NA ----> NA


Intron 1 GTTGGCAAGA ... TTGTTTCCAG

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>TRINITY_DN124338_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform
AAAGACCTTGAAAGGTCATGCAAAGATCGTGATTCCCAGTAGTTGACAGGGGAACTCTCGAAGACACGGAGCTTCTTGTCGCTACCTCGTGGCAACTGGTAAATGGGTGAAAGAAGCGACCAACGAAGACAGAGGCGGGAGGATAGGGCAGGGCAGAGCAGACGGTAAGATTAAGATTAAGAGAGGGTCTGACCTCCTCT
ACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATAATTTGTTCGACACAAATGGGACACAACTACAAGTT
TCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAACAGAGCTGGAGAGTGGATCGAAGTGAGAAAGATGG
ATCATCAAGGGAAAATACAAGTGGGACTTCTGCAAGCCAATCACTTGCAGCTTCTTCACAGATGGGTACAACAGCATCACAACAAACCCCAGGGATGCGGAATCAAATGGCTATGATGCAGAAGCAGTTAGCTGCATTTCGTACAACCATGTCAAGTGCAGTGCAAGTCCGTGGGGTGACTTCTATGGTGTCTGGAGAGG
GTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGCTCCAGAGGCATATTCGATCAGGAAAGGGACAGGAT
ACAAGATCAGTTCCAAGTGGAACATTCCATACAGCAGGCATTGCAGAGTCAACAACTATGAGTAGCAGGGGGCAAATTTCTGTCAGTCCTACATTTTGTAAGTTAACAGAAGGTGCACCTGTTAAAGAAATTAATGAAGAAAAACAGAAAGTCCCAAAGGTTATATTGCAAGAATCTGAACCCAGTTTGAAGGTTAGTAC
AAGTAGTCTACAACAGCAAGGGTGGCAGATGTCAAATGCTGATATTATTGATCATAGTACAAAGGATGGTTCCAGCAATGGGGTTCCTACAAGGGAATCGCATGCTGCATGTTCCAAAAGATCAGTTGCAAAAGGTAACCCTTCAGGGCAGAAACATCTAAAATCTGCTGTGAGTATCAATGAAGAACACAAAAGAGCTA
CTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCTTAAAAGGGGAAGGAAGTAAGAAACGTAAGTTGGAG
GATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCACACATGAAATTTCAAGAGATTGGGAAACAGGCTTT
GAATAAAACAGTTAAAGTTGCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCAAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCATGCATATAACTCCTGCGGAACCTGTTTGTCAAAATA
AAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACGGTCTATTACGGGATGTGAGTATCTCTATGCAAGAT
TTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAAAGGTTGTCTGCTCAAATTCGTGCTCTTGGAATGAG
AGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAGCGAACTGTTACAAGCTCAATGATCATGGCTTGGATGTGGATTATGCTGTTACGT
CTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACCAAGTCTGTGTTTCATGTGAACCTGAAGTATTTCAG
ATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACCAGAGTTGTTGAAGCTTTCTGGGACAATGGAAATATGGAAGCATTGTGATCATAG
TTCGGAAAAAAAGAATCATTTGGACAGTGTTAAAGGTACTTCAGTGGAAAATGATGGAAACTGTGGACTTGTACAAAGATTGCCTGTCACCTCTGAAATTTTGTCAGATGAGAAAAGGTCAGCTCTGATTCATTGTTCTTATCATGATACCATGAATATCTCTTTACCTAACCGTTTGCCTCAGAGGAGAGAACTCATTG
ACCAATCTCCACATTCTGAGCTTGGTACTGATGGTGCATTAGCTTCAAAGGAGCATCTGGTTTCAGATTCTATACCTCCAACAGAAAAAACCAAAGCAGAGATCAGTGCAAGTCCAGGTGTAGTAACAAGTACAGAATCATTTCATAGTCAGAATGATGATCATGAGGAATATGCCATTCAATTAACAGGAAAACATCGA
CCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAACTCCCTTGCTAGCAGTATAGAGTGTCAAAAGATCAATGTTAAGAGATTTACCAC
ACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAACATCAGGTCACTTTGGCGGAAACACAAAATGCGAACAGCTTGAGCTGTCTGATT
TTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAATATCCTCTGAGACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAACTATTTTGAAGACGCTAGTAGT
CAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACA
CAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTA
ATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGTATCGAATTGGGCCA
CATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTTCTACCTTCAGACATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAACAGTCGACTTCCTACTTGTTT
ATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAATCAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTAATCCAAACTCTGTGGCTGTGT
GGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTTCAAATTGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGCCAGAATGTATGTGCTGATGAA
AATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGAAAATTATGGCAAAGGGCAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCCATATTTGAGAAAGCTGGATGC
TTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAGAAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTCTCAGTGAATGTTATACTCATG
ATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTATAGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCACACTGTGGAGATGACACAGCA
GGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAGCAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTATTTCCTTGAAGGGTGCAGGTTA
TCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAATTGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATGCCAAAGAAGCTCAAAGTGCTG
TGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGATTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGAATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGCCATTATCACGAGCT
TTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAAAAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCACCAGCTAATCTCAA
CTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCACAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCCCTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTATTCTTGAAGAGTTTT
ACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGATTGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATGACGTCTTGGTTGAAGTCTCCT
GACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGATAAGATTATGATGGTGGTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAA


