sp|Q8GY23|UPL1_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase UPL1
Intron 1 GTTTGTTTCT ... CTATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.88 | 25.5 | 3.4 | 4 |
| A2 | 12.98 | 21.9 | 2 | 5 |
| A3 | 8 | 19.4 | 3.6 | 0.4 |
| A4 | 6 | 16.4 | 0.8 | 1.6 |
| A5 | 14.29 | 6 | 2 | 0 |
| A6 | 11.52 | 19.8 | 4.4 | 2.4 |
| A7 | 10.23 | 41.1 | 6.6 | 3.4 |
| A8 | 12.79 | 50.7 | 10.6 | 6.6 |
| A9 | 7.84 | 39.1 | 7.2 | 0.8 |
| A10 | 10.41 | 30 | 3.6 | 4.6 |
>TRINITY_DN46303_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGCCCTGTCAAAAGATAATAGAAGAGGAGACAGCTGCGGAGGAGCACAAACTTTGCCAAGCCAGCATAGAGAAGACCCTTTTACGAGGCGTGTTAAAGGGTCGTGATTTCTAATTAAGTTTACTCGGCTCGCTCTAGAAGGCTTCGGGAGAATTCCTCTACAAGTTTTACCAGCGCGATCCATCATTAAACATGGAAGAAT
TCTGGGATTCGTCCGGAGTGCCTTCCAAATTGGATGAAAACTTCCACAGGTGTTTTAAAAGCTTGGTTATTCGAGGTTTGCTTCCAAATGAAGCTGCTGATTTGGCATTGAAAGTGGCTACTGGAACTGTTGCAAGACCTATCGATTCATCAGATCTGATGGAAGAGTTCGAGCTGGCAAAGGGGTCAGCAAGAGTTGAA
AGCCTAGTTATTAAGATCAAATCTATTTTTTCATCATTAGATGCTTTGAGTATCAGTTTTCTTCCTGAAAAAGGTTCAGTGGCTGCAGTGGCAGGAGTAGACATGGCTTTACTGGAGAAGTTTTACAGCTCAGCAAAGGAGCTGGAGAGTAAAGATGTGGATGCAGCAATCATGGAATCAACTCAGTCATTGCTATCTAT
AGATAAAGGTTGCTGGGGTTTGAGCAACTCCATTATCCTTCGAAATATTATCACTTTGTTGGAGAATAGGTTTTTCAGTTGTTCTCTGTATTATGACACTCTTCAGAAGCTCTGGAAGTTAATCTTAGACCAACCTGCAAATGTGAAGGCAAATCTCATCTTGGCCTTGCAAAGCTACAACAAAGAGCAGTTTGAACGAC
TCATAGCCACTGTCCAACAGTTCATCACCCTTCTGGTTTACGAAAACCATGGAAATGACAAAGTTCAAGGAGGAGTGCAGATCCTTCAGCTGCTTTACAAAGTAAATGAGAAATCTCAGTTTGTTAATCAAGGTTCCTTTTACAATGATGCAGTCAACAGGGAAGACTTCCTCTTGGCAGACTTTAAAAGGTGGATGGAT
AGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGTTTATGATACGACAAGCAAGAGTAAAATTATGCAGTGGGAATCAAATATTCAGATGCGCTATGAATTTCAGGAAGCCTTACTGCGCTCTATTTTGCTTGAGAGAACCTGCCCTTACTTGGTGCTTAGGGTGAGGAGAGAAAACTTAATTAGGGAAACTATATTACA
GATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCATTAAAGGTTCAATTTATAGGAGAAGAAGGGATTGATGAAGGTGGTGTACAAAAGGAGTTTTTCCAATTATTTGTGCGGGATATTTTTGACCCAAAGGTTTCTTTTTCCATTGAATGGAATTGTGCAGTATGGAATGTTTTATTACAACAAGGATACACGGTTATTC
TGGTTCAACTCTCCTCCATGGGATGCCTTAGTGGAATATGAATTGGTTGGAATTCTTCTTGGATTAGCCATCTATAATGGTCATATTTTGGAGTTGCATTTCCCAAGAGTTGTGTACAAGAAACTTTTAGGGAAAGTGCCAACAATGGAGGATCTTGCAGAGGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTT
GCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGGGGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTGACCTGTGTATGAAGTATTATCTTGAGACTTCAATAGCATCATCATTTGATGCCT
TTAAAAGGGGATTTCAGAAATTATGCAGAGGTCGAGTCTTGAAGTTATTCCAGCCTATTGAACTGGAACAGTTAATTTGCGGCAGCCCTGTACTTGATTTTGAAGAACTAGAGAAATACACAGTATACGAGGATGGTTATAGAAAGGACAGTCGTGTCATCTGTGACTTTTGGGAGATTGTTCATTCACTGGATGAGGAG
AACAAAAAGAAGCTGCTTTTCTTTGTAACAGGCAGTGATCGTGCTCCAATTAAGGGTCTTGCAAATCTCCGGTTTGTCATTTCTAAGAATGGTTCACATTCTGACAGGTTACCCAGTGCTCATACATGTTTTAATCATTTGTTGCTGCCTGAATATGAGAATAAAGAGAAGCTGAAGGAGCGGTTATTGATAGCGATCAA
TAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAGTTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCAAGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAATGTCTATGAACACTGATTC
CAAGCTTGCTCTGTTAAGATGTATTGCAATGCTATCAATTTTTTGTATTGTATAATTTTTATATAACATGGTTCGTTCAAAGGAACCAAATATCAGCCATACGAGCTGTAATAATTTTATAGACATAATGATGTTCGGTAGCAAAGCTTTCTCTTACTACCTATTAGAGAACATTCACCTAAAGTGAACCAAAACGGATT
TGGGCCAATTTAAAACATTCTTGTGATGGATGTTCAACTTAGAGCTGCTATTAATAGAATTATTTGGAAAAG
>TRINITY_DN46303_c0_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTTGGGGGAAACCCCCAAGTACTTCCCCTCATTCTGAGGATGGTATCTATGGTAAACCCTAGATTCTTCAGGGCACAAGGCTAGGGAAACAATAGGGCTTGGAGCTATACAACAAGATACTCATTATGGGGTCAACATGTCACTTACAGGGATAGAACTTAGGTGGGGTGGATAATACTCTATCTCACAACCAATGGGGC
TAGAGTGCCGCTTGACCCAATTGACTAGATGAGTGTTATTTCTATATCTACACACATATAATTGTTCCCTTGCGTGCATAACCCTATTCTTGCTTGTGTGCTTGATTTCATGCATGCAATGTTCTATATATATTCCATTCCCTTTTGCATAGTGTATATAAGATGGGTTCAATGACATTATAGTACTACAAGAGTATTAA
AATAATAGTAGAATGATATTAAAATAAATTCAAACTCTGATATTAATTTTGAATAATATGAATAAAAAAGGTTAACATTATGAGCATTTACGAATGTGCATGCTTTTTTGTGTTCACCTATTTGTATAGAGAGAGAAAGAGAGATGGTGATGCCAATAACTAGTTAATTGTTTAGGACTGGATGGCTAAAATTGCATGCC
ATAAAATTCCTTAAATTTTTAATGCAGACAAAGTAAATGAGAAATCTCAGTTTGTTAATCAAGGTTCCTTTTACAATGATGCAGTCAACAGGGAAGACTTCCTCTTGGCAGACTTTAAAAGGTGGATGGATAGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGTTTATGATACGACAAGCAAGAGTAAAATTATGCAG
TGGGAATCAAATATTCAGATGCGCTATGAATTTCAGGAAGCCTTACTGCGCTCTATTTTGCTTGAGAGAACCTGCCCTTACTTGGTGCTTAGGGTGAGGAGAGAAAACTTAATTAGGGAAACTATATTACAGATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCATTAAAGGTTCAATTTATAGGAGAAGAAGGGATTGA
TGAAGGTGGTGTACAAAAGGAGTTTTTCCAATTATTTGTGCGGGATATTTTTGACCCAAAGGTTTCTTTTTCCATTGAATGGAATTGTGCAGTATGGAATGTTTTATTACAACAAGGATACACGGTTATTCTGGTTCAACTCTCCTCCATGGGATGCCTTAGTGGAATATGAATTGGTTGGAATTCTTCTTGGATTAGCC
