NA ----> NA

Intron 1 GTATATTATT ... ATTCTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.09	38	8.5	2.5
A2	14.59	34	7	0.8
A3	26.19	24	9	2.5
A4	14.21	15	2.5	0
A5	12.91	19	3	0.8
A6	14.15	126	24	3.5
A7	13.79	147	28	1.5
A8	12.02	97	15	3
A9	15.19	110	24	2
A10	11.64	101	15	5

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AAGCAGCTTTCGAGGAGCAGACAAGAAAACATTAATTGATGATGGAATGCAGGGTGGAATGTTTGGAGATGGTAAGGCAAAAAATTCAGCGAAAGAGTTTGTTGAGCCCCTGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAAGCCGTACTCTGGAAAATCTGAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAG
AAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAGATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCCAGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACG
AGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATACTTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAA
TAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGCTTTTGTGCATGTGAAAATATAGGCAGAGCTGTTATAGCAATTTGATTTATATGGTAGGTGCAGTCATGATTCCCTGATGTTTGAAGGCTTTCTTTTTGTTTATGA
GAAAGCCAACTGGTATCAAACAAAGAAGTTGTATCTTGGTGAAATTTGTGGTATGCTACATTTTTTTATGATATAAGGATTAGTTGGGAATACTATCTTTTTTGAACAACAATTCTAAATTATGGTTGAAGAGAATACAAGAACTGGGAGTATTCTTGTGTATAATCAGAGGC

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTGAGCCCCTGGTATGCTCCTAACTTGTCTGACATTGTATTTTGTGTATAAATCCCCTCTTAAAGTTTATATTGAAGTCTTCAACAGTGAAGTTCAACAGGGTGACATTTCTATGCTCATCTGGTTGGTTTCATACCTATGGGGTATCTTGCAGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAA
GCCGTACTCTGGAAAATCTGgtatattattgtcttttctcatataatttatatgcagtggcttgagcttataaaattcacgaaatccttggaccttgatgtaaatactgtagttgcagtaataattatttctatgtattctcacagAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAGAAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAG
ATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGGTTTGTTCCATGAGAACACATCACAAAAATAGATTTTTCTGTGCAGTTCTTTTCGCATTGGTCACATTTCTATGTGATTCTGTAATAAGTTTGTAACATCAATGCTGTTACAATTCATATGCAGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCC
AGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACGAGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATAC
TTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAATAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGATTTTGTGC
AAATGTTCACAATTACATTGGATATTGGGTGCCTAGATAATTTCTTCAGTTTCACCATAAATCCTGCTGCACAAAGTCTACAATTTTTGAGTTCTCTAAATGACTATCAGCTTGGTTATTGGCTGTAACCCCC

Intron 2 GTTTGTTCCA ... TCATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.71	28	3.3	13
A2	7.69	12	2	1
A3	25	9	2.3	3
A4	8.33	11	0.7	1
A5	16.67	5	0.3	1
A6	12.99	67	3.7	10
A7	16.3	77	7.3	15
A8	20	60	3	15
A9	21.13	56	2.7	15
A10	15.07	62	3	11

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AAGCAGCTTTCGAGGAGCAGACAAGAAAACATTAATTGATGATGGAATGCAGGGTGGAATGTTTGGAGATGGTAAGGCAAAAAATTCAGCGAAAGAGTTTGTTGAGCCCCTGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAAGCCGTACTCTGGAAAATCTGAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAG
AAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAGATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCCAGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACG
AGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATACTTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAA
TAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGCTTTTGTGCATGTGAAAATATAGGCAGAGCTGTTATAGCAATTTGATTTATATGGTAGGTGCAGTCATGATTCCCTGATGTTTGAAGGCTTTCTTTTTGTTTATGA
GAAAGCCAACTGGTATCAAACAAAGAAGTTGTATCTTGGTGAAATTTGTGGTATGCTACATTTTTTTATGATATAAGGATTAGTTGGGAATACTATCTTTTTTGAACAACAATTCTAAATTATGGTTGAAGAGAATACAAGAACTGGGAGTATTCTTGTGTATAATCAGAGGC

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTGAGCCCCTGGTATGCTCCTAACTTGTCTGACATTGTATTTTGTGTATAAATCCCCTCTTAAAGTTTATATTGAAGTCTTCAACAGTGAAGTTCAACAGGGTGACATTTCTATGCTCATCTGGTTGGTTTCATACCTATGGGGTATCTTGCAGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAA
GCCGTACTCTGGAAAATCTGGTATATTATTGTCTTTTCTCATATAATTTATATGCAGTGGCTTGAGCTTATAAAATTCACGAAATCCTTGGACCTTGATGTAAATACTGTAGTTGCAGTAATAATTATTTCTATGTATTCTCACAGAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAGAAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAG
ATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGgtttgttccatgagaacacatcacaaaaatagatttttctgtgcagttcttttcgcattggtcacatttctatgtgattctgtaataagtttgtaacatcaatgctgttacaattcatatgcagAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCC
AGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACGAGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATAC
TTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAATAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGATTTTGTGC
AAATGTTCACAATTACATTGGATATTGGGTGCCTAGATAATTTCTTCAGTTTCACCATAAATCCTGCTGCACAAAGTCTACAATTTTTGAGTTCTCTAAATGACTATCAGCTTGGTTATTGGCTGTAACCCCC

Intron 3 GTATAATTGG ... TGTTAGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.57	18	2	17
A2	43.75	18	4	14
A3	26.67	11	3	4
A4	42.86	4	0	3
A5	50	5	4	5
A6	42.11	66	1	48
A7	41.03	64.7	0	45
A8	39.51	49	1	32
A9	41.33	44	2	31
A10	40	51	4	34

