sp|Q8GUN5|PHL1_ARATH ----> Protein PHR1-LIKE 1

Intron 1 GTCTTCCTTA ... TTCTCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.84	11	9	12
A2	40	6	5	3
A3	71.43	3	8	7
A4	31.03	10	5	4
A5	75	2	5	7
A6	27.27	4	1	2
A7	45.45	9	7	8
A8	33.33	9	1	8
A9	81.82	1	5	4
A10	57.89	8	10	12

>TRINITY_DN43941_c0_g1_i12 from sample A10 / Example spliced isoform

CAAATCTCCAACATGTTCGATCCCAAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATAT
CAAGTACATAGCACAAAACTACAGCCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGTGAATTTTTTTGTCGGTCAAACCCGTTTTATATATTCCTTTTGCCTTGGCGGGACGCCAAGGATTTTATCGCAGACACCACAGCATT
CTTGGCAGACGAGCTGAAGCTAGGGTTTCATGGCGTAACTCGAATACGCTCTGCCTCGAGTCCACAACTACCCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTC
CAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAG
GTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATT
CAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTAT
TTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAAC
AAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACT
CAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAA
GTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGCTTGAGGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAAC
AGGGAAGATGCCTACAGAAGATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAG
ATGCTTAGAGACCATAGTGTTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCAT
GATTCTCAGCTGGTTATTGTGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGAC
TGTTTTATTAATGCTGCTTAACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGA
TGATTGTCCAAGGTGTACAGTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGG
GATTTATCTAAAAGCATTCACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAAGGGTAATTTACTGTGTAGCAACACTATTCAAATTCC
ACTGAATATTGTCCAAATCTGGTAGACTGATTTTGCATTGATTTAGAAGGAATGTTTTTATGGTTTTGCGTTCAGCACTCATGGAACATAATTTGACTACCAAATGTGCACATAAAAAGTATAGTATATACTATATGCATATGTATTTAATACTAAGAAATACACTCACATCAACCCAGTATTACATTTGCAACTTTTTA
TCGCCTATAACAGCAGTACAAATAGGTGTTTAAAATCAGATTTCAAGTGTACCTTCAGATTACAGTTTGACTATTTGTTACAACTACCTGGTACAGCGATTTATCAAATTTTATGTAACTTCCAATATATATATATATACA

>TRINITY_DN43941_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

CAAATCTCCAACATGTTCGATCCCAAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATAT
CAAGTACATAGCACAAAACTACAGCCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGTGAATTTTTTTGTCGGTCAAACCCGTTTTATATATTCCTTTTGCCTTGGCGGGACGCCAAGGATTTTATCGCAGACACCACAGCATT
CTTGGCAGACGAGCTGAAGCTAGGGTTTCATGGCGTAACTCGAATACGCTCTGCCTCGAGTCCACAACTACCCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTC
CAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAG
GTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATT
CAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGgtcttccttacacctgccctgtgatttctcagcagCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCC
TTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAG
TAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATAC
ATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGG
TTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGCTTGA
GGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAAGATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTC
CCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAGTGTTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCA
TGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTGTGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCC
TTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTTAACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAG
TGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACAGTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCAT
GACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTCACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAAG
GGTAATTTACTGTGTAGCAACACTATTCAAATTCCACTGAATATTGTCCAAATCTGGTAGACTGATTTTGCATTGATTTAGAAGGAATGTTTTTATGGTTTTGCGTTCAGCACTCATGGAACATAATTTGACTACCAAATGTGCACATAAAAAGTATAGTATATACTATATGCATATGTATTTAATACTAAGAAATACAC
TCACATCAACCCAGTATTACATTTGCAACTTTTTATCGCCTATAACAGCAGTACAAATAGGTGTTTAAAATCAGATTTCAAGTGTACCTTCAGATTACAGTTTGACTATTTGTTACAACTACCTGGTACAGCGATTTATCAAATTTTATGTAACTTCCAATATATATATATATACA

Intron 2 GTATAAATCT ... TCATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.71	9	5	5
A2	37.5	5	5	1
A3	33.33	8	3	5
A4	52.38	5	8	3
A5	16.67	5	0	2
A6	0	1	0	0
A7	12.5	7	1	1
A8	0	1	0	0
A9	16.67	5	1	1
A10	33.33	10	2	8

