NA ----> NA

Intron 1 GTACATCTTG ... ATTTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36	8	2	7
A2	36.36	21	10	14
A3	36.17	15	9	8
A4	21.74	9	3	2
A5	17.65	7	3	0
A6	25.48	215	36	111
A7	29.81	113	32	64
A8	26.1	109	15	62
A9	23.04	177	32	74
A10	25	87	16	42

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

GTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGGCAGTTGAAAGATGTTAACCAGTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAG
TGAAGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGCTCTCACAAATTTTTGAAGTGCTTGATGTGCTTGGCCACATCTTTTGATGGCCATGTTTCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGA
TATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGATATTTCTCACGGTGATGGTTTGATATTCATGCATGTTAACCAGCATGCCACATGGTTCTCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCACCAATCCT
CCAAATGATGCAAGGAAGAGCCTGATATTTTTTGATTTTTTCCCCATATAGACATATATTTATATGAAAAATTAGGGTCCTG

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGGCAGTTGAAAGgtacatcttgaattggtgcctcaactgctgctagctgctcgaacaaa
taagtgatttcttatgactgccatcattcttttgggaaaacttcctcagatatttctcatggtaacagctttatatgcatacatgctaaacagcttgagatttgaagtgattgatgtgcttgaccacatgttatgactgtcatctttattttaaaagctttctcagatatttctcacggtgacagcttgattttcatagA
TGTTAACCAGTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAGTGAAGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGATACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGCTCTCACAAATTTTTGAAGTGCTTGATGTGCTTGGCCACATCTTTTGATGGCCATGT
TTCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGATATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGATATTTCTCACGGTGATGGTTTGATATTCATGCATGTTAACCAGCATGCCACATGGTT
CTCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCACCAATCCTCCAAATGATGCAAGGAAGAGCCTGATATTTTTTGATTTTTTCCCCATATAGACATATATTTATATGAAAAATTAGGGTCCTG

Intron 2 GTAACAGCTT ... TCAAGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	91.11	1.3	1	11
A2	94.54	1	7	17.3
A3	79.55	4.7	4.7	18
A4	77.78	3	6.7	10
A5	82.54	3.3	4	13
A6	92.14	24	21	262.3
A7	88.21	24	22.7	157.7
A8	91.9	16.3	24	156.3
A9	93.41	14	27.7	173
A10	89.81	14	9	109.3

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

ACAACAGTGAAGGCAGTTGAAAGCATTGGGTAGGCATCCAAGCAAGGCAATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCCTCAACTGCTGCTAGCTGCTCGAACAAATAAGTGATTTCTTATGACTGCCATCATTCTTTTGGGAAAACTTCCTCAGATATTTCTCATGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATC
CAAGCAGGGCGATGACTGCAGG

