sp|F4KBP5|CHR4_ARATH ----> Protein CHROMATIN REMODELING 4
Intron 1 GTTCGTCGAG ... TTATTTCGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.17 | 13 | 3 | 16 |
| A2 | 59.46 | 15 | 3 | 22 |
| A3 | 71.43 | 8 | 0 | 20 |
| A4 | 46.67 | 16 | 2 | 14 |
| A5 | 53.85 | 6 | 2 | 7 |
| A6 | 63.64 | 4 | 0 | 7 |
| A7 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A8 | 50 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A10 | 50 | 4 | 2 | 4 |
>TRINITY_DN105119_c1_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGTGGCCTCGATGTTCTACTGTTCACTTAGTTTGCCATGTAAATGTAAACGGCTTGCAGAATAAGTATCATCTTTGGCAAGACCATGATGACAAGGGCATTCTACTGAAGAATTCAGTTGTTTGGATGGCAAAGGAGGGGAGGAATCTAATCGATATAAGAGGAAACTAAGGTCTCGGAATTGTAGGAAGATATCTGCTAC
TGGGTTGAACAATATGGTAAAAGGTCCCTGCAAGGGAGATATGCAGCAAGACATTGCTGAAGAGGGCATCATTATTCAGGGAACAAAATCAGAGAAGTATCGAACGAAAAATAAAGAGAAACTGGTCAGTGTTTTGGGGACATCTAGGAATAGTCTGGATAAAGATTCAAATCTGAAAACCAAAGATGGTCGTGTGCTTG
GGAAAAGAGGCTTAAGTAATGTTGCACAGGAACAACAACTGGAGCTAATAAGTGAACTATCTGTAAGTTCTTTGCGAAATGAAAAGGAGGGCATCATGCATAATCAGATGGAAGGGTCTATCGTGATTGACAGTGGTAACCTTGATGGAACTTCATGCCATTTTCCTGATGAGAAACATAAAGCTTGCAGAAGCAAAAGG
AAAAAAAATGTTTTGATGAATGCTAATTCTCTTTCCATAGAGAAAGAAGAAAATACATTTGATGATTCAGGGATGGATAAAGTAGATATAGCATCTGACGTAGTTCGTAGCAGGACTGAAAATTGTGACTACAGAATTCGAATGAATGAGAATCGGGGTTATTGTCTCAAATATACTGGCTTCCAAAAGCGTGAAGGAAA
GCAAGACAAAGAGGGAGCAAGTGATGCCAACCTTCAAATTTTCTCAGAAGACCATGAAGCAGAGGGTCAAATGGGACATAAGAGTAATACTGGGAAGATAGCAATTGACACTGGGGAGATTGTTAACACTGGTTCACCATCATCTTCTCAGACGAGTTGTTTTCAAAGAAGGATTCCAGTGGATGATTATAATAGCATTT
GTGAAATATGCAAAGTTGGGGGTGAACTGCTGTGTTGTGATGGAGAAGGTTGCTTGCTTACTTATCATCGGTTTTGCCTTGATCCTCCTTTGGATCAAGTTCCTCCTGGGAATTGGCTCTGCCCAACTTGTTCATACAAGAAAACTTCATCTGATTTATTGTCGGTGCCCACTGCAGTTGAATCTATATGGGATTCAAAG
GAATCTGACATCATCGATGATGCATTAAGTGAGAGTCTAATTATGGGTAATGCCTCTAGTGAAAGACGGAGAACAGTGGATAAAAGTGTTAGCCGAGAACATTTTGCTCAAGATAAACATGATTGTTTTGTGCCAACTGCAAGGAAGAATACTGCGTCAAATACAATTCAGGGACCAGATAAGAGTCTAAATGACACAGC
ATCACCTAATCTGATAGATGGGGAATCTGATGTGTACAAAGTGAACTCAAAGAGAAAATTTAAACAAGAGAAGATATATTTTGTCAAATATAAAGGACTTTCTCATGTGCACAATCGATGGGTCAGTGAAAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCTCCAAAAAAGTTAGCTTGTTTCAAAAGAAACGTTCAGCAAGGAAAGGCCT
TAAAATGGAATCCACAATGGACTGAACCACATCGTCTTATTCGAAAAAGGGCCTTAATGTCTCATGAAAAATCACTTGGAGAACGACATGATAAGTTAAATTGCAGAGTTGAATGGCTGGTTAAATGGAAGGGATTAGGGTATGATCAGTGTACATGGGAGATGGCAGATTCAGACATCCTTGCTTCCACTTCAGCAAAT
GAGCTCATTGAATCATATGAACAGAGATCTGGAAAGGCCCGGCAGCGAGCTTTTCCCGGAAGGATAGAAAAGGTAAAGAAGTTGCGTGATGCTGCATATTTAAAGTTGAAGGAGCTACCTACATGGATTAAAGGAGGAAACAATTCTCACCCTCAACTAAAGTCAATCAACAATCTTTGCAAGTTCTGGCAAACTCACCA
AAATGCTATGATTGTGGATGAAGTCAACCAGGAACGCATTTTGACCACAATCTCATTCATACTGTCACTGATCAAAGAATTTGAAGTGGTTCGACCTATTCTTATTGTCACATCATCTACTACAATATCTAGTTGGGAATATGAATTGTTGCAATGTGACCCGTTGGTCAACTTTGTTGTTTATAGCGGAAATCGAAATT
CAAGAGAAGTTATTCGAAAAATGGAGTTCTATGAGGAAAGCGGATGTGTGATGGCAGAAATAATTCTCTCAACCTATGATGTTGTCCTTATGGATCTTCAATATTTAAAGCTTTTAGAGTGGGAGGCATTGGTAGTAGATGAATGCCAACGCCTCAAGTTACCAAAATCATTGTACCATTTGGAACAACTTCTTGTAGAT
TTTCGACTTGTGCTCTTCAGTGAGGCGCCAAAGGATAATTCTTCTGATTGGTCTAATCTTTTACCTTTCCTAGATACGAAAATGAGCCATTTTTTGGATACTCCTAAGGAACAAGAGGATCAAAAAAGGAAAGAAGAGATAACTCAAATGAAGAAAATGATAGAGCAGTATATTATATATGAACAGACAACAGATAATCT
CTCACGTATTAAATTGATAGAGCATTGGGTTCCGGTGGAGTTCACTGATGTGCAAGTGGAGCAGTATTGCAATACGCTAATCAAGAATTCTGATTCATTATGTTTGCCCTCAAAAAAAATTGATTCTGTTGAGCTTCTTAGGGATGTTCTTTTATCATTAAGGAAGTGTTGCAATCACCCTTATCTTGTGGATCGATCAT
TGGAAAACTCGCTTGCAAAAAGATTTCCAGAAACTGAATATTTGGATGTTGGAATAAAAGCAAGTGGCAAGCTACAGCTTTTGGACCATGTTCTTTCAGAACTCAAAGTGAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGATGCTTCAATTGGTGATATTTTGGATGACCATTTAAGACAA
CGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTTTACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACAGTATTATAATATTTGACAGTGATTGGAATCCATTGAATGA
CTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAACTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGCCATCAGCTGCTTAGATGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATA
ATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAATGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATCAAGAAACAATGGCTATGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGT
GAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGCAGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAGTGCATGTACCTGTTAAAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAG
AAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACATCAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGAAAGTCTAACTGCAAGGATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAA
TGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTGCTGGGAAGAATAACTGCAATGGTAAGAATTTATTCCCAAAGGCAATGGATATACATCAATATGTTGTTGATCAAGTATCTTATGATTCTACAGAAGATGTTTCTGGAAAGTCCAACTGCAAGGATAAGAGTTTATCCTCAGAT
GTGCAAACTGAAAAACATCCCAGTTCACCTTCTGCTTCCTGTGACAGAATAATGGAAGTTTCCAAGTATGATGGTGAAAACATCAATGGAAGACCATCAAGGAAAACGACTAATTATGGTCCTAATAGTTCAGTTACTGCTGCAGGAAATTCCTTAAGTGATGAATATCGTGGCAACACATCTGTGCTCTTCCACAAGGA
GGATCCAAATGACCTAGGAGTTTCCTCTTGTATCTCAGATCCTGAAGGTTCTGCTCATCAAATTGAGGAACATAATAAAAATGGGGATAATGAAGCATTAAAATCTACACGACAAAATCTTTATATCCGAATGAAGTCAGAGATAGCACAACTGTGCCATGTACTGCATTTTCCGTGTTTAGCAGCGGCCAGGTCCTTGA
AATGTGAGATGGATATTGAGGCCTCACTTGAACTTGCAAAATCACAGCTAAGCTTTGAGTGTACAAAAGATGAGGTTGATTTGGTGTATGGGAAACTTTCAGAAACTTTCTTGAATTTACACAGAAGGATGCCATCCACAGCTGGCAGTGGAAGCACCTCACCAACTAGAAATTTGACAAACTGGAACAATGCAGATGAG
AAATATGCAGACAATGATAGAGCATGTAATCATGAGCATGCCAGAAAACTAATCCATTTCAGCTCAACCAAATTAGTAACAGACTTGCACAACTCCACTGGATTGGATGTTCATCCGCATGAAAGAATGGAAGGAATTGGCAATTTTAAGGCTGGTAGAAAACCAGGAACTCAGGGAGAAAATAACAGTACATATCACGT
CGAGGAGGACATGAACGATTGTCCAGAGAAACCTATTCTGACTGCCAAACAGAAGGAAATTGATGTGTCTAATCAGTTTGATATGTCTAATTTTGAGTCCAATCCTCAATCTAAAGAGTTATCTGAGTGCCAGGTGAATGTTTTTCCTTTTGAGCAACATACAGAAAAATGTGAAAGGATAAATGCCATTATGCAGAAAC
AGCAGTCGGAAGTCACAATATCATGCAAACAATTTGACAGGAAGCAACAGAAGCTTAAGAATTCTATGGATAATTATAAAATCCATACAACTGATTCTGATCCAGAAATAAGTACAAATGTTATGAAGCAAGAGACAGATCATGCACAAAAGTGTAGGGAACTTGATAAACAAGCTACTATAAGGGAGGGAAACAACGGA
AGATCCAATTCAGTGTTAAAAGTTATAACAGTTGAGAGAGTGCCTTTACACTCCTTTTCTGAGATAAATTTGGAACCAAGAACAGGCCTTTCATCAGTTCAGTCACTCGAGCTTCTGCAAACTGGAATGGAGAGTCCAAGCACAATATCTTCATCATTGGATATAGATAAAAGTAGTTCACAGGGTCAGAAGTCCAATTA
TCTGCAAGATTGTGAGTCTAACCATTCGAGATCCAGTAAGCAGGATTTGCAAGTTCCTTCAAGGGAAACTATGAAACAAGCTCAACAGGCATCCAACCTAACCAACTTTGTTGACACATTCAGTACAATTCAGATTCAGCAATGTGATGCCATGAATATATCAGAGTCACAACATATACATCATACATTTGCAGTTGGTG
AAGTTTCAGTGCCTATTGAACCAGCACAGCCTCTTCAGGGTATTTATATGGCAGCAGGGTCAAGTTCTACTGCTGTCACTGAAACTGTTCCAGTCACATCTCAACCATCTAGAGTGAGTGTAACATCAAATAGCTTACCATTTTCTGCATTTAATACTCATTCTATGCAGATCACAACATCGGCGTCCTCAAGATTGCTA
CAGCCAAACTTAGCTGATCCTCTGTCTCATGAGATGCTGAGGATAACGAAAGAGAGTGAGCAAATAAAAAAACTGCATGAAGAAAAGTTGGCACAAATCAAAGCCAAGTTTCAGGAGGAGTTTGAAGAACTGGAAAAGAAGTATGATGGCTTACTCCTAGAAGAGCAGCATTTATTTGAGCACAAGAAAAGGAATCTTGA
AGCAATTTTTCTCAAAGTTGATTTAAACCATCATCTTGCAAAGGCATTCAGATTCCATGCTCGGCGACAGAAGAACTCCACATCATCAGTGGCAGGTACTGGAACTAAGTGGCAACATATCCAACATGCAACAAATGCTTCTGGTGAGTGTTCATCTCAATCATTTGTCCCGATCTTCCCTTCAGAGGTCTCTACACATG
TTCCAGATAGATTCACTGCAGCAACTGGTGTGCAAGTTAATGGAATGCTTCCTTCACAAAGTACTGTACAGAACTCTGAAACTTACGCTTCATCCTTACAACTGCCTATTACAGGCATACCAGGAAACCCAACACAATGTATGCAGGGAACTCAAGATAATGCCTCTTTTCTCTCTGCAGTTTCAAGTATGTGGAATGAA
GAACTTCAAGGCACACTAGGTTCAAGTACACTACCACCTGCTTCTGTTTCATTGTTAGAGCATTCACAATCAGCTACTGTACCTTTCAAGTTGAAACACCAAATTAATAGTAGTGAAATTGCTGGTGTCGTTTACTTACCTGATGATGACTAAATTCATAATAATTTTATACCTAGTCTAGATCATAGATTCATAAGCTG
TTCATTTTTCTGGAACCTAGTATGTGATGAATACCCATTATTGTCCTGCAATTGTATACATACCGATTGCGATTGCCATATTGATTTTGCAAAAGTTTCACCACCAATTTTGGCCGAGACTAAACTCCCTCTGTCTAAGCTGTAATAGATGC
>TRINITY_DN105119_c1_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTGGCCTCGATGTTCTACTGTTCACTTAGTTTGCCATGTAAATGTAAACGGCTTGCAGAATAAGTATCATCTTTGGCAAGACCATGATGACAAGgttcgtcgagaaattcaaaaaaataaatagaatttgacatccctttgcctggtggaacaactgtgctcctacagcagaatggttcatgtgctatatttaaggcgta
tctgttattatataaacatcaatgcgattcactgcgtatagaccagtcaaatccacaaaaaatggattcttctctttccgttgaatgtgcaactctgccaaagtgacctttatttcgagGGCATTCTACTGAAGAATTCAGTTGTTTGGATGGCAAAGGAGGGGAGGAATCTAATCGATATAAGAGGAAACTAAGGTCTC
GGAATTGTAGGAAGATATCTGCTACTGGGTTGAACAATATGGTAAAAGGTCCCTGCAAGGGAGATATGCAGCAAGACATTGCTGAAGAGGGCATCATTATTCAGGGAACAAAATCAGAGAAGTATCGAACGAAAAATAAAGAGAAACTGGTCAGTGTTTTGGGGACATCTAGGAATAGTCTGGATAAAGATTCAAATCTG
AAAACCAAAGATGGTCGTGTGCTTGGGAAAAGAGGCTTAAGTAATGTTGCACAGGAACAACAACTGGAGCTAATAAGTGAACTATCTGTAAGTTCTTTGCGAAATGAAAAGGAGGGCATCATGCATAATCAGATGGAAGGGTCTATCGTGATTGACAGTGGTAACCTTGATGGAACTTCATGCCATTTTCCTGATGAGAA
