sp|Q2QAV0|TIO_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase TIO

Intron 1 GTAAGAACCA ... ACTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.37	140	16	47
A2	17.07	102	20	22
A3	19.1	108	21	30
A4	15.62	81	17	13
A5	12.85	78	11	12
A6	15.32	409	49	99
A7	17.21	409	62	108
A8	17.45	376	73	86
A9	15.35	342	50	74
A10	15.99	268	41	61

>TRINITY_DN124539_c6_g2_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GCAAGCAGTAACCTGAAGTGCATGGAGATAGTACATGGCGACAGTGCACTGTGTCTAATTTCCTTGCAACCGGATGGTTTCAAGTGTTAACTACCCCGATTATGTTTTCACTTGAAATTATACTCGATAGGTACTTACAAATTGGAAGTGTAACTAGTGTCAGCACCACATGAATATTGGTATTTTGTCCTTGAATGAAG
TGGTAGAATTGACATATAATAGAATACCTGTTAAAGTTTCTGTTCTTTAGATTTAAATCAAAATGTTAACTTCTTGCTAATGTGAGCTACCTGATTCGGAGCTTTGATCATATCATTGCGTGGTAAAATTTCAGTTTGAAGTGAACTGTGGACTTACATCACTCTCCTTAAATGACTTGTTTAGATATGAGCTTTATGTT
GGCCAACCTCCTTTTTATACAAATTCTGTTTATACGCTTATTCGGCACATTGTGAAGGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAAGGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAAGTAGAGATAGA
AGCTAGAGAAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTC
CACGTCCATCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACTGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAG
GGAACATCAGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGC
AATGCTAAAGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTT
CAGAGGCATCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGAT
GCTTTCAATGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACT
TTTGCAAGGCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCA
ATAAAGATGCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCT
TCTTCTGATGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTC
AAACACAAGTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAA
GGTTAAACCAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGG
CATGGTGGCGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGA
GAATATGCCCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATA
GTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGCGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTC
TACAACTCTCTTGTGAAAAATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGC
GAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGACTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCC
ATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTG
ACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGAAACATTGGGAAATATGGACATTGGTGGTGAGGATATTGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCT
TTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCT
AATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGACTACCT

>TRINITY_DN124539_c6_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAATTTCAGATAGATCAAATAGTTTACATTTTCCCGCCTCCGCCTGTCTACAGAGACAAGGAAGAAGAAAACCATGAACTGGAGCGTTGGAGGGATTTGTGTCAATTGATCCACCGATCTGCTCACGCGAATCCTCCGGATCACCCAAGAGGGCCACTTATTCTCCGTTTACTCGACGAAGTTCTCTTACTGCTGCAAG
GATGGGTGTGGAAAATTATCATGTTGTAGAGTTAGTTGGTGAAGGTTCCTTTGGAAAGGTTTACAAAGGCAGGCGCAAGTACACAGGGCAGACTGTTGCCATGAAGTTTATCTTAAAGCATGGAAAGAGTGAAAAAGACATTGACAATCTGAGGCAAGAAATTGAGATATTACGACAGCTGAAGCATGAGAATATCATAG
AGATGCTAGATGCATTTGAAAGTCCGCAGGAGTTTTGTGTTGTCACAGAATTTGCACAGGGTGAACTCTTTGAGATTCTTGAAGATGACAAATGCCTTCCTGAAGCACAAGTTCAGGCGATTGCTAAGCAGCTGGTGAGGGCGCTTCATTATCTCCATTCTCATCGTATTATCCATCGCGATATGAAACCTCAAAATATT
CTTATTGGCGCTGGAGGTATTGTCAAGCTTTGCGATTTTGGATTTGCAAGAGCTATGTCTTGCAATACAATGGTGCTTCGTTCCATCAAAGGAACCCCCCTCTATATGGCTCCTGAACTAGTACGCGAACAACCATACAATCATACTGCCGATCTATGGTCACTTGGTGTCATCTTATATGAGCTTTATGTTGGCCAACC
TCCTTTTTATACAAATTCTGTTTATACGCTTATTCGGCACATTGTGAAGGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAAGGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAAGTAGAGATAGAAGCTAGAG
AAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTCCACGTCCA
TCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACTGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAGGGAACATC
AGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGCAATGCTAA
AGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTTCAGAGGCA
TCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGATGCTTTCAA
TGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACTTTTGCAAG
GCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCAATAAAGAT
GCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCTTCTTCTGA
TGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTCAAACACAA
GTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAAGGTTAAAC
CAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGGCATGGTGG
CGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGAGAATATGC
CCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGT
CCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGgtaagaaccatgcttgacatgaccccagtttagtgttgtagtctttgttttcttattatatttaaacaggttctcatagataagtaaagaagtgagacttccacttccaattttgagatttaagagcttagtccaaatta
gtatgatgtttttcaatgactggtgcagGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGCGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAAAATGATATGATTAATCTTCTCA
TCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCA
AGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGACTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTT
CCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGAAACATTGGGAAAT
ATGGACATTGGTGGTGAGGATATTGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCTTTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATG
GTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCTAATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAA
CAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGACTACCT

Intron 2 GCAAGTTTCC ... GATCGTCGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.39	33	71.4	14
A2	74.4	18	52.3	4.1
A3	72.78	28	74.9	19.7
A4	78.8	12	44.7	11.5
A5	77.03	6	20.1	3.2
A6	71.24	162	401.2	79.9
A7	71.54	105	263.9	41.7
A8	76.4	131	424.1	82.6
A9	77.3	81	275.9	51.3
A10	68.81	69	152.2	24.7

>TRINITY_DN124539_c6_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

CCAGGGAAAAATGAACTTTTTAATTGTTAACTATGGTGATTGGCTAGCCATAACTTAGGACATTGTATTATTTTTTAACATACATTTGCAAGGCAAGTGCAGGAAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAG
TGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTCCACGTCCATCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACCGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAA
GCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAGGGAACATCAGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCT
GTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGCAATGCTAAAGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCT
GCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTTCAGAGGCATCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCAT
GCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGATGCTTTCAATGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAG
TTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACTTTTGCAAGGCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCA
AGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCAATAAAGATGCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGG
GTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCTTCTTCTGATGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCT
ATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTCAAACACAAGTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAAC
AAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAAGGTTAAACCAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTT
CCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGGCATGGTGGCGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACA
TCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGAGAATATGCCCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGC
ATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTG
CGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAAAATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCT
GCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGA
CTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCA
CTAGAAACATTGGGAAATATGGACATTGGTGGTGAGGATATTAGTTTTTTGATGGACATGAACATTGGAACCGAGGTTGGGACTTGTCAAGGCAAAGAGAAGACCACAACGGAGGATATTGGCGGACTTTGATTTAGAGAAATATTTTTATTGGTCTTTTTTTGTTTTCCCATACTACCATATTGCATATATCTGCATGT
TGATAGATATATTGTAGTTGTTTTGGACATTCAAGAACCTTTTTTTGGATTATATATGTACATTGAACTTACATATTGTAGAACTGTTTTGGATGATCTAACCTTTTTTTGGGATAGTTACATAGCATACTTTTGTG

