sp|Q7XZU3|SAC1_ARATH ----> Phosphatidylinositol-3-phosphatase SAC1

Intron 1 GTTTGCTGTG ... TTTGAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.56	68	18	13
A2	25.16	58	24	15
A3	27.43	41	16	15
A4	20.99	32	14	3
A5	20.51	31	11	5
A6	19.18	217	52	51
A7	18.14	282	73	52
A8	19.22	496	122	114
A9	17.89	319	78	61
A10	19.09	178	50	34

>TRINITY_DN112936_c12_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTTTTTGTGGGCAGAGTAAATTCGAAGATGGAATAAAGCTTACAAAAAAATCCTTCATACTCTGGCAACCAAATTCCCAAAAGCTCAAATTCCCGAGTCCCGACTGTAAATTGGGACGCCCTTGAACGATTGCAACTAAGATACTCGTCTGTTTTCTCTGTTACCTGAAGCTTTTGAATTGGATCAGAGCTATGGCATCG
GCAGCCAAACAGCGAGCAGGCAGAGCCGAGGCCGAACCAGATCCAAACAATTGCTCTTTGCAGAAGTTCAGGCTCTACGAGACACGCCAGAGGTATTATTTAATAGGGAGCGATAAGCATAAAAGGCATTTCAGAGTGCTGAAGATCGACCGGTCGGAGCCTTTGGAGCTCAATATTAGCGAAGACCCCGTTGTTTACAC
GCAGCAGGAGGTCAAGAATTTGCTGCAGAGGATCAGCGAGGGCAACCGTTCCACGGGCGGACTGGCCTTTGTTACCAAGGCCTTCGGCATTGCAGGATGCATCAAGTTTCTAGAGTCACATTATCTCATACTTGTTACCAAGCGTCGCCAAATAGGCAGTATTTGTGGACATGCCATTTATAGCATTGAAGAGTCACAAT
TAATAACTATACCTCATTCTTCAGTACAGTCTGACTTGGCACATTCTAAGACAGAATTGAGATACAAGAAGCTTCTTTCCAGTGTGGATCTCACAAAGGATTTCTTTTATAGTTACACATATCCAATTATGCAAAGTCTGCAGAGAAATGTGTTGGCTGCTGACATTGAGAAGATGCCATATGAGAATTTATTTGTCTGG
AATGCTTTTCTTACTCGTGCAATTCGCCAAAAGTGCAATAATACAAGATGGACAGTTGCCCTGGTTCATGGAAACTTCAATCAGGTCAGATTGTCAGTCTTTGGCCGTGTGTTTGTTGTTACAGTTATTTCAAGACGTTCACGACACTTCGCAGGAACAAGATATTTGAAAAGGGGAGTTAATGATCTTGGTAGAGTAGC
AAATGATGTTGAGACAGAACAAATTGTTCTGGATGAAGATGCAGGAACTGGGAAAGGGAAAATGAGCTCTGTGGTTCAGATGCGAGGATCAATACCCCTTTTCTGGTCTCAAGAAGTCTCACGTTTGAGTCCAAAACCTGACATTATATTACACAGATATGATCCAACCTATCAAGCAACAAAGCTGCATTTTGAGGATC
TTTGTAAGCGATACGGCAATCCTATAATTGTCTTGAATTTAATCAAGACTGTTGAAAAAAGGCCCCGGGAAATGATGCTACGTCGTGAATTTGCCAGTGCTGTAGGATATCTGAATCAGATTCTTTCGGAAGAAAATCGTCTCAAGTTTATCCATTGGGACTTTCACAAGTTTGCAAAAAGTAAATCTGCAAATGTTCTT
GCAGTTTTGGGTGGCGTGGCCAGCGAAGCACTTGACTTGACTGGATTCTATTACAGTGGGAGGCCTTCTTCTAATAAGCGACAACTTGTGAATCAGCCAAGTCGAACTAATAATACAAGAGATGCTTCTGTAGGTGATTTTAGATGCAATTCATCAGGCATAGATCCTGGAAAGATTGGAAATAGAAACGATTTTGGAAG