ACATAAAGCTTGCAGAAGCAAAAGGAAAAAAAATGTTTTGATGAATGCTAATTCTCTTTCCATAGAGAAAGAAGAAAATACATTTGATGATTCAGGGATGGATAAAGTAGATATAGCATCTGACGTAGTTCGTAGCAGGACTGAAAATTGTGACTACAGAATTCGAATGAATGAGAATCGGGGTTATTGTCTCAAATATA
CTGGCTTCCAAAAGCGTGAAGGAAAGCAAGACAAAGAGGGAGCAAGTGATGCCAACCTTCAAATTTTCTCAGAAGACCATGAAGCAGAGGGTCAAATGGGACATAAGAGTAATACTGGGAAGATAGCAATTGACACTGGGGAGATTGTTAACACTGGTTCACCATCATCTTCTCAGACGAGTTGTTTTCAAAGAAGGATT
CCAGTGGATGATTATAATAGCATTTGTGAAATATGCAAAGTTGGGGGTGAACTGCTGTGTTGTGATGGAGAAGGTTGCTTGCTTACTTATCATCGGTTTTGCCTTGATCCTCCTTTGGATCAAGTTCCTCCTGGGAATTGGCTCTGCCCAACTTGTTCATACAAGAAAACTTCATCTGATTTATTGTCGGTGCCCACTGC
AGTTGAATCTATATGGGATTCAAAGGAATCTGACATCATCGATGATGCATTAAGTGAGAGTCTAATTATGGGTAATGCCTCTAGTGAAAGACGGAGAACAGTGGATAAAAGTGTTAGCCGAGAACATTTTGCTCAAGATAAACATGATTGTTTTGTGCCAACTGCAAGGAAGAATACTGCGTCAAATACAATTCAGGGAC
CAGATAAGAGTCTAAATGACACAGCATCACCTAATCTGATAGATGGGGAATCTGATGTGTACAAAGTGAACTCAAAGAGAAAATTTAAACAAGAGAAGATATATTTTGTCAAATATAAAGGACTTTCTCATGTGCACAATCGATGGGTCAGTGAAAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCTCCAAAAAAGTTAGCTTGTTTCAAA
AGAAACGTTCAGCAAGGAAAGGCCTTAAAATGGAATCCACAATGGACTGAACCACATCGTCTTATTCGAAAAAGGGCCTTAATGTCTCATGAAAAATCACTTGGAGAACGACATGATAAGTTAAATTGCAGAGTTGAATGGCTGGTTAAATGGAAGGGATTAGGGTATGATCAGTGTACATGGGAGATGGCAGATTCAGA
CATCCTTGCTTCCACTTCAGCAAATGAGCTCATTGAATCATATGAACAGAGATCTGGAAAGGCCCGGCAGCGAGCTTTTCCCGGAAGGATAGAAAAGGTAAAGAAGTTGCGTGATGCTGCATATTTAAAGTTGAAGGAGCTACCTACATGGATTAAAGGAGGAAACAATTCTCACCCTCAACTAAAGTCAATCAACAATC
TTTGCAAGTTCTGGCAAACTCACCAAAATGCTATGATTGTGGATGAAGTCAACCAGGAACGCATTTTGACCACAATCTCATTCATACTGTCACTGATCAAAGAATTTGAAGTGGTTCGACCTATTCTTATTGTCACATCATCTACTACAATATCTAGTTGGGAATATGAATTGTTGCAATGTGACCCGTTGGTCAACTTT
GTTGTTTATAGCGGAAATCGAAATTCAAGAGAAGTTATTCGAAAAATGGAGTTCTATGAGGAAAGCGGATGTGTGATGGCAGAAATAATTCTCTCAACCTATGATGTTGTCCTTATGGATCTTCAATATTTAAAGCTTTTAGAGTGGGAGGCATTGGTAGTAGATGAATGCCAACGCCTCAAGTTACCAAAATCATTGTA
CCATTTGGAACAACTTCTTGTAGATTTTCGACTTGTGCTCTTCAGTGAGGCGCCAAAGGATAATTCTTCTGATTGGTCTAATCTTTTACCTTTCCTAGATACGAAAATGAGCCATTTTTTGGATACTCCTAAGGAACAAGAGGATCAAAAAAGGAAAGAAGAGATAACTCAAATGAAGAAAATGATAGAGCAGTATATTA
TATATGAACAGACAACAGATAATCTCTCACGTATTAAATTGATAGAGCATTGGGTTCCGGTGGAGTTCACTGATGTGCAAGTGGAGCAGTATTGCAATACGCTAATCAAGAATTCTGATTCATTATGTTTGCCCTCAAAAAAAATTGATTCTGTTGAGCTTCTTAGGGATGTTCTTTTATCATTAAGGAAGTGTTGCAAT
CACCCTTATCTTGTGGATCGATCATTGGAAAACTCGCTTGCAAAAAGATTTCCAGAAACTGAATATTTGGATGTTGGAATAAAAGCAAGTGGCAAGCTACAGCTTTTGGACCATGTTCTTTCAGAACTCAAAGTGAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGATGCTTCAATTGGTGA
TATTTTGGATGACCATTTAAGACAACGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTTTACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACAGTATTATAATATTTG
ACAGTGATTGGAATCCATTGAATGACTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAACTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGCCATCAGCTGCTTAGA
TGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATAATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAATGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATCAAGAAACAATGGCTA
TGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGTGAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGCAGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAGTGCATGTACCTGTTA
AAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAGAAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACATCAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGAAAGTCTAACTGCAAG
GATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAATGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTGCTGGGAAGAATAACTGCAATGGTAAGAATTTATTCCCAAAGGCAATGGATATACATCAATATGTTGTTGATCAAGTATCTTATGATTCTACAGAAGATGTTTCTGGAAAGTCCAACTG
CAAGGATAAGAGTTTATCCTCAGATGTGCAAACTGAAAAACATCCCAGTTCACCTTCTGCTTCCTGTGACAGAATAATGGAAGTTTCCAAGTATGATGGTGAAAACATCAATGGAAGACCATCAAGGAAAACGACTAATTATGGTCCTAATAGTTCAGTTACTGCTGCAGGAAATTCCTTAAGTGATGAATATCGTGGCA
ACACATCTGTGCTCTTCCACAAGGAGGATCCAAATGACCTAGGAGTTTCCTCTTGTATCTCAGATCCTGAAGGTTCTGCTCATCAAATTGAGGAACATAATAAAAATGGGGATAATGAAGCATTAAAATCTACACGACAAAATCTTTATATCCGAATGAAGTCAGAGATAGCACAACTGTGCCATGTACTGCATTTTCCG
TGTTTAGCAGCGGCCAGGTCCTTGAAATGTGAGATGGATATTGAGGCCTCACTTGAACTTGCAAAATCACAGCTAAGCTTTGAGTGTACAAAAGATGAGGTTGATTTGGTGTATGGGAAACTTTCAGAAACTTTCTTGAATTTACACAGAAGGATGCCATCCACAGCTGGCAGTGGAAGCACCTCACCAACTAGAAATTT
