NA ----> NA

Intron 1 GTATGTAATG ... GGAGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.57	11	24	4
A2	79.55	9	35	0
A3	68.75	20	44	0
A4	62.32	26	43	0
A5	61.54	10	16	3
A6	72.51	237	625	21
A7	74.55	141	413	16
A8	74.47	168	490	13
A9	74.57	149	437	7
A10	72.51	102	269	3

>TRINITY_DN40320_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

TCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTCGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAA
CTCACCAATCTGGCTATGTTGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGT
GTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACG
CTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTG
TATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAGGTCCTGTTTACTTTATCAAAGCTTCTCAGTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTACATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGA
TTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATTGAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTTTGAGTAGTGTTGAAGTTTAGAAAAATGTTACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCTGTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAA
AGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGCAAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAACATGAATCAATCCCACATTTTGTCTGTTTCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATAAAATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAAT
AATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGC

>TRINITY_DN40320_c0_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGAGTTAGGATATGTAATGCCTAGTGGGGTTTGTTTTTGCAGTAAACTATGTTAGGTTTTACA
ATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGCATTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGA
CGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTT
ACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATG
TTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGgtatgtaatgcctagtagggtttgttcttgcagtaagtctgagaacctgctggatttctttggatgcagtgatattttatgtattcatattatattttagttaggatatgtaatgcctagtggggtttgtttttgcagtaaacctgagaacctgctggatttctttgga
tgctgatattttatgtattcatattatatttttatgacctatagtcctatggtgtaacgaaggatattcaataactagaatgcaatttcagcgagggttagttataagttgaattagttctgctgatatctgtgttataattaatgagtttgattgaacccttattgaatagtttcatgtttatctattaatctttttgc
gcttagatttagttcacctgtccatgttcttgattgttccccatccctttgccctttgttgtcattaattttgtgagttttatctggatgatacttagtaatctattgatctgacaaagtgggatcctgacttcgagctgaagatattatcaatggaggttaaacggttgaattatatttcatacactgcttttaattag
agggtgctcttactgcactggaagtttgcttttcttcataacttttttagagttgaagaccaataccccacagccgtggagtttcaggtgcaggtttagctataatccgttttgcgcttggctttagttcatctgcctactgtccatccctttgctctttgttgtcattcatggtgagtaatctattagatctgtctata
agtgggatcccgacttcgaggtaaacataatcatccttggaggttaaactgctgaatttcatatactgtttttaatcaaagggtgcgcttactgtactggaagtttgcttttgtccataatttctttggagctgaaaaccgatacctctcagccatagagtttcagttcaggtttagatataaatcattttgcacttggc
tttagttcatctgcctatcttattgattgttccccatccctttaccctttgttgtcattcatggtgagagttttcttctgatgttatttagtaatctattgatctgtctaagtgggttcctgacttcgggctgaagataatcatctatggacgttaaactgctgaattatatttcatacactggttttaattaaagcgtg
ctcttactgtattgaagtttgtttttgttcataatttctttggagctgaaggctaatacccctcatccatggagtttcagGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAGGTCCTGTTTACTTTATCAAAGCTTCTCAGTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTAC
ATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGATTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATTGAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTTTGAGTAGTGTTGAAGTTTAGAAAAATGTTACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCT
GTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAAAGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGCAAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAACATGAATCAATCCCACATTTTGTCTGTTTCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATAAA
ATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAATAATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGC

Intron 2 GTATGTAATG ... GGAGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.57	11	24	4
A2	79.55	9	35	0
A3	68.75	20	44	0
A4	62.32	26	43	0
A5	61.54	10	16	3
A6	72.57	237	627	21
A7	74.55	141	413	16
A8	74.58	168	493	13
A9	74.66	149	439	7
A10	72.58	102	270	3

>TRINITY_DN47654_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CACGGCCATGGAATTGTAAAGCTTAAAGAACCAGATTGTAAAATACTTAATAATAAGAAATATGGTCATTAAATTTAACCTGAGTTAACTAAATCTACTGACAAAATCGCTGATTTTCAAGTAAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATT
GATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTAGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTC
TCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACA
AGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATG
GTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAG
GTCCTGTTTACTTTATCAAAGCTTCTCAGTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTACATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGATTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATTGAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTT
TGAGTAGTGTTGAAGTTTAGAAAAATGTTACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCTGTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAAAGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGCAAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAA
CATGAATCAATCCCACATTTTGTCTGTTTCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATATAAAATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAATAATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGCATTGTGCATGTAAGATTAAATAAAATATATTTTTGAGATAAATATGTG