>TRINITY_DN124338_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAAGACCTTGAAAGGTCATGCAAAGATCGTGATTCCCAGTAGTTGACAGGGGAACTCTCGAAGACACGGAGCTTCTTGTCGCTACCTCGTGGCAACTGATAAATGAATGAAAGAAACGACCAACGAAGACAGAGGCGGGAGGATAGGGCAGGGCAGAGCAGACGGTAAGATTAAGATTAAGAGATTAAGATTAAGAGAGG
GTCTGACCTCCTCTACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATAATTTGTTCGACACAAATGGGA
CACAACTACAAGTTTCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAACAGAGCTGGAGAGTGGATCGA
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GGTGTCTGGAGAGGGTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGCTCCAGAGGCATATTCGATCAG
GAAAGGGACAGGATACAAGATCAGTTCCAAGTGGAACATTCCATACAGCAGGCATTGCAGAGTCAACAACTATGAGTAGCAGGGGGCAAATTTCTGTCAGTCCTACATTTTGTAAGTTAACAGAAGGTGCACCTGTTAAAGAAATTAATGAAGAAAAACAGAAAGTCCCAAAGGTTATATTGCAAGAATCTGAACCCAGT
TTGAAGGTTAGTACAAGTAGTCTACAACAGCAAGGGTGGCAGATGTCAAATGCTGATATTATTGATCATAGTACAAAGGATGGTTCCAGCAATGGGGTTCCTACAAGGGAATCGCATGCTGCATGTTCCAAAAGATCAGTTGCAAAAGGTAACCCTTCAGGGCAGAAACATCTAAAATCTGCTGTGAGTATCAATGAAGA
ACACAAAAGAGCTACTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCTTAAAAGGGGAAGGAAGTAAGA
AACGTAAGTTGGAGGATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCACACATGAAATTTCAAGAGATT
GGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAAGTTGCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCAAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCATGCATATAACTCCTGCGGAACC
TGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACGGTCTATTACGGGATGTGAGTA
TCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAAAGGTTGTCTGCTCAAATTCGT
GCTCTTGGAATGAGAGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAGCGAACTGTTACAAGCTCAATGATCATGGCTTGGATGTGGA
TTATGCTGTTACGTCTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACCAAGTCTGTGTTTCATGTGAAC
CTGAAGTATTTCAGATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACCAGAGTTGTTGAAGCTTTCTGGGACAATGGAAATATGGAAG
CATTGTGATCATAGTTCGGAAAAAAAGAATCATTTGGACAGTGTTAAAGGTACTTCAGTGGAAAATGATGGAAACTGTGGACTTGTACAAAGATTGCCTGTCACCTCTGAAATTTTGTCAGATGAGAAAAGGTCAGCTCTGATTCATTGTTCTTATCATGATACCATGAATATCTCTTTACCTAACCGTTTGCCTCAGAG
GAGAGAACTCATTGACCAATCTCCACATTCTGAGCTTGGTACTGATGGTGCATTAGCTTCAAAGGAGCATCTGGTTTCAGATTCTATACCTCCAACAGAAAAAACCAAAGCAGAGATCAGTGCAAGTCCAGGTGTAGTAACAAGTACAGAATCATTTCATAGTCAGAATGATGATCATGAGGAATATGCCATTCAATTAA
CAGGAAAACATCGACCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAACTCCCTTGCTAGCAGTATAGAGTGTCAAAAGATCAATGTT
AAGAGATTTACCACACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAACATCAGGTCACTTTGGCGGAAACACAAAATGCGAACAGCT
TGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAATATCCTCTGAGACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAACTATTTTG
AAGACGCTAGTAGTCAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGAT
ATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACT
AAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGT
ATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTTCTACCTTCAGACATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAACAGTCGA
CTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAATCAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTAATCCAAA
CTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTTCAAATTGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGCCAGAATG
TATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGAAAATTATGGCAAAGGGCAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCCATATTTG
AGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAGAAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTCTCAGTGA
ATGTTATACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTATAGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCACACTGTG
GAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAGCAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTATTTCCTTG
AAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAATTGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATGCCAAAGA
AGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGATTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGAATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGC
CATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAAAAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCA
CCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCACAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCCCTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTAT
TCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGATTGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATGACGTCTT
GGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGgttggcaagaaggttgtataatagcttgcctgttggtctagatgttggaaagagacaattcctaacacaattttcattatctcctttgtttccagATAAGATTATGATGGTGGTTCTGA
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TCTGGTGTTCCCCTGGCAAAGTTGGAATTGTAAATGCTAATGCATGTCTTTATTGTGTTTTTTTGTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCTACCTTGTTTTGGTAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTT
TATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTTTTCTAATAAAAGGTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATGCTTTAACAGACATAGAA
TGATGGTTGAAATTGGATGGTCAGGAGTATTTTAGTGGTAACTTACTGCCACTGGTAAACTTGTTATGCGATTTTATCATTTGGATTGTAC



