sp|Q9M8Y0|SEC_ARATH ----> Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SEC

Intron 1 GTCAATTAAC ... GAGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.23	33.6	8	6
A2	17.65	19.1	4	4
A3	11.9	11.1	2	1
A4	17.43	7.1	2	1
A5	18.63	4.6	1	1
A6	0	3	0	0
A7	0	23.4	0	0
A8	3.05	15.9	0	1
A9	2.44	20	0	1
A10	14.03	18.9	6	0

>TRINITY_DN122246_c0_g1_i24 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTTTATTCTTGCAAAAATGCTGTTGATCAAGACAAGATGGAAAACATCCGAGTATAGTAATATCTATAAGGATTTGCTCAGAAGCATTTCATGGTGGGTATCTCGCCTGATACTGGTTCAACAAAAAATCCTGGATGAAAGGTCTCGTTCTTTGTATGAACAACTTCAAGTGGCAATGGGAGAGACTCTGAAGCATTT
TGGTCAATCAACCAATGTAATTGAATATTGGGAGAACAGGTTAACTGAGAGGGAGGCTTCAGATATAGTAGCAGCAGCTAACCTAGAAGCAGGCATTAAAGAGCATGCATATGGTTATATTGACCGTGCAAGGCAGTTCTTCAAATATGCAGAAACAGCATGTGCACTGAAACTTTCTGTTACTGGTGCACTTGGATTCC
GGACAGTTCATCAGTCACTTTGTCCTTTTCCTGCAGACAGAAGCAAAGGCCCAGATGGTTCTTGTAGCAGCTTCCTTGGATGACAACGTTCAGATGGGAAATTCTCTGGTAGATGATAGTAGTAAAATTCCTCAGGATTGTGATAGAAATGGACTTTTTCCTGATAGTTATGGAGACAGTGATATACTGTTAGCTCCAAA
GTTAATTGAAGAAATGAAAGATGGAGGAATTGCAACAACCGTTGACAATGTTGATGGAGGAAACCCAAAGATACTTGATACCATCAAGCAGGCAGTGATATTGGCCCAATGTCTTGATATAAAGAAGAGCACACCGGATGATGAAATGCAGGATTGGCAGATGGCCCCATATATAGAAGCTGTTGATGCTCAGAAGTTCT
CTCACTTCATGGTAAGGTGCTTTTGCCAGATTCTTCGGATTCATTGGGAGCGTAAGAGGAGCCGCACCAAACAGCGTGCAATAATGAAGATGGATGAGCTGGTCCAAGAAGTCTGTGGAGGTTCAACTGGTGTTGCAGACCGCATGCACTACGCTTATTGTGTCTGTTTCCCTACTGTCTCAGCACTTCTCAAGGAACAT
GCCGAGCTTATGGTAAGCTGTGGTATTATTGGAGATGCTCTGAAAATATTTGAGGATCTTGAGCTGTGGGATAATCTTATTTATTGCTATTGTTTGCTAGGAAAAAAGCCAGCAGCGACAGATCTTATTAAAGAGCGTTTGCAACATAGCCCGGAAGATCCAAGACTGTGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGA
TGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACTTGGTTCAGCAGCTTTAAAGGCTAGAGACTTTGATA
AAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGTGTGGAACAACATTGCTTGCCTTCATATGATGAAGAAGAGGAACAAGGAGGCCTTTATTGCTTTCAAAGAAGCACTGAAGTTCAGGCGTAATAGCTGGCAGATGTGGGAGAACTATAGTCAAGTAGCAATGGACATAGGTAATTTT
GGTCAGGCATTGGAAGCAATAAAAATGGTACTAGATCTGACTAAAAACAAAAGAGGAGATTTGAATTTGCTTTCAAAGTTGGTAGAAGAGATGGAATCCAGAAAGATATCATCTGGATGTCCTATTATTCGGATTGATGGTACTGGTCAGAAGCTTGAATTCAGCAATAGTTTGTTTGAGAATGGTCTTAGTAAAACAAA
