sp|P41099|RLA2_PARAR ----> Large ribosomal subunit protein P2

Intron 1 GTTGCTGTAT ... GGTTTTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.82	25	14	25
A2	36.99	23	8	19
A3	40.85	21	11	18
A4	40	27	10	26
A5	42.42	19	11	17
A6	44.25	160	96	158
A7	44	91	56	87
A8	46.05	99	61	108
A9	40.8	103	46	96
A10	45.69	85	58	85

>TRINITY_DN43152_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTCCATATCTCATAGCCCTTCAAAGTGAAATGCGACCCTACCCTTCAAATTTGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTT
ATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTTTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGGTACCCGTCTCTTATTTCAATTCGTTT
TCCATTGTCTGTGGGTGTGTTTTTTTTTATATGAGCGTCTCTCAGTTGCCTGTAATGATTTCGGGGTTAAGGCCTGTATATGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTTACGATCTCAGGTTTTAGTGTTGTTATATTTAGAATTTTGATCTCA
GGGTTTTAATGATATCGGCATATAGGGTGCAGATCTTAGATAGTGGGTTTCCACATTCATGGTACTGATCTTAGGGTTTTAAGGGCTTGTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTT
CCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGT
GGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGA
AGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGC
AAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTGAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACA
AGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGCTTATACATGTCATTCCTCATTCCTGAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCAAACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGAATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAATACAGTTTCTGGTAAGATTTTTAAGATGTTGG

>TRINITY_DN43152_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCTGTGTGTGTGTGTTTTTTTATATGAGCATCTCTCAGTTGCCTGTAATGATTTCGGGGTTAAGGCCTGTATATGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGgttgctgtatctggagtgccggttttagggttttaaagGTTGTTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTTACGATCTCAGGTT
TTAGTGTTGTTATATTTAGAATTTTGATCTCAGGGTTTTAATGATATCGGCATATAGGGTGCAGATCTTAGATAGTGGGTTTCCACATTCATGGTACTGATCTTAGGGTTTTAAGGGCTTGTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGA
TCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTA
TCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTA
TTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATA
AGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTGAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGAT
GTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACAAGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGCTTATACATGTCATTCCTCATTCCTGAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCAAACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGAATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAA
TACAGTTTCTGGTAAGATTTTTAAGATGTTGG

Intron 2 GTACCCGTCT ... GGCTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.14	427	144	85
A2	23	467	200	79
A3	21.19	610	246	82
A4	22.83	475	196	85
A5	20.88	322	136	34
A6	18.25	5397	1704	705
A7	18.59	3653	1209	459
A8	17.98	3210	966	441
A9	18.51	3357	1071	454
A10	19.43	2455	884	300

>TRINITY_DN41044_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TAGTAATAAAAATCAATGAAAATTTGTTACCAAGAACCTATTATTGGGTGGAATGCTCTTTGTTTTTTTTCTTTCTTTCTACGTTCCTTTGCACTTTGCACCTCTTGGAGCAATTGCTAGTAATAAAAATCAATGAAAATAGATAACTAATTCACGATATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTT
GCGATATGACTGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTT
AAATCCATTCTCAGCTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGT
GCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCG
CAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAA
TGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTGATCTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTAT
TGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACAAGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGCTTATACATGTCATTCCTCATTCCTGATCTTC
GGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCAAACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGAATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAATACAGTTTCTGGTAAGATATTTAAGATGTTGGTTCATACAACAAAAAATTTAAATGTTTTGGATAAATAATATAATACTAAAAAACTGTCGGATTAAAATTAAGTT
CAGAAAAAATCAAGATTTTGAAAGATGACAAAATCTTATAATTGCTACTGTGCGTTTACAATCCTCTTGGTTAACACTTGTAAGAAATGCAGTTTCTTTTCAA