>TRINITY_DN47654_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGGAAGAGATAAAGCATAACAAAACTACTTAAAAGTGAAAAACAACACTTTCAATGAGAGGTTTTTTAAACCAAAATCATCCAAAAAAGAGTTGAGAAGACAAAAGAAATCATAAGACTTATATTGTAAAATTTGATTTAAGAATTGAGACATAAAAAAAGACAATGACTAATAGATTGAAAAAAACTCAAAGAATCATA
TTTAGCCAAAATCGCACAAAGAGAGTTGAGAAACAAAAGAAATAAGACTTGTATCGTATTATTTGACTTAAAGGATTGAGACATAAAAAAAGACAATGACTAATAGATTGGAAAACACTCACAGAGCCATATTTAAGAATGTTATAGCAAATAGAAATAGAAGAAATGTGCCAATAAAAAATAACAACACTACCTACAAC
ATTTAAACAAGCAAACGGATATCAATATTCAAGACCATTTGAATATCGACTCTTGAAAAACTCCATTAAAATACCTCCAGTACTCTTTGGCTAAATTGACCAAGGATTAAGAGAAATATATTTTTAATTGCTACATGTGATAAAAGCTTAAAGAACCAGATTGTAAAATACTTAATAAGAAGAAACATGGCCATTAAATT
TAACCTGAGTTAACTAAATTTACTGACGAAATCGCTGATTTTCAAGTAAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTT
CCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTAGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTT
GCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCA
TGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCT
GTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGgtatgtaatgcctagtagggtttgttcttgcagtaagtctgagaacctgctggatttctttggatgctgatattttatgtattcatattatattttagttaggatatgtaatgcctagtggggtttgttt
ttgcagtaaacctgagaacctgctggatttctttggatgctgatattttatgtattcatattatatttttatgacctatagtcctatggtgtaacgaaggatattcaataactagaatgcaatttcagcgagggttagttataagttgaattagttctgctgatatctgtgttataattaatgagtttgattgaaccctt
attgaatagtttcatgtttatctattaatctttttgcgcttagatttagttcacctgtccatgttcttgattgttccccatccctttgccctttgttgtcattaattttgtgagttttatctggatgatacttagtaatctattgatctgacaaagtgggatcctgacttcgagctgaagatattatcaatggaggttaa
acggttgaattatatttcatacactgcttttaattagagggtgctcttactgcactggaagtttgcttttcttcataacttttttagagttgaagaccaataccccacagccgtggagtttcaggtgcaggtttagctataatccgttttgcgcttggctttagttcatctgcctactgtccatccctttgctctttgtt
gtcattcatggtgagtaatctattagatctgtctataagtgggatcccgacttcgaggtaaacataatcatccttggaggttaaactgctgaatttcatatactgtttttaatcaaagggtgcgcttactgtactggaagtttgcttttgtccataatttctttggagctgaaaaccgatacctctcagccatagagttt
cagttcaggtttagatataaatcattttgcacttggctttagttcatctgcctatcttattgattgttccccatccctttaccctttgttgtcattcatggtgagagttttcttctgatgttatttagtaatctattgatctgtctaagtgggttcctgacttcgggctgaagataatcatctatggacgttaaactgct
gaattatatttcatacactggttttaattaaagcgtgctcttactgtattgaagtttgtttttgttcataatttctttggagctgaaggctaatacccctcatccatggagtttcagGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAGGTCCTGTTTACTTTATCAAAGCTTCTCA
GTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTACATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGATTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATTGAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTTTGAGTAGTGTTGAAGTTTAGAAAAATGT
TACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCTGTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAAAGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGCAAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAACATGAATCAATCCCACATTTTGTCTGTT
TCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATATAAAATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAATAATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGCATTGTGCATGTAAGATTAAATAAAATATATTTTTGAGATAAATATGTG

Intron 3 GTATGTAATG ... TTGCAGTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.05	7	24	23
A2	87.8	5	35	37
A3	70.64	16	44	33
A4	70.43	17	43	38
A5	58.14	9	16	9
A6	77.94	178	626.3	631.5
A7	77.41	121	413.3	416
A8	76.92	149	491.8	501.5
A9	79.69	116	438	472
A10	78.99	73	269.5	279.5

