sp|Q9FKE6|CCT15_ARATH ----> Cyclin-T1-5
Intron 1 GCTTGTTGCT ... ATGCATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.43 | 25 | 10 | 14 |
| A2 | 17.81 | 30 | 4 | 9 |
| A3 | 21.95 | 32 | 8 | 10 |
| A4 | 20.51 | 31 | 6 | 10 |
| A5 | 11.11 | 8 | 2 | 0 |
| A6 | 22.22 | 7 | 1 | 3 |
| A7 | 28.83 | 58 | 10 | 37 |
| A8 | 24.59 | 23 | 4 | 11 |
| A9 | 24.68 | 29 | 7 | 12 |
| A10 | 27.66 | 34 | 8 | 18 |
>TRINITY_DN47760_c1_g6_i3 from sample A10 / Example spliced isoformGCAGGGCATGCAAAGCGGGTTTGGTCATCTATATATATGGCAGTGGCAGGCGTCTTTTCCATTCCCTCGGATGGGTCTGCCATTGCCACCCATTTTCATTCTCATTCCCATTAGCAAGAGGGTGTCGAGAACTGGACAGAGATCATTTTGAGCGAATTGCAATCTGGCTGACTCTGTATTGGCGCTTCAAAAATTTCATG
AATCTTCTCGGATAAAGCAAACCACAGGAGCGGATTCACAAAATTTCAGATTGCAGCTTCTCATCTAAAGAAGGAAGAGAGAACAGTGTTATGGCAGACTTGTTTTTGGGGGAACCTTCCAATGTTAGGGTTAATAGAGGTGAATTATCCGCCATGGCACCCGCAAAATTTGAACAGCCAGATCATTCTATATCTGAATG
GTATTTTAATAGAGAAGAAATTGAGAACTCCCCATCAAGAAAGGATGGCATTGATTTGAGAAAGGAAACATACCTTCGGAGGTCATATAGTGCCTTTCTTCAGGATCTTGGAATGAGACTTAAAGTTCCCCAGGTAACCATTGCGACAGCCATAACTTTATGCCATCGATTTTTCCATCGACAATCTCATGCAAAAAATG
ATAGACATATAATCGCAACAGTTTGCATGTTCCTTGCTGCAAAGGTTGAGGAAACACCCCGGCATATAAGGAATGTGATTCTTGTCTCATCAGAAATCCTAAGTAAAAAAGATCCTATATATATGCAAAGGATCAAGCAGAAGGATTTTTACGAACAACAAAAGCAGCTAGTTTTGGTTGGTGAAATGGTTGTTCTGACG
AATTTAGGTTTTGATCTTAAAGTGTATCAGCCTTATAAGCCGGTCCTTGCGGCAATTAAAAAATTCAAAGTTGCTCAGAGTGCTCTTGTTCAAGTAGCATGGAATTTTGTGAATGATGGGATGCGAACATCTCTCTGCTTGCAATTTAAACCTCATCAAATTGCGGCTGGAGTGATCTTCCTTGCCGCTAAGTTTCTGAA
GGTCAAGCTGCCTTCTGATGGTCGGGTGGCTTGGTGGCAGGAATTTAAAGTGACTCCACGACAGTTAGAAGAAATTAGCAACCAAATTCTTGAGCTGTATGAACAAACCAATAATGCCACTGCTTCACGTGGAAATGAACCAGCTGGAAGCGGCAGATCTCAATCAAATAATGATGTCACTCCATCTAGAAATACCTATT
CTCAATTTTGTCATATTGACTCTCCAGCTGAAGCTGACTGTGGATTTGAAGTGCCTCAAGCAACAGAACAGAGAAGAAAAGCAGTTGTTGGTGAAGAGGATAAAAATTCTCTTAAGTATGCCTACAGTTCTTCTTATGGTAGAGATGATTCAACACTAGACACTTGTCCATCTGTTGACAGCAGGTGCGTGGGCAAAACT
GTTTCTTCTGTCATTCGGCATAAGCCTAATACTAAAAAATACTCCGATGGGAATAGATTCAGCACAGTACAAGTCAATGAACTGGACACTAGGGCTCTAGAAGAAAGGAAGGGTGATGAGCTTCACAATGACAGACAAGAAAATCAAACCAGACACAGGATTCAATCTATTTCAACAGAAGACACTGGTCTATCTGTTAA
CAGTAAATGCACGGGGAAACCTGTTGTTGCTGCTAATCGGCTTGAGCCTCATAATAAAAAACTCTCTTATGAGAACATATTCAGTCAATCACAAGCTAATGAAGTAGGAAAAAGGACACTAGAAGAAAGGCAGGGAAATATACTTGATGATAACAGACCAGGAAATGAAACCAAACGTAGTATTCAATCTAATGTTACTG
ACCAATTTTCTTCCATTCGAATTGATGATATAAATAAAGACAAAGTCAGAGAAGCTTTGGAAAGGAGGAAGTCTTGTAGAAAGGAAAGAGATTCAAGACCTGAAATTTTGAAGGCTGAAATTGTAGATGAAGATGCTCTTATTGAGTTTGAGCTGGAAAGTGGGCTAGAAGCTGCTATCGAAGCAGAGAAAGCAAAAGAA
AAAAGAAAGGAGATTTTGTCTAGATCATGTTACAGATCTGAGCAGGAAAATTTGAAAACCAGAAAAGAACATGTAGATGGAGGTGGACATGGACTAAAGAGAAAGCGGTCTAATGAGAGCAATGGGAAAATAAGAAAATGTTCTTCTGATCAAGCAGGTCTTCCTGATCGACATCAAGAGATGTTCACTGCAGAATGTCT
TGATGAGGAGAGGGAGGAAGGTGAGTTGCCAAGCTCACCTGTGCAGGAGTTAGTGCACTCCCCAAGATCATCAGGCAGCTGGTCTCAAGCTTCAAGTCATCCTGACAATGGAAGAAGTACCGTTAAGAGGCATAATTACAATCATAGGAATGGTGCTGATGGTGGCCGCAATCAATGCAGAAACAGGGATAGTTATGATG
GTGGACGCATTCAACACAGAAGCAGGGATGGTTCTGATGATAGTAGAAGGCAGTATAGTCATCGTCACCGCCATCAATTTTTTAATCGCCAACGTAATGTGGATGCTGATAGGGACTGTCACAGATCCAATGATAGGGATGATCATGATTGGCAAGAACCTAGTTATAAGAAAAGAAGACATGATCATGTAAGATGACTT
GGCATTTCATTCCTTGGTTTATGTTGTCAAGCAACTTCTGTGTGTAGGTCACAATGCTCTCACAGTGTTGTCTAACGATGGTGGGTCTGGTTGAAGACTCCAATTTGGCCTTTTGGTTAAGGAGCCATATTCATGTGTGAGAGGTATGAGTTTCAAGTTTCAAGTTGAGAGTTGAATTGAGATTCACTCATATGAATATT
TTTGCTCAATTGAAGAATTACTTATAATGAAGTGGAATGGAGGTGGTTTGAGTAAAAGCAAGGCATGGATTGTTTACAAAAAAACCCAGGGTATGGGAATCATGAATTGAAATGCCTCCAGTTATAAGCCCGACAATAATTGGAATGGAGATGGCCTAACTATAATTGGAATGGAGATGGCTTGAGTAAAAGCAAGGCAT
TAATTGTTCACAGAAAAGCAGAGTATAGGAATCATGAATTGAAATACCTCCAGTTGTAAGGCCGACTATAATTCTTGAATTTATAGATTCATTCTATTCAAATATCCTTGTTTGAAAATGTGCATATATTTTTGCAATCTATGAATCATATTTTATATGAGTATTATTTGCATGATTGCTGGAAGAATTGCC
>TRINITY_DN47760_c1_g6_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:GCAGGGCATGCAAAGCGGGTTTGGTCATCTATATATATGGCAGTGGCAGGCGTCTTTTCCATTCCCTCGGATGGGTCTGCCATTGCCACCCATTTTCATTCTCATTCCCATTAGCAAGGAATTGCAATCTGGCTGACTCTGTATTGGCGCTTCAAAAATTTCATGAATCTTCTCGGATAAAGCAAACCACAGGAGCGGAT
TCACAAAATTTCAGATTGCAGCTTCTCATCTAAAGAAGGAAGAGAGAACAGTGTTATGGCAGACTTGTTTTTGGGGGAACCTTCCAATGTTAGGGTTAATAGAGGTGAATTATCCGCCATGGCACCCGCAAAATTTGAACAGCCAGATCATTCTATATCTGAATGGTATTTTAATAGAGAAGAAATTGAGAACTCCCCAT
CAAGAAAGGATGGCATTGATTTGAGAAAGGAAACATACCTTCGGAGGTCATATAGTGCCTTTCTTCAGGATCTTGGAATGAGACTTAAAGTTCCCCAGGTAACCATTGCGACAGCCATAACTTTATGCCATCGATTTTTCCATCGACAATCTCATGCAAAAAATGATAGACATATAATCGCAACAGTTTGCATGTTCCTT
GCTGCAAAGGTTGAGGAAACACCCCGGCATATAAGGAATGTGATTCTTGTCTCATCAGAAATCCTAAGTAAAAAAGATCCTATATATATGCAAAGGATCAAGCAGAAGGATTTTTACGAACAACAAAAGCAGCTAGTTTTGGTTGGTGAAATGGTTGTTCTGACGAATTTAGGTTTTGATCTTAAAGTGTATCAGCCTTA
TAAGCCGGTCCTTGCGGCAATTAAAAAATTCAAAGTTGCTCAGAGTGCTCTTGTTCAAGTAGCATGGAATTTTGTGAATGATGGGATGCGAACATCTCTCTGCTTGCAATTTAAACCTCATCAAATTGCGGCTGGAGTGATCTTCCTTGCCGCTAAGTTTCTGAAGGTCAAGCTGCCTTCTGATGGTCGGGTGGCTTGGT
GGCAGGAATTTAAAGTGACTCCACGACAGTTAGAAGgcttgttgctgaaaatctctaacctgtagcttgtttggttttctttttaattctatttgtttgtccattatccgacctttccacgaagaaagccatttgaagacatagtatgtagtattcgattttggttgcatggcttgtttgcataaaggtttgatctgatg
tataaagtgaataaagcatgctgactgtttctaatttatgcatgtagAAATTAGCAACCAAATTCTTGAGCTGTATGAACAAACCAATAATGCCACTGCTTCACGTGGAAATGAACCAGCTGGAAGCGGCAGATCTCAATCAAATAATGATGTCACTCCATCTAGAAATACCTATTCTCAATTTTGTCATATTGACTCTC
