NA ----> NA

Intron 1 GTAAGTTCTC ... GTGTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45	20	19	13.8
A2	35.22	25	14	13.2
A3	47.74	15	11	16.4
A4	40.06	18	11	13.2
A5	47.82	7	3	10
A6	100	0	1	3
A7	45.82	8	0	13.6
A8	33.74	10	7	3.2
A9	20.64	19	7	3
A10	23.22	18	8	3

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTC
ATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGT
TCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACC
TGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCC
CTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAA
CCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAAC
TAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAG
ATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGT
ATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAA
TGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAAT
TGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAA
AAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCAC
TCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAAC
TCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATAC
AAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCT
CCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCA
GAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTT
GCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGT
GGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACCAAAAAGGATGAATTGATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCA
GAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAG

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAgtaagttctccatctgtaatcctcaagaatacaatgggggaacatagattttttgttgatgcattacttgccagttccaatctgtttgggtctttgttttggatgctattttttgatgatgctcttatagaccctttgtaactgaccatggttttaggatgataatttatgaccagattt
aatcctctttaaaggttgctggttaggtttattgttaactttctttgtacttatcttgttagagattatatagtatctagtatctatttgtactactgcacaacgtaccattgtatgctggattttatctcctccaattacagcttttgaccattcatgttaatattctagtttcaaactatataaattattgaatggag
gatatctcaatgagctagggcactcctgcactggcttggaatgcacatttagatgcttcggtaagattctaacatatttagtgaaagtgtgttcatagCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTAC
AACCAACATTTTTTCATGTGTTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATTTTTGGATTCTGGAAGTATTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAA
ACTATTGAAAAGGTATATGCTTGTACTTACAAAGTTGGTGTGAATTGAATTTAGATGGAGAGTTCTTTTCTTACACACTTGATTTTAAACAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACA
AGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGC

Intron 2 GTGGAGAACA ... TTTCTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.58	22.5	15.5	18
A2	29.57	31.6	10.5	16.6
A3	41.74	20	9.5	19.4
A4	37.09	16.4	10.6	8.9
A5	18.48	12.6	2.9	2.9
A6	24.7	4	2	0.7
A7	25.25	37.3	8.9	16.5
A8	33.8	18.1	5.1	13.6
A9	18.41	29.3	4.4	9
A10	24.62	18.5	5.5	6.7

>TRINITY_DN119876_c2_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGAA
GAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAA
ACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAG
ATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCT
TCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGA
AGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCAGAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATG
CTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTAC
AGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACA
TGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAA
GAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAG
ATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCC
TTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCT
GCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTT
ACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAA
GGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGC
AGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGCGGCAGCCAGCCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATATTATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAG
TTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCTTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGGGGAGTGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCA
ATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTG

>TRINITY_DN119876_c2_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGCC
TTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTC
AAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTAC
AAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAG
CCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCAG
AACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTT
TAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTT
CAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAAT
TTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGgtggagaacattgttctgtgttacttatttttccaaggaaaacctcatgggggaacccaagggatgcttccatacatttgtggatggcatcccttgtaaacctgtcggtgtagactagtgcatctcgcccagg
gggttcaaactgggcacctgccagcacagaactagccaaatgcccaacaacattggtggcaaccggttgagctaacccctttggcttgctgtgttactcacatagcttggcactagataactttttttcctccaatacattatctatggattttgacatgttgcattttatttcttctagTTTGGGATATGTTAAGTGGT
TGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACCAAAAAGGATGAATTGATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAG
GCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCT
GAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATG
ACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAA
GAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCA
ATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAA
ACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGCGGCAGCCAGCCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTT
GTTAAATATTATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCTTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGGGGAGTGTTAAATTTCTGTTCT
AGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCAT
TATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTG

Intron 3 GTAAGCTTTC ... CTGGTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	4	2	6
A2	47.06	9	0	8
A3	61.11	14	4	22
A4	46.67	8	0	7
A5	37.5	5	2	3
A6	-1	0	0	0
A7	-1	0	0	0
A8	50	2	0	2
A9	-1	0	0	0
A10	50	1	0	1

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTT
GTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGC
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGgtaagctttcttttgttatg
ttttgtttcagtaatttcagttcatttcgtcataaactcaagctcatgattcgagtctggtttaagGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCA
ACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAAC
TGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAGTATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAG
TACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGAC
TACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTC
TGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAG
TGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAA
TTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGA
AGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACAC
CAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCA
ACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATT
AAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAA
AACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCT
CATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAA
GGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAA
TACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCC
AACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGC
AGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTT
CATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGC
ACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTT
TGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGT
ATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAG
ATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGTTCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTT
CAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGT
GAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAG
AGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGC
AACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTACAACCAACATTTTTTCATGTGTTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATTTTTGGATTCTGGAAGT
ATTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAG
GAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGT
GTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGT
TTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCA
CAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCA
GTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAAT
TGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