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

GGTTGATTGGCTCCAGGCCGGTTTTTTTAGGGTCTAGAGGAGTTTGACGAGGCTGTATTTTTTGGAATGAATTTGGTTGGTCATGGATAATGAACAGCTCACCTTCTGTATGACAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAA
ACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCT
ATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGT
CTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGGTCTTCCTTACACCTGCCCTGTGATTTCTCAGCAGCATAA
TCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGA
ATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCA
CCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGC
AACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGTAAGGTCATTTGTGTTCTCACAAGTCTG
TTAGACTGCAGGCTATCACAGCTTTAAGTAGTAGAATAGACAGTCTTTGACAGCATGCTATCTACAGGGTTTTGAATACTGTGAATGTTTTCATAGCCATAAAAATGGCCTTCTTGAACAAGTTATGTTTGCTTGTGAAATAAATCTGATCAGGATTTTAACCCATATTTTTGGTGCCATATTTTATCTTTTTCTCTCCC
CATGGAAACATCTTTCTTCTCATTAGTTACCAAGTTTCCTGAAGCAAAATTGTTGCTAG

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTTGATTGGCTCCAGGCCGGTTTTTTTAGGGTCTAGAGGAGTTTGACGAGGCTGTATTTTTTGGAATGAATTTGGTTGGTCATGGATAATGAACAGCTCACCTTCTGTATGACAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAA
ACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCT
ATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGT
CTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGgtataaatctcgtctcttctgtattagggtgtttatttcc
tgagaaaaggttgtcagcttcattgtcatcatgtgcagGTCTTCCTTACACCTGCCCTGTGATTTCTCAGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTT
ATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGAT
TCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAA
GTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTG
GAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGTAAGGTCATTTGTGTTCTCACAAGTCTGTTAGACTGCAGGCTATCACAGCTTTAAGTAGTAGAATAGACAGTCTTTGACAGCATGCTATCTACAGGGTTTTGAATACTGTGAATGTTTTCATAGCCATAAAAATGGCCTTCTTGAACAAG
TTATGTTTGCTTGTGAAATAAATCTGATCAGGATTTTAACCCATATTTTTGGTGCCATATTTTATCTTTTTCTCTCCCCATGGAAACATCTTTCTTCTCATTAGTTACCAAGTTTCCTGAAGCAAAATTGTTGCTAG

Intron 3 GTATAAATCT ... GATTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.11	11	5	11
A2	36.36	7	5	3
A3	57.14	3	3	5
A4	42.86	10	8	7
A5	50	2	0	4
A6	11.11	4	0	1
A7	18.18	9	1	3
A8	28	9	0	7
A9	50	1	1	1
A10	46.67	8	2	12

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

CCAAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATATCAAGTACATAGCACAAAACTAC
AGCCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGTGAATTTTTTTGTCGGTCAAACCCGTTTTATATATTCCTTTTGCCTTGGCGGGACGCCAAGGATTTTATCGCAGACACCACAGCATTCTTGGCAGACGAGCTGAAGCTA
GGGTTTCATGGCGTAACTCGAATACGCTCTGCCTCGAGTCCACAACTACCCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTC
GAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGG
ACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCC
CTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCT
CAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTG
GGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAA
CAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCAT
ATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGCTTGAGGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAA
GATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAATG
TTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTG
TGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTT
AACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACA
GTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTC
ACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAA

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTTGATTGGCTCCAGGCCGGTTTTTTTAGGGTCTAGAGGAGTTTGACGAGGCTGTATTTTTTGGAATGAATTTGGTTGGTCATGGATAATGAACAGCTCACCTTCTGTATGACAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAA
ACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCT
ATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGT
CTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGgtataaatctcgtctcttctgtattagggtgtttatttcc
tgagaaaaggttgtcagcttcattgtcatcatgtgcaggtcttccttacacctgccctgtgatttctcagCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTT
ATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGAT
TCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAA
GTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTG
GAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGTAAGGTCATTTGTGTTCTCACAAGTCTGTTAGACTGCAGGCTATCACAGCTTTAAGTAGTAGAATAGACAGTCTTTGACAGCATGCTATCTACAGGGTTTTGAATACTGTGAATGTTTTCATAGCCATAAAAATGGCCTTCTTGAACAAG
TTATGTTTGCTTGTGAAATAAATCTGATCAGGATTTTAACCCATATTTTTGGTGCCATATTTTATCTTTTTCTCTCCCCATGGAAACATCTTTCTTCTCATTAGTTACCAAGTTTCCTGAAGCAAAATTGTTGCTAG