Intron 2 GTGAGTTTTA ... GATCCTTAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN135101_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform
CCGCACTTCTCTGGAATGGTGAAAGACCTTGAAAGGTCATGCAAAGATCGTGATTCCCAGTAGTTGACAGGGGAACTCTCGAAGACACGGAGCTTCTTGTCGCTACCTCGTGGCAACTGATAAATGAATGAAAGAAACGACCAACGAAGACAGAGGCGGGAGGATAGGGCAGGGCAGAGCAGACGGTAAGATTAAGATTA
AGAGATTAAGATTAAGAGAGGGTCTGACCTCCTCTACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATA
ATTTGTTCGACACAAATGGGACACAACTACAAGTTTCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAA
CAGAGCTGGAGAGTGGATCGAAGTGAGAAAGATGGATCATCAAGGGAAAATACAAGTGGGACTTCTGCAAGCCAATCACTTGCAGCTTCTTCACAGATGGGTACAACAGCATCACAACAAACCCCAGGGATGCGGAATCAAATGGCTATGATGCAGAAGCAGTTAGCTGCATTTCGTACAACCATGTCAAGTGCAGTGCA
AGTCCGTGGGGTGACTTCTATGGTGTCTGGAGAGGGTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGC
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TTGCAAGAATCTGAACCCAGTTTGAAGGTTAGTACAAGTAGTCTACAACAGCAAGGGTGGCAGATGTCAAATGCTGATATTATTGATCATAGTACAAAGGATGGTTCCAGCAATGGGGTTCCTACAAGGGAATCGCATGCTGCATGTTCCAAAAGATCAGTTGCAAAAGGTAACCCTTCAGGGCAGAAACATCTAAAATC
TGCTGTGAGTATCAATGAAGAACACAAAAGAGCTACTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCT
TAAAAGGGGAAGGAAGTAAGAAACGTAAGTTGGAGGATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCA
CACATGAAATTTCAAGAGATTGGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAGGTTTCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCGAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCAT
GCATATAACTCCTGCGGAACCTGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACG
GTCTATTACGGGATGTGAGTATCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAA
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TGATCATGGCTTGGATGTGGATTATGCTGTTACGTCTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACC
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AATTTTGATGAAATTGGCTAATCCAGGCTGTAAAATTAGGTAGAAATTTTAACATTCCTAATCAGTAATCATTGGTTTTGACTTGAGTGAAAGGTAATTTTTTATTAAGGTCATGACGAATTACTCCAATAGTGAACACCACCAACAAAGGGGTCCATAGAGGGCTTGGTTCTTGTTATCACACCATAGTAGCAGGGTTA
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>TRINITY_DN135101_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
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AACAGCTTGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAAATTCCTCTGAGACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAAC
TATTTTGAAGACGCTAGTAGTCAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCC
TTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGG
AACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTG
CCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTGCTACCTTCAGACATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAA
CAGTCGACTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAATCAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTA
ATCCAAACTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTTCAAATTGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGC
CAGAATGTATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGAAAATTATGGCAAAGGGAAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCC
ATATTTGAGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAGAAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTC
TCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTATAGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCA
CACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAGCAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTAT
TTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAATTGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATG
CCAAAGAAGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGCTTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGAATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTT
GCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAAAAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGA
ACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCACAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCCCTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTG
ACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGATTGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATG
ACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTCCTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTG
GTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCTACCTTGTTTTGG
TAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTTTTCCAATTAAAG
GTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATTCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGTATGTTCAGAAGTATTTTAGTGGTAACTTACAGGTAAACATGTTATTCGATTTTATCATATTGATTGTACTACTAGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGGTTGTGCATCATAATATTGTGATAGTGCTT


>TRINITY_DN135101_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
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AGAGATTAAGATTAAGAGAGGGTCTGACCTCCTCTACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATA
ATTTGTTCGACACAAATGGGACACAACTACAAGTTTCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAA
CAGAGCTGGAGAGTGGATCGAAGTGAGAAAGATGGATCATCAAGGGAAAATACAAGTGGGACTTCTGCAAGCCAATCACTTGCAGCTTCTTCACAGATGGGTACAACAGCATCACAACAAACCCCAGGGATGCGGAATCAAATGGCTATGATGCAGAAGCAGTTAGCTGCATTTCGTACAACCATGTCAAGTGCAGTGCA
AGTCCGTGGGGTGACTTCTATGGTGTCTGGAGAGGGTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGC
TCCAGAGGCATATTCGATCAGGAAAGGGACAGGATACAAGATCAGTTCAAAGTGGAACATTCCATACAGCAGGCATTGCAGAGTCAACAACTATGAGTAGCAGGGGGCAAATTTCTGTCAGTCCTACATTTTGTAAGTTAACAGAAGGTGCACCTGTTAAAGAAATTAATGAAGAAAAACAGAAAGTCCCAAAGGTTATA
TTGCAAGAATCTGAACCCAGTTTGAAGGTTAGTACAAGTAGTCTACAACAGCAAGGGTGGCAGATGTCAAATGCTGATATTATTGATCATAGTACAAAGGATGGTTCCAGCAATGGGGTTCCTACAAGGGAATCGCATGCTGCATGTTCCAAAAGATCAGTTGCAAAAGGTAACCCTTCAGGGCAGAAACATCTAAAATC
TGCTGTGAGTATCAATGAAGAACACAAAAGAGCTACTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCT
TAAAAGGGGAAGGAAGTAAGAAACGTAAGTTGGAGGATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCA
CACATGAAATTTCAAGAGATTGGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAGGTTTCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCGAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCAT
GCATATAACTCCTGCGGAACCTGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACG
GTCTATTACGGGATGTGAGTATCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAA
AGGTTGTCTGCTCAAATTCGTGCTCTTGGAATGAGAGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAGCGAACTGTTACAAGCTCAA
TGATCATGGCTTGGATGTGGATTATGCTGTTACGTCTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACC
AAGTCTGTGTTTCATGTGAACCTGAAGTATTTCAGATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACCAGAGTTGTTGAAGCTTTCT
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ACCTAACCGTTTGCCTCAGAGGAGAGAACTCATTGACCAATCTCCACATTCTGAGCTTGGTACTGATGGTGCATTAGCTTCAAAGGAGCATCTGGTTTCAGATTCTATACCTCCAACAGAAAAAACCAAAGCAGAGATCAGTGCAAGTCCAGGTGTAGTAACAAGTACAGAATCATTTCATAGTCAGAATGATGATCATG
AGGAATATGCCATTCAATTAACAGGAAAACATCAACCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAACTCCCTTGCTAGCAGTATA
GAGTGTCAAAAGATCAATGTTAAGAGATTTACCACACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAACATCAGGTCACTTTGGCGG
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CAGTGAGCACAAACTATTTTGAAGACGCTAGTAGTCAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATC
ATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCC
TTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCT
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TCACAGCATTATGCCAGAATGTATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGAAAATTATGGCAAAGGGAAGTCAGAGTTTATCAGTATC
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>TRINITY_DN135101_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform
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AACAGCTTGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAAATTCCTCTGAGACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAAC
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TCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTATAGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCA
CACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAGCAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTAT
TTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAATTGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATG
CCAAAGAAGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGCTTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGAATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTT
GCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAAAAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGA
ACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCACAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCCCTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTG
ACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGATTGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATG
ACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTCCTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTG
GTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCTACCTTGTTTTGG
TAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTTTTCCAATTAAAG
GTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATTCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGTATGTTCAGAAGTATTTTAGTGGTAACTTACAGGTAAACATGTTATTCGATTTTATCATATTGATTGTACTACTAGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGGTTGTGCATCATAATATTGTGATAGTGCTT