CTTTTCATCTACACGAGATGGAGATTGTGATCCTGAAGTTGAACAACGCCTAAAAAAGGATGCAGGCAATGCAAGAGAACCCAGATTTCAGAGTGGAGTGCTCCGTACAAATTGCATTGACTGTCTGGATCGTACACTTGTTGCACAGTTTGCATATGGTCTGGAAGCTCTTGGCCGTCAGTTGTATGCTATGGGCTTGT
CATATGGACCCAAGGTGGATCCTGATAGTAGCATTGCTACTACACTTATGGAAATGTACCAGAGTATGGGTGATGCTCTTGCAATTCAGTATGGTGGTTCTGCAGCTCATAATACTGTTTTCACAGAGAGGCAAGGAAAGTGGAAAGCTACAACACAGTCTCGTGAGTTTTTGAAATCAATCAGGCGATATTACAGCAAT
GCTTACACTGATGGGGAAAAGCAGGATGCCATAAATTTATTCCTTGGATACTTTCAGCCACAAGAAGGGAAGCCTGCTTTGTGGGAGCTTGATTCAGATTACTATCTTCATGTTGGGGGGAATGGAGATGAGGCATGCACTGATAGTCAATTGCTACCAGAAAATAACTCAACAGCAGTGCAGAATCCATCAATTGTTCT
TGCCCCTGTTCCAGCATGCAGAGAAGATTATTCACGACTGAAGTTGACTTCATTTGATAAACTAATGCAAACAATATACAGTTCATTAAAGAATGTCCGGATTTACAGTGAGCACGACTTAAAGGCTGGCACTGCTGCAGGCAACTCTGGCATGGCTCCAGATGCAGCAGAAATACAGTTGAAAAGTCCAAACTGGCTTT
TTGGTCAAAGAAAAGTTGAAGGAACAGGACAACTTCGTAAAATTAATAACCGAGGTTTTGTAGAGGTCAAGGCAAGGGATGAAGAGGTCATTGATGATTCTGATGAGTTGAAATGTTTTTTCTCTGGAGATTCATGTCAGGAAGCTATTTTTGAAAGCTACCTTGCCATTGCCTCAACAACAGAGGTTGATAACTGGTAT
GGCAAGGGACTTCTCTTTGATACAGTTGAAGATAGCGAAGCTTACAAACACTATGCTGAATGCTGTCAGGGACCAGCACTGGATCCATTTGGGCATGATGCTGAAAAAGAGCAGTACTATTCAGATGCCTTATCCCAGGTTTTGAAAGGTCGAAAAGATGAATCCGTAGAATCAGAAATGGAAGATGCTTTTAACGAGTA
TGAAAAAATTGGGAGTAATCTAGGAATCAACAACCCATCTCTATCTTCTATTCTTGTGGAAGAGAAGACATGTAAAGTTAAAGGTTGAAATCAATGTGTTTTCTCAGCTGTGGGGGGTGTATTATAGCTAAGCAAAAGTTAGAGTTGGTACCTGATATTAAGCTGTGTTACAGTACAAGCTGCATCATGATATTATCATG
TAACAAATATTTGAAGAAGTATTTAACAAAATATATAATAGTTGTAAAGAATGTTCCCTGTTTATTTAAGGAAATACTTGGAAAAAAAACTGGCTATTTGCATCATAAAGTCTGTACAT

>TRINITY_DN112936_c12_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTTTTTGTGGGCAGAGTAAATTCGAAGATGGAATAAAGCTTACAAAAAAATCCTTCATACTCTGGCAACCAAATTCCCAAAAGCTCAAATTCCCGAGTCCCGACTGTAAATTGGGACGCCCTTGAACGATTGCAACTAAGATACTCGTCTGTTTTCTCTGTTACCTGAAGCTTTTGAATTGGATCAGAGCTATGGCATCG