>TRINITY_DN41044_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TAGTAATAAAAATCAATGAAAATTTGTTACCAAGAACCTATTATTGGGTGGAATGCTCTTTGTTTTTTTTCTTTCTTTCTACGTTCCTTTGCACTTTGCACCTCTTGGAGCAATTGCTAGTAATAAAAATCAATGAAAATAGATAACTAATTCACGATATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTT
GCGATATGACTGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTT
AAATCCATTCTCAGCTCAGgtacccgtctcttatttcaattcgttttccattgtctgtgggtgtgtttttttttatatgagcgtctctcagttgcctgtaatgatttcggggttaaggcctgtatatggagtgccggttttagggttttaaaggttgctgtatctggagtgccggttttagggttttaaaggttgttgta
tctggagtgccggttttaaaggttgttgtatctggagtgccggttttaaaggttgttgtatctgtacgatctcaggttttagtgttgttatatttagaattttgatctcagggttttaatgatatcggcatatagggtgcagatcttagatagtgggtttccacattcatggtactgatcttagggttttaagggcttgt
cagTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAA
GAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTC
AGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTA
ACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTGATCTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCG
ATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACAAGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGCTTATACATGTCATTCCTCATTCCTGATCTTCGGTTTGTTTGCACCTG
GATATGCCTGCAAACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGAATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAATACAGTTTCTGGTAAGATATTTAAGATGTTGGTTCATACAACAAAAAATTTAAATGTTTTGGATAAATAATATAATACTAAAAAACTGTCGGATTAAAATTAAGTTCAGAAAAAATCAAGAT
TTTGAAAGATGACAAAATCTTATAATTGCTACTGTGCGTTTACAATCCTCTTGGTTAACACTTGTAAGAAATGCAGTTTCTTTTCAA

Intron 3 GTAATAGAGA ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.81	310.6	74.3	65.6
A2	18.65	245.6	43.8	59.2
A3	19.94	313.2	53.2	83.2
A4	18.85	209	37.3	51.4
A5	17.05	175	25.9	37.8
A6	17.68	4495.9	738.4	1020
A7	17.61	2629.4	428.6	593.6
A8	20.31	2953.2	442.7	804
A9	19.01	2550.4	358	635.6
A10	17.66	1793.8	307	406.4

>TRINITY_DN115648_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTTTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGG
TAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGGTACCCGTCTCTTCTTTCAATTCGTTTTCCATTGTCTGTGTGTGTGTGTTTTTTTATATGAGCATCTCTCAGTTGCCTG
TAATGATTTCGGGGTTAAGGCCTGTATGTGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGGTTGCTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTTACGATCTCAGGTTTTAGTGTTGTTATATTTAGAATTTTGATCTCAGGGTTTTAAGGATA
TCGGCATATAGGGTGCAGATCTTAGATAGTGGGTTTCCACATTCATGGTACTGATCTTAGGGTTTTAAGGGCTTGGCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGG
GGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAG
TTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATG
GTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCA

>TRINITY_DN115648_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTTTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGG
TAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGGTACCCGTCTCTTCTTTCAATTCGTTTTCCATTGTCTGTGGGGGTGTTTTTTTTTATATGAGCGTCTCTCAGTTGCCTG
TAATGATTTCGGGGTTAAGGCCTGTATGTGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGGTTGCTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAGGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTGCCGGTTTTAAAGGTTGTTGTATCTGGAGTTACGATCTCAGGTTTTAGTGTTGTTATATTTAGAATTTTGATCTCAGGGTTTTAAGGATA
TCGGCATATAGGGTGCAGATCTTAGATAGTGGGTTTCCACATTCATGGTACTGATCTTAGGGTTTTAAGGGCTTGTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGG
GGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAGGAGGAGTCTGACGAGgtaatagagagggcattttaattttacaatttgctaattttatagtccatggtttagggtttatttatatcataaaataacgtttaaa
ccttacctgtcaacgcccgtatgtttctgcaagttcccttgagaggtgcaagtagtttggcattaaatctttgccttttgtttgcagGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGT
TATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGC
TATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCA

Intron 4 GTACCCGTCT ... ATGATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.34	426.7	114	65
A2	19.55	467	165	62
A3	16.61	610	172	71
A4	19.36	474.7	162	66
A5	17.98	321.7	108	33
A6	14.85	5396.3	1227	655
A7	15.09	3652.7	873	425
A8	14.54	3209.7	683	409
A9	15.43	3357.7	815	410
A10	15.61	2454.3	625	283

>TRINITY_DN45768_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

GAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGCCAACTTGTAAGATTTTTCCTTTGTAGATTTATAGAACTAATTCATGGATGGCCCATATGAAAAAGAAAATTTGTTACCAAGAACCTATTATTGGGTGGAATGCTCTTTGTTTTT
TTTCTTTCTTTCTACGTTCCTTTGCACTTTGCACCTCTTGGAGCAATTGCTAGTAATAAAAATCAATGAAAATAGATAACTAATTCACGATATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGC
ATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGC
TGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAGGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGT
TTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAAT
GAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTTTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAAATGTTAG
TTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTGATCTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAG
AATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAAATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTC

>TRINITY_DN45768_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGTTTCCACATTCATGGTACTGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCA
GAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGgtacccgtctcttatttcaattcgttttccattgtctgtgtgtgtgtgtttttttatatgagcatctctcagttgcctgtaatgatttcggggttaaggcctgtatatggagtgccggttttagggttttaaaggttgctgtatctggagtgccggttttagggttttaaag
gttgttgtatctggagtgccggttttaaaggttgttgtatctggagttacgatctcaggttttagtgttgttatatttagaattttgatctcagggttttaatgatatcggcatatagggtgcagatcttaggtagtgggtttccacattcatggtactgatcttagggttttaagggcttgtacccgtctcttatttca
attcgttttccattgtctgtgggtgtgtttttttttatatgagcgtctctcagttgcctgtaatgattgcagTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCT
GTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAGGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTT
TAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCA
AAATTTATGTCATAATGCTATTTTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAA

Intron 5 GTACCCGTCT ... GGCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.94	427	11	81
A2	14.47	467	5	79
A3	11.72	610	3	81
A4	15.03	475	6	84
A5	9.55	322	4	34
A6	11.25	5397	8	684
A7	10.9	3653	3	447
A8	11.62	3210	15	422
A9	11.31	3357	8	428
A10	10.3	2455	13	282

>TRINITY_DN114390_c2_g3_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

TATAGAACTAATTCATGGATGGCCCATATGAAAAAGAAAATTTGTTACCAAGAACCTATTATTGGGTGGAATGCTCTTTGTTTTTTTTCTTTCTTTCTACGTTCCTTTGCACTTTGCACCTCTTGGAGCAATTGCTAGTAATAAAAATCAATGAAAATAGATAACTAATTCACGATATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGT
AGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGC
CCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGC
TCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTT
GTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTTTACTTGATGAGT
TGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTTAACTTCGGTTTGTTTGCAC
CTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATAAAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACAAGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGATTATACATGTCAT
TCCTCATTCCTTAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCAAACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGGATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAATTCAGTTTCTGGTAAGATATTTAAGATGTTGGTTCATATAACAAAAAATTTAAATGTTTTGGATAAATAAT

>TRINITY_DN114390_c2_g3_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGAAATCATTACAGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGgtacccgtctcttatttcaattcgttttccattgtctgtgggtgtgtttttttttatatgagcgtctctcagttgcctgtaatgatttcggggttaaggcctgtatgtggagtgccggttttagggttttaaaggttg
ctgtatctggagtgccggttttagggttttaaaggttgttgtatctggagttacgatctcaggttttagtgttgttatatttagaattttgatctcagggttttaaggatatcggcatatagggtgcagatcttaggtagtgggtttccacattcatggtactgatcttagggttttaagggcttggcagTCGGAGTGGA
TGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTG
AAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCT
TCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTTTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAG
CTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTTAATAAGTTTGGGTCTATTCTGGAACAACTGCAGTGCAAGGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTTAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCCTATTGTACTTGATGAGTCGATAGGTGTAGATA
AAATGGCAGTTGGCAGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAAGCCAGAATCAGATGTTAGTTCTCAATTCAGAGTCAATGTTCAACAAGTTTAGGTCTATTCTGGAACTACTGCAGTGCATGATATATGATTATACATGTCATTCCTCATTCCTTAACTTCGGTTTGTTTGCACCTGGATATGCCTGCAA
ACGCTTCATCCTTATTATATCTCTGCACTGGGAGGGATATGAATTGCTGGTCATGTATAACTGAATTCAGTTTCTGGTAAGATATTTAAGATGTTGGTTCATATAACAAAAAATTTAAATGTTTTGGATAAATAAT

Intron 6 GTACCCGTCT ... GGCTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.05	427	143.8	83.9
A2	23	467	200	79
A3	21.2	610.4	246.7	81.7
A4	22.81	475	196	84.7
A5	20.88	322	136	34
A6	18.2	5397	1702.2	699.3
A7	18.53	3653	1205.2	455.7
A8	17.91	3210	964.7	435.8
A9	18.43	3357.4	1069.9	446.9
A10	19.35	2455	882.9	295.1