>TRINITY_DN124539_c6_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAATTTCAGATAGATCAAATAGTTTACATTTTCCCGCCTCCGCCTGTCTACAGAGACAAGGAAGAAGAAAACCATGAACTGGAGCGTTGGAGGGATTTGTGTCAATTGATCCACCGATCTGCTCACGCGAATCCTCCGGATCACCCAAGAGGGCCACTTATTCTCCGTTTACTCGACGAAGTTCTCTTACTGCTGCAAG
GATGGGTGTGGAAAATTATCATGTTGTAGAGTTAGTTGGTGAAGGTTCCTTTGGAAAGGTTTACAAAGGCAGGCGCAAGTACACAGGGCAGACTGTTGCCATGAAGTTTATCTTAAAGCATGGAAAGAGTGAAAAAGACATTGACAATCTGAGGCAAGAAATTGAGATATTACGACAGCTGAAGCATGAGAATATCATAG
AGATGCTAGATGCATTTGAAAGTCCGCAGGAGTTTTGTGTTGTCACAGAATTTGCACAGGGTGAACTCTTTGAGATTCTTGAAGATGACAAATGCCTTCCTGAAGCACAAGTTCAGGCGATTGCTAAGCAGCTGGTGAGGGCGCTTCATTATCTCCATTCTCATCGTATTATCCATCGCGATATGAAACCTCAAAATATT
CTTATTGGCGCTGGAGGTATTGTCAAGCTTTGCGATTTTGGATTTGCAAGAGCTATGTCTTGCAATACAATGGTGCTTCGTTCCATCAAAGGAACCCCCCTCTATATGGCTCCTGAACTAGTACGCGAACAACCATACAATCATACTGCCGATCTATGGTCACTTGGTGTCATCTTATATGAGCTTTATGTTGGCCAACC
TCCTTTTTATACAAATTCTGTTTATACGCTTATTCGGCACATTGTGAAGGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAAGGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAAGTAGAGATAGAAGCTAGAG
AAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTCCACGTCCA
TCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACTGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAGGGAACATC
AGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGCAATGCTAA
AGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTTCAGAGGCA
TCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGATGCTTTCAA
TGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACTTTTGCAAG
GCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCAATAAAGAT
GCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCTTCTTCTGA
TGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTCAAACACAA
GTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAAGGTTAAAC
CAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGGCATGGTGG
CGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGAGAATATGC
CCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGT
CCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGCGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTC
TCTTGTGAAAAATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAG
CGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGACTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCA
TGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAgcaagtttcctgatgcctctactccttccccagctcgatgatgtattttttgaacactgttctgatattcttgtttgtaacataaagaattgacatgcaa
tcttcatgatcgtcgagGAAACATTGGGAAATATGGACATTGGTGGTGAGGATATTTACATATCTCGCATCACTAgcaagtttcctgatgcctctactccttccccagctcgatgatgtattttttgaacactgttctgatattcttgtttgtaacataaagaattgacatgcaatcttcatgatcgtcgagGTATTCCT
CTTGTAACATTGTCTTTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACA
TGGGACACGAGCGCTAATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGACTACCT

Intron 3 GTTTGAGATT ... CCACCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.23	76	0	23
A2	21.37	92	0	25
A3	28.79	94	0	38
A4	27	73	0	27
A5	29.17	34	0	14
A6	21.76	187	0	52
A7	23.92	159	0	50
A8	24.55	169	1	55
A9	23.46	137	0	42
A10	25.6	93	0	32