>TRINITY_DN39201_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGCAGCTTTCGAGGAGCAGACAAGAAAGCATTAATTGATGATGGAATGCAGGGTGGAATGTTTGGAGATGGTAAGGCAAAAAATTCAGCGAAAGAGTTTGTTGAGCCCCTGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAAGCCGTACTCTGGAAAATCTGA
ATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAGAAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAGATACTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCCAGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTG
CTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACGAGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTTGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATACTTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAG
CAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAATAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGCTTTTGTGCATGTGAAAATATAGGCAGAGCTGTTATAGCAATTTGATTTATATGGTAGGTGCAGTCATCATTCCCTGATG
TTTGAAGGCTTTCTTTTTGTTTATGAGAAAGCCAACTGGTATCAAACAAAGAAGTTGTATCTTGGTGAAATTTGTGGTATGCTACATTTTTTTATGATATAAGGATTAGTTGGGAATACTATCTTTTTTGAACAACAATTCTAAATTATGGTTGAAGAGAATACAAGAACTGGGAGTATTCTTGTGTATAATCAGAGGCT
TAAAAACTGATCAACTTACTTATTTCTAGCATTGAATACTATGAATATAACTCCCTTGAAAATTTACATATGCCAG

>TRINITY_DN39201_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGAAGCAGCTTTCGAGGAGCAGACAAGAAAGCATTAATTGATGgtataattgggtgataatattcattgttcatctctcaaaagtaatactcgaaaaattagtgaatattgcattactaatattttggttctatcttctagcatatatgaatatttttccttaagaataatgtgtg
tgcatgcccttgtaaatagcagttatttgatttactctacttattttctcttgttagtcagATGGAATGCAGGGTGGAATGTTTGGAGATGGTAAGGCAAAAAATTCAGCGAAAGAGTTTGTTGAGCCCCTGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAAGCCGTACTCTGGAAAATCTGAATCATT
GGATGAAGAAGAATTTGGAGAAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAGATACTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGG

Intron 4 GTATGCTCCT ... TATCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.7	52	0	2
A2	0	40	0	0
A3	15.15	28	3	5
A4	7.14	13	0	1
A5	4.55	21	0	1
A6	0	153	0	0
A7	0	161	0	0
A8	0.89	111	0	1
A9	0	123	0	0
A10	0.8	124	0	1

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AAGCAGCTTTCGAGGAGCAGACAAGAAAACATTAATTGATGATGGAATGCAGGGTGGAATGTTTGGAGATGGTAAGGCAAAAAATTCAGCGAAAGAGTTTGTTGAGCCCCTGGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAAGCCGTACTCTGGAAAATCTGAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAG
AAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAGATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCCAGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACG
AGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATACTTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAA
TAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGCTTTTGTGCATGTGAAAATATAGGCAGAGCTGTTATAGCAATTTGATTTATATGGTAGGTGCAGTCATGATTCCCTGATGTTTGAAGGCTTTCTTTTTGTTTATGA
GAAAGCCAACTGGTATCAAACAAAGAAGTTGTATCTTGGTGAAATTTGTGGTATGCTACATTTTTTTATGATATAAGGATTAGTTGGGAATACTATCTTTTTTGAACAACAATTCTAAATTATGGTTGAAGAGAATACAAGAACTGGGAGTATTCTTGTGTATAATCAGAGGC

>TRINITY_DN106824_c3_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTTGTTGAGCCCCTGgtatgctcctaacttgtctgacattgtattttgtgtataaatcccctcttaaagtttatattgaagtcttcaacagtgaagttcaacagggtgacatttctatgctcatctggttggtttcatacctatggggtatcttgcagGATTATTCTACCTACTATCCTGTGACGCTTCCTCTAAGAAA
GCCGTACTCTGGAAAATCTGGTATATTATTGTCTTTTCTCATATAATTTATATGCAGTGGCTTGAGCTTATAAAATTCACGAAATCCTTGGACCTTGATGTAAATACTGTAGTTGCAGTAATAATTATTTCTATGTATTCTCACAGAATCATTGGATGAAGAAGAATTTGGAGAAGGATCAGTTAATGAATTTGATGAAG
ATAGTATAGTTCCAGCACAGGAGCTTGGCTTATGGGTTTGTTCCATGAGAACACATCACAAAAATAGATTTTTCTGTGCAGTTCTTTTCGCATTGGTCACATTTCTATGTGATTCTGTAATAAGTTTGTAACATCAATGCTGTTACAATTCATATGCAGAATGAAAGCGAGGAAGACAAAATTTTGTTTTTCCAGCTTCC
AGCTTCACTACCTTTGGGCAAGTTACCTAGTGTGCAGACTACAAGGGTTCCTGAGTCATCGGATAAGGGTGCTAGCAGCTCAGGTGCTCAGAGTACGAGTAATGAAGAAACTTCTGTTCTTGGGAAGTTGCCAGCAGGATTCATGGGAAAGCTGCTCGTGTATGAGAGTGGGGCAGTAAAGATGCAGCTTGGTGATATAC
TTTTAGATGCTGTACCAGGATCTGAGTGCATTTTTGCTCAAGATGTTGCAGCTATTAATTCAGTAACTAAGCAGTGTTGCTTTCTTGGGGATATAAATAAACGAGTAATACTTGTTCCAGACGTGGACAGCCTTCTTGGTAACACACTTGAAATTGGGTGAGCTTGCTAACCTGTACAAGTAACCACCTGGATTTTGTGC
AAATGTTCACAATTACATTGGATATTGGGTGCCTAGATAATTTCTTCAGTTTCACCATAAATCCTGCTGCACAAAGTCTACAATTTTTGAGTTCTCTAAATGACTATCAGCTTGGTTATTGGCTGTAACCCCC