GCAGCCAAACAGCGAGCAGGCAGAGCCGAGGCCGAACCAGATCCAAACAATTGCTCTTTGCAGAAGTTCAGGCTCTACGAGACACGCCAGAGGTATTATTTAATAGGGAGCGATAAGCATAAAAGGCATTTCAGAGTGCTGAAGATCGACCGGTCGGAGCCTTTGGAGCTCAATATTAGCGAAGACCCCGTTGTTTACAC
GCAGCAGGAGGTCAAGAATTTGCTGCAGAGGATCAGCGAGGGCAACCGTTCCACGGGCGGACTGGCCTTTGTTACCAAGGCCTTCGGCATTGCAGGATGCATCAAGTTTCTAGAGTCACATTATCTCATACTTGTTACCAAGCGTCGCCAAATAGGCAGTATTTGTGGACATGCCATTTATAGCATTGAAGAGTCACAAT
TAATAACTATACCTCATTCTTCAGTACAGTCTGACTTGGCACATTCTAAGACAGAATTGAGATACAAGAAGCTTCTTTCCAGTGTGGATCTCACAAAGGATTTCTTTTATAGTTACACATATCCAATTATGCAAAGTCTGCAGAGAAATGTGTTGGCTGCTGACATTGAGAAGATGCCATATGAGAATTTATTTGTCTGG
AATGCTTTTCTTACTCGTGCAATTCGCCAAAAGTGCAATAATACAAGATGGACAGTTGCCCTGGTTCATGGAAACTTCAATCAGGTCAGATTGTCAGTCTTTGGCCGTGTGTTTGTTGTTACAGTTATTTCAAGACGTTCACGACACTTCGCAGGAACAAGATATTTGAAAAGGGGAGTTAATGATCTTGGTAGAGTAGC
AAATGATGTTGAGACAGAACAAATTGTTCTGGATGAAGATGCAGGAACTGGGAAAGGGAAAATGAGCTCTGTGGTTCAGATGCGAGGATCAATACCCCTTTTCTGGTCTCAAGAAGTCTCACGTTTGAGTCCAAAACCTGACATTATATTACACAGATATGATCCAACCTATCAAGCAACAAAGCTGCATTTTGAGGATC
TTTGTAAGCGATACGGCAATCCTATAATTGTCTTGAATTTAATCAAGACTGTTGAAAAAAGGCCCCGGGAAATGATGCTACGTCGTGAATTTGCCAGTGCTGTAGGATATCTGAATCAGATTCTTTCGGAAGAAAATCGTCTCAAGTTTATCCATTGGGACTTTCACAAGTTTGCAAAAAGTAAATCTGCAAATGTTCTT
GCAGTTTTGGGTGGCGTGGCCAGCGAAGCACTTGACTTGACTGGATTCTATTACAGTGGGAGGCCTTCTTCTAATAAGCGACAACTTGTGAATCAGCCAAGTCGAACTAATAATACAAGAGATGCTTCTGTAGGTGATTTTAGATGCAATTCATCAGGCATAGATCCTGGAAAGATTGGAAATAGAAACGATTTTGGAAG
CTTTTCATCTACACGAGATGGAGATTGTGATCCTGAAGTTGAACAACGCCTAAAAAAGGATGCAGGCAATGCAAGAGAACCCAGATTTCAGAGTGGAGTGCTCCGTACAAATTGCATTGACTGTCTGGATCGTACACTTGTTGCACAGTTTGCATATGGTCTGGAAGCTCTTGGCCGTCAGTTGTATGCTATGGGCTTGT
CATATGGACCCAAGGTGGATCCTGATAGTAGCATTGCTACTACACTTATGGAAATGTACCAGAGTATGGGTGATGCTCTTGCAATTCAGTATGGTGGTTCTGCAGCTCATAATACTGTTTTCACAGAGAGGCAAGGAAAGTGGAAAGCTACAACACAGTCTCGTGAGTTTTTGAAATCAATCAGGCGATATTACAGCAAT
GCTTACACTGATGGGGAAAAGCAGGATGCCATAAATTTATTCCTTGGATACTTTCAGCCACAAGAAGGGAAGCCTGCTTTGTGGGAGCTTGATTCAGATTACTATCTTCATGTTGGGGGGAATGGAGATGAGGCATGCACTGATAGTCAATTGCTACCAGAAAATAACTCAACAGCAGTGCAGAATCCATCAATTGTTCT