>TRINITY_DN135101_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCGCACTTCTCTGGAATGGTGAAAGACCTTGAAAGGTCATGCAAAGATCGTGATTCCCAGTAGTTGACAGGGGAACTCTCGAAGACACGGAGCTTCTTGTCGCTACCTCGTGGCAACTGATAAATGAATGAAAGAAACGACCAACGAAGACAGAGGCGGGAGGATAGGGCAGGGCAGAGCAGACGGTAAGATTAAGATTA
AGAGATTAAGATTAAGAGAGGGTCTGACCTCCTCTACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATA
ATTTGTTCGACACAAATGGGACACAACTACAAGTTTCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAA
CAGAGCTGGAGAGTGGATCGAAGTGAGAAAGATGGATCATCAAGGGAAAATACAAGTGGGACTTCTGCAAGCCAATCACTTGCAGCTTCTTCACAGATGGGTACAACAGCATCACAACAAACCCCAGGGATGCGGAATCAAATGGCTATGATGCAGAAGCAGTTAGCTGCATTTCGTACAACCATGTCAAGTGCAGTGCA
AGTCCGTGGGGTGACTTCTATGGTGTCTGGAGAGGGTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGC
TCCAGAGGCATATTCGATCAGGAAAGGGACAGGATACAAGATCAGTTCAAAGTGGAACATTCCATACAGCAGGCATTGCAGAGTCAACAACTATGAGTAGCAGGGGGCAAATTTCTGTCAGTCCTACATTTTGTAAGTTAACAGAAGGTGCACCTGTTAAAGAAATTAATGAAGAAAAACAGAAAGTCCCAAAGGTTATA
TTGCAAGAATCTGAACCCAGTTTGAAGGTTAGTACAAGTAGTCTACAACAGCAAGGGTGGCAGATGTCAAATGCTGATATTATTGATCATAGTACAAAGGATGGTTCCAGCAATGGGGTTCCTACAAGGGAATCGCATGCTGCATGTTCCAAAAGATCAGTTGCAAAAGGTAACCCTTCAGGGCAGAAACATCTAAAATC
TGCTGTGAGTATCAATGAAGAACACAAAAGAGCTACTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCT
TAAAAGGGGAAGGAAGTAAGAAACGTAAGTTGGAGGATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCA
CACATGAAATTTCAAGAGATTGGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAGGTTTCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCGAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCAT
GCATATAACTCCTGCGGAACCTGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACG
GTCTATTACGGGATGTGAGTATCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAA
AGGTTGTCTGCTCAAATTCGTGCTCTTGGAATGAGAGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAGCGAACTGTTACAAGCTCAA
TGATCATGGCTTGGATGTGGATTATGCTGTTACGTCTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACC
AAGTCTGTGTTTCATGTGAACCTGAAGTATTTCAGATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACCAGAGTTGTTGAAGCTTTCT
GGGACAATGGAAATATGGAAGCATTGTGATCATAGTTCGGAAAAAAAGAATCATTTGGACAGTGTTAAAGGTACTTCAGTGGAAAATGATGGAAACTGTGGACTTGTACAAAGATTGCCTGTCACCTCTGAAATTTTGTCAGATGAGAAAAGGTCAGCTCTGATTCATTGTTCTTATCATGATACCATGAATATCTCTTT
ACCTAACCGTTTGCCTCAGAGGAGAGAACTCATTGACCAATCTCCACATTCTGAGCTTGGTACTGATGGTGCATTAGCTTCAAAGGAGCATCTGGTTTCAGATTCTATACCTCCAACAGAAAAAACCAAAGCAGAGATCAGTGCAAGTCCAGGTGTAGTAACAAGTACAGAATCATTTCATAGTCAGAATGATGATCATG
AGGAATATGCCATTCAATTAACAGGAAAACATCAACCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAACTCCCTTGCTAGCAGTATA
GAGTGTCAAAAGATCAATGTTAAGAGATTTACCACACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAACATCAGGTCACTTTGGCGG
AAACACAAAATGCGAACAGCTTGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGgtatggttatctataagcatttcaatgcaaacaataaaagaagatgttcattgaataagcattagatggatttcggctttgtgtgtgtagataggttaatgttttctgacaatattcttgtgagaagaatcgaaaagaacc
aaaacatagtttgtaccatcttgtctatatttactttctataatattaatgatcggttgaaaatgcttgtagTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAATATCCTCTGAG
ACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAACTATTTTGAAGACGCTAGTAGTCAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGT
CCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTATGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACT
ACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCAC
AGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTGCTACCTTCAGACATGCCCTGTTTACACAGTGCAGC
TGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAACAGTCGACTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAG



Intron 5 GTGAGTTTTA ... TTTTTCACAG

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>TRINITY_DN42851_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
TTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATT
GTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCA
GTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTTCTACCTTCAGA
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CAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTAATCCAAACTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTT
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AAATTATGGCAAAGGGCAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCCATATTTGAGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAG
AAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTCTCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTAT
AGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCACACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAG
CAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTATTTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAAT
TGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATGCCAAAGAAGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGCTTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGA
ATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAA
AAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCGCAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCC
CTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGAT
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CTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTGGTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGGGACTCTGTGCTGTTCGTCAAGCCGCTATGCTAGAG
GATTTTCTACATTTGCATATTCTTGGGCAGAGTACCTGAGTAGAAGCTGCCAGCTCATCTGGTGTTCCCCTGGCAAAGTTGGGATTGTAAATGCTAATGCATGTCTTTATTGTGTTTTTTTGTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCT
ACCTTGTTTTGGTAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTT
TTCTAATAAAAGGTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATGCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGGATGGTCAGGAGTATTTTAGTGGTAACTTACTGCCACTGGTAAACTTGTTATGCGATTTTATCATTTGGATTGTACTACTGGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGCTTGTGCATCATATAATATT
GTGGTAGTGCTTGCAGTTCTTCTGAACATGCATCATTATGGGC


>TRINITY_DN42851_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATT
GTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCA
GTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTTCTACCTTCAGA
CATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAACAGTCGACTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAAT
CAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTAATCCAAACTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTT
CAAATCGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGCCAGAATGTATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGA
AAATTATGGCAAAGGGCAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCCATATTTGAGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAG
AAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTCTCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTAT
AGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCACACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAG
CAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTATTTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAAT
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ATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAA
AAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCGCAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCC
CTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGAT
TGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATGACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTC
CTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTGGTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGgtgagttttaatcttcccttgggatccttaaggttt
ggatatttttggtgcagttgtccttaagtttccttccatgttccttatattgtgttgctgttatcataattttgttttctaccttttcactctttgtattattgatgagctgagtgcccacattgtggaggcatcttcgagtttgattcctattcaagtttttcacagGGACTCTGTGCTGTTCGTCAAGCCGCTATGCT
AGAGGATTTTCTACATTTGCATATTCTTGGGCAGAGTACCTGAGTAGAAGCTGCCAGCTCATCTGGTGTTCCCCTGGCAAAGTTGGGATTGTAAATGCTAATGCATGTCTTTATTGTGTTTTTTTGTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCA
GGCTACCTTGTTTTGGTAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACC
ATTTTTCTAATAAAAGGTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATGCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGGATGGTCAGGAGTATTTTAGTGGTAACTTACTGCCACTGGTAAACTTGTTATGCGATTTTATCATTTGGATTGTACTACTGGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGCTTGTGCATCATATAA
TATTGTGGTAGTGCTTGCAGTTCTTCTGAACATGCATCATTATGGGC



Intron 6 GTGAGTTTTA ... TTTTTTGTAG

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A1025.66421019



>TRINITY_DN42851_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform
TTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATT
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CAAATCGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGCCAGAATGTATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGA
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ATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAA
AAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCGCAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCC
CTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGAT
TGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATGACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTC
CTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTGGTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATG
CTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCTACCTTGTTTTGGTAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAG
AATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTTTTCTAATAAAAGGTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATGCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGGATGGTCAGGAGTATTTTAGTGGTAACTTACTGCCACTGGTAAACTTGTTATGCGATTTTATCATTTGGATTGTACTACTGGTAGTTCC
ATATTTTTATCATGTAAGGCTTGTGCATCATATAATATTGTGGTAGTGCTTGCAGTTCTTCTGAACATGCATCATTATGGGC


>TRINITY_DN42851_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCCTTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATT
GTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGGAACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCA
GTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTGCCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTTCTACCTTCAGA
CATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAACAGTCGACTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAAT
CAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTAATCCAAACTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTT
CAAATCGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGCCAGAATGTATGTGCTGATGAAAATCATGATAAATCAACTGGTCCATTTGTCCTGGACATTGTTTTGCAGATGCTTAATTTTCTATCTATGTCAGACTGCAAGCATAAAGCCATGACATGGATTGATGAACTCCTTTACTGTTCATCTGA
AAATTATGGCAAAGGGCAGTCAGAGTTTATCAGTATCTCCACTGTATTGCCATATTTGAGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAG
AAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTCTCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTAT
AGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCACACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAG
CAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTATTTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAAT
TGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATGCCAAAGAAGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGCTTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGA
ATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTTGCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAA
AAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGAACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCGCAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCC
CTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTGACATTATTCTTGAAGAGTTTTACCAGAAAGCATTGTCTGTCCATCCTTTCTCTATTACTTTGTGGCATTCTTTCCTTAACTTCCGTCAACACACTGATGATTTAGGAGGAGTGGTGGAAGCTGCAAAGCAGCGGGGTATTGTTCTTGAT
TGAATGGAATTCTTCAAGGTCGTCTGAAAAGATTTTGCTGAGATTGAGATGACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTC
CTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTGGTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGgtgagttttaatcttcccttgggatccttaaggttt
ggatatttttggtgcagttgtccttaagtttccttccatgttccttatattgtgttgctgttatcataattttgttttctaccttttcactctttgtattattgatgagctgagtgcccacattgtggaggcatcttcgagtttgattcctattcaagtttttcacagggactctgtgctgttcgtcaagccgctatgct
agaggattttctacatttgcatattcttgggcagagtacctgagtagaagctgccagctcatctggtgttcccctggcaaagttgggattgtaaatgctaatgcatgtctttattgtgtttttttgtagATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCA
GGCTACCTTGTTTTGGTAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACC
ATTTTTCTAATAAAAGGTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATGCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGGATGGTCAGGAGTATTTTAGTGGTAACTTACTGCCACTGGTAAACTTGTTATGCGATTTTATCATTTGGATTGTACTACTGGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGCTTGTGCATCATATAA
TATTGTGGTAGTGCTTGCAGTTCTTCTGAACATGCATCATTATGGGC



