sp|Q9LRP2|PT317_ARATH ----> Probable sugar phosphate/phosphate translocator At3g17430
Intron 1 GTAAGTGATT ... TTGTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.35 | 1.5 | 7 | 5 |
| A2 | 88.89 | 0.5 | 3 | 4.5 |
| A3 | 90.91 | 0.5 | 3 | 6 |
| A4 | 100 | 0 | 7 | 5 |
| A5 | 80 | 1 | 3 | 3 |
| A6 | 100 | 0 | 3 | 5 |
| A7 | 77.55 | 5.5 | 12 | 26 |
| A8 | 77.53 | 8 | 26 | 28.5 |
| A9 | 92.31 | 0.5 | 6 | 5 |
| A10 | 89.8 | 2.5 | 6 | 33 |
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGG
TAAGTGAAGCAAAGCTCTTTGCTCTGTCATCAATTGCTTCTGGTTGGAGTTTTTCTTTCTTGTTGTGTTTGTTTATGTGCGTGTGTGAGTCTTCGGGCATGGAATCTTCTGAAAGTAGATAACTACAGTAATCAAATGGTTGGATCATTGTTGCAAACCCTATTCAATGTTCACTACTAGTAACATTACAGATTAATTTC
ATTAGCTAATTGTTTCAGCCTTTGTGTTTTTCAGCAAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGG
AAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCATAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTT
GCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGACGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCTTCCAGACCAGAGTCCTCCTTATGATCTTGCCCCACTGTATGGTAGGTGAATGTTGC
AGACTGTCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTATATGGCAAGAGTAAATAGTTTACCTTCCCATCTCAATGAGCAGCAAATTTATGCAATACTCCCTTAGATGGAGAACTTCAGAATCCTAGTATGGGCTGGTGGGTTGTGTACATTGATAATGCATGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAAAATCCAG
TGATCATTGTGATTGACAAAAGGTTTGATTGTTTGAACAGCATGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGCTATATTTTGATTATGCAACGCCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCTTTTTTTACACTACGGTCGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAAGAATCTATTCTTTACAGTCT
GGAAAAACATGAATGCATTGCTCTTTACGGTTTAGAAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCCATAAATAACTCATTAGGTGAATGTAATGATATGGCATAGCCTCTACAACTCTTTTATCATGGGTCATGACCGCAATCTTATTTTTGATCTCCGATGGAAAACAAAGAGAGCTTTTTTCTTATCAGATTTTGATTT
TGATCACATGGAAGTTTGGTCTGCATGAGCATCTTGGACCAGTTGTGTTTAACCTTGGATATCTACGATAGTGCCAGCCAAAACAGAGGGATAATGAAGGAGACATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTGCTCAATACTCCACTGATCATTGTCGATTAAAACGTTGTTTTATTGTTTGACCGG
TATGATTCAATTTCATTTCCTATAACTTTTGTGTATTGATTTGTATGTTATGATGTAATTACAGGGGGTTCTGTAGCATTGTGCAAAACTGTTTTATTTACACTTCTGAAGAGGAATAGAAAATGACTCAAGGGGCTGTGAGCACGAAGGTTTCAGGATGATCAGAAGATATAACAATTACCCAAGAAACTTCCAAGTAG
TTCAAACCTTAAAATTTTTTGGATCCCTATGTTTCCTTGGAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGGTGCTTTCTGTATCATTTGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCA
GGCATCCAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAGGCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCA
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGC
AAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGGAAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCA
TAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTTGCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGA
CGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCTTCCAGACCAGAGTCCTCCTTATGATCTTGCCCCACTGTATGGTAGGTGAATGTTGCAGACTGTCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTA
TATGGCAAGAGTAAATAGTTTACCTTCCCATCTCAATGAGCAGCAAATTTATGCAATACTCCCTTAGATGGAGAACTTCAGAATCCTAGTATGGGCTGGTGGGTTGTGTACATTGATAATGCATGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAAAATCCAGTGATCATTGTGATTGACAAAAGGTTTGATTGTTTG
AACAGCATGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGCTATATTTTGATTATGCAACGCCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCTTTTTTTACACTACGGTCGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAAGAATCTATTCTTTACAGTCTGGAAAAACATGAATGCATTGCTCTTTACGGTTTAG
AAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCCATAAATAACTCATTAGGTGAATGTAATGATATGGCATAGCCTCTACAACTCTTTTATCATGGGTCATGACCGCAATCTTATTTTTGATCTCCGATGGAAAACAAAGAGAGCTTTTTTCTTATCAGATTTTGATTTTGATCACATGGAAGTTTGGTCTGCATGAGCATCTT
GGACCAGTTGTGTTTAACCTTGGATATCTACGATAGTGCCAGCCAAAACAGAGGGATAATGAAGGAGACATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTGCTCAATACTCCACTGATCATTGTCGATTAAAACGTTGTTTTATTGTTTGACCGGTATGATTCAATTTCATTTCCTATAACTTTTGTGTA
TTGATTTGTATGTTATGATGTAATTACAGGGGGTTCTGTAGCATTGTGCAAAACTGTTTTATTTACACTTCTGAAGAGGAATAGAAAATGACTCAAGGGGCTGTGAGCACGAAGGTTTCAGGATGATCAGAAGATATAACAATTACCCAAGAAACTTCCAAGTAGTTCAAACCTTAAAATTTTTTGGATCCCTATGTTTC
