NA ----> NA

Intron 1 GTTTGTGCAA ... TTCCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.71	309	45	0
A2	14.01	264	43	0
A3	12.06	277	38	6
A4	15.75	251.3	47	4
A5	10.06	143	16	1
A6	11.22	609	77	0
A7	11.6	800	105	0
A8	13.32	410	63	2
A9	12.21	755	105	1
A10	11.16	748	94	0

>TRINITY_DN40065_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CAGGGGATAGGAGTATTAATGCGGAAAGAAATCGATGGACACTGAAAAGTCTAACGTTTCTTTGGTCTAACTTTGAACGGTTTCACTTTTCACATCTCAAATCCCGCAGAGCTTCACGATTTGGAAATTTGGTTTTCAATGCCATGATTTTGAGGCAGAAATCAACTCGATTCCGACAATGGAAGCCTAGGGTTTGAAGT
TTAACGGCTCACATCGTCTATTTTATTTCTGTAGGCAGAGCGAGATTTGAAAGCATCAGCGATGGCAGATCGGGACCTACCGGGTTCGATTATTCTTGTTCTGGTACTCCTCCTCAGCTTGGTGGTGGCATCCTACGCAAGCGCCGGCGATGCCGATCCTCTTTACAGGTCATGTGTAGAAAACTGCGAGAAAACTGGCT
GTGTTGAAGAAACTTGTTTCAAATCTTGCAAAGTTCCTGTAAATGGTGCTTCCATGGAAGGTGCCTGGTTTATGCAAGAACCACTTTACTTGCGTTGGAAAGAGTGGGACTGTAGGAGTGACTGTCGCTACCACTGTATGGTTAAAAGGGAGGCAGATAGGGAGAGTCTAGGCCAGAAGCCTGTAAAATATCATGGAAAA
TGGCCTTTCAAGCGAGTATTTGGATTCCAGGAGCCAGTGTCAGTGGCATTTTCTGTCTTTAATCTTTCCTTGCAGTTCCATGGATGGCTCTCATTCTTAATTCTCGTATATTACAAGCTACCATTAAGGCCTCAAAACAGAAGTACATACTATGACTTTACTGGCTTGTGGAATATATATGGCATTTTGTCCATGAATGC
ATGGTTTTGGAGTTCTTTCTTTCACAGCAGGGATGTGGAGTTAACAGAAAAACTTGATTACTCATCAGCAGTGGCACTAGTGGGCTATTCTCTAATTGTTGCCATCCTTCGGACCTTAAATGTGAGGGATGAGGCTGCTCGAGTTATGGTGGCTGCGCCATTGCTAGCATTTGTGACCACTCACATATTGTACCTTAACT
TTTATGAACTTGATTATGGATTGAACATGAAAGTCTGTGTTGTAATGGGGGTGACGCAGCTTCTGTTGTGGGCAATATGGGCTGGTGTCACCTCCCATCCGGCACGATACAAGGTATGGGCAGTAGTTATTGGGGGAGGGCTGGCCATGCTTCTTGAGATTTATGACTTTCCCCCAATGTGGGGATATGTGGATGCTCAT
GCTGTATGGCATGGAACAACTGTCCCTTTGACATACCTTTGGTGGAGTTTCATCAAAGAGGATGCAGTGTCAAGAACTGCAAAGCTCATGAATAGATCCAAAGATAAGACTGAACCCAAGAAAGCGCAATAGCATTATTTTCTTATGCAGATGAACACTACAGTGGAAGAGATAACCCTTTCAGAAAGACTGCATTATGA
AGAATATTCCTTACATAGTTTTGTCATGTATGTTGATCGTTTCTCTTCTTTCCAATGGGAGGAGTTTTTCATGTATGTTGGTGGTTTCTCTTCTTTCCATGGGGAGGTAGTGGTTCAGGTTGCAGTTGCTGTCGAACAACAATCATACCAAGATGAGACACTTTGTTTGAGATTTATTTATATCTGAAGTTGAACAACAT
GTGTGGAGAATTTTTTGTAAACAAAATTTGCCTTTCTGTATTTAATTTTTCTTCATGTAAAGCTGGCAAGGATAAACTTCTTTTGGGATTGAGGATGGAGGTTTGGACAAAAAGCAAAATGATGTAATTTGTTTACGGCATCATACAAATTGGCAGATAGAAAGTCATATACTGCTAGTATTATGAGCTCTGTTGAAAGC
