sp|Q6STH5|HF101_ARATH ----> Fe-S cluster assembly factor HCF101, chloroplastic

Intron 1 GTCCCATGTA ... CGCCAACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.89	4	5	6
A2	46.67	8	12	2
A3	61.11	7	12	10
A4	57.14	3	7	1
A5	60	2	2	4
A6	45.83	13	11	11
A7	47.37	10	3	15
A8	45.45	9	5	10
A9	55.56	12	15	15
A10	66.67	3	5	7

>TRINITY_DN32920_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAATTCCAATTTTACCACGTGTCTTACTAGAGGTGAGAAATTTCTCAAGCGGGTCCATTTAAAAAATCTGTGGGCGAGGGAGGGCGTGAGATGGCAGGAGAGGATGAGGTTGGATTATGAAGGATATCTGAAAACCAACCAAAATGACAACAGCAGTACAATCGAGTGAAATTAAGTGTGGACAGAGATAACACTAAC
ATTCAGTCCTCGAGCACTTTCGCTTGGTTTGTCCACCCAAAACATAGATGGAGGTCCAGGGCTTGCTAGGAGCTATTGACAAGGCACCCATCTGTTATCCAGCACCAACAAATGGTTCATATGCAGGTGAATACTTGAGGAAAATTGGCTTCATATCATGTTCAAAACATATACCATGTCAGCAAATTCAAAGCACTGTT
GTGGAAAGAAGAACGTTCAGTTCTCCATTGCCACGTCCAGTATCATGCAAGGCCACATCTACAAAAGCAGGACCTCCCACAAACATGCCAGTGGTAACTGCCAAAGATGATGTTCTGAGAGCATTATCTCAAATAATGGATCCTGATTTTGGGACCGACATTGTTTCCTGTGGGTTTGTAAAAGACTTGGTAGCTGATGA
AGCATCTGGAGAGGTTTCATTTAGACTGGAGTTAACAACACCTGCATGTCCAATCAAGGATATGTTTGAACAACAAGCTAATGAGATGGTGTCAGCAATACCTTGGGTAAGACAAGTTGATGTGACAATGTCTGCGCAACCTGCTAAGCCTGTTTTTATGGAGGATATGCCAAGTGGCCTGAAAGCTGTTTCAAACATAA
TTGCTGTTTCAAGTTGTAAGGGAGGTGTGGGTAAGTCAACTGTTGCTGTAAATCTAGCATATGCATTGGCGGGAATGGGAGCAAGAGTGGGCATATTCGATGCAGATGTTTATGGGCCAAGTTTGCCAACGATGGTTTCTCCAGAGAACCGTCTTTTGGAAATGGTTCCAGAGACACGATCCATAATTCCAACCGAATAT
CTAGGTGTAAAGCTGGTTTCATATGGATTTTCTGGCCAGGGCCGTGCTATTATGCGGGGACCAATGGTTTCTGGAGTCATTAATCAACTTCTCACTACAACTGAATGGGGAGAGCTAGATTATCTTTTGATTGACATGCCTCCTGGAACAGGTGACATACAATTGACTTTATGCCAGATTGTGCCTTTAACAGCAGCTGT
AATAGTCACAACTCCTCAAAAGTTGTCATTCATCGATGTTGCAAAGGGCGTACGAATGTTTTCAAAGCTTAAGTATCCACAGCAGTGACTTATGATAAAGAAATCAAGGTTATCAGAGTAAAAGTTCCAAGTTCAGATGAAGAATTCCTATTGCATCCTGCAACAGTGAGAAGGAATGATCGTTCAGCTCGAAGCATTGA
TGAATGGACAGGTGAACAAAAATTACAATACTCTGACGTGCCTGAAGACATAGAACCAGAAAGTATCAGGCCAATGGGAAATTATGCTGTCTCTATAACATGGTCGGATGGATTTGACCAGGTTGCACCTTATGACCAATTGCAACTTATAGAAAGACTAGTGGATGTCCCTAAACAAATTCCAGAGAAGGAAACCGATA
CTTTTGCAGCAGACAGTGCTTCCCAAAATCAGATGCAAGGAATCCCCTCTACAGTTGAGAGCAGAACTGGTGCAGACGCTATCTTGGAACATGCAAAGGCACTGAAGGGCATGAAATAAACCATTATATTGTTGTTTTCTTGTATGCATCAGTTGTATCATTATATTATCTTTTTCTCTTGCCACAATTTGTACCAAATA