CAGCTGAAGCTGACTGTGGATTTGAAGTGCCTCAAGCAACAGAACAGAGAAGAAAAGCAGTTGTTGGTGAAGAGGATAAAAATTCTCTTAAGTATGCCTACAGTTCTTCTTATGGTAGAGATGATTCAACACTAGACACTTGTCCATCTGTTGACAGCAGGTGCGTGGGCAAAACTGTTTCTTCTGTCATTCGGCATAAG
CCTAATACTAAAAAATACTCCGATGGGAATAGATTCAGCACAGTACAAGTCAATGAACTGGACACTAGGGCTCTAGAAGAAAGGAAGGGTGATGAGCTTCACAATGACAGACAAGAAAATCAAACCAGACACAGGATTCAATCTATTTCAACAGAAGACACTGGTCTATCTGTTAACAGTAAATGCACGGGGAAACCTGT
TGTTGCTGCTAATCGGCTTGAGCCTCATAATAAAAAACTCTCTTATGAGAACATATTCAGTCAATCACAAGCTAATGAAGTAGGAAAAAGGACACTAGAAGAAAGGCAGGGAAATATACTTGATGATAACAGACCAGGAAATGAAACCAAACGTAGTATTCAATCTAATGTTACTGACCAATTTTCTTCCATTCGAATTG
ATGATATAAATAAAGACAAAGTCAGAGAAGCTTTGGAAAGGAGGAAGTCTTGTAGAAAGGAAAGAGATTCAAGACCTGAAATTTTGAAGGCTGAAATTGTAGATGAAGATGCTCTTATTGAGTTTGAGCTGGAAAGTGGGCTAGAAGCTGCTATCGAAGCAGAGAAAGCAAAAGAAAAAAGAAAGGAGATTTTGTCTAGA
TCATGTTACAGATCTGAGCAGGAAAATTTGAAAACCAGAAAAGAACATGTAGATGGAGGTGGACATGGACTAAAGAGAAAGCGGTCTAATGAGAGCAATGGGAAAATAAGAAAATGTTCTTCTGATCAAGCAGGTCTTCCTGATCGACATCAAGAGATGTTCACTGCAGAATGTCTTGATGAGGAGAGGGAGGAAGGTGA
GTTGCCAAGCTCACCTGTGCAGGAGTTAGTGCACTCCCCAAGATCATCAGGCAGCTGGTCTCAAGCTTCAAGTCATCCTGACAATGGAAGAAGTACCGTTAAGAGGCATAATTACAATCATAGGAATGGTGCTGATGGTGGCCGCAATCAATGCAGAAACAGGGATAGTTATGATGGTGGACGCATTCAACACAGAAGCA
GGGATGGTTCTGATGATAGTAGAAGGCAGTATAGTCATCGTCACCGCCATCAATTTTTTAATCGCCAACGTAATGTGGATGCTGATAGGGACTGTCACAGATCCAATGATAGGGATGATCATGATTGGCAAGAACCTAGTTATAAGAAAAGAAGACATGATCATGTAAGATGACTTGGCATTTCATTCCTTGGTTTATGT
TGTCAAGCAACTTCTGTGTGTAGGTCACAATGCTCTCACAGTGTTGTCTAACGATGGTGGGTCTGGTTGAAGACTCCAATTTGGCCTTTTGGTTAAGGAGCCATATTCATGTGTGAGAGGTATGAGTTTCAAGTTTCAAGTTGAGAGTTGAATTGAGATTCACTCATATGAATATTTTTGCTCAATTGAAGAATTACTTA
TAATGAAGTGGAATGGAGGTGGTTTGAGTAAAAGCAAGGCATGGATTGTTTACAAAAAAACCCAGGGTATGGGAATCATGAATTGAAATGCCTCCAGTTATAAGCCCGACAATAATTGGAATGGAGATGGCCTAACTATAATTGGAATGGAGATGGCTTGAGTAAAAGCAAGGCATTAATTGTTCACAGAAAAGCAGAGT
ATAGGAATCATGAATTGAAATACCTCCAGTTGTAAGGCCGACTATAATTCTTGAATTTATAGATTCATTCTATTCAAATATCCTTGTTTGAAAATGTGCATATATTTTTGCAATCTATGAATCATATTTTATATGAGTATTATTTGCATGATTGCTGGAAGAATTGCC
Intron 2 GTAAGTTGGC ... GTTGAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.76 | 208 | 6 | 76 |
| A2 | 25 | 135 | 1 | 45 |
| A3 | 26.18 | 172 | 1 | 61 |
| A4 | 22.32 | 181 | 0 | 52 |
| A5 | 27.13 | 94 | 0 | 35 |
| A6 | 31.48 | 37 | 0 | 17 |
| A7 | 23.17 | 63 | 0 | 19 |
| A8 | 25.93 | 20 | 0 | 7 |
| A9 | 18.37 | 40 | 0 | 9 |
| A10 | 23.61 | 55 | 0 | 17 |
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAATAGTTTCAAAATGGAGAAGGCACCGATGGCATTTTTAAACAACCATAAAACCCTAAAGGTTCGTACGCGCCAATTTCATTGCAAGCCACATTACCGATACAAAAATTCCTTTGGCCATCTTCAGCTGTAAAATTAGACCACGATTCTAGCTACCGATGCACCAAAAACTTCCGATTACCTCTCATGGTCCCCATT
GAAAACCTCCCACTGAGACACCTGGATCGCTGTACAGCAGAAATCCTAACTTCCTTCAACAGGAAGGGGTTTACAGTGGGAGGACCAGGCTATTATAAACACTTGGGCTAGTTGTTTCACGGCCAAAATACCATACTTCTTCTCCGACATTAAACTGAATCATAGCTAAAAGGAGGGCCAGAAGGGCTAGGAGCAATGGA
GGTGCCCATAAGTGGGAGCGATGCAGTGCAGTGGATCCAAGTCAATGTTCCCCACACCGCCACCACAACGGTTCCTCGAAACCAACCATGCGCCCCACCACCACGCGATGCAGCGGGGAGTTTTGCCCTTGGCGGGTCTTCGGACCACGTTATCTGGCGTATCCATAAAGATTACCCCAATATGTTGGAGCTACTGGAAT
TGTCATTTACGCAGGAGCCTCCAAAATCTGGTTTGCATATTGTATTCCAGGATTCACTATCTCCATTTGCATGTATCTTCAAGCATCAGACGAAAAACATGCCTGGGCATTTATATCTTCTTTATGCTATAACAACTTCTGGGTTTGCATATCTCATCAAATTAAAATCTCCAGCGGCTTACAAATCTGGATCAGTTCTA
GCTAGTAGTGAGCTGATACAGCTAGATATATCAAGGAATCTTGTGCGTTTGGAGCAAATAACAGCAGTCACAGCAGCTGCAGGCATATTGTGCGTTGGAGGTCAGAATGGATCTATTTTGTGCCATCAACTGGGTCAACTTGATATTAATGCTCAAGATTTTTCCTTTGAGTTGAAAGATGGAGATGCTGGATTGGGGCG
TTTATGGGGACTTGTTGCTAGGGGCAAAACTGCTAGTGAGATTAGGAGTTTAGTGACATCAGATGCATGTGGAAAAAGGTTGCTGTTTGCACTTCATTGTGATGGTAATTTACGTATATGGGATCTCATTGATCGATGCAGAATTTTCAGTCATTGTTTGTCCTCTCCTGATTTCTCAGATTTTGGACCAAGGATGTTGT
ATGTTGGAGAGGTGAATGCAAATATGACACACATGCCAGTGGCAGTTCTCTACAGAAGCTTATCAGAAGCCAATTTAGAGACAATACTTCTATGTAATTTGGACCTTGTTTCAAGTGATGCTGGCGGCCGACTAAATCAATATCTGCAGCAACAAAAAATACCTTTGGATCAGGGGAAGGTCATTGACATGAAGTTATCT
TCGGATAGATTATGGGTACTCAAAGAAGGTGGTTCAGTTTTTTACGACTTGTTTCATGCAGATTTGGAGTCAGGAATTTTTTGCGAATACAATATACAAGAAGCATATGTTGCAAACCAACTTCTACAAGGTTCAGATTATGATGTCGATGATCTTATTTTGGCTCAGAACCTTATTTATTCATCCATGAAGAATGAAAT
CTCTCCTTCAGTGTCAACATTATTTTTACGTAGACTCTTGCAACCAGGCATCCGGCAGCGTATTTCACTCCAGGAAGTTCTGGAAACCCGCCAAAGGCATTTAAGTGATTCTGAGTTTCGTTCTCTCACAGTAGAGGGTCTACGCAAGGAGATTCTGACAGTTATAGACAGTGAGGGAGATGAGGACAGCCCAATTACTT
TAGCACATGAGTGGAAAAACGTTTGCAGTCTTTATATGCAGTCTTGGTGTCATAATAATGTGCCATACAATTTGTTTTTTAATCCCTCGACTGGAGGCATTGGCCTGATAAGAAGGCACTCTTTGTCAGTGTGTCGAGAGTTGGATGAGTTTGAACAGCTTGTACATGGAATGCATGACATTGATGGGGATTTTTCCAAC
CTTACTTCTGTCTGGGATGGGAATATAATTGATTCTGAAATACTTCATGGTATACTGAAGTGTACCTGCAGCATCTCCAGACATTTAGGGAAGGCTGCTCTTGCTGTATTCTATGAAGGTTTAATAAAACCATCGAGTGTTACTTTCCAATATATTGTCTCTTGCTTCCTTAGGATTTTGGATACAGGGTATGACTTTTC
AGTTTTGAAGCAAAGCAGTTCACATGTAGGATTAGATTCTGTCCGTGGGAAGGAACATGAATATCACAACATTCAAAGAAAGTTTGCTCTCAGTATATTACTATCTCTGCAGGCCTTGCGTGATAAAGCTGGTGGCTGGGATAGAGTTTTGGATGTCATGGAAAAGTACTTAAACAGTCTAATCCCTGGCAAATTTTCTT
TGGACCAAGAATCTACTACAAAAGGAACACTATATAATGTGAATACCGCATTATTGGTACAGTCAACTTCTCAGGTTGCAGAAATCCAATTTGAGGCTGCACGCGACTTACTGCTGCTGCTTGGTCATTTGGTTAAAATTAAAGGGCAGGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCA
AGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAACTTCTGCAGAAGTTCCACTCGTAGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCC
TTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCTGAAACATTGCTTAGTAATGTACGTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTC
TTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGAAAGTGTGGATGGGGAATGGCATGCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAG
GCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAGGTTCTAGCTCAGCAGCTGCTTGGAAACTTCATTATTTTGAGTGGGTAATGCAGATATTTGACCAACACAACTTAAGTGCTGGTGCATGTAAATTTGCCCATGCGGCACTTGAGCAAGTAGATGAAGCCTGTGGGATGGTAGATTGCCT
TCCTAATGATGCCTCAGTAGAACAACCATCTAATGTTAAAGGTCGGCTATGGGCCAATGTTTTTAAGTTTTCAATGGATCTTGAGCAATATACAGAAGCATACTGTGCAATTATATCAAACCCTGATGAAGAGAGCAAGTTCATCTGTCTTCGGCGGTTCATTATAGTCCTTTGTGAACGCAGGGCAACTCAGATTCTTT
GTGATCGCGAGCTACCTTTTGTGGGCCTATTAGAAAAAGTGGAGCGAGAATTGATTTGGAAGGCAGAATGTTCAGATATCACTGCAAAACCAAATCCTTACAAAATCCTTTATGCATTTTACATGTATCGACAAAATTGGCGAAGGGCTGCTAATTATATTTATAGATATACTGTCCGCCTGAAGGAAGAGGGTGTCTTG
AAAGTGCACTTGCAACTATCATTCACATTGCAAGAGAGATTACAGGGGCTGACTGCTGCTATTAATGCTCTGCACTTGGTTGATCCTGCATATGCTTGGCTTGATTTTCAACAAGATAACTCTGGTAGATTGGATTGGGATTCTTCTAACAAAAGAGCTCGTACATTCATGGATGAAAATTCTGTAGTCCCTAGCCAGAA
AGAAACCGCCAAGCAATATCAACCTATTGATATGGAGCAGCTTGAAAATGAATATGTTCTAACTTTGGCACATCTTCAACTTGCAGTTGCAAATGTCAAGCATTCTTCACTAGGGCGGGATATACTACCGTCAGATCTAGTGGTATTGTTGGTGCATTCCAACTTATACGAGGTGGCATTTACAGTTATTTTCAAATTTT
GGAGGGATTCATCTTTAAAGAGGGAACTAGAAAAAGTTGTCCAGATCATGGCTGAGAAGTGCTGCACAAGTAAATCTAGCTCCTCCATTATGATGGAATCACCTGTGAATGTGCTTCTCATACCATCTTCAGCAAGGGAGGATCAAACTGATGTTGATTTACTGCGTAGCAATAACTTTCAGACTGTACAACACACAAAT
TCAAAGACTGCATGGCACATACTTCAGTTGTATCTTGAAAAATATAAAGGTTTACATAGTCGACTTCCAGTTGTTGCTGCTGAAACTCTCTTTTGTACAGACCCTCAAATTGAGTTACCGTTGTGGCTAGTGGACATGTTCAAGGGTGCAAGGAGAGCTACTGCTTGGGGAATGGCTGGGCAAGAGTCAGACCCTGCAGC
ATTGTTCCGACTGTATATAGAGTATGGCAGATTCTCAGATGCGACTCATCTATTGCTCGAATACTTGGAAGCATGGGCATCTCTGAGGCCTGCTGATATCATCAAGCGTAAAAAAATGTCTGCAGTGTGGTTTCCATACACCTCAGTTGAACGTTTATATGGCCTTCTGTCTGAGATGAGAAGCTCTGGCCAAATGATTG
ATCAGTGTGACAAACTCCAGAATTTATTGCATGGTGCTATGTTACGTCACTTGAAACAGATGAAGGTGGATTCAGATGATGTAAAATCTTCTGCCCTTTAATATATTTATGTTGGCGATGCCCCTCCAACATTTTCAAGATGCAATCCCAAGAAGCTAGTGTTGTGAAAATAGCATCAGATGGAACAGTGGGTGGTTTCG
ACTCTTGCTAGACATCAAGAGCGGGATAACTTGCATCAGAGGCTGCAGTAAAATCTGCTGTTGCATTCTAAAGCCACAAGCTGTTATATTGAGTCATTTTGTACTATTATGGTCCAGGGATCGCAAAATATGATAAGAGTTTTTGGTGTTAGTCATTAGTTACATTGTATATTTCAAATCACTCGAAAATAACATTACAG
GGTTTCCACACTTAATTCGGTGAGGTACAATTTTGTGAAGTGGAGGACAATTTTTCTCATGGTTTGTTCTCTATGTGCAATGATTTCGATCTAGAGATGATTTGTATATTACAATTAAATTTTCTCTTTCTTTTAAATAAATAAGAGCCTTATATTTTATGAAAAAAAAA
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i28 from sample A3 / Example unspliced isoform:TCTGACAGTTATAGACAGTGAGgtaagttggcggtaaattctgtgattttctgaggattgtcatctttcatataattaatggaaaaagttggttgaatcagGGAGATGAGGACAGCCCAATTACTTTAGCACATGAGTGGAAAAACGTTTGCAGTCTTTATATGCAGTCTTGGTGTCATAATAATGTGCCATACAATTTG
TTTTTTAATCCCTCGACTGGAGGCATTGGCCTGATAAGAAGGCACTCTTTGTCAGTGTGTCGAGAGTTGGATGAGTTTGAACAGCTTGTACATGGAATGCATGACATTGATGGGGATTTTTCCAACCTTACTTCTGTCTGGGATGGGAATATAATTGATTCTGAAATACTTCATGGTATACTGAAGTGTACCTGCAGCAT
CTCCAGACATTTAGGGAAGGCTGCTCTTGCTGTATTCTATGAAGGTTTAATAAAACCATCGAGTGTTACTTTCCAATATATTGTCTCTTGCTTCCTTAGGATTTTGGATACAGGGTATGACTTTTCAGTTTTGAAGCAAAGCAGTTCACATGTAGGATTAGATTCTGTCCGTGGGAAGGAACATGAATATCACAACATTC
AAAGAAAGTTTGCTCTCAGTATATTACTATCTCTGCAGGCCTTGCGTGATAAAGCTGGTGGCTGGGATAGAGTTTTGGATGTCATGGAAAAGTACTTAAACAGTCTAATCCCTGGCAAATTTTCTTTGGACCAAGAATCTACTACAAAAGGAACACTATATAATGTGAATACCGCATTATTGGTACAGTCAACTTCTCAG
GTTGCAGAAATCCAATTTGAGGCTGCACGCGACTTACTGCTGCTGCTTGGTCATTTGGTTAAAATTAAAGGGCAGGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCAAGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAACTTCTGCAGAAGTTCCACTCGT
AGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCCTTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCTGAAACATTGCTTAGTAATGTAC
GTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTCTTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGAAAGTGTGGATGGGGAATGGCAT
GCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAGGCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAGGTTCTAGCTCAGCAGCTGCTTG
GAAACTTCATTATTTTGAGTGGGTAATGCAGATATTTGACCAACACAACTTAAGTGCTGGTGCATGTAAATTTGCCCATGCGGCACTTGAGCAAGTAGATGAAGCCTGTGGGATGGTAGATTGCCTTCCTAATGATGCCTCAGTAGAACAACCATCTAATGTTAAAGGTCGGCTATGGGCCAATGTTTTTAAGTTTTCAA
TGGATCTTGAGCAATATACAGAAGCATACTGTGCAATTATATCAAACCCTGATGAAGAGAGCAAGTTCATCTGTCTTCGGCGGTTCATTATAGTCCTTTGTGAACGCAGGGCAACTCAGATTCTTTGTGATCGCGAGCTACCTTTTGTGGGCCTATTAGAAAAAGTGGAGCGAGAATTGATTTGGAAGGCAGAATGTTCA
GATATCACTGCAAAACCAAATCCTTACAAAATCCTTTATGCATTTTACATGTATCGACAAAATTGGCGAAGGGCTGCTAATTATATTTATAGATATACTGTCCGCCTGAAGGAAGAGGGTGTCTTGAAAGTGCACTTGCAACTATCATTCACATTGCAAGAGAGATTACAGGGGCTGACTGCTGCTATTAATGCTCTGCA
CTTGGTTGATCCTGCATATGCTTGGCTTGATTTTCAACAAGATAACTCTGGTAGATTGGATTGGGATTCTTCTAACAAAAGAGCTCGTACATTCATGGATGAAAATTCTGTAGTCCCTAGCCAGAAAGAAACCGCCAAGCAATATCAACCTATTGATATGGAGCAGCTTGAAAATGAATATGTTCTAACTTTGGCACATC
TTCAACTTGCAGTTGCAAATGTCAAGCATTCTTCACTAGGGCGGGATATACTACCGTCAGATCTAGTGGTATTGTTGGTGCATTCCAACTTATACGAGGTGGCATTTACAGTTATTTTCAAATTTTGGAGGGATTCATCTTTAAAGAGGGAACTAGAAAAAGTTGTCCAGATCATGGCTGAGAAGTGCTGCACAAGTAAA