Intron 4 GTATATGCTT ... TTTTAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.73	30.6	22.2	23.5
A2	29.86	20.9	3	14.8
A3	25.43	37.6	9.8	15.8
A4	48.11	20	11.1	25.9
A5	40.84	10	2.6	11
A6	12.7	36.7	1.8	8.9
A7	32.35	52.9	18.4	31.9
A8	37.02	54.4	25.5	38.5
A9	20.23	63.2	6.5	25.7
A10	30.52	43.3	17.3	20.7

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTT
GTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGC
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTAC
AACCAACATTTTTTCATGTGTTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATTTTTGGATTCTGGAAGTATTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAA
ACTATTGAAAAGgtatatgcttgtacttacaaagttggtgtgaattgaatttagatggagagttcttttcttacacacttgattttaaacagGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACA
AGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGC

Intron 5 GTTTTGGATG ... AAATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.33	27	4	39
A2	46.67	20	9	26
A3	46.67	16	14	14
A4	43.33	17	8	18
A5	80	1	5	3
A6	100	0	0	1
A7	24.14	11	0	7
A8	50	2	2	2
A9	33.33	5	0	5
A10	50	2	1	3

>TRINITY_DN41734_c1_g3_i10 from sample A9 / Example spliced isoform

TTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATG
ACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACA
CTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATG
GCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAG
AGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATT
TCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGT
GACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATCGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCA
AGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCT
ACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAAC
AAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTG
TCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATAT
TTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATG
TGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAG
GTTCAGGAAAACTCCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATAT
ACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAA
GGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTG
AAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACC
AAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTT
GGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAA
GTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAG
TTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTT
TGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACAT
TAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTA
GAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGA
AAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGCGGCAGCCAGCCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACC
CACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATATTATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCTTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGGGGAG
TGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAA
CCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGG

>TRINITY_DN41734_c1_g3_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGgttttggatgctgttgaattggaaagatataaggatttggagggaattaggtggtcttatgagggttgttgaagtttctaaggtt
tccagcatttcaagggttaaagggatttgtattatttcttggctgggcaacggttcaaaaatttcagcagtactggttgggttcgccagggtttaatgatttcaatgctatttagtgattttgagctagttgcgtggtttacaaggctcagtggattcaacagtgctaaaggtctttgcaaggggttttgtgtctttgca
ttccgtcgtctgggattccaaatattgaaggatttgaggtgggacgaactggttcagtggttgaatttcatgaattggtgtttaagaacttgattagttttggctcaatacgcagggtttagtggggtccaaagagtattgtttggtttagtgtttgaattctattaattggttttccaaaggcagcagaattttgatta
gctttgattaaatctgcagGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGTGGTTCTAGATTTTTCGTTTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAG
TGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAA
AATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGT
CCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTA
ATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTG
ACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAG
TACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATCGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATG
AAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTG
AAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGAT
GCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGC
ACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAA
TCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAA
GGCCCTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTG
CCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTG
TTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATT
TGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAA
CCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGAC
ATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCA
AGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCA
GATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGC
CTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTC
TGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGT
TACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCA
AGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAG
CAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGCGGCAGCCAGCCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATATTATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAA
GTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCTTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGGGGAGTGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCC
AATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGG

Intron 6 GTGAGTCATT ... TTATGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.42	31	8.5	7
A2	23.46	26	3.5	8
A3	26.09	34	5	12
A4	24	19	8	6
A5	49.02	9	3.3	8.8
A6	26.23	52	8	18.5
A7	22.52	68.8	4.9	20
A8	22.58	72	8	21
A9	19.42	56	5.5	13.5
A10	22.95	47	3	14

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTT
GTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGC
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i26 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTGATATGAGCAATCTTTTGCGgtgagtcatttgtttttctattgaggattgctttcatatgttttaatttctgctcatattggctaacatggatgcttatgttcagTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTAT
ATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTA
AAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTT
GGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTT
GGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCT
TGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

Intron 7 GTATGTTTTT ... ACGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.08	52.6	11	20.6
A2	21.96	28.6	3	13.1
A3	20.48	60.5	21	10.1
A4	31.99	24	8	14.6
A5	11.54	23	5	1
A6	15.13	29.6	4	6.6
A7	19.32	68	17	15.6
A8	21.07	61	11	21.6
A9	11.02	58	6	8.4
A10	14.29	60	11	9

