NA ----> NA

Intron 1 GTTTTGAATA ... AGTTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	33.33	4	0	4
A3	55.56	2	1	4
A4	100	0	1	0
A5	-1	0	0	0
A6	56.63	18	19	28
A7	63.64	10	26	9
A8	60.87	18	23	33
A9	54.78	26	29	34
A10	60	13	14	25

>TRINITY_DN46937_c3_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCATAATTGAAGTTACAATTAGGGTTACCGAGCTTTTCTCAAAGATCGTCACAATTAGGGTTACTGGTGCTTTTCGTAAAGATAGTCACAATTACTGGAGCTTTTCTTGAAAAGCAGGACCCGTTTCAGATCACTGTGCGAGGCGTTCCTCCATTTGTTAGTTCGCTGTTCGCCGGGATATCTGTGTTTTTTTCCTTACA
CAAGACTTGGTTGCGTCGAGGCCACGTCGCATGCGAAAAGTACGGAGCGATTAATGTCGAGTCTCGGTTTTTCGATGGACGAGCGGCATATCCGCGACCATCTGCCTGCCTCCATCAATTCTTTCCTTATCTCGACCCGACGGGCTCGGAAATTGGAATATACGTTTACAGTAAGGACTCCGCCTTTTCGCAGGCAGGTC
CACCAGGTTGTCAGGGCACGAACGATGGTTGATCTTGTGTTTTCATAGGGTTTTCTTTGGAGGAGTGGGATAATCCTTATCCATTCCAGAATTTAATGCCGGGAACGATGGTTGATCCTTTGTTTTCATAGGGTATTCTGTGGAGGAGTGGGATAATCTTTATCCAAAATTGAATATTCAAGGTTGGATTGATGTGTATT
TTATTTTTTTGAAGTTTCAGTTTTTAAATTGTATAGAAATCAGTCAATTGAGTGTAGATCTGGTGGTTGGGAGGAATGTTGTTGTCTTTTTCATTCTGGTTCAAATCTGGTTTTGTGATACTTGTTTCTTGGAAGTCGACTTTGATTATGTAATGATTGAAATGCTGACCATACCTTAACCTCTCCAGAATAACAGGTCT
TGGAAATTTCCCGATGGATGTAGCCCTCTAACAAATGGTGAACCATCATTTGAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAATTGCACAG

>TRINITY_DN46937_c3_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCATAATTGAAGTTACAATTAGGGTTACCGAGCTTTTCTCAAAGATCGTCACAATTAGGGTTACTGGTGCTTTTCGTAAAGATAGTCACAATTACTGGAGCTTTTCTTGAAAAGCAGGACCCGTTTCAGATCACTGTGCGAGGCGTTCCTCCATTTGTTAGTTCGCTGTTCGCCGGGATATCTGTGTTTTTTTCCTTACA
CAAGACTTGGTTGCGTCGAGGCCACGTCGCATGCGAAAAGTACGGAGCGATTAATGTCGAGTCTCGGTTTTTCGATGGACGAGCGGCATATCCGCGACCATCTGCCTGCCTCCATCAATTCTTTCCTTATCTCGACCCGACGGGCTCGGAAATTGGAATATACGTTTACAGgttttgaatactttcattattttatttcc
tagatgctgcttttgttcggaagatacacgtaacacgatggattgaattgaattcgtaagggcgtaagtggaagaatattaatggcggcctattttccgagttttacagTAAGGACTCCGCCTTTTCGCAGGCAGGTCCACCAGGTTGTCAGGGCACGAACGATGGTTGATCTTGTGTTTTCATAGGGTTTTCTTTGGAG
GAGTGGGATAATCCTTATCCATTCCAGAATTTAATGCCGGGAACGATGGTTGATCCTTTGTTTTCATAGGGTATTCTGTGGAGGAGTGGGATAATCTTTATCCAAAATTGAATATTCAAGGTTGGATTGATGTGTATTTTATTTTTTTGAAGTTTCAGTTTTTAAATTGTATAGAAATCAGTCAATTGAGTGTAGATCTG
GTGGTTGGGAGGAATGTTGTTGTCTTTTTCATTCTGGTTCAAATCTGGTTTTGTGATACTTGTTTCTTGGAAGTCGACTTTGATTATGTAATGATTGAAATGCTGACCATACCTTAACCTCTCCAGAATAACAGGTCTTGGAAATTTCCCGATGGATGTAGCCCTCTAACAAATGGTGAACCATCATTTGAAAAAAAAAA
AACAAAAAAAAATTGCACAG

