NA ----> NA
Intron 1 GTCCAACGCT ... GGTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68 | 8 | 16 | 18 |
| A2 | 86.67 | 2 | 11 | 15 |
| A3 | 85.71 | 3 | 17 | 19 |
| A4 | 84.31 | 4 | 21 | 22 |
| A5 | 68.75 | 5 | 12 | 10 |
| A6 | 59.04 | 17 | 27 | 22 |
| A7 | 81.82 | 5 | 26 | 19 |
| A8 | 76.74 | 5 | 12 | 21 |
| A9 | 74.36 | 10 | 33 | 25 |
| A10 | 66.1 | 10 | 12 | 27 |
>TRINITY_DN38709_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoformGGTAGATTTGCTCAATGCAGTTTTGTAAATATTTTTAAAATAGGAGGCAAGGGTTGGGTTATACAAAATTTGCGAAGAGAACACACAAACTATGGTCCAATCCAATCAAAAACATGGCCAAAGCATGTTTTAGCTGAGCCTTGTGTTTGCTATCCCCGCCATTATTTTGCCTGCCATTTGGGTAATGAAGAGTGGAAGGA
TAATGCTGTGCCTCAGCATCCCAGTATGCAAGGGATTTCGCAGAAAAGAAGCAGCACTAATAATCATGTCAGCTGCAATTTTCCAGACGAGTCCATTACAGTTTCATTGCCCAAACCTGCCATTGCCACTGATGCCTATGAAAAATGTGGAAGTGCAAAGACTCTTGTAAAAGGAATGACCTATCATGAATTGGAGGCTT
GGGTGCAGTCACTCGGTTACAGGGCAGGTCAAGCAATGATGCTGTGGAAATGCTTATATGGGAATGGCATGTGGGCACAGCATGTAAATGAAATGCAAGCATTGAGCAAACAGTTCAGAGCAACTTTGGAAAAGACTGCAGAATTCAGTGTATTTTCCCTGAAAGATGTTTATTCTGCTTCTGATGGAACCCGCAAGATT
TTATTCAGTTTGGGAGATGGATTGATCATAGAAACAGTCTTAATTCCATGTGAAAGAGGGCGCACTACTCTGTGCGTGTCCAGTCAAGTTGGCTGTGCAATGAACTGCCAGTTTTGCTATACAGGAAGGATGGGGCTAAAAAGAAATTTGACTGCAGCTGAAATAGTGGAGCAGGTTGTTTATGCCCGTCGTCATTTTAC
AAATGAAGTTGGTCCACTTACAAATGTCGTGTTTATGGGTATGGGTGAGCCATTGCATAATCTCGACAATGTACTTAAGGCTGCAGAGATTATGGTGGATTGTCATGGTCTCCATTTCAGTCCTCGCAAAGTAACAGTTTCCACTAGCGGGCTTGTGCCACAAATAAGGCATTTCATTCGTGAATCTCCTTGTGTGCTCG
CTGTTAGTTTAAATGCAACAACAGATGAGGTCCGGAACTGGATCATGCCAATTAACCGCAAATATAATATTGATATGCTCCTTACTATGCTGAGAGAGGAGATTGGTCGGAGACGTAAATTCAAGGTCTTGTTTGAATATGTAATGCTTGCAGGAATAAATGACAGTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTT
GAAGGAATTCCCTGCAAGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCAGTACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACC
TCCACGGATGCGTGCTCCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTAATGTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATT
TGATGGTCTTCATTCTGGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCACCCATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGG
>TRINITY_DN38709_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGTAGATTTGCTCAATGCAGTTTTGTAAATATTTTTAAAATAGGAGGCAAGGGTTGGGTTATACAAAATTTGCGAAGAGAACACACAAACTATGGTCCAATCCAATCAAAAACATGGCCAAAGCATGTTTTAGCTGAGCCTTGTGTTTGCTATCCCCGCCATTATTTTGCCTGCCATTTGGGTAATGAAGAGTGGAAGGA
TAATGCTGTGCCTCAGCATCCCAGTATGCAAGGGATTTCGCAGAAAAGgtccaacgcttacatcatgtactttggattctatggttctgggtaaaactaacggtactgccgttgcacgtctaataaggggtctatcccatccgtttgggatctactccaattcttcaattcggtgttgcagAAGCAGCACTAATAATCAT
GTCAGCTGCAATTTTCCAGACGAGTCCATTACAGTTTCATTGCCCAAACCTGCCATTGCCACTGATGCCTATGAAAAATGTGGAAGTGCAAAGACTCTTGTAAAAGGAATGACCTATCATGAATTGGAGGCTTGGGTGCAGTCACTCGGTTACAGGGCAGGTCAAGCAATGATGCTGTGGAAATGCTTATATGGGAATGG