TGCATCTTGATAAAATTAATTTGCTTGATGTAATGACTGCATCTTGATGAAATACTTCAAACTTTAGGGGTGAGAATTACTTGACATGTCATGGCAAAAGTCTTGAAGCACATTTACAAATTTTGATTTATTGTAGGTAATAAGGAATAGTTTAGTACTCTGCCAAACAGGCTTAAGAAAGGGATATGCCCATATAATTT
ACAAGTATAAGCATTTTGATATTTTGCATATATTGTGGTGTCTTGTAACTTATAAAGTAGTTGCCTTACATATAGCTAACACTAATTGTATTCCAAGGAAATTAAACCAGTAGCATAAGGGAATGTCATGATACCTCTTGATTTTTGTTTTGCTTTCTAGACAAATGATTTAACCAGACACCCCAG

>TRINITY_DN40065_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CAGGGGATAGGAGTATTAATGCGGAAAGAAATCGATGGACACTGAAAAGTCTAACGTTTCTTTGGTCTAACTTTGAACGGTTTCACTTTTCACATCTCAAATCCCGCAGAGCTTCACGATTTGGAAATTTGGTTTTCAATGCCATGATTTTGAGGCAGAAATCAACTCGATTCCGACAATGGAAGCCTAGGGTTTGAAGT
TTAACGGCTCACATCGTCTATTTTATTTCTGTAGGCAGAGCGAGATTTGAAAGCATCAGCGATGGCAGATCGGGACCTACCGGGTTCGATTATTCTTGTTCTGGTACTCCTCCTCAGCTTGGTGGTGGCATCCTACGCAAGCGCCGGCGATGCCGATCCTCTTTACAGGTCATGTGTAGAAAACTGCGAGAAAACTGGCT
GTGTTGAAGAAACTTGTTTCAAATCTTGCAAAGTTCCTGTAAATGGTGCTTCCATGGAAGGTGCCTGGTTTATGCAAGAACCACTTTACTTGCGTTGGAAAGAGTGGGACTGTAGGAGTGACTGTCGCTACCACTGTATGGTTAAAAGGGAGGCAGATAGGGAGAGTCTAGGCCAGAAGCCTGTAAAATATCATGGAAAA
TGGCCTTTCAAGCGAGTATTTGGATTCCAGgtttgtgcaatgcaaattcattaatttaaatctgtatataaaactttgcattccctagaaaaggtatgccttcctttctttccatttccagctgatttaatgtggtttatttgtgcatgcattgctctgtagtaggattttttggtgaagtattgtgtaagtatgtaact
acattcagtactgttgctaatgggaaaaacagtcaaattttgattagaattatactgaatgtggtttagtgcactcaaaataatttttccatgcagGAGCCAGTGTCAGTGGCATT

Intron 2 GTGAGCTTAC ... TCTATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.89	200	26	35
A2	16.83	173	18	35
A3	18.5	163	23.5	37
A4	17.7	186	23.5	40
A5	19.74	122	15.5	30
A6	18.43	624	58	141
A7	18.88	679	70.5	158
A8	20.11	596	55	150
A9	20.79	720	75	189
A10	20.8	518	51.5	136

>TRINITY_DN115968_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGATAGGAGTATTAATGCGGAAAGAAATCGATGGACACTGAAAAGTCTAACGTTTCTTTGGTCTAACTTTGAACGGTTTCACTTTTCACATCTGAAATCCCGCAGAGCTTCACGATTTGGAAATTTGGTTTTCAATGCCATGATTTTGAGGCAGAAATCAACTCGATTCCGACAATGGAAGCCTAGGGTTTGAAGTTTA
ACGGCTCACATCGTCTATTTTATTTCTGTAGGCAGAGCGAGATTTGAAAGCATCAGCGATGGCAGATCGGGACCTACCGGGTTCGATTATTCTTGTTCTGGTACTCCTCCTCAGCTTGGTGGTGGCATCCTACGCAAGCGCCGGCGATGCCGATCCTCTTTACAGGTCATGTGTAGAAAACTGCGAGAAAACTGGCTGTG
