sp|Q8W4R9|WTR35_ARATH ----> WAT1-related protein At4g19185

Intron 1 GTTGTGAATT ... TCCGCCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5	5
A2	40	3	9	2
A3	66.67	1	1	2
A4	85.71	1	5	6
A5	-1	0	0	0
A6	76.6	11	11	36
A7	88.24	6	12	45
A8	72.73	15	14	40
A9	93.22	4	11	55
A10	93.42	5	5	71

>TRINITY_DN42789_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GTCTACGGTTCGAACTCACTCCTCTGTGCCCTTGTTGCGCTCCATCAATGGTTCTGGAACCTCCATCTATATAACCGTTGGCGTTAGCTTGCTCTTCATTCAAGTTCAAGGATCTCAACATACAATTGTAATTTCGGCATATTTTTTAAGAGATGGCTTTCACAAGATATTGTATCCGTGCTTTTGTCACACCGAGCTGA
TTGAAGATCAGCATTGCGAAATGGAGTTTGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGAAGCTATAGAGGAGGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGAATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAGTGGATAAATACGTGAATGGACTTGGAAACCATTCCTGTAGCAGAAATTGGTTCAACAGAGGAGACAAATAAAGTGGAAACTT
CTAAGAACATGC

>TRINITY_DN42789_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCTACGGTTCGAACTCACTCCTCTGTGCCCTTGTTGCGCTCCATCAATGGTTCTGGAACCTCCATCTATATAACCGTTGGCGTTAGCTTGCTCTTCATTCAAGTTCAAGGATCTCAACATACAATTGTAATTTCGGCATATTTTTTAAGAGATGGCTTTCACAAGATATTGTATCCGTGCTTTTGTCACACCGAGgttg
tgaattgcaacgatgcctgtgttttttccttatccgtgtcctttgccctttgtttactgcttatgtgctttacttcttatgtgcctgctttactgcttttgagtctgcttttcttgttttatttttcgtcctatgtaacttgatattttcttttttgttttctgctttctattgttaggtaatttgtttattgattttct
gctggtttcctcttgaatctatggttttatgtgacgctttttgtattccattttgcttctccggtttcctctggcgctgtgtatttcatttttctcattatgtatgtttcttgattttgaaagatccgcatgtatttttttaagaaatttcacagtgagagagtaaaccttctatgtgtttgaattccttgaatatttac
gattccgccgtagCTGATTGAAGATCAGCATTGCGAAATGGAGTTTGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGAAGCTATAGAGGAGGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGAATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAGTGGATAAATACGTGAGTAATATTTCTCACCCGATCAGTTTTTTAAACAGTGTAGCAGTTAGAGAC
TAATATTGAATTCATAATAGAATAATTGTGTTTAGACAAAAATCTTTTTATCCTTTAATCTCTTTGCATTTTCACCATGTAATTTGAGGAGGAGAAACGTAATTTGTTCTGTTGCTTCTTCTTTTGATACTAAATGCGATGAGATCTGTGGTTTTTGGGGCATATTAACTTGAGAAACTGTAGAAAATGTCCGTGAATCT
ATAATGTAAATTAGGAATCAGGGTTAATATTTATATGTTTCGTGGTGATGTGCTAATTAAAGCCAAAATCGCTTGAAGCGGGAAGGCATCTCGAAAATTGAACTTGTGACCTACGCT

Intron 2 GTTAGGCAAA ... TTAATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	1	4	1
A2	100	0	1	1
A3	80	1	1	7
A4	33.33	1	1	0
A5	42.86	2	3	0
A6	53.33	14	20	12
A7	53.85	18	20	22
A8	55.32	21	28	24
A9	43.93	30	33	14
A10	43.59	22	20	14

>TRINITY_DN45227_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

CACTCCTCTGTGCCCTTGTTGCGCTCCATCAATGGTTCTGGAACCTCCATCTATATAACCGTTGGCGTTAGCTTGCTCTTCATTCAAGTTCAAGGATCTCAACATACAATTGTAATTTCGGCATATTTTTTAAGAGATGGCTTTCACAAGATATTGTATCCGTGCTTTTGTCACACCGAGGTTGTGAATTGCAACGATGC
CTGTGTTTTTTCTTTATCCGTGCCCTTTGCGCTTTGTTTACTTCTTATGTGCCCACTTTACTATGTTTGAGTCTGCTTTTCTTGTTTTGTTTTTCGCCATATGTAACTTTTCTTGATATTTTGTTTTTTGTTTTCTGCTTTCTATTGTTAGGTAATTTGTTTATTGGTTTTCTTCTGGTTTCCTCTTGAATCTATGGTTT
TATACGACTCTTTTTGTATTTCATTTTGATTCTCCGTTTGTATTTCATTTTTCTCATTATGTTTCTTGATTTTGAAAGATCCACATGTATTTTTTAATGGAATTTCACAGTGAGAGAGTAAACCTTCTATGTGTTTGAATTCCTTGAATATCTACGATTCCGCCGTAGCTGATTGAAGATCAGCATTGGGAAATGGAGTT
TGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGATAAACAAATCGTTCCTTTGTCTGTTAAAGGATTCGTTTAGTTTATTGTCGAAACCAGAAGCTAAGGGATGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGGATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAGTAGATAAATATGTAGCAGTGTAGCAATTATATAATTATATTGAATTCATAATAG
AATAATTGTGTTTAGAACAAAATATTTTTATCCTTTAATCTCTTTGCATTTTAAATATTGCTTGAAATTTGCTGTGTTTCCCGGCACTTTCATTGTTGTTCCCTTCCCAGAATTTTTTCCTTCTTCACAACATGAGTTGAGTTGCCAATTACGGCGATCAGAAACCAAAGGCCTGAAAAAGTAGAGATTCCCAGGCCTTA
ATGCCTCACACGTATTAGCAAGGCATGTGTACAACGGCCAGGAGCGTTCGTGGAAAGCTGCATGATGTTGAATGCAGGAGTTCGACAATTGTATTTGTTTATTAATGCATGGAGGGATATGTAGTGTGTATACTATTCAGGAAGAGACGTGGGAATGCACAAATTACATTTGAGTGGATAGCTACTTTCGAGGAATCGAT
CCCTATACAGACAGTCGGCATCATCAGCTCAGTGGAATCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAAAACCAGAAAAATATTTTCCCATATTGCAGTCCCCAGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCAGATGGACTGTTTTGGATAAGTGTTGAAGTGCATCTCGAGCAATTTCCTTTTTAATATTTAAT
CATTGCTCCTATTTTCCTTTCCATTTGTTCAGTAAAGAACCTCTGCAATCTCATTTTATAAATTTACATTTTTATTAATGGTGGATAAATTTCATCATGAAGGAAATGTTGCCATTTTTTGTTGTAAATGTTCTATCACTGCTTCTTCAAAAAAAAAATTGAAGCATATTGATAGTATTCTACTCTTGTTGATGCTCGAA
CTCCATTTTCAGCTGTGTCACTTTAAAATAGTGGGTGCACCCTGTGTAGAATAGAGGGGCACTATCAAAATTAATAATCAGTAATGAGAAAAGAACTGATGCGACTCC

