sp|F4JTP5|STY46_ARATH ----> Serine/threonine-protein kinase STY46

Intron 1 GTGGCTTTCC ... CGACACTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.59	1197	450	209
A2	23.21	976	418	172
A3	23.67	987	428	184
A4	23.06	809	324	161
A5	24.94	328	153	65
A6	21.81	3275	1345	483
A7	23.16	4401	1956	696
A8	21.79	5505	2127	940
A9	22.77	3918	1569	741
A10	22.02	3252	1346	491

>TRINITY_DN41860_c1_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TTGACTTTCTTGTGTTTTTTGGTTTATCCCACATTCATAAAGTGGATTGACTTGACTTGATTGTAACCCTTTATAAGAAAGCTTCTGCTTCCTCATTTATGCAATACAATATGGATAACTCTCTCGAGTTAATCTTGGTTTCTTTATGTGTTCGTTTTTCATGATATGGTATCAGAGCTCGGTTAGAGTCATGGAGCCTA
CAAGAGCATGAAGACCTAGGGACTGCTGTCTATAGAGATGGATTGAGGGATCACTATCATAGCACAACAAAGAGCCAAAAGGGTTTCACTGAAACTAGGTAATAGAGCACAAACCATACGATCGAAAAGCTGATGTTTTCAGTTTTGGAATTGTTCTTTGGGAGCTTCTAACAGGGAAGCTTCCATATGATTACCTAACT
CCATTACAAGCAGCTGTAGGTGTTGTTCAAAAGGGTTTGCGGCCTACCATACCTAAGCATACACATCCCAGACTTGCAGATTTATTAGAAAGGTGCTGGCAGCAAGACCCAACACTGAGGCCAGACTTTTCTGAAATGACTGAGATTCTTCAGCAAACCCTCAAAGAGGCTGGAGATGAGGGGGAGAATGAGCGGAGGAA
GGATAAATCATCAGGTGGTTTCTTTTCTGCTTTCAGGCGAACAGCTGGTGCTCACTGAAAGAAAACCAATGATCCAGTTTTGTGATAATATCCTATTTCCAGATGCTTCTGCCATTCAGATTGATTTTTCTTACGTCAAATGCTCAGTTACAACTTACTCCTCATTGATGTATAGTCTTTTATCTGGTTATCCCATTGTT
TCATTTGAAGATTCTCTTTTGCATCAAATGCAGTCCTATTTGGATGGGTGAATGTGTACCTGTTCTAAATGGATTTCCATGTTCCATCACTGGATTCTTGTGCACTTTCATTTCTTTTGAAGTTCTAGCATCATTTTAGGTTCTTCTGCAATAATGGGCAAATACGTCCTACCATGGCCAATTACTCTGTTCATATATAT
AAACTAAATGGTTGAAATGTTTGGTTTATGCGTTTGGTAAACAAGTTGTATAAGTACTCAATTATCTTGATATGCTGAACTGTAGTTGAGTACTCTAGAATAAACATTATATGCATCTCAGGAAGATTGATCTATTAGGAAATTCTCTGTACGCATCAAACATTTCGTACTTCGGAATAAACATTTAGATATGTCAGGAT
TTGACAAGTAAAATATTCCCTTAATCCTTTTCAAGACTATACATGGACATCCAGAATAACAAACATGCTCGAATTTTTGTTTCATTATGTTAAAGAGGGAAGAAGACAAGGCTGAGAGGAAGATCCGTCATAGAAAGCATGGTGCATATAGAAATCACTGGCAGAATTTTGAACGTAGGAATGGCTGGGAGAGTTTTCAG
AGGTATTTTAGGGGATTACTTGTCGGCTGGTTGGGGCAAAACCAATCATCTAGCAACAATGAATGTTGGCTGTGAATTTTTAGATGACAGCGATTCAAGTGTTTCAACTTTTTACCCAAGTTTTATGTTTCTATGTACCATTGAACACCTTGATTATAATTTTTATTGTTTTTCTAGAAGATTTGATTCCATTATATGTT
GTATTTCAACTCGTACTATGAAGCATTGGTAACTCGCTGCGTGTTTTATATCTCCACATTTGAAGAACTTCGCTGTTCCTGC