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGAATCATGGATTAGGTTTGTAAGCTGAAATTGTTATTATAAATTTTATGCTCATACTGTTTATGCTGAAGTGGATTTTCTAAGGTACAAGAATGATGATATATACCCTTTTTTACAACTAAAACTCCAAATTGCTGCTGTTATAGTTGTTTCTGCTTGGTAAATTACAGTGATCCAATCTGATTTTATAGTGGCAGA
GTTACAAATTGTTGACTTCAAATGTTAATCAAACGAAATTTGGGTATACACAGTGAATGCAAACAAGGTTATAGAATATTATTGTTGGTCTGCTAACTGTCAAACCGTTGTCATTACAATGTTTGAGCGAGGACTTATCACTGCTTCTGTGAATCTACAGTAATTTGCTCCATCGTCGCATACTTGTATTAATAGATTGA
AGTCTGACCATACGACTAAACGGTTATATTAATAGCCTGCTTATTCAACAGTAATCACATTAGAAAAATACCTAATTGACCTAATTTTCTTTAGTATGTCTTCTGATTTGTTACTGTGAAGCAGAGATCTAGTTTATGGTTTGGACAGTTTTACAACCTGAGCACTACATGCAAACGACGTACCTTGAACTGATCAACCT
CATATCGTTATAGGATATTGATAAAACTACTATACGAGTACCTTTTTTCCAAACTTTCTTTCTTACTTGACCCCATTGAAAGGCATTAATCTACGCTATAAGGTGTTTGGGAAGGTATTTGTGTGACTGTTTGGCAGGTGCAACAAAGGGCTCTTCCCTTGGGACGACATTGGATCCTGAAGAAGTTGAGAGATCGGACA
AAGGTGACAGTGGTCCAAATCTCTTATATGATTGCCATTCACTAGCAAGCCTAACCTGCTAGTTTGAACAGCAACACTAGGAAAAATCACATTTGGTCACTTCTACATATATAGACACCAACTATGTAGAAGACCATCCGAGCTATAGAACTCAACAAAAAATATAAAACAAAAGGAGGAAACAGATTCAGTAAAAGCGT
ATAAAAAAAAGAAAAGGATGCCGCATCGGTGGTTTTTGCAGGGGAAGTTGAGGGGGGGAATCACATGCCTTCCCCACAGCCAATGAGAGCCAGCACTGTATTTTTTTTGTTATTTTCATTATTTTTGCCGATCCTCCAACCTTTTGCTGATTCCTATCTGCAATCCACGGTTCATGTAACCATGATTTTGGGCATAAGCT
GCAAAATTTATTACCTTCCAAAAAAACCACAAATGCTGCAAGTAAGAGCCTTACCAAGCATTTTGATGGCGGTATTTACTGATCTGACTAAGTATGATTTCTGTCATTAGCCAATTTAACGACTCCTTGGAACTATGCTGTATGCAATGAACCACTTTTTCCTGGGGGTCATGTGTTGAGTAGCTCTGGAACTTAGAAGC
CTCTAGAAGAATCTGAAATTGTGGGCGACAAATTAAATTGCCACATTTGCTTTATCCTTCTCTTCATTTGCAATACTTTTCAAACACTCTTTTGGTGGTGTCCTTGTTTCTGCAATAACTACATCTGTACCTTGCTTCTTTAGTGATTTACAATCTAATTGCAAGGGACCCTTATTTTGTAGCTGCAGATCAACAACCTT
TTTCTTGAACTTGTTCTTCCTACCTTGTGATAGAGAATTTTGGGTTTTTTTGTCTGTCAACCTTGAATATTTCTTTCATGTCTTCCCTTGCATAGTATACAATTATGCAATGTTAATCTGGACTCTCTCTTAAGTGAAGTGATCAGACTTTTATAAGAATTGGGTAGGCATCCAAGCAAGGCAATGACTGCAGGTACATC
TTGAATTGGTGCCTCAACTGCTGCTACCTGCTCGAACAAATTTTTTAAGTGATTTCTTATGACTGCCATCATTCTTTTGGGAAAACTTCCTCAGATATTTCTCATGgtaacagctttatatgcatacatgctaaacagcttgagatttgaagtgattgatgtgcttgaccacatgttatgactgtcatctttattttaaa
agctttctcagatatttctcacggtgacagcttgattttcatagatgttaaccagtgtgccccatgtgatgttaatctggactctctcaagtgaagTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGCTCTCACAAATTT
TTGAAGTGCTTGATGTGCTTGGCCACATCTTTTGATGGCCATGTTTCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGATATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGATATTTCTCACGGT
GATGGTTTGATATTCATGCATGTTAACCAGCATGCCACATGGTTCTCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCACCAATCCTCCAAATGATGCAAGGAAGAGCCTGATATTTTTTGATTTTTTCCCCATATAGACATATATTTATATGAAAAATTAGGGTCCTG

Intron 3 GTTAAACTTG ... GTTATATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.47	2	3	10
A2	47.83	6	6	5
A3	58.82	7	8	12
A4	86.67	1	3	10
A5	42.86	2	2	1
A6	33.33	24	24	0
A7	36.84	24	26	2
A8	45.45	6	9	1
A9	36.23	22	25	0
A10	37.14	11	13	0

>TRINITY_DN44825_c2_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

AAAATGCGTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGGCAGTTGAAAGGGTAAATGTCAGTGCTGAAAGTTGATGTTCATCATTGCCC
TTCGAATTCAAAATATTCATGATGGATATGAACATTGGCATTGGGCATTGGACTTTCAAGGGCATTGAGTCAAGGTCGAGCATTGCACTACATGCCATTTTGTTTTATTCACCTTTACAATTCTATACACATGAGATCACTTTACATATTTGGTGTCTATGAGAACACTTTACATATCATATTTGATGTCTAATGGTTTT
GATTTAAATGGAGGTACATGATATCGTTTTGTTTTATTCACCTTTACAATCCTATACACATGAGAACACTTTACATATTTGGC