>TRINITY_DN44097_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CGCCTGTCTACAGAGACAAGGAAGAAGAAAACCATGAACTGGAGCGTTGGAGGGATTTGTGTCAATTGATCCACCGATCTGCTCACGCGAATCCTCCGGATCACCCAAGAGGGCCACTTATTCTCCGTTTACTCGACGAAGTTCTCTTACTGCTGCAAGGATGGGTGTGGAAAATTATCATGTTGTAGAGTTAGTTGGTG
AAGGTTCCTTTGGAAAGGTTTACAAAGGCAGGCGCAAGTACACAGGGCAGACTGTTGCCATGAAGTTTATCTTAAAGCATGGAAAGAGTGAAAAAGACATTGACAATCTGAGGCAAGAAATTGAGATATTACGACAGCTGAAGCATGAGAATATCATAGAGATGCTAGATGCATTTGAAAGTCCGCAGGAGTTTTGTGTT
GTCACAGAATTTGCACAGGGTGAACTCTTTGAGATTCTTGAAGATGACAAATGCCTTCCTGAAGCACAAGTTCAGGCGATTGCTAAGCAGCTGGTGAGGGCGCTTCATTATCTCCATTCTCATCGTATTATCCATCGCGATATGAAACCTCAAAATATTCTTATTGGCGCTGGAGGTATTGTCAAGCTTTGCGATTTTGG
ATTTGCAAGAGCTATGTCTTGCAATACAATGGTGCTTCGTTCCATCAAAGGAACCCCCCTCTATATGGCTCCTGAACTAGTACGCGAACAACCATACAATCATACTGCCGATCTATGGTCACTTGGTGTCATCTTATATGAGCTTTATGTTGGCCAACCTCCTTTTTATACAAATTCTGTTTATACGCTTATTCGGCACA
TTGTGAAGGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAAGGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAAGTAGAGATAGAAGCTAGAGAAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCA
GCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTCCACGTCCATCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTAC
ATCTCCTAGTCAGACCGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAGGGAACATCAGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGT
CTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGCAATGCTAAAGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCA
TATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTTCAGAGGCATCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTAT
TGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGATGCTTTCAATGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGA
ATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACTTTTGCAAGGCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATG
CGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCAATAAAGATGCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTC
TGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCTTCTTCTGATGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAG
CAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTCAAACACAAGTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACC
GGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAAGGTTAAACCAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATC
TCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGGCATGGTGGCGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCA
ATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGAGAATATGCCCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTT
CCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGA
TCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGAGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAACATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGAT
GTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTC
TGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGATTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCT
AATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCTT
TTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCTA
ATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGACTACCTACCTTTTGTTCTCAAA

>TRINITY_DN44097_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTACAAATGCTTCATGAGgtttgagatttgaaacagaagctatatagattagttgccatagtaaaatgctcctattttctgatgtttaatttagaaattatcatgataacattgacaagacataatatctagaaatgtatttgtaaattgatcttgtttccaagacccaaaaccaaagaacttgcaagaaacgagaat
ggtttaacatcaagtatgctatttaggtggagacctcaactatcataaacttatgccttttctctccacctacagGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGA
CGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGAGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCAT
GCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAACATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTT
AAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGATTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACC
TCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTT
GAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCTTTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAA
TTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCTAATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTT
TCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGACTACCTACCTTTTGTTCTCAAA

Intron 4 GTACATATCA ... TGTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.71	101	0	28
A2	21.52	62	0	17
A3	32.37	94	1	45
A4	13.43	58	0	9
A5	21.95	32	0	9
A6	40	9	0	6
A7	20	24	0	6
A8	33.33	2	1	1
A9	25.93	20	0	7
A10	25.45	41	0	14

