sp|F4KHG6|CTPA1_ARATH ----> Carboxyl-terminal-processing peptidase 1, chloroplastic

Intron 1 GTGATGATTT ... TTGTTCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.18	9	4	0
A2	40.54	11	9	6
A3	26.32	7	4	1
A4	33.33	3	3	0
A5	14.29	6	2	0
A6	16.88	32	6	7
A7	16.85	37	11	4
A8	30.3	23	13	7
A9	29.41	12	6	4
A10	19.23	21	10	0

>TRINITY_DN38257_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

CAATTTTCAGAAGCTCGTTTTCATGGATGGCCAGACTAAATTACTCTGCTGAGGCCCATAAGTAGAAAGAAGCTCCGTGCACATGGCAGCCACAGCCATGCGAATTACATGGTTTGCATGTTCAAAAATACAATAATCGCCAATAAGGTAAGCAGCGAGGAAGGCCCGTTAGATAAATCATCTCCGTTCCCACAAGATAA
GCTTAAAGAATGGACCTGGTCCGCTGGAACTGTGTGCATATTTGCAATGCTTCATCCCCTCTTCATCAAACAAAAATGGCCATTAGTTGCAAAGTGAAAACCGCTCTACACCTACCCAAGCCTCTATCACTGTCCAGGAGATGGATTTGCAGCCTAAGTCACATAAAAAACGTGGATGGACAGGTTAATCATTTGAAGGA
AGGAGGAAAAATAATGTGGGTAATTGTTACAGGATTCATCCTGTGTTTTAGTACTCCTGTCTGCAATAATTCGGCTATTGGGCAAACTTTAGACTTTGGTCAGCCCCAGGAGATGTTGGATAGGTGCAAGGAAGGGATGCCAATGGATGCAGGGGCAGAGGAAAAGGCAATTACCAACGAGGATATCGTAGAGGAAGCTT
GGTTTGTCGTGAATGAGAACTTTTTAGATGCACGTCACCATACTTGGTCTTCTGAAGCTTGGCTGAAAAAGAAGGAAGAGGCACTTAGCAGGCCTATTCAGACTAGATCAACAGCTCATGACGTTGTCAGAAGAATGTTAGCCACCTTAGATGACCCATATACACGTTTTTTGACTCCCTCAGAGTTCACAAAGTTGTCT
CGATATGATCTATCAGGCATTGGCATTAACCTCAGGGAAGTCTCTGATGAAGATGGTGTGACCAAGTTGAAGGTTTTAGGAATTATCTTAGGAGGCCCTGCTCATTCAGCGGGTGTCAAACAGGGCGATGAGATATTGTCAGTTAATGGAAAAAGTGTGGAAGGAATGACATCATCTGATGTAGCTTCTCTAATTCAAGG
TCCCAAGGAAACATTTGTCTCACTTGAGGTTAAGCATGGGGATTGTGGTGACACCCAAAGTGTTATTATTGAACGACAACAAGTGGTTCGAACTCCAGTATTTTATCGTTTGGAGAAAGCTGACAATGGAAATGAGGATATGGGCTATATACGGCTCAGAGAGTTTAATGCATTGGCAAAGAGAGATTTAACTACAGCTA
TGCGACGCCTCAAAGATGCAGGTGCATCTCACTTTGTATTAGACCTACGAGATAATCCCGGGGGCCTAGTGCAGGCAGGAATCGAGATTGCCAAGCTATTTTTGGAAGGTGGAGACACTGTAATATATACAGTTGGACGAGATCTTGATTCACAGAAAAGTATTCTTGCACAAGGCCCTGCATTGATGACAATGCCTCTT
ATGGTTCTTGTCAATGGACGCACTGCAAGTGCAAGTGAAATTGTAGCAGCAGCTCTTCATGACAATTGCAGGGCTATCTTAGTAGGGGAAAGGACATTTGGAAAGGGTTTGATTCAATCAGTTTACGAACTCAAGGATGGGTCAGCAGTGGTGGTAACTGTTGGGAAGTATGTTACTCCAAGTCACATAGATATTGATGG
GAATGGAATAGAGCCGGATTTCTACCGCAGACCAGGTTTGGTTGAAGCAAAGCAAACTCTCAGTCGGTGCCATCTCCCTGCGAATTTGTGACACAGGATGAGTTACTCTAAATTTATAGAAAATCGTTGTGTTCATTGCATTCTTCTTTACATGTTTATATATTTCATTTGAAACAGATTTTTCTAGAGAAGTTCATCAC
TTATTTATTCTATGTTTAATATACCTTTGACCACTCAAATCAGCTGATGAATATAACCATCCCCACTATTATTTTCGTAAATACACAAAGCTAACTTGAACTACACTAGAAAACTAGGGCCAGACTCGAACACAAAAAAACTATATTTAATAGCCTTAGGATTATCTTATTATCCAGGCATAACAGAGTATAATTATTCT
AATATCAGGT

