NA ----> NA

Intron 1 GCAAGTTTGC ... AATTGCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.22	4	9	6
A2	62.5	3	6	4
A3	62.5	3	7	3
A4	100	0	8	3
A5	61.7	9	14	15
A6	48.15	7	11	2
A7	49.15	15	13	16
A8	63.27	9	16	15
A9	19.05	17	3	5
A10	24.14	11	2	5

>TRINITY_DN47419_c1_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTATACTCATCAATTCAGGTACAAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTTAAACGTACAAACCCAGGAGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTATAGGAGTTTGCAGATGCCTTTCAATCTCGAACACATGGACTTAAAGGGACAGTTTCTTGGAAATCTCTCCCCGTGATCTTCTG
CTGCTCCAGAATTTGCTTATTTGCGAGCACTGAGAATGATCCACTTTGTGGAGTAAGAACGCTGTCTGGGTGATCTAATAAATAGTTTACAATAATTAATTCTTTCATATATACATTGGTGTAATGATCAATTTACAATGCAATTAATTCGACTAACTACCAAGATCAATTTTAAAGCTTCAGTAATAAAGAGGTATTGA
AAATGGGTTACTGGTTATTCGAGTTTGAGGAAATTTCTCAAGATATTGGATCATTGTGATATTTGCGAGAGAACTCTTTAATAGAGAAACCACCAGGATTAATTTCAAAGCTATGATCTTTAAAGAGTATTGAGAATTAATCACTGTTCCAGTTTGAGTTTGTGGCAGTTATTAAAAGATTTTAATTCACATTACAGTCT
TTTCCTTTGTTGCAAAGGTTGGATTCCGGAGTCTTTATCTAATTCCAAGTGTAATGTCAAATGCTGTCATATATTAATTACTAGTAGTGGTAAGTGGTGCAGCATGTCACGGTTGGACATACCTTTGTAGTCTCTTTTCGCATGGGCTACCATGGGTTGGACATATCTGTCTTCTCTGTTTCTTGGTACTAGTCTGTCTG
ACCAAGAAAAGCGAGAGTCTTAACTTTGTGAAGAAAGTAAGGATGGGGCGTCTTCAATGCCAGTTGCCCCTCCCACCGAGTTAGTAGATGTTTTGTATTAGCGGCAATAGAGGTTTTAGGTTTC

>TRINITY_DN47419_c1_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGAGGGCAGAGGATTTTCACAATTTCAACCGGGGTTCAAGTCGCAGGGAAGGCACTGGATATTCAAAATTCAAAAGATCCAAGGTAAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTTACAAACGTACAAACCCAGGAGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTATAGGAGgcaagtttgctt
cacatatgtaatcccttgttcttttgcttcattttctgagaattttgaatctatccatggcaatgttttatatgttttaatgatttgattatgtttttcacatataaattacaaacccagggcaatgatttgattatgtttttcacatataaattgcatagTTTGCAGATGCCTTTCAATCTCGAACACATGGACTTAGA
GGGACAGTTTCCTGGAAATCTCTCCCCGTGATCTTCTGCTGCTCCAGAATTTGCTTATTTGCGAGCACTGAGAATGATCCACTTTGTGGAGTAAGAACGCTGTCTGGGTGATCTAATAAATAGTTTACAATAATTAATTCTTTCATATATACATTGGTGTAATGATCAATTTACAATGCAATTAATTCGACTAACTACCA
AGATCAATTTTAAAGCTTCAGTAATAAAGAGGTATTGAAAATGGGTTACTGGTTATTCGAGTTTGAGGAAATTTCTCAAGATATTGGATCATTGTGATATTTGCGAGAGAACTCTTTAATAGAGAAACCACCAGGATTAATTTCAAAGCTATGATCTTTAAAGAGTATTGAGAATTAATCACTGTTCCAGTTTGAGTTTG
TGGCAGTTATTAAAAGATTTTAATTCACATTACAGTCTTTTCCTTTGTTGCAAAGGTTGGATTCCGGAGTCTTTATCTAATTCCAAGTGTAATGTCAAATGCTGTCATATATTAATTACTAGTAGTGGTAAGTGGTGCAGCATGTCACGGTTGGACATACCTTTGTAGTCTCTTTTCGCATGGGCTACCATGGGTTGGAC
ATATCTGTCTTCTCTGTTTCTTGGTACTAGTCTGTCTGACCAAGAAAAGCGAGAGTCTTAACTTTGTGAAGAAAGTAAGGATGGGGCGTCTTCAATGCCAGTTGCCCCTCCCACCGAGTTAGTAGATGTTTTGTATTAGCGGCAATAGAGGTTTTAGGTTTCTATTATTTGTTGGATATCCCAATGATGACTTGATTTTA
TTGCAATGAGAATATTGCTACCTCTTTTTGAGTGTAGGTGTGGAAACTCTAATCTGAATTTTTTGTTAATTAATAATTTACGAGGCATATAGTTTAATCTAAGTTCTTTCTATGTATGTTAATTGGATGTAGCTTGGGTGGTTGAGATGAATAATTATTGCCCATCCCATCTAACTACACAATTCTTGTAAGTGTCATGA
TGCTCTTCTCGAGTCCTTATGTATTGACTAT