>TRINITY_DN111421_c3_g3_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TGAGGTCATTTAAGTGAATTTAATTTCAGATAGATCAAATAGTTTACATTTTCCCGCCTCCGCCTGTCTACAGAGACAAGGAAGAAGAAAACCATGAACTGGAGCGTTGGAGGGATTTGTGTCAATTGATCCACCGATCTGCTCACGCGAATCCTCCGGATCACCCAAGAGGGCCACTTATTCTCCGTTTACTCGACGAA
GTTCTCTTACTGCTGCAAGGATGGGTGTGGAAAATTATCATGTTGTAGAGTTAGTTGGTGAAGGTTCCTTTGGAAAGGTTTACAAAGGCAGGCGCAAGTACACAGGGCAGACTGTTGCCATGAAGTTTATCTTAAAGCATGGAAAGAGTGAAAAAGACATTGACAATCTGAGGCAAGAAATTGAGATATTACGACAGCTG
AAGCATGAGAATATCATAGAGATGCTAGATGCATTTGAAAGTCCGCAGGAGTTTTGTGTTGTCACAGAATTTGCACAGGGTGAACTCTTTGAGATTCTTGAAGATGACAAATGCCTTCCTGAAGCACAAGTTCAGGCGATTGCTAAGCAGCTGGTGAGGGCGCTTCATTATCTCCATTCTCATCGTATTATCCATCGCGA
TATGAAACCTCAAAATATTCTTATTGGCGCTGGAGGTATTGTCAAGCTTTGCGATTTTGGATTTGCAAGAGCTATGTCTTGCAATACAATGGTGCTTCGTTCCATCAAAGGAACCCCCCTCTATATGGCTCCTGAACTAGTACGCGAACAACCATACAATCATACTGCCGATCTATGGTCACTTGGTGTCATCTTATATG
AGCTTTATGTTGGCCAACCTCCTTTTTATACAAATTCTGTTTATACGCTTATTCGGCACATTGTGAAGGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAAGGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAA
GTAGAGATAGAAGCTAGAGAAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCATAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCC
AGCTCTAGTTCCACGTCCATCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACTGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAGGGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACT
TTAATATCAAGGGAACATCAGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGTGGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACA
AAGGGTTTAGCAATGCTAAAGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAGTGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAA
ATTACCTATTTCAGAGGCATCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACAAACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGC
TACTTATTGATGCTTTCAATGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGCCTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTT
CGTTATGCACTTTTGCAAGGCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTGTTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTC
ATCATCTTCCAATAAAGATGCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAACATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTG
CTCATCAAGCTTCTTCTGATGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATCTGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTT
GTTGATAAGTCAAACACAAGTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTCCACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGA
ACAGCCTAGAAGGTTAAACCAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTAAAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAAC
ATTGGGATGGGCATGGTGGCGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGGTCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAA
GCAGTTGCTGAGAATATGCCCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAAGCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAA
AATGCTTGATAGTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGCGGCTCTTAAACAATTTCTGAACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACA
CACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAACATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCTATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGAT
AAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGATTACTCAGCAGCTGCATCGACACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAA
TATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCCTCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAAC
ATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCTTTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTTTTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGAT
ATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCTAATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTCCAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGG
AC