Intron 4 GTTTTGTTTA ... TCACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.32	14	5	1
A2	14.04	24.5	4	0
A3	13.33	13	2	2
A4	31.25	11	5	2
A5	0	6	0	0
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A8	0	7	0	0
A9	0	10	0	0
A10	0	21.5	0	0

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

GGTTGATTGGCTCCAGGCCGGTTTTTTTAGGGTCTAGAGGAGTTTGACGAGGCTGTATTTTTTGGAATGAATTTGGTTGGTCATGGATAATGAACAGCTCACCTTCTGTATGACAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAA
ACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCT
ATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGT
CTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGGTATAAATCTCGTCTCTTCTGTATTAGGGTGTTTATTTCC
TGAGAAAAGGTTGTCAGCTTCATTGTCATCATGTGCAGGTCTTCCTTACACCTGCCCTGTGATTTCTCAGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTT
ATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGAT
TCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAA
GTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTG
GAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGTAAGGTCATTTGTGTTCTCACAAGTCTGTTAGACTGCAGGCTATCACAGCTTTAAGTAGTAGAATAGACAGTCTTTGACAGCATGCTATCTACAGGGTTTTGAATACTGTGAATGTTTTCATAGCCATAAAAATGGCCTTCTTGAACAAG
TTATGTTTGCTTGTGAAATAAATCTGATCAGGATTTTAACCCATATTTTTGGTGCCATATTTTATCTTTTTCTCTCCCCATGGAAACATCTTTCTTCTCATTAGTTACCAAGTTTCCTGAAGCAAAATTGTTGCTAG

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAGTGAGTTGTGTGTTTCTTATTGCTTTGCTTTACCTGGTATGAAATTTGTGATATATTCATAGACTGTTTTTGGCATGCAGGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGgttttgtttatgatgaggctgctgtctgtctgtaatttgt
cttactcattttcttgatgattcatacacatgcctgttaacctgcatgtctttcacatgcagAAGTATCGGATGGCCAG

Intron 5 GTGTTTGTAC ... ATTGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	7	0	0
A2	22.58	24	0	7
A3	9.09	20	0	2
A4	18.18	18	0	4
A5	0	3	0	0
A6	18.18	18	0	4
A7	16	21	0	4
A8	25	9	2	3
A9	30	14	0	6
A10	8.33	11	0	1

>TRINITY_DN46127_c5_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

AAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATATCAAGTACATAGCACAAAACTACAG
CCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGTGAATTTTTTTGTCGGTCAAACCCGTTTTATATATTCCTTTTGCCTTGGCGGGACGCCAAGGATTTTATCGCAGACACCACAGCATTCTTGGCAGACGAGCTGAAGCTAGG
GTTTCATGGCGTAACTCGAATACGCTCTGCCTCGAGTCCACAACTACCCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGA
GGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGAC
ATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCT
CTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGGTCTTCCTTACACCTGCCCTGTGATTTCTCAGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATT
TCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTT
CCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTC
TCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGT
CATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGCTTGAGGTCCAAAGAAATTTACAATTGCA
AATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAAGATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGAT
ACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAATGTTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGA
TGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTGTGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAA
AAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTTAACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTC
CGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACAGTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATT
AATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTCACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAAGGGTAATTTACTGTGTAGCAACACT
ATTCAAATTCCATTGAATATTGTCCAAATCTGGTAGACTGATTTTGCATTGATTTACAAGGAATGTTTTTATGGTTTTGTGTTCAGCACTCGTGGAACATAATTTGACTACCAAATGTGCACATAAAAAATATACATATGTATTTAATACGGAGAAATACACTCACATCAACCCAGGAATATATTTGCAACTTTTTATTG
CCTGTAACAGCAATACAAATATGTGTTTAAAATCGGATTTCAAGTGTACCTTCAGATCTGAGTTTGACTGTTTGTTACAGCTGCCTGGTACAGTGATTTATCAAATTTTATGTAACTTCCAGTCTTCCACTTGATATCTACCATGAGTCTATGATTTTTCAAATTTTCAATGTGAATGTTCATTGTTCAATGAATCATTG
AATTTAGAATTATGAATCATGATTCATAATTTATGAAGAAATCTAAAATATGCATGTATAATGTGACTATGACATGTTATATATATATAGTATCCCCGACATACCCAAGTACCCTCTTTCAAAAAGTGGTGTCCCCGTCCTCGCACCCGTCTCGCACCCACGTTTCCTGGCAACCTAGCTTAAAACAGATAATAGAACAC
TAATAAAAATATGGATCAGTTGGAAATCAGGAGATCCATTTTTCAAAATGGCATT