TACGAGCCAATGTGCAGACAAACCAAACAAAACTGTGGACACAGGTATAGTCCACAGTCAGAGTATTGACGGTGTCAAGTATAGTTTTGAGACAGAACAATTAGTGGATTTATGTGGAAGTATATTACAGCAGCTGGTGCGAAGTGGTGAAGGTGGGGGAGAAGTCTGGGGCTTGTATGCTCGATGGCAGAAATTCAAGG
GTAACTCAATTATGTGCACAGAAGCTCTCTTGAAGCAAGTTAGAGCTTACCAGGGATCTGATCTGAGTCACAATGAAGAGCGCTTTAAGAAGTTTGCTCGTGCTTCAGTGCAGCTTTGTGAGCAATATATTGACATTGCATCTTCCACTGGTAGCGAGCGTGAACTTAGCACAGCCCAAATGCATCTAAGGAATGCCATT
AAACAGGCAGAGAAATTTTCTGGTTCAGAAGAATACAAAGCATTAGGAGTCTGTCTTCAGCGTGTGCAGCAAGAGCTTCAACATACATCTGTTGAAAAGGATAAATAGTATGTTGTATTGTGTTTTTGTGTTGTAACGAGCCCAATTTCTCTCTGATTTTAGAAGGGGTTAATTTAATTTAATTAAAATATTAAAGTACA
AATATGAGTAAGCATTGGGAGTGCAAAAGCATATACAAGAGAGTTGTTAAAGAACTGAACGAGCACAAGAAGAGTGTCGAAACATATACTGTTGAACCCTAGAGAACCCAAAAGTACAAAATGGGCGAGGGTTCCAATAGGCAATGACATCAAGGAGAAAGCCGGAAACCAACAAAGCTGTCCTGTAATATCATGCAATT
AATGCATTATAGAGAAAGATGCTTCTCAAGCATTTGTTAGATTAATGTATAGTTATTGTATTTTGTAACAGAAATTCAGTCTGTCCTAATATGTAATTTACTTGCTCAAAGACCTCCGGCAGTTCCTACTTGATTTTTAAATAATTTATAAGCTCATTAAATTCCACGATTGAAACAGCATTGTAGCTGGTGCCTATTTT
TTCAGAACAACGTTTACAAGCTGGAATGTAGATATATAGAGTTCAGCATGTACATTCAATTTAAGGAAATTCTGTATTCTTTTGTACACAAAAGTTTGACTGAATTATGTTGGTTGTTATCTGAGATTATTATATAGCAAGTGAGCTTGAGG

>TRINITY_DN122246_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATTTTATTCTTGCAAAAATGCTGTTGATCAAGACAAGATGGAAAACATCCGAGTATAGTAATATCTATAAGGATTTGCTCAGAAGCATTTCATGGTGGGTATCTCGCCTGATACTGGTTCAACAAAAAATCCTGGATGAAAGGTCTCGTTCTTTGTATGAACAACTTCAAGTGGCAATGGGAGAGACTCTGAAGCATTT
TGGTCAATCAACCAATGTAATTGAATATTGGGAGAACAGGTTAACTGAGAGGGAGGCTTCAGATATAGTAGCAGCAGCTAACCTAGAAGCAGGCATTAAAGAGCATGCATATGGTTATATTGACCGTGCAAGGCAGTTCTTCAAATATGCAGAAACAGCATGTGCACTGAAACTTTCTGTTACTGGTGCACTTGGATTCC
GGACAGTTCATCAGTCACTTTGTCCTTTTCCTGCAGACAGAAGCAAAGGCCCAGATGGTTCTTGTAGCAGCTTCCTTGGATGACAACGTTCAGATGGGAAATTCTCTGGTAGATGATAGTAGTAAAATTCCTCAGGATTGTGATAGAAATGGACTTTTTCCTGATAGTTATGGAGACAGTGATATACTGTTAGCTCCAAA
GTTAATTGAAGAAATGAAAGATGGAGGAATTGCAACAACCGTTGACAATGTTGATGGAGGAAACCCAAAGATACTTGATACCATCAAGCAGGCAGTGATATTGGCCCAATGTCTTGATATAAAGAAGAGCACACCGGATGATGAAATGCAGGATTGGCAGATGGCCCCATATATAGAAGCTGTTGATGCTCAGAAGTTCT
CTCACTTCATGGTAAGGTGCTTTTGCCAGATTCTTCGGATTCATTGGGAGCGTAAGAGGAGCCGCACCAAACAGCGTGCAATAATGAAGATGGATGAGCTGGTCCAAGAAGTCTGTGGAGGTTCAACTGGTGTTGCAGACCGCATGCACTACGCTTATTGTGTCTGTTTCCCTACTGTCTCAGCACTTCTCAAGGAACAT