>TRINITY_DN45227_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CACTCCTCTGTGCCCTTGTTGCGCTCCATCAATGGTTCTGGAACCTCCATCTATATAACCGTTGGCGTTAGCTTGCTCTTCATTCAAGTTCAAGGATCTCAACATACAATTGTAATTTCGGCATATTTTTTAAGAGATGGCTTTCACAAGATATTGTATCCGTGCTTTTGTCACACCGAGGTTGTGAATTGCAACGATGC
CTGTGTTTTTTCTTTATCCGTGCCCTTTGCGCTTTGTTTACTTCTTATGTGCCCACTTTACTATGTTTGAGTCTGCTTTTCTTGTTTTGTTTTTCGCCATATGTAACTTTTCTTGATATTTTGTTTTTTGTTTTCTGCTTTCTATTGTTAGGTAATTTGTTTATTGGTTTTCTTCTGGTTTCCTCTTGAATCTATGGTTT
TATACGACTCTTTTTGTATTTCATTTTGATTCTCCGTTTGTATTTCATTTTTCTCATTATGTTTCTTGATTTTGAAAGATCCACATGTATTTTTTAATGGAATTTCACAGTGAGAGAGTAAACCTTCTATGTGTTTGAATTCCTTGAATATCTACGATTCCGCCGTAGCTGATTGAAGATCAGCATTGGGAAATGGAGTT
TGAACCATTTTGGAGGAGGCCAGATAAACAAATCGTTCCTTTGTCTGTTAAAGGATTCGTTTAGTTTATTGTCGAAACCAGgttaggcaaagaaaactgaaaaagatcatgttgtaattttaaaagtcaatatatgatatattttttaaatttatgttattatatctctaggactaaaatctaattaaaagtatacatta
tttcttaattgtagAAGCTAAGGGATGCTTTTGATTGAAGGAGACGCTACAGCGGATTGCGGATTGTTATTTAGTGCAGTAGATAAATATGTAGCAGTGTAGCAATTATATAATTATATTGAATTCATAATAGAATAATTGTGTTTAGAACAAAATATTTTTATCCTTTAATCTCTTTGCATTTTAAATATTGCTTGAAA
TTTGCTGTGTTTCCCGGCACTTTCATTGTTGTTCCCTTCCCAGAATTTTTTCCTTCTTCACAACATGAGTTGAGTTGCCAATTACGGCGATCAGAAACCAAAGGCCTGAAAAAGTAGAGATTCCCAGGCCTTAATGCCTCACACGTATTAGCAAGGCATGTGTACAACGGCCAGGAGCGTTCGTGGAAAGCTGCATGATG
TTGAATGCAGGAGTTCGACAATTGTATTTGTTTATTAATGCATGGAGGGATATGTAGTGTGTATACTATTCAGGAAGAGACGTGGGAATGCACAAATTACATTTGAGTGGATAGCTACTTTCGAGGAATCGATCCCTATACAGACAGTCGGCATCATCAGCTCAGTGGAATCTCCAATTGACCCTAAAGGCTAAAACCAG
AAAAATATTTTCCCATATTGCAGTCCCCAGAGAGCCTATCAGCTGGTTCTTCACGTGGAAAAGCCATGGCAGATGGACTGTTTTGGATAAGTGTTGAAGTGCATCTCGAGCAATTTCCTTTTTAATATTTAATCATTGCTCCTATTTTCCTTTCCATTTGTTCAGTAAAGAACCTCTGCAATCTCATTTTATAAATTTAC
ATTTTTATTAATGGTGGATAAATTTCATCATGAAGGAAATGTTGCCATTTTTTGTTGTAAATGTTCTATCACTGCTTCTTCAAAAAAAAAATTGAAGCATATTGATAGTATTCTACTCTTGTTGATGCTCGAACTCCATTTTCAGCTGTGTCACTTTAAAATAGTGGGTGCACCCTGTGTAGAATAGAGGGGCACTATCA
AAATTAATAATCAGTAATGAGAAAAGAACTGATGCGACTCC