TCTAGCTCCTCCATTATGATGGAATCACCTGTGAATGTGCTTCTCATACCATCTTCAGCAAGGGAGGATCAAACTGATGTTGATTTACTGCGTAGCAATAACTTTCAGACTGTACAACACACAAATTCAAAGACTGCATGGCACATACTTCAGTTGTATCTTGAAAAATATAAAGGTTTACATAGTCGACTTCCAGTTGT
TGCTGCTGAAACTCTCTTTTGTACAGACCCTCAAATTGAGTTACCGTTGTGGCTAGTGGACATGTTCAAGGGTGCAAGGAGAGCTACTGCTTGGGGAATGGCTGGGCAAGAGTCAGACCCTGCAGCATTGTTCCGACTGTATATAGAGTATGGCAGATTCTCAGATGCGACTCATCTATTGCTCGAATACTTGGAAGCAT
GGGCATCTCTGAGGCCTGCTGATATCATCAAGCGTAAAAAAATGTCTGCAGTGTGGTTTCCATACACCTCAGTTGAACGTTTATATGGCCTTCTGTCTGAGATGAGAAGCTCTGGCCAAATGATTGATCAGTGTGACAAACTCCAGAATTTATTGCATGGTGCTATGTTACGTCACTTGAAACAGATGAAGGTGGATTCA
GATGATGTAAAATCTTCTGCCCTTTAATATATTTATGTTGGCGATGCCCCTCCAACATTTTCAAGATGCAATCCCAAGAAGCTAGTGTTGTGAAAATAGCATCAGATGGAACAGTGGGTGGTTTCGACTCTTGCTAGACATCAAGAGCGGGATAACTTGCATCAGAGGCTGCAGTAAAATCTGCTGTTGCATTCTAAAGC
CACAAGCTGTTATATTGAGTCATTTTGTACTATTATGGTCCAGGGATCGCAAAATATGATAAGAGTTTTTGGTGTTAGTCATTAGTTACATTGTATATTTCAAATCACTCGAAAATAACATTACAGGGTTTCCACACTTAATTCGGTGAGGTACAATTTTGTGAAGTGGAGGACAATTTTTCTCATGGTTTGTTCTCTAT
GTGCAATGATTTCGATCTAGAGATGATTTGTATATTACAATTAAATTTTCTCTTTCTTTTAAATAAATAAGAGCCTTATATTTTATGAAAAAAAAA
Intron 3 GTGAGTGAAA ... TCTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.04 | 47 | 0 | 51 |
| A2 | 52 | 24 | 2 | 26 |
| A3 | 48.65 | 38 | 1 | 36 |
| A4 | 50.55 | 45 | 0 | 46 |
| A5 | 50 | 20 | 0 | 20 |
| A6 | 50 | 18 | 0 | 18 |
| A7 | 50.91 | 27 | 0 | 28 |
| A8 | 55 | 27 | 0 | 33 |
| A9 | 50 | 32 | 0 | 32 |
| A10 | 50 | 23 | 0 | 23 |
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGAGATGTCTTCGGCAATGGTCTGGCCATCACAAGCAACCGAGCCTTGAACCAACTTGAAGAAGATCAAGCCGGGGAACTTGTACCCAACTCAATGGTGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCAAGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAA
CTTCTGCAGAAGTTCCACTCGTAGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCCTTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCT
GAAACATTGCTTAGTAATGTACGTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTCTTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGA
AAGTGTGGATGGGGAATGGCATGCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAGGCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAG
GT
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i22 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAGATGTCTTCGGCAATGGTCTGGCCATCACAAGCAACCGAGCCTTGAACCAACTTGAAGAAGATCAAGCCGGGGAACTTGTACCCAACTCAATGGTgtgagtgaaatgtgtggtggattacaagtttcgagtttatttatcctttcttaaatataaaatatatggctctgaatccatgggtgcattttactttataaat
atttggcatatttggcatccattacattgtaatcatcataatcttaaatcaaaatttgaaaaaaagagtattccgccccttcaagttgctgtttgggatggacctgcacatgagtgcattgccccttcaagttgggttgatgaaatctttgtctttcttggtgtagagcattagtgatatgtgggaaatgacttgttttg
ctagcctgttgagactgatgtgtcttagatattttggtgggtctttcactccttaggaagttagtgactgcactgtccttagggcatgctgtagtcagctaatgagcttttacaatttgtcctcttggagaagaaaacgatttggagcatgccctggatcacaaggacttttcacagcttcattgttaagtgcatgtgga
cctcccacaatatgggacaacgtggatgcctgataattgtagtgttgcatttaaacccctagtcttacctgctcaaaatcaatttgaaatcaactcagaagaatatttcttctttagtaattgaggaaagtgcctcaaattctcctcttttatgtttattttagcagattgacttgagaaccaggtagattactttcaaa
gtgtcagccaataataatgctgtacaatgactttaattgacaattcctgttattgacttctttatctgttttttatactcttctgcagGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCAAGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAACTTCTGCAG
AAGTTCCACTCGTAGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCCTTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCTGAAACATTG
CTTAGTAATGTACGTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTCTTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGAAAGTGTGGA
TGGGGAATGGCATGCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAGGCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAGGTTCTAGCT
CAGCAGCTGCTTGGAAACTTCATTATTTTGAGTGGGTAATGCAGATATTTGACCAACACAACTTAAGTGCTGGTGCATGTAAATTTGCCCATGCGGCACTTGAGCAAGTAGATGAAGCCTGTGGGATGGTAGATTGCCTTCCTAATGATGCCTCAGTAGAACAACCATCTAATGTTAAAGGTCGGCTATGGGCCAATGTT
TTTAAGTTTTCAATGGATCTTGAGCAATATACAGAAGCATACTGTGCAATTATATCAAACCCTGATGAAGAGAGCAAGTTCATCTGTCTTCGGCGGTTCATTATAGTCCTTTGTGAACGCAGGGCAACTCAGATTCTTTGTGATCGCGAGCTACCTTTTGTGGGCCTATTAGAAAAAGTGGAGCGAGAATTGATTTGGAA
GGCAGAATGTTCAGATATCACTGCAAAACCAAATCCTTACAAAATCCTTTATGCATTTTACATGTATCGACAAAATTGGCGAAGGGCTGCTAATTATATTTATAGATATACTGTCCGCCTGAAGGAAGAGGGTGTCTTGAAAGTGCACTTGCAACTATCATTCACATTGCAAGAGAGATTACAGGGGCTGACTGCTGCTA
TTAATGCTCTGCACTTGGTTGATCCTGCATATGCTTGGCTTGATTTTCAACAAGATAACTCTGGTAGATTGGATTGGGATTCTTCTAACAAAAGAGCTCGTACATTCATGGATGAAAATTCTGTAGTCCCTAGCCAGAAAGAAACCGCCAAGCAATATCAACCTATTGATATGGAGCAGCTTGAAAATGAATATGTTCTA
ACTTTGGCACATCTTCAACTTGCAGTTGCAAATGTCAAGCATTCTTCACTAGGGCGGGATATACTACCGTCAGATCTAGTGGTATTGTTGGTGCATTCCAACTTATACGAGGTGGCATTTACAGTTATTTTCAAATTTTGGAGGGATTCATCTTTAAAGAGGGAACTAGAAAAAGTTGTCCAGATCATGGCTGAGAAGTG
CTGCACAAGTAAATCTAGCTCCTCCATTATGATGGAATCACCTGTGAATGTGCTTCTCATACCATCTTCAGCAAGGGAGGATCAAACTGATGTTGATTTACTGCGTAGCAATAACTTTCAGACTGTACAACACACAAATTCAAAGACTGCATGGCACATACTTCAGTTGTATCTTGTAAGAATTGCTTTCCTTCTAGTTC
ATAGTACATACCATACTACCACATGTGATGATAATTAGCTTCTTTTGAAAAAAATAATAGCTTACCCAAATGACATTCATTGTGCAGTTTCAGATAATTTGTTTTATATGTTTTTAACTTTTTTGGTGGTTGAGTACCCTTTTGGGAAACACCATTGTGGTCCAGAAACCTTCAGCCTAGATGGCACATTCGAGGCGGCT