CATGTGGGCACAGCATGTAAATGAAATGCAAGCATTGAGCAAACAGTTCAGAGCAACTTTGGAAAAGACTGCAGAATTCAGTGTATTTTCCCTGAAAGATGTTTATTCTGCTTCTGATGGAACCCGCAAGATTTTATTCAGTTTGGGAGATGGATTGATCATAGAAACAGTCTTAATTCCATGTGAAAGAGGGCGCACTA
CTCTGTGCGTGTCCAGTCAAGTTGGCTGTGCAATGAACTGCCAGTTTTGCTATACAGGAAGGATGGGGCTAAAAAGAAATTTGACTGCAGCTGAAATAGTGGAGCAGGTTGTTTATGCCCGTCGTCATTTTACAAATGAAGTTGGTCCACTTACAAATGTCGTGTTTATGGGTATGGGTGAGCCATTGCATAATCTCGAC
AATGTACTTAAGGCTGCAGAGATTATGGTGGATTGTCATGGTCTCCATTTCAGTCCTCGCAAAGTAACAGTTTCCACTAGCGGGCTTGTGCCACAAATAAGGCATTTCATTCGTGAATCTCCTTGTGTGCTCGCTGTTAGTTTAAATGCAACAACAGATGAGGTCCGGAACTGGATCATGCCAATTAACCGCAAATATAA
TATTGATATGCTCCTTACTATGCTGAGAGAGGAGATTGGTCGGAGACGTAAATTCAAGGTCTTGTTTGAATATGTAATGCTTGCAGGAATAAATGACAGTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTTGAAGGAATTCCCTGCAAGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCA
GTACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACCTCCACGGATGCGTGCTCCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTA
ATGTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATTTGATGGTCTTCATTCTGGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCA
CCCATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGG
Intron 2 GTATGAAGGC ... GGTTCATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 6 | 0 | 2 |
| A2 | 33.33 | 4 | 2 | 2 |
| A3 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A4 | 50 | 4 | 4 | 4 |
| A5 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A6 | 20.99 | 64 | 0 | 17 |
| A7 | 11.25 | 71 | 0 | 9 |
| A8 | 14.29 | 54 | 0 | 9 |
| A9 | 12.16 | 65 | 0 | 9 |
| A10 | 18.42 | 31 | 0 | 7 |
>TRINITY_DN36218_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGGTAGATTTGCTCAATGCAGTTTTGTAAATATTTTTAAAATAGGAGGCAAGGGTTGGGTTATACAAAATTTGCGAAGAGAACACACAAACTATGGTCCAATCCAATCAAAAACATGGCCAAAGCATGTTTTAGCTGAGCCTTGTGTTTGCTATCCCCGCCATTATTTTGCCTGCCATTTGGGTAATGAAGAGTGGAAGGA
TAATGCTGTGCCTCAGCATCCCAGTATGCAAGGGATTTCGCAGAAAAGGTCCAACGCTTACATCATGTACTTTGGATTCTATGGTTCTGGGTAAAACTAACGGTACTGCCGTTGCACGTCTAATAAGGGGTCTATCCCATCCGTTTGGGATCTACTCCAATTCTTCAATTCGGTGTTGCAGAAGCAGCACTAATAATCAT
GTCAGCTGCAATTTTCCAGACGAGTCCATTACAGTTTCATTGCCCAAACCTGCCATTGCCACTGATGCCTATGAAAAATGTGGAAGTGCAAAGACTCTTGTAAAAGGAATGACCTATCATGAATTGGAGGCTTGGGTGCAGTCACTCGGTTACAGGGCAGGTCAAGCAATGATGCTGTGGAAATGCTTATATGGGAATGG
CATGTGGGCACAGCATGTAAATGAAATGCAAGGGTATGGGTGAGCCATTGCATAATCTCGACAATGTACTTAAGGCTGCAGAGATTATGGTGGATTGTCATGGTCTCCATTTCAGTCCTCGCAAAGTAACAGTTTCCACTAGCGGGCTTGTGCCACAAATAAGGCATTTCATTCGTGAATCTCCTTGTGTGCTCGCTGTT
AGTCTAAATGCAACAACAGATGAGGTCCGGAACTGGATCATGCCAATTAACCGCAAATATAATATTGATATGCTCCTTACTATGCTGAGAGAGGAGATTGGTCGGAGACGTAAATTCAAGGTCTTGTTTGAATATGTAATGCTTGCAGGAATAAATGACAGTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTTGAAGG
AATTCCCTGCAAGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCAGTACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACCTCCAC
GGATGCGTGCTCCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTAATGTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATTTGATG
GTCTTCATTCTGGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCACCCATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGACTTTATTTTCAAGACCAACCTTGCGCATAGCAATATATTGCTAGTCATGCAACAACCAAAAAGAAAGTCTAGATTAGC
TGGTTTTCGTATGGTTAATGCCCATTCATATGTGAGGAACAATTTATTTTCATTCAGAAAATGGATGACCACATCGAATAATCTTTATGGACACAATCC
>TRINITY_DN36218_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATGCTTGCAGGAATAAATGACAGgtatgaaggctttttcttccaagaatcatctacaatgtttttgtttggttgcaactgtctttgaaataattccagttctattcaagggctctcacatttgattcttctgttattcatggttcattagTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTTGAAGGAATTCCCTGCA
AGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCAGTACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACCTCCACGGATGCGTGCT
CCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTAATGTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATTTGATGGTCTTCATTCT
GGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCACCCATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGACTTTATTTTCAAGACCAACCTTGCGCATAGCAATATATTGCTAGTCATGCAACAACCAAAAAGAAAGTCTAGATTAGCTGGTTTTCGTA
TGGTTAATGCCCATTCATATGTGAGGAACAATTTATTTTCATTCAGAAAATGGATGACCACATCGAATAATCTTTATGGACACAATCC
Intron 3 GTATTGTTTT ... GTAAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 13 | 12 | 1 |
| A2 | 23.08 | 5 | 3 | 0 |
| A3 | 30.43 | 8 | 5 | 2 |
| A4 | 16.67 | 5 | 2 | 0 |
| A5 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A6 | 23.81 | 24 | 11 | 4 |
| A7 | 20.55 | 29 | 8 | 7 |
| A8 | 22.86 | 27 | 10 | 6 |
| A9 | 15.07 | 31 | 5 | 6 |
| A10 | 11.11 | 12 | 2 | 1 |
>TRINITY_DN38709_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGGTAGATTTGCTCAATGCAGTTTTGTAAATATTTTTAAAATAGGAGGCAAGGGTTGGGTTATACAAAATTTGCGAAGAGAACACACAAACTATGGTCCAATCCAATCAAAAACATGGCCAAAGCATGTTTTAGCTGAGCCTTGTGTTTGCTATCCCCGCCATTATTTTGCCTGCCATTTGGGTAATGAAGAGTGGAAGGA
TAATGCTGTGCCTCAGCATCCCAGTATGCAAGGGATTTCGCAGAAAAGGTCCAACGCTTACATCATGTACTTTGGATTCTATGGTTCTGGGTAAAACTAACGGTACTGCCGTTGCACGTCTAATAAGGGGTCTATCCCATCCGTTTGGGATCTACTCCAATTCTTCAATTCGGTGTTGCAGAAGCAGCACTAATAATCAT
GTCAGCTGCAATTTTCCAGACGAGTCCATTACAGTTTCATTGCCCAAACCTGCCATTGCCACTGATGCCTATGAAAAATGTGGAAGTGCAAAGACTCTTGTAAAAGGAATGACCTATCATGAATTGGAGGCTTGGGTGCAGTCACTCGGTTACAGGGCAGGTCAAGCAATGATGCTGTGGAAATGCTTATATGGGAATGG
CATGTGGGCACAGCATGTAAATGAAATGCAAGCATTGAGCAAACAGTTCAGAGCAACTTTGGAAAAGACTGCAGAATTCAGTGTATTTTCCCTGAAAGATGTTTATTCTGCTTCTGATGGAACCCGCAAGATTTTATTCAGTTTGGGAGATGGATTGATCATAGAAACAGTCTTAATTCCATGTGAAAGAGGGCGCACTA
CTCTGTGCGTGTCCAGTCAAGTTGGCTGTGCAATGAACTGCCAGTTTTGCTATACAGGAAGGATGGGGCTAAAAAGAAATTTGACTGCAGCTGAAATAGTGGAGCAGGTTGTTTATGCCCGTCGTCATTTTACAAATGAAGTTGGTCCACTTACAAATGTCGTGTTTATGGGTATGGGTGAGCCATTGCATAATCTCGAC
