sp|P55217|CGS1_ARATH ----> Cystathionine gamma-synthase 1, chloroplastic
Intron 1 GCAGGTTACA ... TTTGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.41 | 489 | 7 | 2 |
| A2 | 2.4 | 366.2 | 9 | 0 |
| A3 | 2.25 | 478 | 11 | 1 |
| A4 | 2.56 | 381.3 | 10 | 1 |
| A5 | 0.9 | 220 | 2 | 1 |
| A6 | 0 | 1341.3 | 0 | 0 |
| A7 | 0.07 | 1445.3 | 1 | 0 |
| A8 | 0 | 962.7 | 0 | 0 |
| A9 | 0.15 | 1337 | 2 | 0 |
| A10 | 0 | 1142 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN129416_c5_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGAAAGTTGGTGGAGTGTGATGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCAGCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGG
ACCAAATTGTACATCGGCAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGGCCGGACTCCGGGAGCTCCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGC
CCCTGATTTTGAGGTTCCCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGCAAATGCAGGGGACCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAG
AAGGACTTTGTTACGCCCGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAATTGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACA
GGTTGCTGAGGAAAAAATCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGATTGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAA
TTGACCCTGCTGACATTGGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAGAAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTA
GGTGCAGACATTGTATTGCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTATTAAGTCCAAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACA
GAATTCAACAGCTTTAAGGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGTATGAGTAATGCTTGAAATTTTCACTGGTGAATGGAAGTGTGGTAGTTTCCAATAATGCATAACTTATGTAGTACTAATAAGGTTGGATTGGGATGCTTGAGCTGCTTCGTTTTTTATCATTTAACATTACAGCCCTTTATACCAAGCTT
GTGCTTTGAAATTGTTTCAAATTGTGCCAATTTTTGATGTATTTGAGGAAGTATCGACCATTTTGTTTGGTGTGATTGTTCACCCACCTTCTGTCCAACCCTCTCCTTGTCACAAAAGCTCAATGGATGAGTATGTTCCTATTAATATTATTTTGGCTGGCATGGAGAGAGTTTCACAACAAATTAGTGTTGATTTCAGC
TGTTGTTTAAGTTAGGTGCAGCTAGACATGTTTTAAGTTAATTTTCTTGCTTGTCTTTCCAATGAGAATGGTGTTTCTGTTGCTTGGAAGATATCATACTACTTGATTTTTCTTTCATTACCGAATTCTGCGGGAGGACATACAAGAATGCAATGAAAGAAGAAAGGTACAAAGCTGTGGATATTAGAATTATGAGTGTT
GAGATCCGTTCAACTTAAAGGTCATTTCTGCGGGATAGTGATCTCATTAATGGTTTCCTGTTTAGACAGTTAATCACTAAGATTTTATTGGGTAATCATTACATTTTAAAGTTTTTAGTTGCCTGAGATTTTGCTTATTATTGTTCATGGTTGTAACCTTTTTTTTTGTAACTGCACTATTTTTGGTGCATTTTATCAGA
CATTACCGGTATTGCCTATTCCACATTAATTTATTTCCTTTGTATAAAGGCTTCTTTCTGATTGGAAATGCAGAATTTCAGAGCATGCAGGCAAGGCATTTGCATCTGCATTTCAATGTATTTCAATGGCTTTATCTTGTCTTTGTTTTGAACACACAATTATTGATGAAAGAGCACCAAGCTATCTATATTTCATGTG
>TRINITY_DN129416_c5_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTGAAAGGTGTTTTATGACAGTTGTTTTAACATTCAGTGTCCTGCATGCTACCTGTTTACAATAGCTCAGCTCATGCACTCTCCTCCTTATCTCTTCCTGCCAAGACTATTTTCTGTGTTGGCATCCCTTATGTGAATTGAATCATCTTTACAGCTTATGGCAGAAGCATATTACATTTTGTTTCATTTCACTTATACTT
TCTGTATTGTTGCATATCACTAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACAGGTTGCTGAGGAAAAAATCAGgcaggttacatcccattgatatatttgttttaaagttgaatttacataactgattaatgtgttaacagatttgttacattgtgatataaaagagctacaatag
taggacacagttatacagctatttcaaattaactagctaatatatgctttggtacagTGCTCTTGAACGGGCC