CTATCCTGCCAAAATTGCTCAATGCTTGGACCTGGCTTCATCCACCTGGTGCCTATGGGAAACCACCTAGTCTCAGTTAACAATGAGATACATGATAG
Intron 4 GTAAGCATCT ... TGTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.22 | 17 | 16 | 28 |
| A2 | 76.92 | 9 | 5 | 30 |
| A3 | 75.51 | 12 | 12 | 37 |
| A4 | 58.54 | 17 | 5 | 24 |
| A5 | 64.71 | 12 | 6 | 22 |
| A6 | 66.67 | 7 | 1 | 14 |
| A7 | 92.86 | 1 | 0 | 13 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 83.33 | 1 | 0 | 5 |
| A10 | 66.67 | 5 | 2 | 10 |
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAATAGTTTCAAAATGGAGAAGGCACCGATGGCATTTTTAAACAACCATAAAACCCTAAAGGTTCGTACGCGCCAATTTCATTGCAAGCCACATTACCGATACAAAAATTCCTTTGGCCATCTTCAGCTGTAAAATTAGACCACGATTCTAGCTACCGATGCACCAAAAACTTCCGATTACCTCTCATGGTCCCCATT
GAAAACCTCCCACTGAGACACCTGGATCGCTGTACAGCAGAAATCCTAACTTCCTTCAACAGGAAGGGGTTTACAGTGGGAGGACCAGGCTATTATAAACACTTGGGCTAGTTGTTTCACGGCCAAAATACCATACTTCTTCTCCGACATTAAACTGAATCATAGCTAAAAGGAGGGCCAGAAGGGCTAGGAGCAATGGA
GGTGCCCATAAGTGGGAGCGATGCAGTGCAGTGGATCCAAGTCAATGTTCCCCACACCGCCACCACAACGGTTCCTCGAAACCAACCATGCGCCCCACCACCACGCGATGCAGCGGGGAGTTTTGCCCTTGGCGGGTCTTCGGACCACGTTATCTGGCGTATCCATAAAGATTACCCCAATATGTTGGAGCTACTGGAAT
TGTCATTTACGCAGGAGCCTCCAAAATCTGGTTTGCATATTGTATTCCAGGATTCACTATCTCCATTTGCATGTATCTTCAAGCATCAGACGAAAAACATGCCTGGGCATTTATATCTTCTTTATGCTATAACAACTTCTGGGTTTGCATATCTCATCAAATTAAAATCTCCAGCGGCTTACAAATCTGGATCAGTTCTA
GCTAGTAGTGAGCTGATACAGCTAGATATATCAAGGAATCTTGTGCGTTTGGAGCAAATAACAGCAGTCACAGCAGCTGCAGGCATATTGTGCGTTGGAGGTCAGAATGGATCTATTTTGTGCCATCAACTGGGTCAACTTGATATTAATGCTCAAGATTTTTCCTTTGAGTTGAAAGATGGAGATGCTGGATTGGGGCG
TTTATGGGGACTTGTTGCTAGGGGCAAAACTGCTAGTGAGATTAGGAGTTTAGTGACATCAGATGCATGTGGAAAAAGGTTGCTGTTTGCACTTCATTGTGATGGTAATTTACGTATATGGGATCTCATTGATCGATGCAGAATTTTCAGTCATTGTTTGTCCTCTCCTGATTTCTCAGATTTTGGACCAAGGATGTTGT
ATGTTGGAGAGGTGAATGCAAATATGACACACATGCCAGTGGCAGTTCTCTACAGAAGCTTATCAGAAGCCAATTTAGAGACAATACTTCTATGTAATTTGGACCTTGTTTCAAGTGATGCTGGCGGCCGACTAAATCAATATCTGCAGCAACAAAAAATACCTTTGGATCAGGGGAAGGTCATTGACATGAAGTTATCT
TCGGATAGATTATGGGTACTCAAAGAAGGTGGTTCAGTTTTTTACGACTTGTTTCATGCAGATTTGGAGTCGTATGTTTGGGTACCCAAGGGGTTAGCTGAATTGGTTGTTGCCAATGTTGCTGGGTATTTTGCTAGTTTTGTGCGAGTTGGTGTCCGGCTCAAATCCCCATAGGTTACGTGCACTTGTCTATGCTGATG
GGTTTACTAAGGATGCCAACAATGAATGTGGAGGAATTTTTTGCGAATACAATATACAAGAAGCATATGTTGCAAACCAACTTCTACAAGGTTCAGATTATGATGTCGATGATCTTATTTTGGCTCAGAACCTTATTTATTCATCCATGAAG
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGGATGCTTCCTCTGGGGGCACTTGTAGATTGCTCATTGATGATTGCCCTGATGAATAATCAATTTTATCTTATCTGTTCAAGAACTGTTATTTTGTGTAATAGTTTAATATTGATTTGTTAAGTTATTCTGTTCAACTTTGAGAAGCCTCCTTGCCTTCGCTTTTTAGGTATGTTTGGGTACCCAAGGGGTTAGCTGAA
TTGGTTGTTGCCAATGTTGCTGGGTATTTTGCTAGTTTTGTGCGAGTTGGTGTCCGGCTCAAATCCCCATAGGTTACGTGCACTTGTCTATGCTGATGGGTTTACTAAGGATGCCAACAATGAATGTGGgtaagcatctcttaggttttcctgtgaggttttcttggacaaaaagtacatttggtgttttcttcattgga
attgatgctaagattgtacagggatccaatttcatcaaggaagtctttcataactgattgctcctgctccgtatttctttgtttatgtttacatttgatgaaggtagatattgagaacgactctttttatttgatagtggtcattattagttgattacactattggcagtaatttattgggtgtaggtaatcaggttgta
tgttttttgttttgtagagttccaaggccatccttattaaaataatcttgaaatgggttaaaaaaagcagttgttagaatgctatttatcattgtttggatttatttttggagtagtctatatggctgtggatatctggatctcttattgcgacttccattaaaatgtaacttaacttttgattatatttttttcatgtt
tattttatttcctgtagaagtatttaatggacggcaattatattaatttgtataggttatttgatgtgagtacaatggtgttgtatcttttgtatgaatcatgagttttcagattttgttttgtagAGGAATTTTTTGCGAATACAATATACAAGAAGCATATGTTGCAAACCAACTTCTACAAGGTTCAGATTATGATG
TCGATGATCTTATTTTGGCTCAGAACCTTATTTATTCATCCATGAAG
Intron 5 GTATGTTATC ... GGGTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.43 | 41 | 26 | 32 |
| A2 | 34.03 | 25.8 | 14.6 | 12 |
| A3 | 23.81 | 24 | 9 | 6 |
| A4 | 33.33 | 20 | 11 | 9 |
| A5 | 37.5 | 10 | 4 | 8 |
| A6 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A7 | 34.29 | 23 | 16 | 8 |
| A8 | 38.46 | 12 | 6 | 9 |
| A9 | 32.41 | 20 | 8.2 | 11 |
| A10 | 28 | 18 | 12 | 2 |
>TRINITY_DN120401_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCCCCGGAGAAACGGTTGCAATTCAGGACACATTGTCGGATGGCGGCGTTTGTGATTTGTGAAATTTTGAAGTGCGGCAGGGCATGCAAAGCGGGTTTGGTCATCTATATGTATGGCAGTGGCAGGCGTCTTTTCCATTCCCTCGGATGGGTCTGCCATTGCCACCCATTTTCATTCTCATTCCCATTAGCAAGGAATTGC
AATCTGGCTGACTCTGTATTGGCGCTTCAAAAATTTCATGAATCTTCTCGGATAAAGCAAACCACAGGAGCGGATTCACAAAATTTCAGATTGCAGCTTCTCATCTAAAGAAGGAAGAGAGAACAGTGTTATGGCAGACTTGTTTTTGGGGGAACCTTCCAATGTTAGGGTTAATAGAGGTGAATTATCCGCCATGGCAC
CCGCAAAATTTGAACAGCCAGATCATTCTATATCTGAATGGTATTTTAATAGAGAAGAAATTGAGAACTCCCCATCAAGAAAGGATGGCATTGATTTGAGAAAGGAAACATACCTTCGGAGGTCATATAGTGCCTTTCTTCAGGATCTTGGAATGAGACTTAAAGTTCCCCAGGTAACCATTGCGACAGCCATAACTTTA
TGCCATCGATTTTTCCATCGACAATCTCATGCAAAAAATGATAGACATATAATCGCAACAGTTTGCATGTTCCTTGCTGCAAAGGTTGAGGAAACACCCCGGCATATAAGGAATGTGATTCTTGTCTCATCAGAAATCCTAAGTAAAAAAGATCCTATATATATGCAAAGGATCAAGCAGAAGGATTTTTACGAACAACA
AAAGCAGCTAGTTTTGGTTGGTGAAATGGTTGTTCTGACGAATTTAGGTTTTGATCTTAAAGTGTATCAGCCTTATAAGCCGGTCCTTGCGGCAATTAAAAAATTCAAAGTTGCTCAGAGTGCTCTTGTTCAAGTAGCATGGAATTTTGTGAATGATGGGATGCGAACATCTCTCTGCTTGCAATTTAAACCTCATCAAA
TTGCGGCTGGAGTGATCTTCCTTGCCGCTAAGTTTCTGAAGGTCAAGCTGCCTTCTGATGGTCGGGTGGCTTGGTGGCAGGAATTTAAAGTGACTCCACGACAGTTAGAAGAAATTAGCAACCAAATTCTTGAGCTGTATGAACAAACCAATAATGCCACTGCTTCACGTGGAAATGAACCAGCTGGAAGCGGCAGATCT
