sp|Q9LXX6|SC15A_ARATH ----> Exocyst complex component SEC15A

Intron 1 GTAATTGTTC ... TTCCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.47	66	183	132
A2	53.16	89	125	77
A3	60.08	94	170	113
A4	72.78	43	121	109
A5	74.19	24	91	47
A6	61.36	17	33	21
A7	57.92	97	163	104
A8	54.84	14	20	14
A9	56.03	82	135	74
A10	59.07	97	155	125

>TRINITY_DN108778_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCATGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGG
AGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGATATAAGGGGGAGTGATGTCTGGGGCTTTTAATGGGGAACTATTGAATTTTC
TGAACCATAATCGATGATCTATTGACCCATTCAGATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGGGCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTCTGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAAACTAAAACCAAGAGGAGAGGTGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGA
CGAATTAGTGTTAGCCTCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGACAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAATCCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTT
TAGTAGATGCAGATGCGTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACAAGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTTGAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGG
AATGATAGTTACTACCCCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGCACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCAAATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTT
AGCAATCGGGCAAGCTTCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAGAAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAGGTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTG
GGCTCCAAGACCAGTTCCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTCAGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCTTTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATG
TGGGACACAGCTGTAGCAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGCAGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAAGGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGA
ATGCAGAAAACAGATCAATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATGAAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACGTGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATT
CTGTGAGCTATCTTTCCTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTACCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTGAACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATAGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAGCGAGCTTGTGACTTTTTTATGCAGCAT
GCTGCCCAACTTTGTGGCATTCCTACGCGTTTGGCAGAAAGGCCGCATGCTGCATTGTCTGCTCGATCTGTCTTGAAGAACTCACAAGATGCTGCACATGAGGCGATGCTGAGGCTAGTCAAGTCTAAGGTGGATGAATTTATGTTGCTAACCGATAACATCAATTGGAACCCTGATGAACTTCCACAAAATGGCAATGA
GTATCTAAATGAGGTGATAATTTACTTGGAGACGTTGGTTTCTACAGCACAGCAAATATTACCATTGGATGCGTTGGAGAAGGTAGGAATTGGAGTGTTGAAGCACATATCAGACTGCATCATGGTGACACTTATGAGGGACAATGTCAAGCGATTCAATATAAATGCTATAATGGGTATTGACAATGATTTAAAAGTGT
TAGAATCCTTTGCCGAGGAAAGATTCCACAGCACTGGCTTGAGTGAGCTTCAGGGTGCTACAAGTTTGAAGCACTGCTTGGCAGAAGCACGCCAGTTGGTTAATCTTTTATTGAGCAACCAGCCAGAGAACTTCATGAACCCTGTTATAAGGGAGAAACACTACAGTGCTTTGGATTACAGAAAGGTTGCAGTGATTACT
