sp|Q9FFB6|ZFP34_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34


Intron 1 GTATGCTTCT ... ATCTGAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A111.56282.439.72
A27.4299.226.56
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A97.77834.684.54
A107.69818.482.60



>TRINITY_DN125433_c5_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
CGCCCGGAAGGCGCGGAGGGTTTCTGCGATATTTTTGGTTATATTTAAACAAACCAATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAA
TCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATG
GTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAGTACACAATTGGCAATTTGAACAGTTTGCCCTACGACTGCATGCCTGCATATTTTTTATTTATTACTAAAAATATGTAGGCATATGCATAGATCCCATTT
CCTGTACTAAGAAATGGGATCTGTTTATTACAGTTTATTGTTTAGTTTCCATTGACCTAAACATATGGAAGTCATTATTCCCATATCATAAAAATATAAGGTGGATGAAATAAATTGAAACCCGATTTCTTCATGGAACTTATTTATAGCACACTTGAACTAGCTTACTAATGGAACTTCCTGTGATTAACGAAAAACTG
TGTACTCCCGTGATTAAGAGTTCATGAGGTAGCCTCTTTGACCCAGCAATAAACGTTCTGTTGGCGACCTTTAGTGTAGTTGGTGTCATTTCAAAATTCAAATTTCTCTCTGACAGTGAGGTATATTGAACACCACTTCATATAATTGTTTGGACCATGGTATCAACATTTTGTTTATGCTTATGTCAAAGACTCAAAAC
TATCTGAGAAGCTGTCCTGGCCATCCACTATCATTTTTTATGATTTGGGTTTTTCCATACACCAAGTATAGTTACCGAGTGGGTTCTTCATATTGTTATCCGGAGGACACCTATTGCTGGTGCATGTGTCCTTTAAGTGGAACGAATTTCAATTCTAAACCTGATCTTTTATTGAACTGAAAAACCATTACAAACTATGT
GGGGCTGTGGTATCCCATTTGTTTTTTCTATTTGTCTCAAATTTTGGCGACTAGAAAATCTGTCTTAAGTTCCCTGTTGAGCAAGAAAAAGGGTTGTGCCTTCTCCAAATTCAGTAAAAGGTTTAGTGGCCTCTTTGTATTGCTACCGTAAGAAAAGTATTTTTTGTTGGTGTCTTTTTATTGACTTCAGTTCATTTCAC
TTTCTACACTGACAATGAATCTCATGGAATTGAAATTTGTGCAAAAATGGCTTTCGTTTATGTGGGGCTAAGGCATCCAACATTTTTTTGTTTGTTACTGTTAGGGTTTCATCTTGGTCATTTGTTGTTTCTAACAGAAATTTTGAAGGTGGTGAGTTTCTAGATTGTTTGATTCTGGTTTTATGTATTTATACACACAT
ACCCATACTGTTTTCTTTTCAAATTTGACATTTCTTCCTCGAGATAGATTGGGATTTTCAATACACTGCTCTTTGATGTAGCATTTCTACCTTTGAATTGTATAAAATCTTGATACATTCTTGTTGGTATCTCCAAGTATCTTACAAGGTGGGAAGTATACATTCTTGTTGGTATCTCCATACATAAGGTGGCGAGAAGT
GTATGCTGTGCATGGATGATTTTACTGACGTGTTTTTCCTTGATATTGATAAATTGATGGCAGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATG
AGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTAT
AAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTG
TTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGG
GAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTG
CTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGAC
TAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAA
AATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAAC
TATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC


>TRINITY_DN125433_c5_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTA
ACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAgtatgcttcttttctttgcttcacttatttatttcgagctctagggttgccttttgttttatatgccttgtcaaaatagaaatagaaaaacatctttctccgcttctaaattcatttgtgaggctacagtatggactaaactcatatctgaacagAATTCAATGGACATGG
ATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTGATGTTCTATCTTGTTTGGCGGTCAGATGTTATTTATTATGATGTTTTTCTTAATGCTCAATTACCATATATATTATTAGCAAGGGTTTTAGAGGGTGTCACATTGAATGTAGTAGATTTGCAAGATGCATAGGTTTAATTTCTATGCTTTTCA
AAAATAAAATGAGTAAGTATCTAGCAAGTCTTAGCTACCTTGCCGAATTAGTACATTGCTTTTGTTGTTTATGGTTATACCTTTGTGGTTGCAGGTTATTTGTTCC



Intron 2 GTACACAATT ... TTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A161.189222145
A254.9512325150
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>TRINITY_DN43244_c2_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
ATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAG
TGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATA
CGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGT
TTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTT
GTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTAC
TCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGA
TATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATT
CATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGT
TGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATG
AAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCC
ATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGG
AATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGAC


>TRINITY_DN43244_c2_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAG
TGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATA
CGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGT
TTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAgtacacaattggcaatttgaacagtttgccctacgactgcatgcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatagatcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattgtttagtttccattga
cctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttcttcatggaacttatttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaacgaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttgacccagcaataaacg
ttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaacaccacttcatataattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaagactcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcattttttatgatttgggtttttc
catacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcctttaagtggaacgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattacaaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaaattttggcgactaga
aaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcctctttgtattgctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagttcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgtgcaaaaatggctttc
gtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttctaacagaaattttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtatttatacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctcgagatagattgggat
tttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatctccaagtatcttacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtggcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttccttgatattgataaatt
gatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAAC
CTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGA
AAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATT
GCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAAT



Intron 3 GTGTGAACAT ... TTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A130.8823043
A225.84992940
A3201123224
A436.07704534
A516.133978
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A716.442725453
A817.841523531
A916.562525149
A1014.942423550



>TRINITY_DN43628_c2_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACA
TTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCA
CTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATG
AAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTT
GATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAA
CATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATG
ACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAA
AACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGT
CTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATT
TTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAA
TCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAA


>TRINITY_DN43628_c2_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACA
TTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCA
CTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGgtgtgaacatggcacttaagtacacaattggcaatttgaacagtttgccc
tacgactgcatgcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatagatcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattgtttagtttccattgacctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttctt
catggaacttatttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaacgaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttgacccagcaataaacgttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaac
accacttcatataattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaagactcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcattttttatgatttgggtttttccatacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcc
tttaagtggaacgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattacaaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaaattttggcgactagaaaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcc
tctttgtattgctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagttcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgtgcaaaaatggctttcgtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttc
taacagaaattttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtatttatacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctcgagatagattgggattttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatc
tccaagtatcttacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtggcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttccttgatattgataattgatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACA
TTGCCATAATGAGGCCAAA



Intron 4 GTAACTATTT ... CATCATGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.43700126
A229.81219093
A329.232470102
A426.15192068
A526.2673326
A628.576300252
A733.14889.50441
A829.999151392
A929.488471354
A1032.476840329



>TRINITY_DN106907_c1_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
GTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTA
CATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGT
AATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTT
CTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAA
AGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGC
AATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAAT
GAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCT
TTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGAT
TATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGA
TGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA


>TRINITY_DN106907_c1_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGgtaactattttcttgttatagcgttgtggtagataacaagatgaacatctttgagtcatcttgcaatggattctatataaaaaatagcttatcatatgtcttttgttaattttctgaaacttgcttttgtctaatggcaattggtttttaaagtttcgtgagtggattctgataatt
ttctttcatcatgtagATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTT
GATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACT
TGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTC
ATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTG
CTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA



Intron 5 GTGTGAACAT ... TTGATGGCAG

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>TRINITY_DN106907_c1_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform
GTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTA
CATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAAC
CACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAA
TGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCT
TTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAG
AACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAA
TGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGA
AAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTT
GTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTA
TTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATG
AATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA


>TRINITY_DN106907_c1_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTA
TGTTGTATTTTCTGGTGTGCATTGCTATTCTGGCCACGAATTTTCGGAAAATGGTTATTAGGGTTTGACTGTGGGTGTTCTTTCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGA
TGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAAT
GGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGgtgtgaacatggcacttaagtacacaattggcaatttgaacagtttgccctacgactgcatgcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatagatcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattg
tttagtttccattgacctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttcttcatggaacttatttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaacgaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttg
acccagcaataaacgttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaacaccacttcatataattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaagactcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcatttttta
tgatttgggtttttccatacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcctttaagtggaacgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattacaaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaa
attttggcgactagaaaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcctctttgtattgctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagttcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgt
gcaaaaatggctttcgtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttctaacagaaattttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtatttatacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctc
gagatagattgggattttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatctccaagtatcttacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtggcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttcct
tgatattgataaattgatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAGTATGCTTCTTTTCTTTGCTTCACTTATTTATTTCGAGCTCTAGGGTTGCCTTTTGTTTTATATGCCTTGTCAAAATAGAAATAGAAAA
ACATCTTTCTCCGCTTCTAAATTCATTTGTGAGGCTACAGTATGGACTAAACTCATATCTGAACAGAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTGATGTTCTATCTTGTTTGGCGGTCAGATGTTATTTATTATGATGTTTTTCTTAATGCTCAATTACCATATAT
ATTATTAGCAAGGGTTTTAGAGGGTGTCACATTGAATGTAGTAGATTTGCAAGATGCATAGGTTTAATTTCTATGCTTTTCAAAAATAAAATGAGTAAGTATCTAGCAAGTCTTAGCTACCTTGCCGAATTAGTACATTGCTTTTGTTGTTTATGGTTATACCTTTGTGGTTGCAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACT
GAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGTACGTTCTTAATGCCTTTTCAGTTTTAAATTTTTAATAGTTCTGGTTCATAGAAACAAGAGTGTACTAGCGCATACTATGTTTAACCAAAACGTTTCCACATAAGAGTGCCG
AATGCAAGAGAAAGGAAATAATAAATTGTCTGAATTGAAAATCTCAACAAAATTATGAAAAGATGCAATTGGATATATATGCTTTTGGTGCTAATTGCACTTGCCACTTTTGTTTTCCAGGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAA
ATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTT
CCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGA
GGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCT
CACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTA
ATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAA
TAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA



Intron 6 GTCAGTAATT ... GGTTCACCAG

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>TRINITY_DN125433_c5_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
CGCCCGGAAGGCGCGGAGGGTTTCTGCGATATTTTTGGTTATATTTAAACAAACCAATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAA
TCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATG
GTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAGTACACAATTGGCAATTTGAACAGTTTGCCCTACGACTGCATGCCTGCATATTTTTTATTTATTACTAAAAATATGTAGGCATATGCATAGATCCCATTT
CCTGTACTAAGAAATGGGATCTGTTTATTACAGTTTATTGTTTAGTTTCCATTGACCTAAACATATGGAAGTCATTATTCCCATATCATAAAAATATAAGGTGGATGAAATAAATTGAAACCCGATTTCTTCATGGAACTTATTTATAGCACACTTGAACTAGCTTACTAATGGAACTTCCTGTGATTAACGAAAAACTG
TGTACTCCCGTGATTAAGAGTTCATGAGGTAGCCTCTTTGACCCAGCAATAAACGTTCTGTTGGCGACCTTTAGTGTAGTTGGTGTCATTTCAAAATTCAAATTTCTCTCTGACAGTGAGGTATATTGAACACCACTTCATATAATTGTTTGGACCATGGTATCAACATTTTGTTTATGCTTATGTCAAAGACTCAAAAC
TATCTGAGAAGCTGTCCTGGCCATCCACTATCATTTTTTATGATTTGGGTTTTTCCATACACCAAGTATAGTTACCGAGTGGGTTCTTCATATTGTTATCCGGAGGACACCTATTGCTGGTGCATGTGTCCTTTAAGTGGAACGAATTTCAATTCTAAACCTGATCTTTTATTGAACTGAAAAACCATTACAAACTATGT
GGGGCTGTGGTATCCCATTTGTTTTTTCTATTTGTCTCAAATTTTGGCGACTAGAAAATCTGTCTTAAGTTCCCTGTTGAGCAAGAAAAAGGGTTGTGCCTTCTCCAAATTCAGTAAAAGGTTTAGTGGCCTCTTTGTATTGCTACCGTAAGAAAAGTATTTTTTGTTGGTGTCTTTTTATTGACTTCAGTTCATTTCAC
TTTCTACACTGACAATGAATCTCATGGAATTGAAATTTGTGCAAAAATGGCTTTCGTTTATGTGGGGCTAAGGCATCCAACATTTTTTTGTTTGTTACTGTTAGGGTTTCATCTTGGTCATTTGTTGTTTCTAACAGAAATTTTGAAGGTGGTGAGTTTCTAGATTGTTTGATTCTGGTTTTATGTATTTATACACACAT
ACCCATACTGTTTTCTTTTCAAATTTGACATTTCTTCCTCGAGATAGATTGGGATTTTCAATACACTGCTCTTTGATGTAGCATTTCTACCTTTGAATTGTATAAAATCTTGATACATTCTTGTTGGTATCTCCAAGTATCTTACAAGGTGGGAAGTATACATTCTTGTTGGTATCTCCATACATAAGGTGGCGAGAAGT
GTATGCTGTGCATGGATGATTTTACTGACGTGTTTTTCCTTGATATTGATAAATTGATGGCAGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATG
AGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTAT
AAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTG
TTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGG
GAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTG
CTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGAC
TAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAA
AATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAAC
TATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC


>TRINITY_DN125433_c5_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGgtcagtaattaaattcaaataaattctttaaattaatggggaacaagtattagatgcag
tgctcatacccatcattttttttcctaaatattatcttgttttttttctttcaaattttgtgttttctggaacatatatatagaatctgtgagtaaaatcctttgtatttgaaattaatgctcttgtcaatctctttacgctttaattaaatttaaatttcttggagttttccaatattctgaagcctcctagtggggtt
ctgtgctgttgttatattttagatttcaacataagctttttatgactttttctctttactcatggagctcttttatttttggggttcaccagGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTAT
GGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAGTACACAATTGGCAATTTGAACAGTTTGCCCTACGACTGCATGCCTGCATATTTTTTATTTATTACTAAAAATATGTAGGCATATGCATAG
ATCCCATTTCCTGTACTAAGAAATGGGATCTGTTTATTACAGTTTATTGTTTAGTTTCCATTGACCTAAACATATGGAAGTCATTATTCCCATATCATAAAAATATAAGGTGGATGAAATAAATTGAAACCCGATTTCTTCATGGAACTTATTTATAGCACACTTGAACTAGCTTACTAATGGAACTTCCTGTGATTAAC
GAAAAACTGTGTACTCCCGTGATTAAGAGTTCATGAGGTAGCCTCTTTGACCCAGCAATAAACGTTCTGTTGGCGACCTTTAGTGTAGTTGGTGTCATTTCAAAATTCAAATTTCTCTCTGACAGTGAGGTATATTGAACACCACTTCATATAATTGTTTGGACCATGGTATCAACATTTTGTTTATGCTTATGTCAAAG
ACTCAAAACTATCTGAGAAGCTGTCCTGGCCATCCACTATCATTTTTTATGATTTGGGTTTTTCCATACACCAAGTATAGTTACCGAGTGGGTTCTTCATATTGTTATCCGGAGGACACCTATTGCTGGTGCATGTGTCCTTTAAGTGGAACGAATTTCAATTCTAAACCTGATCTTTTATTGAACTGAAAAACCATTAC
AAACTATGTGGGGCTGTGGTATCCCATTTGTTTTTTCTATTTGTCTCAAATTTTGGCGACTAGAAAATCTGTCTTAAGTTCCCTGTTGAGCAAGAAAAAGGGTTGTGCCTTCTCCAAATTCAGTAAAAGGTTTAGTGGCCTCTTTGTATTGCTACCGTAAGAAAAGTATTTTTTGTTGGTGTCTTTTTATTGACTTCAGT
TCATTTCACTTTCTACACTGACAATGAATCTCATGGAATTGAAATTTGTGCAAAAATGGCTTTCGTTTATGTGGGGCTAAGGCATCCAACATTTTTTTGTTTGTTACTGTTAGGGTTTCATCTTGGTCATTTGTTGTTTCTAACAGAAATTTTGAAGGTGGTGAGTTTCTAGATTGTTTGATTCTGGTTTTATGTATTTA
TACACACATACCCATACTGTTTTCTTTTCAAATTTGACATTTCTTCCTCGAGATAGATTGGGATTTTCAATACACTGCTCTTTGATGTAGCATTTCTACCTTTGAATTGTATAAAATCTTGATACATTCTTGTTGGTATCTCCAAGTATCTTACAAGGTGGGAAGTATACATTCTTGTTGGTATCTCCATACATAAGGTG
GCGAGAAGTGTATGCTGTGCATGGATGATTTTACTGACGTGTTTTTCCTTGATATTGATAAATTGATGGCAGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTAC
CTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTC
CACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTG
TCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGC
AGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACT
CTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTC
ACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAG
AACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATT
TATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC



Intron 7 GTACGTTCTT ... TGTTTTCCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.13280494
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>TRINITY_DN106907_c1_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
GTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTA
CATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGT
AATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTT
CTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAA
AGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGC
AATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAAT
GAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCT
TTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGAT
TATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGA
TGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA


>TRINITY_DN106907_c1_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTA
CATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAAC
CACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAGTACACAATTGGCAATTTGAACAGTTTGC
CCTACGACTGCATGCCTGCATATTTTTTATTTATTACTAAAAATATGTAGGCATATGCATAGATCCCATTTCCTGTACTAAGAAATGGGATCTGTTTATTACAGTTTATTGTTTAGTTTCCATTGACCTAAACATATGGAAGTCATTATTCCCATATCATAAAAATATAAGGTGGATGAAATAAATTGAAACCCGATTTC
TTCATGGAACTTATTTATAGCACACTTGAACTAGCTTACTAATGGAACTTCCTGTGATTAACGAAAAACTGTGTACTCCCGTGATTAAGAGTTCATGAGGTAGCCTCTTTGACCCAGCAATAAACGTTCTGTTGGCGACCTTTAGTGTAGTTGGTGTCATTTCAAAATTCAAATTTCTCTCTGACAGTGAGGTATATTGA
ACACCACTTCATATAATTGTTTGGACCATGGTATCAACATTTTGTTTATGCTTATGTCAAAGACTCAAAACTATCTGAGAAGCTGTCCTGGCCATCCACTATCATTTTTTATGATTTGGGTTTTTCCATACACCAAGTATAGTTACCGAGTGGGTTCTTCATATTGTTATCCGGAGGACACCTATTGCTGGTGCATGTGT
CCTTTAAGTGGAACGAATTTCAATTCTAAACCTGATCTTTTATTGAACTGAAAAACCATTACAAACTATGTGGGGCTGTGGTATCCCATTTGTTTTTTCTATTTGTCTCAAATTTTGGCGACTAGAAAATCTGTCTTAAGTTCCCTGTTGAGCAAGAAAAAGGGTTGTGCCTTCTCCAAATTCAGTAAAAGGTTTAGTGG
CCTCTTTGTATTGCTACCGTAAGAAAAGTATTTTTTGTTGGTGTCTTTTTATTGACTTCAGTTCATTTCACTTTCTACACTGACAATGAATCTCATGGAATTGAAATTTGTGCAAAAATGGCTTTCGTTTATGTGGGGCTAAGGCATCCAACATTTTTTTGTTTGTTACTGTTAGGGTTTCATCTTGGTCATTTGTTGTT
TCTAACAGAAATTTTGAAGGTGGTGAGTTTCTAGATTGTTTGATTCTGGTTTTATGTATTTATACACACATACCCATACTGTTTTCTTTTCAAATTTGACATTTCTTCCTCGAGATAGATTGGGATTTTCAATACACTGCTCTTTGATGTAGCATTTCTACCTTTGAATTGTATAAAATCTTGATACATTCTTGTTGGTA
TCTCCAAGTATCTTACAAGGTGGGAAGTATACATTCTTGTTGGTATCTCCATACATAAGGTGGCGAGAAGTGTATGCTGTGCATGGATGATTTTACTGACGTGTTTTTCCTTGATATTGATAAATTGATGGCAGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAG
ACATTGCCATAATGAGGCCAAAGTATGCTTCTTTTCTTTGCTTCACTTATTTATTTCGAGCTCTAGGGTTGCCTTTTGTTTTATATGCCTTGTCAAAATAGAAATAGAAAAACATCTTTCTCCGCTTCTAAATTCATTTGTGAGGCTACAGTATGGACTAAACTCATATCTGAACAGAATTCAATGGACATGGATCCGCT
TGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTGATGTTCTATCTTGTTTGGCGGTCAGATGTTATTTATTATGATGTTTTTCTTAATGCTCAATTACCATATATATTATTAGCAAGGGTTTTAGAGGGTGTCACATTGAATGTAGTAGATTTGCAAGATGCATAGGTTTAATTTCTATGCTTTTCAAAAATAA
AATGAGTAAGTATCTAGCAAGTCTTAGCTACCTTGCCGAATTAGTACATTGCTTTTGTTGTTTATGGTTATACCTTTGTGGTTGCAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATgt
acgttcttaatgccttttcagttttaaatttttaatagttctggttcatagaaacaagagtgtactagcgcatactatgtttaaccaaaacgtttccacataagagtgccgaatgcaagagaaaggaaataataaattgtctgaattgaaaatctcaacaaaattatgaaaagatgcaattggatatatatgcttttggt
gctaattgcacttgccacttttgttttccagGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGT
ATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAA
ATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCG
TGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATG
AAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCC
TACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTA
AATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACA



