sp|Q9FGZ9|UBL5_ARATH ----> Ubiquitin-like protein 5

Intron 1 GTAACTATTA ... TTTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.8	19.3	0	100
A2	79.48	52.7	0.7	204
A3	79.58	45.7	1	178
A4	76.09	38.3	0	122
A5	76.12	43.3	0	138
A6	78.02	721.3	3	2560
A7	77.35	419.7	12	1433
A8	77.99	403	11	1428.3
A9	80.2	407	12	1648
A10	77.34	304.7	12	1040

>TRINITY_DN43379_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CTGCACTGATCCGAGGGATTAGCTTGACTCCAAGTCCTGTCGTCATCAAATCATTAGCATCCTATCCAGATTTTTAGAGAAATTCAAACCCTAGCTTGAGCTTCGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCACGAAGCTTGAGCTTGGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCATGGAATTGCAGAGAGGA
AGCGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCAGCTCAGACTGGAACTCGTCCCGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTATAAGGATCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATG
GCATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTGGTATTATATCATTATAATTGTATTATAAACTACTTTGATATGTTATAAAACTCTGTCGGTTAAACGGTTATCTCTAATCGTTTGCAGAACTTTGTTCATGGGTGAATGTGCCGTGCTTGTATTCACTTTTTGTTTTT
AATGTTTAAAGTTAGGGTTTCTGGTGTTTGTCTGAAATTCAGGATTTGTGGATGTTTACGGTTTTCAAATTTGTGTGTCGTCTCCTAAATTTTTACTAATTTTTTTACTTCTGAAATCGAACATTATCGACTGCTTATTGTCCCTTTGCAGAGCAATATTTGTTTGGAAGTTATATGGATGTATAAAATAAGTTGAAGCC
AGAAGTACTCGGGAGATGCCAAAATCTCGAGTGCACAAGGCAAATCATTTTGTTGTAAACTTCTTATGATTGCGTTAAGCAGGCCCTCCGGCAAATTGCAGTGCTGAAAGGTTGTCATTGTTAAATTGAGCACTTTCCGCATTCATGAATGTTGATATGTAACTTGATTTTCTGAAATTACGATTTCTGAGTTTTTCGAG
TTGCCAAATTTCAGTTTGGTCTCCTAGGGTTTTCAAATTTGGGTTTCTTTTCCTAAATTTCTGCTTCTGAAATCGAACATAATCGATTGCTTATCCCTTTACATAGCAATATTTTGTTGGGCGTTATATGGATATATAAATAAGTTGTAGCCAGAAGCACGTTG

>TRINITY_DN43379_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTGCACTGATCCGAGGGATTAGCTTGACTCCAAGTCCTGTCGTCATCAAATCATTAGCATCCTATCCAGATTTTTAGAGAAATTCAAACCCTAGCTTGAGCTTCGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCACGAAGCTTGAGCTTGGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCATGgtaactattaatgct
taatcacctctgcctccttcatagaatgtgttatgtaaagtgtaaataataaacgttttcctctcttctttgacatcgaatccatgacaacactgtaacggcggtcggtcaaccactcaaacacaacacggaatcttacaccacacggatcctttgttgttatatatatgtagggataattacgcgttttgatattgcaa
cgcaactttgaagggtattgctctgcttctgacgtcgcagcgaaacccttggagggcttttgtgtagGAATTGCAGAGAGGAAGCGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCAGCTCAGACTGGAACT
CGTCCTGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATGGCATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTGGTATTATATCATTATAATTGTATCATAAACTGCTTTGATATGTCATAAAACTCCG
TCGGTTAAACGGTTATCTCTAATCGTTTGCAGAACTTTGTTCATGGGTGAATGTGCCGTGCTTGTATTTACTTTTTTTTTTTAATGTTTACAGTTAGGGTTTCTGGTGTTTGTCTGAAATTCAGGATTTGTGGATGTTTACAGTTTTCAAATTTGTGTGTCGTCTCCTAAATTTTTACTAATTTTTTTACTTCTGAAATC
GAACATTATCGACTGCTTATTGTCCCTTTGCAGAGCAATATTTGTTTGGAAGTTATATGGATGTATAAAATAAGTTGAAGCCAGAAGTACTCGGGAGATGCCAAAATCTCGAGTGCACAAGGCAAATCATTTTGTTGTAAACTTCTTATGATTGCGTTAAGCAGGCCCTCCGGCAAATTGCAGTGCTGAAAGGTTGTCAT
TGTTAAATTGAGCACTTTCCGCATTCATGAATGTTGATATGTAACTTGATTTTCTGAAATTACGATTTCTGAGTTTTTCGAGTTGCCAAATTTCAGTTTGGTCTCCTAGGGTTTTCAAATTTGGGTTTCTTTTCCTAAATTTCTGCTTCTGAAATCGAACATAATCGATTGCTTATCCCTTTACATAGCAATATTTTGTT
GGGCGTTATATGGATATATAAATAAGTTGTAGCCAGAAGCACGTTG

Intron 2 GTAACTATTA ... TTTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.3	19	0	102
A2	79.38	53	1	204
A3	79.46	46	1	178
A4	76.54	38	0	124
A5	75.41	45	0	138
A6	78	723	4	2564
A7	77.25	422	12	1433
A8	77.88	407	12	1433
A9	80.15	409	12	1651
A10	77.34	305	13	1041

