NA ----> NA

Intron 1 GTATATATGG ... TAAGCCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.37	40	50	22
A2	47.37	40	56	16
A3	37.89	50	39	22
A4	45.16	17	26	2
A5	35.65	37	30	11
A6	40.66	313	303	126
A7	41.93	331	333	145
A8	40.3	400	348	192
A9	39.91	317	284	137
A10	40.65	238	226	100

>TRINITY_DN109716_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

ATCTCTTTCATAATTTCATAATCAGGAGGCAAACCTACTAAACGGAATAGTTCCCTTAGATGTGACGAAGGGCAAACCAGTAGTGAATCAAATATTTTGTTCCTCACCGTACTTGGGGGTGAATGGCTCTCAGAAGATACAGCGGCAGCTTTCTTGCAATTGTACGCAATGCATACGCTTCTTCTCCTTCAAGGCTGCAC
CTAGTATCTCCTTTGAACAATTCTTGTTCTTCTACTTCTCCAAGGTGGATCAATGGACACATATCTTCTTCACACAAAATTTCCTGTTTTCTGGCCAATCCAAGCGGGCTCCTTAAGCCTGCTGAAACATTGTCATTATCGGTGGCAGATAATTCTAAACTCAGAATGCCGTTCTGCAATGCAAAGCTGAGTATGTACAG
GAGTATGTCATCTGGGCGGAAGGAGAGCTATAAGGTTCACTACTCAAAGGAAAGTGAAACTGCAGGGCAACAACAGAAATCCGAGGCCAAGGTTGCTGTCTTTCTCAGATCAATGCAAGAAAAAATGAAATCGGAGGAACTACCCGCTGCTGCTTTGGGGCTTGGGTTGGCTGGGGCCATTCCATTTATCCTTTTAACTC
CTTCATTTTCTTCACTCCTGCCGGAAGTTTTGTCCACACGACCTTTGGAAGCACAGGCAGCTTATGGTGCAGTGATACTTTCATTTCTTGGTGGTCCTCATTGGGGCCTTGCCATGGTTCGCACACATGCTTCTCCGTATGACAAGGTTTTCAACATTAATATAAGCACTGTAAGGTGCTTGGAGTGGATGCTTGGTGCT
CAATGCAAGGTCTTTTACCTCCTTGGTATTTACCATTGAGAGTACTTCTATCACTAGTAGTCATTCTCTGCTTAATCTCATCCATTCTTCATTCATATTTCAGCCACAAGGTAAAATCTGGTAGGGAAGTGAACGAGGACTGAAGGTCAACTATATTTCTTTGCAACATTTCAGCATCCATTTTTTAACCTTATTTTCAT
CCAATTCCTTATAATAAGTCAACTTGTATTCTTCTACATATTTCTTGGTAAACATATTCGAACATGATGGTGAAGTCTTAAAAGATAATAAAAAAGAGGTTTGAGGACATACCTTTAGTTTGCAGAGTGTTTTGCAACAAAAATTATTAACAGAAAATGACTGGAGAGAAGATGAAATTTATGTGTTTGTTATAATTTTT
TATTTCCCAAATTTGTTTTAATTTCCTTATTTGTTATCTTTCCA

