sp|Q00IB6|CPL4_ARATH ----> RNA polymerase II C-terminal domain phosphatase-like 4


Intron 1 GTGAAGGCAT ... TTTTCAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A127.581306336
A224.381073336
A327.441195139
A426.051154833
A528.3343925
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A727.123055116
A826.7812534
A926.111744380
A1025.9922539119



>TRINITY_DN132719_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTCATCATTGTTCTAGCATTGTTCGCTATTATAGTCCAATAAAACCAGTTGGGTTTTGTGATATATTGTATTATGGTGGGGTGGAGATAGCAGGAGCTTGGATCATGAGTCTGGCAGCGGAGTCTCCGTCTCCTTCTTCAAGCAATGACGATTTTGCAGCGTTTCTCGACGTGGAACTAGAGTCCACCCCTTCTGATA
CATCCCCGGCTAATGGAGACTCTGGAGAAGAGAACCAGTCGGAGTATACCGAAGAAAGAAATGCGTTCGAGGGTATTCTCAATGATGTCGAAGAGGTCGATGAGAAAGAGTTGAGCGCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGAT
GTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAAGCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGA
ACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACGAGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGAAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACA
GATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAGGCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACAT
CAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGAGAATTATCTTCATTGCCGCATGGAACATTTGTGAGTCATTAACAAGGAATGCTCCAAATTGGTTTGACAGGCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCA
TCGGATATTTTTTGATGAG


>TRINITY_DN132719_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTCATCATTGTTCTAGCATTGTTCGCTATTATAGTCCAATAAAACCAGTTGGGTTTTGTGATATATTGTATTATGGTGGGGTGGAGATAGCAGGAGCTTGGATCATGAGTCTGGCAGCGGAGTCTCCGTCTCCTTCTTCAAGCAATGACGATTTTGCAGCGTTTCTCGACGTGGAACTAGAGTCCACCCCTTCTGATA
CATCCCCGGCTAATGGAGACTCTGGAGAAGAGAACCAGTCGGAGTATACCGAAGAAAGAAATGCGTTCGAGGGTATTCTCAATGATGTCGAAGAGGTCGATGAGAAAGAGTTGAGCGCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGAT
GTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAAGCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGA
ACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACGAGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGgtgaaggcattgcaaatgttgtaggaccat
gcaatgttacaaacctatattttcctgcacatcttagaagaagaacctgcataggaaatatatgctcagatcacatgtctatactgcgagtttgtctggactcctcataatgtcttcctttgtatttatttgatcagagttgatatggagatgtaggtcctttgtactgctgtcttgcattttctcttctcagttgttta
gaggagtcactaatgaaagtcatgtagatcttcaactcacaatttctcttgtttatgccaatatttatttagatatgtattcttaacgttcctttaccttttcaacag
AAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACAGATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAG
GCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACATCAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGA
GAATGTATGGCCAAGGCACCGATCAAATCTGATAGTGATGGAAAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATTTAATGTTCAAGGTCAATCTTTGACACAGGCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCATCGGATATTTTTTGATGAGAATAATG
ATAAAGATATTACTCGACGTGAGTCAAATGGCAGAGATGTAAGAGAGGTTTTAAAAGCTGTTCGCTTGAAAGTTCTGGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGGATCTTTCCAATGGATTTTCCTGCTGAGAAACATCATCTTTGGCGGATAGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTGCATTAGATGAATCTGTA
ACCCATGTTGTTGCTTTAGATTTAGGAACTGATAAAGCACGCTGGGCTGTCCAGCATAAACGCTATTTGGTTCACCCTCACTGGCTTGAAGCAGCAAGATACTTGTGGCAAAGACAAATTGAAGAAAAATTCTCCGTCACTGCTAAAAAAAATAGTTCAATATCAACTTTTGTTGAATCTATTCCAGTGTTGCCTTGTGA
TGTTGCAGAAAAGGAAGACAATTCCTGATGTTGCCGTTGAAGCTTTCAAAGTTGATTGGAGTAGCATCCTACAGAGATTCTATATTAGGAACATCGGATGATTGTAGAAGCATTGCATTTGTTTAGTACTAACAAATGTGAGTGCATGCAGAGGTATTGTGCTGATATCCGAGATGAATGCACCAACAGATTCCTGGTCA
TTTCCAAATTTTCACTAGAATCTAAGTTTCTTAATGCTACGGTTATCTTGTCTCTTGTTTCATGCTTCTTAAAACACGTACGTGCAAAGGGAAACGATTTGGATTAGATAGATACCATATTAAGCTGGGGGTGCCGAGTTGGGAAACTACTGTAAGATTTTGAAAAAAATGTATGTATTTTACAGTGGAAAACAAGAAGG
TTTAATCCTGAAGCCCCATGTCTTTTTAACATCTTACGTGGCAATCTGAAGTAAGAAAATTGTTGCTACAAGTGTTCATCAATTGATAGTTTTTTTAAAAAAATTCAGATTGACATACAGTCTTGCTTAGCCTCTATTTTAAGGTTCTATGTTGGTGGGAATGGTCAAATTTCTCCAGATGGGGATGGCAGAGACCGAGA
GACCAGATTTTTCTAGCATAAAATTATGCTGGTAGAAACAAAACAATGGCATCAAAAAATATGTGGAATGAAATTGACAAGTACAGTTCTTGCCCTCCAAAACCAGCAGCAGTTTTGCAGACTATTAATATAAACAGACAGCAATGTGTCTTTGAGGCGTGTGAATGGAACACTTAAATGCACATTCACAATGATAATAG
TCTTTTATTGCTTTTGATGCTCTCTATATTAATGTCGTGAATTAGTCTATTAAGTCTTTTTGACCTGTGTTATTCTTGGCACTGTAAACATGGTGGTTGGACGACGACAATTATTAAATTATTTGCAATGGAGAAAAAATTGATCTACTTGGGACAATGCAAAATCGCTGGTTCCCCATCAGAATTTATCAGTCTTTATG
TGCAGGTTATATGGGCCCATACCTTTATGCAACAAGTGCATATGTAATTATGCTTATGATCTGTTTGTATTATTAATAGGCCTGGTCCCGGCAAATCCTCAAACTGTCTTGTTCCATATATTCATGCTTTGATATATTCATCTCCATGTTTTATGTTCTTTGATATCATTT