CTTGGGTATAAAAAATTCCACTGCTCAACACTTTTATCTTGTCTATATGCATTGTGTCTCATGTTTACTGAGGTAGCTTCTAAATGATCAAATGACATGTCTTGGTTGGCTCTATGTTGTAGAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGGTGCTTTCTGTATCATTTGgtaagtgatttgttataac
ttcagcatcgattatgaaggtacaccccagggcccatgctttgtttagcagttagaaagtttcaagaacaacgtggtcagtgcaaaattatccttaaagtagttccagtcttttctaaactattttgatcaaggaaagagatataatcccagtttgattttgtattcagGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTT
TGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCAGGCATCGACTGATCAAATTCTTGAAAGCGTGTCTTGAGTTGTTGGCTGTTTCTGCATATTAATGGTAATTGGCTAGTTGTTGATTCCGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTT
TCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAGGCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCATAAAAAAAATTGATGCTCACATGGTTTTCTGTATTATGTAAATGTTCTACTTTTGCATTGGCTCTGGTCATAATAAATGTTCAAAGTTTGCTATGTGGAA
TGAGTATGAAGATGACAAGTAAATACCTGCAAGGTAGTACCCGCATCAAGGATTTGTGCTTGCGTAGATAAATTGCATAAGCAACAGGAACATACCCATAACATAATATTGCAGAAGTTAGAAAATTTGCATACTAAAATTGCAGAAGATGGGAGAACTGCAAAACCTATCTTTCTGAAAGCAGTAAGCCTATAGCCTTG
CATTGTGCAATTCAGATGCTCACAAGCACAGCACCCTGAATTGCAGAATACAACAACCTGCAATAGGGAGTTGCATAACCAGAAGCGACAAAGAGGCATCACAGAATACGACATCCTAAATTGCAGAATACAGCGAATTGTATTACCAGTCCGCGATGGCCTTGAGAAGCTTGCAAAGAAGCTTAACCTATTTATTCATT
ATAGAAGGTGAATTGATATCCTTTGCAGTTGTAAGTGACAGATCTTGTCACTGATGTACATGAGTATCCAATAGGGGATTAATTTTGGGTAGTGACAGAATCTTAAATTGTATTTAGGATATCGAGTGCATTATGCCTTGTACAGACGCTATAGTCTAAAGAAGTATGATATTATTATAACTACTGTGTGTTTGTCCAGT
GATTCTTTAAAAATGTTTCTGTAGATTTCCAC
Intron 2 GTAAGTTAAT ... GTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.71 | 11 | 18 | 16 |
| A2 | 36 | 16 | 7 | 11 |
| A3 | 34.78 | 15 | 6 | 10 |
| A4 | 35.38 | 21 | 1 | 22 |
| A5 | 41.82 | 16 | 8 | 15 |
| A6 | 100 | 0 | 1 | 2 |
| A7 | 35.14 | 12 | 3 | 10 |
| A8 | 100 | 0 | 2 | 2 |
| A9 | 20 | 6 | 3 | 0 |
| A10 | 25.93 | 10 | 3 | 4 |
>TRINITY_DN116010_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTTCCTTTTTATAAATATCTCTCTACCGTGAACGATTCCCTATCTCAGTTGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTTTGGTGGTTACAGCTAGCCGTTTCCTTCTTTTGGCATCTCGCTTCTCGTCTGTGCTTTCATGTTTGTTTGGCCTTAATGTAATGGCGGCAGCGCCTGTAGAAACATGGCACGCGGACGGCTCG
TTACTGACCTTACAGAGGAAAATCCCATGTCTATAGGATGAAAATGTTATGTTGATGGATGAGCCGGGCAGGCAGTCTCTGTTGAAGTTATATATCCGTGATGTGCGATGATCCATCCCCTCTGTGCAAGAGGCGCGGCTGTCATGATAAGTGGAACTTCATCCATTCGGGATTGGTTGGTAAGCAAACAGCCGAAAGGA
ATCGCCTGTAGAAAATAAGCTTTCTTTGAGATCTAGTAGGAAATATACCGGACTCAGGTGCCTAATCTTTATAGCATTTCACGCAAATAAAAGCCAGGTTGATGTGTTTTGTGTTACTGGAACCTGGCTTGTCTCCATGGGTAACTTAAAAAATAAGGCACCAAATCTCAGCTGCATAAGTTATCCTTCCATGCTACCTG
GAACAGGGTTCTTCAACCTTCCAAGATCGGCCTATCGAGATTGACTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTAATCAGATTTACGAAAAGAAATCGATGATATATCTCTATCCGTCTTTCATGGTGTCGATGACTTGTGGCTTGCCATTTGAAAGCTAAAATAAGGCTGCAGTTACGACGCAACATAGAAGAAGTGCACAGG
CTATGCTACATAATCATATCCACTCGATGAGTTGTTTATTAGATGAATTGTTTTGTATCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCGTCCAGACCAGAGTCCTTCATATGATCATGCTCCACTGTATGGTAGGTGAAAACTGCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTATATGACAATACTGAAGAACTTCAAAATCCTAGCT
GGGGTTGGTGGATTGTGTACATTGTTAATGCAGGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAGATATTCCACTGATCATTGTTGATTGAAAAATCGTTTGATTGTTTGAACAACACGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGATTATACAATGTCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTA
GTCCTCTCTTACACTGCGGTGGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAGGAATCTGTTATGTACAGTCTGGAAAAACATGAATGCATTGCTATGTACGGCCTAGAAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCTATAAATAACGCATTAGGTGAATGTAATGAAATGGCACAGCCTCTCCAACTCTTTTATCATGGGTCATG
ATTGCAATCTTATTTTTGTTCTCTGACAAAGAGAGCATTTTTCTTGTTAGATTTTGAAGATTTTGATTGTACCAAGTGAAACGAGGTACTCTACAGCTCAGTATCTACAGCTTAGTATGGGAGGGTCTATGAATGAAGAGTCAAATTTCTTGAGTTTAAATTTAAAAAAAGAAATGCATCTCAAGAAATTGGATCCTTCT
TGGTGCTTGATAGATACGGGGTTAAGATGGATCTACGATGGTTTCAATCACATGGAAGTTTGGTCTGCTTGAGCATCTCGGACATCTCAGACAAGCTGTGTTTAACCATGGATTTCTGCCATACTGCCAGCCAAACCAGGGGATAATGAAGGAGGCATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTACT
CGATACTCCATTGGTCATTGTTGATGAAAACGTTGTTTGATTGATTGAGCGGTATGATTCAATTTCATGTCCTATAAATTTTGGTGTATTTGTTTGTATGTTATGATGTAATTACAAGGGGTTCTGTAGCATTGCGCAAAATGACTCTACCCAAGAAACATCCAAGTAGTTCAAATCATCAAAATTTATGGATCCCTACG