>TRINITY_DN111421_c3_g3_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCTTATTCGGCACATTGTGAAGgtacatatcatactattcaaaattattttcttttgcacaaactggttttaggcaaagtagaacttgttagaacttgtctgttgaagcaatgtttgatatatgtttaacagGACCCAGTTAAATATCCTGACAATATCAGCCCTAACTTCAAAAGTTTTTTGAAGGGTCTTCTGAACAA
GGTTTCACAGAATAGATTGACTTGGCCTGCACTTTTGGAGCACCCATTTGTACAAGAGAGCCAAGTAGAGATAGAAGCTAGAGAAGCACGTGCTGCAACTGCTGCTGCAAGGGGATGTGATGCAGCTTGGAGGGGGGAAGTCAATATTGTGATTCCTTCACCAGCTCGAAACATTGCCAGTGCACGTAACAGTAGTCCCA
TAGGAAAGTCACAGCCAAGTGTTGCCTCTGAAAAACTTGCAGAAACTCCTATGAATGATCGTCCAGCTCTAGTTCCACGTCCATCAAATGATAATGTTCAACAGCAGCAACAAAATATTCCTACATCTCCTAGTCAGACTGCTGCAAACACTGAAGTTTCAGTCCTGGATAAGCTAGAAAGCAATTCACGTACAGTTAAG
GGAGCACAAGCAATTGGGCAAGATCATGCAGCTATAGCCCATGTTTTGGATCCTTTTAGGAACTTTAATATCAAGGGAACATCAGTACTTACAAGTGAGCAAGCTGCCACAAGTGTGAACCAGTCTTTGCGGGTTCTTTCAAATTTACTTGCTGCAGGAGCTCTTCATCCAAGGGCTGCTGTAGAAGATGTTATTCCTGT
GGTGTTAAGTTTTGTCCGTGCAAACTTAAATGCATCATCTTCACAGCATGCAGGTTTGCTGACAAAGGGTTTAGCAATGCTAAAGAGACTTATGGATTTAGGTGGAGGTAGAGTGGAGAGCTCATATTTTCATCATTGTGTTGCATCGCTCCAAATTTATTCTCAGGCTGTCAGTTATCTGCATGACTCATCTGGTAGAG
TGTTGTATGAATCAACTGCTTGTATGAATGTTATGCTAGCACGAGTTGCATCAGGTCTTCGAAAATTACCTATTTCAGAGGCATCTTTGCAGACATCTGCTATCACTGCAGAGCAAAACCCTATTGGTCTAATTCTGGGCCAGGCAAAAGCTTTAGGAATAGTTGGTCAATTATGTGCATGCTTGGATACCTTAGGAACA
AACCTCGTGTCAGGGTCCTGCAATTCAGCACCAGCAGTAGCTGAAGCATGTAAAGCACTATGGCTACTTATTGATGCTTTCAATGTTGCATCTGGAAATGTTCAAAAGCGTGTTTTTCCGCTGAATGCCCTCAAAGCTTATGCTCTGAAGTTGTTGGATCCCAAAGAACCAATTGAACAGTTAAAAGCTGAACATGGAGC
CTCTGGGGTTGTGGAAACTGTGACTAATTGTCTTTTGAAGTCAAAGGGTATGCAGTATGCTTTTCGTTATGCACTTTTGCAAGGCTCAGAATTCACTCTTTCTGCATGTATGCAGGTTTTGATGCGTTGCTGCATTTACAATGCAGCAGTTTGTGATATATTATGTGGAATACCGAATCAAGAATCTGCTTCCAATATTG
TTAATGGAGGTGGAGATGGCACTATAGTTGGAGCTATGTTTCGTTTGTTGTCACTACATGGTTCATCATCTTCCAATAAAGATGCAGCCGAATCTATTGAATCTGATAATCCTGGCAAAATGTCTGCTCCAGGGGTTCTTATTTTACATACATGTCTTGTTCTTACTACAATTGCACAGGGTTTGAAGTTGTGTGGAAAA
CATAATGCATCCTGTGTCTTGACTGCAACCCAGCAAAAGCAGCGTGCTCGTCTTACATCTCTTGCTCATCAAGCTTCTTCTGATGATTGGTCATCTGGATCCTTTCCTCAACATCGATGTGCAGCAGCCATGTTAGCTCTGGGTTCTATCTTGTCCCTTGAGCATGAGTTGCATGGGCCTATTAACTCTTCATGGGTATC
TGAAATTGCTTTGGCATTGATTCCTCCAACAGCTACAATACGTGTCCATCTCAGGCAACCTTTTGTTGATAAGTCAAACACAAGTGATCAGAGAGAGGAGCGGACTGGATTGAGTAGCGGAACCGGTATGCTCACACATTGGCATGGACTCAGAGATGGTTGTGTTGGTCTACTTGAAACAAGAGTTAAATGGGGAGGTC