Intron 2 GTTAGTGGCT ... TCTCATGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A954.0517203
A10559119



>TRINITY_DN45623_c0_g2_i8 from sample A7 / Example spliced isoform
GGACACGTATCTGTGAAGCAAGACCTTGAAGATAAAATAGGGGTGTCTAGTAGTAGTCAAACTTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGTTGTGGAAAGAGGAAGCCACATTCAGAGTCAAATGATCAAATTGGAGTGGCCCTTAGATATATTCATAAGGATTTTGAGCTCACAGATACAGAAGT
TGCACGGTTACGTGAAGATGATCTGAAGAAATTATTACCAATGCAGAAACTATATTTAGTACTGGATTTGGATCACACATTACTGAATTCTGCTCGGTTTGTTGATGTTTCCTCTGAAGAGGAGGCTTACATCACATCAACATACTTAACAGGAGTATCAAATGTTGGATCAGAAGTTGGAGACACCAACAGGAGCTTGT
ACAGATTGATGTCTTTGCAAATGTGGACTAAGCTTAGGCCTTTTGTGCACAAGTTTTTGGAAGAGGCAAGTGAGATGTATGAGATATATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGCTTATGCTTTGAAAATGGCAAAACTGCTTGATCCCACAGGGAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAAA
TATCAAAAAGACCTGGATGTGGTCCTGGGATCTGAGTCAGCAGTTGTGATTCTTGATGATACAGATAATGTATGGCCAAGGCACAGAGAAAATCTGATAGTGATCGAGAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATATAACATTCAGGGCCAATCTTTGACACAGGCGATGAGGGATGAGACACAGACGGAGGG
CACTCTTTCCAGCATGCTACGTGTACTTCATTCTGTGCATCAAATGTTTTTTGATAAGGTTTTCTTTAGCTATTCCATACAATAAAAATCTTACTTGCGCTTGTTCTTAGAAGATTTACTGGCCATTCTTTTCTTTCAAAAAGCATAATGATATAAATACTTTTCAATCTGGGTTTAGCGGCAGAGATGTGAGACAGGTT
CTAAAAGCTGTGCGCTTGAAAGTGCTTGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCG


>TRINITY_DN45623_c0_g2_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GGACACGTATCTGTGAAGCAAGACCTTGAAGATAAAATAGGGGTGTCTAGTAGTAGTCAAACTTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGTTGTGGAAAGAGGAAGCCACATTCAGAGTCAAATGATCAAATTGGAGTGGCCCTTAGATATATTCATAAGGATTTTGAGCTCACAGATACAGAAGT
TGCACGGTTACGTGAAGATGATCTGAAGAAATTATTACCAATGCAGAAACTATATTTAGTACTGGATTTGGATCACACATTACTGAATTCTGCTCGGTTTGTTGATGTTTCCTCTGAAGAGGAGGCTTACATCACATCAACATACTTAACAGGAGTATCAAATGTTGGATCAGAAGTTGGAGACACCAACAGGAGCTTGT
ACAGATTGATGTCTTTGCAAATGTGGACTAAGCTTAGGCCTTTTGTGCACAAGTTTTTGGAAGAGGCAAGTGAGATGTATGAGATATATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGCTTATGCTTTGAAAATGGCAAAACTGCTTGATCCCACAGGGAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAAA
TATCAAAAAGACCTGGATGTGGTCCTGGGATCTGAGTCAGCAGTTGTGATTCTTGATGATACAGATAATGTATGGCCAAGGCACAGAGAAAATCTGATAGTGATCGAGAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATATAACATTCAGGGCCAATCTTTGACACAGGCGATGAGGGATGAGACACAGACGGAGGG
CACTCTTTCCAGCATGCTACGTGTACTTCATTCTGTGCATCAAATGTTTTTTGATAAGgttagtggctctgagtatcctggcatcattattcaatcatttaaccaaatcttcactttattgctatccttttactatttagtatttactcaagagacatgtgtgcctatctcatgtagGTTTTCTTTAGCTATTCCATACA
ATAAAAATCTTACTTGCGCTTGTTCTTAGAAGATTTACTGGCCATTCTTTTCTTTCAAAAAGGTGATAATTTTAAGTGCTCCTGCTCATCTGGCTAGCAAGTTTCATAATATGCCTCATGCCCACAAATTACCAAAACAATTGTCTTCATTCAATGTATTCTGGAATTCAAATGCCTGATCAATGTGAAGTGCTGTGACT
TCTTGATCAAAGACCATATGTATTGGCTCCATCTTTTTTGTGTTCATTTGTTCTGCAACCATTACAGGCATACAGTAACTTTTGAAATGTTTTATAGATATGTTTTATTTTGTCC




Intron 3 GTTTTCTTTA ... TTTCAAAAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A106.3413393



>TRINITY_DN45623_c0_g2_i7 from sample A7 / Example spliced isoform
GGACACGTATCTGTGAAGCAAGACCTTGAAGATAAAATAGGGGTGTCTAGTAGTAGTCAAACTTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGTTGTGGAAAGAGGAAGCCACATTCAGAGTCAAATGATCAAATTGGAGTGGCCCTTAGATATATTCATAAGGATTTTGAGCTCACAGATACAGAAGT
TGCACGGTTACGTGAAGATGATCTGAAGAAATTATTACCAATGCAGAAACTATATTTAGTACTGGATTTGGATCACACATTACTGAATTCTGCTCGGTTTGTTGATGTTTCCTCTGAAGAGGAGGCTTACATCACATCAACATACTTAACAGGAGTATCAAATGTTGGATCAGAAGTTGGAGACACCAACAGGAGCTTGT
ACAGATTGATGTCTTTGCAAATGTGGACTAAGCTTAGGCCTTTTGTGCACAAGTTTTTGGAAGAGGCAAGTGAGATGTATGAGATATATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGCTTATGCTTTGAAAATGGCAAAACTGCTTGATCCCACAGGGAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAAA
TATCAAAAAGACCTGGATGTGGTCCTGGGATCTGAGTCAGCAGTTGTGATTCTTGATGATACAGATAATGTATGGCCAAGGCACAGAGAAAATCTGATAGTGATCGAGAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATATAACATTCAGGGCCAATCTTTGACACAGGCGATGAGGGATGAGACACAGACGGAGGG
CACTCTTTCCAGCATGCTACGTGTACTTCATTCTGTGCATCAAATGTTTTTTGATAAGCATAATGATATAAATACTTTTCAATCTGGGTTTAGCGGCAGAGATGTGAGACAGGTTCTAAAAGCTGTGCGCTTGAAAGTGCTTGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGAATTTTCCCAACCAGTTTCCCTGCGGAGAAGC
ATCATCTTTGGCAGATGGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTTTGTTAGATGAATCTGTAACCCATGTTGTTGCTCTAGATTTAGCTACGGATAAGGCACGCTGGGCTTTGCAGTATAAACGTTATTTGGTTCACCCTCAGTGGCTTGAAGCAGCGAGCTACTTGTGGCGAAAGCAAATTGAAGAAAATTTCTCC
ATTACCGCTAAGAAAAATAGTTCAGCATTGAATTTTGTTGAATCCATTCCAGTGTTGCCTCAGGAAGGTGAAGAAAGAAAAGGCCATTCTTCTCAAAATGAAGAAGAAAATGTAGATATTGATGTTGAAAGTTGATGGGAATAGTATCTAACGTAAAATGTTTGTACTGGAAAATATGGGATGATTGTGGCGGAAGTAGT
GTTTGGTTAGTACTAACAGATGTTAGTACACACAGAGGTATTGTATTTAGACCAGAGAAGTGGCGTAAGTACATATTCCTAAGCATTTCTAAATCTTCACTGGAATCTAAGCTTCTTAATAGTTGAATTATCCTACACTTTTTCATGCTTGTCTGATAGCCAGCGTGAAGGGGAAACATTTTGAAATAGAGAGATATCAT
ACTGTCATTGTAGTGCCGTGGAGACCACTGTAAGAGTTAAAGAAATGTGTATATTACAATTAAAGCAAATACGCTAAAACTTGACGTCCCAAATTCTTTTAACATCTTAAACCTTAAGTGAAGAAAAACATTGCAATATGTGTTTAATGGTATTGATAGGATTTTGTGAAACTCATTTCAGGCACCTACTCCTACTTAGC
ATCTATTTAAGGCAGATGGTGGTGATCACGTTTCGCTAGACATTGGTAGTATAAATCATATTTTCCTAGAAGAAAATTGTACCAGCT