CAATCAAATAATGATGTCACTCCATCTAGAAATACCTATTCTCAATTTTGTCATATTGACTCTCCAGCTGAAGCTGACTGTGGATTTGAAGTGCCTCAAGCAACAGAACAGAGAAGAAAAGCAGTTGTTGGTGAAGAGGATAAAAATTCTCTTAAGTATGCCTACAGTTCTTCTTATGGTAGAGATGATTCAACACTAGA
CACTTGTCCATCTGTTGACAGCAGGTGCGTGGGCAAAACTGTTTCTTCTGTCATTCGGCATAAGCCTAATACTAAAAAATACTCCGATGGGAATAGATTCAGCACAGTACAAGTCAATGAACTGGACACTAGGGCTCTAGAAGAAAGGAAGGGTGATGAGCTTCACAATGACAGACAAGAAAATCAAACCAGACACAGGA
TTCAATCTATTTCAACAGAAGACACTGGTCTATCTGTTAACAGTAAATGCACGGGGAAACCTGTTGTTGCTGCTAATCGGCTTGAGCCTCATAATAAAAAACTCTCTTATGAGAACATATTCAGTCAATCACAAGCTAATGAAGTAGGAAAAAGGACACTAGAAGAAAGGCAGGGAAATATACTTGATGATAACAGACCA
GGAAATGAAACCAAACGTAGTATTCAATCTAATGTTACTGACCAATTTTCTTCCATTCGAATTGATGATATAAATAAAGACAAAGTCAGAGAAGCTTTGGAAAGGAGGAAGTCTTGTAGAAAGGAAAGAGATTCAAGACCTGAAATTTTGAAGGCTGAAATTGTAGATGAAGATGCTCTTATTGAGTTTGAGCTGGAAAG
TGGGCTAGAAGCTGCTATCGAAGCAGAGAAAGCAAAAGAAAAAAGAAAGGAGATTTTGTCTAGATCATGTTACAGATCTGAGCAGGAAAATTTGAAAACCAGAAAAGAACATGTAGATGGAGGTGGACATGGACTAAAGAGAAAGCGGTCTAATGAGAGCAATGGGAAAATAAGAAAATGTTCTTCTGATCAAGCAGGTC
TTCCTGATCGACATCAAGAGATGTTCACTGCAGAATGTCTTGATGAGGAGAGGGAGGAAGGTGAGTTGCCAAGCTCACCTGTGCAGGAGTTAGTGCACTCCCCAAGATCATCAGGCAGCTGGTCTCAAGCTTCAAGTCATCCTGACAATGGAAGAAGTACCGTTAAGAGGCATAATTACAATCATAGGAATGGTGCTGAT
GGTGGCCGCAATCAATGCAGAAACAGGGATAGTTATGATGGTGGACGCATTCAACACAGAAGCAGGGATGGTTCTGATGATAGTAGAAGGCAGTATAGTCATCGTCACCGCCATCAATTTTTTAATCGCCAACGTAATGTGGATGCTGATAGGGACTGTCACAGATCCAATGATAGGGATGATCATGATTGGCAAGAACC
TAGTTATAAGAAAAGAAGACATGATCATGTAAGATGACTTGGCATTTCATTCCTTGGTTTATGTTGTCAAGCAACTTCTGTGTGTAGGTCACAATGCTCTCACAGTGTTGTCTAACGATGGTGGGTCTGGTTGAAGACTCCAATTTGGCCTTTTGGTTAAGGAGCCATATTCATGTGTGAGAGGTATGAGTTTCAAGTTT
CAAGTTGAGAGTTGAATTGAGATTCACTCATATGAATATTTTTGCTCAATTGAAGAATTACTTATAATGAAGTGGAATGGAGGTGGTTTGAGTAAAAGCAAGGCATGGATTGTTTACAAAAAAACCCAGGGTATGGGAATCATGAATTGAAATGCCTCCAGTTATAAGCCCGACAATAATTGGAATGGAGATGGCCTAAC
TATAATTGGAATGGAGATGGCTTGAGTAAAAGCAAGGCATTAATTGTTCACAGAAAAGCAGAGTATAGGAATCATGAATTGAAATACCTCCAGTTGTAAGGCCCACTATAATTCTTGAATTTATAGATTCATTCTATTCAAATATCCTTGTTTGAAAATGTGC
>TRINITY_DN120401_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCCGGAGAAACGGTTGCAATTCAGGACACATTGTCGGATGGCGGCGTTTGTGATTTGTGAAATTTTGAAGTGCGGCAGGGCATGCAAAGCGGGTTTGGTCATCTATATGTATGGCAGTGGCAGGCGTCTTTTCCATTCCCTCGGATGGGTCTGCCATTGCCACCCATTTTCATTCTCATTCCCATTAGCAAGGAATTGC
AATCTGGCTGACTCTGTATTGGCGCTTCAAAAATTTCATGAATCTTCTCGGATAAAGCAAACCACAGGAGCGGATTCACAAAATTTCAGATTGCAGCTTCTCATCTAAAGAAGGAAGAGAGAACAGTGTTATGGCAGACTTGTTTTTGGGGGAACCTTCCAATGTTAGGGTTAATAGAGGTGAATTATCCGCCATGGCAC
CCGCAAAATTTGAACAGCCAGATCATTCTATATCTGAATGGTATTTTAATAGAGAAGAAATTGAGAACTCCCCATCAAGAAAGGATGGCATTGATTTGAGAAAGGAAACATACCTTCGGAGGTCATATAGTGCCTTTCTTCAGGATCTTGGAATGAGACTTAAAGTTCCCCAGGTAACCATTGCGACAGCCATAACTTTA
TGCCATCGATTTTTCCATCGACAATCTCATGCAAAAAATGATAGACATATAATCGCAACAGTTTGCATGTTCCTTGCTGCAAAGGTTGAGGAAACACCCCGGCATATAAGGAATGTGATTCTTGTCTCATCAGAAATCCTAAGTAAAAAAGATCCTATATATATGCAAAGGATCAAGCAGAAGGATTTTTACGAACAACA
AAAGCAGCTAGTTTTGGTTGGTGAAATGGTTGTTCTGACGAATTTAGGTTTTGATCTTAAAGTGTATCAGCCTTATAAGCCGGTCCTTGCGGCAATTAAAAAATTCAAAGTTGCTCAGAGTGCTCTTGTTCAAGTAGCATGGAATTTTGTGAATGATGGgtatgttatcatctgaatataatattgtcttaccattacgg
gagtttctatgaacctcttgatgcacttgtgttgggtgtgcagGATGCGAACATCTCTCTGCTTGCAATTTAAACCTCATCAAATTGCGGCTGGAGTGATCTTCCTTGCCGCTAAGTTTCTGAAGGTCAAGCTGCCTTCTGATGGTCGGGTGGCTTGGTGGCAGGAATTTAAAGTGACTCCACGACAGTTAGAAGGCTCG
TTACTGAAAATCTCTAACCTGTAGCTTGTTTGGTTTTCTTTTTAATTCTATTTGTTTGTCCATTATCCGACCTTTCCACGAAGAAAGCCATTTGAAGACATAGTATGTAGTATTCGAT
Intron 6 GTATACTGCA ... TCTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.24 | 201 | 59 | 43 |
| A2 | 26.32 | 154 | 64 | 46 |
| A3 | 29.07 | 183 | 96 | 54 |
| A4 | 22.84 | 152 | 48 | 42 |
| A5 | 25.6 | 77 | 25 | 28 |
| A6 | 26.12 | 99 | 55 | 15 |
| A7 | 25.48 | 155 | 56 | 50 |
| A8 | 27.1 | 78 | 33 | 25 |
| A9 | 26.73 | 122 | 46 | 43 |
| A10 | 24.01 | 106 | 41 | 26 |
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i22 from sample A3 / Example spliced isoformGAGATGTCTTCGGCAATGGTCTGGCCATCACAAGCAACCGAGCCTTGAACCAACTTGAAGAAGATCAAGCCGGGGAACTTGTACCCAACTCAATGGTGTGAGTGAAATGTGTGGTGGATTACAAGTTTCGAGTTTATTTATCCTTTCTTAAATATAAAATATATGGCTCTGAATCCATGGGTGCATTTTACTTTATAAAT
ATTTGGCATATTTGGCATCCATTACATTGTAATCATCATAATCTTAAATCAAAATTTGAAAAAAAGAGTATTCCGCCCCTTCAAGTTGCTGTTTGGGATGGACCTGCACATGAGTGCATTGCCCCTTCAAGTTGGGTTGATGAAATCTTTGTCTTTCTTGGTGTAGAGCATTAGTGATATGTGGGAAATGACTTGTTTTG
CTAGCCTGTTGAGACTGATGTGTCTTAGATATTTTGGTGGGTCTTTCACTCCTTAGGAAGTTAGTGACTGCACTGTCCTTAGGGCATGCTGTAGTCAGCTAATGAGCTTTTACAATTTGTCCTCTTGGAGAAGAAAACGATTTGGAGCATGCCCTGGATCACAAGGACTTTTCACAGCTTCATTGTTAAGTGCATGTGGA
CCTCCCACAATATGGGACAACGTGGATGCCTGATAATTGTAGTGTTGCATTTAAACCCCTAGTCTTACCTGCTCAAAATCAATTTGAAATCAACTCAGAAGAATATTTCTTCTTTAGTAATTGAGGAAAGTGCCTCAAATTCTCCTCTTTTATGTTTATTTTAGCAGATTGACTTGAGAACCAGGTAGATTACTTTCAAA
GTGTCAGCCAATAATAATGCTGTACAATGACTTTAATTGACAATTCCTGTTATTGACTTCTTTATCTGTTTTTTATACTCTTCTGCAGGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCAAGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAACTTCTGCAG
AAGTTCCACTCGTAGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCCTTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCTGAAACATTG
CTTAGTAATGTACGTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTCTTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGAAAGTGTGGA
TGGGGAATGGCATGCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAGGCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAGGTTCTAGCT
CAGCAGCTGCTTGGAAACTTCATTATTTTGAGTGGGTAATGCAGATATTTGACCAACACAACTTAAGTGCTGGTGCATGTAAATTTGCCCATGCGGCACTTGAGCAAGTAGATGAAGCCTGTGGGATGGTAGATTGCCTTCCTAATGATGCCTCAGTAGAACAACCATCTAATGTTAAAGGTCGGCTATGGGCCAATGTT
TTTAAGTTTTCAATGGATCTTGAGCAATATACAGAAGCATACTGTGCAATTATATCAAACCCTGATGAAGAGAGCAAGTTCATCTGTCTTCGGCGGTTCATTATAGTCCTTTGTGAACGCAGGGCAACTCAGATTCTTTGTGATCGCGAGCTACCTTTTGTGGGCCTATTAGAAAAAGTGGAGCGAGAATTGATTTGGAA
GGCAGAATGTTCAGATATCACTGCAAAACCAAATCCTTACAAAATCCTTTATGCATTTTACATGTATCGACAAAATTGGCGAAGGGCTGCTAATTATATTTATAGATATACTGTCCGCCTGAAGGAAGAGGGTGTCTTGAAAGTGCACTTGCAACTATCATTCACATTGCAAGAGAGATTACAGGGGCTGACTGCTGCTA
TTAATGCTCTGCACTTGGTTGATCCTGCATATGCTTGGCTTGATTTTCAACAAGATAACTCTGGTAGATTGGATTGGGATTCTTCTAACAAAAGAGCTCGTACATTCATGGATGAAAATTCTGTAGTCCCTAGCCAGAAAGAAACCGCCAAGCAATATCAACCTATTGATATGGAGCAGCTTGAAAATGAATATGTTCTA
ACTTTGGCACATCTTCAACTTGCAGTTGCAAATGTCAAGCATTCTTCACTAGGGCGGGATATACTACCGTCAGATCTAGTGGTATTGTTGGTGCATTCCAACTTATACGAGGTGGCATTTACAGTTATTTTCAAATTTTGGAGGGATTCATCTTTAAAGAGGGAACTAGAAAAAGTTGTCCAGATCATGGCTGAGAAGTG
CTGCACAAGTAAATCTAGCTCCTCCATTATGATGGAATCACCTGTGAATGTGCTTCTCATACCATCTTCAGCAAGGGAGGATCAAACTGATGTTGATTTACTGCGTAGCAATAACTTTCAGACTGTACAACACACAAATTCAAAGACTGCATGGCACATACTTCAGTTGTATCTTGTAAGAATTGCTTTCCTTCTAGTTC
ATAGTACATACCATACTACCACATGTGATGATAATTAGCTTCTTTTGAAAAAAATAATAGCTTACCCAAATGACATTCATTGTGCAGTTTCAGATAATTTGTTTTATATGTTTTTAACTTTTTTGGTGGTTGAGTACCCTTTTGGGAAACACCATTGTGGTCCAGAAACCTTCAGCCTAGATGGCACATTCGAGGCGGCT
CTATCCTGCCAAAATTGCTCAATGCTTGGACCTGGCTTCATCCACCTGGTGCCTATGGGAAACCACCTAGTCTCAGTTAACAATGAGATACATGATAG
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAATAGTTTCAAAATGGAGAAGGCACCGATGGCATTTTTAAACAACCATAAAACCCTAAAGGTTCGTACGCGCCAATTTCATTGCAAGCCACATTACCGATACAAAAATTCCTTTGGCCATCTTCAGCTGTAAAATTAGACCACGATTCTAGCTACCGATGCACCAAAAACTTCCGATTACCTCTCATGGTCCCCATT
GAAAACCTCCCACTGAGACACCTGGATCGCTGTACAGCAGAAATCCTAACTTCCTTCAACAGGAAGGGGTTTACAGTGGGAGGACCAGGCTATTATAAACACTTGGGCTAGTTGTTTCACGGCCAAAATACCATACTTCTTCTCCGACATTAAACTGAATCATAGCTAAAAGGAGGGCCAGAAGGGCTAGGAGCAATGGA
GGTGCCCATAAGTGGGAGCGATGCAGTGCAGTGGATCCAAGTCAATGTTCCCCACACCGCCACCACAACGGTTCCTCGAAACCAACCATGCGCCCCACCACCACGCGATGCAGCGGGGAGTTTTGCCCTTGGCGGGTCTTCGGACCACGTTATCTGGCGTATCCATAAAGATTACCCCAATATGTTGGAGCTACTGGAAT
TGTCATTTACGCAGGAGCCTCCAAAATCTGGTTTGCATATTGTATTCCAGGATTCACTATCTCCATTTGCATGTATCTTCAAGCATCAGACGAAAAACATGCCTGGGCATTTATATCTTCTTTATGCTATAACAACTTCTGGGTTTGCATATCTCATCAAATTAAAATCTCCAGCGGCTTACAAATCTGGATCAGTTCTA
GCTAGTAGTGAGCTGATACAGCTAGATATATCAAGGAATCTTGTGCGTTTGGAGCAAATAACAGCAGTCACAGCAGCTGCAGGCATATTGTGCGTTGGAGGTCAGAATGGATCTATTTTGTGCCATCAACTGGGTCAACTTGATATTAATGCTCAAGATTTTTCCTTTGAGTTGAAAGATGGAGATGCTGGATTGGGGCG
TTTATGGGGACTTGTTGCTAGGGGCAAAACTGCTAGTGAGATTAGGAGTTTAGTGACATCAGATGCATGTGGAAAAAGGTTGCTGTTTGCACTTCATTGTGATGGTAATTTACGTATATGGGATCTCATTGATCGATGCAGAATTTTCAGTCATTGTTTGTCCTCTCCTGATTTCTCAGATTTTGGACCAAGGATGTTGT
ATGTTGGAGAGGTGAATGCAAATATGACACACATGCCAGTGGCAGTTCTCTACAGAAGCTTATCAGAAGCCAATTTAGAGACAATACTTCTATGTAATTTGGACCTTGTTTCAAGTGATGCTGGCGGCCGACTAAATCAATATCTGCAGCAACAAAAAATACCTTTGGATCAGGGGAAGGTCATTGACATGAAGTTATCT
TCGGATAGATTATGGGTACTCAAAGAAGGTGGTTCAGTTTTTTACGACTTGTTTCATGCAGATTTGGAGTCAGGAATTTTTTGCGAATACAATATACAAGAAGCATATGTTGCAAACCAACTTCTACAAGGTTCAGATTATGATGTCGATGATCTTATTTTGGCTCAGAACCTTATTTATTCATCCATGAAGAATGAAAT
CTCTCCTTCAGTGTCAACATTATTTTTACGTAGACTCTTGCAACCAGGCATCCGGCAGCGTATTTCACTCCAGGAAGTTCTGGAAACCCGCCAAAGGCATTTAAGTGATTCTGAGTTTCGTTCTCTCACAGTAGAGGGTCTACGCAAGGAGATTCTGACAGTTATAGACAGTGAGGGAGATGAGGACAGCCCAATTACTT
TAGCACATGAGTGGAAAAACGTTTGCAGTCTTTATATGCAGTCTTGGTGTCATAATAATGTGCCATACAATTTGTTTTTTAATCCCTCGACTGGAGGCATTGGCCTGATAAGAAGGCACTCTTTGTCAGTGTGTCGAGAGTTGGATGAGTTTGAACAGCTTGTACATGGAATGCATGACATTGATGGGGATTTTTCCAAC
CTTACTTCTGTCTGGGATGGGAATATAATTGATTCTGAAATACTTCATGGTATACTGAAGTGTACCTGCAGCATCTCCAGACATTTAGGGAAGGCTGCTCTTGCTGTATTCTATGAAGGTTTAATAAAACCATCGAGTGTTACTTTCCAATATATTGTCTCTTGCTTCCTTAGGATTTTGGATACAGGGTATGACTTTTC
AGTTTTGAAGCAAAGCAGTTCACATGTAGGATTAGATTCTGTCCGTGGGAAGGAACATGAATATCACAACATTCAAAGAAAGTTTGCTCTCAGTATATTACTATCTCTGCAGGCCTTGCGTGATAAAGCTGGTGGCTGGGATAGAGTTTTGGATGTCATGGAAAAGTACTTAAACAGTCTAATCCCTGGCAAATTTTCTT
TGGACCAAGAATCTACTACAAAAGGAACACTATATAATGTGAATACCGCATTATTGGTACAGTCAACTTCTCAGGTTGCAGAAATCCAATTTGAGGCTGCACGCGACTTACTGCTGCTGCTTGGTCATTTGGTTAAAATTAAAGGGCAGGTGAGCATAGAACCTGCTAATATCTTAAGAATACAACTTCAATTGATTCCA
AGGGTCCAAGATATTGCTATCAAGTGTTTCTTGCTTCATTGGATGTGTACAACTTCTGCAGAAGTTCCACTCGTAGAGGATTTTAGCTCACAGCTTTCTCTACTGCATATTGGGGACGGGAAAAAGGAAAACAGAGCCTGGGAAGGAAGGCTTGGCACTGGTGATCTCACTCTTGCTGGTATACTACTCTTCGGATATCC
TTCCTCCTCTGCGGATCGTGCATTATTATGTATGGGTTCTTTACAAAGCCCTGAAACATTGCTTAGTAATGTACGTAAGTTTTTAAGTTGGATTTTTTGGGGTGAAAATGTGGGACAACTACCAAAGTTGTCTAGTCGTGCCCTAGCTCTTTCATCAATATTGCTACAACATGGCCAATATGGTGTTCTTGAGAACCTTC
TTATCACCATTGATGAACATTCAAAGCAGTCAAAGCTTTTAAGTGGCATTGAAAGTGTGGATGGGGAATGGCATGCATGCCTTCACCTCACAGGATTTTGCCTTCTTGCTCGTGCTCGTATAGGACTGGAAGAAAAATTGAAAGAAAAACATGTGGCAGAAGCCATTCGCTGTTTCTTCAGGGCTGCTTCTGGAGAGAAG
GCCGGTCAAGCATTGCAGGAGTTGTCCTTCCAAATGGGTTTACAGCATTCAGgtatactgcattcaagtcactgtactatacttttataagactagtgtttttgataagggctgttgtcttctgcagGTTCTAGCTCAGCAGCTGCTTGGAAACTTCATTATTTTGAGTGGGTAATGCAGATATTTGACCAACACAACTT