ATCTATAATGGTCATATTTTGGAGTTGCATTTCCCAAGAGTTGTGTACAAGAAACTTTTAGGGAAAGTGCCAACAATGGAGGATCTTGCAGAGGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTTGCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGG
GGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTGACCTGTGTATGAAGTATTATCTTGAGACTTCAATAGCATCATCATTTGATGCCTTTAAAAGGGGATTTCAGAAATTATGCAGAGGTCGAGTCTTGAAGTTATTCCAGCCTATTGAACTGGAAC
AGTTAATTTGCGGCAGCCCTGTACTTGATTTTGAAGAACTgtttgtttcttaccctgtttctttacccccaggccttgattgttatttgcattttctaatattctggaagctcttcttttagattattttgatttgtcttcatctttctgtttcaaattgattttatggttggaattatagttgctaactatgcatgaat
actatatgcagAGAGAAATACACAGTATACGAGGATGGTTATAGAAAGGACAGTCGTGTCATCTGTGACTTTTGGGAGATTGTTCATTCACTGGATGAGGAGAACAAAAAGAAGCTGCTTTTCTTTGTAACAGGCAGTGATCGTGCTCCAATTAAGGGTCTTGCAAATCTCCGGTTTGTCATTTCTAAGAATGGTTCACA
TTCTGACAGGTTACCCAGTGCTCATACATGTTTTAATCATTTGTTGCTGCCTGAATATGAGAATAAAGAGAAGCTGAAGGAGCGGTTATTGATAGCGATCAATAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAG
TTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCAAGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAATGTCTATGAACACTGATTCCAAGCTTGCTCTGTTAAGATGTATTGCAATGCTATCAATTTTTTGTATTGTATAATTTTTATATAACATGGTTCGTTCAAAGGAACCAAATATCAGCC
ATACGAGCTGTAATAATTTTATAGACATAATGATGTTCGGTAGCAAAGCTTTCTCTTACTACCTATTAGAGAACATTCACCTAAAGTGAACCAAAACGGATTTGGGCCAATTTAAAACATTCTTGTGATGGATGTTCAACTTAGAGCTGCTATTAATAGAATTATTTGGAAAAG
Intron 2 GTTTCTTTTT ... AATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.95 | 22.9 | 14 | 14 |
| A2 | 59.45 | 10.9 | 15 | 17 |
| A3 | 43.9 | 19.9 | 17 | 14 |
| A4 | 42.93 | 14 | 9 | 12 |
| A5 | 47.18 | 9 | 8 | 8 |
| A6 | 55.29 | 12.9 | 16 | 16 |
| A7 | 53.02 | 31.9 | 30 | 42 |
| A8 | 66.27 | 23.9 | 43 | 51 |
| A9 | 49.52 | 21.9 | 19 | 24 |
| A10 | 61.81 | 9 | 14 | 15 |
>TRINITY_DN117667_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformCCCTGGGAAATTCCCCTCATTTCAAGGATGGTACCCAGGTAAGATAAGATAAGCTAATTTTATTAATGTCTAACGAAAGACATTAGTAAACCCTAGATTCTTCAGGGCACAAGGCTAGGGAAACAATAGGGCTTGGAGCTATACAACAAGATACTCATTATGGGGTCAACATGTCACTTACAGGGATAGAACTTAGGTGG
GGTGGATAATACTCTATCTCACAACCAATGGGGCTAGAGTGCCGCTTGACCCAATTGACTAGATGAGTGTTATTTCTATATCTACACACATATAATTGTTCCCTTGCGTGCATAACCCTATTCTTGCTTGTGTGCTTGATTTCATGCATGCAATGTTCTATATATATTCCATTCCCTTTTGCATAGTGTATATAAGATGG