TCCCTTGGGTATAAAAAATTCCACTGCTTCAACACTTCTAACTAGTCCATATGCATTGTGCCTCATGTTTACTAAGGTAGCTTCTAAATGATCAAATGACATGTCTTGGTTGGCTCTATGTTGTAGAGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTCATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTCTGAGTGATTTGTTC
TAACTTCAGCGTCAATTATGAAGGGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTAATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTGTATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTTGCTAGTTGTTGATTCTGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTT
TGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATCACTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCATGCATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAAAGTGTGTCTTAAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTGGCTAGTTGTTGTGATGCGGAGCATCCACGCTCACCTCCACTCCACCACATTGT
CTTCCATCTGTGACAGCCAGTGCATCATCTTCAAGTTATTGACAGGTGTTGAAATGTGGCAGCCTTGCATAATATTGAAGGGCCACGATTTCATTATTGTGATCTAGAAAATCATGAGGGGGAGAGAGACTTGGAGTCTTAGAGAGACCTGCGAGCCAGAAGGATCAGGTTGAAGGAAGAAGGTGTTGGTGCCCTTCAAA
TCATGTGCGGAGATTTTCTGTGGAGTTCTGCTGTACCATAGATTTGGGGATTTGTTTATTTAAATGTTAGTATGAGGGCCTCCGAGCCTGGATCTAGATT
>TRINITY_DN116010_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTTTTCCTTTTTATAAATATCTCTCTACCGTGAACGATTCCCTATCTCAGTTGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTTTGGTGGTTACAGCTAGCCGTTTCCTTCTTTTGGCATCTCGCTTCTCGTCTGTGCTTTCATGTTTGTTTGGCCTTAATGTAATGGCGGCAGCGCCTGTAGAAACATGGCACGCGGACGGCTCG
TTACTGACCTTACAGAGGAAAATCCCATGTCTATAGGATGAAAATGTTATGTTGATGGATGAGCCGGGCAGGCAGTCTCTGTTGAAGTTATATATCCGTGATGTGCGATGATCCATCCCCTCTGTGCAAGAGGCGCGGCTGTCATGATAAGTGGAACTTCATCCATTCGGGATTGGTTGGTAAGgtaagttaatcaatgc
tctttgctctgccgtcaatggcttctggtcggagcttttcttttttgtcctgtttgtttatgtgcgtgtgtgtgttcgggtgtggaatcttctgaaagtagaaaactacagtaatcaaatggttggatcatcgttgtaaacactattcaatgttcactactagtaaaattacagagtaatttcattagctaattgtttca
gtctttgtttttgcagCAAACAGCCGAAAGGAATCGCCTGTAGAAAATAAGCTTTCTTTGAGATCTAGTAGGAAATATACCGGACTCAGGTGCCTAATCTTTATAGCATTTCACGCAAATAAAAGCCAGGTTGATGTGTTTTGTGTTACTGGAACCTGGCTTGTCTCCATGGGTAACTTAAAAAATAAGGCACCAAATCT
CAGCTGCATAAGTTATCCTTCCATGCTACCTGGAACAGGGTTCTTCAACCTTCCAAGATCGGCCTATCGAGATTGACTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTAATCAGATTTACGAAAAGAAATCGATGATATATCTCTATCCGTCTTTCATGGTGTCGATGACTTGTGGCTTGCCATTTGAAAGCTAAAATAAGGCTGC
AGTTACGACGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTATGCTACATAATCATATCCACTCGATGAGTTGTTTATTAGATGAATTGTTTTGTATCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCGTCCAGACCAGAGTCCTTCATATGATCATGCTCCACTGTATGGTAGGTGAAAACTGCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTATA
TGACAATACTGAAGAACTTCAAAATCCTAGCTGGGGTTGGTGGATTGTGTACATTGTTAATGCAGGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAGATATTCCACTGATCATTGTTGATTGAAAAATCGTTTGATTGTTTGAACAACACGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGATTATACAATGTC
AAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCCTCTCTTACACTGCGGTGGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAGGAATCTGTTATGTACAGTCTGGAAAAACATGAATGCATTGCTATGTACGGCCTAGAAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCTATAAATAACGCATTAGGTGAATGTAATGAAATGGCA
CAGCCTCTCCAACTCTTTTATCATGGGTCATGATTGCAATCTTATTTTTGTTCTCTGACAAAGAGAGCATTTTTCTTGTTAGATTTTGAAGATTTTGATTGTACCAAGTGAAACGAGGTACTCTACAGCTCAGTATCTACAGCTTAGTATGGGAGGGTCTATGAATGAAGAGTCAAATTTCTTGAGTTTAAATTTAAAAA
AAGAAATGCATCTCAAGAAATTGGATCCTTCTTGGTGCTTGATAGATACGGGGTTAAGATGGATCTACGATGGTTTCAATCACATGGAAGTTTGGTCTGCTTGAGCATCTCGGACATCTCAGACAAGCTGTGTTTAACCATGGATTTCTGCCATACTGCCAGCCAAACCAGGGGATAATGAAGGAGGCATGATTCTTGTA
GGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTACTCGATACTCCATTGGTCATTGTTGATGAAAACGTTGTTTGATTGATTGAGCGGTATGATTCAATTTCATGTCCTATAAATTTTGGTGTATTTGTTTGTATGTTATGATGTAATTACAAGGGGTTCTGTAGCATTGCGCAAAATGACTCTACCCAAGAAACATCCAAGTA
GTTCAAATCATCAAAATTTATGGATCCCTACGTCCCTTGGGTATAAAAAATTCCACTGCTTCAACACTTCTAACTAGTCCATATGCATTGTGCCTCATGTTTACTAAGGTAGCTTCTAAATGATCAAATGACATGTCTTGGTTGGCTCTATGTTGTAGAGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTCATTTCAGATTCTATGGT
GCTTTCTGTATCATTCTCTGAGTGATTTGTTCTAACTTCAGCGTCAATTATGAAGGGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTAATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTGTATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTTGCTAGTTGTTGATTCTGTATTCA
GGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATCACTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCATGCATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAAAGTGTGTCTTAAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTGGCTAGTTGTTGTGATGCGGAG