>TRINITY_DN45623_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GGACACGTATCTGTGAAGCAAGACCTTGAAGATAAAATAGGGGTGTCTAGTAGTAGTCAAACTTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGTTGTGGAAAGAGGAAGCCACATTCAGAGTCAAATGATCAAATTGGAGTGGCCCTTAGATATATTCATAAGGATTTTGAGCTCACAGATACAGAAGT
TGCACGGTTACGTGAAGATGATCTGAAGAAATTATTACCAATGCAGAAACTATATTTAGTACTGGATTTGGATCACACATTACTGAATTCTGCTCGGTTTGTTGATGTTTCCTCTGAAGAGGAGGCTTACATCACATCAACATACTTAACAGGAGTATCAAATGTTGGATCAGAAGTTGGAGACACCAACAGGAGCTTGT
ACAGATTGATGTCTTTGCAAATGTGGACTAAGCTTAGGCCTTTTGTGCACAAGTTTTTGGAAGAGGCAAGTGAGATGTATGAGATATATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGCTTATGCTTTGAAAATGGCAAAACTGCTTGATCCCACAGGGAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAAA
TATCAAAAAGACCTGGATGTGGTCCTGGGATCTGAGTCAGCAGTTGTGATTCTTGATGATACAGATAATGTATGGCCAAGGCACAGAGAAAATCTGATAGTGATCGAGAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATATAACATTCAGGGCCAATCTTTGACACAGGCGATGAGGGATGAGACACAGACGGAGGG
CACTCTTTCCAGCATGCTACGTGTACTTCATTCTGTGCATCAAATGTTTTTTGATAAGgttttctttagctattccatacaataaaaatcttacttgcgcttgttcttagaagatttactggccattcttttctttcaaaaagCATAATGATATAAATACTTTTCAATCTGGGTTTAGCGGCAGAGATGTGAGACAGGTT
CTAAAAGCTGTGCGCTTGAAAGTGCTTGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCG




Intron 4 GTATGTAATT ... TTTGACACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A188.79121195
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A997.853222
A1095.13117215



>TRINITY_DN132719_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTCATCATTGTTCTAGCATTGTTCGCTATTATAGTCCAATAAAACCAGTTGGGTTTTGTGATATATTGTATTATGGTGGGGTGGAGATAGCAGGAGCTTGGATCATGAGTCTGGCAGCGGAGTCTCCGTCTCCTTCTTCAAGCAATGACGATTTTGCAGCGTTTCTCGACGTGGAACTAGAGTCCACCCCTTCTGATA
CATCCCCGGCTAATGGAGACTCTGGAGAAGAGAACCAGTCGGAGTATACCGAAGAAAGAAATGCGTTCGAGGGTATTCTCAATGATGTCGAAGAGGTCGATGAGAAAGAGTTGAGCGCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGAT
GTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAAGCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGA
ACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACGAGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGAAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACA
GATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAGGCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACAT
CAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGAGAATTATCTTCATTGCCGCATGGAACATTTGTGAGTCATTAACAAGGAATGCTCCAAATTGGTTTGACAGGCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCA
TCGGATATTTTTTGATGAG