GAGAAATTCAGAGATGCACCTGAAAGGTTATTTGGAAGCTTGGGGGGTAGGAATTCAAAGCAAAATCCCAGGAAAAAGTCCATGGATACATTAGTAAGGAGATTGAGAGATCTCAACTGACGGATTCAATGGGACTACAAAGACATTCAGATGGCATGCTTAGCTGTTTGGTGTATTTAACAAATAACAATATCCTGAAT
ATCCATGTCTGTAAACTATGGATTTTCATATTATGTTGAACAGTTGGGTGCCTGAGGGTTTCTCAACATGCGTTATTTCTTTTAGCTTTCTTGAAGTGGTAGGTGGTGTATAGAATCTGAACTCTTTTTATCATTTCTTTGGTATCATGGATTTGTGTCTGTTAAATGTTTTCCAATGATATTCTTTTGACGAAAGATTC
ATCTTTCCTTTGTGTATGAGCATGCAACTGGTAACTCCATTTTTATCCATGACAACAATATTTCTAACCTAATAAGTTGCTTATTTACTGTTATTTTTCATGGTTTTAGTTTTAATTTTTTATTATTATTATCAGAGTATTCTTCC

>TRINITY_DN108778_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCATGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGG
AGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGgtaattgttctcacctcactgatgataggatgtggtttcgttctttacaaaa
gcattaatacagggtttgaacttggaatgaaatatttctaatgaagaagggatttctgcgttgcgatctcttcccctattttccattcagATATAAGGGGGAGTGATGTCTGGGGCTTTTAATGGGGAACTATTGAATTTTCTGAACCATAATCGATGATCTATTGACCCATTCAGATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGG
GCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTCTGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAAACTAAAACCAAGAGGAGAGGTGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGACGAATTAGTGTTAGCCTCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGA
CAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAATCCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTTTAGTAGATGCAGATGCGTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACA
AGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTTGAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGGAATGATAGTTACTACCCCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGC
ACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCAAATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTTAGCAATCGGGCAAGCTTCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAG
AAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAGGTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTGGGCTCCAAGACCAGTTCCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTC
AGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCTTTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATGTGGGACACAGCTGTAGCAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGC
AGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAAGGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGAATGCAGAAAACAGATCAATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATG
AAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACGTGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATTCTGTGAGCTATCTTTCCTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTA
CCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTGAACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATAGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAGCGAGCTTGTGACTTTTTTATGCAGCATGCTGCCCAACTTTGTGGCATTCCTACGCGTTTGGCAGAAAGGCCGCATGCTGCATTGT
CTGCTCGATCTGTCTTGAAGAACTCACAAGATGCTGCACATGAGGCGATGCTGAGGCTAGTCAAGTCTAAGGTGGATGAATTTATGTTGCTAACCGATAACATCAATTGGAACCCTGATGAACTTCCACAAAATGGCAATGAGTATCTAAATGAGGTGATAATTTACTTGGAGACGTTGGTTTCTACAGCACAGCAAATA
TTACCATTGGATGCGTTGGAGAAGGTAGGAATTGGAGTGTTGAAGCACATATCAGACTGCATCATGGTGACACTTATGAGGGACAATGTCAAGCGATTCAATATAAATGCTATAATGGGTATTGACAATGATTTAAAAGTGTTAGAATCCTTTGCCGAGGAAAGATTCCACAGCACTGGCTTGAGTGAGCTTCAGGGTGC