CATCCACGCTCACCTCCACTCCACCACATTGTCTTCCATCTGTGACAGCCAGTGCATCATCTTCAAGTTATTGACAGGTGTTGAAATGTGGCAGCCTTGCATAATATTGAAGGGCCACGATTTCATTATTGTGATCTAGAAAATCATGAGGGGGAGAGAGACTTGGAGTCTTAGAGAGACCTGCGAGCCAGAAGGATCAG
GTTGAAGGAAGAAGGTGTTGGTGCCCTTCAAATCATGTGCGGAGATTTTCTGTGGAGTTCTGCTGTACCATAGATTTGGGGATTTGTTTATTTAAATGTTAGTATGAGGGCCTCCGAGCCTGGATCTAGATT
Intron 3 GTATGATTCA ... TATGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.14 | 4 | 11 | 16 |
| A2 | 80.65 | 3 | 9 | 16 |
| A3 | 63.64 | 6 | 11 | 10 |
| A4 | 76.92 | 3 | 12 | 8 |
| A5 | 61.9 | 4 | 8 | 5 |
| A6 | 62.5 | 3 | 6 | 4 |
| A7 | 75 | 5 | 15 | 15 |
| A8 | 92.86 | 1 | 4 | 22 |
| A9 | 52.38 | 5 | 7 | 4 |
| A10 | 60 | 8 | 12 | 12 |
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i13 from sample A7 / Example spliced isoformCGATGGTTTCAATCACATGGAAGTTTGGTCTGCTTGAGCATCTCGGACATCTCAGACAAGCTGTGTTTAACCATGGATTTCTGCCATACTGCCAGCCAAACCAGGGGATAATGAAGGAGGCATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTACTCGATACTCCATTGGTCATTGTTGATGAAAACGTTG
TTTGATTGATTGAGCGAGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTCATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTCTGAGTGATTTGTTCTAACTTCAGCGTCAATTATGAAGGGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTAATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTGTAAGTGATTTGTTCTAACTTCAGCGTC
AATTATGAAGGTAACCCCGATGCTTTGTTTTGCAGTTAGAAAGTTTTAAGAACAGGGTGGTCAGTGCAAACTTATCCTTAAAAAGTAGTTCCAGTCTTTTCTAAACTGTTTTGATCAAGGAAAGGGATATAATCCCAGTTTGTTTTTTGTATCTCCTCCTACAAAGAAACATTTATAATTAGGAATGTTTTCCATCTCTA
ATCAAACTGAGAGAAATAGTTGGCTGCAGTTTTATGTAATTTTGATGCTTTAAGCCTTTGGATAGTTTACGCTCTTAGATGCAAGGTAAAGAGCATGTGCTGAAAACAGACACTGCTAGTGTTGTCTTGTGTCCTTTACAATTTCTTTTTAAAGTCTGTTCGGAACCTATATATTTATTATTAGTGTCAAAAGCACTTTA
AAGAAATCTCTCTGGTATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTTGCTAGTTGTTGATTCTGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATCACTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCT
CAGGCATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAAAGTGTGTCTTAAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTGGCTAGTTGTTGTGATGCGGAGCATCCACGCTCACCTCCACTCCACCACATTGTCTTCCATCTGTGACAGCCAGTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGGCA
TCATCTTCAAGTTATTGACAGGTGTTGAAACGTGGCAGCCTTGCATATTATTGAAGGGCCACGATTTCATTATTGTGATCTAGAAAACAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAGGCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCATCATGAGGGGGAGAGAGAC
TTGGAGTCTTAGAGAGACCTGCGAGCCAGAAGGATCAGGTTGAAGGAAGAAGGTGTTGGTGCCCTTCAAATCATGTGCGGAGATTTTCTGTGGAGTTCTGCTGTAGCATAGATTTGGGGATTTGTTTATTTAAATGTTAGTATGAGGGCCTCCGAGCTTGGATCTAGATTTTAATTAAATAAGAGGCCTGCGTGCTTCAC
CTGGGTGAATGAATACAGTGTAAGGATGTAATCCAGTTATTCAATATGAATATATTTGATGTCCGGTTGTTTTGAGACTCTCGCTGTTTTATTTTTCTGTGTTAGACATGTTCTCTGTTTTTAGTTGTCTTTAGTCTTTGGCTGCAGAGTGACTGCATCATTTTGGTATCAGAGCAACCCACAATGGCCCAGAGGAGAAT
ACATTGTTGCAGACTGATCGTTGGAGACTTAGCTGCTTAAACTGAAGAGTTGGTTCCAGAGGAGAACTAAGTGAGCTCGGAGGAGCCGAAGAGTTGGTTCGAGAGGAGAACCAAGTGTGCTCGGAGGAGCACTAGATTGCACAGAGGTGCATTATTGTTACCAGTGGGATTGGCTATGGAAAGCCATATTGTGAACAACT
TTAAGAGAGCAAGCTCTTGAAAAGCCAAAGAGAGAGAGATTGGCAAGTAAAAGTTAAAAATGACAAAGGAGAAGCGGGTGAGCCAAGAAGAGAAATAATGGATCAAGGCAGAGATACAAGCAATTAGGCAACTAATCAAAGTGCGTGATGAAAGACTGCAAAGAAAAGCGGACATCCGAGCCATACGAAAGGTGATAAGG
ACCTTGGAGGAGAAAGAAAGACATCAAATTGAAAAGAGAGTTTTCAAAGGGGGTCTTAGTTGTGGAAGTGCTTTGCTACTCGGAAGAAGGTGAAGCACTTGTGGAAGTGCTTTGCCACCCGGAAGAAGGTGAAGCACTTGAAGAAGAATACAGTGCTGCTGAGCACAT
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:CGATGGTTTCAATCACATGGAAGTTTGGTCTGCTTGAGCATCTCGGACATCTCAGACAAGCTGTGTTTAACCATGGATTTCTGCCATACTGCCAGCCAAACCAGGGGATAATGAAGGAGGCATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTACTCGATACTCCATTGGTCATTGTTGATGAAAACGTTG
TTTGATTGATTGAGCGgtatgattcaatttcatgtcctataaattttggtgtatttgtttgtatgttatgatgtaattacaaggggttctgtagcattgcgcaaaatgactctacccaagaaacatccaagtagttcaaatcatcaaaatttatggatccctacgtcccttgggtataaaaaattccactgcttcaacac
ttctaactagtccatatgcattgtgcctcatgtttactaaggtagcttctaaatgatcaaatgacatgtcttggttggctctatgttgtagAGACGTTATGCAGGGCGTTGAATTCATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTCTGAGTGATTTGTTCTAACTTCAGCGTCAATTATGAAGGGACGTTATGCA