Intron 7 GTAAGTATCT ... TGCTCAATAG

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>TRINITY_DN135101_c0_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform
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AGAGAGGGTCTGACCTCCTCTACATTTTTTACTTGTCGAAGAAGTTCAGCGCAGAAGTCAATTTCGGCACTATGGACATTGAAGAACTCAGAGCAAGGGCCATGGCTTCTATGCCCAACAAGAAGCGGAAGAGAAAGCAGACGCCGCGGCACCCACACTCCTCTGGGAAATTTATTTCTACAAATAATTTGTTCGACACA
AATGGGACACAACTACAAGTTTCTAGTGCAGTATCTGTTCCATTATGTGGCCGTAAGGAAAAAGATGTCTTCTTATCCAGTTTACAAGATCTACACCCTGCTACTAGATCTCCTGCAGCAGAAGAGAAAGATGATAACCTTGTGATTAGATTCTCTGATGGAGATAGTGACAGTGAGGGTGACGAACAGAGCTGGAGAGT
GGATCGAAGTGAGAAAGATGGATCATCAAGGGAAAATACAAGTGGGACTTCTGCAAGCCAATCACTTGCAGCTTCTTCACAGATGGGTACAACAGCATCACAACAAACCCCAGGGATGCGGAATCAAATGGCTATGATGCAGAAGCAGTTAGCTGCATTTCGTACAACCATGTCAAGTGCAGTGCAAGTCCGTGGGGTGA
CTTCTATGGTGTCTGGAGAGGGTCCACCTCGGCTGTCATCCTGTAATAAAAAGCCTATTGTTGGCCACAATGGTTCAATTGGCCAGAAACATGCTTTCAAGCCTGGCTCATCTGTAACTAAACCCAGTGGCAGTGACTTGGAGAACTTACGAAAGCAAATTGCAACAAAAGAGAATGAATTGAAGCTCCAGAGGCATATT
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ATGAAGAACACAAAAGAGCTACTCATCCACTTACTGACTCGATTCAGGAACATTGTCCAAGAGCGGAAAATAATAGGCGCCCTGCTGAATTCAGCATGAGTATGCCTGCAGAAATATTAATACCATACAACCCTTCAAAGCGTGTAATTTCTGAGGATTTCGATCATACAAACAACTATAACTCCTTAAAAGGGGAAGGA
AGTAAGAAACGTAAGTTGGAGGATGTTAGTCCAGCAGGGGGTCAGTCTCTTTTTGGAAATCCATCTCAGGTGCATCAAAAACATAGTTCAGTTGAAGGTTTTGAACAAAAGGCTGATATTAGAAATTTGCAGACCACGTCAGTATTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGATTTTTGCTTGACAAAAGCACACATGAAATTTCA
AGAGATTGGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAGGTTTCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCGAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCTTCAATATCTCTCATAGCATGCATATAACTCCTG
CGGAACCTGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACAGGCAGTCATATCCAAGACGGTCTATTACGGGAT
GTGAGTATCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTATCTTCATCAGAAGAGGGAAAGGTTGTCTGCTCA
AATTCGTGCTCTTGGAATGAGAGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAGCGAACTGTTACAAGCTCAATGATCATGGCTTGG
ATGTGGATTATGCTGTTACGTCTTCAAGTAAGGATACCTTTCTATCCATTGAACAGAACTCCAATGGTACACTCTTAACTGCTGATATGGTTCCTAACACCACAAGAGAATTATGCATTGTTGACAAAAAAGCTGACCAAATAAAAATTGATGTCTCTGAATGTCAAGTTGTAGCTGAGCAAGACCAAGTCTGTGTTTCA
TGTGAACCTGAAGTATTTCAGATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACCAGAGTTGTTGAAGCTTTCTGGGACAATGGAAAT
ATGGAAGCATTGTGATCATAGTTCGGAAAAAAAGAATCATTTGGACAGTGTTAAAGGTACTTCAGTGGAAAATGATGGAAACTGTGGACTTGTACAAAGATTGCCTGTCACCTCTGAAATTTTGTCAGATGAGAAAAGGTCAGCTCTGATTCATTGTTCTTATCATGATACCATGAATATCTCTTTACCTAACCGTTTGC
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CAATTAACAGGAAAACATCAACCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAACTCCCTTGCTAGCAGTATAGAGTGTCAAAAGAT
CAATGTTAAGAGATTTACCACACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAACATCAGGTCACTTTGGCGGAAACACAAAATGCG
AACAGCTTGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTGTTCCAGGTGGATCTGTATCTTCTTGTATGGGTAATATGGAAGATCAAGACTACACACAACAGTGTGTACACAGTCTTACCTTAAGGCAAGGTGTTGCTCAAAAGACCCTTGAAGAAAATTCCTCTGAGACAAAGATCAAGGCAGTGAGCACAAAC
TATTTTGAAGACGCTAGTAGTCAATCACTTAAGGGTGATTTTTGGAACTCCTCATCAGAACTAAAGGTTGTATCTCACTATCCAAAGGATGTTCTCTCAACTGCACAGGGTATGTTAGCAAATGCTTCTGGGAAAAAGACACAACCCATTTTGCAGATTTCACCTGAACATGTCCCAAAGTTTATCATTTATGAGAGTCC