GACAAACTGGAACAATGCAGATGAGAAATATGCAGACAATGATAGAGCATGTAATCATGAGCATGCCAGAAAACTAATCCATTTCAGCTCAACCAAATTAGTAACAGACTTGCACAACTCCACTGGATTGGATGTTCATCCGCATGAAAGAATGGAAGGAATTGGCAATTTTAAGGCTGGTAGAAAACCAGGAACTCAGG
GAGAAAATAACAGTACATATCACGTCGAGGAGGACATGAACGATTGTCCAGAGAAACCTATTCTGACTGCCAAACAGAAGGAAATTGATGTGTCTAATCAGTTTGATATGTCTAATTTTGAGTCCAATCCTCAATCTAAAGAGTTATCTGAGTGCCAGGTGAATGTTTTTCCTTTTGAGCAACATACAGAAAAATGTGAA
AGGATAAATGCCATTATGCAGAAACAGCAGTCGGAAGTCACAATATCATGCAAACAATTTGACAGGAAGCAACAGAAGCTTAAGAATTCTATGGATAATTATAAAATCCATACAACTGATTCTGATCCAGAAATAAGTACAAATGTTATGAAGCAAGAGACAGATCATGCACAAAAGTGTAGGGAACTTGATAAACAAGC
TACTATAAGGGAGGGAAACAACGGAAGATCCAATTCAGTGTTAAAAGTTATAACAGTTGAGAGAGTGCCTTTACACTCCTTTTCTGAGATAAATTTGGAACCAAGAACAGGCCTTTCATCAGTTCAGTCACTCGAGCTTCTGCAAACTGGAATGGAGAGTCCAAGCACAATATCTTCATCATTGGATATAGATAAAAGTA
GTTCACAGGGTCAGAAGTCCAATTATCTGCAAGATTGTGAGTCTAACCATTCGAGATCCAGTAAGCAGGATTTGCAAGTTCCTTCAAGGGAAACTATGAAACAAGCTCAACAGGCATCCAACCTAACCAACTTTGTTGACACATTCAGTACAATTCAGATTCAGCAATGTGATGCCATGAATATATCAGAGTCACAACAT
ATACATCATACATTTGCAGTTGGTGAAGTTTCAGTGCCTATTGAACCAGCACAGCCTCTTCAGGGTATTTATATGGCAGCAGGGTCAAGTTCTACTGCTGTCACTGAAACTGTTCCAGTCACATCTCAACCATCTAGAGTGAGTGTAACATCAAATAGCTTACCATTTTCTGCATTTAATACTCATTCTATGCAGATCAC
AACATCGGCGTCCTCAAGATTGCTACAGCCAAACTTAGCTGATCCTCTGTCTCATGAGATGCTGAGGATAACGAAAGAGAGTGAGCAAATAAAAAAACTGCATGAAGAAAAGTTGGCACAAATCAAAGCCAAGTTTCAGGAGGAGTTTGAAGAACTGGAAAAGAAGTATGATGGCTTACTCCTAGAAGAGCAGCATTTAT
TTGAGCACAAGAAAAGGAATCTTGAAGCAATTTTTCTCAAAGTTGATTTAAACCATCATCTTGCAAAGGCATTCAGATTCCATGCTCGGCGACAGAAGAACTCCACATCATCAGTGGCAGGTACTGGAACTAAGTGGCAACATATCCAACATGCAACAAATGCTTCTGGTGAGTGTTCATCTCAATCATTTGTCCCGATC
TTCCCTTCAGAGGTCTCTACACATGTTCCAGATAGATTCACTGCAGCAACTGGTGTGCAAGTTAATGGAATGCTTCCTTCACAAAGTACTGTACAGAACTCTGAAACTTACGCTTCATCCTTACAACTGCCTATTACAGGCATACCAGGAAACCCAACACAATGTATGCAGGGAACTCAAGATAATGCCTCTTTTCTCTC
TGCAGTTTCAAGTATGTGGAATGAAGAACTTCAAGGCACACTAGGTTCAAGTACACTACCACCTGCTTCTGTTTCATTGTTAGAGCATTCACAATCAGCTACTGTACCTTTCAAGTTGAAACACCAAATTAATAGTAGTGAAATTGCTGGTGTCGTTTACTTACCTGATGATGACTAAATTCATAATAATTTTATACCTA
GTCTAGATCATAGATTCATAAGCTGTTCATTTTTCTGGAACCTAGTATGTGATGAATACCCATTATTGTCCTGCAATTGTATACATACCGATTGCGATTGCCATATTGATTTTGCAAAAGTTTCACCACCAATTTTGGCCGAGACTAAACTCCCTCTGTCTAAGCTGTAATAGATGC
Intron 2 GTGAGTGTTC ... CCTATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.15 | 23 | 45 | 41 |
| A2 | 68.25 | 10 | 12 | 31 |
| A3 | 79.31 | 9 | 32 | 37 |
| A4 | 59.42 | 14 | 24 | 17 |
| A5 | 77.78 | 2 | 8 | 6 |
| A6 | 75.17 | 18 | 37 | 72 |
| A7 | 76.58 | 26 | 68 | 102 |
| A8 | 72.73 | 39 | 96 | 112 |
| A9 | 67.8 | 38 | 77 | 83 |
| A10 | 80.8 | 12 | 54 | 47 |
>TRINITY_DN38662_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformGAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGATGCTTCAATTGGTGATATTTTGGATGACCATTTAAGACAACGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTT
TACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACAGTATTATAATATTTGACAGTGATTGGAATCCATTGAATGACTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAA
CTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGCCATCAGCTGCTTGGATGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATAATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAA
TGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATCAAGAAACAATGGCTATGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGTGAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGC
AGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAGTGCATGTACCTGTTAAAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAGAAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACAT
CAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGAAAGTCTAACTGCAAGGATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAATGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTGCTGGGAAGAATAACTGCAATGGTAAGAATTTATTCCCAAAGGCAATGGATAT
ACATCAATATGTTGTTGATCAAGTATCTTATGATTCTACAGAAGATGTTTCTGGAAAGTCCAACTGCAAGGATAAGAGTTTATCCTCAGATGTGCAAACTGAAAAACATCCCAGTTCACCTTCTGCTTCCTGTGACAGAATAATGGAAGTTTCCAAGTATGATGGTGAAAACATCAATGGAAGACCATCAAGGAAAACGA
CTAATTATGGTCCTAATAGTTCAGTTACTGCTGCAGGAAATTCCTTAAGTGATGAATATCGTGGCAACACATCTGTGCTCTTCCACAAGGAGGATCCAAATGACCTAGGAGTTTCCTCTTGTATCTCAGATCCTGAAGGTTCTGCTCATCAAATTGAGGAACATAATAAAAATGGGGATAATGAAGCATTAAAATCTACA
CGACAAAATCTTTATATCCGAATGAAGTCAGAGATAGCACAACTGTGCCATGTACTGCATTTTCCGGATGAAGTTTCAAAAATGGCAGAAGAGTCACTTGTCAATGTGATGAACAATTATCACCCTGCTATTAAACGGAGAAGCTTGGCACAAGCTGTTATGATATGCTTGTGTTTAGCAGCGGCCAGGTCCTTGAAATG