>TRINITY_DN46127_c5_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TTGTTCAATTCTGTGTTCTTTGTGTGGCATACAAGAAGCTGATTCCAAATGTGATCCCAGGTTGTGCTGGATGTAGATTTTTCAATTTTAATTCACAACTCTTATATGCTTTAGCTTTTTTGGTTAATGTAACAGGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGC
TTGAGgtgtttgtacttctatagagtgatgattatcttgcagttatgagaatataattatgtttattgagttgtgaatgtaagtatattatatgcttgagctctttaaactctagtcaattaagcctatgttttatattggtgcagGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAAG
ATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAATGT
TTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTGT
GCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTTA
ACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACAG
TGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTCA
CAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAAGGGTAATTTACTGTGTAGCAACACTATTCAAATTCCATTGAATATTGTCCAAATCT
GGTAGACTGATTTTGCATTGATTTACAAGGAATGTTTTTATGGTTTTGTGTTCAGCACTCGTGGAACATAATTTGACTACCAAATGTGCACATAAAAAATATACATATGTATTTAATACGGAGAAATACACTCACATCAACCCAGGAATATATTTGCAACTTTTTATTGCCTGTAACAGCAATACAAATATGTGTTTAAA
ATCGGATTTCAAGTGTACCTTCAGATCTGAGTTTGACTGTTTGTTACAGCTGCCTGGTACAGTGATTTATCAAATTTTATGTAACTTCCAGTCTTCCACTTGATATCTACCATGAGTCTATGATTTTTCAAATTTTCAATGTGAATGTTCATTGTTCAATGAATCATTGAATTTAGAATTATGAATCATGATTCATAATT
TATGAAGAAATCTAAAATATGCATGTATAATGTGACTATGACATGTTATATATATATAGTATCCCCGACATACCCAAGTACCCTCTTTCAAAAAGTGGTGTCCCCGTCCTCGCACCCGTCTCGCACCCACGTTTCCTGGCAACCTAGCTTAAAACAGATAATAGAACACTAATAAAAATATGGATCAGTTGGAAATCAGG
AGATCCATTTTTCAAAATGGCATT

Intron 6 GTCTTCCTTA ... GATTTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	48.84	11	9	12
A2	36.36	7	5	3
A3	71.43	3	8	7
A4	31.03	10	5	4
A5	75	2	5	7
A6	27.27	4	1	2
A7	45.45	9	7	8
A8	33.33	9	1	8
A9	81.82	1	5	4
A10	57.89	8	10	12

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

CCAAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATATCAAGTACATAGCACAAAACTAC
AGCCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGTGAATTTTTTTGTCGGTCAAACCCGTTTTATATATTCCTTTTGCCTTGGCGGGACGCCAAGGATTTTATCGCAGACACCACAGCATTCTTGGCAGACGAGCTGAAGCTA
GGGTTTCATGGCGTAACTCGAATACGCTCTGCCTCGAGTCCACAACTACCCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTC
GAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGG
ACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCC
CTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCT
CAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTG
GGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAA
CAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCAT
ATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACATGAACAGCTTGAGGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAA
GATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGTCTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAATG
TTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAATGATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTG
TGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATATATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTT
AACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAAAAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACA
GTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTCATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTC
ACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTTTAGTTTTCAAA

>TRINITY_DN112088_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTTGATTGGCTCCAGGCCGGTTTTTTTAGGGTCTAGAGGAGTTTGACGAGGCTGTATTTTTTGGAATGAATTTGGTTGGTCATGGATAATGAACAGCTCACCTTCTGTATGACAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAA
ACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGATCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCT
ATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGAGTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGT
CTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGTTATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGgtcttccttacacctgccctgtgatttctcagCAGCATAA
TCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTGGGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGA
ATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCTGAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCA
CCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGGTGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGC
AACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATGAATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGTAAGGTCATTTGTGTTCTCACAAGTCTG
TTAGACTGCAGGCTATCACAGCTTTAAGTAGTAGAATAGACAGTCTTTGACAGCATGCTATCTACAGGGTTTTGAATACTGTGAATGTTTTCATAGCCATAAAAATGGCCTTCTTGAACAAGTTATGTTTGCTTGTGAAATAAATCTGATCAGGATTTTAACCCATATTTTTGGTGCCATATTTTATCTTTTTCTCTCCC
CATGGAAACATCTTTCTTCTCATTAGTTACCAAGTTTCCTGAAGCAAAATTGTTGCTAG

