sp|Q9XH43|CET2_TOBAC ----> CEN-like protein 2

Intron 1 GTATCATGGT ... TGTGGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.65	42	0.8	9
A2	18.92	30	1.3	7
A3	18.18	27	2	6
A4	29.27	29	1.3	12
A5	0	10	0	0
A6	17.79	134	9	29
A7	22.02	301	17.3	85
A8	20.59	297	26.3	77
A9	21.61	399	26.5	110
A10	21.57	320	24.8	88

>TRINITY_DN43414_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AACCAAGAAAAGAAATCCAGGAGTCTCTTAACATTTGATTTGTGGATTTCAATTTCTCGCATAGAGATTGCATTCATAGTAAATGTGAGCAAATTTCCAAAACGGAAACGCAATTTCTTGCAATTCAAAGCGCCGTTCATTCTTTCATTCTTCTTGATTTCGGGTCTTCCGCTCCGGAGATTTCAGAAGCGCCGCTCATT
GTTCTTCATATCGGATCTTCTACCTGCAATAAGTTTTGGTAAGAATGGAGGAGATCAAGCGGAAGCTGGTGGAATCGGGAGTTATCGGACGCATTGTCGACGATTTCAATCCTCATATTGAGTTCAGTGTATTCTACGGCGGCAAGCGTATCAGCTTAGGTGACCAAGTACTGCCGGCTAAACTTCAACGCAAACCTGTT
GGGTTTAGACGCCATGGCGATGTTCTTGCTGAAACCTTCAAGAAACCAGAATTAGTAGCATTTGTTATGACAGATCCTGATAGTCCAAGAGGCGAATATTTGCACTGGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGG
TGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAATTTTGCTCATGCTAATGCACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCA
CATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCTGTAAGAGGAAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGT
CACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTAATTGTAATTTTTCTTGTTCTCTC

>TRINITY_DN43414_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAGAGGCGAATATTTGCACTGGTATGCTATAATTCTCCTCAAATTTGTGATAATATGGAACCCAAAATCCATTATGAATGTCACAGTAACAGTATTAATCGTTACGCTGTGCAGGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGgtatcatggttgtacgtttcttctttcacatcgaaatcgatcga
tcgatcgaatgcgcgccgtaataatgttaacatgtttcgtttgtttgtggcgcagTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGGTGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAA
TTTTGCTCATGCTAATGCACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCACATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCT
GTAAGAGGAAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGTCACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTAATTGTAATT
TTTCTTGTTCTCTC

Intron 2 GTAAGACGTT ... CTGTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.39	43	16	3
A2	19.57	24.7	6	0
A3	22.71	37.7	11	0
A4	24.77	30.7	10	0
A5	43.65	26	20	2
A6	21.74	163.3	45	3
A7	28.21	339.3	132	5
A8	26.18	301.7	106	4
A9	23.76	408	126	10
A10	27.52	342	129	1

>TRINITY_DN49053_c1_g4_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCATGAACCAAGAAAAGAAATCCAGGAGTCTCTTAACATTTGATTTGTGGATTTCAATTTCTCGCATAGAGATTGCATTCATAGTAAATGTGAGCAAATTTCCAAAACGGAAACGCAATTTCTTGCAATTCAAAGCGCCGTTCATTCTTTCATTCTTCTTGATTTCGGGTCTTCCGCTCCGGAGATTTCAGAAGCGCCGC
TCATTGTTCTTCATATCGGATCTTCTACCTGCAATAAGTTTTGGTAAGAATGGAGGAGATCAAGCGGAAGCTGGTGGAATCGGGAGTTATCGGACGCATTGTCGACGATTTCAATCCTCATATTGAGTTCAGTGTATTCTACGGCGGCAAGCGTATCAGCTTAGGTGACCAAGTACTGCCGGCTAAACTTCAACGCAAAC
CTGTTGGGTTTAGACGCCATGGCGATGTTCTTGCTGAAACCTTCAAGAAACCAGAATTAGTAGCATTTGTTATGACAGATCCTGATAGTCCAAGAGGCGAATATTTGCACTGGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGGTATCATGGTTGTACGTTTCTTCTTTCACATCGAAATCGATCGATCG
ATCGAATGCGCGCCGTAATAATGTTAACATGTTTCGTTTGTTTGTGGCGCAGTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGGTGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAATTT
TGCTCATGCTAATGAACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCACATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCTGTA
AGAGGAAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGTCACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTGATTGTAATTTTT
CTTGTTCTCTATGTGTAGTTGTAATCTTTAATTGTTGTCTATGCCTCA