TAGGAATCTGGTGCCAAGTTATTGTACAATATCTGTTAGCAGAAGTCATTATAATATATTATTATAGAAATAGTTCTCAGCTGGTACTTGGACAGATTGGTTCAAAAAATGTTTTGCTGCATTGACACGTCACAGCTCCAAGAGCAATGTCAACACGTCATTCAAGTTACAGCTAGCATTTGCAACATACTTATGTCTTA
CTGACCTATAACCAACCTCTTGAATTGAAGCTTGTTGAAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTAATCCGCGATTGTGTACATTTTGATGTATAATATCATATGGATGCTATGTAACCTGTGAGAATGTATGCATTGATTGAGAATTTACAGTTAGGTAGTGTTCCCATTCCATGGCGACACGTATATCATGTCGTAATTTTTTC
CCATTATGAAAAGGTGG

>TRINITY_DN32920_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAAAATTCCAATTTTACCACGTGTCTTACTAGAGGTGAGAAATTTCTCAAGCGGGTCCATTTAAAAAATCTGTGGGCGAGGGAGGGCGTGAGATGGCAGGAGAGGATGAGGTTGGATTATGAAGGATATCTGAAAACCAACCAAAATGACAACAGCAGTACAATCGAGTGAAATTAAGTGTGGACAGAGATAACACTAAC
ATTCAGTCCTCGAGCACTTTCGCTTGGTTTGTCCACCCAAAACATAGATGGAGGTCCAGGGCTTGCTAGGAGCTATTGACAAGGCACCCATCTGTTATCCAGCACCAACAAATGGTTCATATGCAGGTGAATACTTGAGGAAAATTGGCTTCATATCATGTTCAAAACATATACCATGTCAGCAAATTCAAAGCACTGTT
GTGGAAAGAAGAACGTTCAGTTCTCCATTGCCACGTCCAGTATCATGCAAGGCCACATCTACAAAAGCAGGACCTCCCACAAACATGCCAGTGGTAACTGCCAAAGATGATGTTCTGAGAGCATTATCTCAAATAATGGATCCTGATTTTGGGACCGACATTGTTTCCTGTGGGTTTGTAAAAGACTTGGTAGCTGATGA
AGCATCTGGAGAGGTTTCATTTAGACTGGAGTTAACAACACCTGCATGTCCAATCAAGGATATGTTTGAACAACAAGCTAATGAGATGGTGTCAGCAATACCTTGGGTAAGACAAGTTGATGTGACAATGTCTGCGCAACCTGCTAAGCCTGTTTTTATGGAGGATATGCCAAGTGGCCTGAAAGCTGTTTCAAACATAA
TTGCTGTTTCAAGTTGTAAGGGAGGTGTGGGTAAGTCAACTGTTGCTGTAAATCTAGCATATGCATTGGCGGGAATGGGAGCAAGAGTGGGCATATTCGATGCAGATGTTTATGGGCCAAGTTTGCCAACGATGGTTTCTCCAGAGAACCGTCTTTTGGAAATGGTTCCAGAGACACGATCCATAATTCCAACCGAATAT
CTAGGTGTAAAGCTGGTTTCATATGGATTTTCTGGCCAGGGCCGTGCTATTATGCGGGGACCAATGGTTTCTGGAGTCATTAATCAACTTCTCACTACAACTGAATGGGGAGAGCTAGATTATCTTTTGATTGACATGCCTCCTGGAACAGGTGACATACAATTGACTTTATGCCAGATTGTGCCTTTAACAGCAGCTGT
AATAGTCACAACTCCTCAAAAGTTGTCATTCATCGATGTTGCAAAGGGCGTACGAATGTTTTCAAAGCTTAAGgtcccatgtattgcggttgttgaaaacatgtgtcactttgatgctgatgggaaacgatattacccttttggtaaaggttcaggctcccaggtcgtccaacagtttggaattccatttctgtttgagc
taccaatcagacctgatctttctgcttctggagatagtgggagtcctgaagtggtcaacaagccacagggtgaagtagctaaaaccttctcagatattggtgcttgtgttgtgcagcagtgtgcaaagttgcgccaacaagTATCCACAGCAGTGACTTATGATAAAGAAATCAAGGTTATCAGAGTAAAAGTTCCAAGT
TCAGATGAAGAATTCCTATTGCATCCTGCAACAGTGAGAAGGAATGATCGTTCAGCTCGAAGCATTGATGAATGGACAGGTGAACAAAAATTACAATACTCTGACGTGCCTGAAGACATAGAACCAGAAAGTATCAGGCCAATGGGAAATTATGCTGTCTCTATAACATGGTCGGATGGATTTGACCAGGTTGCACCTTA