TGCCCCTGTTCCAGCATGCAGAGAAGATTATTCACGACTGAAGTTGACTTCATTTGATAAACTAATGCAAACAATATACAGTTCATTAAAGAATGTCCGGATTTACAGTGAGCACGACTTAAAGGCTGGCACTGCTGCAGGCAACTCTGGCATGGCTCCAGATGCAGCAGAAATACAGTTGAAAAGTCCAAACTGGCTTT
TTGGTCAAAGAAAAGTTGAAGGAACAGGACAACTTCGTAAAATTAATAACCGAGGTTTTGTAGAGGTCAAGGCAAGGGATGAAGAGGTCATTGATGATTCTGATGAGTTGAAATGTTTTTTCTCTGGAGATTCATGTCAGGAAGCTATTTTTGAAAGCTACCTTGCCATTGCCTCAACAACAGAGGTTGATAACTGGTAT
GGCAAGGGACTTCTCTTTGATACAGTTGAAGATAGCGAAGCTTACAAACACTATGCTGAATGCTGTCAGgtttgctgtgttttatcttcatagtgaaagatcgtttggggtttattatttggttaattctccttggaaatttgttccttgaatctcttggcttctagcttattttcgtgttttgaatcagGGACCAGCAC
TGGATCCATTTGGGCATGATGCTGAAAAAGAGCAGTACTATTCAGATGCCTTATCCCAGGTTTTGAAAGGTCGAAAAGATGAATCCGTAGAATCAGAAATGGAAGATGCTTTTAACGAGTATGAAAAAATTGGGAGTAATCTAGGAATCAACAACCCATCTCTATCTTCTATTCTTGTGGAAGAGAAGACATGTAAAGTT
AAAGGTTGAAATCAATGTGTTTTCTCAGCTGTGGGGGGTGTATTATAGCTAAGCAAAAGTTAGAGTTGGTACCTGATATTAAGCTGTGTTACAGTACAAGCTGCATCATGATATTATCATGTAACAAATATTTGAAGAAGTATTTAACAAAATATATAATAGTTGTAAAGAATGTTCCCTGTTTATTTAAGGAAATACTT
GGAAAAAAAACTGGCTATTTGCATCATAAAGTCTGTACAT

Intron 2 GTATGTTTGA ... TAATTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	100	0	25
A2	22.22	105	2	30
A3	23.28	89	0	27
A4	22.22	63	1	18
A5	12.2	36	0	5
A6	23.23	76	0	23
A7	18.81	177	0	41
A8	24.82	103	0	34
A9	22.92	185	0	55
A10	21.81	147	0	41

>TRINITY_DN97637_c0_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

CTTGTTTGAAAAATTGGTGGTGTGTTATTATATCTCTCATACCCAGATCCTGTATAATTAAAAGTAGATCTTGCTAGTTGAGATTCTCTCAGGAAAGGGTACAGAATATGAGGTACTTTTTCTTACTGCAAATCCAAATGTCTAGACAATGCTCAGAAGTTCTAAGCAAAAAAATGTGTAAACTGCAGAGATGCTTCTGT
AGGTGATTTTAGATGCAATTCATCAGGCATAGATCCTGGAAAGATTGGAAATAGAAACGATTTTGGAAGCTTTTCATCTACACGAGATGGAGATTGTGATCCTGAAGTTGAACAACGCCTAAAAAAGGATGCAGGCAATGCAAGAGAACCCAGATTTCAGAGTGGAGTGCTCCGTACAAATTGCATTGACTGTCTGGATC
GTACACTTGTTGCACAGTTTGCATATGGTCTGGAAGCTCTTGGCCGTCAGTTGTATGCTATGGGCTTGTCATATGGACCCAAGGTGGATCCTGATAGTAGCATTGCTACTACACTTATGGAAATGTACCAGAGTATGGGTGATGCTCTTGCAATTCAGTATGGTGGTTCTGCAGCTCATAATACTGTTTTCACAGAGAGG