GCCGAGCTTATGGTAAGCTGTGGTATTATTGGAGATGCTCTGAAAATATTTGAGGATCTTGAGCTGTGGGATAATCTTATTTATTGCTATTGTTTGCTAGGAAAAAAGCCAGCAGCGACAGATCTTATTAAAGAGCGTTTGCAACATAGCCCGGAAGATCCAAGACTGTGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGA
TGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGGTTTGTATTTTGAATCTATCCACCCTTTATGTATTTTTGTTTTGCCTTTGGTGTTATGTGAAAAGATTGGTTGTTCAAATCATTTT
TAAATTATCTTTATGCCCAATAAAGCTACTTTTGATATATTTCTAGTCTGGTGTTGAACTCATGGGCTAATGCAGGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACTTGGTTCAGCAGCTTTAAAGgtcaattaaccattctctttaccattttttctattttactgtaattcgaattgtt
gaaagatgcacatgatcaattacagtgagatgaagcacaaacagagaatatgttttttgtccaattttactaactaatgttcacgggtgttagagatttattttcatgcctttattctggagcttgcagGCTAGAGACTTTGATAAAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGT
GTGGAACAACATTGCTTGCCTGTATGTCCTTTCATAGAATTTATCTTGATCCTTGTGTGACTAGAAAATGTTTTCTTGGTTTAAACTTTATTCAAAAACAGTTTTTTTGCACTTGATATAAAGGTTTCAGAAGGGCAAGCTGCAATGCCTAGATCAATCAAACTCTTGTAACTATTCAATCTTGCC

Intron 2 GTTTGATTTA ... CTATTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.76	41.8	1	4
A2	10.19	44.3	7	3
A3	14.63	35	7	5
A4	2.34	21	0	1
A5	0	13	0	0
A6	0	7.8	0	0
A7	2.02	24.3	1	0
A8	0	14	0	0
A9	0	17.8	0	0
A10	0	23.8	0	0

>TRINITY_DN112143_c2_g3_i18 from sample A3 / Example spliced isoform

GGGAGACTCTCAAGTAGAATCCTCTAGCAGGTTCAAGTCCTATGAGCAAGAACACACAGCATACACCTAGGTATTCAAATTTAATACGGGAGACTCTCAAGTATAATCCTATAGCAGGTTCAAGTCCTATGAGCAAGAACACACAGCATACACCTAGGTAGAATGAATGTATAGTATATATTTATAAAAGAATCGGTTTT
CTCCATCCGTCTGAGACCCGAAGTGAAAGTGCAGAAGAGATGGAAGAGGAGAAGAGAAAGGTCGGCGGGATGCTCAAACTGTTCGAGCTACGTCTACTGCGATGCTCTCTGGCTAACAACCACACCCTCCCCTGGGCAACAGAGGACTATTGTGTTGAAGCAACAGAGGATTATTGGCTTAAATCCATAAAAACCCTCGT
AGATCATATTGAGAAGGGAGAGTACATTGAAGCTTTGCGTTCCGGGCCTGCTCGTCTCGTTTTTGATATTACCGATGCCTCCCAATGCGAGAAGACCAAGCAGGGAGCGGAAAAGTTTTATAGTCGGCTGGAAGATCGCATCGCCGACTTCCTGAGCGGCGGAGCTCACGGGACTCAATCAGAAGACAGTAACTGGCTTG
ATTTTGTGGACACCAACAGCGATCCGGAGGCACGCTTCCGGGCAATGCTTGCTATGGCGCTCGGAATAGCAGCTCTGTCCGTCTTTGTCCAGTGCAATTTGACAGGGCCACGTGGAGATTTTTCCAGATTTCCCTTTTGTTATGGTCCAAAACAAGAAACTCTGATATTGAATGAATACATAGAATGGGATATATGGTCT
TCTCAACAACTTATGTCTGACGGGTGTGATTTGCTTGGCAAGTATGCCCTTCCACAGTATTTTATTCTTGCAAAAATGCTGTTGATCAAGACAAGATGGAAAACATCCGAGTATAGTAATATCTATAAGGATTTGCTCAGAAGCATTTCATGGTGGGTATCTCGCCTGATACTGGTTCAACAAAAAATCCTGGATGAAAG
