sp|Q9SMY8|FBL15_ARATH ----> F-box/LRR-repeat protein 15
Intron 1 GTATGATTCT ... TGTTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.61 | 319 | 10 | 59 |
| A2 | 11.34 | 211 | 5 | 27 |
| A3 | 17.84 | 304 | 10 | 66 |
| A4 | 17.63 | 243 | 9 | 52 |
| A5 | 20.78 | 122 | 1 | 32 |
| A6 | 24.4 | 189 | 1 | 61 |
| A7 | 15.51 | 316 | 2 | 58 |
| A8 | 15.25 | 200 | 0 | 36 |
| A9 | 18.84 | 237 | 2 | 55 |
| A10 | 16.19 | 264 | 0 | 51 |
>TRINITY_DN100178_c2_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformTATATATATGCCGTTTCCCCCTGTAGTCATATCTGTTTCTGTATCCGCTTCAGTGCAACTTAGATCAATAGTGATTTTATTTCTACCTTATGGAATTCTATTAATTCTAATATAATACAGAAGTTAGAGCATGCATCAAGTTAAATGCTTTGTCTATGTAGGAGTCTTGTGCAGTAGAACTTGTTTTTGATGATGTTTTG
ATGGATGAACCCATGTGATTCCTTCTTTGCTTGAACGTAGATATTTGCTGAAGGTCAACCTAACTAGAGTGGATTTTATAGGTTCTGGTTCGATTTTGTAATTTAATATTTTGTAATATAGGTTTTGAACCTTGAAGCAGTTGTTTCTATATTTCGTCATCTATTTATTCATCAATTATTATTTTTTATTGTGAACATGA
TCTATAGTTGTTTTATTTTTACCTTTTCAAGTTCTGCAATGTTGGTGCACTGATAATCCAATATTATTTACAGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCA
TCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATGGAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCG
GGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGGGAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAG
GGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTA
AGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCT
TCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCC
TCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTT
GACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCT
CCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTG
ATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGT
TGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAA
TATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAA
TTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTT
GAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTC
GATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGAGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTT
GAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGT
TCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGC
>TRINITY_DN100178_c2_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGGTAAAATCTGGTTAGCTTTCAAATATTTCAGCTTACTTATTGCATTTTAAAGTTATTGCTAAGAAGCATGTGGATTGTAATAGCTAAAGCTGACTGGAACTTTTTGCAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATAT
AAGCCTTGTCCATTGCAAAAAgtatgattctgttcttttgtatgtacatgcattgagaaaaataacaaaaataggatgctaaaggtttagttgtcggccaccactgatatctaaatatattgttgttctacagATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTT
AACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTG
TGAG
Intron 2 GTTAGTAATC ... TGCAAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.35 | 406 | 55.5 | 52 |
| A2 | 11.01 | 283 | 51.5 | 35 |
| A3 | 8.37 | 334 | 60.5 | 30.5 |
| A4 | 9.68 | 280 | 42 | 30 |
| A5 | 5.88 | 160 | 33.5 | 10 |
| A6 | 11.84 | 1581 | 226 | 212.5 |
| A7 | 10.48 | 1417 | 254 | 166 |
| A8 | 11.55 | 1971 | 313 | 257.5 |
| A9 | 11.13 | 1209 | 197 | 151.5 |
| A10 | 12.01 | 850 | 135 | 116 |
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATAGGTCCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCC
AATTTTATCGCCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAG
AATTCTCGGCGGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGG
GCCAGCTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTA
GCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGAC
GATGAAATGGAACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAA
GGTGCATTGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATG
GAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGG
GAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAG
CATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCAT
CTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTG
ACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCT
GGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCT
GCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTT
CAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCAT
GATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATG
CTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAAT
ACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAA
GGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTT
CTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGC
TGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTA
CAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTG
GAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCATCTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTAC
TCATGAGCGGGCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAAAGAGTTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAGCACTCTA
TTTTTTACAGTCCACTTGAAGTAAATTATCAATTTAGTAAATAGGCGGC
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCAAGAAGACTTTTCGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCTCAAAATCACCCGGGAACAAGGTATATACTTTCTTACTTTGATTGTAGAGAGGAAATGAAACAAGCTTGATTACTCATTAATCAACTATTTGGACAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATG
TTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACAT
GATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCC
ATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTG
CCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACA
TCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGT
GCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAG
CTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTT
TTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATA
TGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTG
ATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGT
CCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGTATGGTTACAGATTAGTAATTCTTGTTATTTGATTCTTACCAATATTATGACTGAAATAGTTTTATGTGACCATGTGTTAACAATGTAAGGTTCTGCACCTCCATTTTTATGTTGTGCAAATAATATTTTCCCATTTGCTTT
CAGGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGgttagtaatcatgtagaaggcgttctacataatctataggtttattatctgttatgagataaatatggtctatattattctgactaatagccttgttttgcaaaatagat
ttcttcaacaggcaacaatatataggtttagtatctgttatgagataaatatggtctatattattctgactaatagccttgttttgcaaaatagATTTCTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATAT
GAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAA
ATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTG
ATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCAT
CTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTACTCATGAGCGGGCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAA
AGAGTTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAGCACTCTATTTTTTACAGTCCACTTGAAGTAAATTATCAATTTAGTAAATAGGCGGC
Intron 3 GTTAGTAATC ... TGCAAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.82 | 406 | 85.1 | 19.8 |
| A2 | 21.16 | 283 | 79.8 | 15.5 |
| A3 | 21.6 | 334 | 97.7 | 10.3 |
| A4 | 18.21 | 280 | 64.9 | 9.2 |
| A5 | 23.86 | 160 | 53.5 | 2.7 |
| A6 | 18.11 | 1581 | 367.3 | 60.5 |
| A7 | 21.41 | 1417 | 409.3 | 48.2 |
| A8 | 19.65 | 1971 | 509 | 70.8 |
| A9 | 19.92 | 1209 | 317.3 | 42.1 |
| A10 | 19.62 | 850 | 219 | 33.6 |
>TRINITY_DN111796_c5_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTGATGAGTATCAAAACTATATTTGTATCTCTGGATATATCATGGATATTGAACAATTGTATGTTAGCTATCAGCAAATGGGATACTTGTATTTTATCAATTTTTTACAAAACTGAAAATAATGTACAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACT
CCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGG
CTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTA
AACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGT
CTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCAT
CATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCT
ACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCT
CATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATA
ACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTT
TCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGT
TCGTCTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAG
ATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGG
TTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCC
TGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCATCTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAA
CTATATAATCTGTAATTTACTCATGAGCGGGC
>TRINITY_DN111796_c5_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTACTTGCCGAAATTAGTGATATTATGTGTTCAGTCTGTTTCAGTGATGAAGCCTCTTTAGTGCTTGTTTTCTGAGATGTTAGTGAATCAAGTTACAACATAATGAGCTTGCACTTTTTTTTCCATTGTGCATACTGCAGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATT
GATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAG
GAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTG
CAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTT
AGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGgttagtaatcatgtag
aaggcgttctacataatctataggtttattatctgttatgagataaatatggtctatattattctgactaatagccttgttttgcaaaatagATTTCTTCAACAGGCAACAATATATAGGTTTAGTATCTGTTATGAGATAAATATGG
Intron 4 GTATGGTTAC ... TTGCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.66 | 319 | 37 | 6 |
| A2 | 8.87 | 266 | 28 | 5 |
| A3 | 6.25 | 312 | 22 | 4 |
| A4 | 7.88 | 234 | 21.5 | 7 |
| A5 | 4.94 | 155 | 8.5 | 5 |
| A6 | 5.15 | 1449 | 83 | 7 |
| A7 | 4.57 | 1420 | 71 | 10 |
| A8 | 5.45 | 1678 | 102.5 | 4 |
| A9 | 4.83 | 1134 | 60 | 4 |
| A10 | 5.86 | 855 | 56.5 | 1 |
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATAGGTCCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCC
AATTTTATCGCCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAG
AATTCTCGGCGGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGG
GCCAGCTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTA
GCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGAC
GATGAAATGGAACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAA
GGTGCATTGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATG
GAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGG
GAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAG
CATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCAT
CTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTG
ACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCT
GGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCT
GCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTT
CAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCAT
GATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATG
CTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAAT
ACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAA
GGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTT
CTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGC
TGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTA
CAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTG
GAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCATCTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTAC
TCATGAGCGGGCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAAAGAGTTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAGCACTCTA
TTTTTTACAGTCCACTTGAAGTAAATTATCAATTTAGTAAATAGGCGGC
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCAAGAAGACTTTTCGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCTCAAAATCACCCGGGAACAAGGTATATACTTTCTTACTTTGATTGTAGAGAGGAAATGAAACAAGCTTGATTACTCATTAATCAACTATTTGGACAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATG
TTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACAT
GATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCC
ATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTG
CCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACA
TCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGT
GCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAG
CTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTT
TTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATA
TGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTG
ATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGT
CCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAgtatggttacagattagtaattcttgttatttgattcttaccaatattatgactgaaatagttttatgtgaccatgtgttaacaatgtaaggttctgcacctccatttttatgttgtgcaaataatattttcccatttgcttt
cagGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGGTTAGTAATCATGTAGAAGGCGTTCTACATAATCTATAGGTTTATTATCTGTTATGAGATAAATATGGTCTATATTATTCTGACTAATAGCCTTGTTTTGCAAAATAGAT