>TRINITY_DN109716_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCTCTTTCATAATTTCATAATCAGGAGGCAAACCTACTAAACGGAATAGTTCCCTTAGATGTGACGAAGGGCAAACCAGTAGTGAATCAAATATTTTGTTCCTCACCGTACTTGGGGGTGAATGGCTCTCAGAAGATACAGCGGCAGCTTTCTTGCAATTGTACGCAATGCATACGCTTCTTCTCCTTCAAGGCTGCAC
CTAGTATCTCCTTTGAACAATTCTTGTTCTTCTACTTCTCCAAGGTGGATCAATGGACACATATCTTCTTCACACAAAATTTCCTGTTTTCTGGCCAATCCAAGCGGGCTCCTTAAGCCTGCTGAAACATTGTCATTATCGGTGGCAGATAATTCTAAACTCAGAATGCCGTTCTGCAATGCAAAGCTGAGTATGTACAG
GAGTATGTCATCTGGGCGGAAGGAGAGCTATAAGGTTCACTACTCAAAGGAAAGTGAAACTGCAGGGCAACAACAGAAATCCGAGGCCAAGGTTGCTGTCTTTCTCAGATCAATGCAAGAAAAAATGAAATCGGAGGAACTACCCGCTGCTGCTTTGGGGCTTGGGTTGGCTGGGGCCATTCCATTTATCCTTTTAACTC
CTTCATTTTCTTCACTCCTGCCGGAAGTTTTGTCCACACGACCTTTGGAAGCACAGGCAGCTTATGGTGCAGTGATACTTTCATTTCTTGGTGGTCCTCATTGGGGCCTTGCCATGGTTCGCACACATGCTTCTCCGTATGACAAGGTTTTCAACATTAATATAAGCACTGTAAGgtatatatggagcattgtcccctca
ttgttggcatggccagctttattgttatcagatattccaaagatgactgttcttattttttctttttctctggtatgactgttaaccaagcctccaagatttgattgatctatttctcttacacaaaatttggaaattaagggaaatattgtacttaagccgaagGTGCTTGGAGTGGATGCTTGGTGCTCAATGCAAGG
TCTTTTACCTCCTTGGTATTTACCATTGAGAGTACTTCTATCACTAGTAGTCATTCTCTGCTTAATCTCATCCATTCTTCATTCATATTTCAGCCACAAGGTAAAATCTGGTAGGGAAGTGAACGAGGACTGAAGGTCAACTATATTTCTTTGCAACATTTCAGCATCCATTTTTTAACCTTATTTTCATCCAATTCCTT
ATAATAAGTCAACTTGTATTCTTCTACATATTTCTTGGTAAACATATTCGAACATGATGGTGAAGTCTTAAAAGATAATAAAAAAGAGGTTTGAGGACATACCTTTAGTTTGCAGAGTGTTTTGCAACAAAAATTATTAACAGAAAATGACTGGAGAGAAGATGAAATTTATGTGTTTGTTATAATTTTTTATTTCCCAA
ATTTGTTTTAATTTCCTTATTTGTTATCTTTCCA

Intron 2 GTATGACTGT ... TAAGCCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.23	45	10	22
A2	25.93	40	12	16
A3	33.33	35	13	22
A4	13.79	25	6	2
A5	32.08	18	6	11
A6	25.9	279	69	126
A7	26.16	319	81	145
A8	24.95	361	48	192
A9	25.85	284	61	137
A10	25.68	220	52	100

>TRINITY_DN109716_c1_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

CCAATCTCTCGATCCATAGAACTTTTATCATTGGAAGTACTGATATATGCTTGAATGAATACATTAGGTCCATTATCCTTGTCTGATCAATTTTCTCAATTGAGTTATGCTATGAACCTGGAAATTTTCTAACTGCAATAACTGTTTTGATGAAGGATTGGTTCAGGAAGTTTTGTCCACACGACCTTTGGAAGCACAGG
CAGCTTATGGTGCAGTGATACTTTCATTTCTTGGTGGTCCTCATTGGGGCCTTGCCATGGTTCGCACACATGCTTCTCCGTATGACAAGGTTTTCAACATTAATATAAGCACTGTAAGGTATATATGGAGCATTGTCCCCTCATTGTTGGCATGGCCAGCTTTATTGTTATCAGATATTCCAAAGATGACTGTTCTTATT
TTTTCTTTTTCTCTGGTGCTTGGAGTGGATGCTTGGTGCTCAATGCAAGGTCTTTTACCTCCTTGGTATTTACCATTGAGAGTACTTCTATCACTAGTAGTCATTCTCTGCTTAATCTCATCCATTCTTCATTCATATTTCAGCCACAAGGTAAAATCTGGTAGGGAAGTGAACGAGGACTGAAGGTCAACTATATTTCT
TTGCAACATTTCAGCATCCATTTTTTAACCTTATTTTCATCCAATTCCTTATAATAAGTCAACTTGTATTCTTCTACATATTTCTTGGTAAACATATTCGAACATGATGGTGAAGTCTTAAAAGATAATAAAAAAGAGGTTTGAGGACATACCTTTAGTTTGCAGAGTGTTTTGCAACAAAAATTATTAACAGAAAATGA
CTGGAGAGAAGATGAAATTTATGTGTTTGTTATAATTTTTTATTTCCCAAATTTGTTTTAATTTCCTTATTTGTTATCTTTCCA