>TRINITY_DN132719_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTCATCATTGTTCTAGCATTGTTCGCTATTATAGTCCAATAAAACCAGTTGGGTTTTGTGATATATTGTATTATGGTGGGGTGGAGATAGCAGGAGCTTGGATCATGAGTCTGGCAGCGGAGTCTCCGTCTCCTTCTTCAAGCAATGACGATTTTGCAGCGTTTCTCGACGTGGAACTAGAGTCCACCCCTTCTGATA
CATCCCCGGCTAATGGAGACTCTGGAGAAGAGAACCAGTCGGAGTATACCGAAGAAAGAAATGCGTTCGAGGGTATTCTCAATGATGTCGAAGAGGTCGATGAGAAAGAGTTGAGCGCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGAT
GTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAAGCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGA
ACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACGAGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGAAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACA
GATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAGGCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACAT
CAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGAGAATTATCTTCATTGCCGCATGGAACATTTGTGAGTCATTAACAAGGAATGCTCCAAATTGGTTTGACAGgtatgtaatttgtatacagtttctttggactttaacttaatgctctattgagtgcaggtatggccaag
gcaccgatcaaatctgatagtgatggaaagataccatttctttagctcaagttgtcgacaatttaatgttcaaggtcaatctttgacacag
GCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCATCGGATATTTTTTGATGAGAATAATGATAAAGATATTACTC
GACGTGAGTCAAATGGCAGAGATGTAAGAGAGGTTTTAAAAGCTGTTCGCTTGAAAGTTCTGGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGGATCTTTCCAATGGATTTTCCTGCTGAGAAACATCATCTTTGGCGGATAGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTGCATTAGATGAATCTGTAACCCATGTTGTTGCT
TTAGATTTAGGAACTGATAAAGCACGCTGGGCTGTCCAGCATAAACGCTATTTGGTTCACCCTCACTGGCTTGAAGCAGCAAGATACTTGTGGCAAAGACAAATTGAAGAAAAATTCTCCGTCACTGCTAAAAAAAATAGTTCAATATCAACTTTTGTTGAATCTATTCCAGTGTTGCCTTGTGATGTTGCAGAAAAGGA
AGACAATTCCTGATGTTGCCGTTGAAGCTTTCAAAGTTGATTGGAGTAGCATCCTACAGAGATTCTATATTAGGAACATCGGATGATTGTAGAAGCATTGCATTTGTTTAGTACTAACAAATGTGAGTGCATGCAGAGGTATTGTGCTGATATCCGAGATGAATGCACCAACAGATTCCTGGTCATTTCCAAATTTTCAC
TAGAATCTAAGTTTCTTAATGCTACGGTTATCTTGTCTCTTGTTTCATGCTTCTTAAAACACGTACGTGCAAAGGGAAACGATTTGGATTAGATAGATACCATATTAAGCTGGGGGTGCCGAGTTGGGAAACTACTGTAAGATTTTGAAAAAAATGTATGTATTTTACAGTGGAAAACAAGAAGGTTTAATCCTGAAGCC
CCATGTCTTTTTAACATCTTACGTGGCAATCTGAAGTAAGAAAATTGTTGCTACAAGTGTTCATCAATTGATAGTTTTTTTAAAAAAATTCAGATTGACATACAGTCTTGCTTAGCCTCTATTTTAAGGTTCTATGTTGGTGGGAATGGTCAAATTTCTCCAGATGGGGATGGCAGAGACCGAGAGACCAGATTTTTCTA
GCATAAAATTATGCTGGTAGAAACAAAACAATGGCATCAAAAAATATGTGGAATGAAATTGACAAGTACAGTTCTTGCCCTCCAAAACCAGCAGCAGTTTTGCAGACTATTAATATAAACAGACAGCAATGTGTCTTTGAGGCGTGTGAATGGAACACTTAAATGCACATTCACAATGATAATAGTCTTTTATTGCTTTT
GATGCTCTCTATATTAATGTCGTGAATTAGTCTATTAAGTCTTTTTGACCTGTGTTATTCTTGGCACTGTAAACATGGTGGTTGGACGACGACAATTATTAAATTATTTGCAATGGAGAAAAAATTGATCTACTTGGGACAATGCAAAATCGCTGGTTCCCCATCAGAATTTATCAGTCTTTATGTGCAGGTTATATGGG
CCCATACCTTTATGCAACAAGTGCATATGTAATTATGCTTATGATCTGTTTGTATTATTAATAGGCCTGGTCCCGGCAAATCCTCAAACTGTCTTGTTCCATATATTCATGCTTTGATATATTCATCTCCATGTTTTATGTTCTTTGATATCATTT




Intron 5 GTATGTCAAT ... TCAAGTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A134.6154.3080
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A628.03137.3251
A724.5418.30128
A826.47332.90114
A928.06404.10151
A1032.3319.60148