Intron 2 GTAATCCCTT ... TAGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.22	4	9	6
A2	64.71	3	6	5
A3	56.41	5	7	5
A4	78.97	1.5	8	3
A5	62.26	10	16	17
A6	45.47	11.5	13	6
A7	47.14	20.5	17	19
A8	54.17	16.5	22	17
A9	28.18	18	6	8
A10	29.29	14.5	3	9

>TRINITY_DN42661_c0_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

GAAACAGAGTTGATAGTGGAACCCTCTTTCATGCGCTGTAAAAGCAACAGGGTTGATAGTAGAACCCTCTTTCATGTGCAGCAGTCAAATTGATTCTTCCAAATTTATCAGGATATTCAAAATTCAAAAGATCCAAGGTATATGGCTCACTGAAAATAACGAGCCACTTGTTTAATTCATTGAGAGTTCTTCAACTTGGA
AACTTTACAAAAGTGGAGAACTTGGTTTTTCTTAGAAGGCACTTCTCTATCTTCCCGTCCAAGGCAAAGGAATTGAAATATTTAAATTTAATTTGTTCATAAACTTGGTTTTTTCTGGAGGGCAGTCCTCTATCCTCCCGTCCAAGGAGTTGAGATATTTGAGTTTAATTTGTTCAAGGTGAAGGAATCGAGATAAAGTC
ATGAGTTAGCGGATTTGGTTATAAAATCTTTGTTATACTCATCAATTCAGGTACAAACGTACAAACCCAGAAGTGAAATCTACTGAATGAGACAAGGATTGAGATCGGCTTATACTCATCAATTCAGGTACAAACGTACAAACCCAGGAGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTATAGGAGGCAAGT
TTGCTTCACATATATGCCTTTCAATCTCGAACACATGGACTTAGAGGGACAGTTTCCTGGAAATCTCTCCCCGTGATCTTCTGCTGCTCCAGAATTTGCTTATTTGCGAGCACTGAGAATAATCCACTTTGTGGAGTAAGAACGCTGTCTGGGTGATCTAATAAATAGTTTACAATAATTAATTCTTTCATATATACATT
GGTGTAATGATCAATTTACAATGCAATTAATTCGACTAACTACCAAGATCAATTTTAAAGCTTCAGTAATAAAGAGGTATTGAAAATGGGTTACTGGTTATTCGAGTTTGAGGAAATTTCTCAAGATATTGGATCATTGTGATATTTGCGAGAGAACTCTTTAATAGAGAAACCACCAGGATTAATTTCAAAGCTATGAT
CTTTAAAGATTATTGAGAATTAATCACTGTTCCAGTTTGAGTTTGTGGCAGTTATCAGAAGATTTTAATTCGCATTA

>TRINITY_DN42661_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAAACAGAGTTGATAGTGGAACCCTCTTTCATGCGCTGTAAAAGCAACAGGGTTGATAGTAGAACCCTCTTTCATGTGCAGCAGTCAAATTGATTCTTCCAAATTTATCAGGATATTCAAAATTCAAAAGATCCAAGGTATATGGCTCACTGAAAATAACGAGCCACTTGTTTAATTCATTGAGAGTTCTTCAACTTGGA
AACTTTACAAAAGTGGAGAACTTGGTTTTTCTTAGAAGGCACTTCTCTATCTTCCCGTCCAAGGCAAAGGAATTGAAATATTTAAATTTAATTTGTTCATAAACTTGGTTTTTTCTGGAGGGCAGTCCTCTATCCTCCCGTCCAAGGAGTTGAGATATTTGAGTTTAATTTGTTCAAGGTGAAGGAATCGAGATAAAGTC
ATGAGTTAGCGGATTTGGTTATAAATCTTTGTTATACTCATCAATTCAGGTACAAACGTACAAACCCAGAAGTGAAATCTACTGAATGAGACAAGGATTGAGATCGGCTTATACTCATCAATTCAGGTAAACGTACAAACCCAGGAGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTATAGGAGGCAAGTTTG
CTTCACATATgtaatcccttgttcttttgcttcattttctgagaattttgaatctatccatggcaatgttttatatgttttaatgatttgattatgtttttcacatataaattacaaacccaaacccaaacccaaacccagggcaatgttttataagttttaatgatttgattatgtttttcacatataaattgcatagt
ttgcagATGCCTTTCAATCTCGAACACATGGACTTAAAGGGACAGTTTCTTGGAAATCTCTCCCCGTGATCTTCTGCTGCTCCAGAATTTGCTTATTTGCGAGCACTGAGAATAATCCACTTTGTGGAGTAAGAACGCTGTCTGGGTGATCTAATAAATAGTTTACAATAATTAATTCTTTCATATATACATTGGTGTAA
TGATCAATTTACAATGCAATTAATTCGACTAACTACCAAGATCAATTTTAAAGCTTCAGTAATAAAGAGGTATTGAAAATGGGTTACTGGTTATTCGAGTTTGAGGAAATTTCTCAAGATATTGGATCATTGTGATATTTGCGAGAGAACTCTTTAATAGAGAAACCACCAGGATTAATTTCAAAGCTATGATCTTTAAA
GATTATTGAGAATTAATCACTGTTCCAGTTTGAGTTTGTGGCAGTTATCAGAAGATTTTAATTCGCATTA