>TRINITY_DN49053_c1_g4_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCATGAACCAAGAAAAGAAATCCAGGAGTCTCTTAACATTTGATTTGTGGATTTCAATTTCTCGCATAGAGATTGCATTCATAGTAAATGTGAGCAAATTTCCAAAACGGAAACGCAATTTCTTGCAATTCAAAGCGCCGTTCATTCTTTCATTCTTCTTGATTTCGGGTCTTCCGCTCCGGAGATTTCAGAAGCGCCGC
TCATTGTTCTTCATATCGGATCTTCTACCTGCAATAAGTTTTGGTAAGAATGGAGGAGATCAAGCGGAAGCTGGTGGAATCGGGAGTTATCGGACGCATTGTCGACGATTTCAATCCTCATATTGAGTTCAGTGTATTCTACGGCGGCAAGCGTATCAGCTTAGGTGACCAAGTACTGCCGGCTAAACTTCAACGCAAAC
CTGTTGGGTTTAGACGCCATGGCGATGTTCTTGCTGAAACCTTCAAGAAACCAGAATTAGTAGCATTTgtaagacgtttaatttctgttttcgtcaatatgttgctcaataatgatctatttatctatgtttcggcacattgaaattcatattattaaccctgtgagcagGTTATGACAGATCCTGATAGTCCAAGAGGC
GAATATTTGCACTGGTATGCTATAATTCTCCTCAAATTTGTGATAATATGGAACCCAAAATCCATTATGAATGTCACAGTAACAGTATTAATCGTTACGCTGTGCAGGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGGTATCATGGTTGTACGTTTCTTCTTTCACATCGAAATCGATCGATCGATCGA
ATGCGCGCCGTAATAATGTTAACATGTTTCGTTTGTTTGTGGCGCAGTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGGTGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAATTTTGCTC
ATGCTAATGAACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCACATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCTGTAAGAGG
AAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGTCACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTGATTGTAATTTTTCTTGT
TCTCTATGTGTAGTTGTAATCTTTAATTGTTGTCTATGCCTCA

Intron 3 GTATGCTATA ... CGCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.37	41.4	6.4	0
A2	14.9	30.9	6.4	0
A3	10.83	26.4	3.4	0
A4	18.27	25.7	6.6	1
A5	13.49	11.1	1.7	0
A6	14.5	145.9	27.6	3
A7	14.28	264.9	45.9	9
A8	12.84	276.7	43.6	11
A9	13.32	363.3	57.4	13.7
A10	11.96	283.7	41.4	6

>TRINITY_DN43414_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AACCAAGAAAAGAAATCCAGGAGTCTCTTAACATTTGATTTGTGGATTTCAATTTCTCGCATAGAGATTGCATTCATAGTAAATGTGAGCAAATTTCCAAAACGGAAACGCAATTTCTTGCAATTCAAAGCGCCGTTCATTCTTTCATTCTTCTTGATTTCGGGTCTTCCGCTCCGGAGATTTCAGAAGCGCCGCTCATT
GTTCTTCATATCGGATCTTCTACCTGCAATAAGTTTTGGTAAGAATGGAGGAGATCAAGCGGAAGCTGGTGGAATCGGGAGTTATCGGACGCATTGTCGACGATTTCAATCCTCATATTGAGTTCAGTGTATTCTACGGCGGCAAGCGTATCAGCTTAGGTGACCAAGTACTGCCGGCTAAACTTCAACGCAAACCTGTT
GGGTTTAGACGCCATGGCGATGTTCTTGCTGAAACCTTCAAGAAACCAGAATTAGTAGCATTTGTTATGACAGATCCTGATAGTCCAAGAGGCGAATATTTGCACTGGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGG
TGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAATTTTGCTCATGCTAATGCACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCA
CATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCTGTAAGAGGAAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGT
CACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTAATTGTAATTTTTCTTGTTCTCTC

>TRINITY_DN43414_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAAGAGGCGAATATTTGCACTGgtatgctataattctcctcaaatttgtgataatatggaacccaaaatccattatgaatgtcacagtaacagtattaatcgttacgctgtgcagGATAATTGCTATGCCTTTCCTTGCCAAGCCACGTGAAGGAGGTATCATGGTTGTACGTTTCTTCTTTCACATCGAAATCGATCGA
TCGATCGAATGCGCGCCGTAATAATGTTAACATGTTTCGTTTGTTTGTGGCGCAGTAGCAGAATTGCGATGGAAGGAGCTGGTTCCCTATGAAGCTCCAAGACCGGGTGCCCACATGCTAGTTTTCACGTTGTTCGACGCTCATCAATTTCGTTCGATCTTCAAGTTGCCCAAGTCGCGGGAGAAGTTCAGTACCAGAAA
TTTTGCTCATGCTAATGCACTTGGATCGCCGCTGGGTGCTACTTTTTTCAACATCAATGATCAAAATGCGGACGAGAATGAGACGAGTGATGATAATGGATCAGTCACATACCAAACAGAATCAGAAGAATCATGTAGCAAGCTGAAAGATGATGCAAAATCAACCTGTAAGCGGAAGTTAGATTATGCAGAACCAAGCT
GTAAGAGGAAACTGTTCAACCAGGATTAAAAAGCCAAACCATTTTTGATATTTCAGTACACCCACTTAACTTGTGGTTGTGGTTGATATAGTTATGTTATATTTAGTCACTTAGCTTGCGGTTGGTAAACACTGATAAGAATTAATATAAGTTAAGTGTTATTGTAATCTGTTATTTATTCTTCATGTGTAATTGTAATT
TTTCTTGTTCTCTC