sp|Q9M077|AUR1_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase Aurora-1

Intron 1 GTAGAGCACC ... TTATGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.91	48	128.5	90
A2	69.45	53	148	99
A3	70.08	69	196	132
A4	72.5	40	118.5	97
A5	70.3	30	95.5	51
A6	68.63	217	596.5	373
A7	65.08	316	768.5	437
A8	69.3	182	494	344
A9	67.6	297	792	472
A10	67.4	268	734	404

>TRINITY_DN46678_c0_g5_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTTGAACATGGTCACAAGCATAGACAAGGAATCTAGGTGCTTTTATCCTGCAGATTCCCCTTCTTTCTGTCAAGTCATGGTGGTGGTTGATTGGGTTTTTGACCGTTGGGATATGGGTTCCAATCGTAAAGAGGAACAGCTTTTTTTTTAAATGTTAAATGTTTAAACGTTTATATTTAGGCAAATTGAATGAATCAGC
CACCGAGATTCGTGGGAAGGTGGGTTGGGGATTTGGGGCCAAAGAATTCGACCGTTTGCCCGGATCATCAGTCAGTCCTCTTCATAGCCTCCCGTTTGATTGTTTTATTTATCCTCTCGTCTCGGCGGATCTCAGCTTGCCTTCCAATCCATTCATTCATTCATTTTGTTTGGTATGCAAAAAATGGTGATGGCTGCAGA
GGTCAATGCCATTCCTGAGGAAACAACGGCTCAGATTCCTCAGAAGAACGAGAAGGAGGATGCTAAGAAGGATGAAAGACGCTGGACTCTCAATGATTTCGACATTGGAAAACCTCTCGGCCGGGGGAAATTTGGCAATGTATATCTTGCCAGAGAGAAGAAGAGCAAATTTGTTGTGGCTTTGAAAGTTCTATTCAAGA
ACCAGCTCCAGCAATCTCAGAGTCGTGTCTATCTGATTCTTGAATATGCTGCAAAAGGTGAGCTCTACAAAGAGCTTCAGCGCTGTAAATGCTTCAACGAAAGGCGGGCAGCTACTTACATTGCATCATTGGCACGAGCCTTGACATATTGTCATGAAAAACATGTGATACACCGGGACATCAAGCCAGAGAACTTGTTA
GTTGGCGTACAGGGTGAACTCAAAATTGCAGATTTTGGATGGTCTGTGCACACTTTTGATAGAAGGAGAACCATGTGTGGAACTTTGGATTACTTGCCTCCTGAAATGGTGGAGAACAAGGAGCATGATGCTGGGGTAGACATTTGGAGCTTGGGAGTTTTGTGCTATGAGTTTCTGTATGGGTTTCCTCCTTTTGAAGC
TAAGGAGCATTCGGACACTTACAAAAGGATTGTCAAGGTTGATTTGAAATTTCCTCCCAGGCCTTTTGTCTCTGATGCAGCCAAAGATCTTATTCGTCAACTTCTTGTGAAAGACTCTTCACAAAGACTGCCCCTACATAAAGTTCTTCAACATCCCTGGATTGTTCAAAACGCTGATCCTGATGGTGTTTACAAGGCAC
TGCATTGAATAAAGCACTGGTTGGTTGCTATATAAAGTTCTCCAACATCCCTGGATTGTTCAAACTGCTGATCCTGATGGTGTTTCCAAGGCACTGCATTGAATAACGTACTGATTGTTGCTACATAAAAGTTCACCAACATTCCTGGATTGTTCAAAATGCCCATCCCGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGACTAA
CGTACTGATTGTTGTCTAAACAAACGTGTTATCAAACTATTCAGGTAGGAATTAGCTTGCACTATGTAGTTGAATATGAGGAGTGCTTGGAAGTGGGTTACTGACCATTCTGATAATCTGTAAATAAGCTTAGGTATTAGTTATGATTTTCTGGTGCCTTTTATGTAAGGTCCTTTATTGTATTTTATTCTTTTCAAATT
CATTTGAGTGATGTTTTTTCTTCACTGTTCTCCGAGCCTTATCAATCGGAGTCAGGAAGCTTCGGTGTCTGAATAGCAAGGGCAATTTCATTATTGTTTGAACAATGCATACAGAAAGATCATGCAATTTAGTTGGAAGTCCTTAAATCACAAATGTATTCTGTTTTAATCTGATTCATTGGGAGTCATCATCTCTATTC
TTGTACATCGCTTGCTTGACCCTTTAATTGGGATTCCAGACTACTATCTCTGCAAGCTGTATGGACACACTGGGTTGGAGTGTCCCCATGTTTACAAATTCTCTGTGTTGAAATATAATGTTCATAATAAGAGATGAACCCCAC

