NA ----> NA

Intron 1 GTTGGATCTA ... GTCATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	2
A2	66.22	3.5	5	6
A3	77.78	3	10	5
A4	56.82	5.5	10	4
A5	83.34	1	5	3
A6	27.87	6.5	4	1
A7	31.84	14.5	12	1
A8	42.86	6	7	2
A9	0	4	0	0
A10	20	2	1	0

>TRINITY_DN39583_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAATCATGGTAAGATTCTGCAATACTTATCATGGCCGCACCTGGGGTTTGCAGGAGGACTGGATCTTCGATATCGGGTACAGATTGTTGTAATTTTATCAAGGTAATTGCTTAATGAGAGGTTTTGATTTCTTTAACGGATTTCTTTAGGTTGAGAGATTGTTATTTTTCTAACCC
TGACTGAAAGATCCTGACGGCCGTTGGTATAATCTGGCCCTGATTAAGCCGGGAGAGGACTTGTTTTCGTGGCTAGATTTTTCTGACGGCCGCCTAATGGATGAGTTCTTGGGATGGTTATTAGGGTTTCAAGAAGCTTTTTAAGTCTCTGATCTATTGATTTTCGTTAGACTTCTATTATTAGGGTTTGGCAAGTTTAT
TAGATTTGTTGGAAGTTATTGTTCTCGTTGTGTATGGATCAGGCTTAGTCGGTTCAGTGATCACGGTCTTTGAAGGGCTGTCATCTTGCATTTATGGATGCAGTGGTGCGCAGCCTAGCTATGTATTCGCTAGACAAAGTCAGTGTCATAGGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTGAG
TTTTTTTAATCTCAATATTATCTGTTCTTTTAGTTTATTTTTCTACCTTCTGGTAATGATCTAGCCATAAATGATGCTGTGCA

>TRINITY_DN39583_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAATCATGGTAAGATTCTGCAATACTTATCATGGCCGCACCTGGGGTTTGCAGGAGGACTGGATCTTCGATATCGGGTACAGATTGTTGTAATTTTATCAAGGTAATTGCTTAATGAGAGGTTTTGATTTCTTTAACGGATTTCTTTAGGTTGAGAGATTGTTATTTTTCTAACCC
TGACTGAAAGATCCTGACGGCCGTTGGTATAATCTGGCCCTGATTAAGCCGGGAGAGGACTTGTTTTCGTGGCTAGATTTTTCTGACGGCCGCCTAATGGATGAGTTCTTGGGATGGTTATTAGGGTTTCAAGAAGCTTTTTAAGTCTCTGATCTATTGATTTTCGTTAGACTTCTATTATTAGGGTTTGGCAAGTTTAT
TAGATTTGTTGGAAGTTATTGTTCTCGTTGTGTATGGATCAGGCTTAGTCGGTTCAGTGATCACGGTCTTTGAAGGGCTGTCATCTTGCATTTATGGATGCAGTGGTGCGCAGCCTAGCTATGTATTCGCTAGACAAAGTCAGTGTCATAGgttggatctacagtctgcgctgctgatatattttaatgtttcagcagaa
aaaacgttctttcacgaccgaccatatgagataaatattatacatgttcatatgtttatgcttttggccttgttttattttctgctctctgttgaagatctagccattcatgatcctttgttttgtcatgtcagGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTGAGTTTTTTTAATCTCAATA
TTATCTGTTCTTTTAGTTTATTTTTCTACCTTCTGGTAATGATCTAGCCATAAATGATGCTGTGCA

Intron 2 GTATGTTGTA ... CTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.33	2	1	10
A2	42.86	6	2	7
A3	55.56	4	2	8
A4	64.71	3	4	7
A5	33.33	2	0	2
A6	69.23	2	2	7
A7	52	6	10	3
A8	80.95	2	10	7
A9	48.39	8	6	9
A10	100	0	4	0

>TRINITY_DN38816_c3_g5_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GCTGGAAAGATTCTGAAGGAGGAGAAAGAGCTCATATTCTTCAAAAGCAAGGGTGAAGGAAGAGAAGTTCATGTCAATGGAGGAAGGATTTATATCTAATGCCATGGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTTTATTCAAGGATGATGATAAATCAGATGACGACGCATGTATTAAGCGT
TCTGCTTCTGTGAAGCGACTTGTTTGTATGTTTTAGCCTGGCAATGTTTCATTGACACAGTTATGTTTTACTTCTTTTAGATACCCATTACTACTACTGGTATTCTTATCATGTACCATGTTAGGACTGATTAGACGCTTCGACGTGAATGCAAACTAATTTCATGTGAGTTCTGTGCGCTATTTTAATCGTTTACAGCA
CCTGTTTAGGCTTTTTCACTGATTTGCAATAACTGTTTGGCGCGG