TACAAGTTTGAAGCACTGCTTGGCAGAAGCACGCCAGTTGGTTAATCTTTTATTGAGCAACCAGCCAGAGAACTTCATGAACCCTGTTATAAGGGAGAAACACTACAGTGCTTTGGATTACAGAAAGGTTGCAGTGATTACTGAGAAATTCAGAGATGCACCTGAAAGGTTATTTGGAAGCTTGGGGGGTAGGAATTCAA
AGCAAAATCCCAGGAAAAAGTCCATGGATACATTAGTAAGGAGATTGAGAGATCTCAACTGACGGATTCAATGGGACTACAAAGACATTCAGATGGCATGCTTAGCTGTTTGGTGTATTTAACAAATAACAATATCCTGAATATCCATGTCTGTAAACTATGGATTTTCATATTATGTTGAACAGTTGGGTGCCTGAGGG
TTTCTCAACATGCGTTATTTCTTTTAGCTTTCTTGAAGTGGTAGGTGGTGTATAGAATCTGAACTCTTTTTATCATTTCTTTGGTATCATGGATTTGTGTCTGTTAAATGTTTTCCAATGATATTCTTTTGACGAAAGATTCATCTTTCCTTTGTGTATGAGCATGCAACTGGTAACTCCATTTTTATCCATGACAACAA
TATTTCTAACCTAATAAGTTGCTTATTTACTGTTATTTTTCATGGTTTTAGTTTTAATTTTTTATTATTATTATCAGAGTATTCTTCC

Intron 2 GTAAGCCCTC ... ACTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	2	2	0
A2	50	1	1	0
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	2	0
A5	-1	0	0	0
A6	55.56	8	10	7
A7	61.9	8	13	2
A8	62.96	10	17	5
A9	65.63	11	21	0
A10	37.5	10	6	1

>TRINITY_DN41072_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAACAAAGAAAAAACTCATTCTCCGGTACTTCGTGCGTTAGTTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCA
TGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGGAGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGGTAATTGTTC
TCACCTCACTGATGATAGGATGTGGTTTCGTTCTTTACAAAAGCATTAATACAGGGTTTGAACTTGGAATGAAATATTTCTAATGAAGAAGGGATTTCTGCGTTGCGATCTCTTCCCCTATTTTCCATTCAGATATAAGGGGGAGTGATGTCTGGGGCTTTTAATGGGGAACTATTGAATTTTCTGAACCATAATCGATG
ATCTATTGACCCATTCAGATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGGGCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTCTGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAGACTAAAACCAAGAGGAGAGGCGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGACGAATTAGTGTTAGCC
TCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGACAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAATCCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTTTAGTAGATGCAGATGC
GTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACAAGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTTGAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGGAATGATAGTTACTACC
CCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGCACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCAAATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTTAGCAATCGGGCAAGCT
TCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAGAAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAGGTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTGGGCTCCAAGACCAGTT
CCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTCAGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCTTTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATGTGGGACACAGCTGTAG
CAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGCAGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAAGGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGAATGCAGAAAACAGATC
AATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATGAAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACGTGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATTCTGTGAGCTATCTTTC
CTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTACCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTGAACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATTGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAACGTGCTTGTGATTTTTTCACAAGGCATGCAGCCCAACTTTGTG
GCATTCCAATACGCTTGGCCGAACGATCTCATTCCCAATCTGTGATGAAGAGTGCACAAGATGCTGCTCAAGAGACCATGTTGAGGCTTGTTAAGTCTAAGGTAGAAGAGTTCATGCTTCTTACCGATAATATCAATTGGGCAGCTGATGAATTCCCACCGAATGGGAATGAGTACGTAAATGAGCTGATTATATACTTG
GAGACACTTGTTTCCACAGCACGACAAATTTTACCGTCGGAGGCTTTGGATAATGTGATCCGTGGTGTTCTTAAGCACATATCAGACTGCATTGTAGCCACATTTCTCAGTGATAATGTCAAGCGGTTCAATACCAATGCTGTTATGGGAATTGAGATCGATTTGAAACTGCTAGAATCTTTTGCAGATAATCAATTTCA
TGACAGTGGCCTGGATGAGCTTCAAGGTGCAACAGACCCAAAAAAGTCTTTGGCAGAAGCAAGGCAGTTGGTTAGTCTTCTATTAAACAACCATCCAGAGAATTTCATCAATCCGGTTATAAGGGAGAAGCATTATAGTTCTTTAGATTACAGAAAGGTGGTCATGATTTCTGAGAAATTCAGAGATTCATCTGACAGAC
TCTTTGGAACCTTTGGTGCTCGGACTTTGAAGCAAAATCCAAAGAAAAAATCACTTGAGACATTGATAAAGAGACTGAGAGAGTTAAGTTGATGTAATGGTGAAAATGTTTTATTTATGGAGTTGGAAAATCAGCATTTTGTAGGTTAATAACTTTGTCTAATAATCATTACTAGAAAAGGGGCCATTGCCTCAATTCTT
CTTCTTTCTAAGTTCCTCATCCTATTGTTTTGTAGTCACCATCAATAGTCACAGCTGATGTTCCAGTGAAATATCCTTCCTTGAGAAACACTGGAATCTTAGTTAGTGGATATTCATAAGAAATTCATGTGAAGTGTTGATGATGGAGAACATTGTACATCAAGATGGAATTCTCTTCATGTTTTATCACAATTACAATC
ATCTTCAAATACATGTGAATGGATCTGGACCCCAAGAAATATCCATATGGAACCAGAAAGTCTTGTGGTTTTCTTTATATTCTTTTGTGTTTACATGCTCCTCTGTTCTCTTTTTCTCATCCAGTATAAAGGAAGTTTACTTTCCCAGTTTGTTTTGTCTCCTAGATCCACTACTCTGTTTCAGATTTAATAATCTGTAC
AATATCAATAGCAGCTCAGAAGGTAGGCCGGCAGGCAGTGCAGATTCCAAATATCACAGTGGTTCCCTATATTGTGAGTTATCTGGTGCATTATATCTGTCAGCTATTGGAAAACATTAGCTGGAATCTTACTCTGCAAAAGGAGCTGTCATTTTGTTGTTTTGATTCAAACGTTTCAAATTCAACTTGCC

>TRINITY_DN41072_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAACAAAGAAAAAACTCATTCTCCGGTACTTCGTGCGTTAGTTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCA
TGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGGAGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGGTAATTGTTC
TCACCTCACTGATGATAGGATGTGGTTTCGTTCTTTACAAAAGCATTAATACAGGGTTTGAACTTGGAATGAAATATTTCTAATGAAGAAGGGATTTCTGCGTTGCGATCTCTTCCCCTATTTTCCATTCAGATATAAGGGGGAGTGATGTCTGGGGCTTTTAATGGGGAACTATTGAATTTTCTGAACCATAATCGATG
ATCTATTGACCCATTCAGATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGGGCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTCTGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAGACTAAAACCAAGAGGAGAGGCGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGACGAATTAGTGTTAGCC
TCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGACAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAATCCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTTTAGTAGATGCAGATGC
GTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACAAGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTTGAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGGAATGATAGTTACTACC
CCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGCACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCAAATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTTAGCAATCGGGCAAGCT
TCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAGAAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAGGTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTGGGCTCCAAGACCAGTT
CCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTCAGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCTTTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATGTGGGACACAGCTGTAG
CAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGCAGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAAGGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGAATGCAGAAAACAGATC
AATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATGAAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACGTGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATTCTGTGAGCTATCTTTC
CTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTACCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTGAACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATTGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAACGTGCTTGTGATTTTTTCACAAGGCATGCAGCCCAACTTTGTG
GCATTCCAATACGCTTGGCCGAACGATCTCATTCCCAATCTGTGATGAAGAGTGCACAAGATGCTGCTCAAGAGACCATGTTGAGGCTTGTTAAGTCTAAGGTAGAAGAGTTCATGCTTCTTACCGATAATATCAATTGGGCAGCTGATGAATTCCCACCGAATGGGAATGAGTACGTAAATGAGCTGATTATATACTTG
GAGACACTTGTTTCCACAGCACGACAAATTTTACCGTCGGAGGCTTTGGATAATGTGATCCGTGGTGTTCTTAAGCACATATCAGACTGCATTGTAGCCACATTTCTCAGTGATAATGTCAAGCGGTTCAATACCAATGCTGTTATGGGAATTGAGATCGATTTGAAACTGCTAGAATCTTTTGCAGATAATCAATTTCA
TGACAGTGGCCTGGATGAGCTTCAAGGTGCAACAGACCCAAAAAAGTCTTTGGCAGAAGCAAGGCAGTTGGTTAGTCTTCTATTAAACAACCATCCAGAGAATTTCATCAATCCGGTTATAAGGGAGAAGCATTATAGTTCTTTAGATTACAGAAAGGTGGTCATGATTTCTGAGAAATTCAGAGATTCATCTGACAGAC
TCTTTGGAACCTTTGGTGCTCGGACTTTGAAGCAAAATCCAAAGAAAAAATCACTTGAGACATTGATAAAGAGACTGAGAGAGTTAAGTTGATGTAATGGTGAAAATGTTTTATTTATGGAGTTGGAAAATCAGCATTTTGTAGGTTAATAACTTTGTCTAATAATCATTACTAGAAAAGGGGCCATTGCCTCAATTCTT
CTTCTTTCTAAGTTCCTCATCCTATTGTTTTGTAGTCACCATCAATAGTCACAGCTGATGTTCCAGTGAAATATCCTTCCTTGAGAAACACTGGAATCTTAGTTAGTGGATATTCATAAGAAATTCATGTGAAGTGTTGATGATGGAGAACATTGTACATCAAGATGGAATTCTCTTCATGTTTTATCACAATTACAATg
taagccctctcaggcccatgtattcatggtattttttctttatttttgaaaatatattttaaacaactaagaccgtttttccatttttggttctactatttcagCATCTTCAAATACATGTGAATGGATCTGGACCCCAAGAAATATCCATATGGAACCAGAAAGTCTTGTGGTTTTCTTTATATTCTTTTGTGTTTACA
TGCTCCTCTGTTCTCTTTTTCTCATCCAGTATAAAGGAAGTTTACTTTCCCAGTTTGTTTTGTCTCCTAGATCCACTACTCTGTTTCAGATTTAATAATCTGTACAATATCAATAGCAGCTCAGAAGGTAGGCCGGCAGGCAGTGCAGATTCCAAATATCACAGTGGTTCCCTATATTGTGAGTTATCTGGTGCATTATA
TCTGTCAGCTATTGGAAAACATTAGCTGGAATCTTACTCTGCAAAAGGAGCTGTCATTTTGTTGTTTTGATTCAAACGTTTCAAATTCAACTTGCC

Intron 3 GTAATTGTTC ... ACCCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.72	91.1	183.3	151
A2	53.46	97.9	124.9	100
A3	54.1	129.8	169.9	136.1
A4	71.07	45.6	120.9	103.1
A5	64.93	41.1	91	61
A6	62.62	20	33	34
A7	54.97	118	163.1	124.9
A8	56.42	15.1	20.1	18.9
A9	53.74	104.8	135.4	108
A10	56.3	123	154.9	162

>TRINITY_DN108778_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCATGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGG
AGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGGGCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTC
TGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAAACTAAAACCAAGAGGAGAGGTGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGACGAATTAGTGTTAGCCTCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGACAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAAT
CCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTTTAGTAGATGCAGATGCGTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACAAGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTT
GAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGGAATGATAGTTACTACCCCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGCACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCA
AATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTTAGCAATCGGGCAAGCTTCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAGAAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAG
GTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTGGGCTCCAAGACCAGTTCCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTCAGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCT
TTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATGTGGGACACAGCTGTAGCAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGCAGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAA
GGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGAATGCAGAAAACAGATCAATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATGAAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACG
TGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATTCTGTGAGCTATCTTTCCTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTACCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTG
AACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATAGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAGCGAGCTTGTGACTTTTTTATGCAGCATGCTGCCCAACTTTGTGGCATTCCTACGCGTTTGGCAGAAAGGCCGCATGCTGCATTGTCTGCTCGATCTGTCTTGAAGAACTCACA
AGATGCTGCACATGAGGCGATGCTGAGGCTAGTCAAGTCTAAGGTGGATGAATTTATGTTGCTAACCGATAACATCAATTGGAACCCTGATGAACTTCCACAAAATGGCAATGAGTATCTAAATGAGGTGATAATTTACTTGGAGACGTTGGTTTCTACAGCACAGCAAATATTACCATTGGATGCGTTGGAGAAGGTAG
GAATTGGAGTGTTGAAGCACATATCAGACTGCATCATGGTGACACTTATGAGGGACAATGTCAAGCGATTCAATATAAATGCTATAATGGGTATTGACAATGATTTAAAAGTGTTAGAATCCTTTGCCGAGGAAAGATTCCACAGCACTGGCTTGAGTGAGCTTCAGGGTGCTACAAGTTTGAAGCACTGCTTGGCAGAA
GCACGCCAGTTGGTTAATCTTTTATTGAGCAACCAGCCAGAGAACTTCATGAACCCTGTTATAAGGGAGAAACACTACAGTGCTTTGGATTACAGAAAGGTTGCAGTGATTACTGAGAAATTCAGAGATGCACCTGAAAGGTTATTTGGAAGCTTGGGGGGTAGGAATTCAAAGCAAAATCCCAGGAAAAAGTCCATGGA
TACATTAGTAAGGAGATTGAGAGATCTCAACTGACGGATTCAATGGGACTACAAAGACATTCAGATGGCATGCTTAGCTGTTTGGTGTATTTAACAAATAACAATATCCTGAATATCCATGTCTGTAAACTATGGATTTTCATATTATGTTGAACAGTTGGGTGCCTGAGGGTTTCTCAACATGCGTTATTTCTTTTAGC
TTTCTTGAAGTGGTAGGTGGTGTATAGAATCTGAACTCTTTTTATCATTTCTTTGGTATCATGGATTTGTGTCTGTTAAATGTTTTCCAATGATATTCTTTTGACGAAAGATTCATCTTTCCTTTGTGTATGAGCATGCAACTGGTAACTCCATTTTTATCCATGACAACAATATTTCTAACCTAATAAGTTGCTTATTT
ACTGTTATTTTTCATGGTTTTAGTTTTAATTTTTTATTATTATTATCAGAGTATTCTTCC

>TRINITY_DN108778_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TTCGAAACAACCAAACTTTTCATTATAATTCTCCCCCACAAAAATAAGATTCCTTGGGCTGTAGAATTTACCGTTGGTAATTTCTGGTTGGCGAAGCAACCAGAATGATTATGGACTCTTACCCAAAACGGCAGACCACCAAATGTTGGAAGGTGCCATGTAGGCAAATGAGAGAGGCGAGGAATAGCGGTATTTAGTGG
AGTAGGCGCTGGAATATCTGACACTGCTAATAAAAACAGGTGGATGCCCCAGGTTTCGGGTTCAAATTATATGTACGGGATACTCCACCCTGTTGGGTCAGTCAAACAACCAGAAATAGGTCTACCCAAATGGAGATCCGGGTAGCAGgtaattgttctcacctcactgatgataggatgtggtttcgttctttacaaaa