GTCTCGTTCTTTGTATGAACAACTTCAAGTGGCAATGGGAGAGACTCTGAAGCATTTTGGTCAATCAACCAATGTAATTGAATATTGGGAGAACAGGTTAACTGAGAGGGAGGCTTCAGATATAGTAGCAGCAGCTAACCTAGAAGCAGGCATTAAAGAGCATGCATATGGTTATATTGACCGTGCAAGGCAGTTCTTCA
AATATGCAGAAACAGCATGTGCACTGAAACTTTCTGTTACTGGTGCACTTGGATTCCGGACAGTTCATCAGACAGAAGCAAAGGCCCAGATGGTTCTTGTAGCAGCTTCCTTGGATGACAACGTTCAGATGGGAAATTCTCTGGTAGATGATAGTAGTAAAATTCCTCAGGATTGTGATAGAAATGGACTTTTTCCTGAT
AGTTATGGAGACAGTGATATACTGTTAGCTCCAAAGTTAATTGAAGAAATGAAAGATGGAGGAATTGCAACAACCGTTGACAATGTTGATGGAGGAAACCCAAAGATACTTGATACCATCAAGCAGGCAGTGATATTGGCCCAATGTCTTGATATAAAGAAGAGCACACCGGATGATGAAATGCAGGATTGGCAGATGGC
CCCATATATAGAAGCTGTTGATGCTCAGAAGTTCTCTCACTTCATGGTAAGGTGCTTTTGCCAGATTCTTCGGATTCATTGGGAGCGTAAGAGGAGCCGCACCAAACAGCGTGCAATAATGAAGATGGATGAGCTGGTCCAAGAAGTCTGTGGAGGTTCAACTGGTGTTGCAGACCGCATGCACTACGCTTATTGTGTCT
GTTTCCCTACTGTCTCAGCACTTCTCAAGGAACATGCCGAGCTTATGGTAAGCTGTGGTATTATTGGAGATGCTCTGAAAATATTTGAGGATCTTGAGCTGTGGGATAATCTTATTTATTGCTATTGTTTGCTAGGAAAAAAGCCAGCAGCGACAGATCTTATTAAAGAGCGTTTGCAACATAGCCCGGAAGATCCAAGA
CTGTGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGATGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACT
TGGTTCAGCAGCTTTAAAGGCTAGAGACTTTGATAAAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGTGTGGAACAACATTGCTTGCCTTCATATGATGAAGAAGAGGAACAAGGAGGCCTTTATTGCTTTCAAAGAAGCACTGAAGTTCAGGCGTAATAGCTGGCAGATGTGGGAGA
ACTATAGTCAAGTAGCAATGGACATAGGTAATTTTGGTCAGGCATTGGAAGCAATAAAAATGGTACTAGATCTGACTAAAAACAAAAGAGGAGATTTGAATTTGCTTTCAAAGTTGGTAGAAGAGATGGAATCCAGAAAGATATCATCTGGATGTCCTATTATTCGGATTGATGGTACTGGTCAGAAGCTTGAATTCAGC
AATAGTTTGTTTGAGAATGGTCTTAGTAAAACAAATACGAGCCAATGTGCAGACAAACCAAACAAAACTGTGGACACAGGTATAGTCCACAGTCAGAGTATTGACGGTGTCAAGTATAGTTTTGAGACAGAACAATTAGTGGATTTATGTGGAAGTATATTACAGCAGCTGGTGCGAAGTGGTGAAGGTGGGGGAGAAGT
CTGGGGCTTGTATGCTCGATGGCAGAAATTCAAGGGTAACTCAATTATGTGCACAGAAGCTCTCTTGAAGCAAGTTAGAGCTTACCAGGTATTACATTTTTCCAAAAACTAAGAAATATATTCTCATGCAACAAGGTACTAGAAGAAAGCCATTTCCCTTATTCCACTGGATTAAAGTTAC

>TRINITY_DN112143_c2_g3_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCTCCATAATCTACCAGATTAAGGAGATTCAGATAAGGAAGAGCGATTTAAAGATTGTTACTGATATTTCCATGTTTATTTCAGTTTTGGGTTTTGATGGCCTTCTGGATTCAAAATATCTTTGGTGTTTGACTTGATTGTGCTCCAGTTCATGTTTAGATTCAATTTAATGAAGATATAGAGAATTTTGAATAAACAGA