TGAGATGGATATTGAGGCCTCACTTGAACTTGCAAAATCACAGCTAAGCTTTGAGTGTACAAAAGATGAGGTTGATTTGGTGTATGGGAAACTTTCAGAAACTTTCTTGAATTTACACAGAAGGATGCCATCCACAGCTGGCAGTGGAAGCACCTCACCAACTAGAAATTTGACAAACTGGAACAATGCAGATGAGAAAT
ATGCAGACAATGATAGAGCATGTAATCATGAGCATGCCAGAAAACTAATCCATTTCAGCTCAACCAAATTAGTAACAGACTTGCACAACTCCACTGGATTGGATGTTCATCCGCATGAAAGAATGGAAGGAATTGGCAATTTTAAGGCTGGTAGAAAACCAGGAACTCAGGGAGAAAATAACAGTACATATCACGTCGAG
GAGGACATGAACGATTGTCCAGAGAAACCTATTCTGACTGCCAAACAGAAGGAAATTGATGTGTCTAATCAGTTTGATATGTCTAATTTTGAGTCCAATCCTCAATCTAAAGAGTTATCTGAGTGCCAGGTGAATGTTTTTCCTTTTGAGCAACATACAGAAAAATGTGAAAGGATAAATGCCATTATGCAGAAACAGCA
GTCGGAAGTCACAATATCATGCAAACAATTTGACAGGAAGCAACAGAAGCTTAAGAATTCTATGGATAATTATAAAATCCATACAACTGATTCTGATCCAGAAATAAGTACAAATGTTATGAAGCAAGAGACAGATCATGCACAAAAGTGTAGGGAACTTGATAAACAAGCTACTATAAGGGAGGGAAACAACGGAAGAT
CCAATTCAGTGTTAAAAGTTATAACAGTTGAGAGAGTGCCTTTACACTCCTTTTCTGAGATAAATTTGGAACCAAGAACAGGCCTTTCATCAGTTCAGTCACTCGAGCTTCTGCAAACTGGAATGGAGAGTCCAAGCACAATATCTTCATCATTGGATATAGATAAAAGTAGTTCACAGGGTCAGAAGTCCAATTATCTG
CAAGATTGTGAGTCTAACCATTCGAGATCCAGTAAGCAGGATTTGCAAGTTCCTTCAAGGGAAACTATGAAACAAGCTCAACAGGCATCCAACCTAACCAACTTTGTTGACACATTCAGTACAATTCAGATTCAGCAATGTGATGCCATGAATATATCAGAGTCACAACATATACATCATACATTTGCAGTTGGTGAAGT
TTCAGTGCCTATTGAACCAGCACAGCCTCTTCAGGGTATTTATATGGCAGCAGGGTCAAGTTCTACTGCTGTCACTGAAACTGTTCCAGTCACATCTCAACCATCTAGAGTGAGTGTAACATCAAATAGCTTACCATTTTCTGCATTTAATACTCATTCTATGCAGATCACAACATCGGCGTCCTCAAGATTGCTACAGC
CAAACTTAGCTGATCCTCTGTCTCATGAGATGCTGAGGATAACGAAAGAGAGTGAGCAAATAAAAAAACTGCATGAAGAAAAGTTGGCACAAATCAAAGCCAAGTTTCAGGAGGAGTTTGAAGAACTGGAAAAGAAGTATGATGGCTTACTCCTAGAAGAGCAGCATTTATTTGAGCACAAGAAAAGGAATCTTGAAGCA
ATTTTTCTCAAAGTTGATTTAAACCATCATCTTGCAAAGGCATTCAGATTCCATGCTCGGCGACAGAAGAACTCCACATCATCAGTGGCAGGTACTGGAACTAAGTGGCAACATATCCAACATGCAACAAATGCTTCTGGCATACCAGGAAACCCAACACAATGTATGCAGGGAACTCAAGATAATGCCTCTTTTCTCTC
TGCAGTTTCAAGTATGTGGAATGAAGAACTTCAAGGCACACTAGGTTCAAGTACACTACCACCTGCTTCTGTTTCATTGTTAGAGCATTCACAATCAGCTACTGTACCTTTCAAGTTGAAACACCAAATTAATAGTAGTGAAATTGCTGGTGTCGTTTACTTACCTGATGATGACTAAATTCATAATAATTTTATACCTA
GTCTAGATCATAGATTCATAAGCTGTTCATTTTTCTGGAACCTAGTATGTGATGAATACCCATTATTGTCCTGCAATTGTATACATACCGATTGCGATTGCCATATTGATTTTGCAAAAGTTTCACCACCAATTTTGGCCGAGACTAAACTCCCTCTGTCTAAGCTGTAATAGATGCACTATTTGAGTTGTATATATGAG
TTTTGATGAAGCTAATTAAGCAGTTTTGATACAAATTTGTCTGCTGCAGATTCATGTACTTAGGAATCTGGATAACCTCTCTATTGTTGTACCATTTAATAATGCAAGGTTTTCTCAATCTCTATTCAAGGATTCCAGTATCATGGCTGGTTTGTAATGGCTTCCGATATAGTTCAGTGATAAAAGATGCAACCATATTG
TCTGAATATAATGGACTCTTGGTAATGGAAACTACACTGATATTTCTCAAAAGAAGTCTGTTCAGTGTTAACAAATCAGTACAGAAACTGGTTTTCATATGATGGGAACAGGCTTTGGATTCAAGTATTATATAAATTACATGAAAATCTCAATAAAGATAACTTGGGTTCACAGAAGAACTATTCTCAATTGTAACATG
CAAGCATGTCTCAAGAGCACAACTGACAGAATTTTCTTGTTAATATGAGAAGTATTGGAAATTTGACCTTTTGTGTCCCCCCAAAAAAATACATGGCTTTTCTAGGGATCAGTGAAAAAAGAAAAGATCAACCATATGAATTGCAAACTCAACTTGTTTCTATACAATGGTATTCATCTTGCAGAGCTCATTCGATGGGA
TAGAATTGTGATTATGG
>TRINITY_DN38662_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGATGCTTCAATTGGTGATATTTTGGATGACCATTTAAGACAACGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTT
TACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACAGTATTATAATATTTGACAGTGATTGGAATCCATTGAATGACTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAA
CTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGCCATCAGCTGCTTGGATGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATAATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAA
TGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATCAAGAAACAATGGCTATGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGTGAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGC
AGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAGTGCATGTACCTGTTAAAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAGAAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACAT
CAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGAAAGTCTAACTGCAAGGATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAATGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTGCTGGGAAGAATAACTGCAATGGTAAGAATTTATTCCCAAAGGCAATGGATAT
ACATCAATATGTTGTTGATCAAGTATCTTATGATTCTACAGAAGATGTTTCTGGAAAGTCCAACTGCAAGGATAAGAGTTTATCCTCAGATGTGCAAACTGAAAAACATCCCAGTTCACCTTCTGCTTCCTGTGACAGAATAATGGAAGTTTCCAAGTATGATGGTGAAAACATCAATGGAAGACCATCAAGGAAAACGA