Intron 8 GTAGGCCACA ... TCTTCTGCAG

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>TRINITY_DN117549_c2_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTATG
TTGTATTTTCTGGTGTGCATTGCTATTCTGGCCACGAATTTTCGGAAAATGGTTATTAGGGTTTGACTGTGGGTGTTCTTTCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATG
GTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTC
CATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTA
TCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATG
TCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATG
CACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGAT
GCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGA
TGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCT
TAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAATA
TCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAAGTTTAGATTGTTTAAACTTTAACCATCTAAATGTGCTAATCAATTAGTTTAGTGGGC


>TRINITY_DN117549_c2_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTCTTCCACTGTTATAAATGTGGTATGTTCTTTATGACTGCTCAGATTATCACCACTTCCCCCCCTCTAATTCATTGTAGTCCGAAAATAATTTATTTGCCCATGTACCTTTTTCTAGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGA
GgtaggccacacttatacggtgtagtaattgtagttttctgtttaaagcttaagctagacagaagctatatggatatctgaatattcatctattgactcttctgcagTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGA
TTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAA
CACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTG
GCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGA
ACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTA
AAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACT
AATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAAGTTTAGATTGTTTAAACTTTAACCATCTAAATGTGCTAATCAATTAGTTTAGTGGGC



Intron 9 GCTGAACGCA ... TTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN43628_c2_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACA
TTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAA
TGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCT
TTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAG
AACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAA
TGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGA
AAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTT
GTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTA
TTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATG
AATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAA


>TRINITY_DN43628_c2_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACA
TTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGgctgaacgcattttttctactttggggatatcctctcactgggaacca
ctgagtggtgtaatgacatcgggcaaacgatatagtagcagagtatttgcttgcttgtatggcaggatggtagagaagagaagaatccgggacattcttggattctaatggcagctagcctggtttcagctactgccctcaccagcatcggtgtgaacatggcacttaagtacacaattggcaatttgaacagtttgccc
tacgactgcatgcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatagatcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattgtttagtttccattgacctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttctt
catggaacttatttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaacgaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttgacccagcaataaacgttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaac
accacttcatataattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaagactcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcattttttatgatttgggtttttccatacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcc
tttaagtggaacgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattacaaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaaattttggcgactagaaaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcc
tctttgtattgctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagttcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgtgcaaaaatggctttcgtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttc
taacagaaattttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtatttatacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctcgagatagattgggattttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatc
tccaagtatcttacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtggcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttccttgatattgataattgatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACA
TTGCCATAATGAGGCCAAA



Intron 10 GTATGTTCTT ... CTTTTTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN117549_c2_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
ACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTATG
TTGTATTTTCTGGTGTGCATTGCTATTCTGGCCACGAATTTTCGGAAAATGGTTATTAGGGTTTGACTGTGGGTGTTCTTTCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATG
GTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTC
CATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTA
TCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATG
TCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATG
CACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGAT
GCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGA
TGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCT
TAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAATA
TCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAAGTTTAGATTGTTTAAACTTTAACCATCTAAATGTGCTAATCAATTAGTTTAGTGGGC


>TRINITY_DN117549_c2_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTCTTCCACTGTTATAAATGTGgtatgttctttatgactgctcagattatcaccacttccccccctctaattcattgtagtccgaaaataatttatttgcccatgtacctttttctagGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGA
GGTAGGCCACACTTATACGGTGTAGTAATTGTAGTTTTCTGTTTAAAGCTTAAGCTAGACAGAAGCTATATGGATATCTGAATATTCATCTATTGACTCTTCTGCAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGA
TTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAA
CACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTG
GCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGA
ACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTA
AAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACT
AATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTCTCACTCAAGAATATTGTAGAAGTTTAGATTGTTTAAACTTTAACCATCTAAATGTGCTAATCAATTAGTTTAGTGGGC