GTTCAATGACATTATAGTACTACAAGAGTATTAAAATAATAGTAGAATGATATTAAAATAAATTCAAACTCTGATATTAATTTTGAATAATATGAATAAAAAAGGTTAACATTATGAGCATTTACGAATGTGCATGCTTTTTTGTGTTCACCTATTTGTATAGAGAGAGAAAGAGAGATGGTGATGCCAATAACTAGTTA
ATTCTTTAGGACTGGATAGCTAAAATTGCATGCCATAAAATTCCTTAAATTTTTAATGCAGACAAAGTAAATGAGAAATCTCAGTTTGTTAATCAAGGTTCCTTTTACAATGATGCAGTCAACAGGGAAGACTTCCTCTTGGCAGACTTTAAAAGGTGGATGGATAGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGT
TTATGATACGACAAGCAAGAGTAAAATTATGCAGTGGGAATCAAATATTCAGATGCGCTATGAATTTCAGGAAGCCTTACTGCGCTCTATTTTGCTTGAGAGAACCTGCCCTTACTTGGTGCTTAGGGTGAGGAGAGAAAACTTAATTAGGGAAACTATATTACAGATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCAT
TAAAGGTTCAATTTATAGGAGAAGAAGGGATTGATGAAGGTGGTGTACAAAAGGAGTTTTTCCAATTATTTGTGCGGGATATTTTTGACCCAAAGTATGGAATGTTTTATTACAACAAGGATACACGGTTATTCTGGTTCAACTCTCCTCCATGGGATGCCTTAGTGGAATATGAATTGGTTGGAATTCTTCTTGGATTA
GCCATCTATAATGGTCATATTTTGGAGTTGCATTTCCCAAGAGTTGTGTACAAGAAACTTTTAGGGAAAGTGCCAACAATGGAGGATCTTGCAGAGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGTTTATGATACGA
>TRINITY_DN117667_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATTGTGTAAAGTTGTAGATAGATCTCATGTGTTTCATGCTATAGCAGTGTGATCTGTCAAAACAAAAAGTGATTGCATCATCTTTATAAGGCAGATTGTGTGCTCAAAAAGCAGTGTGATTCTATTTGGTTTGCTTCATGAACTTGGGGGAATTATTGCTCTTGAATTTATCTATGCGATCCACTCTGAAAGTTGTTAA
CTGGTCAGTGTACCAATTATACCAATAGTCAGAACATCTGTAGGAAGAATGCCGTTGGAAGTATGACTTTATCATGGACATAAAATTAGGCATTGCATAGTAATCTGTTTTTTCTGCTTTATTATTTAGGGCATCATAGGGCATGCACTACAATGATGAAGTATGAATGCCTTTTAACAGTTTACATATTCAAAAACAAT
ATAATTATTTCATGGCAGTAGATTAAACTTCACTTTGTGATAATATTAATACTTAGTTGCACTTTATTGGTTTGGTGCCAAATAATAAACAAAATACAGAATGCATAGCTGAATGGAACATCTTAAAGCCTTTTAAACAATTACTTTCTTGCAGATTCATTGCCATTTTCGAGATTTGAAACTGAACAATATGTAAATTA
CATCAATCGTAACTAGATGGCATAACTCATTTTCTCTTACATTTGCTGCTTGCAGATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCATTAAAGGTTCAATTTATAGGAGAAGAAGGGATTGATGAAGGTGGTGTACAAAAGGAGTTTTTCCAATTATTTGTGCGGGATATTTTTGACCCAAAGgtttctttttccattg
aatggaattgtgcagTATGGAATGTTTTATTACAACAAGGATACACGGTTATTCTGGTTCAACTCTCCTCCATGGGATGCCTTAGTGGAATATGAATTGGTTGGAATTCTTCTTGGATTAGCCATCTATAATGGTCATATTTTGGAGTTGCATTTCCCAAGAGTTGTGTACAAGAAACTTTTAGGGAAAGTGCCAACAAT
GGAGGATCTTGCAGAGGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTTGCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGGGGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTG
ACCTGTGTATGAAGTATTATCTTGAGACTTCAATAGCATCATCATTTGATGCCTTTAAAAGGGGATTTCAGAAATTATGCAGAGGTCGAGTCTTGAAGTTATTCCAGCCTATTGAACTGGAACAGTTAATTTGCGGCAGCCCTGTACTTGATTTTGAAGAACTAGAGAAATACACAGTATACGAGGATGGTTATAGAAAG
GACAGTCGTGTCATCTGTGACTTTTGGGAGATTGTTCATTCACTGGATGAGGAGAACAAAAAGAAGCTGCTTTTCTTTGTAACAGGCAGTGATCGTGCTCCAATTAAGGGTCTTGCAAATCTCCGGTTTGTCATTTCTAAGAATGGTTCACATTCTGACAGGTTACCCAGTGCTCATACATGTTTTAATCATTTGTTGCT
GCCTGAATATGAGAATAAAGAGAAGCTGAAGGAGCGGTTATTGATAGCGATCAATAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAGTTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCA
AGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAATGTCTATGAACACTGATTCCAAG
Intron 3 GTTCAATTTA ... TCTTGCAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.16 | 37.1 | 34.7 | 34.6 |
| A2 | 63.99 | 16 | 21.9 | 35 |
| A3 | 63.88 | 19 | 29.6 | 38.1 |
| A4 | 55.4 | 26 | 36.3 | 29.2 |
| A5 | 74.26 | 5 | 19 | 10.3 |
| A6 | 59.13 | 12 | 14.8 | 20 |
| A7 | 53.89 | 47 | 48.7 | 61.4 |
| A8 | 53.54 | 65.1 | 72.9 | 78.1 |
| A9 | 51.31 | 34.1 | 31 | 41 |
| A10 | 48.76 | 39 | 32.7 | 42 |
>TRINITY_DN117667_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformCCCTGGGAAATTCCCCTCATTTCAAGGATGGTACCCAGGTAAGATAAGATAAGCTAATTTTATTAATGTCTAACGAAAGACATTAGTAAACCCTAGATTCTTCAGGGCACAAGGCTAGGGAAACAATAGGGCTTGGAGCTATACAACAAGATACTCATTATGGGGTCAACATGTCACTTACAGGGATAGAACTTAGGTGG
GGTGGATAATACTCTATCTCACAACCAATGGGGCTAGAGTGCCGCTTGACCCAATTGACTAGATGAGTGTTATTTCTATATCTACACACATATAATTGTTCCCTTGCGTGCATAACCCTATTCTTGCTTGTGTGCTTGATTTCATGCATGCAATGTTCTATATATATTCCATTCCCTTTTGCATAGTGTATATAAGATGG
GTTCAATGACATTATAGTACTACAAGAGTATTAAAATAATAGTAGAATGATATTAAAATAAATTCAAACTCTGATATTAATTTTGAATAATATGAATAAAAAAGGTTAACATTATGAGCATTTACGAATGTGCATGCTTTTTTGTGTTCACCTATTTGTATAGAGAGAGAAAGAGAGATGGTGATGCCAATAACTAGTTA
ATTGTTTAGGACTGGATGGCTAAAATTGCATGCCATAAAATTCCTTAAATTTTTAATGCAGACAAAGTAAATGAGAAATCTCAGTTTGTTAATCAAGGTTCCTTTTACAATGATGCAGTCAACAGGGAAGACTTCCTCTTGGCAGACTTTAAAAGGTGGATGGATAGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGT
TTATGATACGACAAGCAAGAGTAAAATTATGCAGTGGGAATCAAATATTCAGATGCGCTATGAATTTCAGGAAGCCTTACTGCGCTCTATTTTGCTTGAGAGAACCTGCCCTTACTTGGTGCTTAGGGTGAGGAGAGAAAACTTAATTAGGGAAACTATATTACAGATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCAT
TAAAGGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTTGCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGGGGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTGACCTGTGTATG
AAG
>TRINITY_DN117667_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATTGTGTAAAGTTGTAGATAGATCTCATGTGTTTCATGCTATAGCAGTGTGATCTGTCAAAACAAAAAGTGATTGCATCATCTTTATAAGGCAGATTGTGTGCTCAAAAAGCAGTGTGATTCTATTTGGTTTGCTTCATGAACTTGGGGGAATTATTGCTCTTGAATTTATCTATGCGATCCACTCTGAAAGTTGTTAA
CTGGTCAGTGTACCAATTATACCAATAGTCAGAACATCTGTAGGAAGAATGCCGTTGGAAGTATGACTTTATCATGGACATAAAATTAGGCATTGCATAGTAATCTGTTTTTTCTGCTTTATTATTTAGGGCATCATAGGGCATGCACTACAATGATGAAGTATGAATGCCTTTTAACAGTTTACATATTCAAAAACAAT
ATAATTATTTCATGGCAGTAGATTAAACTTCACTTTGTGATAATATTAATACTTAGTTGCACTTTATTGGTTTGGTGCCAAATAATAAACAAAATACAGAATGCATAGCTGAATGGAACATCTTAAAGCCTTTTAAACAATTACTTTCTTGCAGATTCATTGCCATTTTCGAGATTTGAAACTGAACAATATGTAAATTA
CATCAATCGTAACTAGATGGCATAACTCATTTTCTCTTACATTTGCTGCTTGCAGATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCATTAAAGgttcaatttataggagaagaagggattgatgaaggtggtgtacaaaaggagtttttccaattatttgtgcgggatatttttgacccaaaggtttctttttccattg
aatggaattgtgcagtatggaatgttttattacaacaaggatacacggttattctggttcaactctcctccatgggatgccttagtggaatatgaattggttggaattcttcttggattagccatctataatggtcatattttggagttgcatttcccaagagttgtgtacaagaaacttttagggaaagtgccaacaat
ggaggatcttgcagagGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTTGCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGGGGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTG
ACCTGTGTATGAAGTATTATCTTGAGACTTCAATAGCATCATCATTTGATGCCTTTAAAAGGGGATTTCAGAAATTATGCAGAGGTCGAGTCTTGAAGTTATTCCAGCCTATTGAACTGGAACAGTTAATTTGCGGCAGCCCTGTACTTGATTTTGAAGAACTAGAGAAATACACAGTATACGAGGATGGTTATAGAAAG
GACAGTCGTGTCATCTGTGACTTTTGGGAGATTGTTCATTCACTGGATGAGGAGAACAAAAAGAAGCTGCTTTTCTTTGTAACAGGCAGTGATCGTGCTCCAATTAAGGGTCTTGCAAATCTCCGGTTTGTCATTTCTAAGAATGGTTCACATTCTGACAGGTTACCCAGTGCTCATACATGTTTTAATCATTTGTTGCT
GCCTGAATATGAGAATAAAGAGAAGCTGAAGGAGCGGTTATTGATAGCGATCAATAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAGTTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCA
AGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAATGTCTATGAACACTGATTCCAAG
Intron 4 GTATATGGCA ... TATTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25 | 15 | 0 | 5 |