>TRINITY_DN41860_c1_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTGACTTTCTTGTGTTTTTTGGTTTATCCCACATTCATAAAGTGGATTGACTTGACTTGATTGTAACCCTTTATAAGAAAGCTTCTGCTTCCTCATTTATGCAATACAATATGGATAACTCTCTCGAGTTAATCTTGGTTTCTTTATGTGTTCGTTTTTCATGATATGGTATCAGAGCTCGGTTAGAGTCATGGAGCCTA
CAAGAGCATGAAGACCTAGGGACTGCTGTCTATAGAGATGGATTGAGGGATCACTATCATAGCACAACAAAGAGCCAAAAGGGTTTCACTGAAACTAGGTAATAGAGCACAAACCATACGATCGAAAAGCTGATGTTTTCAGTTTTGGAATTGTTCTTTGGGAGCTTCTAACAGGGAAGCTTCCATATGATTACCTAACT
CCATTACAAGCAGCTGTAGGTGTTGTTCAAAAGgtggctttccattgctggtattatgcctatatcgattggtattagagccttacaacttgggcctctttagagttatgcaatttcatcctgcttcatatttttattcccttcgctagctttcgactccaagtgtttcaagtcatttatggccacatcgacacttagGG
TTTGCGGCCTACCATACCTAAGCATACACATCCCAGACTTGCAGATTTATTAGAAAGGTGCTGGCAGCAAGACCCAACACTGAGGCCAGACTTTTCTGAAATGACTGAGATTCTTCAGCAAACCCTCAAAGAGGTAAAGACCTATAACCTGTTTACACAAAATTGTATTTAATTTGTAAGGTGTTTTTTGATCATTTACA
TTTCTACAGGCTGGAGATGAGAGGGAG

Intron 2 GTTTTACATT ... AAATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.44	85	15	40
A2	21.31	72	14	25
A3	18.69	124	20	37
A4	17.69	121	27	25
A5	19.64	45	5	17
A6	18.46	528	102	137
A7	19.14	395	75	112
A8	18.68	309	49	93
A9	19.64	444	98	119
A10	15.38	330	54	66

>TRINITY_DN77155_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

CACGAAATTAAAAAAATTAAAACTAGTGGACTGGAGTAAAAGACGGCCTTTTGTTTTTCATGCAATATGTTCCTACATAGATAGCCAAGTTCAGCCTTTCTGGCACGAAAAGAATATCCTTGTTGCTGTAAAGTTAAAGTGGGATGAAATTGATGGTATTGGGTTGACTCCATCAATTCTACGGAACGTCTCTAATAGTT
GCGAGAATCTCGATTGGGAATCTGGGCGAATAGTTGCGAGAATCTCGATCGGGAATCTGGGCTGGCTCCTCAGCCAGGATAATAAATACAGACGTACCTTAAAGGGTTCGTCGAATTTCTTATGCACTAGGACAGATTCGGACTGCAGATTTTCCACAGGGATTCCTGGCATAATGGCTCTAGCTGATGTTGGGTACATT
AGGCTTCTTGTTGCAACACTTGGAGTTCTGGCTTTTATCTTGGGAATTATAGCAGAGAACAAGAAGCCTGCTGGTGGAACTCCTATCCAAGGAAAAGACATTGTCATCTGTAAATATGGTCATGACCCTACTATTGCCTTGGGCAGCTTTTCTATCATATCCTTGTTATTGTCGTCGATATTTGGGGTTATATCAATATT
TTATCCCTACAAAGGCAAGGAAGTTCCTGTGTATGCTCTTCTGAGAAGTCCTGCTCTAGTAGTGTTTTCTGCTGTTGCTGTGGCCCTCTTTTTCCTTTCGGAAGGCCTCATGATGTGGGCTACTATCACAGAGGGTCTGCATCGAACATATAACATACATCATAATTTAAATACAGACTGCCCAACTGCAAAAACAGGTC
TATTTGGTGGAGCTGCATTCCTGGCTTTGGATACCTCTCTGTTTTGGTTGATTTGCCAGATGCTTACTCTTAATGCAAGAGCAGATAATGAATTTGATGATGATGAGGATCCGAAAGGGAAGTATGGACAGGTAATGGCTACAGATTATACTCCTGGGGCTGGTCATGTGCAGCCTTCAGTTTAAACTTCTGCATATTTG
GAGAATCTGCTGTCATTCTCTTCATCCCTAGTTGTACTTTTAATTTCACAATGTGATAGATAAAGTGACATAAACACAACCCTTGATCTGAAGCTTTGTGATTCTAAGCTCTTTGGTGTTGAGCTTAATTGATAAATATTATACAATAATAAAATTTGTGCTAGTCAGTTAACCTGATTGGTAAGCATTTAGACTTGCAT
GCAGGGAAACACAAATTTCTTATGAAGATCAAAAGAATGATATTGAAGTTGTTTTCGATTAATTTTGTGTTCCATGACAAGTGTTGATATTATTTTCTGCTTATGAAAAATTCAAGCTACTTTTAATTATACTAGTTTGCTTTGCATCATTATGGTTCAACTGAAGCACAATAAAGGTAGGTTTAGTAATGCC