AAATAAAAATGATTGGTATCTACATTTGAATGCATGCCTGTTCTGATAATCTGATAGGTTGATAGTATTTCTCTTTTGGGTCACCTTTAATGTGAACATCTCTAAACCATGTGTAGTGTGTTGTATCTGTAAAATGTGGCCATTGTTATTATGAATTTCTTGGTATTTGCATTGGGCGTTTTATTCTTATAACTTTTCTC
TGTTTAAGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGATGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGgtttgatttaaacctcattggggcttttctttgaagtttgatatttgaatgcatttaaatgattgattgaagattccatattttaatacttaaatatgcttatcaaa
attatgcatatctattgacagCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGGTTTGTATTTTGAATCTATCCACCCTTTATGTATTTTTGTTTTGCCTTTGGTGTTATGTGAAAAGATTGGTTGTTCAAATCATTTTTAAATTATCTTTATGCCCAATAAAGCTACTTTTG
ATATATTTCTAGTCTGGTGTTGAACTCATGGGCTAATGCAGGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACTTGGTTCAGCAGCTTTAAAGGCTAGAGACTTTGATAAAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGTGTGGAACAACATTGCTTG
CCTGTATGTCCTTTCATAGAATTTATCTTGATCCTTGTGTGACTAGAAAATGTTTTCTTGGTTTAAACTTTATTCAAAAACAGTTTTTTTGCACTTGAATAAAGGTTTCAGAAGGGCAAGCTGCAATGCCTAGATCAATCAAACTCTTGTAACTATTCAATCTTGCTATTTAAACTTTGTCAATCGTCTTGACTCTTGAG
TTCCGTGAATTATAAAAATCCTTAATGTTTCTAGGGATATCCTAGTGGTGGATCAATCATGTGAACTCATACCAAAACCATGGGCAAGAGAACAAATGCGCCCTAGAAAAATGTGCATGAAGGATATTTGACCATATATAACCATGAAATAATGCCAATAGGATAGAATGCTCTATCAAATGAGGGCCCAAGCCATCAAA
CAAGTGTTAGAGAGAGAGCCCTCCATGGAAGAGTAGTCACCAATTATGAAGTCATCACATAACCTCATCAATAGCCACTACATCAAGAAAATCAAAATACAATTCCCGTAGACAGATGTATCTTGAACATCCATATGTTAGGGCATCATCAACATTAGGGCATCATCATAACATGAAGAAAAAATATAGCATCAAGGAAC
CTAAGCTATCCATAGCCCCAC

Intron 3 GTTTGTATTT ... GCTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	42	20.4	16.7
A2	9.71	49	28.2	5.6
A3	27.05	17	15.3	6.7
A4	11.91	18	12.6	2.4
A5	26.96	12	6.3	4.4
A6	11.11	9	4.4	1.3
A7	14.14	30	9.8	6.2
A8	14.14	15	5.3	3.1
A9	13.33	14	3.6	2.7
A10	19.35	25	5.3	6

>TRINITY_DN122246_c0_g1_i24 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTTTATTCTTGCAAAAATGCTGTTGATCAAGACAAGATGGAAAACATCCGAGTATAGTAATATCTATAAGGATTTGCTCAGAAGCATTTCATGGTGGGTATCTCGCCTGATACTGGTTCAACAAAAAATCCTGGATGAAAGGTCTCGTTCTTTGTATGAACAACTTCAAGTGGCAATGGGAGAGACTCTGAAGCATTT
TGGTCAATCAACCAATGTAATTGAATATTGGGAGAACAGGTTAACTGAGAGGGAGGCTTCAGATATAGTAGCAGCAGCTAACCTAGAAGCAGGCATTAAAGAGCATGCATATGGTTATATTGACCGTGCAAGGCAGTTCTTCAAATATGCAGAAACAGCATGTGCACTGAAACTTTCTGTTACTGGTGCACTTGGATTCC
