTTGATTAACTAAATTTCAAGTATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCCGAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAG
AAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTgtaaatcttctctatttcacctgcaacatccacggtttctgtttttcacatcagaaatcttccttagcttcagcatttctattttttttttttgaactgcaaaacccttgatatgggaacaaaacactaatctggaggcagttagga
gatttttcttctgagaaaccggtcttttatttatttaatttatttacactagcctttgaaatatagACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTC
GTGGACGTGTACAGAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGG
TCTGTTGCTCTTGCTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGTATTAGCTGATATAAAGC
AGAATGATGCTACTGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATGATACTTTTGGCGCTGCA
CCAGCTTTGTCTGTAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCTGATCAACGTGTCAGAGA
AAGCATTGACTATGCTATTTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCCCCGAGTGGCATGGGAGC
ATGAGCAATTTTCAAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATT
TTTGCGGATGGGAGTAGTTTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTCGAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGA
TTTAACACAGGCAAAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCA
GTTTGATTATATTTGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAA
TGTCTCCAGTCATGAAAGCCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTTATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTT
TTTATATCTTCG

Intron 3 GTATGGTTAT ... TCTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.28	54	13	8
A2	14.46	71	12	12
A3	16.17	70	21	6
A4	17.53	40	9	8
A5	17.07	34	14	0
A6	16.29	167	50	15
A7	14.79	193	50	17
A8	16.15	122	33	14
A9	16.44	183	53	19
A10	12.2	126	27	8

>TRINITY_DN33716_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GGGGGTAATAAGTCAACAATTAAGAACAAGAAAACTTGATTAACTAAATTTCAAGTATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCC
GAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAGAAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCT
GTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACAGAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAAC
AAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTGCTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGT
ATTAGCTGATATAAAGCAGAATGATGCTACTGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATG
ATACTTTTGGCGCTGCACCAGCTTTGTCTGTAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCT
GATCAACGTGTCAGAGAAAGCATTGACTATGCTATTTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCC
CCGAGTGGCATGGGAGCATGAGCAATTTTCAAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAG
GAAGGAAGATTGAAATTTTTGCGGATGGGAGTAGTTTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTCGAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGC
ATGTTCACTTTCTACGATTTAACACAGGCAAAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATG
AGTTCTAGTTTAAGGCAGTTTGATTATATTTGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGT
TAGTGTTGGCTTGTCAATGTCTCCAGTCATGAAAGCCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTTATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGT
ATGAACCGAATTAATTTTTTATATCTTCGGGATTGTGAGTGTGGTTATGAAATGCTCGAATGAAGTCGACAAGATATAGGAGTCTAAGTCGAAAAGATATAGGAGTTTAAGTTATTGTTTTCATCTAAGATATAGGTGGTTAGGTTATTGTGTTCATCTTTAAGTTAATCGGTGGTTAGATTATTGTAATTTCTGCCAGC
ATGGATATGCATTTGAATATCTCGATTAGTTTCCTTGC

>TRINITY_DN33716_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGGGGTAATAAGTCAACAATTAAGAACAAGAAAACTTGATTAACTAAATTTCAAGTATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCC
GAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAGAAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCT
GTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACAGAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAAC
AAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTGCTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGT
ATTAGCTGATATAAAGCAGAATGATGCTACTGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATG
ATACTTTTGGCGCTGCACCAGCTTTGTCTGTAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCT
GATCAACGTGTCAGAGAAAGCATTGACTATGCTATTTGCTTGAACAGTGTGGGATCATGGAACAATGAGCTCTGGCTTCATGTGTCCAAACCTCCTGAAAATGTTTACATAAAACAAATTTTTGATgtatggttatgtctcctattttgcttaatattttacttcaggtttgttgtttttctctctattctttctccaca
acacttgtttttctgctaattggtgcatttcctctaatgcagGGTATTTCAGATGTGGCAAAAGAGTTAGGAGTTACTGTAGGTGTTCGACACAAAAAAATAAATATTTCAAATCCCCGAGTGGCATGGGAGCATGAGCAATTTTCAAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATT
TTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATTTTTGCGGATGGGAGTAGTTTGGCTGTGAATCCTTCCTACGTGAAGCTTTGGTTGGATCTACTTTCTC
GAACTCCTCGAGTTGCACCTTTTCTCACAAAAACGGATCCCATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGATTTAACACAGGCAAAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTG
GCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCAGTTTGATTATATTTGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCAC
CATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAATGTCTCCAGTCATGAAAGCCCATTTTCAGGGTTATGACATTTGCAGTCTAAGAATGGACTGCAAGTT
ATTTAGTTTGTTGGATCATGAATGGAGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTATATCTTCGGGATTGTGAGTGTGGTTATGAAATGCTCGAATGAAGTCGACAAGATATAGGAGTC
TAAGTCGAAAAGATATAGGAGTTTAAGTTATTGTTTTCATCTAAGATATAGGTGGTTAGGTTATTGTGTTCATCTTTAAGTTAATCGGTGGTTAGATTATTGTAATTTCTGCCAGCATGGATATGCATTTGAATATCTCGATTAGTTTCCTTGC