>TRINITY_DN115648_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GCTCTTTGTTTTTTTTCTTTCTATCTACGTTCCTTTGCACTTTGCACCTCTTGGAGCAATTGCTAGTAATAAAAATCAATGAAAATAGATAACTAATTCACGATATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGT
ACGTAAGCTCTGCATTTTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTT
CTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGA
TATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTG
AATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCA

>TRINITY_DN115648_c1_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTTTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGAGGG
TAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGgtacccgtctcttctttcaattcgttttccattgtctgtgtgtgtgtgtttttttatatgagcatctctcagttgcctg
taatgatttcggggttaaggcctgtatgtggagtgccggttttagggttttaaaggttgctgtatctggagtgccggttttagggttttaaaggttgttgtatctggagtgccggttttaaaggttgttgtatctggagttacgatctcaggttttagtgttgttatatttagaattttgatctcagggttttaaggata
tcggcatatagggtgcagatcttagatagtgggtttccacattcatggtactgatcttagggttttaagggcttggcagTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGG
GGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAG
TTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATGTTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATG
GTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCA

Intron 7 GTACCCGTCT ... GGCTTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.14	427	144	85
A2	23	467	200	79
A3	21.24	612	248	82
A4	22.83	475	196	85
A5	20.88	322	136	34
A6	18.25	5396.7	1705	705
A7	18.59	3653	1209	459
A8	17.98	3210	966	441
A9	18.52	3359	1073	454
A10	19.44	2455	885	300

>TRINITY_DN109599_c0_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTTGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGA
GGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGAT
CGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCGGCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTAT
CACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATACAAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATATTTAT
TGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTTGATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGGAT

>TRINITY_DN109599_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTGATCCCTGATTGCTAGTAATAAAAATCATTGCATGGAAATAGACAACTAATTCACGAGATACCTAAACCCTAGGCGTAGCGTAGTGCGTGCTAGGGTTTTGCGATATGACTAGGGTTTCACAGTCGGCCAGATTTCTCTCAGAAGTTATAGAGGTACGTAAGCTCTGCATTCTGGTTGCGTGCTTGTGCTTGTGGA
GGGTAGTGAAGAAAGTTGAGGAAGTGAGAAGTAAAGATGAAGGTTGTGGCCGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGCGGCAACATCAGCCCTAGTTCAGAGGATGTTAAATCCATTCTCAGCTCAGgtacccgtctcttatttcaattcgttttccattgtctgtgggtgtgtttttttttatatgagcgtctctcagttgc
ctgtaatgatttcggggttaaggcctgtatatggagtgccggttttagggttttaaaggttgttgtatctggagtgccggttttaaaggttgttgtatctggagttacgatctcaggttttagtgttgttatatttagaattttgatctcagggttttaatgatatcggcatatagggtgcagatcttagatagtgggtt
tccacattcatggtactgatcttagggttttaagggcttgtcagTCGGAGTGGATGCGGATGGCGATAAAGTAGATTTTCTGTTAAGTCAGCTGGAAGGAAAAGACATAACTGAAGTGATCGCTTCTGGAAGGGAGAAATTTGCGTCGGTTCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCTGTGGCTGTTTCTGCTGGCGGCGGCGGCG
GCGGTGCTCCTGCTGCAGCAGCGGTGCCAGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGCCTGAAGAGAAAGAGGAGTCTGACGAGGATATGGGCTTCAGTTTGTTTGATTGAGGTGGTGGAGCCGTATCACGTGAATTGGTACACCGATATTTTGTTGTGGGAGGGGCTTTAGTTTAGTTTAATTTAGTTCCTTTGGTTATCTAATAC
AAAATTTGTTGGCGTTGTGTTCCCGCAACTGAGATATGTTCAGGGTTAATATCTTCAATGAAGGAGTTGTTTTTGATTGAATGATATTGAATGAAGATTTTTTGGATGAGTGATATTTATTGTTCAGTTGGTCTAGTTTTAAATGAATCGAAGTTTAAGTTAATGGTTTTCAAAATTTATGTCATAATGCTATTGTACTT
GATGAGTTGATAGGTTTAGATAAAATGGCAGTTGGTGGGTAACTTTATGCAAAGCTTAAGAATGCAGTTCAAAACCCAGGAT