TGACCAATTGCAACTTATAGAAAGACTAGTGGATGTCCCTAAACAAATTCCAGAGAAGGAAACCGATACTTTTGCAGCAGACAGTGCTTCCCAAAATCAGATGCAAGGAATCCCCTCTACAGTTGAGAGCAGAACTGGTGCAGACGCTATCTTGGAACATGCAAAGGCACTGAAGGGCATGAAATAAACCATTATATTGT
TGTTTTCTTGTATGCATCAGTTGTATCATTATATTATCTTTTTCTCTTGCCACAATTTGTACCAAATATAGGAATCTGGTGCCAAGTTATTGTACAATATCTGTTAGCAGAAGTCATTATAATATATTATTATAGAAATAGTTCTCAGCTGGTACTTGGACAGATTGGTTCAAAAAATGTTTTGCTGCATTGACACGTCA
CAGCTCCAAGAGCAATGTCAACACGTCATTCAAGTTACAGCTAGCATTTGCAACATACTTATGTCTTACTGACCTATAACCAACCTCTTGAATTGAAGCTTGTTGAAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTAATCCGCGATTGTGTACATTTTGATGTATAATATCATATGGATGCTATGTAACCTGTGAGAATGTATGCATTG
ATTGAGAATTTACAGTTAGGTAGTGTTCCCATTCCATGGCGACACGTATATCATGTCGTAATTTTTTCCCATTATGAAAAGGTGG

Intron 2 GTTGATAACC ... ATTTGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36	8	3	6
A2	20	6	2	1
A3	14.29	6	1	1
A4	23.08	5	2	1
A5	42.86	4	2	4
A6	17.95	16	6	1
A7	20	2	0	1
A8	20	4	0	2
A9	-1	0	0	0
A10	0	9	0	0

>TRINITY_DN126610_c11_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GCGTGAGATGGCAGGAGAGGATGAGGTTGGATTATGAAGGATATCTGAAAACCAACCAAAATGACAACAGCAGTACAATCGAGTGAAATTAAGTGTGGACAGAGATAACACTAACATTCAGTCCTCGAGCACTTTCGCTTGGTTTGTCCACCCAAAACATAGATGGAGGTCCAGGGCTTGCTAGGAGCTATTGACAAGGC
ACCCATCTGTTATCCAGCACCAACAAATGGTTCATATGCAGGTGAATACTTGAGGAAAATTGGCTTCATATCATGTTCAAAACATATACCATGTCAGCAAATTCAAAGCACTGTTGTGGAAAGAAGAACGTTCAGTTCTCCATTGCCACGTCCAGTATCATGCAAGGCCACATCTACAAAAGCAGGACCTCCCACAAACA
TGCCAGTGGTAACTGCCAAAGATGATGTTCTGAGAGCATTATCTCAAATAATGGATCCTGATTTTGGGACCGACATTGTTTCCTGTGGGTTTGTAAAAGACTTGGTAGCTGATGAAGCATCTGGAGAGGTTTCATTTAGACTGGAGTTAACAACACCTGCATGTCCAATCAAGGATATGTTTGAACAACAAGCTAATGAG
ATGGTGTCAGCAATACCTTGGGTAAGACAAGTTGATGTGACAATGTCTGCGCAACCTGCTAAGCCTGTTTTTATGGAGGATATGCCAAGTGGCCTGAAAGCTGTTTCAAACATAATTGCTGTTTCAAGTTGTAAGGGAGGTGTGGGTAAGTCAACTGTTGCTGTAAATCTAGCATATGCATTGGCGGGAATGGGAGCAAG
AGTGGGCATATTCGATGCAGATGTTTATGGGCCAAGTTTGCCAACGATGGTTTCTCCAGAGAACCGTCTTTTGGAAATGGTTCCAGAGACACGATCCATAATTCCAACCGAATATCTAGGTGTAAAGCTGGTTTCATATGGATTTTCTGGCCAGGGCCGTGCTATTATGCGGGGACCAATGGTTTCTGGAGTCATTAATC
AACTTCTCACTACAACTGAATGGGGAGAGCTAGATTATCTTTTGATTGACATGCCTCCTGGAACAGGTGACATACAATTGACTTTATGCCAGATTGTGCCTTTAACAGCAGCTGTAATAGTCACAACTCCTCAAAAGTTGTCATTCATCGATGTTGCAAAGGGCGTACGAATGTTTTCAAAGCTTAAGGTCCCATGTATT