| A2 | 16.67 | 15 | 0 | 3 |
| A3 | 14.81 | 23 | 0 | 4 |
| A4 | 0 | 11 | 0 | 0 |
| A5 | 0 | 7 | 0 | 0 |
| A6 | 30.65 | 43 | 0 | 19 |
| A7 | 22.08 | 60 | 1 | 17 |
| A8 | 20.72 | 88 | 0 | 23 |
| A9 | 26.15 | 48 | 0 | 17 |
| A10 | 18.6 | 35 | 0 | 8 |
>TRINITY_DN46303_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGCCCTGTCAAAAGATAATAGAAGAGGAGACAGCTGCGGAGGAGCACAAACTTTGCCAAGCCAGCATAGAGAAGACCCTTTTACGAGGCGTGTTAAAGGGTCGTGATTTCTAATTAAGTTTACTCGGCTCGCTCTAGAAGGCTTCGGGAGAATTCCTCTACAAGTTTTACCAGCGCGATCCATCATTAAACATGGAAGAAT
TCTGGGATTCGTCCGGAGTGCCTTCCAAATTGGATGAAAACTTCCACAGGTGTTTTAAAAGCTTGGTTATTCGAGGTTTGCTTCCAAATGAAGCTGCTGATTTGGCATTGAAAGTGGCTACTGGAACTGTTGCAAGACCTATCGATTCATCAGATCTGATGGAAGAGTTCGAGCTGGCAAAGGGGTCAGCAAGAGTTGAA
AGCCTAGTTATTAAGATCAAATCTATTTTTTCATCATTAGATGCTTTGAGTATCAGTTTTCTTCCTGAAAAAGGTTCAGTGGCTGCAGTGGCAGGAGTAGACATGGCTTTACTGGAGAAGTTTTACAGCTCAGCAAAGGAGCTGGAGAGTAAAGATGTGGATGCAGCAATCATGGAATCAACTCAGTCATTGCTATCTAT
AGATAAAGGTTGCTGGGGTTTGAGCAACTCCATTATCCTTCGAAATATTATCACTTTGTTGGAGAATAGGTTTTTCAGTTGTTCTCTGTATTATGACACTCTTCAGAAGCTCTGGAAGTTAATCTTAGACCAACCTGCAAATGTGAAGGCAAATCTCATCTTGGCCTTGCAAAGCTACAACAAAGAGCAGTTTGAACGAC
TCATAGCCACTGTCCAACAGTTCATCACCCTTCTGGTTTACGAAAACCATGGAAATGACAAAGTTCAAGGAGGAGTGCAGATCCTTCAGCTGCTTTACAAAGTAAATGAGAAATCTCAGTTTGTTAATCAAGGTTCCTTTTACAATGATGCAGTCAACAGGGAAGACTTCCTCTTGGCAGACTTTAAAAGGTGGATGGAT
AGCTCTTCTTTCTCATTCTGCAACTATCCATTTGTTTATGATACGACAAGCAAGAGTAAAATTATGCAGTGGGAATCAAATATTCAGATGCGCTATGAATTTCAGGAAGCCTTACTGCGCTCTATTTTGCTTGAGAGAACCTGCCCTTACTTGGTGCTTAGGGTGAGGAGAGAAAACTTAATTAGGGAAACTATATTACA
GATACAATTACAAGCTGAGGATCTTAAGAAGCCATTAAAGGTTCAATTTATAGGAGAAGAAGGGATTGATGAAGGTGGTGTACAAAAGGAGTTTTTCCAATTATTTGTGCGGGATATTTTTGACCCAAAGGTTTCTTTTTCCATTGAATGGAATTGTGCAGTATGGAATGTTTTATTACAACAAGGATACACGGTTATTC
TGGTTCAACTCTCCTCCATGGGATGCCTTAGTGGAATATGAATTGGTTGGAATTCTTCTTGGATTAGCCATCTATAATGGTCATATTTTGGAGTTGCATTTCCCAAGAGTTGTGTACAAGAAACTTTTAGGGAAAGTGCCAACAATGGAGGATCTTGCAGAGGTAAACCCGGGTCTTGCAAAGGGCCTGCAGCAACTCTT
GCAATTTGATGGTGACGTTGAGGAGGTTTTCTGTAGGAGCTTCCAAGTGTCGGTGCAAAATATTTTTGGGGAATTCATAAACATTGAGCTGAAGGAGAACGGAAGTGATATTTCTGTTACCAGGGAAAACTGCAAAGAATATGTTGACCTGTGTATGAAGTATTATCTTGAGACTTCAATAGCATCATCATTTGATGCCT
TTAAAAGGGGATTTCAGAAATTATGCAGAGGTCGAGTCTTGAAGTTATTCCAGCCTATTGAACTGGAACAGTTAATTTGCGGCAGCCCTGTACTTGATTTTGAAGAACTAGAGAAATACACAGTATACGAGGATGGTTATAGAAAGGACAGTCGTGTCATCTGTGACTTTTGGGAGATTGTTCATTCACTGGATGAGGAG