GGACAGTTCATCAGTCACTTTGTCCTTTTCCTGCAGACAGAAGCAAAGGCCCAGATGGTTCTTGTAGCAGCTTCCTTGGATGACAACGTTCAGATGGGAAATTCTCTGGTAGATGATAGTAGTAAAATTCCTCAGGATTGTGATAGAAATGGACTTTTTCCTGATAGTTATGGAGACAGTGATATACTGTTAGCTCCAAA
GTTAATTGAAGAAATGAAAGATGGAGGAATTGCAACAACCGTTGACAATGTTGATGGAGGAAACCCAAAGATACTTGATACCATCAAGCAGGCAGTGATATTGGCCCAATGTCTTGATATAAAGAAGAGCACACCGGATGATGAAATGCAGGATTGGCAGATGGCCCCATATATAGAAGCTGTTGATGCTCAGAAGTTCT
CTCACTTCATGGTAAGGTGCTTTTGCCAGATTCTTCGGATTCATTGGGAGCGTAAGAGGAGCCGCACCAAACAGCGTGCAATAATGAAGATGGATGAGCTGGTCCAAGAAGTCTGTGGAGGTTCAACTGGTGTTGCAGACCGCATGCACTACGCTTATTGTGTCTGTTTCCCTACTGTCTCAGCACTTCTCAAGGAACAT
GCCGAGCTTATGGTAAGCTGTGGTATTATTGGAGATGCTCTGAAAATATTTGAGGATCTTGAGCTGTGGGATAATCTTATTTATTGCTATTGTTTGCTAGGAAAAAAGCCAGCAGCGACAGATCTTATTAAAGAGCGTTTGCAACATAGCCCGGAAGATCCAAGACTGTGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGA
TGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACTTGGTTCAGCAGCTTTAAAGGCTAGAGACTTTGATA
AAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGTGTGGAACAACATTGCTTGCCTTCATATGATGAAGAAGAGGAACAAGGAGGCCTTTATTGCTTTCAAAGAAGCACTGAAGTTCAGGCGTAATAGCTGGCAGATGTGGGAGAACTATAGTCAAGTAGCAATGGACATAGGTAATTTT
GGTCAGGCATTGGAAGCAATAAAAATGGTACTAGATCTGACTAAAAACAAAAGAGGAGATTTGAATTTGCTTTCAAAGTTGGTAGAAGAGATGGAATCCAGAAAGATATCATCTGGATGTCCTATTATTCGGATTGATGGTACTGGTCAGAAGCTTGAATTCAGCAATAGTTTGTTTGAGAATGGTCTTAGTAAAACAAA
TACGAGCCAATGTGCAGACAAACCAAACAAAACTGTGGACACAGGTATAGTCCACAGTCAGAGTATTGACGGTGTCAAGTATAGTTTTGAGACAGAACAATTAGTGGATTTATGTGGAAGTATATTACAGCAGCTGGTGCGAAGTGGTGAAGGTGGGGGAGAAGTCTGGGGCTTGTATGCTCGATGGCAGAAATTCAAGG
GTAACTCAATTATGTGCACAGAAGCTCTCTTGAAGCAAGTTAGAGCTTACCAGGGATCTGATCTGAGTCACAATGAAGAGCGCTTTAAGAAGTTTGCTCGTGCTTCAGTGCAGCTTTGTGAGCAATATATTGACATTGCATCTTCCACTGGTAGCGAGCGTGAACTTAGCACAGCCCAAATGCATCTAAGGAATGCCATT
AAACAGGCAGAGAAATTTTCTGGTTCAGAAGAATACAAAGCATTAGGAGTCTGTCTTCAGCGTGTGCAGCAAGAGCTTCAACATACATCTGTTGAAAAGGATAAATAGTATGTTGTATTGTGTTTTTGTGTTGTAACGAGCCCAATTTCTCTCTGATTTTAGAAGGGGTTAATTTAATTTAATTAAAATATTAAAGTACA
AATATGAGTAAGCATTGGGAGTGCAAAAGCATATACAAGAGAGTTGTTAAAGAACTGAACGAGCACAAGAAGAGTGTCGAAACATATACTGTTGAACCCTAGAGAACCCAAAAGTACAAAATGGGCGAGGGTTCCAATAGGCAATGACATCAAGGAGAAAGCCGGAAACCAACAAAGCTGTCCTGTAATATCATGCAATT
AATGCATTATAGAGAAAGATGCTTCTCAAGCATTTGTTAGATTAATGTATAGTTATTGTATTTTGTAACAGAAATTCAGTCTGTCCTAATATGTAATTTACTTGCTCAAAGACCTCCGGCAGTTCCTACTTGATTTTTAAATAATTTATAAGCTCATTAAATTCCACGATTGAAACAGCATTGTAGCTGGTGCCTATTTT