>TRINITY_DN46678_c0_g5_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTTGAACATGGTCACAAGCATAGACAAGGAATCTAGGTGCTTTTATCCTGCAGATTCCCCTTCTTTCTGTCAAGTCATGGTGGTGGTTGATTGGGTTTTTGACCGTTGGGATATGGGTTCCAATCGTAAAGAGGAACAGCTTTTTTTTTAAATGTTAAATGTTTAAACGTTTATATTTAGGCAAATTGAATGAATCAGC
CACCGAGATTCGTGGGAAGGTGGGTTGGGGATTTGGGGCCAAAGAATTCGACCGTTTGCCCGGATCATCAGTCAGTCCTCTTCATAGCCTCCCGTTTGATTGTTTTATTTATCCTCTCGTCTCGGCGGATCTCAGCTTGCCTTCCAATCCATTCATTCATTCATTTTGTTTGGTATGCAAAAAATGGTGATGGCTGCAGA
GGTCAATGCCATTCCTGAGGAAACAACGGCTCAGATTCCTCAGAAGAACGAGAAGGAGGATGCTAAGAAGGATGAAAGACGCTGGACTCTCAATGATTTCGACATTGGAAAACCTCTCGGCCGGGGGAAATTTGGCAATGTATATCTTGCCAGAGAGAAGAAGAGCAAATTTGTTGTGGCTTTGAAAGTTCTATTCAAGA
ACCAGCTCCAGCAATCTCAGgtagagcaccagctgcgaagagaaattgaaatccagagtcatcttcggcatcccaatatacttcgtttgtttggttatttttatgatcagAGTCGTGTCTATCTGATTCTTGAATATGCTGCAAAAGGTGAGCTCTACAAAGAGCTTCAGCGCTGTAAATGCTTCAACGAAAGGCGGGCA
GCTACTTACATTGCATCATTGGCACGAGCCTTGACATATTGTCATGAAAAACATGTGATACACCGGGACATCAAGCCAGAGAACTTGTTAGTTGGCGTACAGGGTGAACTCAAAATTGCAGATTTTGGATGGTCTGTGCACACTTTTGATAGAAGGAGAACCATGTGTGGAACTTTGGATTACTTGCCTCCTGAAATGGT
GGAGAACAAGGAGCATGATGCTGGGGTAGACATTTGGAGCTTGGGAGTTTTGTGCTATGAGTTTCTGTATGGGTTTCCTCCTTTTGAAGCTAAGGAGCATTCGGACACTTACAAAAGGATTGTCAAGGTTGATTTGAAATTTCCTCCCAGGCCTTTTGTCTCTGATGCAGCCAAAGATCTTATTCGTCAACTTCTTGTGA
AAGACTCTTCACAAAGACTGCCCCTACATAAAGTTCTTCAACATCCCTGGATTGTTCAAAACGCTGATCCTGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGAATAAAGCACTGGTTGGTTGCTATATAAAGTTCTCCAACATCCCTGGATTGTTCAAACTGCTGATCCTGATGGTGTTTCCAAGGCACTGCATTGAATAACGTA
CTGATTGTTGCTACATAAAAGTTCACCAACATTCCTGGATTGTTCAAAATGCCCATCCCGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGACTAACGTACTGATTGTTGTCTAAACAAACGTGTTATCAAACTATTCAGGTAGGAATTAGCTTGCACTATGTAGTTGAATATGAGGAGTGCTTGGAAGTGGGTTACTGACCATTC
TGATAATCTGTAAATAAGCTTAGGTATTAGTTATGATTTTCTGGTGCCTTTTATGTAAGGTCCTTTATTGTATTTTATTCTTTTCAAATTCATTTGAGTGATGTTTTTTCTTCACTGTTCTCCGAGCCTTATCAATCGGAGTCAGGAAGCTTCGGTGTCTGAATAGCAAGGGCAATTTCATTATTGTTTGAACAATGCAT
ACAGAAAGATCATGCAATTTAGTTGGAAGTCCTTAAATCACAAATGTATTCTGTTTTAATCTGATTCATTGGGAGTCATCATCTCTATTCTTGTACATCGCTTGCTTGACCCTTTAATTGGGATTCCAGACTACTATCTCTGCAAGCTGTATGGACACACTGGGTTGGAGTGTCCCCATGTTTACAAATTCTCTGTGTTG
AAATATAATGTTCATAATAAGAGATGAACCCCAC