>TRINITY_DN119105_c1_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

TAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCA
AGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCTAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTG
GGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGTGGTTGAATTTCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAGTATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAA
TCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAG
AGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAG
CAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGC
ATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAA
TGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACA
AAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTTGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAAT
TTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATCGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAAT
TGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAA
CAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGA
TTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGAGCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGAC
TAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATA
GAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTC
TGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAG
GTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAA
AGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGG
ATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAG
TGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTT
GTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATTTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGT
ATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACA
TATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCT
GGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGT
TCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGA
AATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCACCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAA
TATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGT
GTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAA
CCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATT
TCCCATCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACGGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATA
AATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAG
TTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTACCGGAA

>TRINITY_DN119105_c1_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTATGTTTTGTTTCAGTAATTTCAGTTCATTTCGTCATAAACTCAAGCTCATGATTCGAGTCTGGTTTAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGC
TGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCTAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGG
ACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAGTATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTT
TTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGAT
GAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAG
CACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACAC
CTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAA
TTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGA
TGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTTGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAAT
CGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACC
TTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAG
AGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGC
AGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGAGCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTAC
AGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCC
ATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCC
AAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCAC
TTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATC
AGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAA
TGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCT
AGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATT
GGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTA
TTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGA
GTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCACCCTTATTCTTCAGGATATGCAAgtatgttttttctaacttgtctt
aaaggatgcaatttcttgaactattgacccatatttctttgaaggttcgttgggtttaatatcaatgtttacgattaattatgttgaacttaccaagtaccaaaataggtttgtagaatagccaggctgttggggtggaggagaccagtactgttttgtatgtctgttgaacaaattacatctttccagcatttaagtaa
caccatctatgtctgcagCTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTACAACCAACATTTTTTCATGTGTTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATT
TTTGGATTCTGGAAGTATTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGT

Intron 8 GTAATATCAT ... TGCCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.57	37	5	13
A2	20.93	34	11	7
A3	17.89	39	6	11
A4	22.92	37	9	13
A5	24.14	22	1	13
A6	21.95	16	0	9
A7	13.25	36	1	10
A8	20	26	2	11
A9	19.42	56	2	25
A10	20.83	19	4	6

>TRINITY_DN105832_c2_g1_i26 from sample A4 / Example spliced isoform

AAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGAGGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAA
GGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCTAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAA
ATATTGAAGGATTTGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTG
AGCTTTGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGG
CCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGTGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAG
TGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAA
GGAATTCTATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATC
TCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACTGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAA
TGAAGACACCAAATTGATACCATTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAG
TGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGA
TCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAA
AGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGAGCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGT
CTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAAC
AGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTACTCACTTCACTCCATCGAA
GGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCATGAAA
TACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCA
ATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACA
TTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTG
GTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCAGAACGTTGCAAGAA
TGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCA
GCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTT
ATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAA
GTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCACCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTACAACCAACATTTTTTCATGTG
TTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATTTTTGGATTCTGGAAGTATTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTATATGC
TTGTACTTACAAAGTTGGTGTGAATTGAATTTAGATGGAGAGTTCTTTTCTTACACACTTGATTTTAAACAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACGGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGCGGCAGCCAGCCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGGGGAGT
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGG

>TRINITY_DN105832_c2_g1_i19 from sample A4 / Example unspliced isoform:

CAGGGGGTTCAAACTGGGCACCTGCCAGCACAGAACTAGCCAAATGCCCAACAACATTGGTGGCAACCGGTTGAGCTAACCCCTTTGGCTTGCTGTGTTACTCACATAGCTTGGCACTAGATAACTTTTTTTCCACCAATACATTATCTATGGATTTTGACATGTTGCATTTTATTTCTTCTAGTTTGGGATATGTTAAG
TGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGgtaatatcatttactttgattttaaatagtttatgcattgacaacttgaatgggttttataagtttatatatgcatgcatgtacatttgcctttcagAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTG
AGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGA
GAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCACCCTTATTCTTCAGGATATGCA
ACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTACAACCAACATTTTTTCATGTGTTAATACTTTGGATGCATCTAGGAATTGAAATTTTGAATTTGGTCCATTACTTTATGAGATCTTCATCTATCCTTATTTTTGGATTCTGGAAGTA
TTATAACCATTTTTGGTAAAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTATATGCTTGTACTTACAAAGTTGGTGTGAATTGAATTTAGATGGAGAGTTCTTTTCTTACACACTTGATTTTAAACAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTC
TGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATC

Intron 9 GTACAACCAA ... TTTGGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.38	38.6	33.3	21.2
A2	35.72	15.6	12.7	4.8
A3	27.53	47	22.7	13.2
A4	76.06	4.4	17.8	10
A5	17.46	14	5.3	0.8
A6	21.28	33.4	11	7.8
A7	30.28	55.2	23.7	24.6
A8	37.19	53.7	29.3	34.7
A9	21.83	54.1	17.7	13.4
A10	29.25	50.4	20	22.2

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTT
GTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGC
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGT
TCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGgtac
aaccaacattttttcatgtgttaatactttggatgcatctaggaattgaaattttgaatttggtccattactttatgagatcttcatctatccttatttttggattctggaagtattataaccatttttggtaaagGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAA
ACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTAC
TCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTAT
ATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTA
AAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTT
GGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTT
GGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCT
TGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

Intron 10 GTGGGACGAA ... AAATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.01	31	28	39.2
A2	48.01	29.8	29	26
A3	34.21	30.2	17	14.4
A4	38.37	23.6	12	17.4
A5	29.03	11	6	3
A6	100	0	1	1
A7	32.96	12.6	5	7.4
A8	55.56	2	3	2
A9	46.67	4	2	5
A10	36.36	7	5	3

>TRINITY_DN119105_c1_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTATGTTTTGTTTCAGTAATTTCAGTTCATTTCGTCATAAACTCAAGCTCATGATTCGAGTCTGGTTTAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGC
TGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCTAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGGGTC
CCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAG
TGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCAT
GAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCC
CATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGA
AGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAA
GACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTTGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAA
AAGCAATGAACACACTGAATCGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGA
AAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTT
CTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTAT
TCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGAGCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTT
CAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAA
ATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTGCCAAACA
ATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAA
AGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGA
TATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGA
AAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAG
TCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATTTGTTTGGGTCTTTGTTT
TGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCT
GGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACA
CTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGTTCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAATTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTTCAGTT
GTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGGTGGAGAACATTGTTCTGTGTTACTTATTTTTCCAAGGAAAACCTCATGGGGGAACCCAAGGGATGCTTCCATACATTTGTGGATGGCATCCCTTATA

>TRINITY_DN119105_c1_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCA
AGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCTAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTG
GGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGgtgggacgaactggttcagtggttgaatttcatgaattggtgtttaagaacttgattagttttggctcaatacgcagggtttagtggggtccaaagagtattgtttggtttagtgtttgaattctattaattggttttccaaaggcagcagaattttgattagctttgattaaa
tctgcagGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAG
AGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAG
CAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGC
ATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAA
TGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACA
AAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTTGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAAT
TTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATCGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCGTCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAAT
TGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAA
CAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGA
TTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGAGCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGAC
TAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATA
GAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTC
TGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGCATGAAATACGTGCTTGTTACACTCCATTGAATGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAG
GTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAA
AGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGG
ATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAG
TGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTT
GTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATTTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGT
ATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACA
TATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCT
GGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGT
TCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGA
AATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCACCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAA
TATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGT
GTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAA
CCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATT
TCCCATCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACGGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATA
AATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAG
TTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTACCGGAA

Intron 11 GTGGGACGAA ... AAATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.7	31.8	28	40
A2	47.75	29	27	26
A3	34.66	31	16.9	16
A4	36	24	12	15
A5	29.03	11	6	3
A6	100	0	1	1
A7	35	13	5	9
A8	55.56	2	3	2
A9	46.67	4	2	5
A10	36.36	7	5	3

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTC
ATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGT
TCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACC
TGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCC
CTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAA
CCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAAC
TAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAG
ATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGT
ATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAA
TGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAAT
TGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAA
AAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCAC
TCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAAC
TCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATAC
AAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCT
CCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCA
GAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTT
GCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGT
GGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACCAAAAAGGATGAATTGATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCA
GAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAG

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTAAGCTTTCTTTTGTTATG
TTTTGTTTCAGTAATTTCAGTTCATTTCGTCATAAACTCAAGCTCATGATTCGAGTCTGGTTTAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATTGGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCA
ACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGTGGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGgtgggacgaac
tggttcaggcgttgattccatgaattggtgtttaagaacttgattagttttggctcaatacgcagggtttagtggggtccaaagagtattgtttggtttagtgtttgaattctattaattggttttccaaaggcagcagaattttgattagctttgattaaatctgcagGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAG
TACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGAC
TACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTC
TGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAG
TGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAA
TTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGA
AGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACAC
CAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCA
ACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATT
AAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAA
AACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCT
CATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAA
GGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAA
TACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCC
AACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGC
AGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTT
CATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGC
ACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTT
TGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTTAATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGT
ATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAGGATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAG
ATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGTATTGTAGTTGTTGTAAAGTTCACTTGAAAGATGATATCTAAGGCTATTCATGATATGTGCAGTGAAGGGTAGAGGAACTGTGTCAGTGTGTTCCCCTTCAGAAGATGCAGTTGTTTTGCCACCTGAACTTGTT
CAGTTGTAATGCATTTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGT
GAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAG
AGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGTTTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGC
AACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTTGTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTC
CTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATTAATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAA
TGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAGAAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTG
ATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAAAATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGC
CCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCCACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTG
GCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGCGTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTT
ATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAACCATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGC
TTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

Intron 12 GTATTGTAGT ... GCATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.74	17.6	12	19
A2	26.69	19.4	5	8.5
A3	55.53	9	9	13.5
A4	47.86	15.3	17	11
A5	33.71	13.4	3	10.5
A6	17.2	0.9	0	0.5
A7	26.17	20.7	6	8.6
A8	52.3	6.3	4	9.5
A9	3.94	12.7	0	1
A10	18.72	16.6	2	5.5

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i22 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTC
ATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGT
TCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACC
TGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCC
CTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAA
CCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAAC
TAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAG
ATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGT
ATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAA
TGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAAT
TGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAA
AAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCAC
TCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAAC
TCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATAC
AAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCT
CCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCA
GAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTT
GCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGT
GGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACCAAAAAGGATGAATTGATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCA
GAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAG

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACAAGGTTTTGGATGCTGTTGAATT
GGAAAGATATAAGGATTTGGAGGGAATTAGGTGGTCTTATGAGGGTTGTTGAAGTTTCTAAGGTTTCCAGCATTTCAAGGGTTAAAGGGATTTGTATTATTTCTTGGCTGGGCAACGGTTCAAAAATTTCAGCAGTACTGGTTGGGTTCGCCAGGGTTTAATGATTTCAATGCTATTTAGTGATTTTGAGCTAGTTGCGT
GGTTTACAAGGCTCAGTGGATTCAACAGTGCCAAAGGTCTTTGCAAGGGGTTTTGTGTCTTTGCATTCCGTCGTCTGGGATTCCAAATATTGAAGGATTTGAGGTGGGACGAACTGGTTCAGGCGTTGATTCCATGAATTGGTGTTTAAGAACTTGATTAGTTTTGGCTCAATACGCAGGGTTTAGTGGGGTCCAAAGAG
TATTGTTTGGTTTAGTGTTTGAATTCTATTAATTGGTTTTCCAAAGGCAGCAGAATTTTGATTAGCTTTGATTAAATCTGCAGGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGAT
GAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAA
GTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTC
CTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATG
GTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGA
GCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCA
AATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCT
AGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAA
CACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATA
TAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAA
ATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAAT
AGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCT
CCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCGAAGAAATACGTGTTTGT
TACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATACAAGAGCAATGAATGAAGAGG
AAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCTCCCAACATTCCACAATAGGT
AATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCAGAACCTGGTGTTATTGGTAA
TGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTTGCAAGAATGTTTAAGTTTTC
TTTTCCTTCAACGACCACAAGTAAGTTCTCCATCTGTAATCCTCAAGAATACAATGGGGGAACATAGATTTTTTGTTGATGCATTACTTGCCAGTTCCAATCTGTTTGGGTCTTTGTTTTGGATGCTATTTTTTGATGATGCTCTTATAGACCCTTTGTAACTGACCATGGTTTTAGGATGATAATTTATGACCAGATTT
AATCCTCTTTAAAGGTTGCTGGTTAGGTTTATTGTTAACTTTCTTTGTACTTATCTTGTTAGAGATTATATAGTATCTAGTATCTATTTGTACTACTGCACAACGTACCATTGTATGCTGGATTTTATCTCCTCCAATTACAGCTTTTGACCATTCATGTTAATATTCTAGTTTCAAACTATATAAATTATTGAATGGAG
GATATCTCAATGAGCTAGGGCACTCCTGCACTGGCTTGGAATGCACATTTAGATGCTTCGGTAAGATTCTAACATATTTAGTGAAAGTGTGTTCATAGCTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGgtattgtagttgttgtaaagt
tcacttgaaagatgatatctaaggctattcatgatatgtgcagtgaagggtagaggaactgtgtcagtgtgttccccttcagaagatgcagttgttttgccacctgaacttgttcagttgtaatgcattttcagGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTG
GGATATGTTAAGTGGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACAAAAAAGGATGAATTAATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAG
TGCAGCAGAAGCAGAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAGAGAGCAGAAGAAAGAGTTATCAACATGGAGCAACAACTTCGGATACTTGACAACAAGATTCATGACATGTGTGAGT
TTTATCGTGGATTCCTGAAAGTGGAAAGAAATATGAGAAAGGGGGAGATTGCAGAGTTATTACGAAATCATGTTAAAAAGAGATCACAAGCCAGCCTTATTCTTCAGGATATGCAACTCTGGAAATTAAAGGAAATGAAAAGTAAGCTTGGAGAGAATTTTATTGAGCTTTCTTATAGCAACATTATATCTCAGAGGTTT
GTATTTGAGAGAGATGACCGAGATGCAAATATTTGGACTTGCCTTAGTCTGAACCATGAAACTATTGAAAAGGTCTTTCCATTCATGAATGCCTCTGCAGTCTTTGGACTTGTCCTGGGCTCAAAGCAAAGTTGCAAGATTGGGGGGGCAGGAAATATCTGCCAAGTAATCCAGGAAACAAGCTTTCTTCATGGCACATT
AATTGATGTGCTTGAAGAGGTACTAATGTGTCGGTCAAGATTGCTAAATCTCTCATTTACTCACTTTGATTGTACCAGTGGTTGTGGACTACAGTTACAGCTGAAATTTATTAATGGCAGGATGGGACTGGAAGCAAGACTTGTGCTTGATATGAGCAATCTTTTGCGTGGTGTGTACCCTTCTGATGCTTTCCCACTAG
AAGTGGAAATTCTGCAATTTAGAAAACAACCCAAAAGTTTATTGGAGGTTGAGGAAGTATATAAAGAAATACGGGCACTACAGCCAGGATATCCAAGGATAAAGAACCTTTGTGATCGTGTCTCCAGGCTTATTGAAAGGAATGGATAAACCAGTACAAATAGATGGTATAAGTTTGTCAGACAATTTTTTTCCTTGGAA
AATAGATCCCTAAGAAACCCCTGGGCATTTCCCAGCATTCCAAGGATGGTACCCAGTGTAAAACAGTATGTGTAGACTATTGTATGCTGAGCCAGCAGGGACATCGAGTGAGGCCCGCATGCGCAGAGGCAGCCAACCTGGGGACTTGACCCCAAGACATCCTGTATCTATTCACAGCTCTCAATCACTCGAGCTAACCC
ACTGGGCTGTAAGTTTGTTAAATAATATAAATGAAAGTGCTGGAATTTTTTAATTGTTTTGGGTGGGTAATTCGAGAGTTTTTGGTTAGACATAAGTTTGCTACTGCAAGTCTGGCAGCTTCGTGCTGCTACAAGTAAATGTTTCTTGCCCAAGTAGGGGTTTTATTGTTTCCAGTGTAATGCAACAGGAAGGGCAGAGC
GTTAAATTTCTGTTCTAGCAGATGGACAGTTGCTGTGTGTTCTTGTTTGTTGAATCCTTTGGGTTAGGCATGGAAAACACAAGTTTTGTTTTTCCAATTTGCAGTTGGGGGCTTATATACATAGTATTGTACGACCATTACAACTTCCAATGAGATTCTCTGTTGAATTTGAATTGCTTTTGCTATGATTACAGAACAAC
CATTATATGTCACCATTATCGGAAGCTGATAAGTGAGATGCTTGATTAGTTGCTTGGGCTTGTTGGTTCTTATGGGCTATCATTATACCTTAATATTGCAATTTCTTCATTTGCTTCTTTAACATCTTTTAGTGCTCCT

Intron 13 GTTTTGGATG ... AGGATTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.98	27	4	31.7
A2	59.71	20	9	29.7
A3	65.45	16	14	30.3
A4	58.19	17	8	23.7
A5	91.67	1	5	11
A6	-1	0	0	0
A7	53.5	11	0	12.7
A8	50	2	2	2
A9	44.44	5	0	4
A10	77.78	2	1	7

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGGGGTCCCGAAGAATATTTTT
TAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTCATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATA
GAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGTTCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCA
GGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACCTGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAA
AACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCCCTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAA
ATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAACCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCA
CCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAACTAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACAC
TGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAGATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTG
GGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGTATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAG
GGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAATGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAA
ACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAATTGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATG
CCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAAAAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCAT
ATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCACTCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAA
ACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGAT

>TRINITY_DN130033_c0_g1_i22 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAGCCGCTACCTTACCCATGTCATCTTGAGTGTAATTGATATTCAACGTGACCAATAGATGTATTTTAAAGATTGATAACGTTCAAAAAGCTTCCCGCGCTTCATTTAAAGTTCCCGTATCCGTATTAACAGTGTTTCAGACGATGTGGAGTTAAATTTTTTATCTGCATAAGGACGAGgttttggatgctgttgaatt
ggaaagatataaggatttggagggaattaggtggtcttatgagggttgttgaagtttctaaggtttccagcatttcaagggttaaagggatttgtattatttcttggctgggcaacggttcaaaaatttcagcagtactggttgggttcgccagggtttaatgatttcaatgctatttagtgattttgagctagttgcgt
ggtttacaaggctcagtggattcaacagtgccaaaggtctttgcaaggggttttgtgtctttgcattccgtcgtctgggattccaaatattgaaggatttgagGGGTCCCGAAGAATATTTTTTAGTTTTGGAGTACCCGGGGGTTCGAGATTTTTCGATTTAGTCACCATGGGATTGGTAGAGAATGACAATACTACTC
ATGTTGCCAAGGAAGGCGATGAGATATCTTCAACAGAGCTTGGTCAGGAATCCTGTGTCAAGAAAAAGAAAAAGCCAAGACGAGTGAGCTTTGCAGAGATAACTTCAGTGCATGTTTTTGATAGAGATGAAGACTACGAAACACCCCCGGATAATAAACCCACCGATGGAGAAGACAGGGTTCGGACACTACCAGGTGGT
TCCCCGAGGCCCAGTCTCAAGTTATTACACGATGAAGATGATGATGATCACCTGCAGTCGACACCGACATCTGGTTTGCATGAAAATGAATCCGAGCAATTTGTTCATGAAGCAGATACTCCAGGTAGCACGTCTGGCGGAGGAACGCCCGGCGAAGAAGGAGAGTTCTTTGGGCCAGTTTCATTATGGCACATTGCACC
TGGAATGAGTGCCCGTTCTCCTTTGACAGATGATATTACATTGGACTGCACAACATTTTCTCTGCAATTTGGTAAGCTTATGGTCCCCGGTAATGCATGTGTCAATCCCATGGAAGATGTCAAAACACCTGCAGTGGAAATTGAGGGGAGGACACCTGCAACAGAAGACTTTAAAACGCCGGTAGGAGAGACTGGGGGCC
CTTCACTAAGGAATTCCATGGTTCTTACCAAGCCTAAACAACCTGTTTCACGGCGACTTGTGTCTGATGATGATACCTTGGGTAATGTTGAAGGAATGGATGATATGAAGATGACCGAGGAAAATCAATTTAAATTTGATTTTGCAAACATGCATCCTGATTTAGACTCATTGCTGGCACAAAAAATTTCAGAGTTGCAA
CCTACCATCTCTTCTAAAGAGCAAAATCAAGGATGGCAGCTGTCTGGGTCTTCACACCCTCAACAAAAAATAGCAGATGCTTTGACCGATTCAACAAAGAAAAATGAAGACACTAATTTGTCACCAGATGAAGAAGCAAACGAATCTACCTTCGAGATCATGTCTAAAAATGACACAAACATCACTGTGACTTTGTCAAC
TAAGAACAATGAAGACACCAAATTGATACCAGTTGAAGAAGCGAACCGAACTACCATTGAGATAATTTCTAAAAATGGTGAAAGTACCAGTGAAATTTTCTCAACTAAAAGCAATGAACACACTGAATTGACACCAATGAAGAGTTCTACCATTGGCATCTTGTCAGCTAAGAATGGTGAAAACACCAAGTTGATGCCAG
ATGAAGAAGTGAAACCATCTAGCATTGAGATTGCATCCAAAAATGGCAAGAACACTATTGGAACATTTTCAGCTAAGACTGATGAAGACACCAAATTGGATCTAATGAAAAGGGCTACCACTGGGACCTTGTCAACTCAGAACAACAAAGATACCAGATTGTCACCATATGCAGAAATGAACCTGTCTACTGGTGAGAGT
