sp|Q8VYA5|RSZ33_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor RS2Z33
Intron 1 GTAAGTGTTC ... TTCTCTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.05 | 42.4 | 33 | 12 |
| A2 | 23.13 | 78.9 | 11 | 36.2 |
| A3 | 18.17 | 60.2 | 10 | 16.9 |
| A4 | 27.42 | 38 | 14 | 14.3 |
| A5 | 32.53 | 34 | 20 | 12.1 |
| A6 | 11.91 | 191.9 | 5 | 45.3 |
| A7 | 13.16 | 203.1 | 10 | 51.5 |
| A8 | 9.32 | 105.9 | 3 | 17.6 |
| A9 | 13.8 | 188.2 | 12 | 47.5 |
| A10 | 11.56 | 151.4 | 9 | 29.8 |
>TRINITY_DN107740_c0_g2_i8 from sample A4 / Example spliced isoformATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAAATTTGCAGTGAACTTTGATATATGTTTGGCTTATGTTTC
CTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACTCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCC
TCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGG
ATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGTTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGA
TCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAG
TCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTA
TAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGAT
AATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCACATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTT
TATTACATCAAGCTTTTATCCATTTTGGTTAATTGTATTTACTTTTGCCTTAAAATGTTAGGTTGTGAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCA
>TRINITY_DN107740_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAAATTTGCAGTGAACTTTGATATATGTTTGGCTTATGTTTC
CTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACTCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCT
TGGGCATTTCCTTTTCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTGTTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTG
TGGGTTACCATGAACACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTTTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCT
TCTTTTATGCTGCAATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTG
TTGGGATATTGTTTCACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGT
GCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTgtaagtgttcaaaaccatat
ccaatgtctttgaaatttcttatggatactgcataaatgtattttgtggatgtggctgtatgatatgcatgttatctttttaaaaacaatttaattgtcctgtagaccaatattttagtctatatttaaataattcataaatgaatgattttatatctgcacattgatctgattgcagtagagcgaggttttttttccac
ttttcaggctactttaatatctcttatcctggtcaattatgagtagttcttccatgttttaccctttgtttctctctagGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTA
GAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCA
CCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGTTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGA
TGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATG
TAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAA
GTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTAT
CATGGTCCACATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTTATTACATCAAGCTTTTATCCATTTTGGTTAATTGTATTTACTTTTGCCTTAAAATGTTAGGTTGTGAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACT
GATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCA
Intron 2 GTGAGGATCT ... GTTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.99 | 91.8 | 43.5 | 36.5 |
| A2 | 35.21 | 89 | 48.5 | 34.8 |
| A3 | 32.8 | 74.2 | 36.3 | 23.1 |
| A4 | 38.8 | 57.5 | 36.5 | 29.9 |
| A5 | 36.36 | 63.8 | 36.5 | 25.3 |
| A6 | 20.72 | 237 | 62.4 | 48.4 |
| A7 | 24 | 245.2 | 77.7 | 52.5 |
| A8 | 21.13 | 146.8 | 39.6 | 27.9 |
| A9 | 22.66 | 237.5 | 70.1 | 59.5 |
| A10 | 23.7 | 209 | 65.5 | 45 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGT
CGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGC
AAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGC
CTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAA
TGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGTGTGTCTAGATGGAACTGTGTAGGACTTTTGGGTGTATATTAGGATTTGTCAGTTTTAAGGTTTCGTGTATGTACACCTGGATTGGATCGATGCCAAGATCATCAGGACAATGCTCTTCACCACTTAGACTCGCGTTGAATTAGTATGGCTACTTGTAGATCTCACATCCTCTTCGTGTCTGCATATGGCGTT
ACAGCCTATGCCATGTGTTTTTTATAGTGGTGCAGAAGTCAGGTTTTCTAAGCAATAGATCTATACATGTGTTAGTCTCTTCCCCCAGACAGAACTGATTCTGTAACTTTAAGGAGTTGAATTGATCTTTTTCTACTCGTTGGCTTTCAAGCTATCTGTCTGCTCTTGTTAAGATTTGATCTAGACTTGCTACTTTCTGG
TTGTCTTTGCTTATTTGATACTGAAATTAGTGAAGAATATGAATCATTCCTATTTCAGATGAGCGAAATGTTGTCTTCCTAGAGCTAGTCTATATCAGCAATTCTCTTCAAAGGTCCTGATTTTTTTTTGTCAGTCTTCTTTATGGAAAAGAATAAATCCTATCAAAATGTTCAATGTTATGAGTTATCCCTGAAGCTGG
ATCAACTGATTGTTCAAACCCTTTGGGTCGTTTTATCTGAGGAAATGTTCATGGGAAACCTAAAGGGATGTGTCCCCTAGTCAGCCTCATCCATCAGGATTCAAATGGGTCACCAAGTGTAGACTAGTGAGCCTTACCCATGGGATTCAAATGGGGCACTTGCTGACACAGCACCATATATCAATATTTTTTTTCCTAAT
ATGGCTGGGATATATTACTTATAGAGAGCACGTATATCTGGTTTTTTGAAGGACACACAGCAATTAGTTTTTGGTTTAATAACTTGTTATGCTCTTTGTGATACAAATGTCTTAAAAAGTAAAATGAAAGGTTATTATAATTATATAAAATAATGTAGAGATTTAATTTAAACCCTTGGAAGTAGTCTTTTCGAAAACTG