AAGTGCTGGTGCATGTAAATTTGCCCATGCGGCACTTGAGCAAGTAGATGAAGCCTGTGGGATGGTAGATTGCCTTCCTAATGATGCCTCAGTAGAACAACCATCTAATGTTAAAGGTCGGCTATGGGCCAATGTTTTTAAGTTTTCAATGGATCTTGAGCAATATACAGAAGCATACTGTGCAATTATATCAAACCCTG
ATGAAGAGAGCAAGTTCATCTGTCTTCGGCGGTTCATTATAGTCCTTTGTGAACGCAGGGCAACTCAGATTCTTTGTGATCGCGAGCTACCTTTTGTGGGCCTATTAGAAAAAGTGGAGCGAGAATTGATTTGGAAGGCAGAATGTTCAGATATCACTGCAAAACCAAATCCTTACAAAATCCTTTATGCATTTTACATG
TATCGACAAAATTGGCGAAGGGCTGCTAATTATATTTATAGATATACTGTCCGCCTGAAGGAAGAGGGTGTCTTGAAAGTGCACTTGCAACTATCATTCACATTGCAAGAGAGATTACAGGGGCTGACTGCTGCTATTAATGCTCTGCACTTGGTTGATCCTGCATATGCTTGGCTTGATTTTCAACAAGATAACTCTGG
TAGATTGGATTGGGATTCTTCTAACAAAAGAGCTCGTACATTCATGGATGAAAATTCTGTAGTCCCTAGCCAGAAAGAAACCGCCAAGCAATATCAACCTATTGATATGGAGCAGCTTGAAAATGAATATGTTCTAACTTTGGCACATCTTCAACTTGCAGTTGCAAATGTCAAGCATTCTTCACTAGGGCGGGATATAC
TACCGTCAGATCTAGTGGTATTGTTGGTGCATTCCAACTTATACGAGGTGGCATTTACAGTTATTTTCAAATTTTGGAGGGATTCATCTTTAAAGAGGGAACTAGAAAAAGTTGTCCAGATCATGGCTGAGAAGTGCTGCACAAGTAAATCTAGCTCCTCCATTATGATGGAATCACCTGTGAATGTGCTTCTCATACCA
TCTTCAGCAAGGGAGGATCAAACTGATGTTGATTTACTGCGTAGCAATAACTTTCAGACTGTACAACACACAAATTCAAAGACTGCATGGCACATACTTCAGTTGTATCTTGAAAAATATAAAGGTTTACATAGTCGACTTCCAGTTGTTGCTGCTGAAACTCTCTTTTGTACAGACCCTCAAATTGAGTTACCGTTGTG
GCTAGTGGACATGTTCAAGGGTGCAAGGAGAGCTACTGCTTGGGGAATGGCTGGGCAAGAGTCAGACCCTGCAGCATTGTTCCGACTGTATATAGAGTATGGCAGATTCTCAGATGCGACTCATCTATTGCTCGAATACTTGGAAGCATGGGCATCTCTGAGGCCTGCTGATATCATCAAGCGTAAAAAAATGTCTGCAG
TGTGGTTTCCATACACCTCAGTTGAACGTTTATATGGCCTTCTGTCTGAGATGAGAAGCTCTGGCCAAATGATTGATCAGTGTGACAAACTCCAGAATTTATTGCATGGTGCTATGTTACGTCACTTGAAACAGATGAAGGTGGATTCAGATGATGTAAAATCTTCTGCCCTTTAATATATTTATGTTGGCGATGCCCCT
CCAACATTTTCAAGATGCAATCCCAAGAAGCTAGTGTTGTGAAAATAGCATCAGATGGAACAGTGGGTGGTTTCGACTCTTGCTAGACATCAAGAGCGGGATAACTTGCATCAGAGGCTGCAGTAAAATCTGCTGTTGCATTCTAAAGCCACAAGCTGTTATATTGAGTCATTTTGTACTATTATGGTCCAGGGATCGCA
AAATATGATAAGAGTTTTTGGTGTTAGTCATTAGTTACATTGTATATTTCAAATCACTCGAAAATAACATTACAGGGTTTCCACACTTAATTCGGTGAGGTACAATTTTGTGAAGTGGAGGACAATTTTTCTCATGGTTTGTTCTCTATGTGCAATGATTTCGATCTAGAGATGATTTGTATATTACAATTAAATTTTCT
CTTTCTTTTAAATAAATAAGAGCCTTATATTTTATGAAAAAAAAA
Intron 7 GTAGTATGCA ... AATAATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
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| A2 | 10.87 | 123 | 0 | 15 |
| A3 | 14.94 | 148 | 3 | 26 |
| A4 | 13.27 | 98 | 0 | 15 |
| A5 | 22.96 | 104 | 0 | 31 |
| A6 | 0 | 17 | 0 | 0 |
| A7 | 14.63 | 35 | 0 | 6 |
| A8 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A9 | 19.05 | 17 | 0 | 4 |
| A10 | 14.63 | 35 | 0 | 6 |
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAATAGTTTCAAAATGGAGAAGGCACCGATGGCATTTTTAAACAACCATAAAACCCTAAAGGTTCGTACGCGCCAATTTCATTGCAAGCCACATTACCGATACAAAAATTCCTTTGGCCATCTTCAGCTGTAAAATTAGACCACGATTCTAGCTACCGATGCACCAAAAACTTCCGATTACCTCTCATGGTCCCCATT
GAAAACCTCCCACTGAGACACCTGGATCGCTGTACAGCAGAAATCCTAACTTCCTTCAACAGGAAGGGGTTTACAGTGGGAGGACCAGGCTATTATAAACACTTGGGCTAGTTGTTTCACGGCCAAAATACCATACTTCTTCTCCGACATTAAACTGAATCATAGCTAAAAGGAGGGCCAGAAGGGCTAGGAGCAATGGA
GGTGCCCATAAGTGGGAGCGATGCAGTGCAGTGGATCCAAGTCAATGTTCCCCACACCGCCACCACAACGGTTCCTCGAAACCAACCATGCGCCCCACCACCACGCGATGCAGCGGGGAGTTTTGCCCTTGGCGGGTCTTCGGACCACGTTATCTGGCGTATCCATAAAGATTACCCCAATATGTTGGAGCTACTGGAAT
TGTCATTTACGCAGGAGCCTCCAAAATCTGGTTTGCATATTGTATTCCAGGATTCACTATCTCCATTTGCATGTATCTTCAAGCATCAGACGAAAAACATGCCTGGGCATTTATATCTTCTTTATGCTATAACAACTTCTGGGTTTGCATATCTCATCAAATTAAAATCTCCAGCGGCTTACAAATCTGGATCAGTTCTA
GCTAGTAGTGAGCTGATACAGCTAGATATATCAAGGAATCTTGTGCGTTTGGAGCAAATAACAGCAGTCACAGCAGCTGCAGGCATATTGTGCGTTGGAGGTCAGAATGGATCTATTTTGTGCCATCAACTGGGTCAACTTGATATTAATGCTCAAGATTTTTCCTTTGAGTTGAAAGATGGAGATGCTGGATTGGGGCG
TTTATGGGGACTTGTTGCTAGGGGCAAAACTGCTAGTGAGATTAGGAGTTTAGTGACATCAGATGCATGTGGAAAAAGGTTGCTGTTTGCACTTCATTGTGATGGTAATTTACGTATATGGGATCTCATTGATCGATGCAGAATTTTCAGTCATTGTTTGTCCTCTCCTGATTTCTCAGATTTTGGACCAAGGATGTTGT
ATGTTGGAGAGGTGAATGCAAATATGACACACATGCCAGTGGCAGTTCTCTACAGAAGCTTATCAGAAGCCAATTTAGAGACAATACTTCTATGTAATTTGGACCTTGTTTCAAGTGATGCTGGCGGCCGACTAAATCAATATCTGCAGCAACAAAAAATACCTTTGGATCAGGGGAAGGTCATTGACATGAAGTTATCT
TCGGATAGATTATGGGTACTCAAAGAAGGTGGTTCAGTTTTTTACGACTTGTTTCATGCAGATTTGGAGTCGTATGTTTGGGTACCCAAGGGGTTAGCTGAATTGGTTGTTGCCAATGTTGCTGGGTATTTTGCTAGTTTTGTGCGAGTTGGTGTCCGGCTCAAATCCCCATAGGTTACGTGCACTTGTCTATGCTGATG
GGTTTACTAAGGATGCCAACAATGAATGTGGAGGAATTTTTTGCGAATACAATATACAAGAAGCATATGTTGCAAACCAACTTCTACAAGGTTCAGATTATGATGTCGATGATCTTATTTTGGCTCAGAACCTTATTTATTCATCCATGAAG
>TRINITY_DN115638_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTGCATGTATCTTCAAGCATCAGgtagtatgcataattgaatcatactgttaaatgttttttttttgtctgagcatatgtaatcctatttgccaagaagttaagaactatttttatttgttgatgttgtggtttggatgattgtaatggtcgttgaaaaatggtgttccctctctatgttttttttatggaaccgtttga
aaagtttttctttattttatgccaaattttacatttctcttcaattaactttataatttagtcatagcacatttgttctgtgccttaacttacatttattttacaatccccttttttgaataatgcagACGAAAAACATGCCTGGGCATTTATATCTTCTTTATGCTATAACAACTTCTGGGTTTGCATATCTCATCAAA
TTAAAATCTCCAGCGGCTTACAAATCTGGATCAGTTCTAGCTAGTAGTGAGCTGATACAGCTAGATATATCAAGGAATCTTGTGCGTTTGGAGCAAATAACAGCAGTCACAGCAGCTGCAGGCATATTGTGCGTTGGAGGTCAGAATGGATCTATTTTGTGCCATCAACTGGGTCAACTTGATATTAATGCTCAAGGTAT
TCTGGACATTTAGGGTGCCAAAGTTTCCACTATCTATTTTGGTTTTGGTATTGTGACAATTTACTTTTGTTATGGTTGAATAATGGACATCCAA