CTAATTATGGTCCTAATAGTTCAGTTACTGCTGCAGGAAATTCCTTAAGTGATGAATATCGTGGCAACACATCTGTGCTCTTCCACAAGGAGGATCCAAATGACCTAGGAGTTTCCTCTTGTATCTCAGATCCTGAAGGTTCTGCTCATCAAATTGAGGAACATAATAAAAATGGGGATAATGAAGCATTAAAATCTACA
CGACAAAATCTTTATATCCGAATGAAGTCAGAGATAGCACAACTGTGCCATGTACTGCATTTTCCGTGTTTAGCAGCGGCCAGGTCCTTGAAATGTGAGATGGATATTGAGGCCTCACTTGAACTTGCAAAATCACAGCTAAGCTTTGAGTGTACAAAAGATGAGGTTGATTTGGTGTATGGGAAACTTTCAGAAACTTT
CTTGAATTTACACAGAAGGATGCCATCCACAGCTGGCAGTGGAAGCACCTCACCAACTAGAAATTTGACAAACTGGAACAATGCAGATGAGAAATATGCAGACAATGATAGAGCATGTAATCATGAGCATGCCAGAAAACTAATCCATTTCAGCTCAACCAAATTAGTAACAGACTTGCACAACTCCACTGGATTGGATG
TTCATCCGCATGAAAGAATGGAAGGAATTGGCAATTTTAAGGCTGGTAGAAAACCAGGAACTCAGGGAGAAAATAACAGTACATATCACGTCGAGGAGGACATGAACGATTGTCCAGAGAAACCTATTCTGACTGCCAAACAGAAGGAAATTGATGTGTCTAATCAGTTTGATATGTCTAATTTTGAGTCCAATCCTCAA
TCTAAAGAGTTATCTGAGTGCCAGGTGAATGTTTTTCCTTTTGAGCAACATACAGAAAAATGTGAAAGGATAAATGCCATTATGCAGAAACAGCAGTCGGAAGTCACAATATCATGCAAACAATTTGACAGGAAGCAACAGAAGCTTAAGAATTCTATGGATAATTATAAAATCCATACAACTGATTCTGATCCAGAAAT
AAGTACAAATGTTATGAAGCAAGAGACAGATCATGCACAAAAGTGTAGGGAACTTGATAAACAAGCTACTATAAGGGAGGGAAACAACGGAAGATCCAATTCAGTGTTAAAAGTTATAACAGTTGAGAGAGTGCCTTTACACTCCTTTTCTGAGATAAATTTGGAACCAAGAACAGGCCTTTCATCAGTTCAGTCACTCG
AGCTTCTGCAAACTGGAATGGAGAGTCCAAGCACAATATCTTCATCATTGGATATAGATAAAAGTAGTTCACAGGGTCAGAAGTCCAATTATCTGCAAGATTGTGAGTCTAACCATTCGAGATCCAGTAAGCAGGATTTGCAAGTTCCTTCAAGGGAAACTATGAAACAAGCTCAACAGGCATCCAACCTAACCAACTTT
GTTGACACATTCAGTACAATTCAGATTCAGCAATGTGATGCCATGAATATATCAGAGTCACAACATATACATCATACATTTGCAGTTGGTGAAGTTTCAGTGCCTATTGAACCAGCACAGCCTCTTCAGGGTATTTATATGGCAGCAGGGTCAAGTTCTACTGCTGTCACTGAAACTGTTCCAGTCACATCTCAACCATC
TAGAGTGAGTGTAACATCAAATAGCTTACCATTTTCTGCATTTAATACTCATTCTATGCAGATCACAACATCGGCGTCCTCAAGATTGCTACAGCCAAACTTAGCTGATCCTCTGTCTCATGAGATGCTGAGGATAACGAAAGAGAGTGAGCAAATAAAAAAACTGCATGAAGAAAAGTTGGCACAAATCAAAGCCAAGT
TTCAGGAGGAGTTTGAAGAACTGGAAAAGAAGTATGATGGCTTACTCCTAGAAGAGCAGCATTTATTTGAGCACAAGAAAAGGAATCTTGAAGCAATTTTTCTCAAAGTTGATTTAAACCATCATCTTGCAAAGGCATTCAGATTCCATGCTCGGCGACAGAAGAACTCCACATCATCAGTGGCAGGTACTGGAACTAAG
TGGCAACATATCCAACATGCAACAAATGCTTCTGgtgagtgttcatctcaatcatttgtcccgatcttcccttcagaggtctctacacatgttccagatagattcactgcagcaactggtgtgcaagttaatggaatgcttccttcacaaagtactgtacagaactctgaaacttacgcttcatccttacaactgcctat
tacagGCATACCAGGAAACCCAACACAATGTATGCAGGGAACTCAAGATAATGCCTCTTTTCTCTCTGCAGTTTCAAGTATGTGGAATGAAGAACTTCAAGGCACACTAGGTTCAAGTACACTACCACCTGCTTCTGTTTCATTGTTAGAGCATTCACAATCAGCTACTGTACCTTTCAAGTTGAAACACCAAATTAATA
GTAGTGAAATTGCTGGTGTCGTTTACTTACCTGATGATGACTAAATTCATAATAATTTTATACCTAGTCTAGATCATAGATTCATAAGCTGTTCATTTTTCTGGAACCTAGTATGTGATGAATACCCATTATTGTCCTGCAATTGTATACATACCGATTGCGATTGCCATATTGATTTTGCAAAAGTTTCACCACCAATT
TTGGCCGAGACTAAACTCCCTCTGTCTAAGCTGTAATAGATGCACTATTTGAGTTGTATATATGAGTTTTGATGAAGCTAATTAAGCAGTTTTGATACAAATTTGTCTGCTGCAGATTCATGTACTTAGGAATCTGGATAACCTCTCTATTGTTGTACCATTTAATAATGCAAGGTTTTCTCAATCTCTATTCAAGGATT
CCAGTATCATGGCTGGTTTGTAATGGCTTCCGATATAGTTCAGTGATAAAAGATGCAACCATATTGTCTGAATATAATGGACTCTTGGTAATGGAAACTACACTGATATTTCTCAAAAGAAGTCTGTTCAGTGTTAACAAATCAGTACAGAAACTGGTTTTCATATGATGGGAACAGGCTTTGGATTCAAGTATTATATA
AATTACATGAAAATCTCAATAAAGATAACTTGGGTTCACAGAAGAACTATTCTCAATTGTAACATGCAAGCATGTCTCAAGAGCACAACTGACAGAATTTTCTTGTTAATATGAGAAGTATTGGAAATTTGACCTTTTGTGTCCCCCCAAAAAAATACATGGCTTTTCTAGGGATCAGTGAAAAAAGAAAAGATCAACCA
TATGAATTGCAAACTCAACTTGTTTCTATACAATGGTATTCATCTTGCAGAGCTCATTCGATGGGATAGAATTGTGATTATGG
Intron 3 GTTCCTTTCT ... TTATTTCGAG
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| A2 | 56.41 | 17 | 0 | 22 |
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| A4 | 48.28 | 15 | 0 | 14 |
| A5 | 38.89 | 11 | 4 | 7 |
| A6 | 63.64 | 4 | 0 | 7 |
| A7 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A8 | 50 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 50 | 2 | 0 | 2 |
| A10 | 66.67 | 2 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN100288_c0_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoformTTATATTTGAAAACTAGAGGTCTTAGACTAGTTCAAACCCTGTTTGCTAAATGTTGAGAACAGCAAATTTGAAGGACATTGGAAATAGGCATGTGCCCAAACAGCATGTTCAAGTATACATTCACAAGTCTCAGGGCATTCTACTGAAGAATTCAGTTGTTTGGATGGCAAAGGAGGGGAGGAATCTAATCGATATAAGA
GGAAACTAAGGTCTCGGAATTGTAGGAAGATATCTGCTACTGGGTTGAACAATATGGTAAAAGGTCCCTGCAAGGGAGATATGCAGCAAGACATTGCTGAAGAGGGCATCATTATTCAGGGAACAAAATCAGAGAAGTATCGAACGAAAAATAAAGAGAAACTGGTCAGTGTTTTGGGGACATCTAGGAATAGTCTGGAT