Intron 2 GTAGGGATTG ... TGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.53	221	26	0
A2	11.74	218	29	0
A3	10.12	222	25	0
A4	10.73	183	22	0
A5	11.03	121	15	0
A6	14.25	662	110	0
A7	12.27	808	113	0
A8	12.75	445	65	1
A9	9.13	916	92	0
A10	12.96	826	123	0

>TRINITY_DN41356_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

CGTAAAGAGGAACACCTTTTTTTTTAAATGTTAAACGTTTATATTTAGGCAAATTGAATGAATCAGCCACCGAGATTCGTGGGAAGGTGGGTTGGGGATTTGGGGCCAAAGAATTCGACCGTTTGCCCGGATCATCAGTCAGTCCTCTTCATAGCCTCCCGTTTGATTGTTTTATTTATCCCCTCGTCTCGGCGGATCTC
AGCTTGCCTTCCAATCCATTCATTCATTCATTTTGTTTGGTATGCAAAAAATGGTGATGGCTGCAGAGGTCAATGCCATTCCTGAGGAAACAACGGCTCAGATTCCTCAGAAGAACGAGAAGGAGGATGCTAAGAAGGATGAAAGACGCTGGACTCTCAATGATTTCGACATTGGAAAACCTCTCGGCCGGGGGAAATTT
GGCAATGTATATCTTGCCAGAGAGAAGAAGAGCAAATTTGTTGTGGCTTTGAAAGTTCTATTCAAGAACCAGCTCCAGCAATCTCAGGTAGAGCACCAGCTGCGAAGAGAAATTGAAATCCAGAGTCATCTTCGGCATCCCAATATACTTCGTTTGTTTGGTTATTTTTATGATCAGAGTCGTGTCTATCTGATTCTTGA
ATATGCTGCAAAAGGTGAGCTCTACAAAGAGCTTCAGCGCTGTAAATGCTTCAACGAAAGGCGGGCAGCTACTTACATTGCATCATTGGCACGAGCCTTGACATATTGTCATGAAAAACATGTGATACACCGGGACATCAAGCCAGAGAACTTGTTAGTTGGCGTACAGGGTGAACTCAAAATTGCAGATTTTGGATGGT
CTGTGCACACTTTTGATAGAAGGAGAACCATGTGTGGAACTTTGGATTACTTGCCTCCTGAAATGGTGGAGAACAAGGAGCATGATGCTGGGGTAGACATTTGGAGCTTGGGAGTTTTGTGCTATGAGTTTCTGTATGGGTTTCCTCCTTTTGAAGCTAAGGAGCATTCGGACACTTACAAAAGGATTGTCAAGGTTGAT
TTGAAATTTCCTCCCAGGCCTTTTGTCTCTGATGCAGCCAAAGATCTTATTCGTCAACTTCTTGTGAAAGACTCTTCACAAAGACTGCCCCTACATAAAGTTCTTCAACATCCCTGGATTGTTCAAAACGCTGATCCTGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGAATAAAGCACTGGTTGGTTGCTATATAAAGTTCTCC
AACATCCCTGGATTGTTCAAACTGCTGATCCTGATGGTGTTTCCAAGGCACTGCATTGAATAACGTACTGATTGTTGCTACATAAAAGTTCACCAACATTCCTGGATTGTTCAAAATGCCCATCCGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGACTAACGTACTGATTGTTGTCTAAACAAACGTGTTATCAAACTATTCAG
GTAGGAATTAGCTTGCACTATGTAGTTGAATATGAGGAGTGCTTGGAAGTGGGTTACTGACCATTCTGATAATCTGTAAATAAGCTTAGGTATTAGTTATGATTTTCTGGTGCCTTTTATGTAAGGTCCTTTATTGTATTTTATTCTTTTCAAATTCATTTGAGTGATGTTTTTTCTTCACTGTTCTCCGAGCCTTATCA
ATCGGAGTCAGGAAGCTTCGGTGTCTGAATAGCAAGGGCAATTTCATTATTGTTTGAACAATGCATACAGAAAGATCATGCAATTTAGTTGGAAGTCCTTAAATCACAAATGTATTCTGTTTTAATCTGATTCATTGGGAGTCATCATCTCTATTCTTGTACATCGCTTGCTTGACCCTTTAATTGGGTTTCCAGACTAC
TATCTCTGCAAGCTGTATGGACACACTGGGTTGGAGTGTCCCCATGTTTACAAATTCTCTGTGTTGAAATATAATGTTCATAATAAGAGATGAACCCCACTTATAAAAATACTTTGAAA