AACCCCTGCTTATTGACCTAGACTCATTCTCACTTTATAAATGGTAGATATTGATTGTAGACATCATCATCTTATGTCGTATTTTTCTTGGTCCATCACATCATAATATTAATAACTGGAATAGCTCTATATAGTATAAAGTCTATCTTGTAGTTTCGAGTGGATAATGCATTTGATCTTTCCATCAATAGAAAGAAAAA
TAGAAGCAAGCGGGGAAAACATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAAATTTGCAGTGAACTTTGA
TATATGTTTGGCTTATGTTTCCTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGgtgaggatcttttcaacagatctttttaactga
ttttattgtttgtatacctcttgggcatttccttttctttcactgttgttgctaatttagggttgccaaatcatgttttcatctgtttattattatttggttgggctgtgcctcacctattttgccctttatcagagtatggtctgcaattccctgcttttttgtcgacctttcctatttttgttgagtgttgtattgca
tttgattttttgtttttgttgtgggttaccatgaacacggacacacttggcttttattctcctttgaagacattcttgttctagggccatacttatttcatccttggctgggggttatggagtgcttgtggtattatgggtatatgggaaactaattttctctccctgttctcaggcagtggggggttgtattgggtggt
ggcagcattttcatctatgcttcttttatgctgcaatgggttagtctgttaaatgttttgatcctcccatgttttgtagagaatggtaggtctaagccaagtcatgggtttccctggtgggatattgtctgctgtaatgggttactctgttttgtttccttcaaggttgaaggagatggggtgggatgggggtcttagcc
aagccatggatttccttcttgttgggatattgtttcactgtttctgtgccttttagctctctgaggaagttccagcccaagttgcgtgttaacttgaatgatgttgttgaaggttagtcggctcttacccggcctggaggtcaatggggagagggtgaccttggtgggattggtggctattcttgcaagggttaatagga
gactttggcgcatctagacgtgcatctttctgtaatgttcttgcgtacctttatggaatggcaagggtgcaaaatggtgtttgattcatctgagaggcgaactatcattccattcgataccttgatgcactgctcattgtttctggcaaacgtttccgcagAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTAT
TGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTGCACATTGATCTGATTGCAGT
AGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTA
ATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATA
GGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCA
GGTACGTTTTAGTACTATTTTTCGGCCCGTGTCTGTGGGCTTCAACTTCCTGTGCACTAACAAAAATGCATTTTAAAAACAATTAATATTTGTGGGCTTTAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACA
GGTTTCCATGATAAATACTACTTTGCTTATTCAGTGTGTTCGGGAAAATTTGTTTTTGCTGTCTTTGATAAAAGTCATCTGAATTCTTTTAAATGGACCTAATGTAAACTTTTGTTTTGTTAATATCAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAA
GTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGA
GACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATA
AATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATG
TTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGGTTGTAAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTT
TTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATGTGGTTTTTGATGCCTTTTTATAAGGCGGCCGA
CTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAGGCCCTTATTATCTAGAAAAG
Intron 3 GTTTCCATGA ... TTAATATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.3 | 125 | 7 | 32.2 |
| A2 | 2.53 | 77 | 2 | 20.9 |
| A3 | 2.24 | 131 | 3 | 18.6 |
| A4 | 4.05 | 71 | 3 | 17.8 |
| A5 | 17.39 | 57 | 12 | 18.8 |
| A6 | 0.76 | 520.5 | 4 | 83.1 |
| A7 | 2.31 | 441.8 | 10.5 | 72.8 |
| A8 | 0.69 | 432 | 3 | 81.2 |
| A9 | 0.6 | 498 | 3 | 77 |
| A10 | 4.36 | 373 | 17 | 54.3 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTG
CCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTT
TCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAA
CACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCA
ATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTT
CACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAA
TGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAA
GATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTAT
CGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACG
TACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACC
GTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATA
TTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTA
CATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGG
TTGTAAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATG
TGGTTTTTGATGCCTTTTTATAAGGCGGCCGACTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAG
GCCCTTATTATCTAGAAAAG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGTGTGTCTAGATGGAACTGTGTAGGACTTTTGGGTGTATATTAGGATTTGTCAGTTTTAAGGTTTCGTGTATGTACACCTGGATTGGATCGATGCCAAGATCATCAGGACAATGCTCTTCACCACTTAGACTCGCGTTGAATTAGTATGGCTACTTGTAGATCTCACATCCTCTTCGTGTCTGCATATGGCGTT
ACAGCCTATGCCATGTGTTTTTTATAGTGGTGCAGAAGTCAGGTTTTCTACTAAAACTGTATCTTCTAAGCAATAGATCTATACATGTGTTAGTCTCTTCCCCCAGACAGAACTGATTCTGTAACTTTAAGGAGTTGAATTGATCTTTTTCTACTCGTTGGCTTTCAAGCTATCTGTCTGCTCTTGTTAAGATTTGATCT
AGACTTGCTACTTTCTGGTTGTCTTTGCTTATTTGATACTGAAATTAGTGAAGAATATGAATCATTCCTATTTCAGATGAGCGAAATGTTGTCTTCCTAGAGCTAGTCTATATCAGCAATTCTCTTCAAAGGTCCTGATTTTTTTTTGTCAGTCTTCTTTATGGAAAAGAATAAATCCTATCAAAATGTTCAATGTTATG