GGGCGTTGAATTAATTTCAGATTCTATGGTGCTTTCTGTATCATTCTGTAAGTGATTTGTTCTAACTTCAGCGTCAATTATGAAGGTAACCCCGATGCTTTGTTTTGCAGTTAGAAAGTTTTAAGAACAGGGTGGTCAGTGCAAACTTATCCTTAAAAAGTAGTTCCAGTCTTTTCTAAACTGTTTTGATCAAGGAAAGG
GATATAATCCCAGTTTGTTTTTTGTATCTCCTCCTACAAAGAAACATTTATAATTAGGAATGTTTTCCATCTCTAATCAAACTGAGAGAAATAGTTGGCTGCAGTTTTATGTAATTTTGATGCTTTAAGCCTTTGGATAGTTTACGCTCTTAGATGCAAGGTAAAGAGCATGTGCTGAAAACAGACACTGCTAGTGTTGT
CTTGTGTCCTTTACAATTTCTTTTTAAAGTCTGTTCGGAACCTATATATTTATTATTAGTGTCAAAAGCACTTTAAAGAAATCTCTCTGGTATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTTGCTAGTTGTTGATTCTGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGC
AGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATCACTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCAGGCATCAACTGATCAAATTCTTGTCATGAAAGTGTGTCTTAAGTTGTTGGCTGTTTTTGCATATTAATTGGTAATTGGCTAGTTGTTGTGATGCGGAGCATCCACGCTCACCTCCACTCCACC
ACATTGTCTTCCATCTGTGACAGCCAGTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGGCATCATCTTCAAGTTATTGACAGGTGTTGAAACGTGGCAGCCTTGCATATTATTGAAGGGCCACGATTTCATTATTGTGATCTAGAAAACAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAG
GCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCATCATGAGGGGGAGAGAGACTTGGAGTCTTAGAGAGACCTGCGAGCCAGAAGGATCAGGTTGAAGGAAGAAGGTGTTGGTGCCCTTCAAATCATGTGCGGAGATTTTCTGTGGAGTTCTGCTGTAGCATAGATTTGGGGATTTGT
TTATTTAAATGTTAGTATGAGGGCCTCCGAGCTTGGATCTAGATTTTAATTAAATAAGAGGCCTGCGTGCTTCACCTGGGTGAATGAATACAGTGTAAGGATGTAATCCAGTTATTCAATATGAATATATTTGATGTCCGGTTGTTTTGAGACTCTCGCTGTTTTATTTTTCTGTGTTAGACATGTTCTCTGTTTTTAGT
TGTCTTTAGTCTTTGGCTGCAGAGTGACTGCATCATTTTGGTATCAGAGCAACCCACAATGGCCCAGAGGAGAATACATTGTTGCAGACTGATCGTTGGAGACTTAGCTGCTTAAACTGAAGAGTTGGTTCCAGAGGAGAACTAAGTGAGCTCGGAGGAGCCGAAGAGTTGGTTCGAGAGGAGAACCAAGTGTGCTCGGA
GGAGCACTAGATTGCACAGAGGTGCATTATTGTTACCAGTGGGATTGGCTATGGAAAGCCATATTGTGAACAACTTTAAGAGAGCAAGCTCTTGAAAAGCCAAAGAGAGAGAGATTGGCAAGTAAAAGTTAAAAATGACAAAGGAGAAGCGGGTGAGCCAAGAAGAGAAATAATGGATCAAGGCAGAGATACAAGCAATT
AGGCAACTAATCAAAGTGCGTGATGAAAGACTGCAAAGAAAAGCGGACATCCGAGCCATACGAAAGGTGATAAGGACCTTGGAGGAGAAAGAAAGACATCAAATTGAAAAGAGAGTTTTCAAAGGGGGTCTTAGTTGTGGAAGTGCTTTGCTACTCGGAAGAAGGTGAAGCACTTGTGGAAGTGCTTTGCCACCCGGAAG
AAGGTGAAGCACTTGAAGAAGAATACAGTGCTGCTGAGCACAT
Intron 4 GTAAGTGAAG ... TGTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.54 | 5 | 8 | 8 |
| A2 | 37.14 | 11 | 4 | 9 |
| A3 | 57.89 | 4 | 7 | 4 |
| A4 | 41.18 | 5 | 2 | 5 |
| A5 | 45 | 11 | 9 | 9 |
| A6 | 31.91 | 16 | 6 | 9 |
| A7 | 43.86 | 16 | 6 | 19 |
| A8 | 53.85 | 6 | 13 | 1 |
| A9 | 26.83 | 15 | 8 | 3 |
| A10 | 39.73 | 22 | 21 | 8 |
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformTCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGC
AAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGGAAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCA
TAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTTGCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGA
CGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCTTCCAGACCAGAGTCCTCCTTATGATCTTGCCCCACTGTATGGTAGGTGAATGTTGCAGACTGTCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTA
TATGGCAAGAGTAAATAGTTTACCTTCCCATCTCAATGAGCAGCAAATTTATGCAATACTCCCTTAGATGGAGAACTTCAGAATCCTAGTATGGGCTGGTGGGTTGTGTACATTGATAATGCATGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAAAATCCAGTGATCATTGTGATTGACAAAAGGTTTGATTGTTTG
AACAGCATGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGCTATATTTTGATTATGCAACGCCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCTTTTTTTACACTACGGTCGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAAGAATCTATTCTTTACAGTCTGGAAAAACATGAATGCATTGCTCTTTACGGTTTAG
AAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCCATAAATAACTCATTAGGTGAATGTAATGATATGGCATAGCCTCTACAACTCTTTTATCATGGGTCATGACCGCAATCTTATTTTTGATCTCCGATGGAAAACAAAGAGAGCTTTTTTCTTATCAGATTTTGATTTTGATCACATGGAAGTTTGGTCTGCATGAGCATCTT
GGACCAGTTGTGTTTAACCTTGGATATCTACGATAGTGCCAGCCAAAACAGAGGGATAATGAAGGAGACATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTGCTCAATACTCCACTGATCATTGTCGATTAAAACGTTGTTTTATTGTTTGACCGGTATGATTCAATTTCATTTCCTATAACTTTTGTGTA
TTGATTTGTATGTTATGATGTAATTACAGGGGGTTCTGTAGCATTGTGCAAAACTGTTTTATTTACACTTCTGAAGAGGAATAGAAAATGACTCAAGGGGCTGTGAGCACGAAGGTTTCAGGATGATCAGAAGATATAACAATTACCCAAGAAACTTCCAAGTAGTTCAAACCTTAAAATTTTTTGGATCCCTATGTTTC
CTTGGGTATAAAAAATTCCACTGCTCAACACTTTTATCTTGTCTATATGCATTGTGTCTCATGTTTACTGAGGTAGCTTCTAAATGATCAAATGACATGTCTTGGTTGGCTCTATGTTGTAGAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGGTGCTTTCTGTATCATTTGGTAAGTGATTTGTTATAAC