Intron 2 GTTTTGAATA ... CTTTTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	33.33	4	0	4
A3	100	0	1	4
A4	100	0	1	0
A5	-1	0	0	0
A6	63.16	14	19	29
A7	63.64	10	26	9
A8	70	12	23	33
A9	66.29	15	29	30
A10	67.74	10	14	28

>TRINITY_DN43434_c1_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CGGTGCTTTTCTTAAAGATAGTTACAATTAGGGTTGCTGGAGCTTTTCTTGAAAAGCAGGACCCGTTTCAGATCACTGTGCGAGGCGTTCCTCCATTTGTTAGTTCGCTGTTCGCCGGGATATCTGTGTTTTTTTCCTTACACAAGACTTGGTTGCGTCGAGGCCACGTCGCATGCGAAAAGTACGGAGCGATTAATGTC
GAGTCTCGGTTTTTCGATGGACGAGCGGCATATCCGCGACCATCTGCCTGCCTCCATCAATTCTTTCCTTATCTCGACCCGACGGGCTCGGAAATTGGAATATACGTTTACAGGCAGGTCCACCAGGTTGTCAGGGCACGAACGATGGTTGATCTTGTGTTTTCATAGGGTTTTCTTTGGAGGAGTGGGATAATCCTTAT
CCATTCCAGAATTTAATGCCGGGAACGATGGTTGATCCTTTGTTTTCATAGGGTATTCTGTGGAGGAGTGGGATAATCTTTATCCAAAATTGAATATTCAAGGTTGGATTGATGTGTATTTTATTTTTTTGAAGTTTCAGTTTTTAAATTGTATAGAAATCAGTCAATTGAGTGTAGATCTGGTGGTTGGGAGGAATGTT
GTTGTCTTTTTCATTCTGGTTCAAATCTGGTTTTGTGATACTTGTTTCTTGGAAGTCGACTTTGATTATGTAATGATTGAAATGCTGACCATACCTTAACCTCTCCATAATAACAGGTCTTGGAAATTTCCGGATGGATGTAGCCCTCTAACAAATGGTGAACCATCATTTGAAAAAAAAAAACAAAAAAAAATTGCACA
G

>TRINITY_DN43434_c1_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGGTGCTTTTCTTAAAGATAGTTACAATTAGGGTTGCTGGAGCTTTTCTTGAAAAGCAGGACCCGTTTCAGATCACTGTGCGAGGCGTTCCTCCATTTGTTAGTTCGCTGTTCGCCGGGATATCTGTGTTTTTTTCCTTACACAAGACTTGGTTGCGTCGAGGCCACGTCGCATGCGAAAAGTACGGAGCGATTAATGTC
GAGTCTCGGTTTTTCGATGGACGAGCGGCATATCCGCGACCATCTGCCTGCCTCCATCAATTCTTTCCTTATCTCGACCCGACGGGCTCGGAAATTGGAATATACGTTTACAGgttttgaatactttcattattttatttcctagatgctgcttttgttcggaagatacacgtaacacgatggattgaattgaattcgta
agggcgtaagtggaagaatattaatggcggcctattttccgagttttacagtaaggactccgccttttcgcagGCAGGTCCACCAGGTTGTCAGGGCACGAACGATGGTTGATCTTGTGTTTTCATAGGGTTTTCTTTGGAGGAGTGGGATAATCCTTATCCATTCCAGAATTTAATGCCGGGAACGATGGTTGATCCTT
TGTTTTCATAGGGTATTCTGTGGAGGAGTGGGATAATCTTTATCCAAAATTGAATATTCAAGGTTGGATTGATGTGTATTTTATTTTTTTGAAGTTTCAGTTTTTAAATTGTATAGAAATCAGTCAATTGAGTGTAGATCTGGTGGTTGGGAGGAATGTTGTTGTCTTTTTCATTCTGGTTCAAATCTGGTTTTGTGATA
CTTGTTTCTTGGAAGTCGACTTTGATTATGTAATGATTGAAATGCTGACCATACCTTAACCTCTCCATAATAACAGGTCTTGGAAATTTCCGGATGGATGTAGCCCTCTAACAAATGGTGAACCATCATTTGAAAAAAAAAAACAAAAAAAAATTGCACAG