Intron 7 GTGAATTTTT ... ACTACCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	4	10	6
A2	63.64	6	17	4
A3	46.34	11	16	3
A4	61.29	6	11	8
A5	73.33	2	8	3
A6	100	0	2	3
A7	71.43	1	2	3
A8	50	2	2	2
A9	45.45	3	4	1
A10	87.23	3	36	5

>TRINITY_DN46127_c5_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

AAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATATCAAGTACATAGCACAAAACTACAG
CCGCAACCCAACTACCAAAAGCACATGTCTACCGTAGGATTTAAATATTGTTTCGCAGCATGGACGACGGGGCCAGCCTCCAATCCAGGATCGTTTATTCACCCATGCTCGAGGGCCATAATAAGCAGAGACTTTTGTTTTTGGTTGGATTTTTGCTACTTACATTGACGAAACAGCTTTTATTCTGGGCCGATGGATGA
TCCGAGAGATTCCAGAGGCTTCAGTCGAGTTCTCGAGGAGATTCTGGGTTTTGCTACTTACATGAACAATAGCTGAAGCCTAAGCAGAATCCAAGAGATACAATTGGACGTGTCCTGAATGCGTGTTACAAGCATTGCAGAGCTTGGGTTTATTGATAGAAATTCTGGGCCTATAAGCAAGGTGGATTTATCAAGGAGGA
GTTTGGATAGAGGTGCAAGTGTTTGGAGGAGCGGACATCTTATTTTGAAGTATAGTGCTGCAGGATTACATGCCCTTGGTAGCGACTGGGCTCTATGTTAGATTAAATGGATTGCCAAGTGAATGATATTCCATCCCTTGATGGGGTAGCAATGAGGACCTCCACTTCTGGTCTTCCTTCCCAAGCTTTCAGTTCTGGGT
TATCACAGAATTCAAATTTTATTCAGAAGGTTCCCTCTTGTTCAATGTCCCCTATTCTATCATCTTGCTGCCCCAAGGTACCAAATCTGGAGCTGCTGTCTCTGGAGAAGGAGATGAACTGCAACTCCATGGGTCTTCCTTACACCTGCCCTGTGATTTCTCAGCAGCATAATCAGCTTGATAGCCAGCAAAATCAACTG
GGCAGCCATTCCTTCGTCCACCATGCTCCAAAGATTTCCAGTCCTATTTCTGTTATGCAGTCTTCTCAACTAGGATGCTTACAGCCTGCATTTTATGGTAATTCTAGGGAACAGAACAATAAGGACAGCTGGTCAGGATACCCATCCCAAGATGTTTTAGATATCTCTGAGAATGCCTCACAATGTAGCCAAAGGAATCT
GAATGTTGCTAGTAATGGGATGGTTTCAGAAGACTTCCATGCTAAACAAAATGACTGGCAGGCTTGGGCAGAACAATTAGTTTGTTATAAAGATTCTCTTGCTCCTAGTTGGACTGAACCCCTTATGGATGAGAACATTCAAGACCCTGGGCTAAAAGCAATCTACCATGCACCTAAGCCTGCAACTACAGATTGTGTGG
TGCATGAAATACATGGACAGCAGCATTACACAGCTCTCTCTGAAACTCAAATGGGTGTCAGCTTAACAGTGTCTGAAACTGGGGTTCCTCACAAGTCTCGTATGAGATGGACTCCTAACATTCATGAGAATTTTCTGGAATGTGTTAATCAGCTAGGTGGTATTGATAGAGCAACGCCAAAGGGCATCTTAAAGCTCATG
AATGTGGAAGGGTTAACAATTTACCATGTCAAAAGTCATTTGCAGAAGTATCGGATGGCCAGTCATATTCCAGATACTGTAAGAGGGAATTCTGGAAAAGCAAGGATTTCTGCTGATATTTTGCCATCATTGGACATGAAAACGGGATTTCAAATTACAGAGGCATTACGGTTACAAATGGAGGTTCAGAAGCAATTACA
TGAACAGCTTGAGGTCCAAAGAAATTTACAATTGCAAATAGAAGAACAGGGAAGATGCCTACAGAAGATGTTTGAAGAGCGACAGAAAGCAGGTTGCTTAGTTAAGACTCCTCAGCCATCTTCTGGAGATCCCTCTTGTCAGTCATCTGAGACTATTCTTTCTCCTCCAAATTTGGAGGAAACAAAAGGGAAAAGTGAGT