AAAGATTCAAATCTGAAAACCAAAGATGGTCGTGTGCTTGGGAAAAGAGGCTTAAGTAATGTTGCACAGGAACAACAACTGGAGCTAATAAGTGAACTATCTGTAAGTTCTTTGCGAAATGAAAAGGAGGGCATCATGCATAATCAGATGGAAGGGTCTATCGTGATTGACAGTGGTAACCTTGATGGAACTTCATGCCA
TTTTCCTGATGAGAAACATAAAGCTTGCAGAAGCAAAAGGAAAAAAAATGTTTTGATGAATGCTAATTCTCTTTCCATAGAGAAAGAAGAAAATACATTTGATGATTCAGGGATGGATAAAGTAGATATAGCATCTGACGTAGTTCGTAGCAGGACTGAAAATTGTGACTACAGAATTCGAATGAATGAGAATCGGGGTT
ATTGTCTCAAATATACTGGCTTCCAAAAGCGTGAAGGAAAGCAAGACAAAGAGGGAGCAAGTGATGCCAACCTTCAAATTTTCTCAGAAGACCATGAAGCAGAGGGTCAAATGGGACATAAGAGTAATACTGGGAAGATAGCAATTGACACTGGGGAGATTGTTAACACTGGTTCACCATCATCTTCTCAGACGAGTTGT
TTTCAAAGAAGGATTCCAGTGGATGATTATAATAGCATTTGTGAAATATGCAAAGTTGGGGGTGAACTGCTGTGTTGTGATGGAGAAGGTTGCTTGCTTACTTATCATCGGTTTTGCCTTGATCCTCCTTTGGATCAAGTTCCTCCTGGGAATTGGCTCTGCCCAACTTGTTCATACAAGAAAACTTCATCTGATTTATT
GTCGGTGCCCACTGCAGTTGAATCTATATGGGATTCAAAGGAATCTGACATCATCGATGATGCATTAAGTGAGAGTCTAATTATGGGTAATGCCTCTAGTGAAAGACGGAGAACAGTGGATAAAAGTGTTAGCCGAGAACATTTTGCTCAAGATAAACATGATTGTTTTGTGCCAACTGCAAGGAAGAATACTGCGTCAA
ATACAATTCAGGGACCAGATAAGAGTCTAAATGACACAGCATCACCTAATCTGATAGATGGGGAATCTGATGTGTACAAAGTGAACTCAAAGAGAAAATTTAAACAAGAGAAGATATATTTTGTCAAATATAAAGGACTTTCTCATGTGCACAATCGATGGGTCAGTGAAAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCTCCAAAAAAG
TTAGCTTGTTTCAAAAGAAACGTTCAGCAAGGAAAGGCCTTAAAATGGAATCCACAATGGACTGAACCACATCGTCTTATTCGAAAAAGGGCCTTAATGTCTCATGAAAAATCACTTGGAGAACGACATGATAAGTTAAATTGCAGAGTTGAATGGCTGGTTAAATGGAAGGGATTAGGGTATGATCAGTGTACATGGGA
GATGGCAGATTCAGACATCCTTGCTTCCACTTCAGCAAATGAGCTCATTGAATCATATGAACAGAGATCTGGAAAGGCCCGGCAGCGAGCTTTTCCCGGAAGGATAGAAAAGGTAAAGAAGTTGCGTGATGCTGCATATTTAAAGTTGAAGGAGCTACCTACATGGATTAAAGGAGGAAACAATTCTCACCCTCAACTAA
AGTCAATCAACAATCTTTGCAAGTTCTGGCAAACTCACCAAAATGCTATGATTGTGGATGAAGTCAACCAGGAACGCATTTTGACCACAATCTCATTCATACTGTCACTGATCAAAGAATTTGAAGTGGTTCGACCTATTCTTATTGTCACATCATCTACTACAATATCTAGTTGGGAATATGAATTGTTGCAATGTGAC
CCGTTGGTCAACTTTGTTGTTTATAGCGGAAATCGAAATTCAAGAGAAGTTATTCGAAAAATGGAGTTCTATGAGGAAAGCGGATGTGTGATGGCAGAAATAATTCTCTCAACCTATGATGTTGTCCTTATGGATCTTCAATATTTAAAGCTTTTAGAGTGGGAGGCATTGGTAGTAGATGAATGCCAACGCCTCAAGTT
ACCAAAATCATTGTACCATTTGGAACAACTTCTTGTAGATTTTCGACTTGTGCTCTTCAGTGAGGCGCCAAAGGATAATTCTTCTGATTGGTCTAATCTTTTACCTTTCCTAGATACGAAAATGAGCCATTTTTTGGATACTCCTAAGGAACAAGAGGATCAAAAAAGGAAAGAAGAGATAACTCAAATGAAGAAAATGA
TAGAGCAGTATATTATATATGAACAGACAACAGATAATCTCTCACGTATTAAATTGATAGAGCATTGGGTTCCGGTGGAGTTCACTGATGTGCAAGTGGAGCAGTATTGCAATACGCTAATCAAGAATTCTGATTCATTATGTTTGCCCTCAAAAAAAATTGATTCTGTTGAGCTTCTTAGGGATGTTCTTTTATCATTA
AGGAAGTGTTGCAATCACCCTTATCTTGTGGATCGATCATTGGAAAACTCGCTTGCAAAAAGATTTCCAGAAACTGAATATTTGGATGTTGGAATAAAAGCAAGTGGCAAGCTACAGCTTTTGGACCATGTTCTTTCAGAACTCAAAGTGAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGA
TGCTTCAATTGGTGATATTTTGGATGACCATTTAAGACAACGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTTTACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACA
GTATTATAATATTTGACAGTGATTGGAATCCATTGAATGACTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAACTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGC
CATCAGCTGCTTAGATGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATAATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAATGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATC
AAGAAACAATGGCTATGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGTGAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGCAGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAG
TGCATGTACCTGTTAAAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAGAAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACATCAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGA
AAGTCTAACTGCAAGGATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAATGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGT
>TRINITY_DN100288_c0_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:TTATATTTGAAAACTAGAGGTCTTAGACTAGTTCAAACCCTGTTTGCTAAATGTTGAGAACAGCAAATTTGAAGGACATTGGAAATAGGCATGTGCCCAAACAGCATGTTCAAGTATACATTCACAAGTCTCAGgttcctttctcagattatgtttttgaacagtttattacccacatttggctttaataccgttacaga
gagtggcctcgatgttctactgttcacttagtttgccatgtaaatgtaaacggcttgcagaataagtatcatctttggcaagaccatgatgacaaggttcgtcgagaaattcaaaaaaataaatagaatttgacatccctttgcctggtggaacaactgtgctcctacagcagaatggttcatgtgctatatttaaggcg