Intron 11 GTAAGTACGT ... GTTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A151.332381251
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A1052.57610841



>TRINITY_DN43244_c2_g1_i11 from sample A6 / Example spliced isoform
ATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATAC
GCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTG
AACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGAT
TCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGA
GAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTT
GATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACT
TGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTC
ATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTG
CTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTG
ATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGAC


>TRINITY_DN43244_c2_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:
ATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGgtaagtacgtgaaacagcttttgttctacgttgcagcagtggatttattttttattgttatgttcttttttttattgttctgggtgtggcggtttcgatgggttgctcttgctggttttgatttgagtag
tgggtttataaggcctggatttggtggttttttatgggggtaaagcgagtgcctgaactttgtgcttttgggtatgttgtattttctggtgtgcattgctattctggccacgaattttcggaaaatggttattagggtttgactgtgggtgttctttcagGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAAT
TTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGG
CCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGT
GATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCA
CATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACA
TTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTA
TTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAA
TTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTG
TGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGC
ATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGAC



Intron 12 GTATGTTGTA ... GTTCTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A142.22343.520251
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>TRINITY_DN115784_c2_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATG
TTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTT
GCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCAC
CACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAA
AATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCC
TCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTT
ATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCA
ATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTT
TTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAA


>TRINITY_DN115784_c2_g3_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGgtatgttgtattttctggtgtgcattgctattctggccacgaattttcggaaaatggttattagggtttgactgtgggtgttctttcagGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCC
CAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGA
CAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCA
AGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCAT
CTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTC
CTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTT
TAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTT
GCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCA
ATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAA
TCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAA



Intron 13 GTAAGAACTG ... GGCTGTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.2251.7064
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A918.53655.64.7159.1
A1016.84557.30119.8



>TRINITY_DN115784_c2_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATG
TTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTT
GCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCAC
CACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAA
AATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCC
TCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTT
ATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCA
ATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTT
TTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAA


>TRINITY_DN115784_c2_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCT
GAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGATGTT
CACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAGTATGCTTCTTTTCTTTGCTTCACTTATTTATTTCGAGCTCTAGGGTTGCCTTTTGTTTTATATGCCTTGTCAAAATAGAAATAGAAAAACATCTTTCTCCGCTTCTAAATTCATTT
GTGAGGCTACAGTATGGACTAAACTCATATCTGAACAGAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTGATGTTCTATCTTGTTTGGCGGTCAGATGTTATTTATTATGATGTTTTTCTTAATGCTCAATTACCATATATATTATTAGCAAGGGTTTTAGAGGGTGTC
ACATTGAATGTAGTAGATTTGCAAGATGCATAGGTTTAATTTCTATGCTTTTCAAAAATAAAATGAGTAAGTATCTAGCAAGTCTTAGCTACCTTGCCGAATTAGTACATTGCTTTTGTTGTTTATGGTTATACCTTTGTGGTTGCAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATgtaagaactgaaccttgtt
tactttggttatgtgcataaaagttagaggcaaaaaacactcccaatacttatttgggttattttacaaatgattaagcatttgtggctgtgcagGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGTACGTTCTTAATGCCTTTTCAGTTTT
AAATTTTTAATAGTTCTGGTTCATAGAAACAAG



Intron 14 GTCAGTAATT ... TTGATGGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.05448.3204145
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A925.841299.2536368
A1024.631450.2548398



>TRINITY_DN125433_c5_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTA
ACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGAT
GATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGT
AATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGG
TAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTAT
ACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGAT
TTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGT
TGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGA
GGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC


>TRINITY_DN125433_c5_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGgtcagtaattaaattcaaataaattctttaaattaatggggaacaagtattagatgcag
tgctcatacccatcattttttttcctaaatattatcttgttttttttctttcaaattttgtgttttctggaacatatatatagaatctgtgagtaaaatcctttgtatttgaaattaatgctcttgtcaatctctttacgctttaattaaatttaaatttcttggagttttccaatattctgaagcctcctagtggggtt
ctgtgctgttgttatattttagatttcaacataagctttttatgactttttctctttactcatggagctcttttatttttggggttcaccaggctgaacgcattttttctactttggggatatcctctcactgggaaccactgagtggtgtaatgacatcgggcaaacgatatagtagcagagtatttgcttgcttgtat
ggcaggatggtagagaagagaagaatccgggacattcttggattctaatggcagctagcctggtttcagctactgccctcaccagcatcggtgtgaacatggcacttaagtacacaattggcaatttgaacagtttgccctacgactgcatgcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatag
atcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattgtttagtttccattgacctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttcttcatggaacttatttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaac
gaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttgacccagcaataaacgttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaacaccacttcatataattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaag
actcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcattttttatgatttgggtttttccatacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcctttaagtggaacgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattac
aaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaaattttggcgactagaaaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcctctttgtattgctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagt
tcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgtgcaaaaatggctttcgtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttctaacagaaattttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtattta
tacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctcgagatagattgggattttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatctccaagtatcttacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtg
gcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttccttgatattgataaattgatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTAC
CTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTC
CACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTG
TCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGC
AGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACT
CTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTC
ACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAG
AACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATT
TATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC



Intron 15 GTAAGATGCG ... CTTTGAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A18.42282527.2
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A106.97614148.8



>TRINITY_DN43244_c2_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
ATCAGCGACACCTCCTTACCCCATTTTTTAGAGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAG
TGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATA
CGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCTGAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGT
TTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGGTGTGAACATGGCACTTAAATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTT
GTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTAC
TCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGA
TATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATT
CATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGT
TGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATG
AAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCC
ATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGG
AATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGAC


>TRINITY_DN43244_c2_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
GAAGCTTACCAGAACAAAATGgtaagatgcgtggtattcatgccatgatttggaagcagattttcaagcccattagcaatgtgatagaaaacatctcatcctttcttattgtttctttgagcagGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTT
GCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCT
GAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTAT
CTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTA
AATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGT
CCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGAC



Intron 16 GCTGAACGCA ... TTGATGGCAG

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A1028.971474601327.6



>TRINITY_DN125433_c5_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTA
ACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGAT
GATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGT
AATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGG
TAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTAT
ACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGAT
TTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGT
TGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGA
GGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC


>TRINITY_DN125433_c5_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTTTTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGG
CAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGgctgaacgcattttttctactttggggatatcctctcactgggaaccactgagtggtgt
aatgacatcgggcaaacgatatagtagcagagtatttgcttgcttgtatggcaggatggtagagaagagaagaatccgggacattcttggattctaatggcagctagcctggtttcagctactgccctcaccagcatcggtgtgaacatggcacttaagtacacaattggcaatttgaacagtttgccctacgactgcat
gcctgcatattttttatttattactaaaaatatgtaggcatatgcatagatcccatttcctgtactaagaaatgggatctgtttattacagtttattgtttagtttccattgacctaaacatatggaagtcattattcccatatcataaaaatataaggtggatgaaataaattgaaacccgatttcttcatggaactta
tttatagcacacttgaactagcttactaatggaacttcctgtgattaacgaaaaactgtgtactcccgtgattaagagttcatgaggtagcctctttgacccagcaataaacgttctgttggcgacctttagtgtagttggtgtcatttcaaaattcaaatttctctctgacagtgaggtatattgaacaccacttcata
taattgtttggaccatggtatcaacattttgtttatgcttatgtcaaagactcaaaactatctgagaagctgtcctggccatccactatcattttttatgatttgggtttttccatacaccaagtatagttaccgagtgggttcttcatattgttatccggaggacacctattgctggtgcatgtgtcctttaagtggaa
cgaatttcaattctaaacctgatcttttattgaactgaaaaaccattacaaactatgtggggctgtggtatcccatttgttttttctatttgtctcaaattttggcgactagaaaatctgtcttaagttccctgttgagcaagaaaaagggttgtgccttctccaaattcagtaaaaggtttagtggcctctttgtattg
ctaccgtaagaaaagtattttttgttggtgtctttttattgacttcagttcatttcactttctacactgacaatgaatctcatggaattgaaatttgtgcaaaaatggctttcgtttatgtggggctaaggcatccaacatttttttgtttgttactgttagggtttcatcttggtcatttgttgtttctaacagaaatt
ttgaaggtggtgagtttctagattgtttgattctggttttatgtatttatacacacatacccatactgttttcttttcaaatttgacatttcttcctcgagatagattgggattttcaatacactgctctttgatgtagcatttctacctttgaattgtataaaatcttgatacattcttgttggtatctccaagtatct
tacaaggtgggaagtatacattcttgttggtatctccatacataaggtggcgagaagtgtatgctgtgcatggatgattttactgacgtgtttttccttgatattgataaattgatggcagATGTTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAAT
GAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCA
TTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTGTGGAGAAAGCAATGCACCACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTA
TTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAAAATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTT
CACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCCTCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGT
GGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTTATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAA
TGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCAATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGT
GCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTTTTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGC
TAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTGGAATATCTTGGCAGTTGTGATGGTCTGCTTATGATTCCAATTACGGATCAGTTTTAACTCTTGATTGCTC



Intron 17 GTGATGTTCT ... GTGGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A11.43257.952.5
A21.96243.545.7
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A91.41666.5712.1
A100.29627.703.6