TTCTTCAACAGGCAACAATATATAGGTTTAGTATCTGTTATGAGATAAATATGGTCTATATTATTCTGACTAATAGCCTTGTTTTGCAAAATAGATTTCTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATAT
GAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAA
ATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTG
ATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCAT
CTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTACTCATGAGCGGGCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAA
AGAGTTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAGCACTCTATTTTTTACAGTCCACTTGAAGTAAATTATCAATTTAGTAAATAGGCGGC
Intron 5 GTCATGAGTG ... TTAATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.59 | 328 | 2 | 125 |
| A2 | 28.86 | 175 | 0 | 71 |
| A3 | 23.4 | 216 | 2 | 66 |
| A4 | 28 | 216 | 0 | 84 |
| A5 | 24.07 | 123 | 0 | 39 |
| A6 | 22.9 | 239 | 0 | 71 |
| A7 | 24.75 | 304 | 0 | 100 |
| A8 | 24.81 | 203 | 0 | 67 |
| A9 | 27.78 | 234 | 0 | 90 |
| A10 | 22.67 | 232 | 0 | 68 |
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATAGGTCCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCC
AATTTTATCGCCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAG
AATTCTCGGCGGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGG
GCCAGCTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTA
GCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGAC
GATGAAATGGAACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAA
GGTGCATTGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATG
GAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGG
GAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAG
CATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCAT
CTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTG
ACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCT
GGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCT
GCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTT
CAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCAT
GATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATG
CTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAAT
ACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAA
GGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTT
CTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGC
TGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTA
CAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTG
GAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCATCTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTAC
TCATGAGCGGGCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAAAGAGTTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAGCACTCTA
TTTTTTACAGTCCACTTGAAGTAAATTATCAATTTAGTAAATAGGCGGC
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATATTACATCGAGTGCATTACAGgtcatgagtgaatttcttccatgtttaaagtgttcaatgctttaacttgcaatttgtgttgcctgctctagcttgtctaaatgaatttatgcacatatgatatgctaacaatcaatgaattcttgtcttgatacttaatttcagAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACA
ACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGGTATGTGTTGTAGATCTGTGGTTGCATAAAATATTTCATTGTTGTTTTTTTCTGATAATGCT
ATCTTGCTGTCATGTTTCAGCAGCATGAATGAAAGTACAACTATGTTTCGTTGGCAATATTTAGTAAATTTGTTAGACCTTTTACTTCTCTTCATGTGGTCCTTGCAAAGAAAGTATGCACATTGAAATTTACTTACTTTGGGCTAAATGGGACATTGTAGTAAACAATGGCTCATATACGGGTAAATATCCAACATAAT
AAGGACAAACAGTTGAAAACCTTATACAATAAACAATTATTGAAGTGATAATGAGTGAATTAGATGATATAGTGAGCCTTGTGAAGGTATTCTTATATGCATTGACTAATCCTTTTGACAGTGTTCTTTTATGCATAGGCTAGTCACAAAGGTCAAGAGTTGTGTCCCTTAGTTTATTGATTATTATTATTATTATATAT
ACTCATTCCTTCAGGAAAAAAATGTACTTTTTATTCGAGTTGAATAAAAGAAGTACAATCCACAGGTGCTACTAACACTTTTGAAAATTGATCTGAAAAGGATATTAATACCATCGGCATTGATATCAAAATTAAAATTGCATACATACAATATCAATCTTCTTTAATGAACAAAGAGGCG
Intron 6 GTATGAATTT ... TCTTTGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.83 | 514 | 240 | 7 |
| A2 | 33.39 | 411 | 206 | 0 |
| A3 | 31.27 | 455 | 207 | 0 |
| A4 | 30.59 | 363 | 160 | 1 |
| A5 | 32.07 | 250 | 118 | 0 |
| A6 | 31.4 | 1682 | 770 | 3 |
| A7 | 33.52 | 1858 | 937 | 3 |
| A8 | 31.87 | 1896 | 887 | 6 |
| A9 | 33.58 | 1545 | 781 | 6 |