ATTTCTGGATCTTGCAAAAACACCACTGAGACCTTTTTATTTAAGAACATTGAAGACATCAAATTGACAGCAGATGAAGAAGTGAAACAGCAGCAACAACTGGGGTTTCTTAGCCCAGGTCAGGGAAGAGTATTAAAGAGCTATGCTGATGAAGAAGTACATGGACCCAGCATTGAGATCAATGCAACAAGGTGCTATAA
TGACACCAAAGCACCATATATAGAAATTATACAGTCTACTGTTGAGTCTGCATCAGCTAAGCAGAATAAAGATACCAAAGTGATGCCAGTAGATGATTCTTCTTTTATTCAGTTTGAGGAAAAACAGCAGCAAAAACAGAAAGAGATTTTCTGGGATGCAGAAGGGGGCATAGATCTAAGGAATCCTGTCAATGCAGAAT
TGAGGGGGTCTATGTCTGAAATTATGTCAGGTAATAACTACAGTAAAGGAAAATCAAGAACCGATCTAGACTCAATGGCAAAGCACAGCTATGGACTAATTGAATCTTCAGTAGAACATGATGCCTACAGTTCTCATGCAAAAAGTGAAAACCAAGAGAATAGTAAAGGAGAGAACCAGAAAGAATATTTTCTCATTCAA
AAAGTGAACAGGGAGGGAATAGGAAAGGAAGGGACTGGAAAGAATCTATTCTCCAATAAATATGAGGATTCTGCTGTTAAACAATCTGGTTCCATAGAACACCAAGAAATACATGCTTGCCATATTCCATTGAAGGCCATGCATTCTTTTGCTGAACAATCAGATTCAGGGAAACTTCAAGAAATATGTGCTCACTTCAC
TCCATCGAAGGTCGAGGGCTCCGTTGTCAAACAGTCTGGTTCGGAAGAACTCCAAGAGATACTTGCTTGTTACACTCCATTGAAGGCCCTGGATTCTGTTTCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAAC
TCGAAGAAATACGTGTTTGTTACACTCCATTGAAGGCCTTGGATTCTGTTGCCAAACAATCAGGTTCAGGAAAACTCCAAGAAATACGTGCTTGTCACACTCCATTGAAGGCCTTGGATAGCTCACTTCACTCCAACAAAGGCTGAGGGTTCCGTTGTCAAACAATCTGGCTCAGTGAAACTATATACACATTCAAATAC
AAGAGCAATGAATGAAGAGGAAACTATTAGCCTGGTACCTCTGGACTTGAAGACAAAAATCGACCATGGAAATAATATGTTGTTCTTATCACAAAGGGAATCGAGCTCAACTCATTCAAACATATCAGACTGGCAGAGATATCAGAAACACCAAACTTCAGATTGTTCTACTGATCATGTTGCAAAGGAATTACAAATCT
CCCAACATTCCACAATAGGTAATTGCCTCAAGAGAAATGAATTTCTTCATGATCCAGAAAAGACCCTCTTAACTCCAGTATTTGATGGCACGGGATGTCACGGAAAGAAACGGAAAAGTGAAGAAATGGAGGTTCATGAAAAGGGCAACTTGATAAAATCTTCTTGGAACAACTGCTCTGTTTCTGAAAGGAAGCCTGCA
GAACCTGGTGTTATTGGTAATGAATATGCAGACCGTTTGAAAGGACCGATGCATTCTATCAAAAAATCCTCTGTTGCGAGAACCGATCCTGCAGTGTATGTTATGGCAACATCACCAACAAAATCTAGTAATGCACCAGTCAAGTTTTCTCAAGGAGAAGAAGCCTTGTGTCTGCCTATGATCACCAAGCCCACAACGTT
GCAAGAATGTTTAAGTTTTCTTTTCCTTCAACGACCACAACTTTGCCTTCTGCAAGATACACTGAAACAGCTTCAAGGAGACATGGATATGATGAAAAATTTGGGCAATCAGCAATTTCAGGCATTGGACGGAAAGAAGCACATGGAGGTGGAAAACAAACTAATTCTTCCTAATCACCAAAGTTTGGGATATGTTAAGT
GGTTGCAGCAAGTGCTGGCTTATGAGAGATCAAAGTTGCTGTTGCTGCAAACCAAAAAGGATGAATTGATGAGGAAGTGCCAAGAATTGCATTCTGGACGTGAGGAAGTGGATAGATTGAAACGTATTTACATACAAAAGCAAGTTGCATTTAATACAAGTGGTAGACCTGTAATGAAAGCCAGAAGTGCAGCAGAAGCA
GAGGCTTATATCCAGTTCCTCAAAGCTGAAATAGGAAAACAGGTGGAAAATTTTTCAAATAAAAAGCTGCTTATGGAGGGCAGATTGAAAGGGATTGAAAGAGAAAACCAG