>TRINITY_DN44825_c2_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAAATGCGTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGGCAGTTGAAAGgttaaacttgacctatgtgttgcctgaattgggttaaatt
taacagaggttttttccttaattgggttaaaatctgatctatgcattatttgaactaggttgaatttgacgtagggttttggagaactatgttaaagtttcatttattgttatattagGGTAAATGTCAGTGCTGAAAGTTGATGTTCATCATTGCCCTTCGAATTCAAAATATTCATGATGGATATGAACATTGGCATT
GGGCATTGGACTTTCAAGGGCATTGAGTCAAGGTCGAGCATTGCACTACATGCCATTTTGTTTTATTCACCTTTACAATTCTATACACATGAGATCACTTTACATATTTGGTGTCTATGAGAACACTTTACATATCATATTTGATGTCTAATGGTTTTGATTTAAATGGAGGTACATGATATCGTTTTGTTTTATTCACC
TTTACAATCCTATACACATGAGAACACTTTACATATTTGGC

Intron 4 GTAACAGCTT ... ATTTTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	7
A2	61.9	4	7	6
A3	75.49	2	4.3	8
A4	72.7	2	6.7	4
A5	71.43	1	4	1
A6	76.12	8	21	30
A7	81.6	6	24.3	29
A8	91.84	2	24	21
A9	88.53	3	28.3	18
A10	66.67	4	9	7

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

GGCAGTTGAAAGTGGGTAGGCATCCAAGCAAGGCAATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCCTCAACTGCTGCTAGCTGCTCGAACAAATAAGTGATTTCTTATGACTGCCATCATTCTTTTGGGAAAACTTCCTCAGATATTTCTCATGCTTTCTCAGATATTTCTCACGGTGACAGCTTGATTTTCATAGATGTT
AACCAGTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAGTGAAG

>TRINITY_DN41787_c12_g1_i13 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGTGAATCATGGATTAGGTTTGTAAGCTGAAATTGTTATTATAAATTTTATGCTCATACTGTTTATGCTGAAGTGGATTTTCTAAGGTACAAGAATGATGATATATACCCTTTTTTACAACTAAAACTCCAAATTGCTGCTGTTATAGTTGTTTCTGCTTGGTAAATTACAGTGATCCAATCTGATTTTATAGTGGCAGA
GTTACAAATTGTTGACTTCAAATGTTAATCAAACGAAATTTGGGTATACACAGTGAATGCAAACAAGGTTATAGAATATTATTGTTGGTCTGCTAACTGTCAAACCGTTGTCATTACAATGTTTGAGCGAGGACTTATCACTGCTTCTGTGAATCTACAGTAATTTGCTCCATCGTCGCATACTTGTATTAATAGATTGA
AGTCTGACCATACGACTAAACGGTTATATTAATAGCCTGCTTATTCAACAGTAATCACATTAGAAAAATACCTAATTGACCTAATTTTCTTTAGTATGTCTTCTGATTTGTTACTGTGAAGCAGAGATCTAGTTTATGGTTTGGACAGTTTTACAACCTGAGCACTACATGCAAACGACGTACCTTGAACTGATCAACCT
CATATCGTTATAGGATATTGATAAAACTACTATACGAGTACCTTTTTTCCAAACTTTCTTTCTTACTTGACCCCATTGAAAGGCATTAATCTACGCTATAAGGTGTTTGGGAAGGTATTTGTGTGACTGTTTGGCAGGTGCAACAAAGGGCTCTTCCCTTGGGACGACATTGGATCCTGAAGAAGTTGAGAGATCGGACA
AAGGTGACAGTGGTCCAAATCTCTTATATGATTGCCATTCACTAGCAAGCCTAACCTGCTAGTTTGAACAGCAACACTAGGAAAAATCACATTTGGTCACTTCTACATATATAGACACCAACTATGTAGAAGACCATCCGAGCTATAGAACTCAACAAAAAATATAAAACAAAAGGAGGAAACAGATTCAGTAAAAGCGT
ATAAAAAAAAGAAAAGGATGCCGCATCGGTGGTTTTTGCAGGGGAAGTTGAGGGGGGGAATCACATGCCTTCCCCACAGCCAATGAGAGCCAGCACTGTATTTTTTTTGTTATTTTCATTATTTTTGCCGATCCTCCAACCTTTTGCTGATTCCTATCTGCAATCCACGGTTCATGTAACCATGATTTTGGGCATAAGCT
GCAAAATTTATTACCTTCCAAAAAAACCACAAATGCTGCAAGTAAGAGCCTTACCAAGCATTTTGATGGCGGTATTTACTGATCTGACTAAGTATGATTTCTGTCATTAGCCAATTTAACGACTCCTTGGAACTATGCTGTATGCAATGAACCACTTTTTCCTGGGGGTCATGTGTTGAGTAGCTCTGGAACTTAGAAGC
CTCTAGAAGAATCTGAAATTGTGGGCGACAAATTAAATTGCCACATTTGCTTTATCCTTCTCTTCATTTGCAATACTTTTCAAACACTCTTTTGGTGGTGTCCTTGTTTCTGCAATAACTACACATCTGTACCTTGCTTCTTTAGTGATTTACAATCTAATTGCAAGGGACCCTTATTTTGTAGCTGCAGATCAACAACC
TTTTTCTTGAACTTGTTCTTCCTACCTTGTGATAGAGAATTTTGGGTTTTTTTGTCTGTCAACCTTGAATATTTCTTTCATGTCTTCCCTTGCATAGTATACAATTATGCAATGTTAATCTAGATTCTCTCTTAAGTGAAGCATTGGGTAGGCATCCAAGCAAGGCAATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCCTCA
ACTGCTGCTAGCTGCTCGAACAAATAAGTGATTTCTTATGACTGCCATCATTCTTTTGGGAAAACTTCCTCAGATATTTCTCATGgtaacagctttatatgcatacatgctaaacagcttgagatttgaagtgattgatgtgcttgaccacatgttatgactgtcatctttattttaaaagCTTTCTCAGATATTTCTCA
CGGTGACAGCTTGATTTTCATAGATGTTAACCAGTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAGTGAAGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGCTCTCACAAATTTTTGAAGTGCTTGATGTGCTTG
GCCACATCTTTTGATGGCCATGTTTCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGATATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGATATTTCTCACGGTGATGGTTTGATATTCATGCAT
GTTAACCAGCATGCCACATGGTTCTCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCACCAATCCTCCAAATGATGCAAGGAAGAGCCTGATATTTTTTGATTTTTTCCCCATATAGACATATATTTATATGAAAAATTAGGGTCCTG