>TRINITY_DN109716_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCTCTTTCATAATTTCATAATCAGGAGGCAAACCTACTAAACGGAATAGTTCCCTTAGATGTGACGAAGGGCAAACCAGTAGTGAATCAAATATTTTGTTCCTCACCGTACTTGGGGGTGAATGGCTCTCAGAAGATACAGCGGCAGCTTTCTTGCAATTGTACGCAATGCATACGCTTCTTCTCCTTCAAGGCTGCAC
CTAGTATCTCCTTTGAACAATTCTTGTTCTTCTACTTCTCCAAGGTGGATCAATGGACACATATCTTCTTCACACAAAATTTCCTGTTTTCTGGCCAATCCAAGCGGGCTCCTTAAGCCTGCTGAAACATTGTCATTATCGGTGGCAGATAATTCTAAACTCAGAATGCCGTTCTGCAATGCAAAGCTGAGTATGTACAG
GAGTATGTCATCTGGGCGGAAGGAGAGCTATAAGGTTCACTACTCAAAGGAAAGTGAAACTGCAGGGCAACAACAGAAATCCGAGGCCAAGGTTGCTGTCTTTCTCAGATCAATGCAAGAAAAAATGAAATCGGAGGAACTACCCGCTGCTGCTTTGGGGCTTGGGTTGGCTGGGGCCATTCCATTTATCCTTTTAACTC
CTTCATTTTCTTCACTCCTGCCGGAAGTTTTGTCCACACGACCTTTGGAAGCACAGGCAGCTTATGGTGCAGTGATACTTTCATTTCTTGGTGGTCCTCATTGGGGCCTTGCCATGGTTCGCACACATGCTTCTCCGTATGACAAGGTTTTCAACATTAATATAAGCACTGTAAGGTATATATGGAGCATTGTCCCCTCA
TTGTTGGCATGGCCAGCTTTATTGTTATCAGATATTCCAAAGATGACTGTTCTTATTTTTTCTTTTTCTCTGgtatgactgttaaccaagcctccaagatttgattgatctatttctcttacacaaaatttggaaattaagggaaatattgtacttaagccgaagGTGCTTGGAGTGGATGCTTGGTGCTCAATGCAAGG
TCTTTTACCTCCTTGGTATTTACCATTGAGAGTACTTCTATCACTAGTAGTCATTCTCTGCTTAATCTCATCCATTCTTCATTCATATTTCAGCCACAAGGTAAAATCTGGTAGGGAAGTGAACGAGGACTGAAGGTCAACTATATTTCTTTGCAACATTTCAGCATCCATTTTTTAACCTTATTTTCATCCAATTCCTT
ATAATAAGTCAACTTGTATTCTTCTACATATTTCTTGGTAAACATATTCGAACATGATGGTGAAGTCTTAAAAGATAATAAAAAAGAGGTTTGAGGACATACCTTTAGTTTGCAGAGTGTTTTGCAACAAAAATTATTAACAGAAAATGACTGGAGAGAAGATGAAATTTATGTGTTTGTTATAATTTTTTATTTCCCAA
ATTTGTTTTAATTTCCTTATTTGTTATCTTTCCA