TTTAGATATGTTTAAGTCACACAGGATTTACGCTGATCTCATTACTGCAAATGGAGTGCCTGACAAATTAATTACTCGCAGCCATGTTATTAATCCCTTCTGGCCACTTTGTAATTTTGAGCATCGTGGGAAATGCAATAATGAGGATTGTCCATGGCAGCATGCTAAAGACTACAACCTAACTCCTTCTCAAGTTCTGG
AACAACTAAATAAGTACAGTAATGATGATATTGATGGTTCATTTGGACATCACGAGTTAAAAAGTCATGGAAATAAAGATTTGCAAGTATATAGTGAGGCAATTGGGTCTTCAAATTTTCCTTGTAGAACTATTGTAGAGCAATCTGCAGTGTCACAAAGCTTGTTGCATCACAGCACTAGCAGCTATGGGCTGAAAGTG
CCAGTGTATCGAATTGGGCCACATCTTTTAAAAGCAGATAGTCCTATGGTGGGTACCCTGATAGGTCGCGGCACATGGCGTTTTTGGAAATTGGGTTTCTGTCAGTCCTTCTCTATTCCGTTTGCCATTCAGAGACTGCTACCTTCAGACATGCCCTGTTTACACAGTGCAGCTGTTAGGGAGTGGATGCTTGGCAATAA
CAGTCGACTTCCTACTTGTTTATATACTTCTAGTGCAATTGGAAAACCAGATGATACACAGAAACACATTTTTCGAGGACTTGGTGATGTAGAATGCTGGCTGGAGTTAGCTATTGATTCAATGAACATTGACAGCAATATTGATAAATCAGATGGCAGGAAAAAAGCTTTGTATGTTTTATCACGAGCAATTGAGATTA
ATCCAAACTCTGTGGCTGTGTGGGTGGCATACCTTCATATCTTTTACAGAAAGGAGAAAGTGACAGGAACAGATGATATGTTTCATCATGCGGTGCAGCACAATAAATGTTCATATGAACTATGGCTTCTCTTTATAAATAGCCGGCTTCAAATTGATCAGAGATTGGAAGCTTACAAGTCTGCAATCACAGCATTATGC
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ATATTTGAGAAAGCTGGATGCTTGTGTACTTATGGTCTGTTGTACATATTTCAGAGTATATGGAAAGCTTCCTAAAGCTATTGTGGGGCGGCTTGAATTTGAGCAGGAATTACCTTTTGATGTTGTTTGGGATAATTGTCCACTTTCAGAAGTATCTAAAGATAATGCCGTGAAATTGATGGACTTTGCAGTTTCTAGTC
TCAGTGAATGTTGTACTCATGATTCTCTTGAGTCATGGAAGAATGATAAGGATGCTCTTTTAGCAGTGCATGCATTAGTTGTTAACCATGTTAAATTTGTGTCAGCATTTGAAGGATTGACAAGTGCACACAACCTCTGTTGCCGGTATAGAAAGCTCTACCCGACCTGCGTTGAACTTATCTCTTCTTGCATTGAATCA
CACTGTGGAGATGACACAGCAGGAATTAGTGTTTTTCAAGAGTCATTAATTAATTGGCCAGACAACAAACCTGGTATTCAGCGTCTTTGGAATCTGTTTGTCCATTATGCTTTAAAGTCTAAAGGTGTTGATTTTGCAAAGGATTTAAGCAACCAGTGGTTTTGTGATATGGACCAAAATAAAATGGTAGACAGCGTTAT
TTCCTTGAAGGGTGCAGGTTATCGTATGTTCAATCCTTCAGACAACACAGTGGATAAGCAGGGAGTGGAAGAATCCAAGGAGAAGAAGAAAGAAGCTCATCATTTTTTTGCAAGAACAGACATTGATCAGAGACGTTCGTCTCAGGAATTGATGTTTGGCCTATTAAATCTTGCAATGCATAGATTGCTGAATAATGATG
CCAAAGAAGCTCAAAGTGCTGTGGACCAAGCACTGAAGGTAGCTTCAGATGATAGAGATGTCAAGCATTGCATTAGAGGATATGCAGCACTAGCTTTCTTTGGTTTTCCTGAAGGCTTTGAAACAATAAAGAATGGTTTTGATACCAGAATGCTCCAAGTACTTGATAAGTGCTTCCAAGAATCTCAATTATTTCCTGTT
GCTAAGCCATTATCACGAGCTTTCTCTGAGAAGATCAAGAAGCCAAAAATTCGCCTTTTTATTGACAATCTCTTAGGTTCTATTCCTGTAGATTCTTCACTCTTGAACTCAGTTATAGATATTTGGTATGGGCCATCTCTTCTACCGAAAAAGTTCGGTGCATTGAAGAATTTAGTAGATTTTGTTGAAGGCCTTTTGGA
ACTTGCACCAGCTAATCTCAACTTGGTTCTCTCCATATCTAGGTTGATAGGTCAAAGATATAATTCACAGAGCATGTCTTCCACGGCTTCCCTTCTTTGGGCAAGTTCACTTTTGGTCAACTCTTTATTTCAGTCATTTCCTGTAGCCCCTGAAGATACCTGGATAGAAGTTGGGACTTTTCTAGGGCTTCTAGATATTG
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ACGTCTTGGTTGAAGTCTCCTGACTCACTAGTGGATAAAATTGCTTCTTTACCTTTTATTCCTTTGGGACATTTAGTGAAGAAAGCAGGTTGGCAAGAAGGTTGTATAATAGCTTGCCTGTTGGTCTAGATGTTGGAAAGAGACAATTCCTAACACAATTTTCGTTATCTCCTTTGTTTCCAGATAAGATTATGATGGTG
GTTCTGAGATTCTTTTAAGCAGTATGTAGTATCAGGAATGTTAATTTTGTATGAGGAGCTCCCTGGGAATTCATGGACAGCTTTATCCTGTGGTACTGAAAAAATTCTATTAGATGTCTGCTCATGTTGACAATGATGACTGAGTGATGCTGTGTATGATGGCAATTGGCACTTGTTGCCAGCAGGCTACCTTGTTTTGG
TAGGCAAGCAGGTAGTTGTACTATTTTGAAGTATTTTGTTAGCTTTATATGGTGATACTCTGCAAGTCTTTTTTCTTCTGCTCTTTGAGCAATGATGGCAGGTCAAATTAACTTTACGGCAAAAAGCTGTTCCGAACAGGACTATAGAGAATATGCGACAGGGATTCATATTTAACATGTAACCATTTTTCCAATTAAAG
GTTTATTTCAACATGGCACTCTTGAATTCTTTAACAGACATAGAATGATGGTTGAAATTGTATGTTCAGAAGTATTTTAGTGGTAACTTACAGGTAAACATGTTATTCGATTTTATCATATTGATTGTACTACTAGTAGTTCCATATTTTTATCATGTAAGGGTTGTGCATCATAATATTGTGATAGTGCTT