>TRINITY_DN41356_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGTAAAGAGGAACACCTTTTTTTTTAAATGTTAAACGTTTATATTTAGGCAAATTGAATGAATCAGCCACCGAGATTCGTGGGAAGGTGGGTTGGGGATTTGGGGCCAAAGAATTCGACCGTTTGCCCGGATCATCAGTCAGTCCTCTTCATAGCCTCCCGTTTGATTGTTTTATTTATCCCCTCGTCTCGGCGGATCTC
AGCTTGCCTTCCAATCCATTCATTCATTCATTTTGTTTGGTATGCAAAAAATGGTGATGGCTGCAGAGGTCAATGCCATTCCTGAGGAAACAACGgtagggattgatttcttatatgtagaatgatttcagttattatggattgagtttttattttgaatgtggattgcattgcagGCTCAGATTCCTCAGAAG

Intron 3 GTATTTATCT ... TACTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.27	155.3	0	81
A2	33.49	145	0	73
A3	24.52	172.3	0	56
A4	31.96	132	0	62
A5	36.28	72	0	41
A6	27.96	600.3	0	233
A7	28.47	726	2	289
A8	28.05	579.7	0	226
A9	27.93	784.7	0	304
A10	29.22	719.3	0	297

>TRINITY_DN46678_c0_g5_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCCCCAGCAGGTGCAGGTGATTCTCCCAAGTGCTGTGTTTCGTGGGAAATCTTTCAAATAGGAGCAAATTTGTTGTGGCTTTGAAAGTTCTATTCAAGAACCAGCTCCAGCAATCTCAGGTAGAGCACCAGCTGCGAAGAGAAATTGAAATCCAGAGTCATCTTCGGCATCCCAATATACTTCGTTTGTTTGGTTATT
TTTATGATCAGAGTCGTGTCTATCTGATTCTTGAATATGCTGCAAAAGGTGAGCTCTACAAAGAGCTTCAGCGCTGTAAATGCTTCAACGAAAGGCGGGCAGCTACTTACATTGCATCATTGGCACGAGCCTTGACATATTGTCATGAAAAACATGTGATACACCGGGACATCAAGCCAGAGAACTTGTTAGTTGGCGTA
CAGGGTGAACTCAAAATTGCAGATTTTGGATGGTCTGTGCACACTTTTGATAGAAGGAGAACCATGTGTGGAACTTTGGATTACTTGCCTCCTGAAATGGTGGAGAACAAGGAGCATGATGCTGGGGTAGACATTTGGAGCTTGGGAGTTTTGTGCTATGAGTTTCTGTATGGGTTTCCTCCTTTTGAAGCTAAGGAGCA
TTCGGACACTTACAAAAGGATTGTCAAGGTTGATTTGAAATTTCCTCCCAGGCCTTTTGTCTCTGATGCAGCCAAAGATCTTATTCGTCAACTTCTTGTGAAAGACTCTTCACAAAGACTGCCCCTACATAAAGTTCTTCAACATCCCTGGATTGTTCAAAACGCTGATCCTGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGAA
TAAAGCACTGGTTGGTTGCTATATAAAGTTCTCCAACATCCCTGGATTGTTCAAACTGCTGATCCTGATGGTGTTTCCAAGGCACTGCATTGAATAACGTACTGATTGTTGCTACATAAAAGTTCACCAACATTCCTGGATTGTTCAAAATGCCCATCCCGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGACTAACGTACTGAT
TGTTGTCTAAACAAACGTGTTATCAAACTATTCAGGTAGGAATTAGCTTGCACTATGTAGTTGAATATGAGGAGTGCTTGGAAGTGGGTTACTGACCATTCTGATAATCTGTAAATAAGCTTAGGTATTAGTTATGATTTTCTGGTGCCTTTTATGTAAGGTCCTTTATTGTATTTTATTCTTTTCAAATTCATTTGAGT
GATGTTTTTTCTTCACTGTTCTCCGAGCCTTATCAATCGGAGTCAGGAAGCTTCGGTGTCTGAATAGCAAGGGCAATTTCATTATTGTTTGAACAATGCATACAGAAAGATCATGCAATTTAGTTGGAAGTCCTTAAATCACAAATGTATTCTGTTTTAATCTGATTCATTGGGAGTCATCATCTCTATTCTTGTACATC
GCTTGCTTGACCCTTTAATTGGGATTCCAGACTACTATCTCTGCAAGCTGTATGGACACACTGGGTTGGAGTGTCCCCATGTTTACAAATTCTCTGTGTTGAAATATAATGTTCATAATAAGAGATGAACCCCAC