>TRINITY_DN40320_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

TCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTCGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAA
CTCACCAATCTGGCTATGTTGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGT
GTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACG
CTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTG
TATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGTCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTTAAACCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTTATGACCTATAGTCCTATGGTGTAACGAAGGATATTCAATA
ACTAGAATGCAATTTCAGCGAGGGTTAGTTATAAGTTGAATTAGTTCTGCTGATATCTGTGTTATAATTAATGAGTTTGATTGAACCCTTATTGAATAGTTTCATGTTTATCTATTAATCTTTTTGCGCTTAGATTTAGTTCACCTGTCCATGTTCTTGATTGTTCCCCATCCCTTTGCCCTTTGTTGTCATTAATTTTG
TGAGTTTTATCTGGATGATACTTAGTAATCTATTGATCTGACAAAGTGGGATCCTGACTTCGAGCTGAAGATATTATCAATGGAGGTTAAACGGTTGAATTATATTTCATACACTGCTTTTAATTAGAGGGTGCTCTTACTGCACTGGAAGTTTGCTTTTCTTCATAACTTTTTTAGAGTTGAAGACCAATACCCCACAG
CCGTGGAGTTTCAGGTGCAGGTTTAGCTATAATCCGTTTTGCGCTTGGCTTTAGTTCATCTGCCTACTGTCCATCCCTTTGCTCTTTGTTGTCATTCATGGTGAGTAATCTATTAGATCTGTCTATAAGTGGGATCCCGACTTCGAGGTAAACATAATCATCCTTGGAGGTTAAACTGCTGAATTTCATATACTGTTTTT
AATCAAAGGGTGCGCTTACTGTACTGGAAGTTTGCTTTTGTCCATAATTTCTTTGGAGCTGAAAACCGATACCTCTCAGCCATAGAGTTTCAGTTCAGGTTTAGATATAAATCATTTTGCACTTGGCTTTAGTTCATCTGCCTATCTTATTGATTGTTCCCCATCCCTTTACCCTTTGTTGTCATTCATGGTGAGAGTTT
TCTTCTGATGTTATTTAGTAATCTATTGATCTGTCTAAGTGGGTTCCTGACTTCGGGCTGAAGATAATCATCTATGGACGTTAAACTGCTGAATTATATTTCATACACTGGTTTTAATTAAAGCGTGCTCTTACTGTATTGAAGTTTGTTTTTGTTCATAATTTCTTTGGAGCTGAAGGCTAATACCCCTCATCCATGGA
GTTTCAGGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAGGTCCTGTTTACTTTATCAAAGCTTCTCAGTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTACATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGATTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATT
GAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTTTGAGTAGTGTTGAAGTTTAGAAAAATGTTACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCTGTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAAAGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGC
AAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAACATGAATCAATCCCACATTTTGTCTGTTTCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATAAAATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAATAATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGC

>TRINITY_DN40320_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGAGTTAGGATATGTAATGCCTAGTGGGGTTTGTTTTTGCAGTAAAGTATGTTCGGTTTTACA
ATTCCATGGGTAATGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGTTGAAAAATACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGCTCGGTTTTACAATTCCGTGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGA
ACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACGCAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTC
CGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAACATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGC
TCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGgtatgtaatgcctagtagggtttgttcttgcagtaagTCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCAGTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTAGTTAGGATATGTAATGCCTA
GTGGGGTTTGTTTTTGCAGTAAACCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTTATGACCTATAGTCCTATGGTGTAACGAAGGATATTCAATAACTAGAATGCAATTTCAGCGAGGGTTAGTTATAAGTTGAATTAGTTCTGCTGATATCTGTGTTATAATTAATGAGTT
TGATTGAACCCTTATTGAATAGTTTCATGTTTATCTATTAATCTTTTTGCGCTTAGATTTAGTTCACCTGTCCATGTTCTTGATTGTTCCCCATCCCTTTGCCCTTTGTTGTCATTAATTTTGTGAGTTTTATCTGGATGATACTTAGTAATCTATTGATCTGACAAAGTGGGATCCTGACTTCGAGCTGAAGATATTAT
CAATGGAGGTTAAACGGTTGAATTATATTTCATACACTGCTTTTAATTAGAGGGTGCTCTTACTGCACTGGAAGTTTGCTTTTCTTCATAACTTTTTTAGAGTTGAAGACCAATACCCCACAGCCGTGGAGTTTCAGGTGCAGGTTTAGCTATAATCCGTTTTGCGCTTGGCTTTAGTTCATCTGCCTACTGTCCATCCC
TTTGCTCTTTGTTGTCATTCATGGTGAGTAATCTATTAGATCTGTCTATAAGTGGGATCCCGACTTCGAGGTAAACATAATCATCCTTGGAGGTTAAACTGCTGAATTTCATATACTGTTTTTAATCAAAGGGTGCGCTTACTGTACTGGAAGTTTGCTTTTGTCCATAATTTCTTTGGAGCTGAAAACCGATACCTCTC
AGCCATAGAGTTTCAGTTCAGGTTTAGATATAAATCATTTTGCACTTGGCTTTAGTTCATCTGCCTATCTTATTGATTGTTCCCCATCCCTTTACCCTTTGTTGTCATTCATGGTGAGAGTTTTCTTCTGATGTTATTTAGTAATCTATTGATCTGTCTAAGTGGGTTCCTGACTTCGGGCTGAAGATAATCATCTATGG
ACGTTAAACTGCTGAATTATATTTCATACACTGGTTTTAATTAAAGCGTGCTCTTACTGTATTGAAGTTTGTTTTTGTTCATAATTTCTTTGGAGCTGAAGGCTAATACCCCTCATCCATGGAGTTTCAGGTACCTTTCAGTTGGTCTTGGGATCTTTTAAGTTATTTTCTTTGTTGATGATGAGGTCCTGTTTACTTTA
TCAAAGCTTCTCAGTGTCCCCATTCTTGGCAGAACTTCTGAAATTTGTACATTTGAAGTAGCTGCTCCGAGGTCCAATTTCCCCTGTTTTTGATTTGTAGTTTGTTCCGCAGAACTAAAAATTGAGCATGTTATATTATCAGTAGAGCTAACCTCACATGGATATAGACAGTTTGGATATGAGTTTGAGTAGTGTTGAAG
TTTAGAAAAATGTTACTGCTGAGGCTCCATGTGGACCAAAGGTAATCTCTGTCAATATCAATATAAATATACTTGTTTTCCTAACTCTGGGAAAGATTAAGAGAATCCATTTAAAATCTATGCAAGGGGTGGTTTATCAGTATCAAGGTTTATGAAATGAAGTAATGAAAAGGTTCACATACCAACATGAATCAATCCCA
CATTTTGTCTGTTTCAGGGAGGACCTGGGAGCAATATATACATATATAAAATAACATTTTAATCTATGAAATTTTTTATATTTAAATTATAATAATATTAACAAAAGGTTTTGACAAGC