>TRINITY_DN45293_c0_g3_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
GCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGATGTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAA
GCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGAACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACG
AGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGAAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACAGATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAGGCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCT
TTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACATCAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGAGAATTATCTTCATTGCCGCATGGAACATTTGTATGGCCAAGGCACCGATCAAAT
CTGATAGTGATGGAAAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATTTAATGTTCAAGGTCAATCTTTGACACAGGCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCATCGGATATTTTTTGATGAGAATAATGATAAAGATATTACTCGACGTGAGTCAAA
TGGCAGAGATGTAAGAGAGGTTTTAAAAGCTGTTCGCTTGAAAGTTCTGGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGGATCTTTCCAATGGATTTTCCTGCTGAGAAACATCATCTTTGGCGGATAGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTGCATTAGATGAATCTGTAACCCATGTTGTTGCTTTAGATTTAGGAA
CTGATAAAGCACGCTGGGCTGTCCAGCATAAACGCTATTTGGTTCACCCTCACTGGCTTGAAGCAGCAAGATACTTGTGGCAAAGACAAATTGAAGAAAAATTCTCCGTCACTGCTAAAAAAAATAGTTCAATATCAACTTTTGTTGAATCTATTCCAGTGTTGCCTTGTGATGTTGCAGAAAAGGAAGACAATTCCTGA
TGTTGCCGTTGAAGCTTTCAAAGTTGATTGGAGTAGCATCCTACAGAGATTCTATATTAGGAACATCGGATGATTGTAGAAGCATTGCATTTGTTTAGTACTAACAAATGTGAGTGCATGCAGAGGTATTGTGCTGATATCCGAGATGAATGCACCAACAGATTCCTGGTCATTTCCAAATTTTCACTAGAATCTAAGTT
TCTTAATGCTACGGTTATCTTGTCTCTTGTTTCATGCTTCTTAAAACACGTACGTGCAAAGGGAAACGATTTGGATTAGATAGATACCATATTAAGCTGGGGGTGCCGAGTTGGGAAACTACTGTAAGATTTTGAAAAAAATGTATGTATTTTACAGTGGAAAACAAGAAGGTTTAATCCTGAAGCCCCATGTCTTTTTA
ACATCTTACGTGGCAATCTGAAGTAAGAAAATTGTTGCTACAAGTGTTCATCAATTGATAGTTTTTTTAAAAAAATTCAGATTGACATACAGTCTTGCTTAGCCTCTATTTTAAGGTTCTATGTTGGTGGGAATGGTCAAATTTCTCCAGATGGGGATGGCAGAGACCGAGAGACCAGATTTTTCTAGCATAAAATTATG
CTGGTAGAAACAAAACAATGGCATCAAAAAATATGTGGAATGAAATTGACAAGTACAGTTCTTGCCCTCCAAAACCAGCAGCAGTTTTGCAGACTATTAATATAAACAGACAGCAATGTGTCTTTGAGGCGTGTGAATGGAACACTTAAATGCACATTCACAATGATAATAGTCTTTTATTGCTTTTGATGCTCTCTATA
TTAATGTCGTGAATTAGTCTATTAAGTCTTTTTGACCTGTGTTATTCTTGGCACTGTAAACATGGTGGTTGGACGACGACAATTATTAAATTATTTGCAATGGAGAAAAAATTGATCTACTTGGGACAATGCAAAATCGCTGGTTCCCCATCAGAATTTATCAGTCTTTATGTGCAGGTTATATGGGCCCATACCTTTAT
GCAACAAGTGCATATGTAATTATGCTTATGATCTGTTTGTATTATTAATAGGCCTGGTCCCGGCAAATCCTCAAACTGTCTTGTTCCATATATTCAT