AGTTATCCCTGAAGCTGGATCAACTGATTGTTCAAACCCTTTGGGTCGTTTTATCTGAGGAAATGTTCATGGGAAACCTAAAGGGATGTGTCCCCTAGTCAGCCTCATCCATCAGGATTCAAATGGGTCACCAAGTGTAGACTAGTGAGCCTTACCCATGGGATTCAAATGGGGCACTTGCTGACACAGCACCATATATC
AATATTTTTTTTCCTAATATGGCTGGGATATATTACTTATAGAGAGCACGTATATCTGGTTTTTTGAAGGACACACAGCAATTAGTTTTTGGTTTAATAACTTGTTATGCTCTTTGTGATACAAATGTCTTAAAAAGTAAAATGAAAGGTTATTATAATTATATAAAATAATGTAGAGATTTAATTTAAACCCTTGGAAG
TAGTCTTTTCGAAAACTGAACCCCTGCTTATTGACCTAGACTCATTCTCACTTTATAAATGGTAGATATTGATTGTAGACATCATCATCTTATGTCGTATTTTTCTTGGTCCATCACATCATAATATTAATAACTGGAATAGCTCTATATAGTATAAAGTCTATCTTGTAGTTTCGAGTGGATAATGCATTTGATCTTTC
CATCAATAGAAAGAAAAATAGAAGCAAGCGGGGAAAACATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAA
ATTTGCAGTGAACTTTGATATATGTTTGGCTTATGTTTCCTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCA
ACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTTTCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTT
GTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAACACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGG
GGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCAATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGT
GGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTTCACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTC
TTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAA
GCACGACTTCGCTTTTATTGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTGCA
CATTGATCTGATTGCAGTAGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTG
GAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTT
TTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACA
GTCCAAAATCAACCGGCAGGTACGTTTTAGTACTATTTTTCGGCCCGTGTCTGTGGGCTTCAACTTCCTGTGCACTAACAAAAATGCATTTTAAAAACAATTAATATTTGTGGGCTTTAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACA
GCAGAAGTCGTAGCTACAGgtttccatgataaatactactttgcttattcagtgtgttcgggaaaatttgtttttgctgtctttgataaaagtcatctgaattcttttaaatggacctaatgtaaacttttgttttgttaatatcagTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGG
ATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGAC
ATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTA
AAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATA
TGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGGTTGTAAAAATGAAA
ATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATGTGGTTTTTGATGCC
TTTTTATAAGGCGGCCGACTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAGGCCCTTATTATCTA
GAAAAG
Intron 4 GTGAGGATCT ... GTTGTTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.29 | 56.6 | 41.5 | 24 |
| A2 | 52.89 | 42.9 | 48.1 | 22 |
| A3 | 42.27 | 49.1 | 36 | 27 |
| A4 | 46.47 | 41.3 | 35.9 | 28 |
| A5 | 50.2 | 35.3 | 35.5 | 21 |
| A6 | 47.27 | 68.5 | 60.6 | 12 |
| A7 | 48.05 | 82.6 | 75.2 | 11 |
| A8 | 43.68 | 49.1 | 37.7 | 7 |
| A9 | 44.61 | 85 | 66.2 | 19 |
| A10 | 45.95 | 75.6 | 61.6 | 7 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTG
CCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTAT
TCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTG
AAGCACGACTTCGCTTTTATTGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTG
CACATTGATCTGATTGCAGTAGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTG
TGGAGTTTGCAAGAGGGG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGTGTGTCTAGATGGAACTGTGTAGGACTTTTGGGTGTATATTAGGATTTGTCAGTTTTAAGGTTTCGTGTATGTACACCTGGATTGGATCGATGCCAAGATCATCAGGACAATGCTCTTCACCACTTAGACTCGCGTTGAATTAGTATGGCTACTTGTAGATCTCACATCCTCTTCGTGTCTGCATATGGCGTT
ACAGCCTATGCCATGTGTTTTTTATAGTGGTGCAGAAGTCAGGTTTTCTACTAAAACTGTATCTTCTAAGCAATAGATCTATACATGTGTTAGTCTCTTCCCCCAGACAGAACTGATTCTGTAACTTTAAGGAGTTGAATTGATCTTTTTCTACTCGTTGGCTTTCAAGCTATCTGTCTGCTCTTGTTAAGATTTGATCT
AGACTTGCTACTTTCTGGTTGTCTTTGCTTATTTGATACTGAAATTAGTGAAGAATATGAATCATTCCTATTTCAGATGAGCGAAATGTTGTCTTCCTAGAGCTAGTCTATATCAGCAATTCTCTTCAAAGGTCCTGATTTTTTTTTGTCAGTCTTCTTTATGGAAAAGAATAAATCCTATCAAAATGTTCAATGTTATG
AGTTATCCCTGAAGCTGGATCAACTGATTGTTCAAACCCTTTGGGTCGTTTTATCTGAGGAAATGTTCATGGGAAACCTAAAGGGATGTGTCCCCTAGTCAGCCTCATCCATCAGGATTCAAATGGGTCACCAAGTGTAGACTAGTGAGCCTTACCCATGGGATTCAAATGGGGCACTTGCTGACACAGCACCATATATC
AATATTTTTTTTCCTAATATGGCTGGGATATATTACTTATAGAGAGCACGTATATCTGGTTTTTTGAAGGACACACAGCAATTAGTTTTTGGTTTAATAACTTGTTATGCTCTTTGTGATACAAATGTCTTAAAAAGTAAAATGAAAGGTTATTATAATTATATAAAATAATGTAGAGATTTAATTTAAACCCTTGGAAG
TAGTCTTTTCGAAAACTGAACCCCTGCTTATTGACCTAGACTCATTCTCACTTTATAAATGGTAGATATTGATTGTAGACATCATCATCTTATGTCGTATTTTTCTTGGTCCATCACATCATAATATTAATAACTGGAATAGCTCTATATAGTATAAAGTCTATCTTGTAGTTTCGAGTGGATAATGCATTTGATCTTTC
CATCAATAGAAAGAAAAATAGAAGCAAGCGGGGAAAACATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAA
ATTTGCAGTGAACTTTGATATATGTTTGGCTTATGTTTCCTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGgtgaggatcttttca
acagatctttttaactgattttattgtttgtatacctcttgggcatttccttttctttcactgttgttgctaatttagggttgccaaatcatgttttcatctgtttattattatttggttgggctgtgcctcacctattttgccctttatcagagtatggtctgcaattccctgcttttttgtcgacctttcctattttt
gttgagtgttgtattgcatttgattttttgtttttgttgtgggttaccatgaacacggacacacttggcttttattctcctttgaagacattcttgttctagggccatacttatttcatccttggctgggggttatggagtgcttgtggtattatgggtatatgggaaactaattttctctccctgttctcaggcagtgg
ggggttgtattgggtggtggcagcattttcatctatgcttcttttatgctgcaatgggttagtctgttaaatgttttgatcctcccatgttttgtagagaatggtaggtctaagccaagtcatgggtttccctggtgggatattgtctgctgtaatgggttactctgttttgtttccttcaaggttgaaggagatggggt
gggatgggggtcttagccaagccatggatttccttcttgttgggatattgtttcactgtttctgtgccttttagctctctgaggaagttccagcccaagttgcgtgttaacttgaatgatgttgttgaagGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTC
TTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAA
GCACGACTTCGCTTTTATTGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTGCA
CATTGATCTGATTGCAGTAGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTG
GAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTT
TTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACA
GTCCAAAATCAACCGGCAGGTACGTTTTAGTACTATTTTTCGGCCCGTGTCTGTGGGCTTCAACTTCCTGTGCACTAACAAAAATGCATTTTAAAAACAATTAATATTTGTGGGCTTTAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACA
GCAGAAGTCGTAGCTACAGGTTTCCATGATAAATACTACTTTGCTTATTCAGTGTGTTCGGGAAAATTTGTTTTTGCTGTCTTTGATAAAAGTCATCTGAATTCTTTTAAATGGACCTAATGTAAACTTTTGTTTTGTTAATATCAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGG
ATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGAC
ATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTA
AAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATA
TGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGGTTGTAAAAATGAAA
ATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATGTGGTTTTTGATGCC
TTTTTATAAGGCGGCCGACTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAGGCCCTTATTATCTA
GAAAAG
Intron 5 GTAAGTGTTC ... TTCTCTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.47 | 49 | 33 | 12 |
| A2 | 22.81 | 88 | 11 | 41 |
| A3 | 19.51 | 66 | 10 | 22 |
| A4 | 26.05 | 44 | 14 | 17 |
| A5 | 29.2 | 40 | 20 | 13 |
| A6 | 11.79 | 232 | 5 | 57 |
| A7 | 14.29 | 234 | 10 | 68 |
| A8 | 8.97 | 132 | 3 | 23 |
| A9 | 13.94 | 216 | 12 | 58 |
| A10 | 11.56 | 176 | 9 | 37 |
>TRINITY_DN39979_c0_g2_i9 from sample A8 / Example spliced isoformCTCAAATTCAAATGAGGGTCGGTACGTTAACCACGGTCTAATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTT
GCCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGAC
GAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAA
ATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGG
ATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGAC
ACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGTCATCTATTT
CGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGAT
GATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCACATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTTATTACATCAAGC
>TRINITY_DN39979_c0_g2_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTCAAATTCAAATGAGGGTCGGTACGTTAACCACGGTCTAATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTT
GCCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTT
TTCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGA
ACACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCGTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTTTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGC
AATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTT
TCACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTA
ATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTgtaagtgttcaaaaccatatccaatgtctttga
aatttcttatggatactgcataaatgtattttgtggatgtgtggctgtatgatatgcatgttatctttttaaaaacgtcctgtagaccaatattttagtctatatttaaataattcataaatgaatgattttatatctgcacattgatctgattgcagtagagcgaggttttttttccacttttcaggctactttaatat
ctcttatcctggtcaattatgagtagttcttccatgttttaccctttgtttctctctagGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGC
CCTCCACCTGGGTCTGGTCGTTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCG
TCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTC
CTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAA
AATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGTCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGA
TTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCACATTTAATCAC
ACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTTATTACATCAAGC
Intron 6 GTAAGTGTTC ... TTCTCTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.96 | 45.7 | 33 | 11 |
| A2 | 17.54 | 80.3 | 11 | 23 |
| A3 | 10.73 | 61.3 | 10 | 4.7 |
| A4 | 22.33 | 38.7 | 14 | 8 |
| A5 | 29.58 | 36 | 20 | 9.7 |
| A6 | 5.49 | 201 | 5 | 17.7 |
| A7 | 5.3 | 208.3 | 10 | 13 |
| A8 | 3.58 | 113 | 3 | 5 |