TTCAGAACAACGTTTACAAGCTGGAATGTAGATATATAGAGTTCAGCATGTACATTCAATTTAAGGAAATTCTGTATTCTTTTGTACACAAAAGTTTGACTGAATTATGTTGGTTGTTATCTGAGATTATTATATAGCAAGTGAGCTTGAGG

>TRINITY_DN122246_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATTTTATTCTTGCAAAAATGCTGTTGATCAAGACAAGATGGAAAACATCCGAGTATAGTAATATCTATAAGGATTTGCTCAGAAGCATTTCATGGTGGGTATCTCGCCTGATACTGGTTCAACAAAAAATCCTGGATGAAAGGTCTCGTTCTTTGTATGAACAACTTCAAGTGGCAATGGGAGAGACTCTGAAGCATTT
TGGTCAATCAACCAATGTAATTGAATATTGGGAGAACAGGTTAACTGAGAGGGAGGCTTCAGATATAGTAGCAGCAGCTAACCTAGAAGCAGGCATTAAAGAGCATGCATATGGTTATATTGACCGTGCAAGGCAGTTCTTCAAATATGCAGAAACAGCATGTGCACTGAAACTTTCTGTTACTGGTGCACTTGGATTCC
GGACAGTTCATCAGTCACTTTGTCCTTTTCCTGCAGACAGAAGCAAAGGCCCAGATGGTTCTTGTAGCAGCTTCCTTGGATGACAACGTTCAGATGGGAAATTCTCTGGTAGATGATAGTAGTAAAATTCCTCAGGATTGTGATAGAAATGGACTTTTTCCTGATAGTTATGGAGACAGTGATATACTGTTAGCTCCAAA
GTTAATTGAAGAAATGAAAGATGGAGGAATTGCAACAACCGTTGACAATGTTGATGGAGGAAACCCAAAGATACTTGATACCATCAAGCAGGCAGTGATATTGGCCCAATGTCTTGATATAAAGAAGAGCACACCGGATGATGAAATGCAGGATTGGCAGATGGCCCCATATATAGAAGCTGTTGATGCTCAGAAGTTCT
CTCACTTCATGGTAAGGTGCTTTTGCCAGATTCTTCGGATTCATTGGGAGCGTAAGAGGAGCCGCACCAAACAGCGTGCAATAATGAAGATGGATGAGCTGGTCCAAGAAGTCTGTGGAGGTTCAACTGGTGTTGCAGACCGCATGCACTACGCTTATTGTGTCTGTTTCCCTACTGTCTCAGCACTTCTCAAGGAACAT
GCCGAGCTTATGGTAAGCTGTGGTATTATTGGAGATGCTCTGAAAATATTTGAGGATCTTGAGCTGTGGGATAATCTTATTTATTGCTATTGTTTGCTAGGAAAAAAGCCAGCAGCGACAGATCTTATTAAAGAGCGTTTGCAACATAGCCCGGAAGATCCAAGACTGTGGTGCTCGCTGGGAGATGTTACACTTAATGA
TGATAATTACATCAAAGCTTTGGAAGTTTCTGGCAACCGATTTGCTCGTGCCGAGCGATCCTTGGCACGAAGCGCATATAATAGAGGGGCGTACAAAAAGTCTCAAAGTCACTGgtttgtattttgaatctatccaccctttatgtatttttgttttgcctttggtgttatgtgaaaagattggttgttcaaatcatttt
taaattatctttatgcccaataaagctacttttgatatatttctagtctggtgttgaactcatgggctaatgcagGGAAGCTGCACTTGCATTAAATTCCCTCCATCCAGATGGATGGTTTGCACTTGGTTCAGCAGCTTTAAAGGTCAATTAACCATTCTCTTTACCATTTTTTCTATTTTACTGTAATTCGAATTGTT
GAAAGATGCACATGATCAATTACAGTGAGATGAAGCACAAACAGAGAATATGTTTTTTGTCCAATTTTACTAACTAATGTTCACGGGTGTTAGAGATTTATTTTCATGCCTTTATTCTGGAGCTTGCAGGCTAGAGACTTTGATAAAGCCATAGATGGGTTTACTCATGCTGTCCAGCTTGATCCAGATAACGGGGAAGT
GTGGAACAACATTGCTTGCCTGTATGTCCTTTCATAGAATTTATCTTGATCCTTGTGTGACTAGAAAATGTTTTCTTGGTTTAAACTTTATTCAAAAACAGTTTTTTTGCACTTGATATAAAGGTTTCAGAAGGGCAAGCTGCAATGCCTAGATCAATCAAACTCTTGTAACTATTCAATCTTGCC