TTGAAGAAACTTGTTTCAAATCTTGCAAAGTTCCTGTAAATGGTGCTTCCATGGAAGGTGCCTGGTTTATGCAAGAACCACTTTACTTGCGTTGGAAAGAGTGGGACTGTAGGAGTGACTGTCGCTACCACTGTATGGTTAAAAGGGAGGCAGATAGGGAGAGTCTAGGCCAGAAGCCTGTAAAATATCATGGAAAATGG
CCTTTCAAGCGAGTATTTGGATTCCAGGAGCCAGTGTCAGTGGCATTCTCTGTCTTTAATCTTTCCTTGCAGTTCCATGGATGGCTCTCATTCTTAATTCTCGTATATTACAAGCTACCATTAAGGCCTCAAAACAGAAGTACATACTATGACTTTACTGGCTTGTGGAATATATATGGCATTTTGTCCATGAATGCATG
GTTTTGGAGTTCTTTCTTTCACAGCAGGGATGTGGAGTTAACAGAAAAACTTGATTACTCATCAGCAGTGGCACTAGTGGGCTATTCTCTAATTGTTGCCATCCTTCGGACCTTAAATGTGAGGGATGAGGCTGCTCGAGTTATGGTGGCTGCGCCATTGCTAGCATTTGTGACCACTCACATATTGTACCTTAACTTTT
ATGAACTTGATTATGGATTGAACATGAAAGTCTGTGTTGTAATGGGGGTGACGCAGCTTCTGTTGTGGGCAATATGGGCTGGTGTCACCTCCCATCCGGCACGATACAAGGTATGGGCAGTAGTTATTGGGGGAGGGCTGGCCATGCTTCTTGAGATTTATGACTTTCCCCCAATGTGGGGATATGTGGATGCTCATGCT
GTATGGCATGGAACAACTGTCCCTTTGACATACCTTTGGTGGAGTTTCATCAAAGAGGATGCAGTGTCAAGAACTGCAAAGCTCATGAATAGATCCAAAGATAAGACTGAACCCAAGAAAGCGCAATAGCATTATTTTCTTATGCAGATGAACACTACAGTGGAAGAGATAACCCTTTCAGAAAGACTGCATTATGAAGA
ATATTCCTTACATAGTTTTGTCATGTATGTTGATCGTTTCTCTTCTTTCCAATGGGAGGAGTTTTTCATGTATGTTGGTGGTTTCTCTTCTTTCCATGGGGAGGTAGTGGTTCAGGTTGCAGTTGCTGTCGAACAACAATCATACCAAGATGAGACACTTTGTTTGAGATTTATTTATATCTGAAGTTGAACAACATGTG
TGGAGAATTTTTTGTAAACAAAATTTGCCTTTCTGTATTTAATTTTTCTTCATGTAAAGCTGGCAAGGATAAACTTCTTTTGGGATTGAGGATGGAGGTTTGGACAAAAAGCAAAATGATGTAATTTGTTTACGGCATCATACAAATTGGCAGATAGAAAGTCATATACTGCTAGTATTATGAGCTCTGTTGAAAGCTGC
ATCTTGATAAAATTAATTTGCTTGATGTAATGACTGCATCTTGATGAAATACTTCAAACTTTAGGGGTGAGAATTACTTGACATGTCATGGCAAAAGTCTTGAAGCACATTTACAAATTTTGATTTATTGTAGGTAATAAGGAATAGTTTAGTACTCTGCCAAACAGGCTTAAGAAAGGGATATGCCCATATAATTTACA
AGTATAAGCATTTTGATATTTTGCAT

>TRINITY_DN115968_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGATAGGAGTATTAATGCGGAAAGAAATCGATGGACACTGAAAAGTCTAACGTTTCTTTGGTCTAACTTTGAACGGTTTCACTTTTCACATCTGAAATCCCGCAGAGCTTCACGATTTGGAAATTTGGTTTTCAATGCCATGATTTTGAGGCAGAAATCAACTCGATTCCGACAATGGAAGCCTAGGGTTTGAAGTTTA
