NA ----> NA

Intron 1 GTAATATATG ... TTTTCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.1	74	89	72
A2	54	69	93	69
A3	47.26	77	77	61
A4	59.82	44	80	51
A5	59.69	26	40	37
A6	49.57	59	69	47
A7	54.73	91	123	97
A8	51.22	60	57	69
A9	55.38	83	99	107
A10	57.22	83	109	113

>TRINITY_DN112053_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoform

AACTCTAATCCTCCACCAAAAGACCATACCGGAGTCTTCAGCAAGGTACCCACCAATAATTGCCAAAATCCCCCACATCCAACCATCCCATTCCCATTGAGATTGTGATGGAGGAGGGAGAGTAGTGAGTTGGGTGTGGGCTTGTACTTTCAAGATTTTTGGGCCGTGTGTTTGTTGTGGTTCTGGGTGCACAAAATGCA
CCAGTCAGTCGCTGTCCTTTGCCCACTTGTCTATATAATTTCTTTTGGCATGGGCAGTGGGTACTATTAATGAATGATGCAAAGACCTCTGGGGGATTTTCACAACGGTCGGGTCGGGCTGGCTTGGTAGTCTTCTAATTTAATTTCGCTAGGGTTTATTCCATTCATTCCAACTTCTTTCCAGAAGGAGTTGATGTGAT
TCAGTGGTTCTGCTCTCTTCCAGAAGCCAAGCCTATCGGGCAATTAGTTCTTTGAAGTTGTTTGTTTAGCGTCTGCCATGCTTCATGGCTCCCAATCCTTTTACCCAGTTGCTGCAAATGGCCATTATTCTCTTGTTGCATCACCCACAGCGTGGAGCATGGCTGTGAATGCATCATCTTTGTCCCTGAAGCTGAGCGTG
CTTCGTGTAAAATTTGGGGAGAAAAATCATGTCGGTCTTTGCAAAGCTGCAGGAGGAGGCAGCTAGAAGTTCTATTTAATTTTCTATCATGGATAGAGATCAGTGGTGGCCGATGAACCAGGCTTCTCACAGTATGCAAATTGCTAAGAGAAGGGAAGAGTCGGTCTGCAACTACAACGGGGAGGAAACAGAATCCAAAC
GTCTCAAAAGTACTGGGCCTGTACTGCCCCTGTTGACCTCCGGTCAGTCTTCTCCACTCTCAGTGTCAACAAATTCAGAGCTTGTGTCTGGTTCTGAAGACTCCCCTTGTATGATTCAGCAAACTCAAATCAATTCAACAGTTACAAGTACCCCTCTATCATCTATGAGGACTCTGCCCATGTCTTCTGATCCACTGGAT
GAAACAAGGCCATTGGGCCTTAGTCTGAGAAAGAGTCAATCCTTGGTTGACCTTATACAACAAAACCTTGACCAAAAAGATCAATCCTCAGTTGCTGAGCAAGATTTGGAAGAAAACATAAAGACCAAGGGAATGGCAGCTGCTGACAGTCAGCATGATAAACTCAAAGCCTCCAATTTTCCTGCATGTTACCTGAAGAT
CGGGAAGTGGGAGTGCTCTTCCATATATGAGGGGGACTTGGTGGCCAAATGCTACTATGCTAAACGCAAACTGGTGTGGGAGGTTTTAGATAATGGATTGAAGAGTAAAATTGAAATCCAATGGTCAGATATCACAGGACTGAAAGCAAACCTCCCCGACAAAGGCCCTGCTTCTCTCCATATCGAGATATCTAGAACTC
CTTTGTTTTTCAGAGAGACAAATCCACAACCTCGAAAACACACACTTTGGCAATCAACATCAGACTTCACAGGAGGGCAAGCGAGCATTTGTCGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTC
TCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGATCTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTACCCAGGAGATATTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGA
ATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAAGTTCAGTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACAGAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACA
GTCCTTCCAATGTTGGTTCTACAAGTTTCATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTATCTGGTGGTCAGGTCCTATTGACCGAAAATCATGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCT
GGCAAATTTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAAGTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTAATGATCCTACTCAGGGCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAA
AATGGAAAATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCTCTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGACCAAGTATGAGTAGGCACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATT
ATTATAAGCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGATTTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACAGTTTTGTTGTACATAAATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCA

>TRINITY_DN112053_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AACTCTAATCCTCCACCAAAAGACCATACCGGAGTCTTCAGCAAGGTACCCACCAATAATTGCCAAAATCCCCCACATCCAACCATCCCATTCCCATTGAGATTGTGATGGAGGAGGGAGAGTAGTGAGTTGGGTGTGGGCTTGTACTTTCAAGATTTTTGGGCCGTGTGTTTGTTGTGGTTCTGGGTGCACAAAATGCA
CCAGTCAGTCGCTGTCCTTTGCCCACTTGTCTATATAATTTCTTTTGGCATGGGCAGTGGGTACTATTAATGAATGATGCAAAGACCTCTGGGGGATTTTCACAACGGTCGGGTCGGGCTGGCTTGGTAGTCTTCTAATTTAATTTCGCTAGGGTTTATTCCATTCATTCCAACTTCTTTCCAGAAGGAGTTGATGTGAT
TCAGTGGTTCTGCTCTCTTCCAGAAGCCAAGCCTATCGGGCAATTAGTTCTTTGAAGTTGTTTGTTTAGCGTCTGCCATGCTTCATGGCTCCCAATCCTTTTACCCAGTTGCTGCAAATGGCCATTATTCTCTTGTTGCATCACCCACAGCGTGGAGCATGGCTGTGAATGCATCATCTTTGTCCCTGAAGCTGAGCGTG
CTTCGTGTAAAATTTGGGGAGAAAAATCATGTCGGTCTTTGCAAAGCTGCAGGAGGAGGCAGCTAGAAGTTCTATTTAATTTTCTATCATGGgtaatatatggttgtgattaaagaagagcaagacttgcagtgaatttttattttttttcttcagccatggggaccaaacagagaagttttaatggtccaacttcattt
ggattttctttagATAGAGATCAGTGGTGGCCGATGAACCAGGCTTCTCACAGTATGCAAATTGCTAAGAGAAGGGAAGAGTCGGTCTGCAACTACAACGGGGAGGAAACAGAATCCAAACGTCTCAAAAGTACTGGGCCTGTACTGCCCCTGTTGACCTCCGGTCAGTCTTCTCCACTCTCAGTGTCAACAAATTCAGA
GCTTGTGTCTGGTTCTGAAGACTCCCCTTGTATGATTCAGCAAACTCAAATCAATTCAACAGTTACAAGTACCCCTCTATCATCTATGAGGACTCTGCCCATGTCTTCTGATCCACTGGATGAAACAAGGCCATTGGGCCTTAGTCTGAGAAAGAGTCAATCCTTGGTTGACCTTATACAACAAAACCTTGACCAAAAAG
ATCAATCCTCAGTTGCTGAGCAAGATTTGGAAGAAAACATAAAGACCAAGGGAATGGCAGCTGCTGACAGTCAGCATGATAAACTCAAAGCCTCCAATTTTCCTGCATGTTACCTGAAGATCGGGAAGTGGGAGTGCTCTTCCATATATGAGGGGGACTTGGTGGCCAAATGCTACTATGCTAAACGCAAACTGGTGTGG
GAGGTTTTAGATAATGGATTGAAGAGTAAAATTGAAATCCAATGGTCAGATATCACAGGACTGAAAGCAAACCTCCCCGACAAAGGCCCTGCTTCTCTCCATATCGAGATATCTAGAACTCCTTTGTTTTTCAGAGAGACAAATCCACAACCTCGAAAACACACACTTTGGCAATCAACATCAGACTTCACAGGAGGGCA
AGCGAGCATTTGTCGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTCTCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGATCTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTACCCAGGAGATA
TTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGAATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAAGTTCAGTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACA
GAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACAGTCCTTCCAATGTTGGTTCTACAAGTTTCATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTCCTATTGACCGAAAATCA
TGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCTGGCAAATTTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAAGTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTAATGATCCTACTCAGG
GCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAAAATGGAAAATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCTCTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGACCAAGTATGAGTAGG
CACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATTATTATAAGCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGATTTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACAGTTTTGTTGTACATA
AATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCA

Intron 2 GTGTGTTCGC ... TTCTTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.86	92	14	26
A2	13.48	61	7	12
A3	17.51	73	21	10
A4	18.46	53	15	9
A5	23.91	35	12	10
A6	18.1	285	50	76
A7	15.52	283	49	55
A8	18.32	243	46	63
A9	15.8	293	52	58
A10	16.63	193	33	44