>TRINITY_DN43273_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GGACTAATCAGAGGGATTAGCTTGACTCCAAGTCCTGTCGTCATCAAATCATTAGCATCCTATCCAGATTTTTAGAGAAATTCAAACCCTAGCTTGAGCTTCGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCACGAAGCTTGAGCTTGGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCATGGAATTGCAGAGAGGAAG
CGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGCCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCTGCTCAGACTGGAACTCGTCCTGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTATAAGGATCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATGGC
ATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTGGTATTATATCATTATAATTGTATTATAAACTACTTTGATATGTTATAAAACTCTGTCGGTTAAACGGTTATCTCTAATCGTTTGCAGAACTTTGTTCATGGGT

>TRINITY_DN43273_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGACTAATCAGAGGGATTAGCTTGACTCCAAGTCCTGTCGTCATCAAATCATTAGCATCCTATCCAGATTTTTAGAGAAATTCAAACCCTAGCTTGAGCTTCGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCACGAAGCTTGAGCTTGGTAGCCGCCATCGATGATAAGTGCCTATTGCATGgtaactattaatgctta
atcacctctcccttcttcgtagaatgtgttatgtaagtgtaactaataaacgtttccctctcttctttgaaatcgaatccatgacaacactataagggcggccggtcaaccactcaacacaacacggaatcttacgccacacggatcctttgttgttatatatatgtaggaataattacgcgttttgatatcgcaacgca
actttgaagggtattgctctgcttctgacgtcgcagcgaaacccttggagggcttttgtgtagGAATTGCAGAGAGGAAGCGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGCCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCTGCTCAGACTGGAACTCGTC
CTGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTATAAGGATCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATGGCATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTGGTATTATATCATTATAATTGTATTATAAACTACTTTGATATGTTATAAAACTCTGTCGG
TTAAACGGTTATCTCTAATCGTTTGCAGAACTTTGTTCATGGGTGAATGTGCCGTGCTTGTATTCACTTTTTGTTTTTAATGTTTAAAGTTAGGGTTTCTGGTGTTTGTCTGAAATTCAGGATTTGTGGATGTTTACAGTTTTCAAATTTGTGTTTCGTCTCCTAAATTTTTACTAATTTTTTTACTTCTGAAATCGAAC
ATTATCGACTGCTTATTGTCCCTTTGCATAGCAATATTTGTTTGGAAGTTATATGGATGTATAAAATAAGTTGAAGCCAGAAGTACTCGGGAGATGCCAAAATCTCGAGTGCACAAGGCAAATCATTTTGTTGTAAACTTATTATGATTGCGTTAAGCAGGTCCTCCGGCAAATTGCAGTGCTGAAAGGTTGTCATTGTT
AAATTGAGCACTTTCCGCATTCGTGAGTGTTGATATGTAACTTGATTTTCTGAAATTACGATTTCTG

Intron 3 GTAGGAATAA ... TTTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.88	13.3	13.3	101.3
A2	86.05	36	18	204
A3	83.89	37.3	16	178
A4	82.38	28.7	11	123.3
A5	83.09	31	16	138
A6	83.81	542.3	205.3	2564.7
A7	83.37	312.3	145.3	1433
A8	83.68	304.7	123.3	1432
A9	85.62	299	140.3	1652
A10	82.98	233.7	83.7	1042

>TRINITY_DN104022_c0_g3_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

AATAAACGTTTTCCTCTCTTCTTTGACATCGAATCCATGACAACACTGTAACGGCGGTCGGTCAACCACTCAAACACAACACGGAATCTTACACCACACGGATCCTTTGTTGTTATATATATGAATTGCAGAGAGGAAGCGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAA
CGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCAGCTCAGACTGGAACTCGTCCTGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATGGCATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTG
GTATTATATCATTATAATTGTATTATAAACT

>TRINITY_DN104022_c0_g3_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AATAAACGTTTTCCTCTCTTCTTTGACATCGAATCCATGACAACACTGTAACGGCGGTCGGTCAACCACTCAAACACAACACGGAATCTTACACCACACGGATCCTTTGTTGTTATATATATgtaggaataattacgcgttttgatatcgcaacgcaactttgaagggtattgctctgcttctgacgtcgcatcgaaacc
cttggagggcttttgtgtagGAATTGCAGAGAGGAAGCGAAGATGATCGAGGTGGTTCTCAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGAGGATGACACTATCGGCGACCTCAAGAAGCTCGTCGCAGCTCAGACTGGAACTCGTCCCGATAAAATCCGAATCCAGAAATGGTACAACATCTATAAGGA
TCACATCACACTCAAAGACTATGAAATCCATGATGGCATGGGCCTTGAGCTCTATTATAACTAGGTTTTCTGTAAAACCATGGACCCTTTGAACTTTGGTATTATATCATTATAATTGTATTATAAACTACTTTGATATGTTATAAAACTCTGTCGGTTAAACGGTTATCTCTAATCGTTTGCAGAACTTTGTTCATGGG
TGAATGTGCCGTGCTTGTATTCACTTTTTGTTTTTAATGTTTAAAGTTAGGGTTTCTGGTGTTTGTCTGAAATTCAGGATTTGTGGATGTTTACGGTTTTCAAATTTGGGTTTCGTCTCCTAAATTTTTACTAATTTTTTACTTCTGAAATCAAACATTATTGACTCCTTATTATCCCTTTGCATAGCAATATTTGTTTG
GAAGTTATATGGATATATAAAATAAGTTGAGGCCAGAAGTACTTGGGAGGTGCCAAAATCTCGAGTTCACAATGCAAATCATTTTGTTGTAAACTACTTATGATTGCGTTAAGCAGGTCCTCCGGCAAATTGCAGTGCTGAAAGGTTGTCATTGTTAAATTGAGCACTTTCCGCATTCGTGAGTGTTGATATGTAACTTG
ATTTTCTGAAATTACGATTTCTGAGTGTTTAGGGTTG