>TRINITY_DN38816_c3_g5_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GATAAATATTATACATGTTCATATGTTTATGCTTTTGGCCTTGTTTTATTTTCTGCTCTCTGTTGAAGATCTAGCCATTCATGATCCTTTGTTTTGTCATGTCAGGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTTTATTCAAGGATGATGATAAATCAGgtatgttgtacatgtgaagtacca
ttttgactgaattgattcgttcttgggttaaatcctttggtttgaatctttgtctagcaataaatttcaagggagaaaacaattttgtattgaaggtgtgatactttatgcagATGACGACGCATGTATTAAGCGTTCTGCTTCTGTGAAGCGACTTGTTTGTATGTTTTAGCCTGGCAATGTTTCATTGACACAGTTAT
GTTTTACTTCTTTTAGATACCCATTACTACTACTGGTATTCTTATCATGTACCATGTTAGGACTGATTAGACGCTTCGACGTGAATGCAAACTAATTTCATGTGAGTTCTGTGCGCTATTTTAATCGTTTACAGCACCTGTTTAGGCTTTTTCACTGATTTGCAATAACTGTTTGGCGCGG

Intron 3 GTAATTGCTT ... TATGGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.7	5	15	8
A2	66.67	6	14	10
A3	84.62	2	10	12
A4	61.7	9	18	11
A5	100	0	5	2
A6	62.5	3	0	10
A7	72.97	5	8	19
A8	65.52	5	8	11
A9	100	0	3	2
A10	50	2	3	1

>TRINITY_DN39583_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAATCATGGTAAGATTCTGCAATACTTATCATGGCCGCACCTGGGGTTTGCAGGAGGACTGGATCTTCGATATCGGGTACAGATTGTTGTAATTTTATCAAGGCTTAGTCGGTTCAGTGATCACGGTCTTTGAAGGGCTGTCATCTTGCATTTATGGATGCAGTGGTGCGCAGCCT
AGCTATGTATTCGCTAGACAAAGTCAGTGTCATAGGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTTTATTCAAGGATGATGATAAATCAGGTATGTTGTACATGTGAAGTACCATTTTGACTGAATTGATTCGTTCTTGGGTTAAATCCTTTGGTTTGAATCTTTGTCTAGCAATAAATTTCAA
GGGAGAAAACAATTTTGTATTGAAGGTGTGATACTTTATGCAGATGACGACGCATGTATTAAGCGTTCTGCTTCTGTGAAGCGACTTGTTTGTATGTTTTAGCCTGGCAATGTTTCATTGACACAGTTATGTTTTACTTCTTTTAGATACCCATTACTACTACTGGTATTCTTATCATGTACCATGTTAGGACTGATTAG
ACGCTTCGACGTGAATGCAAACTAATTTCATGTGAGTTCTGTGCGCTATTTTAATCGTTTACAGCACCTGTTTAGGCTTTTTCACTGATTTGCAATAACTGTTTGACGCGGAAAAGAACCACTCCCATTCAGGTCCGTTTCATGCCTCTTTATTTTAACTATTATTGCAGTATTATGTACATAGATTCTGAGAACAGAGG
ACGCAGATGAATTATTGTATGAGAAATATAGAATTACAACCCTTTTTTATTCATATAGTTCCATTAGGCTCCGTTCCATTCCTGTTCATTCTGACTATTATTCTACTATTATGTACATAGTTTCTGAGAACATAGGACGGATGTGAATTTAAGTTTATAGAATTATAATCGAGTCATATGCATCTTATTTACTTGCTGTT
TGACCTATTTTATTATTTTGCTAATAAAATATGACAGATGAACTTCTGTATCAAGG

>TRINITY_DN39583_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTAAAGTTCAAGAAAACTGTGGGAAATCATGGTAAGATTCTGCAATACTTATCATGGCCGCACCTGGGGTTTGCAGGAGGACTGGATCTTCGATATCGGGTACAGATTGTTGTAATTTTATCAAGgtaattgcttaatgagaggttttgatttctttaacggatttctttaggttgagagattgttatttttctaaccc
tgactgaaagatcctgacggccgttggtataatctggccctgattaagccgggagaggacttgttttcgtggctagatttttctgacggccgcctaatggatgagttcttgggatggttattagggtttcaagaagctttttaagtctctgatctattgattttcgttagacttctattattagggtttggcaagtttat
tagatttgttggaagttattgttctcgttgtgtatggatcagGCTTAGTCGGTTCAGTGATCACGGTCTTTGAAGGGCTGTCATCTTGCATTTATGGATGCAGTGGTGCGCAGCCTAGCTATGTATTCGCTAGACAAAGTCAGTGTCATAGGTTCTTGCGAATCCATATTTTACAGTTCTTTGTTTGGATGTTGGGTGAG
TTTTTTTAATCTCAATATTATCTGTTCTTTTAGTTTATTTTTCTACCTTCTGGTAATGATCTAGCCATAAATGATGCTGTGCA