AATGTACTTAAGGCTGCAGAGATTATGGTGGATTGTCATGGTCTCCATTTCAGTCCTCGCAAAGTAACAGTTTCCACTAGCGGGCTTGTGCCACAAATAAGGCATTTCATTCGTGAATCTCCTTGTGTGCTCGCTGTTAGTTTAAATGCAACAACAGATGAGGTCCGGAACTGGATCATGCCAATTAACCGCAAATATAA
TATTGATATGCTCCTTACTATGCTGAGAGAGGAGATTGGTCGGAGACGTAAATTCAAGGTCTTGTTTGAATATGTAATGCTTGCAGGAATAAATGACAGTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTTGAAGGAATTCCCTGCAAGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCA
GTACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACCTCCACGGATGCGTGCTCCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTA
ATGTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATTTGATGGTCTTCATTCTGGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCA
CCCATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGG
>TRINITY_DN38709_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:GGTAGATTTGCTCAATGCAGTTTTGTAAATATTTTTAAAATAGGAGGCAAGGGTTGGGTTATACAAAATTTGCGAAGAGAACACACAAACTATGGTCCAATCCAATCAAAAACATGGCCAAAGCATGTTTTAGCTGAGCCTTGTGTTTGCTATCCCCGCCATTATTTTGCCTGCCATTTGGGTAATGAAGAGTGGAAGGA
TAATGCTGTGCCTCAGCATCCCAGTATGCAAGGGATTTCGCAGAAAAGGTCCAACGCTTACATCATGTACTTTGGATTCTATGGTTCTGGGTAAAACTAACGGTACTGCCGTTGCACGTCTAATAAGGGGTCTATCCCATCCGTTTGGGATCTACTCCAATTCTTCAATTCGGTGTTGCAGAAGCAGCACTAATAATCAT
GTCAGCTGCAATTTTCCAGACGAGTCCATTACAGTTTCATTGCCCAAACCTGCCATTGCCACTGATGCCTATGAAAAATGTGGAAGTGCAAAGACTCTTGTAAAAGGAATGACCTATCATGAATTGGAGGCTTGGGTGCAGTCACTCGGTTACAGGGCAGGTCAAGCAATGATGCTGTGGAAATGCTTATATGGGAATGG
CATGTGGGCACAGCATGTAAATGAAATGCAAGGGTATGGGTGAGCCATTGCATAATCTCGACAATGTACTTAAGGCTGCAGAGATTATGGTGGATTGTCATGGTCTCCATTTCAGTCCTCGCAAAGTAACAGTTTCCACTAGCGGGCTTGTGCCACAAATAAGGCATTTCATTCGTGAATCTCCTTGTGTGCTCGCTGTT
AGTTTAAATGCAACAACAGATGAGgtattgttttcattgcataccttatttacaggttatgtgtgagttgatagtacatttattgcttctttataagtggtttacaaatattgattaaattcattatttttttaagaagaatagctgtacaaaaatctttccagaaatcgaagtctacaaacctataatcacagtatgga
gtataatcacagtatggagtgacagatgtatgcatgaaatttgaatacatatgtacattgcatactctgggatgaatttggcaagtaggatagatatttcttttcatcctctagctgaattaactatgtaaattttctttttagaattttctatgcttaatgtccaattgggtgcactccattatctgatatttctttgt
ttcacatgtatatctctgttctttctctttcaagtcccaaaccaatagcaacatttttgaggtgcaatatgattacaaaacaaggtgggcccaccaaatccagaggtttcattgtatcttactgattttcacgtgagattaaacttatttgtaaattcagGTCCGGAACTGGATCATGCCAATTAACCGCAAATATAATA
TTGATATGCTCCTTACTATGCTGAGAGAGGAGATTGGTCGGAGACGTAAATTCAAGGTCTTGTTTGAATATGTAATGCTTGCAGGAATAAATGACAGTCTGGATGATGCAAGGCGGCTGGTTAATCTTGTTGAAGGAATTCCCTGCAAGATAAATCTTATTTCATTCAATCCTCATGAAGGATCAGCGTTCATTCCCAGT
ACATTAGAGCAGATGCTAGCATTTCACAAGATTGTTGCAGATGCGGGATATGCTACTTTTATTCGCCATAGCCGTGGTAATGATCAGATGGCAGCATGTGGGCAGCTTGGCAAGCCTGGAAATAGTCAACCTCCACGGATGCGTGCTCCTGAAAGATTTGGGGCTACATTAGCTACTTGATTTGTAATGGACTCTTTAAT
GTGTCAATGGTCTATTTATGCCCTACGTGGATATATGTTATACTATATATTATTAGTTCATTCTACAAGTTGTGCTTTCATGCTACAGTGACTCTAAGGTTGTGGAATTATCCAGTAAAAGTATTTTAATTTGATGGTCTTCATTCTGGTGCCTCCAAGTATGACCTTTTAGTGGTGTTCTTTTCTCATACAGACCCACC
CATCCCATTTTTATGGAGATACAACTTTGTGATTGCATGCAAAATTGCTTGACGGGGG