gcattaatacagggtttgaacttggaatgaaatatttctaatgaagaagggatttctgcgttgcgatctcttcccctattttccattcagatataagggggagtgatgtctggggcttttaatggggaactattgaattttctgaaccataatcgatgatctattgacccattcagATACGAGGGCGAGTGATGTTTGGG
GCTTTTAATGGGAAACTACTGAATTTTCTGAACCAGAATCGATGACCAGTTGATCCTTTTGAGGCTTAAGATTATGCACATTTAAAATGCAAACTAAAACCAAGAGGAGAGGTGTGGTAGAGAATGGGGGGGATAAAGGGGACGAATTAGTGTTAGCCTCCGCAATTAGCAATGGGGAGGATTTGGGTTCAATCATTAGA
CAAGCATTTGAGGTTGGGAAGCCGGAATCCCTATTGCAACAGCTCAAATATTTTGTCAAGAAAAAGGAGATTGAAATAGAGGACTTATGCAAGGTGCATTATGAGGAATTCATCCATGCAGTGGATGAGCTCCGTGGGGTTTTAGTAGATGCAGATGCGTTAAAGAATGGGCTGGCCAGTGAGAATTATCAGCTCCAACA
AGTGGGTAATTCTCTCTTGGCTAAAGTTGAAGAACTCCTAGAAGCTTATGCAATTAAGAAGAACTTAACAGAAGCGATCCAGTCATCGAAAATATGTGCGCAAGCCATGGAATTGTGCGTGAAATGTAACCAACATGTCAGGAATGATAGTTACTACCCCGCATTGAAAACTTTAGACTCGATTGAAAGAGATTACTTGC
ACAGAATTCCTGCCAAGGCGCTTCAGCAAATGCTAGAAAAAAAGATCCCTGAAATCAAATCCCACATCGAGAAAAGAGTTAACAAGGAATTCAATGATTGGCTTGTGAAGATTAGGAGTACTGCTAAAGAAATTGGTCAGTTAGCAATCGGGCAAGCTTCTTCAGCTCGGCAGAGAGAAGAGGAGCTTCGAGGCCGGCAG
AAGCAGGCAGAGGAACAGAGCAGGTCAGGTGTAAGGGAATGTGTATATGCTTTAGACACTGAGGACACGGAAGATGCTGATGCTGTTTTGAAATTCGACATCACTCCAGTTTATAGGGCACACCATATCCAGACCTGTCTTGGGCTCCAAGACCAGTTCCGGGATTACTACCATAAAAATCGCCAGCTGCAGCTCAATTC
AGATTTGCAAATCTCATCATCGCAGCCTTTTCTAGAATCACATCAGGTTTTCTTTGCTCAGATTGCTGGGTTTTTCATAGTCGAGGACCGTGTTTTGAGGATGGCTGGAGGATTAATATCCACTGCCCAGGTGGAAATGATGTGGGACACAGCTGTAGCAAAGATGAGTTCTATTTTAGAGGATCAGTTTTCGCGTATGC
AGGTTGCAAGCCATCTTCTGCTTATCAAGGACTATGTAAGTCTACTTGGTGTGACTTTGAGAAGATATGGCTACCAGGTGGGCCCTCTGCTTGAAGTTTTGGACAAGAACAGAGACAAATATCATGAACTTCTTCTCAATGAATGCAGAAAACAGATCAATGATGTCCTTGCTAATGACAAATACGAGCAGATGGTGATG
AAAAAAGAGTATGAGTACAATATGAACGTGTTGGCATTCCATTTACAGACATCAGATATCATGCCTGCTTTCCCCTATATTGCACCGTTTTCTGCCACAGTGCCTGATTGCTGTCGCATTGTGAGGTCTTTCATAGAGGATTCTGTGAGCTATCTTTCCTATGGAGGTCACATGGACTTCTATGATGTTGTGAAGAAGTA
CCTAGACAAGCTTTTGATCAATGTTCTGAACGAGGCTTTACTCAAATTGATTAACATTTCCACGCTGGGGGTATCTCATGCCATGCAGATAGCTGCCAATATGACAGTTTTGGAGCGAGCTTGTGACTTTTTTATGCAGCATGCTGCCCAACTTTGTGGCATTCCTACGCGTTTGGCAGAAAGGCCGCATGCTGCATTGT
CTGCTCGATCTGTCTTGAAGAACTCACAAGATGCTGCACATGAGGCGATGCTGAGGCTAGTCAAGTCTAAGGTGGATGAATTTATGTTGCTAACCGATAACATCAATTGGAACCCTGATGAACTTCCACAAAATGGCAATGAGTATCTAAATGAGGTGATAATTTACTTGGAGACGTTGGTTTCTACAGCACAGCAAATA
TTACCATTGGATGCGTTGGAGAAGGTAGGAATTGGAGTGTTGAAGCACATATCAGACTGCATCATGGTGACACTTATGAGGGACAATGTCAAGCGATTCAATATAAATGCTATAATGGGTATTGACAATGATTTAAAAGTGTTAGAATCCTTTGCCGAGGAAAGATTCCACAGCACTGGCTTGAGTGAGCTTCAGGGTGC
TACAAGTTTGAAGCACTGCTTGGCAGAAGCACGCCAGTTGGTTAATCTTTTATTGAGCAACCAGCCAGAGAACTTCATGAACCCTGTTATAAGGGAGAAACACTACAGTGCTTTGGATTACAGAAAGGTTGCAGTGATTACTGAGAAATTCAGAGATGCACCTGAAAGGTTATTTGGAAGCTTGGGGGGTAGGAATTCAA
AGCAAAATCCCAGGAAAAAGTCCATGGATACATTAGTAAGGAGATTGAGAGATCTCAACTGACGGATTCAATGGGACTACAAAGACATTCAGATGGCATGCTTAGCTGTTTGGTGTATTTAACAAATAACAATATCCTGAATATCCATGTCTGTAAACTATGGATTTTCATATTATGTTGAACAGTTGGGTGCCTGAGGG
TTTCTCAACATGCGTTATTTCTTTTAGCTTTCTTGAAGTGGTAGGTGGTGTATAGAATCTGAACTCTTTTTATCATTTCTTTGGTATCATGGATTTGTGTCTGTTAAATGTTTTCCAATGATATTCTTTTGACGAAAGATTCATCTTTCCTTTGTGTATGAGCATGCAACTGGTAACTCCATTTTTATCCATGACAACAA
TATTTCTAACCTAATAAGTTGCTTATTTACTGTTATTTTTCATGGTTTTAGTTTTAATTTTTTATTATTATTATCAGAGTATTCTTCC