>TRINITY_DN46053_c1_g4_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGAGCCAATGAAGATGAGTAGAATCACTTAGTACATTGTTACGAAGCCTAACTCTAATCCTCCACCAAAAGACCATACCGGAGTCTTCAGCAAGGTACCCACCAATAATTGCCAAAATCCCCCACATCCAACCATCCCATTCCCATTGAGATTGTGATGGAGGAGGGAGAGTAGTGAGTTGGGTGTGGGCTTGTACTTT
CAAGATTTTTGGGCCGTGTGTTTGTTGTGGTTCTGGGTGCACAAAATGCACCAGTCAGTCGCTGTCCTTTGCCCACTTGTCTATATAATTTCTTTTGGCATGGGCAGTGGGTACTATTAATGAATGATGCAAAGACCTCTGGGGGATTTTCACAACGGTCGGGTCGGGCTGGCTTGGTAGTCTTCTAATTTAATTTCGCT
AGGGTTTATTCCATTCATTCCAACTTCTTTCCAGAAGGAGTTGATGTGATTCAGTGGTTCTGCTCTCTTCCAGAAGCCAAGCCTATCGGGCAATTAGTTCTTTGAAGTTGTTTGTTTAGCGTCTGCCATGCTTCATGGCTCCCAATCCTTTTACCCAGTTGCTGCAAATGGCCATTATTCTCTTGTTGCATCACCCACAG
CGTGGAGCATGGCTGTGAATGCATCATCTTTGTCCCTGAAGCTGAGCGTGCTTCGTGTAAAATTTGGGGAGAAAAATCATGTCGGTCTTTGCAAAGCTGCAGGAGGAGGCAGCTAGAAGTTCTATTTAATTTTCTATCATGGGTAATATATGGTTGTGATTAAAGAAGAGCAAGACTTGCAGTGAATTTTTATTTTTTTT
CTTCAGCCATGGGGACCAAACAGAGAAGTTTTAATGGTCCAACTTCATTTGGATTTTCTTTAGATAGAGATCAGTGGTGGCCGATGAACCAGGCTTCTCACAGTATGCAAATTGCTAAGAGAAGGGAAGAGTCGGTCTGCAACTACAACGGGGAGGAAACAGAATCCAAACGTCTCAAAAGTACTGGGCCTGTACTGCCC
CTGTTGACCTCCGGTCAGTCTTCTCCACTCTCAGTGTCAACAAATTCAGAGCTTGTGTCTGGTTCTGAAGACTCCCCTTGTATGATTCAGCAAACTCAAATCAATTCAACAGTTACAAGTACCCCTCTATCATCTATGAGGACTCTGCCCATGTCTTCTGATCCACTGGATGAAACAAGGCCATTGGGCCTTAGTCTGAG
AAAGAGTCAATCCTTGGTTGACCTTATACAACAAAACCTTGACCAAAAAGATCAATCCTCAGTTGCTGAGCAAGATTTGGAAGAAAACATAAAGACCAAGGGAATGGCAGCTGCTGACAGTCAGCATGATAAACTCAAAGCCTCCAATTTTCCTGCATGTTACCTGAAGATCGGGAAGTGGGAGTGCTCTTCCATATATG
AGGGGGACTTGGTGGCCAAATGCTACTATGCTAAACGCAAACTGGTGTGGGAGGTTTTAGATAATGGATTGAAGAGTAAAATTGAAATCCAATGGTCAGATATCACAGGACTGAAAGCAAACCTCCCCGACAAAGGCCCTGCTTCTCTCCATATCGAGATATCTAGAACTCCTTTGTTTTTCAGAGAGACAAATCCACAA
CCTCGAAAACACACACTTTGGCAATCAACATCAGACTTCACAGGAGGGCAAGCGAGCATTTGTCGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTCTCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGAT
CTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTACCCAGGAGATATTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGAATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAA

GTTCAGTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACAGAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACAGTCCTTCCAATGTTGGTTCTACAAGTTTC
ATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTCCTATTGACCGAAAATCATGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCTGGCAAATTTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAA
GTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTAATGATCCTACTCAGGGCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAAAATGGAAAATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCT
CTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGACCAAGTATGAGTAGGCACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATTATTATAAGCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGAT
TTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACAGTTTTGTTGTACATAAATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCAAGCAAATGGTTTTTTAATGAAATGATAAGTTCTATTTAAATGTCCTGATTGA
TTTGGCCTTTAGGATGCTGTGTTCTGTCAGATGGGAAGGAGTTTATTAAATTTAATTCTTACCATCAGTGCCTAG

>TRINITY_DN46053_c1_g4_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGTGGTGCTCATGAGGTGAATTCCAGCAAATCCTCAGGTTCGCGCAATGTAGACATCAATGGAAACATTGAAAATGTGCCAGTGTGCAAGGACTTAGGGCCTCAATCAGCTATATCACTTTGCTAAACATGGTTTCCTTTATTTTCCAATATCTAGACAAATTGATTGAGCTTACTACTCACATGCTTACCATGAAACTG
AAACAATACATTTTTCTTTTGGCAGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTCTCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGATCTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTAC
CCAGGAGATATTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGAATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAAGTTCAGgtgtgttcgcttttttaccttatcagtcttttca
attgtatacttcaattcaacacagagattttggtgtaagttcacattttcttaaaaaaacattgttctaacttatttgtagagaatatattataaagctgttgtaactaaattagtgctgcaagtaatattcagggtaattttaatttcttgatagTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACA
GAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACAGTCCTTCCAATGTTGGTTCTACAAGTTTCATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTATCTGGTGGTCAGGTCCT
ATTGACCGAAAATCATGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCTGGCAAATTTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAAGTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTA
ATGATCCTACTCAGGGCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAAAATGGAAAATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCTCTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGA
CCAAGTATGAGTAGGCACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATTATTATAAGCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGATTTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACA
GTTTTGTTGTACATAAATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCAAGCAAATGGTTTTTTAATGAAATGATAAGTTCTATTTAAATGTCCTGATTGATTTGGCCTTTAGGATGCTGTGTTCTGTCAGATGGG
AAGGAGTTTATTAAATTTAATTCTTACCATCAGTGCCTAG

Intron 3 GTGTGTTCGC ... TAATATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.1	67	14	8
A2	11.11	44	7	4
A3	16.22	62	21	3
A4	18.1	43	15	4
A5	23.81	24	12	3
A6	14.1	201	50	16
A7	13.04	220	49	17
A8	16.14	187	46	26
A9	14.18	233	52	25
A10	14.11	143	33	14