>TRINITY_DN45293_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:
AATGGCAGAGATGTAAGAGAGgtatgtcaataccaattatttatttatcgacggctctgagattaattgttacattagcttcttgtgtaggcatattggcggtgataacaaggagaaaatttgagatttagtggagttgattcttctgtgaaaggaaatccatttaacatatcgacctcttgtgattgattttttccttc
aagtacag
GTTTTAAAAGCTGTTCGCTTGAAAGTTCTGGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGGATCTTTCCAATGGATTTTCCTGCTGAGAAACATCATCTTTGGCGGATAGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTGCATTAGATGAATCTGTAACCCATGTTGTTGCTTTAGATTTAGGAACTGATAAAGCA
CGCTGGGCTGTCCAGCATAAACGCTATTTGGTTCACCCTCACTGGCTTGAAGCAGCAAGATACTTGTGGCAAAGACAAATTGAAGAAAAATTCTCCGTCACTGCTAAAAAAAATAGTTCAATATCAACTTTTGTTGAATCTATTCCAGTGTTGCCTTGTGATGTTGCAGAAAAGGAAGACAATTCCTGATGTTGCCGTTG
AAGCTTTCAAAGTTGATTGGAGTAGCATCCTACAGAGATTCTATATTAGGAACATCGGATGATTGTAGAAGCATTGCATTTGTTTAGTACTAACAAATGTGAGTGCATGCAGAGGTATTGTGCTGATATCCGAGATGAATGCACCAACAGATTCCTGGTCATTTCCAAATTTTCACTAGAATCTAAGTTTCTTAATGCTA
CGGTTATCTTGTCTCTTGTTTCATGCTTCTTAAAACACGTACGTGCAAAGGGAAACGATTTGGATTAGATAGATACCATATTAAGCTGGGGGTGCCGAGTTGGGAAACTACTGTAAGATTTTGAAAAAAATGTATGTATTTTACAGTGGAAAACAAGAAGGTTTAATCCTGAAGCCCCATGTCTTTTTAACATCTTACGT
GGCAATCTGAAGTAAGAAAATTGTTGCTACAAGTGTTCATCAATTGATAGTTTTTTTAAAAAAATTCAGATTGACATACAGTCTTGCTTAGCCTCTATTTTAAGGTTCTATGTTGGTGGGAATGGTCAAATTTCTCCAGATGGGGATGGCAGAGACCGAGAGACCAGATTTTTCTAGCATAAAATTATGCTGGTAGAAAC
AAAACAATGGCATCAAAAAATATGTGGAATGAAATTGACAAGTACAGTTCTTGCCCTCCAAAACCAGCAGCAGTTTTGCAGACTATTAATATAAACAGACAGCAATGTGTCTTTGAGGCGTGTGAATGGAACACTTAAATGCACATTCACAATGATAATAGTCTTTTATTGCTTTTGATGCTCTCTATATTAATGTCGTG
AATTAGTCTATTAAGTCTTTTTGACCTGTGTTATTCTTGGCACTGTAAACATGGTGGTTGGACGACGACAATTATTAAATTATTTGCAATGGAGAAAAAATTGATCTACTTGGGACAATGCAAAATCGCTGGTTCCCCATCAGAATTTATCAGTCTTTATGTGCAGGTTATATGGGCCCATACCTTTATGCAACAAGTGC
ATATGTAATTATGCTTATGATCTGTTTGTATTATTAATAGGCCTGGTCCCGGCAAATCCTCAAACTGTCTTGTTCCATATATTCAT




Intron 6 GTAGGTCCTT ... TTTTCAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN132719_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform
CAAAGTTTGTCATCAACAATTATATATATGTGACGGCTGTGCTTAAATTTTATATCCTGCAGGTGAAGGCATTGCAAATGTTGTAGGACCATGCAATGTTACAAACCTATATTTTCCTGCACATCTTAGAAGAAGAACCTGCATAGGAAATATATGCTCAGATCACATGTCTATACTGCGAGTTTGTCTGGACTCCTCAT
AATGTCTTCCTTTGTATTTATTTGATCAGAGTTGATATGGAGATAAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACAGATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAGGCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGG
CAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACATCAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGAGAAT


>TRINITY_DN132719_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTCATCATTGTTCTAGCATTGTTCGCTATTATAGTCCAATAAAACCAGTTGGGTTTTGTGATATATTGTATTATGGTGGGGTGGAGATAGCAGGAGCTTGGATCATGAGTCTGGCAGCGGAGTCTCCGTCTCCTTCTTCAAGCAATGACGATTTTGCAGCGTTTCTCGACGTGGAACTAGAGTCCACCCCTTCTGATA
CATCCCCGGCTAATGGAGACTCTGGAGAAGAGAACCAGTCGGAGTATACCGAAGAAAGAAATGCGTTCGAGGGTATTCTCAATGATGTCGAAGAGGTCGATGAGAAAGAGTTGAGCGCCTACGAAGAAATGGATGCCACACGAAGCAAAAGGCGAAGATTATATGAAGACAAAGGAACGGAAGATGGGGAAAGAAGAGAT
GTACAAATATCTTTGAAGCAAGACCTCGAAGTTATACAAACATCTAGTAGTAGTCAAAATTGCCCTCCACATCCAGGATTTATGTGGGGAGTTTGCATTCGCTGTGGCAAGATGAAGCAACCTTCTGAGTCCAATGATCAAACTGGTGTTGCCCTCAAATATATTCATAAGGATTTTGAGCTTACAGATACTGAAATTGA
ACGGTTACGTGAAAGTGATCTGAAGAAATTATTGCCAAGGCACAAGTTATATTTAGTACTGGACTTGGATCACACATTGCTGAATTCTGCTCGATTTGTTGATGTTCTTCCTGACGAGGAGGCATATATCACATCAACATACTTAACGGGAGTATTGAATACTGGATCAGGTGAAGGCATTGCAAATGTTGTAGGACCAT
GCAATGTTACAAACCTATATTTTCCTGCACATCTTAGAAGAAGAACCTGCATAGGAAATATATGCTCAGATCACATGTCTATACTGCGAGTTTGTCTGGACTCCTCATAATGTCTTCCTTTGTATTTATTTGATCAGAGTTGATATGGAGATgtaggtcctttgtactgctgtcttgcattttctcttctcagttgttta
gaggagtcactaatgaaagtcatgtagatcttcaactcacaatttctcttgtttatgccaatatttatttagatatgtattcttaacgttcctttaccttttcaacag
AAGTTGGGGACACTGGAAGGAGCTTGTACAGATTGATGTCCTTGCAAATGTGGACAAAACTTAGGCCCTTCGTGCACAACTTTTTGGAAGAG
GCAAATGAGATGTATGAGATGTATGTCTATACAATGGGGGAGCGTGGTTATGCTTTGAAGATGGCAAAACTTCTTGATCCCACAGGAAAATATTTTGGCACTAGAGTCATTTCACAGGGGGACAGTACTCACAGACATCAGAAAAACCTGGATGTGGTATTGGGAGCAGAGTCAGCAGTCGTGATTCTTGATGACACAGA
GAATGTATGGCCAAGGCACCGATCAAATCTGATAGTGATGGAAAGATACCATTTCTTTAGCTCAAGTTGTCGACAATTTAATGTTCAAGGTCAATCTTTGACACAGGCAATGAGGGATGAGACAGAGATGGAGGGCACTCTTGCCAGCATGCTATGTGCACTGCGTTCTGTGCATCGGATATTTTTTGATGAGAATAATG
ATAAAGATATTACTCGACGTGAGTCAAATGGCAGAGATGTAAGAGAGGTTTTAAAAGCTGTTCGCTTGAAAGTTCTGGAAGGTTGCAAAATTGTCTTCAGCCGGATCTTTCCAATGGATTTTCCTGCTGAGAAACATCATCTTTGGCGGATAGCTGAAGAATTAGGAGCAACATGTTCTACTGCATTAGATGAATCTGTA
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TTTCCAAATTTTCACTAGAATCTAAGTTTCTTAATGCTACGGTTATCTTGTCTCTTGTTTCATGCTTCTTAAAACACGTACGTGCAAAGGGAAACGATTTGGATTAGATAGATACCATATTAAGCTGGGGGTGCCGAGTTGGGAAACTACTGTAAGATTTTGAAAAAAATGTATGTATTTTACAGTGGAAAACAAGAAGG
TTTAATCCTGAAGCCCCATGTCTTTTTAACATCTTACGTGGCAATCTGAAGTAAGAAAATTGTTGCTACAAGTGTTCATCAATTGATAGTTTTTTTAAAAAAATTCAGATTGACATACAGTCTTGCTTAGCCTCTATTTTAAGGTTCTATGTTGGTGGGAATGGTCAAATTTCTCCAGATGGGGATGGCAGAGACCGAGA
GACCAGATTTTTCTAGCATAAAATTATGCTGGTAGAAACAAAACAATGGCATCAAAAAATATGTGGAATGAAATTGACAAGTACAGTTCTTGCCCTCCAAAACCAGCAGCAGTTTTGCAGACTATTAATATAAACAGACAGCAATGTGTCTTTGAGGCGTGTGAATGGAACACTTAAATGCACATTCACAATGATAATAG
TCTTTTATTGCTTTTGATGCTCTCTATATTAATGTCGTGAATTAGTCTATTAAGTCTTTTTGACCTGTGTTATTCTTGGCACTGTAAACATGGTGGTTGGACGACGACAATTATTAAATTATTTGCAATGGAGAAAAAATTGATCTACTTGGGACAATGCAAAATCGCTGGTTCCCCATCAGAATTTATCAGTCTTTATG
TGCAGGTTATATGGGCCCATACCTTTATGCAACAAGTGCATATGTAATTATGCTTATGATCTGTTTGTATTATTAATAGGCCTGGTCCCGGCAAATCCTCAAACTGTCTTGTTCCATATATTCATGCTTTGATATATTCATCTCCATGTTTTATGTTCTTTGATATCATTT