CTGAGATACCTCCCATTTCTGACTTAGTTGATGGATACGATTCACAGATGCTTAGAGACCATAATGTTTCAAACTTTGGAGGAGAAGGTGAAAAACCATATCACAAGTCAACCCCAGTTTCAGAAGGGATATCACCACCAATGAAACGAGTTAGACACATGAATAATTTAGATCACTAGTCCAGAGGCCTATGTGTAAAT
GATATTTAGTCATGTCTTGAATCTGTATTGTATGGATGGATATCCATGATTCTCAGCTGGTTATTGTGCACGAACTGTTTTCCAAAGTTGTAAATGGAATAATATTTCAAAGCCCAACTTCAGTATCACTTGGGAAGGCTTGATCTTCATACTGCGGAGGTATATGGCAATGGAGAAATTCTATGAGGTTCATTGCATAT
ATGCAATTTCCCTTCTTCCAATTCTTTTGGAAGTAAAAGGTCTAGACTGTTTTATTAATGCTGCTTAACACACAGGAAGAACATCTCTTGTGAAAAAACATCAGTGCCCTCGTTCACAATTTACAAGACATTGAAGGGTCCTCACCCACTATTTATCTGCCTTCCAAATCTTTTTGAAAGTCAATGTGAGGCCATTTGAA
AAGCATCAGTAGTGGCCTCCTTTTACAGGAGGTTTCCGAGGTCAGGATGATTGTCCAAGGTGTACAGTGAATAGCATCCTTGATCCTGAAGTTGTTGATGATCATCAATATGATAGAAAAGTTACATTGTGATGGTACATTTCTGCCACAATGTTCTCCACTCATGCAAGGGAGAGGTTTCTACCCTATTTTTAATCCTC
ATCGATTGCCATGACTTAATCTTTCTCAGGGAGATTAATAGCAAGGGGATTTATCTAAAAGCATTCACAGATAAGTTTCTTTTGTGCTAAAAGAGTTAGTTATGGACTGTAGAAAAGAATATAATATGCTTTTCATATTAAATAAATAATGCAAACAATGGACGTGAGCCAGTCTCTAAGCTTACGACTCCTAGAGATTT
TAGTTTTCAAAGGGTAATTTACTGTGTAGCAACACTATTCAAATTCCATTGAATATTGTCCAAATCTGGTAGACTGATTTTGCATTGATTTACAAGGAATGTTTTTATGGTTTTGTGTTCAGCACTCGTGGAACATAATTTGACTACCAAATGTGCACATAAAAAATATACATATGTATTTAATACGGAGAAATACACTC
ACATCAACCCAGGAATATATTTGCAACTTTTTATTGCCTGTAACAGCAATACAAATATGTGTTTAAAATCGGATTTCAAGTGTACCTTCAGATCTGAGTTTGACTGTTTGTTACAGCTGCCTGGTACAGTGATTTATCAAATTTTATGTAACTTCCAGTCTTCCACTTGATATCTACCATGAGTCTATGATTTTTCAAAT
TTTCAATGTGAATGTTCATTGTTCAATGAATCATTGAATTTAGAATTATGAATCATGATTCATAATTTATGAAGAAATCTAAAATATGCATGTATAATGTGACTATGACATGTTATATATATATAGTATCCCCGACATACCCAAGTACCCTCTTTCAAAAAGTGGTGTCCCCGTCCTCGCACCCGTCTCGCACCCACGTT
TCCTGGCAACCTAGCTTAAAACAGATAATAGAACACTAATAAAAATATGGATCAGTTGGAAATCAGGAGATCCATTTTTCAAAATGGCATT

>TRINITY_DN46127_c5_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAGGTGAAAGGACGAGTTAATCCTGGGTTTAGCTAAAATAGGAAAGCGTTGACAAAATTATATGAGTTCCGTCCACCGGATGGCAATGGCGACGTGGATGTTACAGGAATTCGGACCAAAAATGGCTTAGACATGCAGCAGAAGAATCTATGTCAATGGGGAACAAGACAATATATCAAGTACATAGCACAAAACTACAG
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