TTCAGCATCGATTATGAAGGTACACCCCAGGGCCCATGCTTTGTTTAGCAGTTAGAAAGTTTCAAGAACAACGTGGTCAGTGCAAAATTATCCTTAAAGTAGTTCCAGTCTTTTCTAAACTATTTTGATCAAGGAAAGAGATATAATCCCAGTTTGATTTTGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTT
TGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCAGGCATCGACTGATCAAATTCTTGAAAGCGTGTCTTGAGTTGTTGGCTGTTTCTGCATATTAATGGTAATTGGCTAGTTGTTGATTCCGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTT
TCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAGGCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCATAAAAAAAATTGATGCTCACATGGTTTTCTGTATTATGTAAATGTTCTACTTTTGCATTGGCTCTGGTCATAATAAATGTTCAAAGTTTGCTATGTGGAA
TGAGTATGAAGATGACAAGTAAATACCTGCAAGGTAGTACCCGCATCAAGGATTTGTGCTTGCGTAGATAAATTGCATAAGCAACAGGAACATACCCATAACATAATATTGCAGAAGTTAGAAAATTTGCATACTAAAATTGCAGAAGATGGGAGAACTGCAAAACCTATCTTTCTGAAAGCAGTAAGCCTATAGCCTTG
CATTGTGCAATTCAGATGCTCACAAGCACAGCACCCTGAATTGCAGAATACAACAACCTGCAATAGGGAGTTGCATAACCAGAAGCGACAAAGAGGCATCACAGAATACGACATCCTAAATTGCAGAATACAGCGAATTGTATTACCAGTCCGCGATGGCCTTGAGAAGCTTGCAAAGAAGCTTAACCTATTTATTCATT
ATAGAAGGTGAATTGATATCCTTTGCAGTTGTAAGTGACAGATCTTGTCACTGATGTACATGAGTATCCAATAGGGGATTAATTTTGGGTAGTGACAGAATCTTAAATTGTATTTAGGATATCGAGTGCATTATGCCTTGTACAGACGCTATAGTCTAAAGAAGTATGATATTATTATAACTACTGTGTGTTTGTCCAGT
GATTCTTTAAAAATGTTTCTGTAGATTTCCAC
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGg
taagtgaagcaaagctctttgctctgtcatcaattgcttctggttggagtttttctttcttgttgtgtttgtttatgtgcgtgtgtgagtcttcgggcatggaatcttctgaaagtagataactacagtaatcaaatggttggatcattgttgcaaaccctattcaatgttcactactagtaacattacagattaatttc
attagctaattgtttcagcctttgtgtttttcagCAAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGG
AAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCATAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTT
GCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGACGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCCTGACCGTGGAGACACACAACAGAGTCCTGCATACACAAACGAGCCTCGAAAGGAGATCACACAGCATAGT
ACTGCAAACACAGATATCGAGCCTCCAAAGGAGCTCAGGAATGTCACCGACGAAATTGTTCTAAAATGTGGCGGACTACCCTTGGCCCTGAAAACAATAGGAGCGTCTATGGCAAGAGTAAGGAGGCTTCCTAATGACTGGGATCCATCCTGAAAAGTCTAAA
Intron 5 GTAAGTGAAG ... TATGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.71 | 2 | 8 | 16 |
| A2 | 38.46 | 4 | 4 | 1 |
| A3 | 88.89 | 1 | 7 | 9 |
| A4 | 100 | 0 | 2 | 9 |
| A5 | 68.42 | 3 | 9 | 4 |
| A6 | 47.37 | 5 | 6 | 3 |
| A7 | 69.7 | 5 | 6 | 17 |
| A8 | 64.91 | 10 | 13 | 24 |
| A9 | 48.15 | 7 | 8 | 5 |
| A10 | 57.14 | 12 | 21 | 11 |
>TRINITY_DN42564_c2_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGTTCTCAATATACAACTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATG
GCACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGA
GAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGGTGCTTTCTGTATCATTTGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCAGGCATCGACTGATCAAATTCTTGAAAGCGTGTCTTGAGT
TGTTGGCTGTTTCTGCATATTAATGGTAATTGGCTAGTTGTTGATTCCGTATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGTAAAAAAAATTGATGCTCACATGGTTTTCTGTATTATGTAAATGTTCTACTTTTGCATTGGCTCTGGTCATAATAAATGTTCAAAGTTTGCTATGTGGAATGA
GTATGAAGATGACAAGTAAATACCTGCAAGGTAGTACCCGCATCAAGGATTTGTGCTTGCGTAGATAAATTGCATAAGCAACAGGAACATACCCATAACATAATATTGCAGAAGTTAGAAAATTTGCATACTAAAATTGCAGAAGATGGGAGAACTGCAAAACCTATCTTTCTGAAAGCAGTAAGCCTATAGCCTTGCAT
TGTGCAATTCAGATGCTCACAAGCACAGCACCCTGAATTGCAGAATACAACAACCTGCAATAGGGAGTTGCATAACCAGAAGCGACAAAGAGGCATCACAGAATACGACATCCTAAATTGCAGAATACAGCGAATTGTATTACCAGTCCGCGATGGCCTTGAGAAGCTTGCAAAGAAGCTTAACCTATTTATTCATTATA
GAAGGTGAATTGATATCCTTTGCAGTTGTAAGTGACAGATCTTGTCACTGATGTACATGAGTATCCAATAGGGGATTAATTTTGGGTAGTGACAGAATCTTAAATTGTATTTAGGATATCGAGTGCATTATGCCTTGTACAGACGCTATAGTCTAAAGAAGTATGATATTATTATAACTACTGTGTGTTTGTCCAGTGAT
TCTTTAAAAATGTTTCTGTAGATTTCCACCTGCATTTGTGAACAAACAGCACACTGGATACACTAGTGTCAGTCTTATCATGCATTAGTAAAATATGGAAGTGAAAAATAGACGCAACAACATGCCACATCTATTTGGTGTGGAGCAATGAAGATGACAAGCAAATTCCTGCAATGTAGCTTCCACAACAAGAATGTGTA
GTTCCATAGAGAAATTGCGCAGGCAACATGAACATCCCCATAACCCAATATTGCAGAATTTAGAAGATTTGCAATCTTAAGTTGCAGAATATGGGAGAACTGCAACCTATATTTCTGAAATCAGCAACCCAATATTGCAGAATTTAGAAGATTTGCAATCTTAAGTTGCAGAATATGGGAGAACTGCAACCTATATTTCT