>TRINITY_DN38257_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAATTTTCAGAAGCTCGTTTTCATGGATGGCCAGACTAAATTACTCTGCTGAGGCCCATAAGTAGAAAGAAGCTCCGTGCACATGGCAGCCACAGCCATGCGAATTACATGGTTTGCATGTTCAAAAATACAATAATCGCCAATAAGGTAAGCAGCGAGGAAGGCCCGTTAGATAAATCATCTCCGTTCCCACAAGATAA
GCTTAAAGAATGGACCTGGTCCGCTGGAACTGTGTGCATATTTGCAATGCTTCATCCCCTCTTCATCAAACAAAAATGGCCATTAGTTGCAAAGTGAAAACCGCTCTACACCTACCCAAGCCTCTATCACTGTCCAGGAGATGGATTTGCAGCCTAAGTCACATAAAAAACGTGGATGGACAGGTTAATCATTTGAAGGA
AGGAGGAAAAATAATGTGGGTAATTGTTACAGGATTCATCCTGTGTTTTAGTACTCCTGTCTGCAATAATTCGGCTATTGGGCAAACTTTAGACTTTGGTCAGCCCCAGGAGATGTTGGATAGGTGCAAGGAAGGGATGCCAATGGATGCAGGGGCAGAGGAAAAGGCAATTACCAACGAGGATATCGTAGAGGAAGCTT
GGTTTGTCGTGAATGAGAACTTTTTAGATGCACGTCACCATACTTGGTCTTCTGAAGCTTGGCTGAAAAAGAAGGAAGAGGCACTTAGCAGGCCTATTCAGACTAGATCAACAGCTCATGACGTTGTCAGAAGAATGTTAGCCACCTTAGATGACCCATATACACGTTTTTTGACTCCCTCAGAGTTCACAAAGTTGTCT
CGATATGATCTATCAGGCATTGGCATTAACCTCAGGGAAGTCTCTGATGAAGATGGTGTGACCAAGTTGAAGGTTTTAGGAATTATCTTAGGAGGCCCTGCTCATTCAGCGGGTGTCAAACAGGGCGATGAGATATTGTCAGTTAATGGAAAAAGTGTGGAAGGAATGACATCATCTGATGTAGCTTCTCTAATTCAAGG
TCCCAAGGAAACATTTGTCTCACTTGAGGTTAAGCATGGGGATTGTGGTGACACCCAAAGTGTTATTATTGAACGACAACAAGTGGTTCGAACTCCAGTATTTTATCGTTTGGAGAAAGCTGACAATGGAAATGAGGATATGGGCTATATACGGCTCAGAGAGTTTAATGCATTGGCAAAGAGAGATTTAACTACAGCTA
TGCGACGCCTCAAAGATGCAGGTGCATCTCACTTTGTATTAGACCTACGAGATAATCCCGGGGGCCTAGTGCAGGCAGGAATCGAGATTGCCAAGCTATTTTTGGAAGGTGGAGACACTGTAATATATACAGTTGGACGAGATCTTGATTCACAGAAAAGTATTCTTGCACAAGGCCCTGCATTGATGACAATGCCTCTT
ATGGTTCTTGTCAATGGACGCACTGCAAGTGCAAGTGAAATTGTAGCAGCAGCTCTTCATGACAATTGCAGGGCTATCTTAGTAGGGGAAAGGACATTTGGAAAGGGTTTGATTCAATCAGTTTACGAACTCAAGGATGGGTCAGCAGTGGTGGTAACTGTTGGGAAGTATGTTACTCCAAGTCACATAGATATTGATGG
GAATGGAATAGAGCCGGATTTCTACCGCAGACCAGgtgatgatttgagctatagtttatgaaagtgattatgaatatgatccactgggtttggtaaaacaacgaatgattttgatctattgttcttagGTTTGGTTGAAGCAAAGCAAACTCTCAGTCGGTGCCATCTCCCTGCGAATTTGTGACACAGGATGAGTTACT
CTAAATTTATAGAAAATCGTTGTGTTCATTGCATTCTTCTTTACATGTTTATATATTTCATTTGAAACAGATTTTTCTAGAGAAGTTCATCACTTATTTATTCTATGTTTAATATACCTTTGACCACTCAAATCAGCTGATGAATATAACCATCCCCACTATTATTTTCGTAAATACA