>TRINITY_DN77155_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACGAAATTAAAAAAATTAAAACTAGTGGACTGGAGTAAAAGACGGCCTTTTGTTTTTCATGCAATATGTTCCTACATAGATAGCCAAGTTCAGCCTTTCTGGCACGAAAAGAATATCCTTGTTGCTGTAAAGTTAAAGTGGGATGAAATTGATGGTATTGGGTTGACTCCATCAATTCTACGGAACGTCTCTAATAGTT
GCGAGAATCTCGATTGGGAATCTGGGCGAATAGTTGCGAGAATCTCGATCGGGAATCTGGGCTGGCTCCTCAGCCAGGATAATAAATACAGACGTACCTTAAAGGGTTCGTCGAATTTCTTATGCACTAGGACAGATTCGGACTGCAGATTTTCCACAGGGATTCCTGGCATAATGGCTCTAGCTGATGTTGGGTACATT
AGGCTTCTTGTTGCAACACTTGGAGTTCTGGCTTTTATCTTGGGAATTATAGCAGAGAACAAGAAGgttttacatttagctcttttgaatcactgaagattttttgttgttgctgcaaatctgcagCCTGCTGGTGGAACTCCTATCCAAGGAAAAGACATTGTCATCTGTAAATATGGTCATGACCCTACTATTGCCTT
GGGCAGCTTTTCTATCATATCCTTGTTATTGTCGTCGATATTTGGGGTTATATCAATATTTTATCCCTACAAAGGCAAGGAAGTTCCTGTGTATGCTCTTCTGAGAAGTCCTGCTCTAGTAGTGTTTTCTGCTGTTGCTGTGGCCCTCTTTTTCCTTTCGGAAGGCCTCATGATGTGGGCTACTATCACAGAGGGTCTGC
ATCGAACATATAACATACATCATAATTTAAATACAGACTGCCCAACTGCAAAAACAGGTCTATTTGGTGGAGCTGCATTCCTGGCTTTGGATACCTCTCTGTTTTGGTTGATTTGCCAGATGCTTACTCTTAATGCAAGAGCAGATAATGAATTTGATGATGATGAGGATCCGAAAGGGAAGTATGGACAGGTAATGGCT
ACAGATTATACTCCTGGGGCTGGTCATGTGCAGCCTTCAGTTTAAACTTCTGCATATTTGGAGAATCTGCTGTCATTCTCTTCATCCCTAGTTGTACTTTTAATTTCACAATGTGATAGATAAAGTGACATAAACACAACCCTTGATCTGAAGCTTTGTGATTCTAAGCTCTTTGGTGTTGAGCTTAATTGATAAATATT
ATACAATAATAAAATTTGTGCTAGTCAGTTAACCTGATTGGTAAGCATTTAGACTTGCATGCAGGGAAACACAAATTTCTTATGAAGATCAAAAGAATGATATTGAAGTTGTTTTCGATTAATTTTGTGTTCCATGACAAGTGTTGATATTATTTTCTGCTTATGAAAAATTCAAGCTACTTTTAATTATACTAGTTTGC
TTTGCATCATTATGGTTCAACTGAAGCACAATAAAGGTAGGTTTAGTAATGCC