CAAGGAAAGTGGAAAGCTACAACACAGTCTCGTGAGTTTTTGAAATCAATCAGGCGATATTACAGCAATGCTTACACTGATGGGGAAAAGCAGGATGCCATAAATTTATTCCTTGGATACTTTCAGCCACAAGAAGGGAAGCCTGCTTTGTGGGAGCTTGATTCAGATTACTATCTTCATGTTGGGGGGAATGGAGATGA
GGCATGCACTGATAGTCAATTGCTACCAGAAAATAACTCAACAGCAGTGCAGAATCCATCAATTGTTCTTGCCCCTGTTCCAGCATGCAGAGAAGATTATTCACGACTGAAGTTGACTTCATTTGATAAACTAATGCAAACAATATACAGTTCATTAAAGAATGTCCGGATTTACAGTGAGCACGACTTAAAGGCTGGCA
CTGCTGCAGGCAACTCTGGCATGGCTCCAGATGCAGCAGAAATACAGTTGAAAAGTCCAAACTGGCTTTTTGGTCAAAGAAAAGTTGAAGGAACAGGACAACTTCGTAAAATTAATAACCGAGGTTTTGTAGAGGTCAAGGCAAGGGATGAAGAGGTCATTGATGATTCTGATGAGTTGAAATGTTTTTTCTCTGGAGAT
TCATGTCAGGAAGCTATTTTTGAAAGCTACCTTGCCATTGCCTCAACAACAGAGGTTGATAACTGGTATGGCAAGGGACTTCTCTTTGATACAGTTGAAGATAGCGAAGCTTACAAACACTATGCTGAATGCTGTCAGGTTTGCTGTGTTTTATCTTCATAGTGAAAGATCGTTTGGG

>TRINITY_DN97637_c0_g2_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGTTCTGCAGCTCATAATACTgtatgtttgattgtatttaaatttactttagaattattactttacatctgaatatgctctaaagctactattgtaggtgtacaatgtgcatggctacctacaaggctgtcaacatcttggcaaggcttttgaatttgtgcaatttaattaatcttaactcttggcatcttgatcataag
tgagattgttgggttcattaattttctccacataattttcagGTTTTCACAGAGAGGCAAGGAAAGTGGAAAGCTACAACACAGTCTCGTGAGTTTTTGAAATCAATCAGGCGATATTACAGCAATGCTTACACTGATGGGGAAAAGCAGGATGCCATAAATTTATTCCTTGGATACTTTCAGCCACAAGAAGGGAAGCC
TGCTTTGTGGGAGCTTGATTCAGATTACTATCTTCATGTTGGGGGGAATGGAGATGAGGCATGCACTGATAGTCAATTGCTACCAGAAAATAACTCAACAGCAGTGCAGAATCCATCAATTGTTCTTGCCCCTGTTCCAGCATGCAGAGAAGATTATTCACGACTGAAGTTGACTTCATTTGATAAACTAATGCAAACAA
TATACAGTTCATTAAAGAATGTCCGGATTTACAGTGAGCACGACTTAAAGGCTGGCACTGCTGCAGGCAACTCTGGCATGGCTCCAGATGCAGCAGAAATACAGTTGAAAAGTCCAAACTGGCTTTTTGGTCAAAGAAAAGTTGAAGGAACAGGACAACTTCGTAAAATTAATAACCGAGGTTTTGTAGAGGTCAAGGCA
AGGGATGAAGAGGTCATTGATGATTCTGATGAGTTGAAATGTTTTTTCTCTGGAGATTCATGTCAGGAAGCTATTTTTGAAAGCTACCTTGCCATTGCCTCAACAACAGAGGTTGATAACTGGTATGGCAAGGGACTTCTCTTTGATACAGTTGAAGATAGCGAAGCTTACAAACACTATGCTGAATGCTGTCAGGTTTG
CTGTGTTTTATCTTCATAGTGAAAGATCGTTTGGG