NA ----> NA

Intron 1 GTTAAAACTC ... ACCAATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.17	17	8	6
A2	29.17	17	5	9
A3	24.32	28	11	7
A4	58.33	5	11	3
A5	30.43	8	1	6
A6	24.07	183	80	36
A7	23.11	173	66	38
A8	25.62	119	55	27
A9	28.24	202	106	53
A10	26.97	111	59	23

>TRINITY_DN45360_c7_g4_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

ATAATCTCGGATTATGTTACGATCCTTGGAGTTGGTCTCTCTTGCTCTCTAATGCTGGATGGTCATCATAATCTTGGATTATGTTATGATCCTTGGATTTGGGACTAGCCAGAACGAGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAGGCTATTTGAGTGTGTTCTTACGGCCCCGTGAGCTCGAGGGTTCGAGGTGAAGAAGACTAA
CCTTGATATAGTAGGGTGGTTAACCGAGGGGTCCTCAATGAATCGTCAACGACTGGACTACTTCAGACAGCGGAATCAGCCACTACTCAACATCTTCAAGTTCGACGCCAGCACCAGATTCCTTGGAGAAGCAGGGGATAATGGAACCGAATCATAAACCTTGATTGAGAGATCAACCCATCTGTTGAAGCTTTAAATTC
TTGCTTTCTTGATATTGTATATTCAGTTTAAATGCGCTCTTAGATCTAATTTTTGGTTATAATAAAATTTCATACTTAATAGGATACTATAGAGATCGACTCTGTAGGTCGATTATAGAGCTCGATCCCTGACGATTGACCCGGTTTTCTTGATATGGTATATGCAGTAGAAGTCGCATCTCTCAGATCTATTCTTTTTA
CAGTTAAATTTAATTCGGGAAAAATGAATTAGGGCGACTCTGTATCACAGTGACAGAGTTCAAC

>TRINITY_DN45360_c7_g4_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATAATCTCGGATTATGTTACGATCCTTGGAGTTGGTCTCTCTTGCTCTCTAATGCTGGATGGTCATCATAATCTTGGATTATGTTATGATCCTTGGATTTGGGACTAGCCAGAACGAGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAGGCTATTTGAGTGTGTTCTTACGGCCCCGTGAGCTCGAGGGTTCGAGGTGAAGAAGACTAA
CCTTGATATAGTAGGGTGGTTAACCGAGGGGTCCTCAATGAATCGTCAACGACTGGACTACTTCAGACAGCGGAATCAGCCACTACTCAACATCTTCAAGTTCGACGCCAGCACCAGgttaaaactcattatttgtttaaattattattttcttttatgaggatgatatatatgtgatgttttgaaatcaatctggttat
aaagtatagacgcagtccttccttaatacatatgtatctttgaattttatgaatgaacaaaggtagaccgacggtctaatttctgttattcttagctcagtttcaccatctaattatttcataaattctgtaagagcgtagacctgattggtatattaacttgttttttattttatacttaaccaatctagATTCCTTGG
AGAAGCAGGGGATAATGGAACCGAATCATAAACCTTGATTGAGAGATCAACCCATCTGTTGAAGCTTTAAATTCTTGCTTTCTTGATATTGTATATTCAGTTTAAATGCGCTCTTAGATCTAATTTTTGGTTATAATAAAATTTCATACTTAATAGGATACTATAGAGATCGACTCTGTAGGTCGATTATAGAGCTCGAT
CCCTGACGATTGACCCGGTTTTCTTGATATGGTATATGCAGTAGAAGTCGCATCTCTCAGATCTATTCTTTTTACAGTTAAATTTAATTCGGGAAAAATGAATTAGGGCGACTCTGTATCACAGTGACAGAGTTCAAC

Intron 2 GTTAAAACTC ... GTATATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	15	8	10
A2	73.68	5	5	23
A3	54.39	13	11	20
A4	73.33	4	11	11
A5	45.45	3	1	4
A6	39.76	128	80	89
A7	39.55	107	66	74
A8	44.71	94	55	97
A9	45.07	117	106	86
A10	38.81	82	59	45

>TRINITY_DN45360_c7_g4_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ATAATCTCGGATTATGTTACGATCCTTGGAGTTGGTCTCTCTTGCTCTCTAATGCTGGATGGTCATCATAATCTTGGATTATGTTATGATCCTTGGATTTGGGACTAGCCAGAACGAGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAGGCTATTTGAGTGTGTTCTTACGGCCCCGTGAGCTCGAGGGTTCGAGGTGAAGAAGACTAA
CCTTGATATAGTAGGGTGGTTAACCGAGGGGTCCTCAATGAATCGTCAACGACTGGACTACTTCAGACAGCGGAATCAGCCACTACTCAACATCTTCAAGTTCGACGCCAGCACCAGTAGAAGTCGCATCTCTCAGATCTATTCTTTTTACAGTTAAATTTAATTCGGGAAAAATGAATTAGGGCGACTCTGTATCACAG
TGACAGAGTTCAAC

>TRINITY_DN45360_c7_g4_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ATAATCTCGGATTATGTTACGATCCTTGGAGTTGGTCTCTCTTGCTCTCTAATGCTGGATGGTCATCATAATCTTGGATTATGTTATGATCCTTGGATTTGGGACTAGCCAGAACGAGGATTGGGAGATCCTTTCGGGAGGCTATTTGAGTGTGTTCTTACGGCCCCGTGAGCTCGAGGGTTCGAGGTGAAGAAGACTAA
CCTTGATATAGTAGGGTGGTTAACCGAGGGGTCCTCAATGAATCGTCAACGACTGGACTACTTCAGACAGCGGAATCAGCCACTACTCAACATCTTCAAGTTCGACGCCAGCACCAGgttaaaactcattatttgtttaaattattattttcttttatgaggatgatatatatgtgatgttttgaaatcaatctggttat
aaagtatagacgcagtccttccttaatacatatgtatctttgaattttatgaatgaacaaaggtagaccgacggtctaatttctgttattcttagctcagtttcaccatctaattatttcataaattctgtaagagcgtagacctgattggtatattaacttgttttttattttatacttaaccaatctagattccttgg
agaagcaggggataatggaaccgaatcataaaccttgattgagagatcaacccatctgttgaagctttaaattcttgctttcttgatattgtatattcagtttaaatgcgctcttagatctaatttttggttataataaaatttcatacttaataggatactatagagatcgactctgtaggtcgattatagagctcgat
ccctgacgattgacccggttttcttgatatggtatatgcagTAGAAGTCGCATCTCTCAGATCTATTCTTTTTACAGTTAAATTTAATTCGGGAAAAATGAATTAGGGCGACTCTGTATCACAGTGACAGAGTTCAAC