>TRINITY_DN46053_c1_g4_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

ATGAGCCAATGAAGATGAGTAGAATCACTTAGTACATTGTTACGAAGCCTAACTCTAATCCTCCACCAAAAGACCATACCGGAGTCTTCAGCAAGGTACCCACCAATAATTGCCAAAATCCCCCACATCCAACCATCCCATTCCCATTGAGATTGTGATGGAGGAGGGAGAGTAGTGAGTTGGGTGTGGGCTTGTACTTT
CAAGATTTTTGGGCCGTGTGTTTGTTGTGGTTCTGGGTGCACAAAATGCACCAGTCAGTCGCTGTCCTTTGCCCACTTGTCTATATAATTTCTTTTGGCATGGGCAGTGGGTACTATTAATGAATGATGCAAAGACCTCTGGGGGATTTTCACAACGGTCGGGTCGGGCTGGCTTGGTAGTCTTCTAATTTAATTTCGCT
AGGGTTTATTCCATTCATTCCAACTTCTTTCCAGAAGGAGTTGATGTGATTCAGTGGTTCTGCTCTCTTCCAGAAGCCAAGCCTATCGGGCAATTAGTTCTTTGAAGTTGTTTGTTTAGCGTCTGCCATGCTTCATGGCTCCCAATCCTTTTACCCAGTTGCTGCAAATGGCCATTATTCTCTTGTTGCATCACCCACAG
CGTGGAGCATGGCTGTGAATGCATCATCTTTGTCCCTGAAGCTGAGCGTGCTTCGTGTAAAATTTGGGGAGAAAAATCATGTCGGTCTTTGCAAAGCTGCAGGAGGAGGCAGCTAGAAGTTCTATTTAATTTTCTATCATGGGTAATATATGGTTGTGATTAAAGAAGAGCAAGACTTGCAGTGAATTTTTATTTTTTTT
CTTCAGCCATGGGGACCAAACAGAGAAGTTTTAATGGTCCAACTTCATTTGGATTTTCTTTAGATAGAGATCAGTGGTGGCCGATGAACCAGGCTTCTCACAGTATGCAAATTGCTAAGAGAAGGGAAGAGTCGGTCTGCAACTACAACGGGGAGGAAACAGAATCCAAACGTCTCAAAAGTACTGGGCCTGTACTGCCC
CTGTTGACCTCCGGTCAGTCTTCTCCACTCTCAGTGTCAACAAATTCAGAGCTTGTGTCTGGTTCTGAAGACTCCCCTTGTATGATTCAGCAAACTCAAATCAATTCAACAGTTACAAGTACCCCTCTATCATCTATGAGGACTCTGCCCATGTCTTCTGATCCACTGGATGAAACAAGGCCATTGGGCCTTAGTCTGAG
AAAGAGTCAATCCTTGGTTGACCTTATACAACAAAACCTTGACCAAAAAGATCAATCCTCAGTTGCTGAGCAAGATTTGGAAGAAAACATAAAGACCAAGGGAATGGCAGCTGCTGACAGTCAGCATGATAAACTCAAAGCCTCCAATTTTCCTGCATGTTACCTGAAGATCGGGAAGTGGGAGTGCTCTTCCATATATG
AGGGGGACTTGGTGGCCAAATGCTACTATGCTAAACGCAAACTGGTGTGGGAGGTTTTAGATAATGGATTGAAGAGTAAAATTGAAATCCAATGGTCAGATATCACAGGACTGAAAGCAAACCTCCCCGACAAAGGCCCTGCTTCTCTCCATATCGAGATATCTAGAACTCCTTTGTTTTTCAGAGAGACAAATCCACAA
CCTCGAAAACACACACTTTGGCAATCAACATCAGACTTCACAGGAGGGCAAGCGAGCATTTGTCGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTCTCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGAT
CTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTACCCAGGAGATATTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGAATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAA

GTTCAGGGTAATTTTAATTTCTTGATAGTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACAGAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACAGTCCTTC
CAATGTTGGTTCTACAAGTTTCATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTATCTGGTGGTCAGGTCCTATTGACCGAAAATCATGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCTGGCAAAT
TTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAAGTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTAATGATCCTACTCAGGGCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAAAATGGAA
AATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCTCTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGACCAAGTATGAGTAGGCACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATTATTATAA
GCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGATTTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACAGTTTTGTTGTACATAAATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCAAGCAAATGGTTTTTT
AATGAAATGATAAGTTCTATTTAAATGTCCTGATTGATTTGGCCTTTAGGATGCTGTGTTCTGTCAGATGGGAAGGAGTTTATTAAATTTAATTCTTACCATCAGTGCCTAG