| A10 | 33 | 1206 | 594 | 0 |
>TRINITY_DN40095_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCCAATTTTATCG
CCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAGAATTCTCGGC
GGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGGGCCAGCTGCG
GTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTAGCAGTTTGGA
TCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGG
AACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAAGGTGCATTGT
TCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATGGAGATGAAGG
TGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGGGAACAAGTTG
CTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAA
GCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAA
GCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGA
AACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTT
AATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCT
CAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTA
ATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCA
TTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAG
AGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTG
TGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGAT
TTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGG
CATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACAC
TCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATT
GTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGTTCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGG
ATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGCATCTTTCTAGTGCTTATTAATTTTGGACAACTAGATTATCTGTTAAAAAGAATGGATTATCTCTGTATTTGCTCTTGTAACTATATAATCTGTAATTTACTCATGAGCGG
GCCATAAGATTATCAGAGGGAGGGCCTACTCTTTGGAAATGTTATTTCGTATTTTGCTTTTGAAAAACTCTAGCTTAAATGCTCTTGCAGAAAGATTATCATTTAGAAACAAAGTTGACAAACTTTGATTATGTTAATTTGCTAGTATTTTCAGTTTAAATAGCAACTATGTAGTTGAGTAAAAAAA
>TRINITY_DN40095_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCCAATTTTATCG
CCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAGAATTCTCGGC
GGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGGGCCAGCTGCG
GTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTAGCAGTTTGGA
TCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGACGATGAAATGG
AACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAAGGTGCATTGT
TCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATGGAGATGAAGG
TGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGGGAACAAGTTG
CTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAA
GCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAA
GCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGA
AACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTT
AATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCT
CAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTA
ATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCA
TTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAG
AGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTG
TGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGAT
TTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGgtatgaatttttaagcttttttttcctttcaagtttttgcttcattttatgtttttatctttttggcatcaacatatgatggtcaggtgttcttttatgaaatgcctacacgttagatttggaattaactgtatgatttgggttttctttgtcagTAATTGTCCG
GCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGTATGGTTACAGATTAGTAATTCTTGTTATTTGATTCTTACCAATATTATGACTGAAATAGTTTTATGTGACCATGTGTTAACAATGTAAGGTTCTGCACCC
Intron 7 GTAAAATCTG ... CTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.08 | 376 | 1 | 8 |
| A2 | 0.66 | 303 | 0 | 2 |
| A3 | 2.12 | 370 | 0 | 8 |
| A4 | 4.38 | 284 | 0 | 13 |
| A5 | 2.31 | 169 | 3 | 4 |
| A6 | 0.43 | 233 | 0 | 1 |
| A7 | 0.86 | 347 | 0 | 3 |
| A8 | 0 | 207 | 0 | 0 |
| A9 | 0.36 | 277 | 0 | 1 |
| A10 | 0.29 | 348 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN100178_c2_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformTATATATATGCCGTTTCCCCCTGTAGTCATATCTGTTTCTGTATCCGCTTCAGTGCAACTTAGATCAATAGTGATTTTATTTCTACCTTATGGAATTCTATTAATTCTAATATAATACAGAAGTTAGAGCATGCATCAAGTTAAATGCTTTGTCTATGTAGGAGTCTTGTGCAGTAGAACTTGTTTTTGATGATGTTTTG