>TRINITY_DN135101_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GAAATTTGCAGACCACGTCAGTAgtaagtatctgtcagatttaaattccaactagaattaattgtatttataatttctctttataaagttttaagcaagtcatctttggaaatcttggtacttttgttaactatcagctttcttatattcaacattttattacattctgctcaatagTTTCCAGTACAGGAAAGTGAAGA
TTTTTGCTTGACAAAAGCACACATGAAATTTCAAGAGATTGGGAAACAGGCTTTGAATAAAACAGTTAAGGTTTCACATATCGAAGATGGTCTTCACAATTCTAAGTCAGATGTTGAGCGAACATTTGGGAATGACTTGATGGATGCTAAAGAATGCATTGATGGAACTGGTAGTTATCCATTCACTCAAGAGGATGGCT
TCAATATCTCTCATAGCATGCATATAACTCCTGCGGAACCTGTTTGTCAAAATAAAACTATTTTGGAAACCTCTGCTGATGTTCTTTGCAAAGGACCGGAGCAAGCACTAAAGAGTGGAGCTGATAGTATTGTCCCATCAAGGGATGTCGAATGGCAGGATATAAGAGGTCCTCTAAGCAACATCAACACAGGACTGACA
GGCAGTCATATCCAAGACGGTCTATTACGGGATGTGAGTATCTCTATGCAAGATTTGATGAAACAGGAGGAGATAATTGACAAAGATTTGGAAGAAGCACGGGCACATTGGAGTAGGTGTGAAATAGAAGAGCATCTGGCTTGGAAAGATTATAGGAAGGCAAGGGGGGCTGTTCAGGCTGCTAATCAAAGGTGTATTTA
TCTTCATCAGAAGAGGGAAAGGTTGTCTGCTCAAATTCGTGCTCTTGGAATGAGAGATTATACTTTAGAAGCTTCTCCAAAGGGACTTCATCAAAGCAAAGAAGGATTATCTTCTCCGCAATGCTTTACAGCTCATAAGGACTTAAGCAATTTCATCTATGATGCCTGTTCCAACCAGGATCAATTTGAGGCTTTGAAAG
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GTTGTAGCTGAGCAAGACCAAGTCTGTGTTTCATGTGAACCTGAAGTATTTCAGATGAAGATGAGACAGCAAACTAAAATGGAAGAGGAGAATGCTGCCAGGAGGGAATTAAAGGTGGAGATGACTGAGGCCTTTCAAAAAACTCAAAATTGCAGTAGTTCCTTGGAAAATCCTTCCAGTCGTGAGACTTCCTTAAGACC
AGAGTTGTTGAAGCTTTCTGGGACAATGGAAATATGGAAGCATTGTGATCATAGTTCGGAAAAAAAGAATCATTTGGACAGTGTTAAAGGTACTTCAGTGGAAAATGATGGAAACTGTGGACTTGTACAAAGATTGCCTGTCACCTCTGAAATTTTGTCAGATGAGAAAAGGTCAGCTCTGATTCATTGTTCTTATCATG
ATACCATGAATATCTCTTTACCTAACCGTTTGCCTCAGAGGAGAGAACTCATTGACCAATCTCCACATTCTGAGCTTGGTACTGATGGTGCATTAGCTTCAAAGGAGCATCTGGTTTCAGATTCTATACCTCCAACAGAAAAAACCAAAGCAGAGATCAGTGCAAGTCCAGGTGTAGTAACAAGTACAGAATCATTTCAT
AGTCAGAATGATGATCATGAGGAATATGCCATTCAATTAACAGGAAAACATCAACCATTTGCCTGTCATTCTTCTCAATCACCTGAAAGGCTGTGTGAAATGCCTGAAGAGGCTGTGGAGACAACAACTGTTCAACACTTGGGTAACACAATTGACAATGATATGCGGGTTGACAGTGTTGGTACTTGCCATAGTGACAA
CTCCCTTGCTAGCAGTATAGAGTGTCAAAAGATCAATGTTAAGAGATTTACCACACCTTCGTCCAGCATGATGTATAATAAGGATAAGTTTGAAGAAATGAATGAGGAGAAATCTCATTCTGGGAGCAGTGTGGATGAAGGTTGTGCCATAGAAAAAGAAAATACAGAAGTAGGGAGAAATTCTGATGAAGAACATACAA
CATCAGGTCACTTTGGCGGAAACACAAAATGCGAACAGCTTGAGCTGTCTGATTTTGCAGTTATTGCAGATTTAACTG