Intron 3 GTATATGGCT ... ATCAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.64	3.3	8	15
A2	100	0	7	7
A3	86.18	2.1	10	15
A4	85.19	2	13	10
A5	61.91	2.9	4	3
A6	53.51	5.9	3	9
A7	56.69	10.1	5	20
A8	52.01	5.9	3	9
A9	72.94	4.7	5	19
A10	78.34	3.4	0	23.4

>TRINITY_DN42988_c1_g1_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

GGGCAGAGGATTTTCACAATTTCAACCGGGGTTCAAGTCGCAGGGAAGGCACTGGATATTCAAAATTCAAAAGATCCAAGGTACAAACGTACAAACCCAGGAGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTATAGGAGGCAAGTTTGCTTCACATATGTAATCCCTTGTTCTTTTGCTTCATTTTCTGAGA
ATTTTGAATCTATCCATGGCAATGTTTTATATGTTTTAATGATTTGATTATGTTTTTCACATATAAATTACAAACCCAGGGCAATGTTTTATAAGTTTTAATTATTTGATTATGTTTTTCACATATAAATTACAAACCCAAACCCAAACCCAAACCCAAACCCAAACCCAAAC

>TRINITY_DN42988_c1_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTAATTTTTTAAATTATTTTTTATTTTACCACTTGGCTGACTATATTCAACGGAAGATTCATTTCTTGACATTTGCTAATTTGTTAAAGTGTGTAAATGAAATATGTTCGTAAAAGAGCACTTGTCAATGAAAAGTTGAAAACACAAACATTATTGCAAAATTATATGAAAATCTATTACCACAAAGGCAATTGAAAGAG
ATTTAGATTGACAAGTGCAAGTCAAGTTGAGGAGTTTTTAAAGAGAAGTTATCAAATATGTTAACTTCCAGGATTACAATTACAAGTATAGATTTATTTCCTACAATGTATATCTTAATTCTCATGAATTATTTAATTAATTTGATAATGGCATGCAGGATATTCAAAATTCAAAAGATCCAAGgtatatggctcactga
aaataacgagccacttgtgtaattcattgagagttcttaaacttggaaactttacaaaagtggagaacttggttatgcttagagggcagttctctatcttcccgtccaaggcaaaggaattgaaatatttaagtttaatttgttcataaacttggtttttcctggagggaagtcctctatcttcctgtccaaggcgaagg
agttgagatatttgagtttaatttgttcaaggtgaaggaatcgagataaagtcatgagttagcggatttggttataaatctttgttatactcatcaattcaggtacaaacgtacaaacccagaagtgaaatctactgaatgagacaaggattgagatcggcttatactcatcaattcagGTACAAACGTACAAACCCAGG
AGTGAAATCTACTGAATGAGGCAAGGATTGAGATCGGCTCAAGGAGATGCCTTTCAATCTCGAACACATGGACTTAGAGGGACAGTTTCCTGGAAATCTCTCCCCGTGATCTTCTGCTGCTCCAGAATTTGCTTATTTGCGAGCACTGAGAATAATCCACTTTGTGGAGTAAGAAAGCTGTCTGGGTGATCTAATAAATA
GTTTACAATAATTAATTCTTTCATATATACATTGGTGTAATGATCAATTTACAATGCAATTAATTCGACTAACTACCAAGATCAATTTTAAAGCTTCAGTAATAAAGAGGTATTGAAAATGGGTTACTGGTTATTCGAGTTTGAGGAAATTTCTCAAGATATTGGATCATTGTGATATTTGCGAGAGAACTCTTTAATAG
AGAAACCACCAGGATTAATTTCAAAGCTATGATCTTTAAATAGTATTAAGAATTAATCACTGTTCCAGTTTGAGTTTGTGGCAGTTATTAAAAGATTTTAATTCACATTACAATATTTTCCTTTGTTGCAAAGGTTGGATTCCGGAG