AACAAAAAGAAGCTGCTTTTCTTTGTAACAGGCAGTGATCGTGCTCCAATTAAGGGTCTTGCAAATCTCCGGTTTGTCATTTCTAAGAATGGTTCACATTCTGACAGGTTACCCAGTGCTCATACATGTTTTAATCATTTGTTGCTGCCTGAATATGAGAATAAAGAGAAGCTGAAGGAGCGGTTATTGATAGCGATCAA
TAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAGTTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCAAGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAATGTCTATGAACACTGATTC
CAAGCTTGCTCTGTTAAGATGTATTGCAATGCTATCAATTTTTTGTATTGTATAATTTTTATATAACATGGTTCGTTCAAAGGAACCAAATATCAGCCATACGAGCTGTAATAATTTTATAGACATAATGATGTTCGGTAGCAAAGCTTTCTCTTACTACCTATTAGAGAACATTCACCTAAAGTGAACCAAAACGGATT
TGGGCCAATTTAAAACATTCTTGTGATGGATGTTCAACTTAGAGCTGCTATTAATAGAATTATTTGGAAAAG
>TRINITY_DN46303_c0_g2_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:CTGAATATGAGAATAAAGAGAAGgtatatggcatcatctttacgttaattctgtgaagcaagtttatataacagataattactttttgttgtccaagggggtattgacctgcatgcgtaagtctttgatatcttcttaagctttagacttacaactgagaaacgtgcatggatattgtcttattttacagCTGAAGGAGC
GGTTATTGATAGCGATCAATAATTCGCAAGGGTTTGGGCTGATGTAAGGAAACTTGAGGTTTTAAATTTGTATATTGATTCAAATGGCTCCTAAACTCATGTCACAACAGCAAATAGTTGTTAAATGTACACCAAAAGTTTGCACTGTACTAGCCTCTTGCTCCAAGAACAGAGCTTGTATTAATATGAAATATTTGAAA
TGTCTATGAACACTGATTCCAAGCTTGCTCTGTTAAGATGTATTGCAATGCTATCAATTTTTTGTATTGTATAATTTTTATATAACATGGTTCGTTCAAAGGAACCAAATATCAGCCATACGAGCTGTAATAATTTTATAGACATAATGATGTTCGGTAGCAAAGCTTTCTCTTACTACCTATTAGAGAACATTCACCTA
AAGTGAACCAAAACGGATTTGGGCCAATTTAAAACATTCTTGTGATGGATGTTCAACTTAGAGCTGCTATTAATAGAATTATTTGGAAAAG
Intron 5 GTTCAATTTA ... TCTTGCAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 49.68 | 37.2 | 38.7 | 34.8 |
| A2 | 64.34 | 16 | 22.7 | 35 |
| A3 | 65.29 | 19 | 33.6 | 38.1 |
| A4 | 56.32 | 26 | 38.2 | 29.3 |
| A5 | 76.99 | 5 | 23.2 | 10.5 |
| A6 | 57.51 | 12 | 12.5 | 20 |
| A7 | 54.17 | 47 | 49.7 | 61.5 |
| A8 | 53.6 | 65.1 | 72.7 | 78.2 |
| A9 | 50.91 | 34.1 | 29.8 | 41 |
| A10 | 49.4 | 39 | 34.3 | 42 |
>TRINITY_DN117667_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformCCCTGGGAAATTCCCCTCATTTCAAGGATGGTACCCAGGTAAGATAAGATAAGCTAATTTTATTAATGTCTAACGAAAGACATTAGTAAACCCTAGATTCTTCAGGGCACAAGGCTAGGGAAACAATAGGGCTTGGAGCTATACAACAAGATACTCATTATGGGGTCAACATGTCACTTACAGGGATAGAACTTAGGTGG
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