| A9 | 7.93 | 194 | 12 | 21 |
| A10 | 6.62 | 158 | 9 | 13 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGT
CGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGC
AAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGC
CTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAA
TGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGTGTGTCTAGATGGAACTGTGTAGGACTTTTGGGTGTATATTAGGATTTGTCAGTTTTAAGGTTTCGTGTATGTACACCTGGATTGGATCGATGCCAAGATCATCAGGACAATGCTCTTCACCACTTAGACTCGCGTTGAATTAGTATGGCTACTTGTAGATCTCACATCCTCTTCGTGTCTGCATATGGCGTT
ACAGCCTATGCCATGTGTTTTTTATAGTGGTGCAGAAGTCAGGTTTTCTACTAAAACTGTATCTTCTAAGCAATAGATCTATACATGTGTTAGTCTCTTCCCCCAGACAGAACTGATTCTGTAACTTTAAGGAGTTGAATTGATCTTTTTCTACTCGTTGGCTTTCAAGCTATCTGTCTGCTCTTGTTAAGATTTGATCT
AGACTTGCTACTTTCTGGTTGTCTTTGCTTATTTGATACTGAAATTAGTGAAGAATATGAATCATTCCTATTTCAGATGAGCGAAATGTTGTCTTCCTAGAGCTAGTCTATATCAGCAATTCTCTTCAAAGGTCCTGATTTTTTTTTGTCAGTCTTCTTTATGGAAAAGAATAAATCCTATCAAAATGTTCAATGTTATG
AGTTATCCCTGAAGCTGGATCAACTGATTGTTCAAACCCTTTGGGTCGTTTTATCTGAGGAAATGTTCATGGGAAACCTAAAGGGATGTGTCCCCTAGTCAGCCTCATCCATCAGGATTCAAATGGGTCACCAAGTGTAGACTAGTGAGCCTTACCCATGGGATTCAAATGGGGCACTTGCTGACACAGCACCATATATC
AATATTTTTTTTCCTAATATGGCTGGGATATATTACTTATAGAGAGCACGTATATCTGGTTTTTTGAAGGACACACAGCAATTAGTTTTTGGTTTAATAACTTGTTATGCTCTTTGTGATACAAATGTCTTAAAAAGTAAAATGAAAGGTTATTATAATTATATAAAATAATGTAGAGATTTAATTTAAACCCTTGGAAG
TAGTCTTTTCGAAAACTGAACCCCTGCTTATTGACCTAGACTCATTCTCACTTTATAAATGGTAGATATTGATTGTAGACATCATCATCTTATGTCGTATTTTTCTTGGTCCATCACATCATAATATTAATAACTGGAATAGCTCTATATAGTATAAAGTCTATCTTGTAGTTTCGAGTGGATAATGCATTTGATCTTTC
CATCAATAGAAAGAAAAATAGAAGCAAGCGGGGAAAACATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAA
ATTTGCAGTGAACTTTGATATATGTTTGGCTTATGTTTCCTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCA
ACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTTTCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTT
GTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAACACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGG
GGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCAATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGT
GGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTTCACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTC
TTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAA
GCACGACTTCGCTTTTATTgtaagtgttcaaaaccatatccaatgtctttgaaatttcttatggatactgcataaatgtattttgtggatgtggctgtatgatatgcatgttatctttttaaaaacaatttaattgtcctgtagaccaatattttagtctatatttaaataattcataaatgaatgattttatatctgca
cattgatctgattgcagtagagcgaggtttttttttccacttttcaggctactttaatatctcttatcctggtcaattatgagtagttcttccatgttttaccctttgtttctctctagGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTG
GAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTT
TTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACA
GTCCAAAATCAACCGGCAGGTACGTTTTAGTACTATTTTTCGGCCCGTGTCTGTGGGCTTCAACTTCCTGTGCACTAACAAAAATGCATTTTAAAAACAATTAATATTTGTGGGCTTTAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACA
GCAGAAGTCGTAGCTACAGGTTTCCATGATAAATACTACTTTGCTTATTCAGTGTGTTCGGGAAAATTTGTTTTTGCTGTCTTTGATAAAAGTCATCTGAATTCTTTTAAATGGACCTAATGTAAACTTTTGTTTTGTTAATATCAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGG
ATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGAC
ATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTA
AAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATA
TGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGGTTGTAAAAATGAAA
ATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATGTGGTTTTTGATGCC
TTTTTATAAGGCGGCCGACTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAGGCCCTTATTATCTA
GAAAAG
Intron 7 GTTAGTCGGC ... GTTTCCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.42 | 91.8 | 57.4 | 36.8 |
| A2 | 32.67 | 89 | 43.2 | 40.9 |
| A3 | 40.01 | 74.3 | 49.6 | 28.9 |
| A4 | 42.03 | 57.4 | 41.6 | 32.1 |
| A5 | 35.86 | 63.8 | 35.7 | 26.7 |
| A6 | 23.02 | 237 | 71.2 | 66.1 |
| A7 | 25.84 | 244.9 | 85.7 | 71.3 |
| A8 | 25.57 | 146.8 | 50.6 | 38 |
| A9 | 27.18 | 237.4 | 89.4 | 78.3 |
| A10 | 27.4 | 209 | 79.7 | 61.9 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGT
CGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGC
AAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGC
CTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAA
TGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTG
CCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGgttagtcggctcttacccggcctggaggtcaatggggagagggtgaccttggtgggattggtggctat
tcttgcaagggttaataggagactttggcgcatctagacgtgcatctttctgtaatgttcttgcgtacctttatggaatggcaagggtgcaaaatggtgtttgattcatctgagaggcgaactatcattccattcgataccttgatgcactgctcattgtttctggcaaacgtttccgcagAGTCCGTGATGTGGATTTG
AAGCACGACTTCGCTTTTATTGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTG
CACATTGATCTGATTGCAGTAGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTG
TGGAGTTTGCAAGAGGGG
Intron 8 GTAAGTGTTC ... TTCTCTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.81 | 42 | 28.5 | 12 |
| A2 | 23.5 | 79.5 | 16 | 33 |
| A3 | 16.68 | 60.5 | 11 | 13.5 |
| A4 | 26.81 | 38.5 | 15.5 | 12.5 |
| A5 | 33.12 | 34 | 21.5 | 11.5 |
| A6 | 14.15 | 193.5 | 26 | 37.5 |
| A7 | 13.3 | 205 | 23.5 | 40.5 |
| A8 | 13.24 | 106.5 | 18 | 14 |
| A9 | 14.2 | 189.5 | 22 | 40.5 |
| A10 | 13.2 | 152 | 21 | 25 |
>TRINITY_DN105183_c1_g2_i10 from sample A5 / Example spliced isoformGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGTCGGTGTTCA
ACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACTCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTT
AATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCG
CTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGG
GCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTA
CAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAAC
GAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCT
GGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATT
GATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGC
>TRINITY_DN105183_c1_g2_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:GGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGTCGGTGTTCA
ACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACTCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTTTCTTTCACTGTTG
TTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAACACGGACACACTT
GGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCAATGGGTTAGTCTG
TTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTTCACTGTTTCTGTG
CCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTAC
CTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTgtaagtgttcaaaaccatatccaatgtctttgaaatttcttatggat
actgcataaatgtattttgtggatgtgtggctgtatgatatgcatgttatctttttaaaaacgtcctgtagaccaatattttagtctatatttaaataattcataaatgaatgattttatatctgcacattgatctgattgcagtagagcgaggtttttttttccacttttcaggctactttaatatctcttatcctggt
caattatgagtagtttttccatgttttaccctttgtttctctctagGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTAATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGAC
TTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATAGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCT
GGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGTACGTTTTAGTACTATTTTTCGGCCCGTGTCTGTGGGCTTCAACTTCCTGTGC
ACTAACAAAAATGCATTTTAAAAACAATTAATATTTGTGGGCTTTAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGGTTTCCATGATAAATACTACTTTGCTTACTCTCTGTGTTTGGGAAAATTTGTTT
TTGCTGTCTTTGATAAAAGTCATCTGAATTCTTTTAAATGGACCTAATGTAAACTTTTGTTTTGTTAATATCAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGA
TGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATG
TAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAA
GTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGC
Intron 9 GTACGTTTTA ... TGGGCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.6 | 150.1 | 38.9 | 20.5 |
| A2 | 23.11 | 142.9 | 42.9 | 24.1 |
| A3 | 13.7 | 176.4 | 28 | 11.8 |
| A4 | 24.64 | 97.9 | 32 | 10.1 |
| A5 | 21.94 | 99.6 | 28 | 12.4 |
| A6 | 12.42 | 687.8 | 97.5 | 29.3 |
| A7 | 15.08 | 593.9 | 105.5 | 30.3 |
| A8 | 14.81 | 460.1 | 80 | 20.3 |
| A9 | 14.83 | 539.1 | 93.9 | 26.4 |
| A10 | 14.77 | 478.3 | 82.8 | 22.3 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTG
CCGTCGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGATTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTT
TCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTATTGCATTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAA
CACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGTGGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCA
ATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCCAAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTT
CACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGAGACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAA
TGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAA
GATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTAT
CGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACG
TACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAAGTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACC
GTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGAGACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATA
TTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATAAATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTA
CATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATGTTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGG
TTGTAAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTTTTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATG
TGGTTTTTGATGCCTTTTTATAAGGCGGCCGACTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAG
GCCCTTATTATCTAGAAAAG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTTTGGTGTGTCTAGATGGAACTGTGTAGGACTTTTGGGTGTATATTAGGATTTGTCAGTTTTAAGGTTTCGTGTATGTACACCTGGATTGGATCGATGCCAAGATCATCAGGACAATGCTCTTCACCACTTAGACTCGCGTTGAATTAGTATGGCTACTTGTAGATCTCACATCCTCTTCGTGTCTGCATATGGCGTT
ACAGCCTATGCCATGTGTTTTTTATAGTGGTGCAGAAGTCAGGTTTTCTAAGCAATAGATCTATACATGTGTTAGTCTCTTCCCCCAGACAGAACTGATTCTGTAACTTTAAGGAGTTGAATTGATCTTTTTCTACTCGTTGGCTTTCAAGCTATCTGTCTGCTCTTGTTAAGATTTGATCTAGACTTGCTACTTTCTGG
TTGTCTTTGCTTATTTGATACTGAAATTAGTGAAGAATATGAATCATTCCTATTTCAGATGAGCGAAATGTTGTCTTCCTAGAGCTAGTCTATATCAGCAATTCTCTTCAAAGGTCCTGATTTTTTTTTGTCAGTCTTCTTTATGGAAAAGAATAAATCCTATCAAAATGTTCAATGTTATGAGTTATCCCTGAAGCTGG
ATCAACTGATTGTTCAAACCCTTTGGGTCGTTTTATCTGAGGAAATGTTCATGGGAAACCTAAAGGGATGTGTCCCCTAGTCAGCCTCATCCATCAGGATTCAAATGGGTCACCAAGTGTAGACTAGTGAGCCTTACCCATGGGATTCAAATGGGGCACTTGCTGACACAGCACCATATATCAATATTTTTTTTCCTAAT
ATGGCTGGGATATATTACTTATAGAGAGCACGTATATCTGGTTTTTTGAAGGACACACAGCAATTAGTTTTTGGTTTAATAACTTGTTATGCTCTTTGTGATACAAATGTCTTAAAAAGTAAAATGAAAGGTTATTATAATTATATAAAATAATGTAGAGATTTAATTTAAACCCTTGGAAGTAGTCTTTTCGAAAACTG
AACCCCTGCTTATTGACCTAGACTCATTCTCACTTTATAAATGGTAGATATTGATTGTAGACATCATCATCTTATGTCGTATTTTTCTTGGTCCATCACATCATAATATTAATAACTGGAATAGCTCTATATAGTATAAAGTCTATCTTGTAGTTTCGAGTGGATAATGCATTTGATCTTTCCATCAATAGAAAGAAAAA
TAGAAGCAAGCGGGGAAAACATTTAAGGATCTCTTGTATTTAAGGATATATTTGGTGTAAGATCTCTTGTATTTGTGCTGTGACATTTTAGTTTTGTTTTATTGGGATAATATGTTAGGTTGTTAGAATTCATAGGTTTTAACATTTTCCTGGCTTTGGACATTTTCCTGGCATTTATTAAAATTTGCAGTGAACTTTGA
TATATGTTTGGCTTATGTTTCCTGTGGCTGATACTGGTTTTCCCGTTGTAGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGGTGAGGATCTTTTCAACAGATCTTTTTAACTGA
TTTTATTGTTTGTATACCTCTTGGGCATTTCCTTTTCTTTCACTGTTGTTGCTAATTTAGGGTTGCCAAATCATGTTTTCATCTGTTTATTATTATTTGGTTGGGCTGTGCCTCACCTATTTTGCCCTTTATCAGAGTATGGTCTGCAATTCCCTGCTTTTTTGTCGACCTTTCCTATTTTTGTTGAGTGTTGTATTGCA
TTTGATTTTTTGTTTTTGTTGTGGGTTACCATGAACACGGACACACTTGGCTTTTATTCTCCTTTGAAGACATTCTTGTTCTAGGGCCATACTTATTTCATCCTTGGCTGGGGGTTATGGAGTGCTTGTGGTATTATGGGTATATGGGAAACTAATTTTCTCTCCCTGTTCTCAGGCAGTGGGGGGTTGTATTGGGTGGT
GGCAGCATTTTCATCTATGCTTCTTTTATGCTGCAATGGGTTAGTCTGTTAAATGTTTTGATCCTCCCATGTTTTGTAGAGAATGGTAGGTCTAAGCCAAGTCATGGGTTTCCCTGGTGGGATATTGTCTGCTGTAATGGGTTACTCTGTTTTGTTTCCTTCAAGGTTGAAGGAGATGGGGTGGGATGGGGGTCTTAGCC
AAGCCATGGATTTCCTTCTTGTTGGGATATTGTTTCACTGTTTCTGTGCCTTTTAGCTCTCTGAGGAAGTTCCAGCCCAAGTTGCGTGTTAACTTGAATGATGTTGTTGAAGGTTAGTCGGCTCTTACCCGGCCTGGAGGTCAATGGGGAGAGGGTGACCTTGGTGGGATTGGTGGCTATTCTTGCAAGGGTTAATAGGA
GACTTTGGCGCATCTAGACGTGCATCTTTCTGTAATGTTCTTGCGTACCTTTATGGAATGGCAAGGGTGCAAAATGGTGTTTGATTCATCTGAGAGGCGAACTATCATTCCATTCGATACCTTGATGCACTGCTCATTGTTTCTGGCAAACGTTTCCGCAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTAT
TGTAAGTGTTCAAAACCATATCCAATGTCTTTGAAATTTCTTATGGATACTGCATAAATGTATTTTGTGGATGTGGCTGTATGATATGCATGTTATCTTTTTAAAAACAATTTAATTGTCCTGTAGACCAATATTTTAGTCTATATTTAAATAATTCATAAATGAATGATTTTATATCTGCACATTGATCTGATTGCAGT
AGAGCGAGGTTTTTTTTTCCACTTTTCAGGCTACTTTAATATCTCTTATCCTGGTCAATTATGAGTAGTTCTTCCATGTTTTACCCTTTGTTTCTCTCTAGGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGTA
ATGTTGTTGAATTCTGTTGTCTGTGTTTACTTGGATTCCATCTTTTATACGTGACTTCTGGGCCTGAGAGTTTCAATGTTTGATTTTTAGCCAGGAAAAATGACCTTTGCAAGTTATTTGTGGTTGTTTATGCCTAATTTTGATCATTGTTGTATTCCTCCAACTGATTTATATATAATTTTTTCTTACTTTACTTTATA
GGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCA
GgtacgttttagtactatttttcggcccgtgtctgtgggcttcaacttcctgtgcactaacaaaaatgcattttaaaaacaattaatatttgtgggctttagGCGTGAGCGGTCTGCTTCAAGATCACCTTCTAGGTCGTTGTCGCGTCGTCGTGGAAGAAGCCGCAGTGCAAGCTACAACAGCAGAAGTCGTAGCTACA
GGTTTCCATGATAAATACTACTTTGCTTATTCAGTGTGTTCGGGAAAATTTGTTTTTGCTGTCTTTGATAAAAGTCATCTGAATTCTTTTAAATGGACCTAATGTAAACTTTTGTTTTGTTAATATCAGTCGAAGTCGATCCCCCAGATCACCGAGGGTGGATGGACGTACTGCAGTTCAGGATGAAAGAAAATCAAGAA
GTCGAAGTTACAGCCACAGTCCTAGGAGGGCAAGGAGACAAAGTCCAGCAATTGATGATCGTAGGAGCAGCAGTCCTTCAGCTGACAATGCAAGTGGCCAGAGGGGCAGTAGGTATAGTCCGAAACGAAACACTCGCAGGAGTGACAGTCCACCTTTAGACACTGACCGTGTATCAAGGGACATTGCCAGTCCTCGAGGA
GACAGTCCTGGAAGGTCCCAAAGTCCAGCTGCAAACGGCAAGCCCAGTCGTGATGTAAGCCCAGATACTATGAAAAATCAAAGCCCAAGCCCTATGAGAGATTCATCTGCTTTCAGAGAGAGCCCTGGAACTAGTTCTTGAATTGCTATAGGCATCTATTTCGAAATATTGTTATTCCGGTAAAAGATATGTTTTTCATA
AATTGGCTTTCAGTATGCCTTTTGGAACCACAACAAAAGGATTAAACGATTTTAAGTTCAATTGTCTAAGAGCGATTTCTGCAATCAGATGAGAGTGCCGTTGTGGCATGAAATTTCAAATTAATTGATCTAGGATTGCAGGTTGGATAATCATTTGAGATGATGTTACATGACACACAATATGTGAAATAACTCAAATG
TTTATATTGTCAGAACCTCTTTGTCTCTTAAATTTTTTCAGTTACTGGCTTTTATCATGGTCCATTTAATCACACGATGCTGGATGTTAGCAGGGGAGTGATTGCCAGTGTTTATTTGATTCAGATTATTTAGTATATTGATTTTTACTTTTTCCTTAAAATGTTAGGTTGTAAAAATGAAAATATACCGAATCCGTTTT