>TRINITY_DN115784_c2_g3_i2 from sample A2 / Example spliced isoform
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGATG
TTCACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTACAGCAAACCTGCATTACTT
GCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGATTCAAAACAGCAATACCATTGTGATGGATGTGGTATTTGCAGAACTGGTGGCAAGGATAATTTCTTCCACTGTTATAAATGTGGATGTTGCTACTCTATCCTCATGAAGGATTCCCACCCTTGTTTGGAGAAAGCAATGCAC
CACAACTGCCCTGTGTGCTTTGAGTATTTGTTCGACTCTACAAAGAACATAAGTGTAATGCCTTGTGGCCACACTATTCACATGCATTGCTTAAAAGAGATGCACGAGCATCTTCGATTTGCTTGTCCGATGTGTTCCAAATCTGTCTGTGATATGTCGAAAGTGTGGGAGAAACTTGACCAAGAGATTGCTGCGACTAA
AATGCCTGAAGCTTACCAGAACAAAATGGTTTGGATCCTATGCAATGACTGTGGGGTAACCTCTGAAGTAAATTTTCACATTCTTGCTCACAAGTGTCGAAGTTGCAATTCCTATAACACACGGCAGACCAGGGGAGGTCCTTCTGCAAATTCATGCACATCCAGTCTTTGATATGCACAATGTTCAGATCATGTATCCC
TCTTTGCCACTTGTATGCTTGCCCGTGCACTGCTTCGTGAAATGAAAAACAGGTATACTGCAAATTGCTATGCAGTGGTATTACTGTCAGAATTAATAACCGCTGAATTTTTAAGTGGCACTACTCTACCGCTGCTCACATTACAGTGGAGTTGATGCTATGTGTCCACTTGAACAAAGACTACAAGTAGTGAATTCTTT
ATCCTGCAGATCTCAAGGCATGATGAAACAAGCATCAAATCCTTTGTCTTGCAGATTTTCAGATCATGAGTTACAATGAATTGCAGGTCTTTCTCTCTCTGTATCTGATTTGCCTGAACAGATTCACGCAGGACTAATTCCAATATAAAATGAAGATGTATTTTCCCTTCATTTTGGAATAATATGTAATTTCTCAAGCA
ATTTACTGGTGATTTCACTTTTGCCTACGGCTCGTGAACAGATTATTTTATTTGGTTGCACTGAGAGAAGCGAGGTGCTGTGGTGTCATGTTGTGCCTATTCTAAATTCCAATCTTAAAAGAAAGAACAGTAAAAATAACTAGCATAGATCCATCTTAACCGCAGATCTGCTGGGTGGTGAGAGGTTTGCACATGGATTT
TTGTAATCCATCTCCATGCTTCTTAAATCTGAGGCGTTTAGGATGAATCTACGCGAGGGATATCTTGATTCTTAGCTAGCATATTTTCCTCTAGTGATGAACGTCCACAAATCTACTAATGCATTTATTTTAACTATCAATGTTAATTTTCGAA


>TRINITY_DN115784_c2_g3_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AGCAGTTTAATAAACTGCTTGAGAGAAACCGGACTCCAGGTAAGTACGTGAAACAGCTTTTGTTCTACGTTGCAGCAGTGGATTTATTTTTTATTGTTATGTTCTTTTTTTTATTGTTCTGGGTGTGGCGGTTTCGATGGGTTGCTCTTGCTGGTTTTGATTTGAGTAGTGGGTTTATAAGGCCTGGATTTGGTGGTTTT
TTATGGGGGTAAAGCGAGTGCCTGAACTTTGTGCTTTTGGGTACATTGTGAGAAGGCAGATATTTGAAGAGGATTTGAATTTGAATCATGGATATTGCCTGTTCCAGCTCCCAATCTTTTGCTGAGGGGTGTAAAGTTGACATGAAGCCAACGATGGTGGTGGAGGATACGCTTGATCAAGGATGCATGCAAATTGGGCT
GAACGCATTTTTTCTACTTTGGGGATATCCTCTCACTGGGAACCACTGAGTGGTGTAATGACATCGGGCAAACGATATAGTAGCAGAGTATTTGCTTGCTTGTATGGCAGGATGGTAGAGAAGAGAAGAATCCGGGACATTCTTGGATTCTAATGGCAGCTAGCCTGGTTTCAGCTACTGCCCTCACCAGCATCGATGTT
CACACTACCGCCGGAGATGCCAAATAAGGGCTCCATGTTGTAATGAAGTTTTTAACTGTAGACATTGCCATAATGAGGCCAAAGTATGCTTCTTTTCTTTGCTTCACTTATTTATTTCGAGCTCTAGGGTTGCCTTTTGTTTTATATGCCTTGTCAAAATAGAAATAGAAAAACATCTTTCTCCGCTTCTAAATTCATTT
GTGAGGCTACAGTATGGACTAAACTCATATCTGAACAGAATTCAATGGACATGGATCCGCTTGACAGACATGATGTACCTCGCCATGAGGTTCGAAAGgtgatgttctatcttgtttggcggtcagatgttatttattatgatgtttttcttaatgctcaattaccatatatattattagcaagggttttagagggtgtc
acattgaatgtagtagatttgcaagatgcataggtttaatttctatgcttttcaaaaataaaatgagtaagtatctagcaagtcttagctaccttgccgaattagtacattgcttttgttgtttatggttatacctttgtggttgcagGTTATTTGTTCCATTTGTAGCACTGAACAAGATGTAAGAACTGAACCTTGTT
TACTTTGGTTATGTGCATAAAAGTTAGAGGCAAAAAACACTCCCAATACTTATTTGGGTTATTTTACAAATGATTAAGCATTTGTGGCTGTGCAGGTACAGCAAACCTGCATTACTTGCGGTGTTTGTATGGGGAAGTACTTTTGTGAAAAATGCAATTTCTTTGATGATGATGTACGTTCTTAATGCCTTTTCAGTTTT
AAATTTTTAATAGTTCTGGTTCATAGAAACAAG