GAAATCAGCAACCTAATAACCTAGCATTGTGCAATTCAAATGCTCACAAGCAGAGATTGTGTAGATGGCAGACCCACAAACTTCAAAGAGGCATTGCAGAATACAACACCCTGAATTGCAGAATACAGCACTCTGCAATAGGGAGTTGCATAACCTGAAGCTACAGATAGGCATCACAGAATACAGCATCCTGAATTGCA
GAATACAACACCCTTCAGCACGAAGTTGGATTAGCGGTGAGCAATGACCTTGAGAAGCTTACCTAATTCATCCATTATGGATATTGATATTCTTTGCAGTTGTAACTGACATATCTTGTAAATGATGTACATGAGTATCCACTAGGGGGATTAATTTTTGGTAATGACCAAAACTTAAATTGTATTTAGGATATTGAGTG
CATTGTGCCCTCTGTACAATCAGTATGATCTAATGAAATATGATATTATTATAACTGCTGTACGTTTGTTCAATGATTCTTTAAAAATGTTTCTCTG
>TRINITY_DN42564_c2_g2_i14 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTCTCAATATACAACTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATG
GCACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGA
Ggtaagtgaagcaaagctctttgctctgtcatcaattgcttctggttggagtttttctttcttgttgtgtttgtttatgtgcgtgtgtgagtcttcgggcatggaatcttctgaaagtagataactacagtaatcaaatggttggatcattgttgcaaaccctattcaatgttcactactagtaacattacagattaatt
tcattagctaattgtttcagcctttgtgtttttcagcaagcagcatatcagcataccgataggaatcgcctgagaaaataggctctctgagatctagtaggaaatataccagactcaggtgctttatctctttagcatttcacgcaaacaaaagctaggttgatgtgttttggcttactggaatctggcttgtctccatg
ggaaacttaaaaaacaaggcatcaaatctcagacgcataagttttccttccaggatgcttggaacaaggttcttcacccttccaagatcggcctatcaagattggctagctgaaattcctctttcaagactgatcagatttacgaaaagaaacagataatatatctctattcatttttcatggtgtcgatgacttgcggc
ttgccattgggaagcaaaaataaggctgcagttacgacgcaacatagaagaagtgcacaggctaggctacataatcatatccactctatgagttgtttattagatgaaattgttctgcattcatgcttttcaaccttttctggccttccagaccagagtcctccttatgatcttgccccactgtatggtaggtgaatgtt
gcagactgtctttggccatcataacaatagcagggtatatggcaagagtaaatagtttaccttcccatctcaatgagcagcaaatttatgcaatactcccttagatggagaacttcagaatcctagtatgggctggtgggttgtgtacattgataatgcatgagatatgatgcttgtaggagatgatccatacaaaatcc
agtgatcattgtgattgacaaaaggtttgattgtttgaacagcatgattcaatttcatgtatggtggcttatgacatctgctatattttgattatgcaacgccaaatctcgctattgttttgatggccaggggtagtctttttttacactacggtcgacaatgttagctagatcctttggaagaatctattctttacagt
ctggaaaaacatgaatgcattgctctttacggtttagaaaagcatgaatgcagaacaatttcctcccataaataactcattaggtgaatgtaatgatatggcatagcctctacaactcttttatcatgggtcatgaccgcaatcttatttttgatctccgatggaaaacaaagagagcttttttcttatcagattttgat
tttgatcacatggaagtttggtctgcatgagcatcttggaccagttgtgtttaaccttggatatctacgatagtgccagccaaaacagagggataatgaaggagacatgattcttgtaggagatgaaccatggcattaagttcaactgctcaatactccactgatcattgtcgattaaaacgttgttttattgtttgacc
ggtatgattcaatttcatttcctataacttttgtgtattgatttgtatgttatgatgtaattacagggggttctgtagcattgtgcaaaactgttttatttacacttctgaagaggaatagaaaatgactcaaggggctgtgagcacgaaggtttcaggatgatcagaagatataacaattacccaagaaacttccaagt
agttcaaaccttaaaattttttggatccctatgtttccttgggtataaaaaattccactgctcaacacttttatcttgtctatatgcattgtgtctcatgtttactgaggtagcttctaaatgatcaaatgacatgtcttggttggctctatgttgtagAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGG
TGCTTTCTGTATCATTTGGTAAGTGATTTGTTATAACTTCAGCATCGATTATGAAGGTACACCCCAGGGCCCATGCTTTGTTTAGCAGTTAGAAAGTTTCAAGAACAACGTGGTCAGTGCAAAATTATCCTTAAAGTAGTTCCAGTCTTTTCTAAACTATTTTGATCAAGGAAAGAGATATAATCCCAGTTTGATTTTGT
ATTCAGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCAGGCATCGACTGATCAAATTCTTGAAAGCGTGTCTTGAGTTGTTGGCTGTTTCTGCATATTAATGGTAATTGGCTAGTTGTTGATTCCGTATTC
AGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGTAAAAAAAATTGATGCTCACATGGTTTTCTGTATTATGTAAATGTTCTACTTTTGCATTGGCTCTGGTCATAATAAATGTTCAAAGTTTGCTATGTGGAATGAGTATGAAGATGACAAGTAAATACCTGCAAGGTAGTACCCGCATCAAGGATTTGT
GCTTGCGTAGATAAATTGCATAAGCAACAGGAACATACCCATAACATAATATTGCAGAAGTTAGAAAATTTGCATACTAAAATTGCAGAAGATGGGAGAACTGCAAAACCTATCTTTCTGAAAGCAGTAAGCCTATAGCCTTGCATTGTGCAATTCAGATGCTCACAAGCACAGCACCCTGAATTGCAGAATACAACAAC
CTGCAATAGGGAGTTGCATAACCAGAAGCGACAAAGAGGCATCACAGAATACGACATCCTAAATTGCAGAATACAGCGAATTGTATTACCAGTCCGCGATGGCCTTGAGAAGCTTGCAAAGAAGCTTAACCTATTTATTCATTATAGAAGGTGAATTGATATCCTTTGCAGTTGTAAGTGACAGATCTTGTCACTGATGT
ACATGAGTATCCAATAGGGGATTAATTTTGGGTAGTGACAGAATCTTAAATTGTATTTAGGATATCGAGTGCATTATGCCTTGTACAGACGCTATAGTCTAAAGAAGTATGATATTATTATAACTACTGTGTGTTTGTCCAGTGATTCTTTAAAAATGTTTCTGTAGATTTCCACCTGCATTTGTGAACAAACAGCACAC
TGGATACACTAGTGTCAGTCTTATCATGCATTAGTAAAATATGGAAGTGAAAAATAGACGCAACAACATGCCACATCTATTTGGTGTGGAGCAATGAAGATGACAAGCAAATTCCTGCAATGTAGCTTCCACAACAAGAATGTGTAGTTCCATAGAGAAATTGCGCAGGCAACATGAACATCCCCATAACCCAATATTGC
AGAATTTAGAAGATTTGCAATCTTAAGTTGCAGAATATGGGAGAACTGCAACCTATATTTCTGAAATCAGCAACCCAATATTGCAGAATTTAGAAGATTTGCAATCTTAAGTTGCAGAATATGGGAGAACTGCAACCTATATTTCTGAAATCAGCAACCTAATAACCTAGCATTGTGCAATTCAAATGCTCACAAGCAGA