Intron 2 GTATGTTCAT ... CACTGAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.36 | 442 | 201.5 | 68 |
| A2 | 23.01 | 276 | 117 | 48 |
| A3 | 21.98 | 395 | 164.5 | 58 |
| A4 | 23.73 | 335 | 169.5 | 39 |
| A5 | 20.71 | 179 | 65.5 | 28 |
| A6 | 18.49 | 2379 | 670.5 | 409 |
| A7 | 19.45 | 1840 | 590.5 | 298 |
| A8 | 18.99 | 2292 | 607 | 468 |
| A9 | 18.97 | 2044 | 607 | 350 |
| A10 | 20.34 | 1359 | 472 | 222 |
>TRINITY_DN38818_c0_g2_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCCCAAACCACCGTCATATAAATTATCAATAAAAGAATGTGAAAATAATGTGGCGTAGTGATAAGCATGAAAGTTGGTGGAGTGTGATGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCA
GCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGGACCAAATTGTACATCGGCAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGG
CCGGACTCCGGGAGCTCCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGCCCCTGATTTTGAGGTTCCCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGC
AAATGCAGGGGATCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAGAAGGACTTTGTTACGCCCGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAAT
TGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACAGGTTGCTGAGGAAAAAATCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGAT
TGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAATTGACCCTGCTGACATTGGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAG
AAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTAGGTGCAGACATTGTATTGCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTAT
TAAGTCCAAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACAGAATTCAACAGCTTTAAGGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGTTTCTTGTGTTCATTATCCTGGCCTTGAAAGTCATCCAGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGAGCGGATTTGGTGGTGTG
GTCAGTTTTGAGATTGCTGGAGACTTACAGGCTACGTCCCGTTTTATTGATTCATTAAAAATTCCTTACATTGCCCCTTCTCTAGGAGGTTGTGAAAGCCTCGTCGAGCAGCCTACCATTATTTCCTACTGGGATCAGAGCCCTGAAGAGAGAGCTCGTCTTGGTATAAAGGATAATTTAGTTCGATTTAGCTGTGGAGT
TGAAGCTTTTGACGACATAGAAAGTGATATCTTACAGGCTTTGAAAGCTGTCTAATGTATCATCAACTAAGCTGAACTGTTTTGGCATGCTTTTGCATTAGTCATATCATAATTTTTGCTTTTGCATGGAGAGGTATCATTGCTGGAAAACATTCTTCATTAAAGCAAATGCCAAACTTTGTTAAGCTTTTGTTCATTAT
GACAGGCTGTCTCAAGGGGATGTTAATATTTTGATTGTATCAGATTATTTGTAGTTTATAAATGGTCAACAAATCTTTGATATCTATCTTGAAAAAATCGCGATGTACACATTGTTCTTTTTAGTAGGGGATACTAATTGCTCTGTTTTCCTTCACAGCTCAGAGCTTATTCCAGCTTAGAAAATCTCTGAAAATGGATT
AGCATAGAGACATTTTAACTGCTTTCAAAATCAAGCATAAAAGCCTTCGAGGGGCCCTACCATTAATGTTACCAACACCCACATTCACCCTCCTACAGCAATTATGTTTCGCCCGCGGTTCTAATTAGTTAGTTTATTTGTTATAAGTTCTGGCTCCCTTTTTGACGGCCACAAGTATTTTAACGCATTTTTATTTTGAT
CTATTTTCTTAGGAGTGAAATTACTTGAAAAATAGCCTTATGATCTCATTGGCATTGGAGGGATTCAGTGATTTAAATTCACAAATTTTAAGCTCAAAATTTAATCGTAGAGGTTTTTCAGAAATTGAAGCAGTCGCTGCAATTACCATATTACAAGGAAATATTGTATTGTCGTTAGTTATTTGAATGTCCTATTTTTA
GGGCACAATATCCAAGGAAGTTAGGTGTTACCTATTATTTTAGCCTGATGATGTCATCTTGAATTTTCCTGGCTGTGGTTTGGTGAGAATGTTGTGAATATTTGGGGTTTCTGGGTTACTACTAATTGTAGTTAGTTATTTGAATGTCCC
>TRINITY_DN38818_c0_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCCAAACCACCGTCATATAAATTATCAATAAAAGAATGTGAAAATAATGTGGCGTAGTGATAAGCATGAAAGTTGGTGGAGTGTGATGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCA
GCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGGACCAAATTGTACATCGGCAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGG
CCGGACTCCGGGAGCTCCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGCCCCTGATTTTGAGGTTCCCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGC
AAATGCAGGGGATCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAGAAGGACTTTGTTACGCCCGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAAT
TGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACAGGTTGCTGAGGAAAAAATCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGAT
TGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAATTGACCCTGCTGACATTGGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAG
AAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTAGGTGCAGACATTGTATTGCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTAT
TAAGTCCAAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACAGAATTCAACAGCTTTAAGGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGTTTCTTGTGTTCATTATCCTGGCCTTGAAAGTCATCCAGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGAGCGGATTTGGTGGTGTG
GTCAGTTTTGAGATTGCTGGAGACTTACAGGCTACGTCCCGTTTTATTGATTCATTAAAAATTCCTTACATTGCCCCTTCTCTAGGAGGTTGTGAAAGCCTCGTCGAGCAGCCTACCATTATTTCCTACTGgtatgttcatatgccataacagtgaacacaattgttctgtccgagtttgtttgcacaaccataatgcac
tatggagtatcatgttctttacgttatttattctggtatcttctgtttttcactcatgctggattatttatctgattggcttgaaagaatgccatttcctgttctggctgacacatttgtcagcgtttttgaaaataaactgcttaaccactcgcatttaaacattgccactttataatgaaatttgctttagcttacta
attttggtaaattcactgaacagGGATCAGAGCCCTGAAGAGAGAGCTCGTCTTGGTATAAAGGATAATTTAGTTCGATTTAGCTGTGGAGTTGAAGCTTTTGACGACATAGAAAGTGATATCTTACAGGCTTTGAAAGCTGTCTAATGTATCATCAACTAAGCTGAACTGTTTTGGCATGCTTTTGCATTAGTCATATC
ATAATTTTTGCTTTTGCATGGAGAGGTATCATTGCTGGAAAACATTCTTCATTAAAGCAAATGCCAAACTTTGTTAAGCTTTTGTTCATTATGACAGGCTGTCTCAAGGGGATGTTAATATTTTGATTGTATCAGATTATTTGTAGTTTATAAATGGTCAACAAATCTTTGATATCTATCTTGAAAAAATCGCGATGTAC
ACATTGTTCTTTTTAGTAGGGGATACTAATTGCTCTGTTTTCCTTCACAGCTCAGAGCTTATTCCAGCTTAGAAAATCTCTGAAAATGGATTAGCATAGAGACATTTTAACTGCTTTCAAAATCAAGCATAAAAGCCTTCGAGGGGCCCTACCATTAATGTTACCAACACCCACATTCACCCTCCTACAGCAATTATGTT
TCGCCCGCGGTTCTAATTAGTTAGTTTATTTGTTATAAGTTCTGGCTCCCTTTTTGACGGCCACAAGTATTTTAACGCATTTTTATTTTGATCTATTTTCTTAGGAGTGAAATTACTTGAAAAATAGCCTTATGATCTCATTGGCATTGGAGGGATTCAGTGATTTAAATTCACAAATTTTAAGCTCAAAATTTAATCGT
AGAGGTTTTTCAGAAATTGAAGCAGTCGCTGCAATTACCATATTACAAGGAAATATTGTATTGTCGTTAGTTATTTGAATGTCCTATTTTTAGGGCACAATATCCAAGGAAGTTAGGTGTTACCTATTATTTTAGCCTGATGATGTCATCTTGAATTTTCCTGGCTGTGGTTTGGTGAGAATGTTGTGAATATTTGGGGT
TTCTGGGTTACTACTAATTGTAGTTAGTTATTTGAATGTCCC
Intron 3 GTAAGTTATG ... ATTTAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.18 | 700.4 | 3 | 31.2 |
| A2 | 3.96 | 514.8 | 6 | 21.6 |
| A3 | 5.71 | 592.6 | 6.6 | 36.2 |
| A4 | 3.33 | 540.4 | 4.4 | 18.8 |
| A5 | 6.74 | 245.4 | 6.8 | 18.2 |
| A6 | 4.64 | 2591.2 | 3.6 | 127.4 |
| A7 | 4.83 | 2505.6 | 1.8 | 129 |
| A8 | 4.27 | 2309.8 | 2 | 104 |
| A9 | 3.62 | 2380.2 | 6.4 | 90.4 |
| A10 | 5.44 | 1892.6 | 1.8 | 110.2 |
>TRINITY_DN120420_c6_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformCTGGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCAGCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGGACCAAATTGTACATCGG
CAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGGCCGGACTCCGGGAGCTTCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGCCCCTGATTTTGAGGTTC
CCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGCAAATGCAGGGGATCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAGAAGGACTTTGTTACGCC
CGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAATTGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACAGGTTGCTGAGGAAAAAA
TCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGATTGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAATTGACCCTGCTGACATT
GGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAGAAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTAGGTGCAGACATTGTATT
GCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTATTAAGTCCAAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACAGAATTCAACAGCTTTAA
GGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGTATGAGTAATGCTTGAAATTTTCACTGGTGAATGGAAGTGTGGTAGTTTCCAATAATGCATAACTTATGTAGTACTAATAAGGTTGGATTGGGATGCTTGAGCTGCTTCGTTTTTTATCATTTAACATTACAGCCCTTTATACCAAGCTTGTGCTTTGAAATTGTTT
CAAATTGTGCCAATTTTTGATGTATTTGAGGAAGTATCGACCATTTTGTTTGGTGTGATTGTTCACCCACCTTCTGTCCAACCCTCTCCTTGTC
>TRINITY_DN120420_c6_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:TCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTATTAAGTCCAgtaagttatggaatcctcgttatgccactaaaaagaaacaaaacataggttgtgcttttctgatattaaagattgacaaattggtgtgaaatatatcaatgcaaaaggaaagcaa
tagatagaaataaataattctaagggaacacattgaaagaaaatgagtatcaagtgcttaattaagtaggaaatatctataacgacatcatgttttgattcattgttcagtgaatttagagggagttatctgcctctcttcccaaacaaagaaattggatagatgtttttcttgtaagaggaaattttcccactacttac
agaaatctaatgtgcaaatttaaacagAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACAGAATTCAACAGCTTTAAGGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGT
Intron 4 GTAAGTTTTT ... TTTGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.92 | 484 | 128 | 4.7 |
| A2 | 21.77 | 309 | 86 | 1.4 |
| A3 | 19.55 | 391 | 95 | 3.7 |
| A4 | 21.79 | 323 | 90 | 7.6 |
| A5 | 16.75 | 174 | 35 | 4.3 |
| A6 | 17.03 | 1788 | 367 | 4.3 |
| A7 | 16.04 | 1602 | 306 | 2.1 |
| A8 | 16.56 | 1547.1 | 307 | 0 |
| A9 | 16.19 | 1631 | 315 | 2.9 |
| A10 | 18.74 | 1239 | 285.7 | 2.9 |
>TRINITY_DN129416_c5_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoformGAAAGTTGGTGGAGTGTGATGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCAGCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGG
ACCAAATTGTACATCGGCAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGGCCGGACTCCGGGAGCTCCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGC
CCCTGATTTTGAGGTTCCCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGCAAATGCAGGGGACCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAG
AAGGACTTTGTTACGCCCGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAATTGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACA
GGTTGCTGAGGAAAAAATCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGATTGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAA
TTGACCCTGCTGACATTGGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAGAAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTA
GGTGCAGACATTGTATTGCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCAGTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTATTAAGTCCAAATGCTGCTTACTTGATCCTTCGTGGCATAAAGACCCTGCACCTTCGTGTACAGCAACA
GAATTCAACAGCTTTAAGGATTGCCCACACTTTAGAGGCACATCCAAAGGTATGAGTAATGCTTGAAATTTTCACTGGTGAATGGAAGTGTGGTAGTTTCCAATAATGCATAACTTATGTAGTACTAATAAGGTTGGATTGGGATGCTTGAGCTGCTTCGTTTTTTATCATTTAACATTACAGCCCTTTATACCAAGCTT
GTGCTTTGAAATTGTTTCAAATTGTGCCAATTTTTGATGTATTTGAGGAAGTATCGACCATTTTGTTTGGTGTGATTGTTCACCCACCTTCTGTCCAACCCTCTCCTTGTCACAAAAGCTCAATGGATGAGTATGTTCCTATTAATATTATTTTGGCTGGCATGGAGAGAGTTTCACAACAAATTAGTGTTGATTTCAGC
TGTTGTTTAAGTTAGGTGCAGCTAGACATGTTTTAAGTTAATTTTCTTGCTTGTCTTTCCAATGAGAATGGTGTTTCTGTTGCTTGGAAGATATCATACTACTTGATTTTTCTTTCATTACCGAATTCTGCGGGAGGACATACAAGAATGCAATGAAAGAAGAAAGGTACAAAGCTGTGGATATTAGAATTATGAGTGTT
GAGATCCGTTCAACTTAAAGGTCATTTCTGCGGGATAGTGATCTCATTAATGGTTTCCTGTTTAGACAGTTAATCACTAAGATTTTATTGGGTAATCATTACATTTTAAAGTTTTTAGTTGCCTGAGATTTTGCTTATTATTGTTCATGGTTGTAACCTTTTTTTTTGTAACTGCACTATTTTTGGTGCATTTTATCAGA
CATTACCGGTATTGCCTATTCCACATTAATTTATTTCCTTTGTATAAAGGCTTCTTTCTGATTGGAAATGCAGAATTTCAGAGCATGCAGGCAAGGCATTTGCATCTGCATTTCAATGTATTTCAATGGCTTTATCTTGTCTTTGTTTTGAACACACAATTATTGATGAAAGAGCACCAAGCTATCTATATTTCATGTG
>TRINITY_DN129416_c5_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAAGTTGGTGGAGTGTGATGGAGACAAGCATTTTACAATTCCCATTCGAGGAAACAGCGTAAAACGGGTCTAGTGATCGAGTCCGGTTGGCAGACGAGGCCGCGGTTTTAGCCATTGGTTAATAAATATCCAGCAGAAGGAGAACCCGGCTTCAGGTTTTCTTTTCTCCAACAGATCCCCCGGTCGAAACCGTCAGAGG
ACCAAATTGTACATCGGCAATGGCCGTGGCAAATGCATGCATGATGATGGGAGCGCAGTTTGCAGGCCAGGCGAGAGCGCCGCCGCTCTTTGAGTGCCGGGCGGATCCCTCAGGCTCTGCGAAACACGAGCGGCCGGACTCCGGGAGCTCCCCGCCGAAGGGATTCTTGAAGGGGGTCACCTGCTTTGGAGCTTCAGCGC
CCCTGATTTTGAGGTTCCCTCCCAATTTCGTGAGGCAGCTGAGCATAAAGGCCCGACGGAACTGCAGCAACATCGGCGTTGCGCAGGTGGCAGCGGCTTCTGTAACGAATATTCCGGTGTCCTCTGCCCCCGCAAATGCAGGGGACCCGTTCATGCTCACCTGTAATAACAGTGTACAGGCCGATGGCGCTCTACTGGAG
AAGGACTTTGTTACGCCCGATGGAACCCTTGCCGTCCATTCCGGTGAAAAGACGGGACGTGCTATAGTTACCGATGCAATTGCTACTCCAATTGTTCAGACATCTACCTACACTTTCAAAAATACTGCTGAATTGATTGCATTCCAGGAGGGCAGACACAGGAGTTATGAATATGGACGCTATGGAAACCCTACCACACA
GGTTGCTGAGGAAAAAATCAGTGCTCTTGAACGGGCCGAGACAACTTTATTACTGGCCTCGGGTATGTGTGCTACCACAACCATGATGCTGGCATTGGTTCCAGCAGGGGGGCACATAATTACTACCACTGATTGCTATCGGCGAACCAGACAGTTTATCCAAACAGTGCTGCCAAAAATGGGAATCACAGCCACTGTAA
TTGACCCTGCTGACATTGGTTCTCTTGAATTGGCTTTGGAGCAAAACAATGTTTCGCTGTTCTTCTCCGAGTCTCCGACAAACCCTTATCTTCGATGTATTGATATTGAGCTAGTCTCCAAGATCTGTCACAGAAAGGGTGTATTAGTTTGTATAGATTGTACTTTTGCAACACCTGTTAACCAGAAGGCATTAGCATTA
GGTGCAGACATTGTATTGCACTCAGTAACTAAGTATATTGCAGGTCATAATGATgtaagtttttgaggtttctcatgatctagagctattgtattcattctatttttttaatgaaatgcctctttccaagtctctgatcctcagttttgtatcagGTTCTTGCAGGCAGTTTGAGTGGTTCAAATAAGATTATTGGTGCA
GTACGTGCTTTGCACAATATCTTGGGAGGTGTATTAAGTCCAGTAAGTTATGGAATCCTCGTTATGCCACTAAAAAGAAACAAAACATAGGTTGTGCTTTTCTGATATTAAAGATTGACAAATTGGTGTGAAATATATCAATGCAAAAGGAAAGCAATAGATAGAAATAAATAATTCTAAGGGAACACATTGAAAGAAAA
TGAGTATCAAGTGCTTAATTAAGTAGGAAATATCTATAACGACATCATGTTTTGATTCATTGTTCAGTGAATTTAGAGGGAGTTATCTGCCTCTCTTCCCAAACAAAGAAATTGGATAGATGTTTTTCTTGTAAGAGGAAATTTTCCCACTACTTACAGAAATCTAATGTGCAAATTTAAACAGAATGCTGC