>TRINITY_DN46053_c1_g4_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGTGGTGCTCATGAGGTGAATTCCAGCAAATCCTCAGGTTCGCGCAATGTAGACATCAATGGAAACATTGAAAATGTGCCAGTGTGCAAGGACTTAGGGCCTCAATCAGCTATATCACTTTGCTAAACATGGTTTCCTTTATTTTCCAATATCTAGACAAATTGATTGAGCTTACTACTCACATGCTTACCATGAAACTG
AAACAATACATTTTTCTTTTGGCAGTCGACATCTCCTCCAATTCTCTGAAGGGGTATTGAATCGCCACTTCGAGAAATTGATACAATGTGATCTACGCCTGAAAAACCTTTCTGAGCAAACTATTACCTTCTCTGGTTCTCCTTACTTTGAGGGTCGGATCTTGATGCTGGATATGCATCAACATCCTCAATTTGTGTAC
CCAGGAGATATTTCTCAAACAACAACATTAGGCACCTTGCAAAATAAGATGTCAATGCCTTTCAACCATGTTCCTCGGCCAATTGTGAAGCAAAATAATGGTCATCTGATGGAACAATCAGGAGAAAGGGAATCTGCAGAGGCACGAGCTTTTTCTCCAAGTTCAGgtgtgttcgcttttttaccttatcagtcttttca
attgtatacttcaattcaacacagagattttggtgtaagttcacattttcttaaaaaaacattgttctaacttatttgtagagaatatattataaagctgttgtaactaaattagtgctgcaagtaatattcagGGTAATTTTAATTTCTTGATAGTGATAGATTCAAGAGCAAACGATGAGAGTAGTAATAGCGACACA
GAAGAGTTGTATGCAAGGGACTATGGGAGACATGCTGGCTACAGGAGAGCTGGTGAATCAATACTAGTTGATCAGAGATTTTTGTATGGAGATAGGTCAGTTGCCTCAACTATGGGCCACAGTCCTTCCAATGTTGGTTCTACAAGTTTCATGGCATGTTCCAGCCTTCCGGAGGATAAGGTATCTGGTGGTCAGGTCCT
ATTGACCGAAAATCATGCTTCCTTGACTGAACAAAACTTTCTACAGAGGTTATCTCATCATTTATTTGAAGATACATTACCTGAAAAGTTCCTAACCAGTGGACAGTTGAAAGAGTTTTCTGGCAAATTTGCTCAGGATACAGAGGAAAAGATTCAACAGAGGAAGTTGTTGTCATCCGGTCACCATTTTAGGATAGCTA
ATGATCCTACTCAGGGCCCTTCAGAGTCCTCATTTATTCTTGGTTTACCTGAGAACTTAGGTTTCCCATCAGCTGTGAAGGAAGAGAGTAAATGCAGTGAATCATCCTTCAGGCCTGTAAAAATGGAAAATTGTCCTTCCTCACAGCTAGAGGGGACAATGTTCTCTCTTGTAGGAAACACTTGCCTTGGTGGAGGAGGA
CCAAGTATGAGTAGGCACAGTTCTTTTCGTGATCCTTTGGATATGCCACAGGTTCCCCGATTCTTTTGAACAAGGTCAGGACTTGTTTCTCAATAATTAGTATGTGTAAATGAGATGTATTATTATAAGCATTTGGTGAATGGAAGCTGGACAATTATTTCAGATTTGTTTGATATGGTGACATACTTTTCTGTGTAACA
GTTTTGTTGTACATAAATTAAGATGGTGTTTGTAGTTTAGGTCTCAGCATTCTTGTTCATGTTCTTTTCATTGAATCTTTGATTCTCTTTGATAAAACATGAAATGCTAGCCAAGCAAATGGTTTTTTAATGAAATGATAAGTTCTATTTAAATGTCCTGATTGATTTGGCCTTTAGGATGCTGTGTTCTGTCAGATGGG
AAGGAGTTTATTAAATTTAATTCTTACCATCAGTGCCTAG

Intron 4 GTATGCCAAG ... TTTGTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.04	102	0	19.5
A2	20.47	101	0	26
A3	29.43	73	4	30.5
A4	13.33	65	0	10
A5	21.05	45	2	12
A6	20.88	140	0	37
A7	24.34	183	0	59
A8	25.62	132	0	45.5
A9	24.4	158	0	51
A10	24.04	158	0	50

>TRINITY_DN108107_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCTAATCCTCCACCTAAAGACCATACCGGAGTCTTCAGCAAGGTACCCACCAATAATTGCCAAAATCCCCCACATCCAACCATCCCATTCCCATTGAGATTGTGATGGAGGAGGGAGAGTAGTGAGTTGGGTGTGGGCTTGTACTTTCAAGATTTTTGGGCCGTGTGTTTGTTGTGGTTCTGGGTGCACAAAATGCACC
AGTCAGTCGCTGTCCTTTGCCCACTTGTCTATATAATTTCTTTTGGCATGGGCAGTGGGTACTATTAATGAATGATGCAAAGACCTCTGGGGGATTTTCACAACGGTCGGGTCGGGCTGGCTTGGTAGTCTTCTAATTTAATTTCGCTAGGGTTTATTCCATTCATTCCAACTTCTTTCCAGAAGGAGTTGATGTGATTC
AGTGGTTCTGCTCTCTTCCAGAAGCCAAGCCTATCGGGCAATTAGTTCTTTGAAGTTGTTTGTTTAGCGTCTGCCATGCTTCATGGCTCCCAATCCTTTTACCCAGTTGCTGCAAATGGCCATTATTCTCTTGTTGCATCACCCACAGCGTGGAGCATGGCTGTGAATGCATCATCTTTGTCCCTGAAGCTGAGCGTGCT
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>TRINITY_DN108107_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

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