ATGGATGAACCCATGTGATTCCTTCTTTGCTTGAACGTAGATATTTGCTGAAGGTCAACCTAACTAGAGTGGATTTTATAGGTTCTGGTTCGATTTTGTAATTTAATATTTTGTAATATAGGTTTTGAACCTTGAAGCAGTTGTTTCTATATTTCGTCATCTATTTATTCATCAATTATTATTTTTTATTGTGAACATGA
TCTATAGTTGTTTTATTTTTACCTTTTCAAGTTCTGCAATGTTGGTGCACTGATAATCCAATATTATTTACAGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCA
TCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATGGAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCG
GGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGGGAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAG
GGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAGCATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTA
AGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCATCTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCT
TCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTGACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCC
TCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTT
GACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCT
CCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTTCAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTG
ATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCATGATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGT
TGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATGCTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAA
TATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAATACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAA
TTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAAGGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTT
GAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTTCTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTC
GATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGCTGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGAGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTT
GAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTACAAAACGATTGTATTAGTTTAGTGCCTTGTATAACAGTTCAGGACAACTGCGTGTTTCAAACCTTGTCCTTCTAATATTTTAGTTAGGACACCATAGTTGTGATTCTAGGATGTTGCTTCTAGAGAACGCTTCCGT
TCTGCTTTCTAGATTCATACATAATTTGGGTATGAGCCCAACCCTGTAAAGAAAGTTGCATTTGGAGGTTTTGGATGTAGAATTGAAAGGTTATGCTACCACTCTACGTATACTAAAGCATTGACTGCATATGAAATATATATTTTTTTAGTTGTTATCTGCGC
>TRINITY_DN100178_c2_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGgtaaaatctggttagctttcaaatatttcagcttacttattgcattttaaagttattgctaagaagcatgtggattgtaatagctaaagctgactggaactttttgcagTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATAT
AAGCCTTGTCCATTGCAAAAAGTATGATTCTGTTCTTTTGTATGTACATGCATTGAGAAAAATAACAAAAATAGGATGCTAAAGGTTTAGTTGTCGGCCACCACTGATATCTAAATATATTGTTGTTCTACAGATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCTGGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTT
AACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCTGCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTG
TGAG
Intron 8 GTATATACTT ... ATTTGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.7 | 481 | 19.5 | 103.5 |
| A2 | 17.12 | 276 | 10.6 | 57 |
| A3 | 18.1 | 371 | 20.4 | 82 |
| A4 | 16.08 | 297 | 10.2 | 56.9 |
| A5 | 21.53 | 164 | 10.5 | 45 |
| A6 | 21.51 | 135 | 3.3 | 37 |
| A7 | 20.31 | 255 | 9.5 | 65 |
| A8 | 14.41 | 95 | 3 | 16 |
| A9 | 17.67 | 191 | 4.9 | 41 |
| A10 | 21.28 | 233 | 4.9 | 63 |
>TRINITY_DN114954_c3_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGGGATAGGTCCGGAACAGAAACCCTTCAATTCAAGTCATTTCATTTTCGTTTTCATTTATTTTACCGTGAGCTCTCTCAGCTCTGGTTTCCTCCCCTCTGATTCAGCAGCAGCAGCTCACGATTTGGCGGTCGGATCGCAGTTGGAGCACGGAGCCACGGCCTCTGCGAGTTTTGAAGAGGTGTACTTTGCAATTCCCC
AATTTTATCGCCGGTTTTTGCTAGCAGAGGTTTACTGTAGAAAGGGTGCTTATGTCTATATATCACGGTTTCGATTCCCGGCAAACTCATCAAACATTATTTCACGGAAAACCCTGAGAATTTCTGTGTTGGGGTATTTATGGCCGTGTAAAGGTTGAGAGGAGGTTTGAGGGCTTGTAATGCTAGCAATGGCGGATGAG
AATTCTCGGCGGACGGGTTGGGCTTTGAGCACTTGTATGGTTGCAGAGGAGATCGGGGTTCAGAGCGACGATGCAGCGCAAATGTCGTGTTTCATGTTCAGATCAGTCAGAGAGCCAGAATGTAGGCCGTGGAACCCTACTATTGATTCCGGGGTTTTGAATTATCCTAAGATATACGAGAATGGCGGTTTAGCGGCCGG