GATTGTGTAGATGGCAGACCCACAAACTTCAAAGAGGCATTGCAGAATACAACACCCTGAATTGCAGAATACAGCACTCTGCAATAGGGAGTTGCATAACCTGAAGCTACAGATAGGCATCACAGAATACAGCATCCTGAATTGCAGAATACAACACCCTTCAGCACGAAGTTGGATTAGCGGTGAGCAATGACCTTGAG
AAGCTTACCTAATTCATCCATTATGGATATTGATATTCTTTGCAGTTGTAACTGACATATCTTGTAAATGATGTACATGAGTATCCACTAGGGGGATTAATTTTTGGTAATGACCAAAACTTAAATTGTATTTAGGATATTGAGTGCATTGTGCCCTCTGTACAATCAGTATGATCTAATGAAATATGATATTATTATAA
CTGCTGTACGTTTGTTCAATGATTCTTTAAAAATGTTTCTCTG
Intron 6 GTATAAAAAA ... TATGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 93.33 | 1 | 12 | 16 |
| A2 | 85.71 | 1 | 11 | 1 |
| A3 | 76.92 | 3 | 11 | 9 |
| A4 | 100 | 0 | 8 | 9 |
| A5 | 77.78 | 1 | 3 | 4 |
| A6 | 100 | 0 | 7 | 3 |
| A7 | 74.07 | 7 | 23 | 17 |
| A8 | 70.37 | 8 | 14 | 24 |
| A9 | 57.89 | 4 | 6 | 5 |
| A10 | 67.44 | 7 | 18 | 11 |
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGG
TAAGTGAAGCAAAGCTCTTTGCTCTGTCATCAATTGCTTCTGGTTGGAGTTTTTCTTTCTTGTTGTGTTTGTTTATGTGCGTGTGTGAGTCTTCGGGCATGGAATCTTCTGAAAGTAGATAACTACAGTAATCAAATGGTTGGATCATTGTTGCAAACCCTATTCAATGTTCACTACTAGTAACATTACAGATTAATTTC
ATTAGCTAATTGTTTCAGCCTTTGTGTTTTTCAGCAAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGG
AAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCATAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTT
GCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGACGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCTTCCAGACCAGAGTCCTCCTTATGATCTTGCCCCACTGTATGGTAGGTGAATGTTGC
AGACTGTCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTATATGGCAAGAGTAAATAGTTTACCTTCCCATCTCAATGAGCAGCAAATTTATGCAATACTCCCTTAGATGGAGAACTTCAGAATCCTAGTATGGGCTGGTGGGTTGTGTACATTGATAATGCATGAGATATGATGCTTGTAGGAGATGATCCATACAAAATCCAG
TGATCATTGTGATTGACAAAAGGTTTGATTGTTTGAACAGCATGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGCTATATTTTGATTATGCAACGCCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCTTTTTTTACACTACGGTCGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAAGAATCTATTCTTTACAGTCT
GGAAAAACATGAATGCATTGCTCTTTACGGTTTAGAAAAGCATGAATGCAGAACAATTTCCTCCCATAAATAACTCATTAGGTGAATGTAATGATATGGCATAGCCTCTACAACTCTTTTATCATGGGTCATGACCGCAATCTTATTTTTGATCTCCGATGGAAAACAAAGAGAGCTTTTTTCTTATCAGATTTTGATTT
TGATCACATGGAAGTTTGGTCTGCATGAGCATCTTGGACCAGTTGTGTTTAACCTTGGATATCTACGATAGTGCCAGCCAAAACAGAGGGATAATGAAGGAGACATGATTCTTGTAGGAGATGAACCATGGCATTAAGTTCAACTGCTCAATACTCCACTGATCATTGTCGATTAAAACGTTGTTTTATTGTTTGACCGG
TATGATTCAATTTCATTTCCTATAACTTTTGTGTATTGATTTGTATGTTATGATGTAATTACAGGGGGTTCTGTAGCATTGTGCAAAACTGTTTTATTTACACTTCTGAAGAGGAATAGAAAATGACTCAAGGGGCTGTGAGCACGAAGGTTTCAGGATGATCAGAAGATATAACAATTACCCAAGAAACTTCCAAGTAG
TTCAAACCTTAAAATTTTTTGGATCCCTATGTTTCCTTGGAGACGTTATGCAGGGCATTGAATTAATTTCAGATTGTATGGTGCTTTCTGTATCATTTGGTTACAGTTCTCTTGTTACAATGCAGCCTTTTGTTTCCCAGCAATAAAACTTGATGCACACATAGCTTTCTGTATTAAGGCACTTCAAAGGAAATTTCTCA
GGCATCCAATAAAACTTGATGCACACATGGATTTTTGTATTAAGGCACTTCAAAGGTTTGGCAATACTGCATATCTTCATATTTCAGTGGCCTTCATTCA
>TRINITY_DN47770_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:TCTCAATATACATCTCACACGAAGTTTAAGAACCTTTTCCTTTTTATAAATATATCTCAATTCCATTCGATGGTGATTAGGGTTCATAGGGTTCTGGTGGATACATCGAGCCGTCTCCTCCTGGCATCTCGCTTCTCTTCTGTGCTTTCATGTTGTTTTTGCCTTTAACGTAATGGCGGCCGCGCCTGGAGAAACATGGC
ACGAGGAAGGCTAGGTACTGACCTTACAGAGGAAAATTCCATGTCTACAGAATGAAAATGTTATGTTGATGGATGGGCCGGGCAGGCAGGCTCTGTTAAAATTATATATACGTGATGTGCGATGATCCACCCCCTCTGTGCAAGAGACGCGGCTGCAATAATAAGTGGAACTTTCATCCATTCAAAATTGGTTGGTGAGC
AAGCAGCATATCAGCATACCGATAGGAATCGCCTGAGAAAATAGGCTCTCTGAGATCTAGTAGGAAATATACCAGACTCAGGTGCTTTATCTCTTTAGCATTTCACGCAAACAAAAGCTAGGTTGATGTGTTTTGGCTTACTGGAATCTGGCTTGTCTCCATGGGAAACTTAAAAAACAAGGCATCAAATCTCAGACGCA
TAAGTTTTCCTTCCAGGATGCTTGGAACAAGGTTCTTCACCCTTCCAAGATCGGCCTATCAAGATTGGCTAGCTGAAATTCCTCTTTCAAGACTGATCAGATTTACGAAAAGAAACAGATAATATATCTCTATTCATTTTTCATGGTGTCGATGACTTGCGGCTTGCCATTGGGAAGCAAAAATAAGGCTGCAGTTACGA
CGCAACATAGAAGAAGTGCACAGGCTAGGCTACATAATCATATCCACTCTATGAGTTGTTTATTAGATGAAATTGTTCTGCATTCATGCTTTTCAACCTTTTCTGGCCTTCCAGACCAGAGTCCTCCTTATGATCTTGCCCCACTGTATGGTAGGTGAATGTTGCAGACTGTCTTTGGCCATCATAACAATAGCAGGGTA
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AACAGCATGATTCAATTTCATGTATGGTGGCTTATGACATCTGCTATATTTTGATTATGCAACGCCAAATCTCGCTATTGTTTTGATGGCCAGGGGTAGTCTTTTTTTACACTACGGTCGACAATGTTAGCTAGATCCTTTGGAAGAATCTATTCTTTACAGTCTGGAAAAACATGAATGCATTGCTCTTTACGGTTTAG
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