CACTAGCTGTAGAGCAAGCATGCTCAAATGGTATTCCTGGGTTTCTAATTTCGTTATTGGTAGAACAGCCTAGAAGGTTAAACCAGGAAGTGGGTAGTTTCTTAGAGGATAAAGTTGGCTTATCTCCAACAGGACTTGTTTGGGCACTTTCTGCAATAGCACAGTGCTTAACTGGTGGTTCCTTCCGTGATATTTTGCTA
AAGAAGGAGCCTCTCAGCATAATCTTAGGTTTGATGAATGAACTGCATCTCAGGTACATAAAACATTGGGATGGGCATGGTGGCGGCAGTGCTGGTTTGAGAGACTTGGTGAATGAAATTATCAATATTTTGGCATTTCCTTTCATTGTCACGCAACAATGTCCTGGTTTACCCTCAACATCTGCATCCATTAGTAGTGG
TCTTCTTCTCAACTCCAACTCTCCAGGTGGAAGAGTGGGTACTGAAAATGCATATATTGCAAAAGCAGTTGCTGAGAATATGCCCCAGTATTTACAAATGCTTCATGAGGTTCATATTTCTGTTCCTATTTTGAGGTGCCTGGAGCATTTGGAAGTGAAAGACATTGGAAGACCTGTTGCATTTATTGCCAAGATGGTAA
GCTCTAAGACTCTTGCCAGCGAACTTCTCAAAGACGGCTTATTGGCCCCCAGTATAATAGAGAAAATGCTTGATAGTGCAAGTCCCAAGGAAGTGACGTTGGATCTTCTGATGATAATTTCCGATCTGGCCCGAATGTCGAAGGACTTTTATGAACCTATAGAAAAAGCAAACATGTTTGCGGCTCTTAAACAATTTCTG
AACCATGATGATGCCAACATACGGTCAAAGGCATGCAGTGCCTTGGGCAATATGTGTCGTCACACACCTTTCTTCTACAACTCTCTTGTGAAACATGATATGATTAATCTTCTCATCGATAGATGTGCAGACCCCGATCGACGTACCAGAAAATTTGCCTGCTTTGCGGTTGGCAATGCTGCTTATCACAATGATTATCT
ATATGAGCAACTTCGTCAGTCCATACCACATCTTAAAAATCTTTTGCTAGGGGAGGAAGAAGATAAAACTAAAGCGAATGCAGCGGGTGCTTTGAGCAATCTTGTTCGAAATTCAAGCAGACTCTGTGAGGACATTATATCAAAAGGGGCCATGGAGGCTTTGCTGAGAGTAATCTCAGATTACTCAGCAGCTGCATCGA
CACCGGGAAGAAGGGATGCAAGCAATGAGTCACCTCTCAAGATTGCCCTTTTCTCCCTTGGGAATATGTGCATCCATGCACCATGTAGGCAATTCCTTCGATCCCAGGAATTCTTCCATGTTCTAATGCACCTCCGGAAATCTCCTGATCCGACTATTACAAAATACATATCTCGCATCACTAGCAAGTTTCCTGATGCC
TCTACTCCTTCCCCAGCTCGATGATGTATTTTTTGAACACTGTTCTGATATTCTTGTTTGTAACATAAAGAATTGACATGCAATCTTCATGATCGTCGAGGTATTCCTCTTGTAACATTGTCTTTTGAGCTGCCAAATATAACATTGTGCTAGCTTTATGATGGTAAATCAAGATGGGAGTCCACTTGTGATCCCTTTTT
TTCTTTTCTTAAATGCAACATAAATTTCATTAAATTAAGTAGACATGTACATCAAGATCAGGATATATGGGAACCAAAGAGTCGGCACAGCGAGGCCACTGGCCTACATGGGACACGAGCGCTAATTAGTGATCCATTTTCTTTTTGAAATAAAAGGAGTAAACAGTGTAGAATTATTCCTGTGATACTTTTTCATTTTC
CAATGGAAGGAATAACACCTGCATTGTAATTTTTTCTCTTTTGAAATGAAATAAATAAAACAGGAC

Intron 5 GTTAACATAT ... TTCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.44	176	15	60.1
A2	31.6	112	13	51.9
A3	33.77	121	12	61.7
A4	25.26	85	8	28.8
A5	25.83	68	12	23.7
A6	28.29	630	63	248.6
A7	29.31	509	43	211.1
A8	26	647.7	66	227.6
A9	25.31	396	60	134.3
A10	23.79	344	33	107.4

>TRINITY_DN111421_c3_g3_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

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>TRINITY_DN111421_c3_g3_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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