ACGGCTCACATCGTCTATTTTATTTCTGTAGGCAGAGCGAGATTTGAAAGCATCAGCGATGGCAGATCGGGACCTACCGGGTTCGATTATTCTTGTTCTGGTACTCCTCCTCAGCTTGGTGGTGGCATCCTACGCAAGCGCCGGCGATGCCGATCCTCTTTACAGGTCATGTGTAGAAAACTGCGAGAAAACTGGCTGTG
TTGAAGAAACTTGTTTCAAATCTTGCAAAGTTCCTGTAAATGGTGCTTCCATGGAAGGTGCCTGGTTTATGCAAGAACCACTTTACTTGCGTTGGAAAGAGTGGGACTGTAGGAGTGACTGTCGCTACCACTGTATGGTTAAAAGGGAGGCAGATAGGGAGAGTCTAGGCCAGAAGCCTGTAAAATATCATGGAAAATGG
CCTTTCAAGCGAGTATTTGGATTCCAGGAGCCAGTGTCAGTGGCATTCTCTGTCTTTAATCTTTCCTTGCAGTTCCATGGATGGCTCTCATTCTTAATTCTCGTATATTACAAGCTACCATTAAGGCCTCAAAACAGAAGTACATACTATGACTTTACTGGCTTGTGGAATATATATGGCATTTTGTCCATGAATGCATG
GTTTTGGAGTTCTTTCTTTCACAGCAGGGATGTGGAGTTAACAGAAAAACTTGATTACTCATCAGCAGTGGCACTAGTGGGCTATTCTCTAATTGTTGCCATCCTTCGGACCTTAAATGTGAGGGATGAGGCTGCTCGAGTTATGGTGGCTGCGCCATTGCTAGCATTTGTGACCACTCACATATTGTACCTTAACTTTT
ATGAACTTGATTATGgtgagcttaccttgttcacttcagaactattaatgtattttcttggcatgtctatgttgcatttctttcaaaagtctagcttttcttatatgaaaataaaaagtggagagattcaatagtatgcatcagtttgtaaagtttaaatgagaaaaatgatacttaggataggaacatagtatttgtgt
tcaacaattaatgtacaacatcagtttcctctggtgctttctagtgtgttgcagtcatcagcactgaaccaatcaaaacttgtacaaatgcatgatcaaattttgtgggaagaatatactaacaaatgctcatttacttcataattctttctatggcagGATTGAACATGAAAGTCTGTGTTGTAATGGGGGTGACGCAG
CTTCTGTTGTGGGCAATATGGGCTGGTGTCACCTCCCATCCGGCACGATACAAGGTATGGGCAGTAGTTATTGGGGGAGGGCTGGCCATGCTTCTTGAGATTTATGACTTTCCCCCAATGTGGGGATATGTGGATGCTCATGCTGTATGGCATGGAACAACTGTCCCTTTGACATACCTTTGGTGGAGTTTCATCAAAGA
GGATGCAGTGTCAAGAACTGCAAAGCTCATGAATAGATCCAAAGATAAGACTGAACCCAAGAAAGCGCAATAGCATTATTTTCTTATGCAGATGAACACTACAGTGGAAGAGATAACCCTTTCAGAAAGACTGCATTATGAAGAATATTCCTTACATAGTTTTGTCATGTATGTTGATCGTTTCTCTTCTTTCCAATGGG
AGGAGTTTTTCATGTATGTTGGTGGTTTCTCTTCTTTCCATGGGGAGGTAGTGGTTCAGGTTGCAGTTGCTGTCGAACAACAATCATACCAAGATGAGACACTTTGTTTGAGATTTATTTATATCTGAAGTTGAACAACATGTGTGGAGAATTTTTTGTAAACAAAATTTGCCTTTCTGTATTTAATTTTTCTTCATGTA
AAGCTGGCAAGGATAAACTTCTTTTGGGATTGAGGATGGAGGTTTGGACAAAAAGCAAAATGATGTAATTTGTTTACGGCATCATACAAATTGGCAGATAGAAAGTCATATACTGCTAGTATTATGAGCTCTGTTGAAAGCTGCATCTTGATAAAATTAATTTGCTTGATGTAATGACTGCATCTTGATGAAATACTTCA
AACTTTAGGGGTGAGAATTACTTGACATGTCATGGCAAAAGTCTTGAAGCACATTTACAAATTTTGATTTATTGTAGGTAATAAGGAATAGTTTAGTACTCTGCCAAACAGGCTTAAGAAAGGGATATGCCCATATAATTTACAAGTATAAGCATTTTGATATTTTGCAT