tatctgttattatataaacatcaatgcgattcactgcgtatagaccagtcaaatccacaaaaaatggattcttctctttccgttgaatgtgcaactctgccaaagtgacctttatttcgagGGCATTCTACTGAAGAATTCAGTTGTTTGGATGGCAAAGGAGGGGAGGAATCTAATCGATATAAGAGGAAACTAAGGTC
TCGGAATTGTAGGAAGATATCTGCTACTGGGTTGAACAATATGGTAAAAGGTCCCTGCAAGGGAGATATGCAGCAAGACATTGCTGAAGAGGGCATCATTATTCAGGGAACAAAATCAGAGAAGTATCGAACGAAAAATAAAGAGAAACTGGTCAGTGTTTTGGGGACATCTAGGAATAGTCTGGATAAAGATTCAAATC
TGAAAACCAAAGATGGTCGTGTGCTTGGGAAAAGAGGCTTAAGTAATGTTGCACAGGAACAACAACTGGAGCTAATAAGTGAACTATCTGTAAGTTCTTTGCGAAATGAAAAGGAGGGCATCATGCATAATCAGATGGAAGGGTCTATCGTGATTGACAGTGGTAACCTTGATGGAACTTCATGCCATTTTCCTGATGAG
AAACATAAAGCTTGCAGAAGCAAAAGGAAAAAAAATGTTTTGATGAATGCTAATTCTCTTTCCATAGAGAAAGAAGAAAATACATTTGATGATTCAGGGATGGATAAAGTAGATATAGCATCTGACGTAGTTCGTAGCAGGACTGAAAATTGTGACTACAGAATTCGAATGAATGAGAATCGGGGTTATTGTCTCAAATA
TACTGGCTTCCAAAAGCGTGAAGGAAAGCAAGACAAAGAGGGAGCAAGTGATGCCAACCTTCAAATTTTCTCAGAAGACCATGAAGCAGAGGGTCAAATGGGACATAAGAGTAATACTGGGAAGATAGCAATTGACACTGGGGAGATTGTTAACACTGGTTCACCATCATCTTCTCAGACGAGTTGTTTTCAAAGAAGGA
TTCCAGTGGATGATTATAATAGCATTTGTGAAATATGCAAAGTTGGGGGTGAACTGCTGTGTTGTGATGGAGAAGGTTGCTTGCTTACTTATCATCGGTTTTGCCTTGATCCTCCTTTGGATCAAGTTCCTCCTGGGAATTGGCTCTGCCCAACTTGTTCATACAAGAAAACTTCATCTGATTTATTGTCGGTGCCCACT
GCAGTTGAATCTATATGGGATTCAAAGGAATCTGACATCATCGATGATGCATTAAGTGAGAGTCTAATTATGGGTAATGCCTCTAGTGAAAGACGGAGAACAGTGGATAAAAGTGTTAGCCGAGAACATTTTGCTCAAGATAAACATGATTGTTTTGTGCCAACTGCAAGGAAGAATACTGCGTCAAATACAATTCAGGG
ACCAGATAAGAGTCTAAATGACACAGCATCACCTAATCTGATAGATGGGGAATCTGATGTGTACAAAGTGAACTCAAAGAGAAAATTTAAACAAGAGAAGATATATTTTGTCAAATATAAAGGACTTTCTCATGTGCACAATCGATGGGTCAGTGAAAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCTCCAAAAAAGTTAGCTTGTTTCA
AAAGAAACGTTCAGCAAGGAAAGGCCTTAAAATGGAATCCACAATGGACTGAACCACATCGTCTTATTCGAAAAAGGGCCTTAATGTCTCATGAAAAATCACTTGGAGAACGACATGATAAGTTAAATTGCAGAGTTGAATGGCTGGTTAAATGGAAGGGATTAGGGTATGATCAGTGTACATGGGAGATGGCAGATTCA
GACATCCTTGCTTCCACTTCAGCAAATGAGCTCATTGAATCATATGAACAGAGATCTGGAAAGGCCCGGCAGCGAGCTTTTCCCGGAAGGATAGAAAAGGTAAAGAAGTTGCGTGATGCTGCATATTTAAAGTTGAAGGAGCTACCTACATGGATTAAAGGAGGAAACAATTCTCACCCTCAACTAAAGTCAATCAACAA
TCTTTGCAAGTTCTGGCAAACTCACCAAAATGCTATGATTGTGGATGAAGTCAACCAGGAACGCATTTTGACCACAATCTCATTCATACTGTCACTGATCAAAGAATTTGAAGTGGTTCGACCTATTCTTATTGTCACATCATCTACTACAATATCTAGTTGGGAATATGAATTGTTGCAATGTGACCCGTTGGTCAACT
TTGTTGTTTATAGCGGAAATCGAAATTCAAGAGAAGTTATTCGAAAAATGGAGTTCTATGAGGAAAGCGGATGTGTGATGGCAGAAATAATTCTCTCAACCTATGATGTTGTCCTTATGGATCTTCAATATTTAAAGCTTTTAGAGTGGGAGGCATTGGTAGTAGATGAATGCCAACGCCTCAAGTTACCAAAATCATTG
TACCATTTGGAACAACTTCTTGTAGATTTTCGACTTGTGCTCTTCAGTGAGGCGCCAAAGGATAATTCTTCTGATTGGTCTAATCTTTTACCTTTCCTAGATACGAAAATGAGCCATTTTTTGGATACTCCTAAGGAACAAGAGGATCAAAAAAGGAAAGAAGAGATAACTCAAATGAAGAAAATGATAGAGCAGTATAT
TATATATGAACAGACAACAGATAATCTCTCACGTATTAAATTGATAGAGCATTGGGTTCCGGTGGAGTTCACTGATGTGCAAGTGGAGCAGTATTGCAATACGCTAATCAAGAATTCTGATTCATTATGTTTGCCCTCAAAAAAAATTGATTCTGTTGAGCTTCTTAGGGATGTTCTTTTATCATTAAGGAAGTGTTGCA
ATCACCCTTATCTTGTGGATCGATCATTGGAAAACTCGCTTGCAAAAAGATTTCCAGAAACTGAATATTTGGATGTTGGAATAAAAGCAAGTGGCAAGCTACAGCTTTTGGACCATGTTCTTTCAGAACTCAAAGTGAAGGGTCAAAGATTGTTGATTCTCTTTCAGATGTCTGCTAGGGCTGGTGATGCTTCAATTGGT
GATATTTTGGATGACCATTTAAGACAACGTTTAGGTGCGGAATCCTATGAACGTGTTGATGGTGGCTTAGCAACTGCAAAAAAACAGGCAGCCTTGCAGAGGTTTAACTGTAAGGACTCTGGGCGGTTTGTATTTTTACTTGAAAAACGTGCTTGTGGACCAAACATAAGGCTTTCTTCAATTGACAGTATTATAATATT
TGACAGTGATTGGAATCCATTGAATGACTTGCGGGCTTTAGAGAAGGCACATATTGATACAAATGTTGAACATTTGAATGTTTTTCGATTTTATTCTCCCTACACAGTGGAGGAAAGATTGCTAATTGCTGCCAAACTAGACACTGAACTCGATAACAATTTTGAGAACTTTAATGCCACCCTTTGCCATCAGCTGCTTA
GATGGGGGGTTGAACACCTTTTTCATAATTATGACAAGTTTCGTGTCTTGGGTGGTCCTTCATTAAGTTCACAGTGCCTATATAATAGTGAAGATCTCAAGAGCTTGATCAAAGGCATGATAGGTGATAAATTGAATGGCCCTGATCTTGACAATACTCTTTGGAATTCTCTTGTTCCAAGAATATCAAGAAACAATGGC
TATGGGAAAGGTATTCTGCTTTTTGGTGAACTAAACAATCAATTGACAGGCAAGGAGAAGGATCCTTCTAATATTTTCTGGACAAATTTACTTACTGCGAGGCATGCAGATTCACAGGGTCCCATCAGACGGCTGCAGAGATCAGAAAAGAAGGTTCAGTACAGTGAAAGACGCCCCTCTAAATCAGTGCATGTACCTGT
TAAAAGGGAACTAAAAATAAAGCGTAGAAGAGTAGGGGATACTCTTGATCCAATATCAATATCTTCTTGGCTTAAAGATGCTAAAAAGCTTTTGGCAAGTGAGAAGGAAAGAGATGGAAAGGCAATGGATGGACATCAAAATGTTGCTGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGTTATGGAAAGTCTAACTGCA
AGGATAAGAATTTATCCCCAAAGGCAATGGATATACATGAATATGTTGACGATCAAGTATCTTATGAATCTACAGAAGATGGT