>TRINITY_DN46678_c0_g5_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAACTTGTTAGTTGGCGTACAGgtatttatcttgtatacaatcaatttgttatccatacccaatttgtaagtgatgatttctgactgcaaattacttgtcagGGTGAACTCAAAATTGCAGATTTTGGATGGTCTGTGCACACTTTTGATAGAAGGAGAACCATGTGTGGAACTTTGGATTACTTGCCTCCTGAAATGGT
GGAGAACAAGGAGCATGATGCTGGGGTAGACATTTGGAGCTTGGGAGTTTTGTGCTATGAGTTTCTGTATGGGTTTCCTCCTTTTGAAGCTAAGGAGCATTCGGACACTTACAAAAGGATTGTCAAGGTTGATTTGAAATTTCCTCCCAGGCCTTTTGTCTCTGATGCAGCCAAAGATCTTATTCGTCAACTTCTTGTGA
AAGACTCTTCACAAAGACTGCCCCTACATAAAGTTCTTCAACATCCCTGGATTGTTCAAAACGCTGATCCTGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGAATAAAGCACTGGTTGGTTGCTATATAAAGTTCTCCAACATCCCTGGATTGTTCAAACTGCTGATCCTGATGGTGTTTCCAAGGCACTGCATTGAATAACGTA
CTGATTGTTGCTACATAAAAGTTCACCAACATTCCTGGATTGTTCAAAATGCCCATCCCGATGGTGTTTACAAGGCACTGCATTGACTAACGTACTGATTGTTGTCTAAACAAACGTGTTATCAAACTATTCAGGTAGGAATTAGCTTGCACTATGTAGTTGAATATGAGGAGTGCTTGGAAGTGGGTTACTGACCATTC
TGATAATCTGTAAATAAGCTTAGGTATTAGTTATGATTTTCTGGTGCCTTTTATGTAAGGTCCTTTATTGTATTTTATTCTTTTCAAATTCATTTGAGTGATGTTTTTTCTTCACTGTTCTCCGAGCCTTATCAATCGGAGTCAGGAAGCTTCGGTGTCTGAATAGCAAGGGCAATTTCATTATTGTTTGAACAATGCAT
ACAGAAAGATCATGCAATTTAGTTGGAAGTCCTTAAATCACAAATGTATTCTGTTTTAATCTGATTCATTGGGAGTCATCATCTCTATTCTTGTACATCGCTTGCTTGACCCTTTAATTGGGATTCCAGACTACTATCTCTGCAAGCTGTATGGACACACTGGGTTGGAGTGTCCCCATGTTTACAAATTCTCTGTGTTG
AAATATAATGTTCATAATAAGAGATGAACCCCAC