GCCAGCTGCGGTACCCGATTCTTTGAATGGCAGTTTTGCGGAAATTGATGAACGGCTTGTCGGGTCCAGTCGGGAACGGCAGAGTTCGGACGGTGCGTCAAATTGTGTGGAGGCAGCGATTGGTTTTCCCGTCAGCGCTTCCGATTCTGACTTTTCGCACTGCGATGACTTGAAAATTGAAAATAGTGTCGAAGGGTGTA
GCAGTTTGGATCGCATCGGTGAACCCGATAATGGATTCCGAAATATGGCTTATGGGGTTGGTAGTTCTGGGCGATTCGATCCTGCAGGGTATTCTGACGGTTTGCTTCGGGGGATATCGACTATGGACTATTGGCATAGTCCATTGGAGTTTCAGTTTTTGCCTCAGACTACATGGGAAGCAGGTTCCGAGGACGAGGAC
GATGAAATGGAACTGGATACCCTACCAGGACCTGCCCGTCTGCGGGATGCATATCATTGCGCAGAACGTTTAACGGAGGCCGAAATAGGTAGTTTTGGTTATGATACACAGATCCTGCCTGAAGAATTTTTACCCACTTCATCTAGGACGACAATGCCACATGTTAATGTTCCCGATATGATTCAGCACAAGCGAGCTAA
GGTGCATTGTTCAGGGCATGTTGCTGCAACTGCCCCTTCAGATACTGCTGGTTCTAGTTCTACTTCTGGTACAGAGCTGTTTTCATGTCAAAACTTTTCAAACAGAGGAAGCAGTCAAATGACGCATTCAAATTCATCACCTGGTGCCAATAATGGCAGAGAAAATAATGACTCTAGCAGTGGTGGTGATGATGATGATG
GAGATGAAGGTGACCTGGAAAGCAAGGAAGATCATGAAGTTAAGATGGACCTCACAGAAGACTTACTGCATATGGTATTTTCTTTCCTGGACCATTCAGATTTATGCAGAGCAGCCATGGTTTGTAGACAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCATGAAGACTTTTGGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCGCAAAATCACCCGG
GAACAAGTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATGTTCGTGGTACTCCCCACGGGGATGAACTTGTACGTGAAGCAATGCACTCGCTCAGGAATCTTGAGGTGTTGATCTTAGGCGGAGGGGTGCTTTTAAGTGATGGATTTTTCAACGGATTAGTAGATTTCCCTGTACTAGATCGTTTGAG
CATTGCTGAAGCAACTTTAGGAAGTGGCTCGCAAGAGATTCAGGTCCGACATGATTCATTGCGCCACCTCCAGATTACACGCTGTCGTGTAATTCGGATATCTGTCAGGTGTCCACAGCTGGAAACTCTGTCCCTAAGACGTTCATGCATGGCTTCTGCCACGTTGACATGCCCTCAACTCCATGAACTTGATGTGGCAT
CTTGCCACAAGCTTTCTGATGCAGGTGTTCGTGTTGCAGCAACTTCATGCCCATTATTAACATCTTTGTACATGTCCAATTGTTCATACGTTAGTGATGAAACACTTAGGGAAATTGCTGCTGCTTGTCCAAATCTTCGTCTTCTTGATGCATCTTTGTGCCCAAATATCTCTCTTGAGGCTGTTCGAATGCCTATGTTG
ACTGATATGAAACTCCATAGCTGTGAGGGGATCAATGCTTCATCAATGGCTGCCTTGTCGCACTGTTTTATGCTCGAGTCACTTCAGCTTGATTTTTGCTGGTTACTGACATCAGTAACTTTAGAGCTGCCTCGCCTCCAAAATATAAGCCTTGTCCATTGCAAAAAATTTGTGGAGTTAAACTTGCGTTGCCCAGTTCT
GGCTTCAGTTAATGTCTCAAACTGTTCCATACTTAACCGTATTGATATTACATCGAGTGCATTACAGAAATTGGTACTTCAGAAGCAGCCAAGCTTGACAACGATGGCTTTGCAGTGTCTTCGACTTCGTGAAGTTGACCTTACAGAGTGTGAGTCATTGACCAATTCTATTTGCAAAGTCTTCAGTGAGGGGGGAGGCT
GCCCAATGCTCAACACATTAATTCTTGATAGTTGTGAGTCTCTAACAATGGTGCAACTCATCAGTACATCTTTGCGAACACTCTCTCTTGTTGGCTGTCGAGCAATGACTAGTCTTCAATTAGCATGCCCAAATCTCCAGCATGTTTATTTAGATGGGTGTGACCGTCTTGAGGGAGCATCATTTTGCCCTGTTGGGCTT
CAGTCACTTAATCTGGGAATCTGTCCCCACTTAAGTAAACTTGATATTGAAGCTCCTCAGATGACAGTTTTGGAGCTGAAAGGATGTGGCATCCTCTCTCAAGCTGTGATAAATTGCCCTCAGCTGTTGTCCCTTGATGCATCTTTTTGCGGCCAACTCCAGGATGATTGCTTGGTTGCTACAACAGCTTCCTGTCCCAT
GATTCAGTCATTGATTTTGATGTCTTGCCCATCCATTGGATCCAATGGCCTTTTTGCCTTGAGGCTACTTTCCAATTTGACACTGCTCGATTTATCATACACATTTTTGACAAATTTGCAACCTGTCTTTGAGAGTTGTAGCCGATTGAAGGTTTTGAAATTACAAGCCTGCAAGTACCTCATGGACACATCATTGGATG
CTCTTCACAGAGGAGAGGCACTTCCAGATCTTTGCGAGTTGGATTTATCATATGGCAGTCTTTGCCAGTCGGCGATAGAAAAGCTCCTTGCCCGGTGTCCTCACCTGACTCATGTGAGTTTAAATGGCTGTACAAATATGCATGATCTTGATTGGGGGCCGGAAACTGCTGAACTTTATAACAATATGGGCATAGGAAAT
ACTGTTACTGTGCAAATGGAATACAAAGAAATAAATGGCGAAAACACGTTTGATTGGATGGACGAGGAGAGAGTCCAAGATCGTTTACTTCAGAACCTCACTTGTGTGGGATGCCCTAACATTAAGAAAGTTGCAATTCCTGTTTCTGCCCTTTGCTTTCACCTATCTTCACTCAACCTTTCTTTGTCATCTAATCTCAA
GGATGTTGATTTAGCTTGTAGCAATCTTGTCTCATTGAATTTGAGTAATTGTCCGGCTTTGGAGATTCTCAAGCTTAATTGTCCCCGACTAACAAGCTTGTTGCTTCAAGCATGTGGAATTGAGGAACAAGAAGTTGAATCTGCCACTCAGTCCTGCAACTCACTTGAAACACTGGATGTTCGTCTTTGTCCCAAGATTT
CTTCAACAGGCATTACAAAGTTGCGCACGATATCTCCAGGGCTTAAACGCCTTTTCAGCAGCGTGTCAGTCTAAATTCAGGATCTATTACTCTGAAAGATATGAACTTTCTATTTTGAGAGTTTGTCTACTATTTCGATGGTACAGTCGAGAAATCTGAGTCATCTTCCATTTGTATTAGATTCTGTGTTAATTCTCTGC
TGGATCACACTCTCACGAGTCACAACCATGCTATTATTCACTGTTGTTGAATTTTCAAATGCCCAATTTCTGTTTATAGTGGGGATTTGCCGACTGCATCAAATTTACAAGTCTGGCAGAATTATTTAATTGTTTTGAGTCTGCCTGTTTAGCTGGAAACCCATGTCTAGATTAATAGGGTTCTTTAATTAGTTTCGTTA
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>TRINITY_DN114954_c3_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAGTGGCGGGCTGCCAGTGCCCAAGAAGACTTTTCGAAATCTTTAAATTTTGAGAATCTCAAAATCACCCGGGAACAAGgtatatactttcttactttgattgtagagaggaaatgaaacaagcttgattactcattaatcaactatttggacagTTGCTCAACTGTGTCGGAAATATCCAAAGGCAGTAGAGCTAAATG
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