Intron 4 GTATGAATTA ... TTTATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.84	68	18	20
A2	21.82	43	11	13
A3	31.58	26	11	13
A4	25.37	50	19	15
A5	21.21	26	8	6
A6	22.53	141	40	42
A7	21.08	146	40	38
A8	21.97	103	22	36
A9	23.08	145	56	31
A10	22.14	109	23	39

>TRINITY_DN107798_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAACTTGATTAACTAAATTTCAAGTATATTTCAACCTTAAAATTAAAAAACCTTAAAATAAAAGAAATCCATTTACGCAAAAATATTCAAGAACTCAAACCAATCAGTCCATGTTCGCCTGACAAAGAATTCCATAAAAAAAACTAGTTCGTTCAGCGTTCCGGGAGCCGAAGACAGAGGCGAACGAGGGTTTTAAGAG
AAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACA
GAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTG
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TGGTCAGGCTTCAACTGCAACAACTGGAGGCTACAAGTTTGTGTTGCAAGTTCAGGAGCCAAGAAAGTTGGCATCTCCCACTCTCACAAACATTCAGGGATGGTTGCCAGGACTACGAGGAGATGGTGATTCAAGTCAGCTCCCTACCATTGCTATTGTGGCATCATATGATACTTTTGGCGCTGCACCAGCTTTGTCTG
TAGGCAGTGACAGCAATGGAAGTGGAGTAGTGGTTTTGTTAGAACTCGCAAGATTATTTTCTCGTCTTTATGCAAATCCAAAAACAAGAGGAAGGTACAATTTGATGTTTGGATTAACCTCTGGTGGACCTTATAATTACAATGGGACTTTCAAGTGGCTAAGGAGTTCTGATCAACGTGTCAGAGAAAGCATTGACTAT
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AAGACATAGAGTTACAGCAGTTACTCTATCAGAACTTTCTTCACCTCCAGAATTTTTAGAGCATGCTGGAGGCTTATATGACAGCAGGGACAATGTAAAAGATACTGCCGTCATTAAAACCATCAAGTTGGTTGCAGAAAGTCTTGCTAGGTATATTTATGATCATGAAGGAAGGAAGATTGAAATTTTTGCGGATGGGA
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AAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGGTGATCACAACAAGGGGTTTGGATGATCTTATCAGTATTTTTCGTCGTCCTCCCTCACGCAAGGCTAAAGCAGCATGAGTTCTAGTTTAAGGCAGTTTGATTATATT
TGCTCAGGAGGCTACTTTTATTTCATCCGAAGGATTCATTTGGACAAATGCCACCATTTTATGGATCCCTGATTTTGGTGTAAAGCCATCTTTTCTTCTGGCTTTTCTCTGCGAATTTTGGTTGGCGCACATTTGTTGAATTGTGCTACTTATTTGGGCCCTTAAAAGGTTAGTGTTGGCTTGTCAATGTCTCCAGTCAT
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>TRINITY_DN107798_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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AAGAGGAAGCCTCAACGATACCCCGGCTGAATCATTTGGAGATCGTTTTCTCTACTCCAAGATGGGGTTGCGGATTGCGGTTGGGAAGAAGAGCGGAGAGAGAGTGATGGTGGAGTCGTTGCAGACGGTGCTGGCCTTCCTCTGCTTGATTGCGGCCTGCGTTGAGTTCTGTGACGCGGCGGCCGTCGTGGACGTGTACA
GAATTATACAATATGATTTCGGAGGGATGCCCTTCGGCTCGCGACGCGCCAGCCTTAACAATCATGCTGGATCGATGCTGTTCGCTGCCGGGACAGATCTTTCGCGCACCGTGGTCGTAGTGCCCATAAGAGAACTTAACCTAACTCTTATTCATGATTATCTGGTGAACAAGCGTCTACTAGGGGGTCTGTTGCTCTTG
CTTCCTCAAAAATCTGCAGACATGAACATGGAAGGAAATGAGACAGATGATGCTGATGAATCAGATGGAAATGGAAAACGAAGATTTGCTGAGCTGGAACGATTGCTGATTCATAATAATATACCTTATCCTGTTTATTTTGCATTTGAGGAAGAGAAGCTGAATGCAGTATTAGCTGATATAAAGCAGAATGATGCTAC
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AGTGTACCATTGCTGGATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTATATCTTCG

Intron 5 GTATGAATTT ... ATCGCTGCAG

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>TRINITY_DN107798_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

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CATTATTACTGGTTTGAAAAAGGAATTATCTGATCATACTGTTGAAGTCAGTGTGCAACATGAATCGATGGATGGCATGTTCACTTTCTACGATTTAACACAGGCAAAGCTTAGTATTTATCAGGTTGCAAGTGTAACCTTTGACTTAGCTATCTTGCTGGCAGTGGCAACATATTTGAGTGTTCTCTTTATTTTCCTGG
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GATGGAATGCATGTATGATCAAAGTTTACGTGTAAAAATGTCAATTTTCCATTCTTTGTATGTTAAAGATGCTTGTATGAACCGAATTAATTTTTTATATCTTCG