TTCAAACAAGACTGATGGCAGTCTAGGGTTGAAACTTCAAATAGCTTTATTTCATTGTTTCGCAGAATAGGTTTTTGTTTTCTATGTAGTAATGCTGCATCGATTATTGTATTGTTGTTTTAGTTGACGGTTGTTTATTAAAACTTGTTCTGAAGTCAGGTTTGCATGTGGTTTTTGATGCCTTTTTATAAGGCGGCCGA
CTGATGGAACATGCTATCTTTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCATGCTATCTCTTGTGTTTCTGTTGACCCAACAAAAAGGGGATCGATAGTTCCTCTCTTTGTTTTGCTTTAACAATAGTCGTACTTTTGGGGATATTTTGAAAGCATGAGGGGAAGGCCCTTATTATCTAGAAAAG
Intron 10 GTATCTTTTA ... ACCTATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.86 | 74 | 19 | 20 |
| A2 | 19.55 | 72 | 26 | 9 |
| A3 | 21.65 | 38 | 16 | 5 |
| A4 | 11.39 | 35 | 7 | 2 |
| A5 | 18.37 | 20 | 5 | 4 |
| A6 | 14.84 | 264 | 50 | 42 |
| A7 | 14.48 | 387 | 67 | 64 |
| A8 | 16.83 | 462 | 99 | 88 |
| A9 | 15.21 | 329 | 51 | 67 |
| A10 | 15.02 | 266 | 47 | 47 |
>TRINITY_DN39979_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoformGTAGTCTTTACATAGGTTTATATCCTATTTACAACAATTTTCTCAACACTCTTTGAGTTAATAATTTTGGTAGTATTCAAAGGAGCCCAGTTATTCTTGTCATGCAGATGAAGCAAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGATTCATTCTTGTGGAGTTTATAAGATGGGGACCACATGGAGTTGGTTGAA
CTTGAGAATATCTAGGAAGGGGCCCTCCACTTGGGTCTCGGAAGTGCTTCAAATGTGGGAATGATGGCCATTGGGATTAATACGGTAAAGATGGGGATTGGAAAATCCAAAATCAACCAGCAGGGACCATGTGGAGTTGGTCGAACTTGAGAATATCTGGGAAGGGGCCTTCCACTTGGGTCTGAGCGATGCTTCAATTG
TGGGAAATATGGCCATTGGGCTCAAGACTGTAAATCCGAGGATTGGAAAAATAAATGTTATCATTGTGGTGAGTGGGTTCATATGGAAATAAATTTTCAAAATAGTCCAAAATCAACTAGCAGGTATGTCTTAGTACTTGTGTTTGGGCCGTGTCTGTGATCTCCATCTTCCTATGAACAAACAAAAATGTTTTTATTTT
ATTTAAATCCACAGGTTAAGCTTGATTCATAATGCATTGATGATTCATTTGGAAAACACTATTGTAATAAAGGTTGATAATATATATTGGTGTATTAATGTGCATGACTTGAAAATAATATATATTGGTGAGCTTGAAGAATGGGATAATATGTTGGTGGATATTGTTAGGTTTGCTCATTTACGGCTATCTCAGGATCA
TAAAGCATAGAAATAAAGGTTTGTCCTTGTGAATGAAGCTTTAGAAGCACATGCTCATCTCTATAGAATCCCTTGTTGGACAGAAAAGCAGAGCTCTTTCCATGCTGAAAGGTTTCTACAATTCTAACTGGTAAGTTGTTTCTTTGAGGGAGATTTCTTGACCAACCACTTATTCATTTTTTCCTA
>TRINITY_DN39979_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTTGGTTGAACTTGAGAATATCTAGGAAGGGGCCCTCCACTTGGGTCTCGGAAGTGCTTCAAATGTGGGAATGATGGCCATTGGGATTAATACGGTAAAGATGGGGATTGGAAAATCCAAAATCAACCAGCAGgtatcttttagtacttgtgtttgggccacgtttatgagccccatcttctggcccagagagtttgcat
ttttgcaagtttaatttttatccatgaaaaattaccttagcaagatatttgtggttgtttatacctaattttgatcattgttggattccttcagttgatttatatatcatgttttattacttacctatatagGGACCATGTGGAGTTGGTCGAACTTGAGAATATCTGGGAAGGGGCCTTCCACTTGGGTCTGAGCGATG
CTTCAATTGTGGGAAATATGGCCATTGGGCTCAAGACTGTAAATCCGAGGATTGGAAAAATAAATGTTATCATTGTGGTGAGTGGGTTCATATGGAAATAAATTTTCAAAATAGTCCAAAATCAACTAGCAGGTATGTCTTAGTACTTGTGTTTGGGCCGTGTCTGTGATCTCCATCTTCCTATGAACAAACAAAAATGT
TTTTATTTTATTTAAATCCACAGGTTAAGCTTGATTCATAATGCATTGATGATTCATTTGGAAAACACTATTGTAATAAAGGTTGATAATATATATTGGTGTATTAATGTGCATGACTTGAAAATAATATATATTGGTGAGCTTGAAGAATGGGATAATATGTTGGTGGATATTGTTAGGTTTGCTCATTTACGGCTATC
TCAGGATCATAAAGCATAGAAATAAAGGTTTGTCCTTGTGAATGAAGCTTTAGAAGCACATGCTCATCTCTATAGAATCCCTTGTTGGACAGAAAAGCAGAGCTCTTTCCATGCTGAAAGGTTTCTACAATTCTAACTGGTAAGTTGTTTCTTTGAGGGAGATTTCTTGACCAACCACTTATTCATTTTTTCCTA
Intron 11 GTAATGTTGT ... TACTTTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.19 | 118.9 | 18.1 | 44.4 |
| A2 | 32.58 | 129.2 | 31.1 | 62.4 |
| A3 | 26.97 | 158 | 21.5 | 58.3 |
| A4 | 25.42 | 73.4 | 13.3 | 25 |
| A5 | 29.6 | 64.3 | 17.8 | 27 |
| A6 | 27.82 | 408.5 | 38.6 | 157.3 |
| A7 | 24.01 | 434 | 44.3 | 137 |
| A8 | 28.2 | 291.5 | 21.8 | 114.4 |
| A9 | 27.4 | 386.5 | 43.1 | 145.7 |
| A10 | 24.66 | 341.7 | 37 | 111.8 |
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGT
CGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGC
AAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAATGTT
ATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGG
>TRINITY_DN116991_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCAAATGGGGGTCGGTACGTTAACCACGGTATGATAAAAATCACTAGTCGAGGAGAATTCACCGATATACAATATATATATATCGAGATCGAGATATACACATTATTATCTATACCAATCTTTAAGCCTTTCTCGAACACAGAAGGACGCGAAGAAGAGCGAAGCAGGAACTTGGTTGCATTTTCGCAAAGTTGCCGT
CGGTGTTCAACGTGATTGAAAATGCCACGCTATGATGACCGTTCTGGAAACACACGGCTCTATGTTGGCCGACTCTCTTCTCGCACCCGTACACGTGATCTTGAGGATCTTTTCAACAGATATGGAAGAGTCCGTGATGTGGATTTGAAGCACGACTTCGCTTTTATTGAATTTAGTGATCCTCGTGATGCGGACGAAGC
AAGATACTATCTTAATGGAAGAGATCTGGATGGGAGCCGCATTGTTGTGGAGTTTGCAAGAGGGgtaatgttgttgaattctgttgtctgtgtttacttggattccatcttttatacgtgacttctgggcctgagagtttcaatgtttgatttttagccaggaaaaatgacctttgcaagttatttgtggttgtttatgc
ctaattttgatcattgttgtattcctccaactgatttatatataattttttcttactttactttatagGGACCACGTGGAGCTGGTCGAACTAGAGAATATCTAGGACGCGGCCCTCCACCTGGGTCTGGTCGGTGCTTCAATTGTGGGAATGATGGCCATTGGGCTCGAGACTGTAAAGCTGGGGATTGGAAAAATAAA
TGTTATCGCTGTGGTGAGAGGGGTCATATTGAAAGAAACTGTCAAAACAGTCCAAAATCAACCGGCAGG