Intron 4 GTATGTAATG ... CTTTGGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	14	24	25
A2	82.72	7	35	32
A3	64.6	20	44	29
A4	68.14	18	43	34
A5	55.56	10	16	9
A6	72.13	234	625	586
A7	70.34	175	413	417
A8	70.42	209	490	505
A9	71.76	171	437	432
A10	72.69	96	269	242

>TRINITY_DN44545_c0_g2_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTCGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAA
TACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGCTCGGTTTTACAATTCCG
TGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACG
CAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAAC
ATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTAGTTAGGATATGTAATGC
CTAGTGGGGTTTGTTTTTGCAGTAAACCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTTATGACCTATAGTCCTATGGTGTAACGAAGGATATTCAATAACTAGAATGCAATTTCAGCGAGGGTTAGTTATAAGTTGAATTAGTTCTGCTGATATCTGTGTTATAATTAATGA
GTTTGATTGAACCCGTG

>TRINITY_DN44545_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGGTATGTTCGGTTTTACAATTCCATGGGTAATGAAAAA
TACGGCTAGGAGTTTCCAGGATAACTCACCAATCTGGCTATGTTCGGAACTCGATTCTCGATTGTAAATACTTAATATGGGTATTGATTTGAACAGGGTTAACTAAATTTAGCGGTGAAGATGAAAAAATCTTTTAATCGCTGATTTGCAGGTAAAGTTTCCGGGATAACTCACCAATCTGGCTCGGTTTTACAATTCCG
TGGCTCTCTGCTATAATTAACCCTTTCGTTCGGAACTCGTCCTCATATCCAAGAGGGAAGGCATTCAGGAACATAATTTTTGCTGTGTCAAGGAACAAAGATGAGCATAGTTGTGTTGGACGGCAGCACAGTTCGAGGATTTGTTGAAGCCGAGGAGGCTTTCAACAAAACAATGGATGAGAAGTTCGTGGAGCTGGACG
CAAACAAGGATGGGGTCCTGTCCCGCTCTGAGCTGCGCAAGGCCTTGGAGAGCTTCCGCTTGATGGAGTCCGAAATGGGCATGGAAGTCAGCTGCACCCCACAAGAGCTCAACGCTCTTTACGACTCTGTCTTCGATGGTTTCGACACAGACCACAACAACACAGTCGACCTCAACGAGTTCAGGTCTGAGATGAAGAAC
ATCATGGTTGCCATTGCCGATGGCCTCGGTGCTGCCCCGATTCAACTCCTCCTGGAGGAGGGCAGCTTGCTCAAGGACGCTGTTGAGTTCGAATCCGCCAAAACCAACTGATTGTATATGTTGTGAAGTCCTTCGCAGTAAATAAATTAGGgtatgtaatgcctagtagggtttgttcttgcagtaagtctgagaacctg
ctggatttctttggatagGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTAGTTAGGATATGTAATGCCTAGTGGGGTTTGTTTTTGCAGTAAACCTGAGAACCTGCTGGATTTCTTTGGATGCTGATATTTTATGTATTCATATTATATTTTTATGACCTATAGTCCTATGGTGTAACGAAGGATATTCAATAACTAGAA
TGCAATTTCAGCGAGGGTTAGTTATAAGTTGAATTAGTTCTGCTGATATCTGTGTTATAATTAATGAGTTTGATTGAACCCGTG