GCGGTTGTTGAAAACATGTGTCACTTTGATGCTGATGGGAAACGATATTACCCTTTTGGTAAAGGTTCAGGCTCCCAGGTCGTCCAACAGTTTGGAATTCCATTTCTGTTTGAGCTACCAATCAGACCTGATCTTTCTGCTTCTGGAGATAGTGGGAGTCCTGAAGTGGTCAACAAGCCACAGGGTGAAGTAGCTAAAAC
CTTCTCAGATATTGGTGCTTGTGTTGTGCAGCAGTGTGCAAAGTTGCGCCAACAAGTATCCACAGCAGTGACTTATGATAAAGAAATCAAGGTTATCAGAGTAAAAGTTCCAAGTTCAGATGAAGAATTCCTATTGCATCCTGCAACAGTGAGAAGGAATGATCGTTCAGCTCGAAGCATTGATGAATGGACAGGTGAAC
AAAAATTACAATACTCTGACGTGCCTGAAGACATAGAACCAGAAAGTATCAGGCCAATGGGAAATTATGCTGTCTCTATAACATGGTCGGATGGATTTGACCAGGTTGCACCTTATGACCAATTGCAACTTATAGAAAGGCTAGTGGATGTCCCTAAACAAATTCCAGAGAAGGAAACCGATACTTTTGCA

>TRINITY_DN126610_c11_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GCTCCATGTATATTATTGATGCATTATAGTTTCATTTCTGTACAATAATTTTTATGCAACTTATTTTTTCATTTGGTAAAGATGTGTTGATACTAATTCAATCTAGTTTTTGTGCAGGAACCAGAGATTCTCCGGCTCTCGCACACTGTCTTTGATTAACAAAATCAAGAGACCTCCCACAAACATGCCAGTGGTAACTG
CCAAAGATGATGTTCTGAGAGCATTATCTCAAATAATGGATCCTGATTTTGGGACCGACATTGTTTCCTGTGGGTTTGTAAAAGACTTGGTAGCTGATGAAGCATCTGGAGAGGTTTCATTTAGACTGGAGTTAACAACACCTGCATGTCCAATCAAGGATATGTTTGAACAACAAGCTAATGAGATGGTGTCAGCAATA
CCTTGGGTAAGACAAGTTGATGTGACAATGTCTGCGCAACCTGCTAAGCCTGTTTTTATGGAGGATATGCCAAGTGGCCTGAAAGCTGTTTCAAACATAATTGCTGTTTCAAGTTGTAAGGGAGGTGTGGGTAAGTCAACTGTTGCTGTAAATCTAGCATATGCATTGGCGGGAATGGGAGCAAGAGTGGGCATATTCGA
TGCAGATGTTTATGGGCCAAGTTTGCCAACGATGGTTTCTCCAGAGAACCGTCTTTTGGAAATGGTTCCAGAGACACGATCCATAATTCCAACCGAATATCTAGGTGTAAAGCTGGTTTCATATGGATTTTCTGGCCAGGGCCGTGCTATTATGCGGGGACCAATGGTTTCTGGAGTCATTAATCAACTTCTCACTACAA
CTGAATGGGGAGAGCTAGATTATCTTTTGATTGACATGCCTCCTGGAACAGGTGACATACAATTGACTTTATGCCAGATTGTGCCTTTAACAGCAGCTGTAATAGTCACAACTCCTCAAAAGTTGTCATTCATCGATGTTGCAAAGGGCGTACGAATGTTTTCAAAGCTTAAGGTCCCATGTATTGCGGTTGTTGAAAAC
ATGTGTCACTTTGATGCTGATGGGAAACGATATTACCCTTTTGGTAAAGGTTCAGGCTCCCAGgttgataaccatgttttattttaaattcctgtttgtcttttttaaatatttcataatcaatacttgcctaattgtcattagtttcgtccacatttgtgtagGTCGTCCAACAGTTTGGAATTCCATTTCTGTTTGAG
CTACCAATCAGACCTGATCTTTCTGCTTCTGGAGATAGTGGGAGTCCTGAAGTGGTCAACAAGCCACAGGGTGAAGTAGCTAAAACCTTCTCAGATATTGGTGCTTGTGTTGTGCAGCAGTGTGCAAAGTTGCGCCAACAAGTATCCACAGCAGTGACTTATGATAAAGAAATCAAGGTTATCAGAGTAAAAGTTCCAAG
TTCAGATGAAGAATTCCTATTGCATCCTGCAACAGTGAGAAGGAATGATCGTTCAGCTCGAAGCATTGATGAATGGACAGGTGAACAAAAATTACAATACTCTGACGTGCCTGAAGACATAGAACCAGAAAGTATCAGGCCAATGGGAAATTATGCTGTCTCTATAACATGGTCGGATGGATTTGACCAGGTTGCACCTT
ATGACCAATTGCAACTTATAGAAAGGCTAGTGGATGTCCCTAAACAAATTCCAGAGAAGGAAACCGATACTTTTGCA