NA ----> NA

Intron 1 GTTGTGCTAT ... CTTCTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	2	2	4
A2	100	0	1	1
A3	-1	0	0	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	72.41	4	9	12
A7	66.67	6	10	14
A8	62.96	5	2	15
A9	71.43	4	8	12
A10	76	3	9	10

>TRINITY_DN25967_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

CATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATGATCCGACGTGGC
CAGACCTCATCCATCCATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCTCTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGCTGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGCTAAATTAAATTG
TATTAAATTTGAATAAAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGCTCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATATGG

>TRINITY_DN25967_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAgttgtgctattgcggagtgtgccggaagacggccgggggtggagggtacgccattaacctggcaggggagg
ccaatacactaagtgtcaccggcaaagaaaacatcactgtttatcaggccaccatacaaaatccagaggactcttctcccagGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATGATCCGACGTGGCCAGACCTCATCCATCCATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCT
CTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGCTGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGCTAAATTAAATTGTATTAAATTTGAATAAAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGC
TCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATATGG

Intron 2 GTATACAATG ... AGATGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	2	0	0
A2	0	1	0	1
A3	100	0	1	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	25	9	3	1
A7	23.08	10	3	1
A8	50	2	2	0
A9	20	8	2	1
A10	18.18	9	2	0

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTCAAGCTAATGTCAATTTTCAAATAAGAAGCCTGTTCTGCTGTCTGGCTTGCAATCACATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAGTTGTGCTATTG
CGGAGTGTGCCGGAAGACGGCCGGGGGTGGAGGGTACGCCATTAACCTGGCAGGGGAGGCCAATACACTAAGTGTCACCGGCAAAGAAAACATCACTGTTTATCAGGCCACCATACAAAATCCAGAGGACTCTTCTCCCAGGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATG
ATCCGACGTGGCCAGACCTCATCCATCCATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCTCTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGCTGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGC
TAAATTAAATTGTATTAAATTTGAATAAAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGCTCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATATG

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTCAAGCTAATGTCAATTTTCAAATAAGAAGCCTGTTCTGCTGTCTGGCTTGCAATCACATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAGgtatacaatgc
tgccttatcactgtgattttcgttaattttcatgtgataattttgtattatgagatgatcagTTGTGCTATTGCGGAGTGTGCCGGAAGACGGCCGGGGGTGGAGGGTACGCCATTAACCTGGCAGGGGAGGCCAATACACTAAGTGTCACCGGCAAAGAAAACATCACTGTTTATCAGGCCACCATACAAAATCCAGAG
GACTCTTCTCCCAGGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATGATCCGACGTGGCCAGACCTCATCCATCCATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCTCTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGC
TGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGCTAAATTAAATTGTATTAAATTTGAATAAAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGCTCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATAT
G

Intron 3 GTATACAATG ... GTGCCGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	33.33	1	0	1
A3	100	0	1	0
A4	-1	0	0	0
A5	-1	0	0	0
A6	24.32	14	3	6
A7	22.22	14	3	5
A8	33.33	2	2	0
A9	20	6	2	1
A10	16.67	10	2	2

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTCAAGCTAATGTCAATTTTCAAATAAGAAGCCTGTTCTGCTGTCTGGCTTGCAATCACATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAGACGGCCGGGGG
TGGAGGGTACGCCATTAACCTGGCAGGGGAGGCCAATACACTAAGTGTCACCGGCAAAGAAAACATCACTGTTTATCAGGCCACCATACAAAATCCAGAGGACTCTTCTCCCAGGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATGATCCGACGTGGCCAGACCTCATCCATC
CATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCTCTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGCTGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGCTAAATTAAATTGTATTAAATTTGAATA
AAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGCTCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATATG

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTCAAGCTAATGTCAATTTTCAAATAAGAAGCCTGTTCTGCTGTCTGGCTTGCAATCACATGTGATGCTGCTCATTGATTAATTTAAAAAAACAAAAGGAAACATAAGCAAGCATGAAGTTGGAGGGATCTTGCCACTGTGGAGCAGTTAAATTTGTTTGTGAATCCAAGCACCCTGTGCCTTATCAGgtatacaatgc
tgccttatcactgtgattttcgttaattttcatgtgataattttgtattatgagatgatcagttgtgctattgcggagtgtgccggaagACGGCCGGGGGTGGAGGGTACGCCATTAACCTGGCAGGGGAGGCCAATACACTAAGTGTCACCGGCAAAGAAAACATCACTGTTTATCAGGCCACCATACAAAATCCAGAG
GACTCTTCTCCCAGGGTGAGTAGTGCAAGGAGAAGGTTTTGCAAGCAGTGCGGATCAATGCTATGGCTGGATGATCCGACGTGGCCAGACCTCATCCATCCATTCGCTTCGGCTGTGGACACGGAGCTCCCTCTCCCTCCCGAGAAGACGCATATAATGCTTGATTTCAAGCCCTCATGGGTTGATGTTACAGGCCACGC
TGGGGATAAAAAGTATGATCGGTATTCGGAGGAGTCTATTGCTGATTGGCACCGCCGTCTCAACCTGTAATGCTAAATTAAATTGTATTAAATTTGAATAAAAATATGGTGAATCTGAGTCAATATGAGAGCTCAAAAACGAGGGATTCTATACACACGGACAGACACAATCCTTTCCTTAATATGAAACGGAAAAATAT
G