Intron 5 GTACATCTTG ... TGTTAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.17	11.7	2	10
A2	47.41	21.7	10	19
A3	46.65	17.3	9	15
A4	24.48	9.3	3	3
A5	34.29	6	3	3
A6	48.1	222.3	36	199.7
A7	48.43	116	32	106
A8	50.21	106.3	15	104
A9	43.51	174	32	130.3
A10	44.21	90.3	16	69.3

>TRINITY_DN44083_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CGGACTAATAATAATACCTGAAAACGAACCCATAAACATTCACAAAGTCGAAAATGCGTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGG
CAGTTGAAAGTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAGTGAAGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGCTCTCACAAATTTTTGAAGTGCTTGATGTGCTTGGCCACATCTTTTGATGGCCATGTT
TCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGATATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGATATTTCTCACGGTGATGGTTTGATATTCATGCATGTTAACCAGCATGCCACATGGTTC
TCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCA

>TRINITY_DN44083_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGGACTAATAATAATACCTGAAAACGAACCCATAAACATTCACAAAGTCGAAAATGCGTAGGAATCATGGTGGGTTTGCGAAAGAAATTCTCCGTAACGGAATTCTTAATGTCGGTTTCCGGGCTTCTCTTTATAATCTTTCGTCTTACCACCATTTGTCGAGAACATGCATCAGAAGCCATTGGTAACAACAGTGAAGG
CAGTTGAAAGgtacatcttgaattggtgcctcaactgctgctagctgctcgaacaaataagtgatttcttatgactgccatcattcttttgggaaaacttcctcagatatttctcatggtaacagctttatatgcatacatgctaaacagcttgagatttgaagtgattgatgtgcttgaccacatgttatgactgtcat
ctttattttaaaagctttctcagatatttctcacggtgacagcttgattttcatagatgttaaccagTGTGCCCCATGTGATGTTAATCTGGACTCTCTCAAGTGAAGTGATCAGACTTCAATAAGAATTGGGCAGGCATCCAAGCAGGGCGATGACTGCAGGTACATCTTGAATTGGTGCATCAACTGCTGCTAGCTGC
TCTCACAAATTTTTGAAGTGCTTGATGTGCTTGGCCACATCTTTTGATGGCCATGTTTCTTTTGGGAAGACTTCCTTAGATATATCTTATGGTGACAGCTTGATATACATATACATGTTAAACAGCTAGAGATTTTAATTGATTGATGTCTTTGACCACATGCTATGACTGTCATATTTATTTGAAAAACTTGCTCAGAT
ATTTCTCACGGTGATGGTTTGATATTCATGCATGTTAACCAGCATGCCACATGGTTCTCTTGATATTTTACCACTACTAATATGAGTCACGTGCA